The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
118
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structure length |
118
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Chain Sequence |
KSVQEKRNNTRAFKTVAKSWFATKTTWSEDYQRSVWTRLETYLFPDIGNKDIAELDTGDLLVPIKKIEKLGYLEIAMRVKQYATAIMRYAVQQKMIRFNPAYDLEGAVQKLEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
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| molecule keywords |
Integrase
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| publication title |
NMR structure of IntB phage-integrase-like protein fragment 90-199 from Erwinia carotova subsp. atroseptica
rcsb |
| source organism |
Pectobacterium atrosepticum
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| total genus |
35
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| structure length |
118
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| sequence length |
118
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-05-25 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CRX A; 2OXO A; 2KOB A; 1A0P A; 1KBU A; 1OUQ A; 1P7D A; 2KJ8 A; 2A3V A; 2KEY A; 1Q3U A; 1NZB A; 3LYS A; 2KJ9 A; 3C28 A; 1Z19 A; 2HOF A; 1Z1B A; 2KKV A; 4ACO A; 2KIW A; 1PVP A; 1XNS A; 1Q3V A; 1PVR A; 2KHQ A; 1F44 A; 4A8E A; 2HOI A; 3MGV A; 4CRX A; 2KJ5 A; 1CRX A; 1DRG A; 3C29 A; 1PVQ A; 2CRX A; 2KD1 A; 5CRX A; 1MA7 A; 1XO0 A; 3NRW A; 2KKP A; 2KHV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4Z6C A; 1L3V A; 2ZG6 A; 4I2C A; 2WAQ F; 3N7P D; 3RF9 A; 4M6W A; 5ALY A; 5J2G A; 4DQS A; 1U9L A; 1ZQJ A; 2VA3 A; 3Q8L A; 3H0L B; 5DKW A; 2Y1I A; 4UAW A; 5J2I A; 5AI0 A; 2V4R A; 2HMX A; 4RUC A; 2RRD A; 2ZTE A; 5C0Y A; 4RQ4 A; 1U4B A; 2KE7 A; 4M6W B; 4C8M A; 2FLN A; 4E0D A; 2W9B A; 1HEK A; 4O9M A; 3MR6 A; 2AQ4 A; 1HUO A; 2XO7 A; 4NV0 A; 2J6U A; 4EZ6 A; 2K4I A; 5F9L A; 2F1J A; 5KFO A; 4C8O A; 2JXJ A; 2KZ3 A; 4NLZ A; 5HHI A; 2MUT A; 1T8E A; 3ISB A; 5J8Y A; 2HOQ A; 2BQR A; 1UA0 A; 2PI4 A; 1S76 D; 3KTQ A; 5ALQ A; 2HHU A; 2W9B B; 4ECS A; 4ECZ A; 5KFX A; 3ALR A; 2NRT A; 3NTU A; 4UBC A; 2F1H A; 1VJ5 A; 5AKE A; 3BQ2 A; 4DSF A; 5J0Q A; 3ETL A; 9ICT A; 2ZUB A; 1NZB A; 1JRO A; 2OYY A; 4IC9 A; 2MUT B; 5CJ7 A; 2MRL A; 4UAR A; 2HVI A; 2XY5 A; 2G5H B; 2YMM A; 1TK8 A; 2OM6 A; 2H5X A; 4KLH A; 4FBT A; 2RLT A; 3RJJ A; 4EBD A; 5CRX A; 1UPH A; 5AIB A; 3RJE A; 1JIH A; 2P35 A; 3MC1 A; 2A1J B; 2DPI A; 4QZA A; 2OEH A; 3DEE A; 2HBJ A; 5EE0 A; 4EBE A; 1FIQ A; 2I1Q A; 2KVS A; 4Y2U A; 2LKY A; 5J2E A; 4OCZ A; 2DPJ A; 3FM9 A; 1L8L A; 3JPQ A; 2R8G A; 2FJ6 A; 4DWI A; 2PMZ C; 2WF9 A; 4G9B A; 2NRZ A; 5DGB A; 4PGY A; 1KN5 A; 4C4T A; 1Z19 A; 3S6J A; 1L7N A; 2RP5 A; 1DXS A; 5GTH U; 3ZDA A; 3TQ1 A; 5ALX A; 2XY7 A; 1V38 A; 1PVQ A; 1PUZ A; 4YXM A; 4J9O A; 1K1Q A; 1MA7 A; 2NRW A; 3HW8 A; 2E8N A; 4UB6 U; 4DL3 A; 4TQS A; 1TK0 A; 1DGS A; 5D46 A; 4RU9 A; 7ICV A; 2HBK A; 5ALK A; 3PW2 A; 2I5H A; 3SYZ A; 3RB0 A; 4DFP A; 3GFK B; 3RBE A; 4TUS A; 1HUZ A; 4DFM A; 2GH1 A; 5KFA A; 2BR0 A; 4R8U B; 4QIW F; 5G5H A; 2B21 A; 1ZQY A; 5KT7 A; 1X66 A; 3MDA A; 1OUQ A; 3M6Z A; 4LJX A; 4R63 A; 5AKY A; 5KFT A; 7ICN A; 1ARO P; 5CWR A; 5ALW A; 5EWG A; 4R64 A; 1D8B A; 1U47 A; 1NZP A; 5KFL A; 1VDV A; 4DFK A; 3MR2 A; 2WB1 F; 3MFI A; 3RB3 A; 4B9T A; 1KDH A; 2Z7J A; 8ICX A; 4YR2 A; 2I6X A; 3M9N B; 4UAV A; 1MQ2 A; 1D9D A; 1YT3 A; 9ICO A; 4PPX A; 3ETR A; 2V4Q A; 1ZQE A; 3SQI A; 1ZQQ A; 4KX3 A; 4Y2P A; 3GII A; 3AU6 A; 2RHF A; 1ZQA A; 9ICA A; 2JR5 A; 4YMO A; 3PX6 A; 3EW9 A; 4XRH A; 2H3Q A; 1QQ6 A; 2W9C A; 3QU2 A; 3PY8 A; 1CUK A; 1NI3 A; 9ICS A; 4CF5 A; 2JRZ A; 1P7D A; 2ZIV A; 4P4O A; 4GXJ A; 3KFU F; 4C0Z A; 5KFM A; 3M9O B; 2K8B B; 2H3V A; 3R9K A; 4C4S A; 2B6G A; 2AJQ A; 5AKJ A; 2BCS A; 4QWB A; 4BJQ A; 3Q8P B; 3SEN A; 9ICN A; 2B0C A; 2E1F A; 2F44 A; 3FC4 A; 1HIW A; 2W9C B; 4FO6 A; 4J9K A; 1T94 A; 2BCU A; 1ZQH A; 1SIJ A; 3F5A A; 4OJL A; 2ZIV B; 5AKK A; 3T3F A; 2KG5 A; 1ZQM A; 2M0N A; 1COO A; 4ECX A; 3U26 A; 4IQW A; 4Y2Q A; 4Y2X A; 3QU4 A; 3ZD9 A; 3PR4 A; 4R65 A; 4BDP A; 2LI6 A; 4PGQ A; 3SEI A; 1YZ7 A; 4KIT B; 5KFU A; 2KIV A; 8ICP A; 9ICQ A; 2BDP A; 3VCB A; 2HW3 A; 3HPO A; 1ZJM A; 1ZQS A; 4PHE A; 1QLN A; 3K1Z A; 5KL1 B; 1BNO A; 5J0W A; 3PST A; 3QEA Z; 3TAC B; 3O0F A; 3K75 D; 4UB8 U; 1KKX A; 5DDM A; 1WUD A; 2FPM A; 4IS7 A; 4PL2 A; 3NRW A; 5J0X A; 2LYH A; 5C5J A; 4QZI A; 4PJ0 U; 4O3R A; 2PXI A; 1S0O A; 3F2C A; 4JWN A; 3LWM A; 1K1S A; 1SGG A; 2NV3 A; 4MFC A; 1A6S A; 1HJP A; 3OHB A; 4M0A A; 2NO4 A; 4LVS A; 2BCV A; 1L7M A; 3N7R C; 4F91 B; 4QZE A; 4KLS A; 3CRX A; 3JPP A; 2D6F C; 4PHD A; 5CHG A; 1ZRM A; 5L1K A; 3V7J A; 5DB7 A; 2C22 A; 4BWM A; 2UVU A; 4UW9 A; 4PZO A; 1X6I A; 2RDI A; 2RDJ A; 2YTU A; 4Z6F A; 3PO5 A; 3WK8 A; 3D6J A; 2WF8 A; 4O3P A; 3LVW A; 4DF4 A; 3PVX A; 3GIL A; 4C4R A; 8ICF A; 4F4Y A; 1ZD5 A; 2QB0 A; 1X9S A; 5J2H A; 2LPE A; 1IV8 A; 4B9S A; 3F2D A; 4O5E A; 1Z4O A; 2QKQ A; 4J9S A; 4F2R A; 2DQN B; 3RFA A; 3A0B U; 2MSN A; 4ED6 A; 4QZ8 A; 4M9J A; 5KG4 A; 2ZUC A; 3LK9 A; 3BQT A; 3V7L A; 2PFP A; 4KTQ A; 2WTF A; 5ALV A; 3F2B A; 7ICM A; 3PNC A; 3N4M B; 2QB0 B; 1T3Q A; 2HOI A; 9ICW A; 3NGD A; 2JEF A; 2W7O A; 4KLJ A; 4ECT A; 4O3S A; 5J0P A; 1LVH A; 3RRH A; 2CPR A; 2C28 A; 4KLT A; 2DGZ A; 2K4E A; 4TUQ A; 1XC9 A; 5EWE A; 4RQ5 A; 3L3F X; 4KLE A; 3MFH A; 8ICU A; 4K4H A; 2KN7 A; 1LKY A; 3KD3 A; 4UAY A; 4YD1 A; 1S5L U; 4K4G A; 1DOQ A; 2WAQ C; 1XO0 A; 1BPY A; 2W55 A; 2HVH A; 1OW5 A; 3ISC A; 2P6R A; 2VA8 A; 3UMC A; 4DF8 A; 3ZDD A; 2OWO A; 4F5N A; 4NJ8 A; 1NK0 A; 4F92 B; 3PSF A; 3T79 A; 4KX5 A; 4YVZ A; 4QZF A; 2KFN A; 4QZB A; 3QX7 A; 3LWL A; 2FDR A; 5JTI A; 4WJ3 B; 4M2Y A; 1IG6 A; 2E8O A; 3FYH A; 2K8A A; 1B4F A; 2W04 A; 1L7O A; 2LMR A; 4IR9 A; 4GC6 A; 4FS2 A; 4PGX A; 1RYU A; 4CF3 A; 8ICV A; 1X9X A; 2YML A; 3AU2 A; 4ECY A; 1RDF A; 2D3D A; 4GXI A; 5KFH A; 4UB3 A; 4O5K A; 8ICG A; 4HYK A; 3L5K A; 4O3O A; 5EE1 A; 3PV8 A; 2R18 A; 3MAB A; 8ICL A; 5ALO A; 5L9X A; 4I28 A; 3JPN A; 4KLL A; 4ZOH C; 4RQ8 A; 2UVW A; 2K60 A; 2IOF A; 2I9G A; 4Q43 A; 5L1J A; 4F3O A; 2PKE A; 2GOL A; 2A19 A; 4QWC A; 1T7P A; 5DBB A; 3RAQ A; 3OHA A; 5L1M A; 5CB1 A; 3H8W A; 1ZQR A; 1JMS A; 2FMS A; 4I2F A; 4IQT A; 1NK9 A; 9ICP A; 2KHQ A; 4F5Q A; 3RH6 A; 4DS5 A; 3UQ2 A; 2E8M A; 3BZC A; 4YXJ A; 5ALT A; 5AM4 A; 3UXO A; 1DK2 A; 1MQ3 A; 5KFY A; 1ZQP A; 2G06 A; 5KG7 A; 1ZJN A; 2QB1 A; 4O3M A; 2KVC A; 5J2D A; 1RYR A; 2AGQ A; 2FE9 A; 2ZJA A; 4YN4 A; 2XCP A; 1F44 A; 2GWS A; 1X42 A; 3KHG A; 3BQ1 A; 3EPG A; 3B9J A; 7ICF A; 8ICK A; 4UAZ A; 2PFN A; 2ZXI A; 2C2D A; 5KFR A; 3SZ2 A; 5AIA A; 3SAH A; 4GXK A; 1IM4 A; 4BXO A; 2BPG A; 3Q8Q B; 1H38 A; 4LZG A; 3WKC A; 4IRD A; 2XC9 A; 3V72 A; 7ICR A; 1BPZ A; 4IL6 U; 1SV4 A; 2Q4T A; 2D8C A; 5AM0 A; 2DF4 B; 5J0Y A; 1Q3V A; 3Q8S B; 1BNP A; 2E8P A; 8ICC A; 4JMU A; 4RQN A; 1XU4 A; 7ICL A; 2KOB A; 3H8S A; 3WU2 U; 4BXO B; 5KFF A; 3Q8K A; 3MR5 A; 2FLL A; 5L1L A; 4G3I A; 3ZD8 A; 1QQ5 A; 3OSN A; 1TK5 A; 4MFA A; 2G07 A; 2KMD A; 5AI6 A; 3GIJ A; 9ICI A; 5KFI A; 1NK8 A; 4YQW A; 3AMZ A; 4RQ3 A; 4RUA A; 3D2Q A; 2UVR A; 3RRG A; 9ICU A; 3AEV A; 4Y2T A; 1KRP A; 2XY6 A; 2KK0 A; 1XSN A; 3V6J A; 1ZOL A; 2WF7 A; 2ISP A; 5HP4 A; 2DWQ A; 5CR0 A; 2A1J A; 2KEY A; 3V7K A; 4KN4 A; 1JX4 A; 3LYS A; 4MF8 A; 3D2S A; 4ACO A; 2Y1J A; 1L6N A; 8ICH A; 1S9F A; 2G08 A; 3HKZ F; 3C23 A; 1L3S A; 5KT2 A; 1C7Y A; 4YP3 A; 2NYV A; 4MEY A; 4PHP A; 4J9L A; 1Q8K A; 4AYB C; 4EEN A; 4Y2R A; 4U7C A; 4DL6 A; 4QWE A; 1KFS A; 4M9N A; 1U45 A; 2Y9T A; 4ED0 A; 1N56 A; 3TAD A; 5EOZ A; 2NRV A; 2DUY A; 3QXG A; 1N62 A; 2W3R A; 4DO9 A; 3PSP A; 3I28 A; 4C8N A; 2PI5 A; 1SL1 A; 4NL9 A; 5CP2 A; 1N60 A; 4YG2 A; 5AKX A; 2HHS A; 3GV7 B; 3PML A; 2JMG A; 5J2B A; 3QUB A; 3H0R B; 5DBC A; 1KL9 A; 4P4M A; 4KLF A; 3GQC A; 3ICX A; 1KSP A; 1A77 A; 4F5P A; 4UB2 A; 3WKB A; 2FPK A; 1KFT A; 2OHF A; 1S10 A; 1X9M A; 3C21 A; 3B0Y A; 5J2F A; 2LYB A; 3WK4 A; 4KLG A; 2HI0 A; 4ED7 A; 5HNK A; 4YMM A; 4J9P A; 1TAQ A; 4R8U A; 4CE6 A; 4DFD A; 1J2N A; 1TVA A; 5DB9 A; 5AK5 A; 2J6S A; 4ELT A; 4ECU A; 3E0F A; 3EUB 2; 1SXE A; 2MA1 A; 1COK A; 2EDU A; 1L8O A; 3F5E A; 5DB8 A; 2GO7 A; 4KLU A; 2JEI A; 3JPO A; 4EYH B; 4CDG A; 2BQ3 A; 5IIM A; 1RXV A; 4Z6E A; 1S0V A; 3NRZ A; 2H3Z A; 3E58 A; 5JRT A; 2XIC A; 3PZP A; 5KT5 A; 2KTQ A; 4ECV A; 2KSO B; 5ALH A; 1X2I A; 3F53 A; 2ASL A; 2AHO B; 2F76 X; 2W43 A; 3C5G A; 5KFN A; 1ZQO A; 3NVW A; 8ICA A; 1ZQZ A; 4I29 A; 1RQN A; 7ICP A; 2YMQ A; 2YB4 A; 4NM2 A; 2R8I A; 3BZK A; 4Y2S A; 1M6Y A; 7ICH A; 2WHE A; 4KLD A; 2KJ9 A; 3N28 A; 4FBU A; 3HP6 A; 5GTI U; 1L5U A; 4P4P A; 2KP7 A; 2HHV A; 5CEH A; 2IOF K; 4Y2V A; 5CA7 A; 4GLX A; 3EWA A; 3HIL A; 3ZI4 A; 2DBY A; 2LBO A; 2F1I A; 3QU5 A; 3BJY A; 3UPQ A; 4Y2Y A; 4ECW A; 2ALZ A; 3H8M A; 4UB1 A; 5HR6 A; 2HHX A; 1XO1 A; 5ALD A; 2YY6 A; 1KEJ A; 3WKA A; 5KG2 A; 3JPR A; 2KJ5 A; 2N1R A; 5DG7 A; 1ZD2 P; 2HCF A; 3G6V A; 1T3N A; 5ALI A; 5AKI A; 4Z6D A; 2HHW A; 2LHT A; 2IOH A; 1V97 A; 4UB5 A; 9ICC A; 4YCX A; 2EH9 A; 2MU2 A; 2W8K A; 3WK7 A; 4CCH A; 2F8L A; 4O5C A; 1Y88 A; 2JV3 A; 3GIK A; 4CRX A; 4OD0 A; 1O08 A; 5ALE A; 1VLB A; 2CRX A; 4B6J A; 9ICX A; 4RZR A; 2EZZ A; 1SWW A; 4Y2J A; 4DSI A; 3T5J A; 3IV6 A; 1L3U A; 2ISO A; 2WF6 A; 4GIB A; 4KLI A; 1DRG A; 4YMN A; 1NK4 A; 5KFZ A; 4QZD A; 3RJK A; 5K4L A; 1N61 A; 3TFS A; 3QZ8 A; 3HWT A; 3OJU A; 5DQI A; 2XI9 A; 2ZXH A; 4XA5 A; 2A3V A; 3E2E A; 3K1R B; 3NS1 A; 5EE9 A; 2W54 A; 5BPC A; 2YMP A; 1D9F A; 4I2D A; 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2G0A A; 4C8L A; 3RJF A; 2BHN A; 5ALG A; 2QLT A; 4DOA A; 1FFV A; 1Z1V A; 3IRU A; 3CYM A; 3NUQ A; 3RH4 A; 5J0R A; 2KD1 A; 4RQM A; 5FP0 A; 2LYA A; 4QJF B; 2HHT A; 1RPL A; 3AL0 B; 3HX0 A; 5D4B A; 5B5E U; 4RT2 A; 1QSS A; 1QQ7 A; 4KN7 A; 4J9R A; 2M9N A; 5AI5 A; 5HHH A; 3RBD A; 2DL0 A; 3C1Y A; 3DDH A; 4MHV A; 5AKL A; 5IIN A; 1N5X A; 2F8K A; 4F4K A; 1ZQT A; 3KKA A; 2GLE A; 4RPZ A; 8ICT A; 5KFQ A; 4RT3 A; 2JH7 A; 1SV0 A; 3SV4 A; 2BCQ A; 3WK9 A; 2ZUD A; 1Z3E B; 4RQ6 A; 4M9H A; 4NY8 A; 4MFF A; 3NVV A; 1F5S A; 3QUT A; 4EX6 A; 5KFK A; 1XSP A; 8ICM A; 4I2J A; 3MGH A; 3D2N A; 3PW4 A; 3H4B A; 3ISD A; 4P0P A; 5ALJ A; 1KLN A; 3GV8 B; 2K4P A; 1WCL A; 3G6Y A; 5J8Y C; 1WYG A; 3OPX A; 4P2H A; 5AK6 A; 1O03 A; 4CGZ A; 4YR3 A; 4OJP A; 4QZC A; 4US8 A; 9ICK A; 4RNM A; 4ED2 A; 4P0P B; 4KMO B; 1B43 A; 1NK6 A; 4J9N A; 9ICF A; 1A0P A; 4DOC A; 3C2K A; 5III A; 5KAI U; 2ZTC A; 5ALL A; 2HBM A; 5ALS A; 1MC8 A; 4ICA A; 4RQ2 A; 3I1Y A; 3GIM A; 3M8S A; 4FZL A; 1ZQ1 C; 5KFB A; 5J0U A; 3UM9 A; 3MBY A; 9ICV A; 3WK5 A; 4DCC A; 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