The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
81
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structure length |
81
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Chain Sequence |
NPKSLTDPKLLKNIPMWLKSLRLHKYSDALSGTPWIELIYLDDETLEKKGVLALGARRKLLKAFGIVIDYKERDLIDRSAY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| molecule keywords |
5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*UP*UP*UP*
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| publication title |
RNA recognition by the Vts1p SAM domain
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| total genus |
21
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| structure length |
81
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| sequence length |
81
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-10-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07647 | SAM_2 | SAM domain (Sterile alpha motif) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Transcription Factor, Ets-1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3HIL A; 2KMD A; 4MHV A; 1LKY A; 5J8Y A; 2QAR B; 1X40 A; 3IDW A; 2F44 A; 1V38 A; 2F3N A; 4RQN A; 3H8M A; 1V85 A; 3BS5 B; 4NL9 A; 2GLE A; 2QAR A; 3KKA A; 3SEN A; 2DL0 A; 1PK1 B; 4NJ8 A; 3BS5 A; 1B0X A; 1PK3 A; 2D8C A; 1DXS A; 1Z1V A; 2QB1 A; 2LPE A; 2FE9 A; 2EAN A; 2EAM A; 1PK1 A; 4RQM A; 1SGG A; 1F0M A; 1RG6 A; 1OW5 A; 2QB0 B; 2EAP A; 3TAC B; 3SEI A; 2Y9U A; 5JTI A; 3K1R B; 2Y9T A; 5JRT A; 1SXE A; 5L1M A; 2K60 A; 1UQV A; 1X66 A; 3BS7 A; 2QB0 A; 2EAO A; 1SXD A; 2ES6 A; 4NL9 C; 2E8P A; 1OXJ A; 1UCV A; 5JU5 A; 2DKX A; 3TAD C; 2F8K A; 5KNI A; 2K4P A; 2D3D A; 2E8O A; 3BQ7 A; 1SV0 C; 2KG5 A; 1X9X A; 2KIV A; 5J8Y C; 1WWV A; 4IS7 A; 2YTU A; 5F3X B; 2QKQ A; 4PZN A; 2KSO B; 1JI7 A; 1COK A; 1WWU A; 2E8N A; 2L5Y A; 1SV4 A; 3KKA C; 2ESE A; 3TAD A; 1LKY B; 2DKZ A; 2KE7 A; 1B4F A; 2KSO A; 2LMR A; 2E8M A; 1SV0 A; 2B6G A; 1KW4 A; 4PZO A; 2JV3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PHE A; 9ICH A; 5ALH A; 1ZQE A; 1QLN A; 3AL0 B; 3H8J A; 3T79 A; 2K8A A; 4C8N A; 1ZD4 A; 2LBO A; 2DUY A; 4XRH A; 5DG8 A; 1V85 A; 3GDX A; 2JGA A; 3PSP A; 1ZQO A; 3C5G A; 4DQI A; 2PXI A; 5K4L A; 3GIK A; 5AKJ A; 1QSL A; 4B9S A; 4I2G A; 3T5K A; 1PK3 A; 2RP5 A; 2ZJ5 A; 2A1A A; 1TV9 A; 4C8O A; 8ICJ A; 4F5O A; 3I28 A; 1JRO A; 4O5E A; 3R9K A; 3T5L A; 4I2A A; 1FO4 A; 4B9U A; 5IIJ A; 1IXR A; 5ALY A; 1JXL A; 4PL2 A; 3QEA Z; 1T3N A; 5J0Y A; 3PR4 A; 4QZE A; 3MR3 A; 1ZD5 A; 5J2D A; 3VCB A; 2BCR A; 4ELV A; 2WF6 A; 3ETR A; 4Y2T A; 5AM3 A; 3V6H A; 1ZQX A; 3GU3 A; 3KFU F; 1L7P A; 2W43 A; 3M9M B; 3K1Z A; 2HOQ A; 5KFS A; 1N56 A; 2WB1 C; 5DBA A; 1NK5 A; 4RUA A; 2FMP A; 8ICC A; 2ZUB A; 1A76 A; 1WWV A; 1KDH A; 5ALW A; 3GQC A; 1C7Y A; 4GXI A; 3BZK A; 3FDS A; 5AM1 A; 2MUT A; 1RYS A; 2KEY A; 2KNJ A; 4KLS A; 2AQ0 A; 3BQ0 A; 2YY6 A; 1BNO A; 5J2J A; 8ICQ A; 1TE2 A; 1QH9 A; 2NO5 A; 4LVS A; 4PL1 A; 3H0L B; 3TAN A; 1L3U A; 4RQ2 A; 1PVQ A; 1UA0 A; 4DLG A; 4F91 B; 4OCZ A; 1IV8 A; 3UM9 A; 3RB6 A; 5L1K A; 1KFT A; 5KFH A; 2WFA A; 5KFK A; 4F5N A; 1WYG A; 2E3T A; 4XA5 A; 2ZJA A; 3SAH A; 4I2C A; 1FFV A; 4US8 A; 3EPG A; 9ICR A; 5EE1 A; 2ODG A; 2QB1 A; 9ICF A; 5J2B A; 2HHV A; 1ARO P; 2JMG A; 3Q8Q B; 3RH6 A; 1JRP A; 3ETL A; 4YFK A; 1XO0 A; 4Q44 A; 3SD7 A; 4DL2 A; 2RDI A; 2HHS A; 3JPQ A; 4RT2 A; 3IG8 A; 4WJ3 B; 2VJ5 A; 3K4G A; 4KMO B; 4C7Z A; 1TVA A; 5L1L A; 3MDA A; 3PSI A; 5JRT A; 4J9S A; 2Z7J A; 3N7S C; 3NRZ A; 3N97 B; 3QUQ A; 4P4M A; 3RRH A; 1X66 A; 3Q8P B; 4GXK A; 3JPN A; 5AK4 A; 3D2N A; 3M8R A; 4C0Z A; 3QNM A; 3V72 A; 4HYK A; 1S97 A; 5DGB A; 8ICX A; 4EEL A; 5ALO A; 3GIM A; 2YN4 A; 4YXM A; 1C20 A; 2ASL A; 5J0S A; 4UBC A; 5DG9 A; 1XNS A; 2HDO A; 1L7N A; 4RQ3 A; 3C2K A; 4RQ6 A; 3A0H U; 2KTQ A; 3L3F X; 2HW3 A; 5HHH A; 1CRX A; 3PW7 A; 1ZD2 P; 3WK4 A; 4QWD A; 4QW8 A; 2KIW A; 4IQV A; 7ICQ A; 1KSP A; 7ICF A; 3GIL A; 1LKY B; 4ED7 A; 3HKZ C; 5ALR A; 4QWB A; 4EYH B; 2I9G A; 3M9O B; 4FBT A; 2LMR A; 1IM4 A; 2A1J B; 2Q4T A; 2JV3 A; 5DLF A; 2KMD A; 1Z3E B; 4MHV A; 2KFN A; 3WKE A; 2F2A B; 2XCP A; 1N62 A; 4F92 B; 1X9W A; 3TAR A; 1BVS A; 3C1Z A; 5J2G A; 2K8C B; 4JV0 A; 4B9T A; 4UAY A; 4YP3 A; 2QAR A; 4DL4 A; 2NYV A; 8ICE A; 4J03 A; 3N28 A; 1NK4 A; 4K4I A; 4EBC A; 3PY8 A; 4KIT B; 4NLG A; 3UPQ A; 4ZOH C; 1NKE A; 7ICL A; 4YMO A; 3PW5 A; 2LKY A; 1OW5 A; 1N61 A; 3WK9 A; 4QWA A; 1RXW A; 3HX0 A; 4C8L A; 1ZQM A; 2R8H A; 4QZC A; 3OPX A; 1TAU A; 2JZB B; 1SXE A; 4M6W A; 4HAI A; 4P4P A; 1CUK A; 3MFI A; 2W9C B; 3MGV A; 4EYI B; 5TIS U; 4JK1 A; 4CDG A; 4Z6E A; 2H3Z A; 1UCV A; 3GIJ A; 4UAU A; 1ZQP A; 3ISD A; 1MA7 A; 1L6N A; 2H5X A; 4M9L A; 2LI6 A; 5KG7 A; 5DBB A; 4DF4 A; 2LM1 A; 3I76 A; 1LB2 B; 2PFQ A; 1RXV A; 4J9R A; 2FMQ A; 9ICT A; 1MSW D; 7ICG A; 8ICA A; 3AN1 A; 4J9L A; 4KLE A; 2KSO B; 3RJF A; 4CF4 A; 1FIQ A; 3SYZ A; 2VA3 A; 4DO9 A; 1WUD A; 1ZQZ A; 3KHH A; 1B4F A; 5CA7 A; 3V7L A; 2YB1 A; 1Q46 A; 4JUZ A; 2HVH A; 5IIO A; 4TQS A; 1D9D A; 1KW4 A; 2OYY A; 5KFO A; 3PZP A; 1PUZ A; 1D8Y A; 1SL2 A; 5DLG A; 8ICF A; 4QZH A; 5AIC A; 4O3M A; 3QUT A; 4C4T A; 2J6S A; 4BGD A; 1S0V A; 2P66 A; 2JH1 A; 1SWW A; 4J9Q A; 4DL7 A; 8ICS A; 3PMN A; 5KT4 A; 5G5G A; 4ECT A; 1PK1 A; 3RR8 A; 2JEI A; 4F4X A; 2PKE A; 4DLE A; 2IOH A; 4CCH A; 5JTI A; 5L1I A; 3PX6 A; 4F5R A; 5DQI A; 2C28 A; 1N2X A; 2OEH A; 3SR6 A; 1KTQ A; 2Y0S C; 1BPY A; 2FJ6 A; 4KLO A; 5KG2 A; 2EZZ A; 4Y2Q A; 2K4E A; 1MQ3 A; 9ICP A; 1SXD A; 3RFA A; 5IIL A; 2AGP A; 1Z1B A; 2NO4 A; 3PO4 A; 2W3R A; 2BDP A; 4K4G A; 3M6K A; 3RJH A; 3M7D A; 1ZQD A; 4ELT A; 1BPE A; 3KHR A; 3BQ7 A; 5DQG A; 3WKD A; 3EZ5 A; 2FLP A; 2YMQ A; 3MGH A; 2KHQ A; 5F3X B; 1UPH A; 3ISC A; 2BQU A; 4EEN A; 5CB1 A; 2NRX A; 2W9C A; 7ICP A; 3V6K A; 3WKC A; 2ZIV A; 4PZO A; 5J2K A; 3QZ7 A; 2ISP A; 4UAS A; 4YR2 A; 1S0M A; 5KFE A; 1FEZ A; 5DB7 A; 4Y2X A; 5KFZ A; 1V38 A; 3N7P D; 5EOZ A; 1PVP A; 4G9B A; 4TUR A; 3PML A; 4UQG A; 2ZIU A; 4MFC A; 4USA A; 3NTU A; 2Q0Z X; 1VDV A; 1ZQJ A; 4NJ8 A; 5J2H A; 2H3F A; 2ZTD A; 7ICU A; 4US9 A; 4RPY A; 1SIJ A; 3JPR A; 4DQS A; 5L1J A; 4TUQ A; 4UAR A; 2ISO A; 3ZI4 A; 5ALN A; 1KEJ A; 5KFP A; 2R8I A; 5J29 A; 4P0Q A; 1TK8 A; 4PGX A; 8ICL A; 5AHX A; 4DL3 A; 2DF4 B; 1N48 A; 3IRU A; 5L1M A; 1QCK A; 4Y2U A; 1RZT A; 3ZDC A; 3CW2 C; 2QB0 A; 4ECV A; 2HBL A; 1L5U A; 5TZV A; 5GTI U; 3ORY A; 3K75 D; 4JWM A; 1ZQS A; 2UVW A; 9ICG A; 4OO1 J; 4NY8 A; 4KX5 A; 3NAS A; 4F4Z A; 5ALI A; 4GC7 A; 4J9K A; 2W9A A; 2MUT B; 3SMV A; 1U48 A; 2XI9 A; 3T5H A; 1HUZ A; 3SQI A; 2KIC A; 4F3O A; 2MRL A; 2W9M A; 5IIM A; 4BX9 C; 4X5V A; 1H38 A; 1JI7 A; 4IL6 U; 2BCS A; 2AU0 A; 3KKA C; 1Q8K A; 1YT3 A; 3H0M B; 4YMM A; 4UB2 A; 5KL8 B; 9ICK A; 3EWA A; 2KJ9 A; 3SAF A; 3N7R C; 1NJY A; 5KG1 A; 3M8S A; 3F53 A; 4LZG A; 2KZM A; 4O9M A; 2IBK A; 4OJL A; 3RTV A; 4ED0 A; 3PO5 A; 3LK9 A; 4JB3 A; 3PVX A; 1X40 A; 5ALS A; 2B21 A; 4P2H A; 2UVR A; 4J9O A; 5AK5 A; 2FPL A; 3F5E A; 4O3S A; 5DQH A; 1QSS A; 2GLE A; 1D8B A; 5J0T A; 2GH1 A; 2Y1J A; 3WU2 U; 2DL0 A; 1UHU A; 2BQ3 A; 3EUB 2; 1SL1 A; 9ICA A; 1S8O A; 2PMZ C; 1Z1V A; 2WAQ F; 4Q43 A; 3GV7 B; 5HR7 A; 4RQ8 A; 5AKE A; 2PFN A; 2I5H A; 5A0L A; 5KG5 A; 3EYZ A; 5KFB A; 4RQM A; 3H0R B; 1ZQT A; 1BPX A; 3V6J A; 2EAP A; 5KFM A; 1ED1 A; 3UXN A; 2ZIX B; 3WK5 A; 3BDP A; 4NM2 A; 4Y2V A; 4O0I A; 1ZQL A; 2E5S A; 3NVZ A; 4F2S A; 2HHT A; 2AHO B; 5AI4 A; 5AIA A; 3MBY A; 3MGI A; 4G3I A; 4CF5 A; 1MN8 A; 5AI5 A; 3NS1 A; 4UB6 U; 3NRW A; 1KN5 A; 5KFX A; 3H8S A; 4O3Q A; 4UAW A; 2XY6 A; 3RB3 A; 1F5S A; 1RDF A; 1D8L A; 2DQN B; 1WWU A; 3OSP A; 4TUS A; 5T14 A; 4RZR A; 4RNN A; 1PVR A; 5EWF A; 5KT3 A; 1DOQ A; 3OJU A; 4F8R A; 2QAR B; 1NI3 A; 3OHB A; 2F44 A; 1Z19 A; 4QJF B; 1DGS A; 5KFY A; 4NL9 A; 4BWM A; 2I1Q A; 2KZ3 A; 4YD1 A; 5HMM A; 1ZET A; 4PHP A; 2JEJ A; 2F77 X; 3PST A; 1RM6 C; 1N63 A; 4XQ8 A; 2QLT A; 2M9N A; 1U4B A; 4JWN A; 3JPS A; 2AJQ A; 4M6W B; 5J0U A; 3BQ1 A; 2WF7 A; 1QQ5 A; 3SV4 A; 2ZUD A; 3PNC A; 3C28 A; 2ZXH A; 4Q8E A; 1XWL A; 1ZQA A; 2KP7 A; 7ICH A; 2XGP A; 4F93 B; 1X42 A; 4LZD A; 2IA6 A; 5DBC A; 4UB3 A; 5J2A A; 2F8L A; 1RPL A; 1ZQI A; 1KFD A; 2RDJ A; 2EZY A; 3TKA A; 4XUS A; 2BPF A; 2BZF A; 4PH5 A; 1AQ6 A; 4JV2 A; 2OH2 A; 2FDR A; 4ELU A; 4PGQ A; 2E1F A; 3F2C A; 1OXJ A; 1K1Q A; 9ICC A; 5KG3 A; 2W8K A; 4ECW A; 3E0F A; 2KVS A; 2D3D A; 1TAM A; 2AQ4 A; 5ALM A; 4IQT A; 4UB5 A; 4BUG A; 4Q45 A; 2D6F C; 4NLK A; 4YN4 A; 4ED8 A; 3ZDB A; 4KLT A; 2EDU A; 1TK0 A; 2RLT A; 4CF3 A; 2ZIX A; 2OWO A; 3TI0 A; 5J0X A; 5G5H A; 3CP8 A; 4I2H A; 3KZI U; 3JPT A; 1ZRM A; 1T4G A; 4QZD A; 3TQ1 A; 3PV8 A; 4DL5 A; 3QU2 A; 1XS9 D; 8ICG A; 2BCQ A; 5EE0 A; 2G08 A; 1SKW A; 4NXZ A; 3ISB A; 3BQ2 A; 4NLN A; 2JXJ A; 4I2B A; 4NLB A; 3HKZ F; 5AKZ A; 1PK1 B; 3O0F A; 5C0Y A; 4CNQ A; 2ZTC A; 3CNH A; 2JHD A; 1TFR A; 4KLF A; 2MAX A; 4M9N A; 5ALD A; 2HCF A; 3SEI A; 2FPK A; 2W55 A; 2G5I B; 2Y9T A; 1CI4 A; 4DSJ A; 3F2D A; 1ZQU A; 2K60 A; 2LHT A; 3LVW A; 4QWC A; 1SB3 C; 9ICL A; 1KL9 A; 5BOL A; 2C2E A; 3UXP A; 4I2F A; 3E2E A; 8ICR A; 9ICE A; 4AYB F; 4R66 A; 5AKL A; 5ALJ A; 4M04 A; 1BPB A; 2W04 A; 2YMP A; 2G07 A; 3FC4 A; 2KVC A; 1O03 A; 3PW4 A; 3EPI A; 5FP0 A; 3RRG A; 2F1H A; 3L4P A; 2DFL A; 4IS7 A; 2P35 A; 4ZH4 A; 1X9M A; 5AM5 A; 4M47 A; 4ECX A; 5ALE A; 4F2R A; 5L9X A; 2ZIV B; 4BJQ A; 3GFK B; 4RQ7 A; 4QZI A; 3Q8K A; 2L5Y A; 2DKZ A; 1ZXI A; 1SL0 A; 4IR9 A; 2VIX A; 3C5F A; 2KFZ A; 4YR0 A; 2WTF A; 3UMC A; 4KLJ A; 3MR5 A; 2ZIU B; 1XSP A; 3AEV A; 4DSF A; 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3KKA A; 8ICP A; 4Y2J A; 8ICI A; 8ICH A; 5CJ7 A; 2G0A A; 4QIW F; 3PX0 A; 1ZQ1 C; 1S77 D; 4B6J A; 4B9N A; 4EBE A; 4F4K A; 2W11 A; 5C5J A; 2LYB A; 3N4M B; 4I27 A; 5ALV A; 4DSE A; 5ALG A; 3OTQ A; 1UT5 A; 4YD2 A; 5F9N A; 3VC8 A; 4R8U A; 1XO1 A; 1NKB A; 3GZF A; 5EWG A; 2OXO A; 4J9M A; 1XSN A; 4O5C A; 3DDH A; 2CXY A; 1X6J A; 5DKW A; 3RB0 A; 2HBK A; 4IRD A; 2JR5 A; 3DV9 A; 1Q3U A; 2K4P A; 1YZ7 A; 3G6X A; 2KG5 A; 5AIB A; 4B9V A; 4PHA A; 5ALU A; 4DQQ A; 4IRK A; 1NNL A; 1U47 A; 5J8Y C; 5KG4 A; 5J0P A; 4KLI A; 3RH4 A; 5KAF U; 3DEE A; 2B0C A; 4B9L A; 2XY7 A; 2XY5 A; 5KL1 B; 3M1Y A; 3LDA A; 4CGZ A; 2DPI A; 9ICW A; 4UBB A; 2ZG6 A; 1SKS A; 2A19 A; 3RAQ A; 2W54 A; 2V4Q A; 2W9B A; 5KFW A; 2XIC A; 1JXE A; 4QZ9 A; 4BWJ A; 3WKA A; 2LYA A; 4YR3 A; 1SKR A; 3PR5 B; 5DB6 A; 5J0O A; 2DPJ A; 5ALP A; 4C4S A; 4BDP A; 2D8C A; 3J81 j; 4YVZ A; 1NK7 A; 3MDC A; 4Z6F A; 5D4B A; 4GLX A; 3MR6 A; 4J9P A; 2EZX A; 3RAX A; 1RYR A; 5ALT A; 2WF8 A; 2PFP A; 2IMW P; 2ZIW B; 1NK9 A; 5AKG A; 4FZN A; 2KK0 A; 2W03 A; 4ECY A; 4KX3 A; 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