1BNV | Genus

Total Genus 71

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	71
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5484391106759756__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5484391106759756__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1BNV/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5484391106759756__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5484391106759756","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1BNV/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5484391106759756__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfacca31ee69d252bad9e4a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfacca31ee69d252bad9e4a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfacca31ee69d252bad9e4a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfacca31ee69d252bad9e4a/pdb.gz): 1603 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
publication title	Structural analysis of inhibitor binding to human carbonic anhydrase II. pubmed rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE
total genus	71
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1998-07-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1bnvA00

5SZ7A 3DD0A 3KS3A 4QK1A 3RZ5A 1BNWA 1ZH9A 2EZ7A 5EHVA 1H4NA 3FW3A 3MHOA 4QIZA 4YXOA 1TE3X 3D92A 2WD2A 1HUGA 1IF5A 3ML5A 4N0XB 5EH8A 2AX2A 4LU3A 2FOVA 5SZ0A 1OQ5A 1ZSBA 4G7AA 4QJPA 1FSRA 3S71B 4PYXA 3M2ZA 3M96A 3RZ7A 1AM6A 2NWOA 3BETA 4QJOA 4CQ0A 3U45X 4KAPA 4CACA 5L6KA 5JQ0A 2NXSA 1XPZA 3GZ0A 4R5AA 1F2WA 1ZFKA 4M2VA 2NNOA 4ITPA 2NNGA 3HFPA 1KEQA 1CRMA 3M2NA 3V3JA 3OIMA 3MMFA 4QY3A 1YDBA 1CNJA 4RFCA 1CZMA 1HVAA 2H15A 3EFIA 5FL6A 3SAPA 5BRVA 3MYQA 3Q31A 4YHAA 1I8ZA 3BL1A 1ZSAA 2HFWA 3V2MA 5JG5B 4KP8A 2HOCA 3IBLA 4E3DA 3SBIA 1RZEA 3U47A 1CNBA 5CJFA 3EFTA 3DVDA 4XE1A 4Q6EA 4QIYA 5DSPA 1BN1A 4Q49A 4Q8ZA 4ETQC 1RAYA 3RYJB 4RUXA 5C8IA 2GEHA 4RUZA 3PO6A 1G54A 1CAMA 1BNTA 1CNKA 1A42A 1FLJA 1DCBA 5SZ1A 5EHEA 4HEZA 2X7SA 3D9ZA 4YWPA 5DSNA 1YO2A 3DVBA 4Q07A 4CNWA 3PYKA 1CINA 1YDDA 4X5SA 3M98A 3RYZA 1OKMA 5FLPA 5FNGA 4Q7VA 3HKQA 2NNSA 3M5EA 4ZX0A 4IWZA 1HCAA 1I9OA 1ZE8A 2Q1BA 1LG6A 4ZWIA 1G45A 3OY0A 3W6HA 4RN4A 3V3HB 1Z9YA 4YYTA 1I9PA 1CCSA 1URTA 3V7XA 2NWYA 5DSKA 3JXFA 2NN1A 3OILA 4YX4A 3M1WA 4K13A 1CVBA 4Q83A 4GL1X 5G01A 1CRAA 3DV7A 3P55A 5EHWA 5FNMA 1BNUA 3MNUA 4HT2A 3M1QA 3HKTA 5JGTB 5DSIA 3V3GB 1Y7WA 1LUGA 4YVYA 3LXEA 4LP6A 3NB5A 5EKMA 2FOQA 4L5WA 1IF7A 5SZ3A 2AW1A 1G0FA 4JSAA 5DOGA 4BF1A 1XEVA 2CBDA 3MWOA 1TG9A 2QO8A 1CAOA 3T83A 1RJ6A 1CVCA 2Q38A 3DC9A 5E2MA 4RH2A 3T84A 1I90A 3K7KA 4YXUA 3IGPA 1T9NA 4MTYA 4QJXA 4PYYA 5E28A 3P3JA 5BNLA 1UGBA 4MDLA 4Q87A 2NMXA 3BL0A 3F7BA 4ZAOA 1Z97A 4MDGA 4QTLA 3KONA 4FU5A 4ILXA 6CA2A 1CA3A 3ZNCA 1TEQX 3DA2A 3RZ8A 2ILIA 5BRWA 1TH9A 2HKKA 4WR7A 1I9QA 1TG3A 4L5VA 4Q81A 1Z93A 3S73B 2FMGA 4M2RA 1FQMA 3V3IB 2CBCA 3DVCA 3DD8A 3S77B 3M2XA 3M5SA 4KUYA 2QP6A 5EZTX 1AZMA 5FNIA 3MDZA 4UOVA 4L5UA 1BV3A 1OKNA 7CA2A 4K1QA 1FR7A 1IF4A 4JS6A 4Q7WA 1FSQA 1CNHA 5JESB 5EKHA 4E5QA 2WEOA 4JSZA 4LHIA 1I9MA 4QJMA 1CCTA 4K0ZA 3KNEA 1CNIA 4Q09A 5FNLA 4HBAA 5JEPB 1YO1A 2POVA 4CNXA 3KKXA 5EOIA 1BN4A 3KWAA 3JXHC 1XEGA 2EU3A 4PQ7A 4YGNA 5HPJA 4IDRX 4QJWA 5FL5A 5JQTA 5SZ6A 1FQNA 4RUYA 3F7UA 1CALA 4KNNA 4YGFA 1TBTX 3T82A 2FNNA 4Q7PA 4R59A 5DSLA 5DSJA 3RGEA 4E9OX 3NI5A 4PZHA 2NXRA 1KWRA 4R5BA 3RG3A 1KOPA 3DCCA 3P44A 4WUPA 3K2FA 4Q08A 5DVXA 3M40A 4PXXA 3U7CA 5DSOA 3P3HA 1I9NA 1UGEA 4Z1KA 3D0NA 1RZBA 3UYQA 2H4NA 4RIUA 3HS4A 2QOAA 4YGKA 5SZ5A 3C7PA 2NXTA 3IAIA 1CAHA 4YGLA 2NWZA 5BYIA 5FNKA 1BNQA 8CA2A 1RZDA 2OSFA 5EH7A 5CACA 4JSSA 4WW6A 3P58A 4Z1EA 4E3HA 5DSQA 1THKA 4XIXA 4FIKA 1ZFQA 4E3FA 1JCZA 4ZWZA 2W2JA 4E4AA 3MHIA 3DCWA 1I91A 3V3FA 3HKNA 4QEFA 4Q90A 4QSIA 4BCWA 4M2UA 4Q99A 3FE4A 1CVEA 4HF3A 4E3GA 2NN7A 3RYXB 5E2KA 3SAXA 4YXIA 2WEHA 4WW8A 1ZGEA 1HECA 3MHCA 3SBHA 1CIMA 1CVFA 1DMYA 3M67A 1HEBA 5CA2A 1H9NA 1UGCA 3OYQA 2GD8A 1CAIA 1HEAA 3ZP9A 3KLDB 3IBIA 5E2SA 5FLRA 1UGDA 2WEGA 3K34A 5A6HA 1LG5A 4QSBA 3CYUA 2HNCA 5DSRA 4Q8XA 4Q9YA 3M1JA 2CABA 3M5TA 4KNJA 1IF6A 3S97A 1DCAA 5LMDA 4FRCA 2FOUA 3MNKA 1V9EA 3NJ9A 1CVDA 5G03A 1CNCA 3TVNX 5JG3B 2CA2A 5E2RA 5FLQA 4WUQA 3QYKA 3R17B 4Z1NA 2VVBX 5FLTA 5G0BA 5G0CA 3MNJA 5DOHA 4K0TA 1BZMA 3M3XA 4KNIA 5JEGB 4Z0QA 4ITOA 1LZVA 3P4VA 3RJ7A 4FL7A 3L14A 1KOQA 2X7UA 3N2PA 1HUHA 4HEWA 1G52A 3S9TA 2HD6A 2NNVA 3MNHA 12CAA 1BCDA 1YDAA 1BICA 4MLXA 4RFDA 4KUWA 2WD3A 5EKJA 1G53A 1BN3A 4Y0JA 3T5UA 4HEYA 5A25A 2WEJA 4N16A 3S78B 1FSNA 1ZNCA 4Q0LA 3V5GA 1AVNA 4DZ7A 2FNMA 3M04A 1G46A 1YO0A 3T85A 3RZ1B 3OYSA 4KV0A 5FNHA 4COQA 5DRSA 3HKUA 1CAJA 3M2YA 4Q8YA 4WL4A 5SZ2A 1ZSCA 3TMJA 4QK2A 5CLUA 1BNMA 4TWMA 4MDMA 2ABEA 4HT0A 1UGGA 5JEHB 1CNXA 1RZAA 3CAJA 1CAZA 3F4XA 1FR4A 2CBAA 3KIGA 4HU1A 4K0SA 1CILA 1MUAA 2CBBA 3M1KA 4FVNA 5L3OA 1KWQA 4G0CA 4Q7SA 2FMZA 2OSMA 4QSAA 3RYVB 4JSWA 3DCSA 1XQ0A 3T5ZA 4CA2A 3MHLA 3ML2A 4MO8A 2X7TA 4CNVA 1TTMA 1BNVA 3FFPX 4Q6DA 5AMGA 3RYYA 3RZ0B 3W6IA 5AMLA 3MZCA 1V9IC 1CA2A 3IEOA 1YDCA 5E5UA 4ZWYA 1OKLA 3TVOX 5FLOA 1CNWA 3S75B 3HLJA 1G4JA 1G1DA 5DSMA 2VVAX 1CANA 3OIKA 1CAYA 1CVHA 2Q1QA 3IBNA 1CAKA 1G6VA 2POWA 1HEDA 4M2WA 3DBUA 1RJ5A 4YGJA 4E49A 1IF9A 1CVAA 5EH5A 2FOSA 1CNGA 1UGAA 4RIVA 1DMXA 2FNKA 2O4ZA 3B4FA 5EIJA 3N4BA 2IT4A 4KP5A 3RG4A 1EOUA 2POUA 1TEUX 2FOYA 3D93A 2HL4A 4ZX1A 2ZNCA 4XIWA 2FW4A 4Q78A 5FLSA 4CNRA 3S8XA 5E2NA 3KOKA 1CCUA 1HCBA 5E5RA 4Z1JA 3MNIA 1G3ZA 3S74B 3N3JA 4TWLA 3N0NA 4KUVA 5FDCA 3S72B 1CNYA 5J8ZA 3VBDA 3P5LA 4DZ9A 3MHMA 1MOOA 4QJ0A 3U3AX 3P5AA 1TB0X 1G4OA 3DAZA 3PJJA 3M14A 3S76A 3OKUA 4QK3A 3RLDA 2NWPA 4C3TA 5JGSB 1G48A 4FVOA 2F14A 2CBEA 5BRUA 1UGFA 9CA2A 3DC3A 3F8EA 5IPZA 3CA2A 3OKVA 1BNNA 4ZWXA 4XFWA 3UYNA 3KOIA 1FQRA 1H9QA 3JXGA 1RAZA 3R16A 1LGDA 2EU2A 4FPTA 4XZ5A 5SZ4A 4KNMA 4BF6A 3CZVA 1JV0A 4MLTA 3V2JA 3IBUA 5JDVB 1I9LA 1IF8A 5AMDA 1JD0A 5FNJA 1G0EA 4Q06A 1J9WA 1RZCA 3B1BA 1FQLA 4QSJA 5FL4A 3MNAA 1ZGFA 3D8WA 5FDIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5SZ7 A;  3DD0 A;  3KS3 A;  4QK1 A;  3RZ5 A;  1BNW A;  1ZH9 A;  2EZ7 A;  5EHV A;  1H4N A;  3FW3 A;  3MHO A;  4QIZ A;  4YXO A;  1TE3 X;  3D92 A;  2WD2 A;  1HUG A;  1IF5 A;  3ML5 A;  4N0X B;  5EH8 A;  2AX2 A;  4LU3 A;  2FOV A;  5SZ0 A;  1OQ5 A;  1ZSB A;  4G7A A;  4QJP A;  1FSR A;  3S71 B;  4PYX A;  3M2Z A;  3M96 A;  3RZ7 A;  1AM6 A;  2NWO A;  3BET A;  4QJO A;  4CQ0 A;  3U45 X;  4KAP A;  4CAC A;  5L6K A;  5JQ0 A;  2NXS A;  1XPZ A;  3GZ0 A;  4R5A A;  1F2W A;  1ZFK A;  4M2V A;  2NNO A;  4ITP A;  2NNG A;  3HFP A;  1KEQ A;  1CRM A;  3M2N A;  3V3J A;  3OIM A;  3MMF A;  4QY3 A;  1YDB A;  1CNJ A;  4RFC A;  1CZM A;  1HVA A;  2H15 A;  3EFI A;  5FL6 A;  3SAP A;  5BRV A;  3MYQ A;  3Q31 A;  4YHA A;  1I8Z A;  3BL1 A;  1ZSA A;  2HFW A;  3V2M A;  5JG5 B;  4KP8 A;  2HOC A;  3IBL A;  4E3D A;  3SBI A;  1RZE A;  3U47 A;  1CNB A;  5CJF A;  3EFT A;  3DVD A;  4XE1 A;  4Q6E A;  4QIY A;  5DSP A;  1BN1 A;  4Q49 A;  4Q8Z A;  4ETQ C;  1RAY A;  3RYJ B;  4RUX A;  5C8I A;  2GEH A;  4RUZ A;  3PO6 A;  1G54 A;  1CAM A;  1BNT A; 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 5BNL A;  1UGB A;  4MDL A;  4Q87 A;  2NMX A;  3BL0 A;  3F7B A;  4ZAO A;  1Z97 A;  4MDG A;  4QTL A;  3KON A;  4FU5 A;  4ILX A;  6CA2 A;  1CA3 A;  3ZNC A;  1TEQ X;  3DA2 A;  3RZ8 A;  2ILI A;  5BRW A;  1TH9 A;  2HKK A;  4WR7 A;  1I9Q A;  1TG3 A;  4L5V A;  4Q81 A;  1Z93 A;  3S73 B;  2FMG A;  4M2R A;  1FQM A;  3V3I B;  2CBC A;  3DVC A;  3DD8 A;  3S77 B;  3M2X A;  3M5S A;  4KUY A;  2QP6 A;  5EZT X;  1AZM A;  5FNI A;  3MDZ A;  4UOV A;  4L5U A;  1BV3 A;  1OKN A;  7CA2 A;  4K1Q A;  1FR7 A;  1IF4 A;  4JS6 A;  4Q7W A;  1FSQ A;  1CNH A;  5JES B;  5EKH A;  4E5Q A;  2WEO A;  4JSZ A;  4LHI A;  1I9M A;  4QJM A;  1CCT A;  4K0Z A;  3KNE A;  1CNI A;  4Q09 A;  5FNL A;  4HBA A;  5JEP B;  1YO1 A;  2POV A;  4CNX A;  3KKX A;  5EOI A;  1BN4 A;  3KWA A;  3JXH C;  1XEG A;  2EU3 A;  4PQ7 A;  4YGN A;  5HPJ A;  4IDR X;  4QJW A;  5FL5 A;  5JQT A;  5SZ6 A;  1FQN A;  4RUY A;  3F7U A;  1CAL A;  4KNN A;  4YGF A;  1TBT X;  3T82 A;  2FNN A;  4Q7P A;  4R59 A;  5DSL A;  5DSJ A;  3RGE A;  4E9O X;  3NI5 A;  4PZH A;  2NXR A;  1KWR A; 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1BNVA

Total Genus

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Chain Sequence

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