12CA | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	255
structure length	255
Chain Sequence	WGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLAHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__76995674644245__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__76995674644245__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/12ca/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__76995674644245__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"76995674644245","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/12ca/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__76995674644245__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d10185a7337c57a79b09d56/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d10185a7337c57a79b09d56/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d10185a7337c57a79b09d56/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d10185a7337c57a79b09d56/pdb.gz): 676 ms

reading 255 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

255 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:254});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase(oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
publication title	Altering the mouth of a hydrophobic pocket. Structure and kinetics of human carbonic anhydrase II mutants at residue Val-121. pubmed rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
total genus	73
structure length	255
sequence length	255
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1991-10-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	12caA00

4HT2A 2X7SA 5SZ1A 3OKUA 5DOHA 5BNLA 5FNHA 3U7CA 5J8ZA 1TBTX 3D9ZA 4FVNA 4RIUA 5FL4A 3GZ0A 4QEFA 3MMFA 1IF5A 4PYYA 1RJ6A 3M3XA 2H15A 4E4AA 4MLXA 5G03A 5EIJA 3F7BA 3V2MA 3V2JA 1BN3A 1CA3A 3OYQA 5EH7A 4K13A 3JXFA 4X5SA 4IWZA 4ZX1A 2FOYA 5JEHB 5DSRA 3N0NA 4N16A 1TB0X 4TWMA 4IDRX 3MYQA 4BF1A 1RZEA 1AVNA 3NB5A 4Q7SA 5FNLA 5SZ6A 2WD3A 3MNJA 1G54A 1FLJA 4RUXA 4YGNA 3NI5A 4KP8A 4HT0A 3SBIA 3F8EA 5FNGA 3ML2A 3MZCA 3KIGA 3OY0A 4KUYA 1I9LA 2NNVA 1G0EA 3M2ZA 3NJ9A 3T83A 2F14A 4K0ZA 5L3OA 5BRWA 3P5AA 1CVHA 2HKKA 2QO8A 3T5ZA 6CA2A 3RG3A 3KWAA 1DMXA 5SZ2A 1CINA 4Q7VA 2Q38A 2NWPA 2AX2A 3V5GA 1HEDA 4WW6A 1LG6A 2OSFA 1ZGFA 4RIVA 1THKA 1CALA 1I9MA 3R16A 2NNGA 4RFDA 1XEGA 2H4NA 1ZNCA 1T9NA 1BN4A 3DA2A 3M1WA 4Q99A 1IF7A 5JESB 4FU5A 5E2RA 3M98A 4Q0LA 1RAYA 1V9IC 2NXTA 1I8ZA 3PJJA 5JDVB 1IF9A 3M1QA 5JGTB 1IF8A 4YXIA 4QJ0A 3IGPA 3W6HA 5E5RA 1LZVA 4CACA 5EKJA 3BL0A 3KOKA 1DMYA 5FNIA 1HVAA 3RJ7A 3RLDA 2AW1A 5EZTX 4Z1NA 1FSRA 3IEOA 1FSQA 1CAKA 5E2SA 3FFPX 4YXUA 1BCDA 1J9WA 4K0TA 4WR7A 1FSNA 5FLSA 5FLOA 4QJWA 1CNYA 2FW4A 3QYKA 1CNHA 4KUWA 3F4XA 8CA2A 3MHMA 4CQ0A 5JQTA 4YGFA 4Q90A 2WEOA 3D8WA 3MNAA 4KV0A 3VBDA 1LUGA 3B1BA 4R59A 4YGKA 1TEUX 1RAZA 4KUVA 2ABEA 5A6HA 5AMGA 3MNUA 3RZ5A 4QJPA 5FNJA 4R5AA 1CNJA 5JQ0A 5JEPB 4QK2A 4HBAA 3OKVA 4E3HA 5E2NA 4QIYA 3RYVB 1YO2A 1CAOA 1H4NA 4G7AA 3PYKA 4QIZA 4Q78A 3K34A 1G3ZA 1DCBA 3M1KA 5EHWA 5DSQA 4E3GA 3N3JA 4E9OX 1OQ5A 3HKNA 4M2RA 5EH8A 1I9QA 5E2MA 4XZ5A 1YDDA 5E5UA 2WD2A 4ITPA 1CAHA 3S71B 3DCCA 3P3HA 4WUPA 3K2FA 4WW8A 4E3DA 4M2UA 4COQA 1BV3A 5C8IA 1CILA 5BRVA 1BNWA 4ZWZA 5LMDA 2IT4A 1CCUA 1V9EA 3S73B 2WEGA 1CAIA 3SBHA 3ZNCA 4FL7A 3R17B 4Q81A 5SZ4A 3MHCA 4QJXA 1G52A 1I9OA 5L6KA 2ZNCA 2GD8A 2CBDA 3BL1A 1YDBA 5DSKA 4Y0JA 3U45X 4CNWA 1YO1A 3JXGA 4ILXA 1OKLA 1FQNA 1ZFKA 3T5UA 1CNKA 1CA2A 1I91A 4JS6A 2NWZA 1CVFA 4YX4A 4YYTA 3TVNX 2NNOA 4L5WA 1A42A 4XFWA 3B4FA 3T85A 5FDCA 4Z1JA 3OYSA 5DSLA 4CNRA 9CA2A 4HEZA 1RJ5A 1TTMA 5EKMA 3RZ7A 1FR7A 1G4JA 3DC3A 5DVXA 1JV0A 4R5BA 5EH5A 4FPTA 4Q8XA 4UOVA 5FDIA 1BNTA 1CRMA 3M40A 4QJMA 5JEGB 3S75B 2HOCA 3S78B 1Y7WA 3S74B 1ZGEA 2Q1QA 3V3FA 5JG3B 3M2NA 1YDAA 1CAMA 3DCSA 4E5QA 5DSJA 5SZ5A 2FOVA 3HS4A 2CBCA 3T84A 1ZFQA 4HEWA 1CNCA 4XIXA 5DOGA 3U3AX 1G4OA 2NXRA 4RUZA 3FE4A 4M2VA 1IF4A 5EKHA 5G0BA 3RYYA 4N0XB 4Q7PA 3M5SA 3CA2A 3KS3A 1HEAA 1ZE8A 4QK3A 3P4VA 2ILIA 3BETA 1CVAA 4Q09A 2NN1A 1G53A 4YVYA 5CACA 4ZX0A 5JGSB 1TE3X 1Z97A 5EOIA 1CVDA 1YO0A 2NNSA 1UGEA 5DSPA 4M2WA 2HNCA 4Q07A 1UGAA 4RN4A 3RYZA 5DSMA 3P55A 4ZWYA 3M5TA 1XEVA 4JSSA 3IBUA 5DSOA 1LGDA 4YGLA 3S9TA 3UYQA 3PO6A 5FNMA 1URTA 3IBNA 5SZ3A 3T82A 3KONA 1G46A 3LXEA 4C3TA 3MWOA 4Q6EA 5DSIA 1G6VA 4QK1A 4DZ7A 3DD8A 2FNMA 4PYXA 4CNVA 3ML5A 1JD0A 1AM6A 3M2YA 3OILA 4ITOA 4MDLA 4Q9YA 2NXSA 1CNWA 1LG5A 5FLPA 4BF6A 3DVBA 4QSAA 3V3IB 4JSAA 5FL5A 4LHIA 3M5EA 1CIMA 3MHIA 3S97A 1I9NA 4FIKA 1G45A 3DCWA 3F7UA 4E49A 5BRUA 4CA2A 4L5UA 5E2KA 3MNKA 5AMLA 4CNXA 3M67A 1G1DA 1KOQA 4KNMA 2CBBA 3FW3A 4JSWA 1ZSAA 5FLTA 4ZWIA 1HUHA 1CCSA 1XPZA 3V3GB 1ZH9A 3KNEA 5DSNA 4RUYA 5A25A 4Q7WA 3DVCA 3RYJB 3CZVA 5CJFA 4QY3A 4YGJA 3D0NA 3KOIA 3EFIA 4XIWA 3RYXB 1BZMA 1FQLA 1TEQX 4WL4A 3P5LA 4YHAA 4Q08A 3KKXA 1BN1A 3MNHA 1UGBA 1RZBA 5CA2A 1CVCA 1CVEA 1CNBA 4MDMA 2FOQA 3MHLA 1RZDA 1H9NA 4Q06A 2NN7A 1CANA 4BCWA 1CNIA 1IF6A 5SZ7A 4E3FA 4MO8A 2FNNA 3M14A 1CNGA 3DVDA 4QJOA 2CBEA 2CA2A 4MTYA 1F2WA 4TWLA 4KNNA 4Q83A 1I90A 4KP5A 4Z1KA 3RZ8A 1FR4A 3W6IA 4QSJA 1CAZA 3DD0A 4LP6A 4ETQC 1EOUA 3TMJA 1CAJA 2EU2A 2GEHA 4KAPA 4HEYA 1BNVA 4KNJA 5E28A 5FL6A 2NWOA 4QTLA 3EFTA 1HUGA 4Q6DA 3DAZA 4Q87A 2HD6A 3P44A 1YDCA 3HFPA 2QOAA 4RFCA 3HKTA 4KNIA 1HCAA 2FOUA 3M2XA 1UGDA 2CBAA 2X7TA 1JCZA 1KWRA 2VVBX 1UGGA 1Z93A 3KLDB 3V3HB 1DCAA 1FQRA 4YWPA 4MLTA 4Q49A 3MDZA 1CCTA 2NWYA 5JG5B 1KWQA 3ZP9A 1MUAA 3IAIA 4YXOA 2FOSA 5AMDA 3CYUA 2X7UA 3S72B 4Z0QA 3S76A 1FQMA 3Q31A 3UYNA 2NMXA 4G0CA 1UGCA 3JXHC 2EU3A 2VVAX 2POUA 5EHEA 3RZ0B 4L5VA 4ZAOA 1AZMA 5G01A 2QP6A 4PZHA 4DZ9A 1KOPA 4FRCA 4PXXA 1CVBA 4RH2A 3P58A 4XE1A 1CNXA 1BICA 1RZCA 3DV7A 4Q8ZA 1Z9YA 1BNQA 3IBLA 2HL4A 7CA2A 4MDGA 1CRAA 3D92A 3D93A 1G48A 4PQ7A 1KEQA 1I9PA 4Q8YA 3K7KA 4K0SA 1XQ0A 4QSBA 3RGEA 3SAPA 2Q1BA 1BNUA 2W2JA 2OSMA 2POWA 4QSIA 3OIKA 5SZ0A 3TVOX 1G0FA 1ZSCA 2WEJA 3M04A 4ZWXA 1HECA 3MNIA 1TG3A 1CAYA 2FMGA 1BNMA 1HCBA 5HPJA 2HFWA 3MHOA 1BNNA 1OKNA 2WEHA 1RZAA 3HLJA 3RZ1B 3S8XA 2FMZA 3S77B 5IPZA 3L14A 3P3JA 3IBIA 1OKMA 5EHVA 1TG9A 5DRSA 5FNKA 3OIMA 1CZMA 3HKQA 4Z1EA 5CLUA 2EZ7A 4HU1A 1MOOA 3N2PA 4GL1X 2O4ZA 4LU3A 3DC9A 4HF3A 3U47A 3RG4A 3M1JA 1UGFA 5FLRA 3HKUA 1ZSBA 3N4BA 4FVOA 3SAXA 2POVA 5G0CA 4K1QA 3V3JA 4WUQA 2CABA 3CAJA 1H9QA 2FNKA 12CAA 1TH9A 5FLQA 3C7PA 4JSZA 3V7XA 3DBUA 1HEBA 5BYIA 3M96A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HT2 A;  2X7S A;  5SZ1 A;  3OKU A;  5DOH A;  5BNL A;  5FNH A;  3U7C A;  5J8Z A;  1TBT X;  3D9Z A;  4FVN A;  4RIU A;  5FL4 A;  3GZ0 A;  4QEF A;  3MMF A;  1IF5 A;  4PYY A;  1RJ6 A;  3M3X A;  2H15 A;  4E4A A;  4MLX A;  5G03 A;  5EIJ A;  3F7B A;  3V2M A;  3V2J A;  1BN3 A;  1CA3 A;  3OYQ A;  5EH7 A;  4K13 A;  3JXF A;  4X5S A;  4IWZ A;  4ZX1 A;  2FOY A;  5JEH B;  5DSR A;  3N0N A;  4N16 A;  1TB0 X;  4TWM A;  4IDR X;  3MYQ A;  4BF1 A;  1RZE A;  1AVN A;  3NB5 A;  4Q7S A;  5FNL A;  5SZ6 A;  2WD3 A;  3MNJ A;  1G54 A;  1FLJ A;  4RUX A;  4YGN A;  3NI5 A;  4KP8 A;  4HT0 A;  3SBI A;  3F8E A;  5FNG A;  3ML2 A;  3MZC A;  3KIG A;  3OY0 A;  4KUY A;  1I9L A;  2NNV A;  1G0E A;  3M2Z A;  3NJ9 A;  3T83 A;  2F14 A;  4K0Z A;  5L3O A;  5BRW A;  3P5A A;  1CVH A;  2HKK A;  2QO8 A;  3T5Z A;  6CA2 A;  3RG3 A;  3KWA A;  1DMX A;  5SZ2 A;  1CIN A;  4Q7V A;  2Q38 A;  2NWP A;  2AX2 A;  3V5G A;  1HED A;  4WW6 A;  1LG6 A;  2OSF A;  1ZGF A;  4RIV A;  1THK A;  1CAL A;  1I9M A;  3R16 A;  2NNG A;  4RFD A;  1XEG A;  2H4N A;  1ZNC A;  1T9N A;  1BN4 A;  3DA2 A;  3M1W A;  4Q99 A;  1IF7 A;  5JES B;  4FU5 A;  5E2R A;  3M98 A;  4Q0L A;  1RAY A;  1V9I C;  2NXT A;  1I8Z A;  3PJJ A;  5JDV B;  1IF9 A;  3M1Q A;  5JGT B;  1IF8 A;  4YXI A;  4QJ0 A;  3IGP A;  3W6H A;  5E5R A;  1LZV A;  4CAC A;  5EKJ A;  3BL0 A;  3KOK A;  1DMY A;  5FNI A;  1HVA A;  3RJ7 A;  3RLD A;  2AW1 A;  5EZT X;  4Z1N A;  1FSR A;  3IEO A;  1FSQ A;  1CAK A;  5E2S A;  3FFP X;  4YXU A;  1BCD A;  1J9W A;  4K0T A;  4WR7 A;  1FSN A;  5FLS A;  5FLO A;  4QJW A;  1CNY A;  2FW4 A;  3QYK A;  1CNH A;  4KUW A;  3F4X A;  8CA2 A;  3MHM A;  4CQ0 A;  5JQT A;  4YGF A;  4Q90 A;  2WEO A;  3D8W A;  3MNA A;  4KV0 A;  3VBD A;  1LUG A;  3B1B A;  4R59 A;  4YGK A;  1TEU X;  1RAZ A;  4KUV A;  2ABE A;  5A6H A;  5AMG A;  3MNU A;  3RZ5 A;  4QJP A;  5FNJ A;  4R5A A;  1CNJ A;  5JQ0 A;  5JEP B;  4QK2 A;  4HBA A;  3OKV A;  4E3H A;  5E2N A;  4QIY A;  3RYV B;  1YO2 A;  1CAO A;  1H4N A;  4G7A A;  3PYK A;  4QIZ A;  4Q78 A;  3K34 A;  1G3Z A;  1DCB A;  3M1K A;  5EHW A;  5DSQ A;  4E3G A;  3N3J A;  4E9O X;  1OQ5 A;  3HKN A;  4M2R A;  5EH8 A;  1I9Q A;  5E2M A;  4XZ5 A;  1YDD A;  5E5U A;  2WD2 A;  4ITP A;  1CAH A;  3S71 B;  3DCC A;  3P3H A;  4WUP A;  3K2F A;  4WW8 A;  4E3D A;  4M2U A;  4COQ A;  1BV3 A;  5C8I A;  1CIL A;  5BRV A;  1BNW A;  4ZWZ A;  5LMD A;  2IT4 A;  1CCU A;  1V9E A;  3S73 B;  2WEG A;  1CAI A;  3SBH A;  3ZNC A;  4FL7 A;  3R17 B;  4Q81 A;  5SZ4 A;  3MHC A;  4QJX A;  1G52 A;  1I9O A;  5L6K A;  2ZNC A;  2GD8 A;  2CBD A;  3BL1 A;  1YDB A;  5DSK A;  4Y0J A;  3U45 X;  4CNW A;  1YO1 A;  3JXG A;  4ILX A;  1OKL A;  1FQN A;  1ZFK A;  3T5U A;  1CNK A;  1CA2 A;  1I91 A;  4JS6 A;  2NWZ A;  1CVF A;  4YX4 A;  4YYT A;  3TVN X;  2NNO A;  4L5W A;  1A42 A;  4XFW A;  3B4F A;  3T85 A;  5FDC A;  4Z1J A;  3OYS A;  5DSL A;  4CNR A;  9CA2 A;  4HEZ A;  1RJ5 A;  1TTM A;  5EKM A;  3RZ7 A;  1FR7 A;  1G4J A;  3DC3 A;  5DVX A;  1JV0 A;  4R5B A;  5EH5 A;  4FPT A;  4Q8X A;  4UOV A;  5FDI A;  1BNT A;  1CRM A;  3M40 A;  4QJM A;  5JEG B;  3S75 B;  2HOC A;  3S78 B;  1Y7W A;  3S74 B;  1ZGE A;  2Q1Q A;  3V3F A;  5JG3 B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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12CAA

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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