The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
107
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structure length |
107
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Chain Sequence |
RADEQAFLVALYKYMKERKTPIERIPYLGFKQINLWTMFQAAQKLGGYETITARRQWKHIYDELGGNPGSTSAATCTRRHYERLILPYERFIKGEEDKPLPPIKPRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| molecule keywords |
MODULATOR RECOGNITION FACTOR 2
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| publication title |
HUMAN MRF-2 DOMAIN, NMR, 11 STRUCTURES
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
33
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| structure length |
107
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| sequence length |
107
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-04-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01388 | ARID | ARID/BRIGHT DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | ARID DNA-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EQY A; 1KQQ A; 5CEH A; 5K4L A; 2LM1 A; 2LI6 A; 1RYU A; 1C20 A; 2YQE A; 1KKX A; 2KK0 A; 1IG6 A; 4LJX A; 2JRZ A; 2OEH A; 2CXY A; 1KN5 A; 2RQ5 A; 2EH9 A; 2JXJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KLU A; 2JGA A; 3QUB A; 2YB4 A; 1D8B A; 8ICB A; 5ALO A; 2WF6 A; 3KHL A; 4RPY A; 4I2B A; 4DS5 A; 4MF2 A; 1OUQ A; 2A3V A; 3F5E A; 9ICF A; 3H4B A; 1NZB A; 1O08 A; 2OWO A; 5J2G A; 1SV4 A; 8ICF A; 9ICH A; 4RQ8 A; 4KLF A; 3NVY A; 2UVU A; 3AEV A; 2ZUB A; 5ALK A; 5KAI U; 1SZH A; 3KD3 A; 4OCZ A; 2P6U A; 2JEF A; 3T5J A; 3E2E A; 3QEA Z; 1TV9 A; 5GTI U; 3GIL A; 1Z3E B; 4ECV A; 5KFR A; 1HEK A; 2VAN A; 3GV5 B; 4Z6D A; 2AU0 A; 4PHP A; 1VLB A; 5KFD A; 5EWF A; 4FS1 A; 4ECY A; 1K1S A; 4EBE A; 5AI6 A; 5J2A A; 2KMD A; 4YQW A; 3SD7 A; 4GXJ A; 3IN5 A; 4QIW C; 5ALS A; 3RBD A; 3GIJ A; 1ZD3 A; 5J29 A; 3SZ2 A; 1X42 A; 2JHD A; 2K4P A; 5KFK A; 2E8M A; 4CNQ A; 2LM4 A; 2KOB A; 4DFK A; 4BGD A; 2P35 A; 1RG6 A; 4O5K A; 2KVC A; 1A0P A; 2CXY A; 1OW5 A; 4M9H A; 1NK8 A; 5HR7 A; 2K8A A; 2KP7 A; 4NV0 A; 2OCE A; 2W9B A; 1XWL A; 3JPR A; 2EZX A; 2WHE A; 1TK0 A; 1JRO A; 4DSJ A; 1SGG A; 1JAL A; 5EWE A; 4DL3 A; 2EAP A; 1SV0 A; 3GII A; 2G08 A; 8ICC A; 4DF8 A; 3WU2 U; 2O6K A; 2WF9 A; 1BPD A; 4I2I A; 2FMS A; 5DG8 A; 2IOF K; 3N7S C; 4QNL A; 2I9G A; 4ECQ A; 9ICP A; 1JN3 A; 3WK8 A; 4RQ2 A; 3Q8K A; 4ECR A; 3AQE A; 1UT5 A; 4M9L A; 2MUT A; 3GV8 B; 5AKY A; 3NTU A; 2F3N A; 2W04 A; 5G5G A; 3T5L A; 1ZQS A; 5KFH A; 3JPO A; 4NLZ A; 1S77 D; 4G3I A; 1ZRN A; 3RAX A; 3V6H A; 4JB3 A; 5KFM A; 2PFQ A; 3RFA A; 4KLQ A; 4F3O A; 5J2K A; 5L1M A; 1PK1 B; 2ASD A; 4DO9 A; 4OJ6 A; 8ICZ A; 1Q3V A; 5KTQ A; 2K4I A; 1ZQE A; 1TVA A; 5DG7 A; 4QZH A; 2PXI A; 3IV6 A; 1ZQQ A; 4PL2 A; 2XY5 A; 1S9F A; 3ICX A; 1ZQB A; 2ATL A; 2QB0 A; 3EPG A; 3ZDC A; 4O3N A; 2F8L A; 2GOL A; 3HJE A; 4RQN A; 2W7P A; 1KFT A; 2EAN A; 5ALT A; 8ICN A; 2I6X A; 2C2D A; 1ZQV A; 2KSO A; 4I29 A; 2YTU A; 4RQM A; 3KHR A; 9ICO A; 4AYB F; 3TAQ A; 5ALF A; 4EEL A; 4QZE A; 4BUG A; 3RH6 A; 3MDC A; 3Q8Q B; 4ELV A; 4MF8 A; 3KHG A; 4EYH B; 2ZIW A; 2BGW A; 3ISB A; 4B9S A; 3TAD A; 1IXR A; 5AKZ A; 2B21 A; 4NM2 A; 1KBU A; 3JPN A; 4B9V A; 9ICK A; 4RT2 A; 5J0Q A; 4M04 A; 2QB1 A; 3BQ1 A; 4QZA A; 5AKK A; 2DL0 A; 5DGB A; 5AKE A; 3L5K A; 4DQS A; 2I5H A; 3H8M A; 1T3N A; 1HJP A; 3QU9 A; 2XCP A; 2W54 A; 2XY7 A; 3RB6 A; 4M47 A; 3C29 A; 4IQV A; 4ECT A; 1XU4 A; 3FAH A; 1NK0 A; 2E8P A; 5AM2 A; 1ZQJ A; 4C8O A; 3EWA A; 1V9P A; 4Y2J A; 4J9O A; 1DOQ A; 5HR6 A; 3IG8 A; 4J03 A; 4OJ5 A; 4ECW A; 1NK9 A; 3D2N A; 3PR5 B; 3PV8 A; 3PO5 A; 4M0A A; 3SAH A; 2XGQ A; 3TAR A; 2YQE A; 8ICT A; 4I2F A; 3BS5 A; 4IR1 A; 4CGZ A; 1NNL A; 1YZ6 A; 2IBK A; 2OM6 A; 1RXW A; 2Q4T A; 2K4H A; 2AJQ A; 1RZT A; 5DQH A; 5HNK A; 1SIJ A; 4UAS A; 2JZB B; 2KHQ A; 2LYA A; 5AI9 A; 5J2B A; 4DS4 A; 1KL9 A; 2NRV A; 2H3F A; 1Z1B A; 3RRG A; 1XSN A; 4DLG A; 2R8J A; 5KG6 A; 3QU4 A; 4EEY A; 2AHO B; 3ONN A; 4RNN A; 3HW8 A; 3NAS A; 4O3Q A; 2RQ5 A; 3AU2 A; 1L6N A; 3OTQ A; 4QW8 A; 1GO3 F; 1NK4 A; 1TE2 A; 1KLN A; 4DFP A; 1ZD2 P; 1J2N A; 3OGU A; 3RJK A; 1C20 A; 4J9L A; 2BZF A; 2HHW A; 1DK2 A; 3B0Y A; 3C28 A; 1ZQU A; 5KFC A; 1COO A; 2RLT A; 4DOA A; 4R8U B; 4UW9 A; 4J9S A; 3GIK A; 4NWI A; 7ICQ A; 1ZYQ A; 4TQR A; 2F76 X; 1N5X A; 3RJG A; 2Y9T A; 5AM3 A; 3JPQ A; 4DLE A; 5CEH A; 2BQU A; 5J0P A; 2W03 A; 3PO4 A; 1XO0 A; 4NM1 A; 3CP8 A; 3LWL A; 4IL6 U; 4RUC A; 5EE9 A; 5DBA A; 1N60 A; 9ICJ A; 3G6Y A; 4JV0 A; 4UAU A; 4ECU A; 5EE0 A; 9ICT A; 4QW9 A; 1ZQW A; 4K4I A; 4EZ6 A; 9ICG A; 1ZQX A; 5G5H A; 2XY6 A; 2XI9 A; 4YR0 A; 2NRX A; 4EX6 A; 2GWS A; 1KKX A; 5ALV A; 3HT3 A; 5DBC A; 1FEZ A; 4O9M A; 2BQ3 A; 3RB0 A; 5KFG A; 1U45 A; 4TQS A; 3KFU F; 3RR7 A; 4M2Y A; 4QZB A; 1TKD A; 1RYU A; 2ZTE A; 3MFI A; 2JEG A; 3AU6 A; 4PZO A; 5KAF U; 2ZTD A; 3CW2 C; 4F93 B; 5AM0 A; 1JXL A; 5F9N A; 5B5E U; 4GIB A; 1TK8 A; 9ICL A; 4ED8 A; 2KZZ A; 2F8K A; 1WG8 A; 1SV0 C; 1X9M A; 2CN1 A; 4ED3 A; 2EZY A; 2BPG A; 4Y2U A; 2JXJ A; 4ZOH C; 2HBK A; 1ZXI A; 2QAR B; 3PY8 A; 4Y2V A; 4PGQ A; 2HOI A; 2FMP A; 4C7Y A; 1DXS A; 4FE3 A; 3CNH A; 5J2I A; 1S97 A; 3PZP A; 3T5K A; 3SQI A; 4WJ3 B; 4MEY A; 2C28 A; 4DQP A; 4UB5 A; 1KSP A; 3EUB 2; 4I2D A; 4QIW F; 3ED5 A; 3GDX A; 4YFK A; 2EZZ A; 5A0L A; 1A76 A; 3UM9 A; 4DQI A; 4XRH A; 3SAF A; 5ALP A; 3UQ0 A; 2JMG A; 3SEN A; 5J0O A; 1K5O A; 4ED7 A; 5CP2 A; 3QU7 A; 2Z7J A; 2YMQ A; 4UQG A; 5BOM A; 1U49 A; 4Q45 A; 2YML A; 3FYH A; 3GU3 A; 5JUM A; 5D46 A; 2PI5 A; 2PFO A; 3AMZ A; 2ALZ A; 1PVR A; 4KLH A; 5III A; 5KG0 A; 2NYV A; 2P66 A; 2IOH A; 3DV9 A; 3QU5 A; 4QJF B; 4CDG A; 3C5F A; 1L5U A; 3GQC A; 3RH4 A; 5AK3 A; 5KFT A; 3M9O B; 3UQ2 A; 1F0M A; 4QZC A; 2VKQ A; 4P4O A; 5DB9 A; 2W7O A; 5B66 U; 2PKE A; 4F5O A; 4DSF A; 2W3R A; 4O5C A; 5KFB A; 1ZQI A; 4DEZ A; 3WK9 A; 5DB8 A; 5TIS U; 5KFU A; 2GH1 A; 2C22 A; 3Q8S B; 1ZQL A; 4F5R A; 5J8Y C; 4DFJ A; 4ED2 A; 4F4Z A; 1UHU A; 4QWB A; 2HBL A; 2R8G A; 2FJ6 A; 4US8 A; 3H0M B; 5KG5 A; 1ZQM A; 4YXJ A; 2KFN A; 3OHB A; 4DSE A; 4Y2Y A; 2BDU A; 4F91 B; 1BPE A; 8ICH A; 3SAG A; 1B43 A; 5AKL A; 4NL9 A; 4F71 A; 4O0I A; 3RF9 A; 1CRX A; 1WCN A; 4UB2 A; 1WWV A; 5KFY A; 2K4E A; 2JV3 A; 1ZJN A; 3UMC A; 2XGP A; 9ICW A; 4P0P A; 1KQQ A; 1X9W A; 3OHA A; 4ZH4 A; 4JK1 A; 1UA0 A; 5J2F A; 2BCV A; 9ICI A; 4RQ5 A; 2ODG A; 4BXO A; 2Y1I A; 2XIC A; 3SYZ A; 1L7M A; 3FM9 A; 2HBM A; 1V38 A; 3BQ0 A; 2Y0S C; 4OJO A; 1UT8 A; 2DFL A; 4NLG A; 2HHS A; 1VDV A; 1SL1 A; 1NJY A; 4U7C A; 4UB4 A; 3MDA A; 3QZ7 A; 5DLG A; 1Z1V A; 8ICR A; 1QSL A; 1IIP A; 9ICC A; 2PMZ C; 3LVV A; 3M9M B; 2XVT A; 2NRZ A; 2V4R A; 2W43 A; 2AH5 A; 2IHN A; 3BJY A; 3PX0 A; 3PW2 A; 3E58 A; 2HHQ A; 9ICE A; 7ICR A; 5EE3 A; 3SR6 A; 1N5W A; 3WKB A; 4BDP A; 3BQT A; 1QLN A; 4UAV A; 2ZJ8 A; 4FBU A; 2FI1 A; 5KT7 A; 3M9N B; 3HRD D; 1RXV A; 1ZQH A; 4B9N A; 2MRL A; 2BKE A; 2RP5 A; 1NK7 A; 4C8N A; 3F5A A; 1L3V A; 4PJ0 U; 2HW3 A; 5HMM A; 3PW5 A; 2F2A B; 4PGY A; 2W9C A; 4CF5 A; 2MAX A; 5AM4 A; 3EPI A; 3GIM A; 3PW7 A; 1N61 A; 5HML A; 4C4T A; 3PSP A; 3NVZ A; 7ICO A; 4BWM A; 5AIA A; 2ZUD A; 4DL2 A; 3KKA A; 1BVS A; 3B0X A; 4M9N A; 3O0F A; 2DBY A; 4CF3 A; 1FIQ A; 2ZIX B; 3QEB Z; 5J2D A; 2ASJ A; 4I28 A; 3WK4 A; 4P4P A; 1B22 A; 5JRT A; 1RQL A; 1JXE A; 4OD0 A; 4CE6 A; 3PST A; 4UB8 U; 2NO4 A; 5DQI A; 2GO7 A; 5AK4 A; 5ALU A; 4Y2P A; 4C4S A; 2WB1 C; 2NRW A; 3M7D A; 1IV8 A; 4Z6F A; 4NXZ A; 1BPY A; 1A77 A; 2KKP A; 1ZQP A; 3F53 A; 2R8H A; 2MUT B; 4F4Y A; 4YP3 A; 2BDP A; 3B9J A; 3OJS A; 4KN4 A; 5D4B A; 4NJ8 A; 4X5V A; 1O03 A; 2W3S A; 3MGV A; 4P0Q A; 1ZQG A; 5J0U A; 7ICV A; 1JRP A; 8ICY A; 2E5S A; 2KIV A; 2JEJ A; 3A0H U; 2ZIU A; 4R63 A; 3PW4 A; 1S0N A; 3H0L B; 1D8Y A; 3ZDD A; 7ICP A; 4PPX A; 4NLB A; 4J9M A; 2FLL A; 5CB1 A; 1SZP A; 2ZIV A; 5AKG A; 5L1L A; 3IDW A; 1ZRM A; 1NKB A; 1FFU A; 2R8I A; 2ZXH A; 8ICM A; 3M8S A; 3ZDE A; 4K4G A; 2HCF A; 3RAQ A; 3H8J A; 4ELU A; 4GLX A; 1ZQK A; 1MN8 A; 2BCS A; 5KNI A; 4DSK A; 5IIJ A; 4R66 A; 4M6W B; 4DL7 A; 5KG4 A; 3K1R B; 1ZQT A; 5KL1 B; 2XC9 A; 3BZK A; 4QZ9 A; 4IC9 A; 3OSP A; 5EE1 A; 3UMG A; 4NY8 A; 1NJW A; 3I28 A; 1V97 A; 8ICO A; 4JUZ A; 1UPH A; 1BPB A; 2W11 A; 3SMV A; 4JWM A; 4FZL A; 9ICR A; 3QUT A; 4IRK A; 1WYG A; 3QNM A; 2AXT U; 4RZR A; 7ICM A; 1X9S A; 3JPP A; 2VA8 A; 5J0X A; 1KFS A; 3RJI A; 2MA1 A; 1KFD A; 4PZN A; 1FFV A; 2JEI A; 2ISO A; 1BPX A; 1J97 A; 4J9R A; 3KZI U; 3UXP A; 2HHU A; 1T4G A; 3KBB A; 5AI0 A; 1DGJ A; 3GFK B; 1SKS A; 8ICV A; 1DRG A; 1RDF A; 4F8R A; 5KFL A; 1EXN A; 3S6J A; 1L7O A; 4YD2 A; 4RQ1 A; 3AQF A; 4EX7 A; 4B6J A; 1LV5 A; 5AI5 A; 3IHQ B; 3M6K A; 3F2C A; 2LHT A; 2HOQ A; 2W9M A; 1N63 A; 5DDY A; 1RPL A; 4C80 A; 2PI4 A; 3G6X A; 5DB6 A; 1IG6 A; 4QZ8 A; 2K60 A; 1D8L A; 4P4M A; 2FE9 A; 1LKY A; 3GZF A; 2LPE A; 1X9X A; 3TI0 A; 4MEX A; 4YN4 A; 1L7N A; 2YMP A; 3BQ7 A; 3PML A; 3MGI A; 4I2J A; 4F5Q A; 5L1J A; 4C8L A; 3HKZ F; 4TUS A; 4MFC A; 2FLP A; 4NLC A; 3H4D A; 1SL0 A; 2KTQ A; 2K8C B; 3TAN A; 1L3T A; 4ICA A; 4LZG A; 3UXN A; 5DBB A; 3KHH A; 1XC9 A; 2A1J A; 7ICN A; 2JZB A; 2LI6 A; 5ALE A; 2ZJA A; 2DPI A; 4LVS A; 3MR6 A; 9ICN A; 4YMN A; 4O3M A; 5KFW A; 4DF4 A; 1U47 A; 1MQ3 A; 1JI7 A; 1M6Y A; 4Q8E A; 3WKC A; 4Q44 A; 3PNC A; 1MA7 A; 2AQ0 A; 2G0A A; 2YN4 A; 2WTF A; 4Y2T A; 5IIN A; 1ARO P; 5KFS A; 2WAQ C; 1NOM A; 4I27 A; 1SXE A; 4XQ8 A; 1N62 A; 3C2K A; 4ECZ A; 4R8U A; 3C5G A; 5AKX A; 4DOC A; 2FLN A; 1J2M A; 1KN5 A; 4EZ9 A; 2PFN A; 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4YMM A; 1Z00 A; 3FC4 A; 5ALJ A; 2WB1 F; 3D2Q A; 4J9Q A; 2AGQ A; 2MSN A; 5C0Y A; 2R8K A; 4RQ4 A; 1N56 A; 2AGP A; 3L4P A; 3BS7 A; 3C21 A; 4QWE A; 3QU2 A; 1F5S A; 1HUO A; 3HX0 A; 2KG5 A; 4F5P A; 2FDR A; 2ZXI A; 5KT5 A; 4Y2R A; 8ICI A; 9ICB A; 2KJ5 A; 3TAD C; 2FPL A; 2RRD A; 1X2I A; 3H40 A; 7ICJ A; 3LK9 A; 7ICU A; 5AM1 A; 1SWV A; 5EWG A; 1X6J A; 3OJU A; 7ICG A; 1JUD A; 4EEN A; 2LYB A; 2J6S A; 3HP6 A; 3N7R C; 5BOL A; 4ED0 A; 3PW0 A; 4Y2S A; 2BCR A; 3CYM A; 8ICW A; 5ALD A; 4P0P B; 5JU5 A; 3ISC A; 1X40 A; 2ZUC A; 4QWD A; 4GXK A; 4CF4 A; 3SV4 A; 1XSP A; 2C2E A; 2RHF A; 3WKA A; 3M8R A; 4BXO B; 2LMR A; 1L3S A; 4Q8F A; 2OYY A; 7ICF A; 4UAZ A; 1JIH A; 1NKE A; 4KIT B; 2OHF A; 4PH5 A; 1RYR A; 5KFQ A; 4KLM A; 4RNO A; 1C7Y A; 9ICQ A; 4G9B A; 1RYS A; 2VJ5 A; 1N2X A; 1T7P A; 5DDM A; 5CR0 A; 3ALR A; 4CRX A; 3EZ5 A; 5KT6 A; 3RJH A; 2HI0 A; 4B9T A; 2KIW A; 3RB4 A; 5F3X B; 3V7L A; 1KRP A; 4GXI A; 1ZQY A; 5L1I A; 2YB1 A; 2EQY A; 2DQN B; 4PL1 A; 5ALI A; 4PGX A; 2F1J A; 1XS9 D; 3NS1 A; 5KFX A; 1S0M A; 1DGS A; 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