1CAN | Genus

Total Genus 78

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	259
structure length	259
Chain Sequence	SHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3720109233289377__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3720109233289377__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1CAN/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3720109233289377__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3720109233289377","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1CAN/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3720109233289377__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfad77f829401a2bd1334cb/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfad77f829401a2bd1334cb/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfad77f829401a2bd1334cb/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfad77f829401a2bd1334cb/pdb.gz): 1518 ms

reading 259 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

259 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:258});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase(oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystallographic studies of the binding of protonated and unprotonated inhibitors to carbonic anhydrase using hydrogen sulphide and nitrate anions. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
total genus	78
structure length	259
sequence length	259
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1992-07-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1canA00

4QJXA 1G46A 1FQLA 2NN7A 3HFPA 3V3FA 1FLJA 4XIWA 5JQ0A 3NB5A 2NNSA 4Z0QA 1AM6A 1CNXA 4XE1A 1CNHA 3OIKA 3DA2A 4JSAA 5FNGA 4YWPA 2NWPA 2IT4A 4QSAA 3N3JA 3F8EA 2O4ZA 1IF6A 1ZH9A 4HT2A 1KOPA 3OKVA 1TB0X 1FQNA 3DVBA 3ZP9A 1CZMA 3B4FA 4ZX0A 1RZAA 1IF9A 1KWRA 5BYIA 3M5SA 4JS6A 5FL4A 1ZSAA 3L14A 3T5ZA 3VBDA 1BCDA 5DSIA 4RH2A 3M2ZA 3T85A 5DSJA 1CAIA 3DCCA 7CA2A 1YDDA 5HPJA 2VVBX 3M1WA 4ZWZA 4N0XB 5EKHA 1G53A 1I8ZA 1YDCA 2FNNA 4Z1JA 5A25A 4E3GA 1AVNA 3KKXA 1Z97A 2NWZA 5EH5A 1I9PA 4ZWIA 3JXFA 1BICA 4QIZA 1H9NA 1CRAA 4CACA 4M2WA 5FDCA 4CA2A 4RFCA 2X7TA 2HKKA 4QTLA 3UYQA 5DOGA 4KV0A 4RUYA 1ZSCA 4QK2A 3NI5A 4G0CA 4QJMA 4YGKA 3M14A 4GL1X 4BCWA 2POWA 5FL5A 1G0FA 3MNAA 2WD2A 4PYYA 1G1DA 3OILA 1YO1A 4FRCA 5EHEA 3ZNCA 4RIUA 5FNLA 4E3DA 2FNKA 4PYXA 1UGCA 5SZ7A 1CNCA 3D0NA 4KP8A 4WL4A 4DZ7A 3S72B 4E9OX 1I90A 4N16A 4Q09A 3EFIA 4LU3A 4K0TA 1DMYA 1H4NA 4ZX1A 3U45X 5CJFA 5L6KA 1BNUA 4Z1EA 3M96A 4YXOA 2OSFA 5FLPA 3ML2A 4FIKA 3IEOA 2QP6A 4BF6A 1TTMA 1XQ0A 3BETA 3MMFA 3D8WA 1YDAA 2NWOA 3QYKA 4MLXA 2F14A 4MLTA 5AMLA 1XEVA 2FOSA 4IDRX 1HEBA 3OKUA 2W2JA 1FSRA 2POUA 3KOKA 3EFTA 4YXIA 2WD3A 1OQ5A 3IBIA 1EOUA 1UGAA 1TG3A 3IBUA 1CA3A 1V9EA 2CBCA 2H4NA 3DC3A 5E2RA 3GZ0A 4JSZA 4CNVA 3DD0A 3FFPX 1CILA 4JSSA 5FLQA 1CNGA 3RYZA 1CINA 1OKNA 3HKTA 1KEQA 3NJ9A 1CVCA 3M1KA 3RYVB 4YGJA 1FSQA 2FOQA 4K1QA 2EU3A 1IF7A 4MDMA 1LUGA 3RZ8A 2HNCA 4M2UA 4Q9YA 4WUPA 3T83A 5LMDA 3KWAA 3R16A 4Z1NA 4M2RA 3D9ZA 2WEOA 3DVCA 4RFDA 3KS3A 4Q07A 5DSMA 4UOVA 3OYSA 3P44A 5E2MA 3MNUA 1CAHA 4K0ZA 3D93A 6CA2A 1V9IC 1XPZA 4MO8A 3S77B 1CIMA 1KOQA 5G01A 1HVAA 3RLDA 3SAPA 2Q1BA 3U3AX 1H9QA 2NXTA 4E3HA 5SZ4A 2WEHA 1ZNCA 5JEPB 3MHOA 4QK3A 2Q38A 3R17B 1RZDA 3RYYA 3DAZA 4IWZA 3BL0A 5DSNA 5G0CA 2POVA 5DVXA 1ZE8A 1RZEA 3RZ1B 3TVNX 1ZFQA 3HKUA 3PO6A 1CAJA 1TBTX 2WEJA 1BNNA 1CNKA 2CA2A 4E49A 5SZ5A 1CVHA 4Q90A 1G52A 3CYUA 5E2KA 1BN3A 3OIMA 4Q08A 4QSBA 4MTYA 4Q0LA 3KLDB 2GD8A 5JGTB 4Q7VA 4YX4A 1CAZA 1G3ZA 4QK1A 1LG6A 2H15A 3P5LA 4XZ5A 1RJ5A 5E5RA 3M2XA 3RZ0B 3V3IB 5EKMA 1OKLA 4Q49A 1BNTA 3W6HA 4KNIA 1CCTA 5EHWA 1URTA 3B1BA 3P3HA 1CVEA 3DCWA 3MWOA 1F2WA 3TMJA 5BRUA 4CNRA 1CVDA 1HCAA 3CA2A 1HECA 2NXRA 2CABA 3V2MA 3PYKA 3OYQA 1FSNA 1ZGFA 1ZGEA 5BRVA 12CAA 1IF4A 5BNLA 3MHMA 2AW1A 3RZ5A 4E3FA 5G0BA 5DSQA 4ILXA 1BNWA 4HEYA 4CNWA 4PQ7A 5SZ2A 4R59A 5DSOA 2FMGA 3N2PA 3S9TA 3MHCA 4QY3A 1BNQA 4HEWA 4L5VA 4HF3A 3T5UA 3T84A 3K34A 4YGNA 5JEHB 4K0SA 4HT0A 2VVAX 3DVDA 4Q8XA 2NN1A 3F7BA 3MNJA 3RG4A 4Y0JA 2NNOA 3FW3A 4Q83A 4ZWXA 4TWMA 4KUVA 3SBHA 4R5AA 5FLTA 4L5UA 5DOHA 4QEFA 5SZ0A 1JCZA 4Q87A 4LP6A 3MNIA 2HL4A 3P5AA 5C8IA 1I9QA 8CA2A 4Q7SA 3P55A 5E2NA 2AX2A 2QO8A 4QJOA 5EHVA 4HU1A 1TH9A 4RUZA 4ZAOA 5FLRA 1RAZA 5IPZA 1YO0A 1UGBA 5JGSB 4Q8YA 5DSKA 1CNYA 4JSWA 3LXEA 1MUAA 2WEGA 4FVNA 1G6VA 3M40A 4KUYA 1IF5A 1CNBA 3V3HB 4QIYA 1Z93A 2GEHA 1I9LA 4MDLA 3M5EA 4Q6DA 1RZCA 1LG5A 4Q7PA 1TE3X 4QJPA 4CNXA 5A6HA 1BNMA 1DCAA 4Q78A 4C3TA 1HCBA 4QJ0A 3IBLA 1CCSA 3PJJA 4HBAA 4PXXA 3S8XA 4LHIA 2NNVA 5CLUA 3KONA 3K7KA 5DSPA 1IF8A 3D92A 4WW6A 4XIXA 3UYNA 3TVOX 3M2YA 4ZWYA 1RZBA 1CRMA 5AMDA 1HUHA 3S75B 4FU5A 3M1QA 1THKA 3V3JA 3HKNA 4YVYA 4WR7A 1HUGA 3M98A 3DBUA 4YXUA 3S71B 5FLSA 5EH8A 5FNHA 1OKMA 3DC9A 1ZSBA 5JG3B 1LZVA 1FQMA 3U7CA 5FNKA 5AMGA 3CZVA 3RZ7A 2EZ7A 4FPTA 1JD0A 1CNWA 1TEUX 1I91A 2EU2A 2FNMA 3ML5A 1BNVA 3MNKA 1CAOA 3DV7A 1FQRA 1BZMA 1I9OA 3M04A 3OY0A 3MNHA 1CA2A 3K2FA 2FOVA 3S74B 1CAKA 3KOIA 5SZ1A 2NNGA 1CVBA 1CAMA 2HOCA 3KIGA 3U47A 2FOUA 4COQA 3P58A 4WW8A 4QSJA 1G4OA 2HD6A 3DCSA 4CQ0A 4KAPA 1CNIA 4Q81A 1DCBA 3M5TA 1YDBA 3JXGA 1BV3A 5DRSA 4WUQA 2ILIA 5BRWA 4YYTA 4E5QA 1AZMA 1FR4A 2CBBA 3F7UA 1BN1A 1HEDA 3JXHC 5EIJA 1CVFA 3S78B 3HLJA 3HKQA 1CNJA 3P3JA 1G54A 4RUXA 3V2JA 4Q6EA 3N4BA 4Z1KA 3RG3A 1UGFA 4KNMA 2CBAA 4QSIA 1YO2A 5E28A 1TEQX 1Y7WA 1JV0A 4ITPA 3Q31A 3T82A 4BF1A 4Q8ZA 2X7SA 5JEGB 1J9WA 4HEZA 1G4JA 2ABEA 1TG9A 1CCUA 3V5GA 3RYXB 2HFWA 3MDZA 4E4AA 5J8ZA 4R5BA 3MHLA 4ETQC 4KUWA 5DSRA 4XFWA 3V3GB 3C7PA 2X7UA 2OSMA 2NXSA 1G0EA 4L5WA 4MDGA 5G03A 3IGPA 5JG5B 3BL1A 3M1JA 2FMZA 2NWYA 5FDIA 4M2VA 3HS4A 3FE4A 3N0NA 1XEGA 4X5SA 5JQTA 3RGEA 5FL6A 5CACA 4FL7A 1KWQA 5DSLA 4KP5A 1I9NA 2CBEA 5EOIA 4QJWA 5E2SA 4TWLA 1RJ6A 5E5UA 3M2NA 1FR7A 3MZCA 1T9NA 4YHAA 3RJ7A 5FLOA 3S73B 4YGFA 1UGDA 5FNMA 1G45A 4FVOA 3MHIA 1UGEA 1CANA 3CAJA 1UGGA 5L3OA 1ZFKA 4Q7WA 9CA2A 2Q1QA 1LGDA 1A42A 1G48A 1DMXA 5SZ6A 4KNNA 4DZ9A 2QOAA 4RIVA 1I9MA 3IBNA 4K13A 3M3XA 5JDVB 2NMXA 1HEAA 5SZ3A 3V7XA 2FOYA 4ITOA 1BN4A 5CA2A 2CBDA 3S97A 4KNJA 4G7AA 5EZTX 3MYQA 3W6IA 3M67A 1CAYA 1CALA 2FW4A 3SAXA 4Q99A 3P4VA 1Z9YA 5EH7A 3RYJB 5FNIA 2ZNCA 1RAYA 5FNJA 5JESB 3KNEA 3SBIA 4YGLA 3DD8A 3S76A 3F4XA 5EKJA 4Q06A 4RN4A 1CVAA 3IAIA 1MOOA 4PZHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QJX A;  1G46 A;  1FQL A;  2NN7 A;  3HFP A;  3V3F A;  1FLJ A;  4XIW A;  5JQ0 A;  3NB5 A;  2NNS A;  4Z0Q A;  1AM6 A;  1CNX A;  4XE1 A;  1CNH A;  3OIK A;  3DA2 A;  4JSA A;  5FNG A;  4YWP A;  2NWP A;  2IT4 A;  4QSA A;  3N3J A;  3F8E A;  2O4Z A;  1IF6 A;  1ZH9 A;  4HT2 A;  1KOP A;  3OKV A;  1TB0 X;  1FQN A;  3DVB A;  3ZP9 A;  1CZM A;  3B4F A;  4ZX0 A;  1RZA A;  1IF9 A;  1KWR A;  5BYI A;  3M5S A;  4JS6 A;  5FL4 A;  1ZSA A;  3L14 A;  3T5Z A;  3VBD A;  1BCD A;  5DSI A;  4RH2 A;  3M2Z A;  3T85 A;  5DSJ A;  1CAI A;  3DCC A;  7CA2 A;  1YDD A;  5HPJ A;  2VVB X;  3M1W A;  4ZWZ A;  4N0X B;  5EKH A;  1G53 A;  1I8Z A;  1YDC A;  2FNN A;  4Z1J A;  5A25 A;  4E3G A;  1AVN A;  3KKX A;  1Z97 A;  2NWZ A;  5EH5 A;  1I9P A;  4ZWI A;  3JXF A;  1BIC A;  4QIZ A;  1H9N A;  1CRA A;  4CAC A;  4M2W A;  5FDC A;  4CA2 A;  4RFC A;  2X7T A;  2HKK A;  4QTL A;  3UYQ A;  5DOG A;  4KV0 A;  4RUY A;  1ZSC A;  4QK2 A;  3NI5 A;  4G0C A;  4QJM A;  4YGK A;  3M14 A;  4GL1 X;  4BCW A;  2POW A;  5FL5 A;  1G0F A;  3MNA A;  2WD2 A;  4PYY A;  1G1D A;  3OIL A;  1YO1 A;  4FRC A;  5EHE A;  3ZNC A;  4RIU A;  5FNL A;  4E3D A;  2FNK A;  4PYX A;  1UGC A;  5SZ7 A;  1CNC A;  3D0N A;  4KP8 A;  4WL4 A;  4DZ7 A;  3S72 B;  4E9O X;  1I90 A;  4N16 A;  4Q09 A;  3EFI A;  4LU3 A;  4K0T A;  1DMY A;  1H4N A;  4ZX1 A;  3U45 X;  5CJF A;  5L6K A;  1BNU A;  4Z1E A;  3M96 A;  4YXO A;  2OSF A;  5FLP A;  3ML2 A;  4FIK A;  3IEO A;  2QP6 A;  4BF6 A;  1TTM A;  1XQ0 A;  3BET A;  3MMF A;  3D8W A;  1YDA A;  2NWO A;  3QYK A;  4MLX A;  2F14 A;  4MLT A;  5AML A;  1XEV A;  2FOS A;  4IDR X;  1HEB A;  3OKU A;  2W2J A;  1FSR A;  2POU A;  3KOK A;  3EFT A;  4YXI A;  2WD3 A;  1OQ5 A;  3IBI A;  1EOU A;  1UGA A;  1TG3 A;  3IBU A;  1CA3 A;  1V9E A;  2CBC A;  2H4N A;  3DC3 A;  5E2R A;  3GZ0 A;  4JSZ A;  4CNV A;  3DD0 A;  3FFP X;  1CIL A;  4JSS A;  5FLQ A;  1CNG A;  3RYZ A;  1CIN A;  1OKN A;  3HKT A;  1KEQ A;  3NJ9 A;  1CVC A;  3M1K A;  3RYV B;  4YGJ A;  1FSQ A;  2FOQ A;  4K1Q A;  2EU3 A;  1IF7 A;  4MDM A;  1LUG A;  3RZ8 A;  2HNC A;  4M2U A;  4Q9Y A;  4WUP A;  3T83 A;  5LMD A;  3KWA A;  3R16 A;  4Z1N A;  4M2R A;  3D9Z A;  2WEO A;  3DVC A;  4RFD A;  3KS3 A;  4Q07 A;  5DSM A;  4UOV A;  3OYS A;  3P44 A;  5E2M A;  3MNU A;  1CAH A;  4K0Z A;  3D93 A;  6CA2 A;  1V9I C;  1XPZ A;  4MO8 A;  3S77 B;  1CIM A;  1KOQ A;  5G01 A;  1HVA A;  3RLD A;  3SAP A;  2Q1B A;  3U3A X;  1H9Q A;  2NXT A;  4E3H A;  5SZ4 A;  2WEH A;  1ZNC A;  5JEP B;  3MHO A;  4QK3 A;  2Q38 A;  3R17 B;  1RZD A;  3RYY A;  3DAZ A;  4IWZ A;  3BL0 A;  5DSN A;  5G0C A;  2POV A;  5DVX A;  1ZE8 A;  1RZE A;  3RZ1 B;  3TVN X;  1ZFQ A;  3HKU A;  3PO6 A;  1CAJ A;  1TBT X;  2WEJ A;  1BNN A;  1CNK A;  2CA2 A;  4E49 A;  5SZ5 A;  1CVH A;  4Q90 A;  1G52 A;  3CYU A;  5E2K A;  1BN3 A;  3OIM A;  4Q08 A;  4QSB A;  4MTY A;  4Q0L A;  3KLD B;  2GD8 A;  5JGT B;  4Q7V A;  4YX4 A;  1CAZ A;  1G3Z A;  4QK1 A;  1LG6 A;  2H15 A;  3P5L A;  4XZ5 A;  1RJ5 A;  5E5R A;  3M2X A;  3RZ0 B;  3V3I B;  5EKM A;  1OKL A;  4Q49 A;  1BNT A;  3W6H A;  4KNI A;  1CCT A;  5EHW A;  1URT A;  3B1B A;  3P3H A;  1CVE A;  3DCW A;  3MWO A;  1F2W A;  3TMJ A;  5BRU A; 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1CANA

Total Genus

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