The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
80
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structure length |
80
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Chain Sequence |
ANQQTSGKVLYEGKEFDYVFSIDVNEGGPSYKLPYNTSDDPWLTAYNFLQKNDLNPMFLDQVAKFIIDNTKGQMLGLGNP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
|
| molecule keywords |
Phospholipase A-2-activating protein
|
| publication title |
Structural Basis for Ubiquitin Recognition by a Novel Domain from Human Phospholipase A2-activating Protein.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
13
|
| structure length |
80
|
| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PST A; 2K89 A; 3PSP A; 2K8C B; 3L3F X; 2K8B B; 2K8A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5J0P A; 1X9S A; 1BPZ A; 3QZ8 A; 4KMU A; 2IOF K; 1UHU A; 2JR5 A; 4ECY A; 3RJF A; 4ED8 A; 2IHM A; 3RJJ A; 4LZD A; 1SB3 C; 4KMO B; 3QEB Z; 4Z6E A; 2I6X A; 3WKD A; 5ALW A; 4BX9 C; 4P4M A; 1FFV A; 8ICL A; 4M2Y A; 4OJ5 A; 2GOL A; 1L7M A; 4O3P A; 3BQ7 A; 4CGZ A; 1F5S A; 4C8M A; 2V4Q A; 1RXW A; 1RYS A; 7ICI A; 3CYM A; 2EAO A; 1ZQF A; 4F4Z A; 1KRP A; 3LWM A; 3JPO A; 2VIX A; 5KNI A; 1TAQ A; 4US9 A; 5KFZ A; 3E2E A; 4OJO A; 5KTQ A; 2BQR A; 4J9M A; 4ELU A; 4B9L A; 5F9L A; 2IOF A; 1N61 A; 4PHA A; 2Y9T A; 1YZ6 A; 1ZYQ A; 1ZQL A; 4JB3 A; 2W9C A; 5DG7 A; 2YY6 A; 5EWG A; 5KFR A; 2GWS A; 1D9F A; 5ALK A; 5ALI A; 2Y1I A; 4ECS A; 2MUT A; 4MFC A; 5KT4 A; 4F2R A; 5J0Y A; 5BOM A; 4PL2 A; 4US8 A; 4R65 A; 1KTQ A; 3OTQ A; 1ZQZ A; 2WF9 A; 1B4F A; 5AM0 A; 3GIL A; 5HP4 A; 4RNM A; 1S8O A; 3NGD A; 1CRX A; 3Q8P B; 5AM1 A; 3M8R A; 2K4H A; 2IBK A; 2A19 A; 2BCR A; 2XY6 A; 1ZQE A; 2BPG A; 5KAF U; 9ICJ A; 8ICW A; 4M9L A; 2GO7 A; 1K1S A; 5CEH A; 2BCQ A; 1ZQN A; 2ZIX A; 4F4K A; 3M9N B; 4GXJ A; 1ZQP A; 4QZ8 A; 2KEY A; 4ECZ A; 4RQ0 A; 4F4X A; 4PPX A; 3WKB A; 2JXJ A; 3ZI4 A; 5ALN A; 1S97 A; 2H3Z A; 2FPM A; 2JH7 A; 3N7R C; 1ZQJ A; 5DG9 A; 4NL9 A; 3I28 A; 1KLN A; 5AK4 A; 3K4G A; 1OXJ A; 5AIB A; 4DL2 A; 4FBT A; 1NK8 A; 2YB1 A; 2J6T A; 3RRH A; 2FPL A; 3QX7 A; 4JV1 A; 3PX4 A; 1KN5 A; 3T5J A; 3CP8 A; 4DL3 A; 3GDX A; 1X6J A; 2D3D A; 9ICV A; 4DO9 A; 4J9K A; 1ZQS A; 4KLJ A; 2Q0Z X; 5JRT A; 2LM4 A; 1QSL A; 2UVR A; 1DOQ A; 1RPL A; 3AU2 A; 3ZD9 A; 4I2J A; 2DPJ A; 1ZQK A; 1ZJN A; 1L7O A; 2KOB A; 3HPO A; 2B6G A; 4GC6 A; 2LYA A; 3U26 A; 1NK7 A; 1U49 A; 2K8C B; 8ICE A; 3KHR A; 4DS4 A; 4ED2 A; 9ICA A; 5KG6 A; 1T3N A; 3ISD A; 7ICM A; 3D2Q A; 2I9G A; 7ICQ A; 4J9N A; 2AQ0 A; 4QWC A; 3UQ2 A; 5J2D A; 1HUZ A; 5DBC A; 4EEY A; 3GU3 A; 4Y2X A; 4QZB A; 2XC9 A; 5CWR A; 4KX5 A; 3PW0 A; 4QWE A; 4DLE A; 3RB0 A; 2NRW A; 3C21 A; 5III A; 5H2F U; 2KN7 A; 3FAH A; 1X66 A; 4FO6 A; 4EBC A; 2XY7 A; 4DL5 A; 4J9S A; 3G6V A; 2DBY A; 2VJ4 A; 4CNQ A; 3HKZ F; 2WB1 F; 1SXD A; 2JZB B; 4QWA A; 4I29 A; 4MHV A; 2Y0S F; 4ZH4 A; 4TQS A; 4C4T A; 5ALR A; 5L1I A; 1ED1 A; 4CRX A; 3SMV A; 5L1M A; 4P0Q A; 1BNO A; 2JH1 A; 2ZJA A; 5KFF A; 3CNH A; 3AEV A; 5GTH U; 5AKZ A; 2H3I A; 4BUG A; 4OJP A; 2EH9 A; 1SWW A; 4PZN A; 5GTI U; 4UAR A; 4BXO B; 5CRX A; 2D8C A; 1T8E A; 5KFE A; 2KE7 A; 3RH6 A; 4C8K A; 3PW5 A; 3TAD A; 8ICN A; 3C23 A; 3ORY A; 4FZL A; 2ASD A; 2NO5 A; 5AK5 A; 3OPX A; 3NRZ A; 4NLB A; 1WG8 A; 2VA2 A; 4CF3 A; 2HCF A; 3WK4 A; 2KD1 A; 1N62 A; 3BQT A; 4AYB C; 3V72 A; 5KT5 A; 5AM2 A; 1NJY A; 4O3O A; 5IIL A; 4JUZ A; 5CP2 A; 4OD0 A; 2ZIW A; 3ALR A; 4NV0 A; 1JIH A; 3MR6 A; 7ICR A; 2WAQ F; 2VJ5 A; 4DFM A; 3RAQ A; 4B9U A; 5AKK A; 1Z19 A; 1X42 A; 7ICU A; 1COK A; 4O5K A; 5J0T A; 1Z1B A; 2ZUB A; 4QWD A; 3HIL A; 2A1A A; 2EZY A; 4C4S A; 3SEN A; 1NNL A; 3E58 A; 4C80 A; 4NLN A; 4Q45 A; 2F1J A; 2ZUC A; 1NK6 A; 2R8H A; 4NY8 A; 4YQW A; 5J29 A; 1SKR A; 3HX0 A; 4UAY A; 1LVH A; 3L5K A; 1KL9 A; 4F71 A; 2F77 X; 2ZIU A; 2MU2 A; 3IP4 B; 3WK8 A; 4ED1 A; 1DGJ A; 2EQY A; 3SZ2 A; 2DF4 B; 2XGQ A; 3NUQ A; 3N28 A; 1C20 A; 1D8B A; 2KSO A; 2ZG6 A; 2K8B B; 4MF8 A; 3G6Y A; 5KL1 B; 3BS5 A; 5ALU A; 2LI6 A; 3T5H A; 5BOL A; 3BZK A; 2H3V A; 2XID A; 2W9M A; 5T14 A; 7ICJ A; 2P66 A; 2PFP A; 3PNC A; 2YTU A; 2ODG A; 5AKJ A; 4F92 B; 3CRX A; 4ED3 A; 5J0U A; 5KFC A; 1L6N A; 3F53 A; 3ETL A; 3RJH A; 3SAH A; 3WKC A; 3IG5 A; 5JTI A; 3N7P D; 4I2D A; 4YD2 A; 2WTF A; 3KZI U; 4U6P A; 3R9K A; 3IN5 A; 4QWB A; 3BJY A; 3V7K A; 4KLT A; 3HP6 A; 2KJ8 A; 2HBK A; 4Y2P A; 2I5H A; 2OM6 A; 5AM4 A; 2E1E A; 4YXM A; 2A3V A; 3DDH A; 4R8U A; 2FI1 A; 5IIK A; 3O0F A; 3MC1 A; 4PL1 A; 5J2G A; 5J2A A; 4GFJ A; 3QZ7 A; 4KLG A; 2J6U A; 2WF5 A; 7ICK A; 4X5V A; 3M9O B; 3H0M B; 1IM4 A; 9ICC A; 2RP5 A; 4C0Z A; 2HHT A; 3JPQ A; 1SV0 A; 5AIC A; 1NK9 A; 2OWO A; 4FZM A; 1LKY A; 4OO1 J; 5EE1 A; 5ALQ A; 1XNS A; 4Q8E A; 3KBB A; 4RPY A; 2QKQ A; 4IQU A; 3UXN A; 2AGQ A; 2XO7 A; 2W8L A; 1D9D A; 4GLX A; 5DGB A; 2YN4 A; 3UMG A; 4NL9 C; 1RDF A; 5L9X A; 4DL6 A; 5J2I A; 5KFP A; 4EX7 A; 4QZI A; 5K4L A; 1BVS A; 4KLU A; 4FFD A; 3RBD A; 3N97 B; 4TUR A; 2C2E A; 3WU2 U; 3M6K A; 3SI8 A; 1B43 A; 2UVV A; 4GXK A; 2JEG A; 1IXR A; 5F3X B; 3E0F A; 2EAP A; 1IG6 A; 1XO1 A; 2MRL A; 2G0A A; 7ICG A; 1IIP A; 1S0M A; 1TKD A; 9ICL A; 2KV2 A; 8ICS A; 4KLF A; 4JWM A; 3HW8 A; 2PI5 A; 4O3S A; 2HHU A; 3C29 A; 4ECU A; 3QYP A; 2HHS A; 5J0X A; 4I2F A; 2PKE A; 3RH4 A; 4DF4 A; 2HOF A; 4PHP A; 3F2B A; 1UT8 A; 2UVU A; 2KP7 A; 1Z3E B; 1S76 D; 4ELT A; 5J0S A; 2BKE A; 2W11 A; 1KSP A; 1UQV A; 2JRZ A; 2LBO A; 3MGI A; 5AKY A; 4FBU A; 1RQN A; 1ZET A; 8ICY A; 4RT3 A; 2PFO A; 1YZ7 A; 3MR5 A; 3RTV A; 5KG4 A; 2LKY A; 2G5H B; 2AU0 A; 2RDI A; 3OHA A; 3MDC A; 5ALP A; 7ICF A; 9ICR A; 1JI7 A; 1X9W A; 2GLE A; 4UAU A; 4Y2R A; 4BWJ A; 4DOB A; 3BQ0 A; 4F5P A; 2N1R A; 3H40 A; 1V9P A; 1SGG A; 4KX3 A; 2ZXI A; 1RYR A; 2F1H A; 9ICB A; 3EPI A; 5ALV A; 3TAD C; 2AGO A; 3DEE A; 1TFR A; 3K75 D; 2HMX A; 5C0Y A; 2ZTE A; 4RT2 A; 7ICV A; 1VLB A; 4YCX A; 4YR3 A; 4AP9 A; 2F44 A; 2KKP A; 4IL6 U; 5ALS A; 1WCL A; 2LM1 A; 1ZQM A; 5G5H A; 3UXP A; 5A0L A; 2C28 A; 5L1L A; 5L1K A; 3AM9 A; 3EPG A; 5KG1 A; 2F8L A; 2KMD A; 2W9C B; 3SQI A; 5IIO A; 2YQE A; 4XA5 A; 5ALY A; 2Y9U A; 4O3M A; 1ECW A; 2LYH A; 4Z6D A; 5DBB A; 4P0P A; 1NKC A; 4C8N A; 4UB5 A; 2EZZ A; 3KHL A; 2MUT B; 3GQC A; 2QB0 A; 2F8K A; 4NJ8 A; 5ALE A; 3QUT A; 2W3S A; 4UAZ A; 4MFF A; 5DQH A; 2AHO B; 4DFK A; 5CHG A; 1KEJ A; 4ICA A; 2ZUD A; 3Q8R B; 2Y1J A; 1ZQA A; 2HVI A; 2ZIV A; 5CR0 A; 5IIM A; 2OEH A; 5KFK A; 4J9R A; 2NRV A; 1UA0 A; 4I28 A; 1A77 A; 1ZRM A; 2W3R A; 1L5U A; 3OHB A; 2R8K A; 1ZQI A; 4IR9 A; 4LJX A; 4F93 B; 2NYV A; 2ZIX B; 3GIK A; 2ESE A; 4DSE A; 1L7N A; 2OHF A; 3KD3 A; 5DDY A; 2HDO A; 4QZG A; 4TUQ A; 4M9H A; 3AU6 A; 2VA8 A; 4ECW A; 3Q8S B; 8ICV A; 2ZTD A; 3T5K A; 3NAS A; 9ICO A; 2MSN A; 4UAW A; 3NVW A; 5KL8 B; 1X6I A; 4KLL A; 8ICM A; 5ALO A; 2W9A A; 1NZB A; 3GFK B; 3JPR A; 2A1J A; 2DQN B; 2KZZ A; 5TZV A; 3HJE A; 4BGD A; 4EEK A; 3V7L A; 4UAT A; 4KLS A; 1NOM A; 2K8A A; 2KZ3 A; 3C2M A; 3QU5 A; 1XSL A; 4PGQ A; 4DWI A; 3EW9 A; 3PW7 A; 2IHN A; 2JHD A; 1PVR A; 3TQ1 A; 4DSL A; 4F4W A; 1J2M A; 4PHD A; 3SD7 A; 4YMN A; 2BDU A; 2DKX A; 5EWE A; 2VKQ A; 2I1Q A; 4ED7 A; 2QAR A; 5D49 A; 1YT3 A; 2DGZ A; 1U45 A; 4TUS A; 5DG8 A; 2OYY A; 2PFQ A; 1RQL A; 4O0I A; 1N5X A; 2YX8 A; 1DK3 A; 3EWA A; 5AK3 A; 3JPT A; 4DFD A; 3PVX A; 3UMC A; 3LYS A; 4Y2S A; 2Z7J A; 8ICI A; 3PO5 A; 1OUQ A; 4YFK A; 1ZD4 A; 1SV0 C; 5DBA A; 2FMP A; 8ICX A; 1ZJM A; 3KHG A; 2DUY A; 4CF4 A; 2FMS A; 4TUP A; 4O3R A; 4U7C A; 9ICP A; 1ZQY A; 4Y2U A; 4ED6 A; 3G6X A; 5AI5 A; 4P0Q B; 2AH5 A; 3LWL A; 4K4H A; 3BS7 A; 2WF8 A; 3PY8 A; 4MF2 A; 3T3F A; 4QJF B; 4NLG A; 4EZ9 A; 4TQR A; 4DS5 A; 1ZQT A; 5AM5 A; 4NLC A; 3N7S C; 4RU9 A; 2V9W A; 1PZN A; 5IIN A; 3JPP A; 2K4I A; 1XS9 D; 3H4D A; 5AKH A; 2G5I B; 4Y2J A; 2OH2 A; 4EZ6 A; 1Q46 A; 4NM1 A; 3NTU A; 4G9B A; 4Q43 A; 3M8S A; 3EZ5 A; 9ICU A; 4KLQ A; 3ZDE A; 2K60 A; 2WFA A; 3OJS A; 1SKS A; 2P35 A; 2XIC A; 5J2C A; 4DL4 A; 4LZG A; 3BQ1 A; 4F91 B; 4UAS A; 1S0O A; 2BQU A; 1T94 A; 2HHW A; 4PJ0 U; 4YD1 A; 4RUA A; 9ICH A; 3F2C A; 4M6W B; 1QH9 A; 3M6Z A; 8ICO A; 3RH5 A; 3KFU F; 1L3S A; 1JN3 A; 4QNL A; 4ECX A; 4QZ9 A; 4NLZ A; 4KN7 A; 2CN1 A; 4EEL A; 1ZQX A; 5F9N A; 2AGP A; 1D8Y A; 5KFN A; 1D8L A; 1NK5 A; 1Q8K A; 4M47 A; 1U47 A; 3GV7 B; 2ALZ A; 1U48 A; 5KFL A; 2LPE A; 7ICS A; 2FLL A; 4B9M A; 3ZDA A; 5EWF A; 5KT6 A; 3F5A A; 3GV5 B; 9ICE A; 4I27 A; 5J8Y A; 9ICI A; 2VAN A; 2ZIU B; 3D2S A; 9ICK A; 5AIA A; 4EEN A; 4JV2 A; 2LHT A; 2XVT A; 2IOH A; 2KSO B; 1TVA A; 1U9L A; 3SV3 A; 5KG5 A; 2GH1 A; 3BS5 B; 5DLG A; 3S6J A; 2FPK A; 3H7I A; 2CRX A; 5J0W A; 4YN4 A; 4FS2 A; 4P4O A; 3QUC A; 7ICP A; 3M1Y A; 5KFX A; 2BCS A; 5HHI A; 2M0N A; 3RAX A; 3T5L A; 1IV8 A; 2NRX A; 4RQ8 A; 3LDA A; 4UW9 A; 1VDV A; 5ALT A; 1K5O A; 3IM1 A; 1MA7 A; 7ICO A; 3MR3 A; 4UB2 A; 4DQI A; 5KFV A; 1A76 A; 4XRH A; 1NK0 A; 4B9V A; 1O08 A; 1NJX A; 1ZQG A; 4YR0 A; 3MAB A; 4NM2 A; 3EUB 2; 4ECQ A; 1Z00 A; 1BPD A; 5ALF A; 4R8U B; 2R8I A; 2E8N A; 1DXS A; 2W7O A; 1DK2 A; 5DGA A; 7ICL A; 4DSF A; 1RM6 C; 4M9J A; 4IC9 A; 2R8G A; 1ZQO A; 5J0Q A; 2C22 A; 1S0N A; 8ICK A; 4XQ8 A; 4NXZ A; 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3MGH A; 5J0O A; 2W9B B; 4B9S A; 4NLK A; 5HR7 A; 3VC8 A; 2XI9 A; 3Q8M A; 2LMR A; 5KT3 A; 2P6R A; 5KFJ A; 3MFH A; 1N63 A; 1ZQB A; 3QU4 A; 4IQV A; 1PK1 A; 4C7Z A; 2FE9 A; 4DL7 A; 3IV6 A; 4Y2T A; 4DQR A; 2HVH A; 2XCP A; 4G3I A; 1L7P A; 3AN1 A; 4DSI A; 2JMG A; 5J2F A; 4PGY A; 1RYU A; 1S0V A; 3PSI A; 4A8E A; 1XSN A; 4F8R A; 3UPQ A; 4DQS A; 1TAU A; 2KVS A; 3PV8 A; 4QZH A; 4P0P B; 2YMP A; 4F2S A; 4YR2 A; 3GV8 B; 2QB0 B; 4DFP A; 1KQQ A; 5BPC A; 2RHF A; 5ALG A; 2JEJ A; 4EBD A; 3K1R B; 1U4B A; 1V38 A; 4RQ4 A; 3PMN A; 3WK5 A; 5KFH A; 2KK0 A; 4B6J A; 5DB9 A; 8ICF A; 8ICZ A; 2EAN A; 3ICX A; 3MFI A; 3Q8L A; 3RBE A; 2HW3 A; 3WKA A; 4XUS A; 7ICE A; 3DV9 A; 4WJ3 B; 4O5E A; 1HEK A; 5AI8 A; 1CEZ A; 3PX0 A; 5J8Y C; 5AI0 A; 1QLN A; 5JU5 A; 1QCK A; 3BDP A; 3B0X A; 1FEZ A; 5KFY A; 3TKA A; 1JMS A; 3WK9 A; 3TFR A; 3RF9 A; 4ACO A; 1ZXI A; 5KFW A; 4EX6 A; 3PZP A; 4JMU A; 4O3N A; 3F5E A; 3QU7 A; 3V6J A; 2OCE A; 4IQW A; 2KIW A; 5KG2 A; 4Z6C A; 1C7Y A; 1N2X A; 1SWV A; 3PW2 A; 5KFO A; 5AKG A; 4M04 A; 4O3Q A; 1PVP A; 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