1CCSA

Structure-assisted redesign of a protein-zinc binding site with femtomolar affinity
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
Knots found
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
WGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLDTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure-assisted redesign of a protein-zinc-binding site with femtomolar affinity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CARBONIC ANHYDRASE II
molecule tags Lyase (oxo-acid)
source organism Homo sapiens
total genus 74
structure length 255
sequence length 255
other databases KnotProt 2.0: S +31
ec nomenclature ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date 1994-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00194 Carb_anhydrase Eukaryotic-type carbonic anhydrase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.200.10 Alpha Beta Roll Carbonic Anhydrase II Alpha carbonic anhydrase 1ccsA00
2QOAA 2X7UA 1CNBA 2CABA 4Q09A 1CNXA 4MO8A 4YVYA 4TWLA 4YXIA 3T84A 1ZFKA 3DA2A 5DVXA 1I9OA 3FW3A 1G1DA 5E28A 4E5QA 1HEBA 1IF4A 3M5EA 1CANA 4BCWA 4COQA 2NWOA 5L3OA 1CNGA 1Z93A 3NJ9A 4JSSA 1FQMA 3MNIA 5FL6A 1FQRA 1H4NA 3N2PA 4ILXA 4RUYA 1CAIA 5JG5B 1CNHA 1KOPA 1CA3A 2NXTA 5DOHA 2CBEA 4CNRA 5CLUA 3F4XA 4Q49A 4YGFA 4N0XB 1RZDA 1I9MA 5FNGA 1Y7WA 5EH8A 1HEAA 3S76A 1JCZA 2GD8A 4RFCA 4FL7A 3M1QA 4YGLA 3R16A 3V5GA 5FDCA 4KV0A 4Q8ZA 8CA2A 2Q38A 3FE4A 3RLDA 2GEHA 3F7BA 5JESB 4E49A 3IBIA 1IF6A 2FNKA 1CVCA 4C3TA 5E2SA 1IF5A 1RZCA 1EOUA 3DVCA 5CACA 1UGFA 3D92A 1BNWA 5JGSB 3DVDA 3W6HA 4K1QA 4JSWA 4QJOA 5EHEA 2HKKA 1Z97A 3M2XA 3BL1A 4FVNA 4YHAA 4Z1EA 1OQ5A 3MHMA 3NB5A 4G7AA 4QJPA 1TTMA 1KWRA 4XE1A 2NN1A 3UYNA 4YXUA 3UYQA 5E2NA 2CA2A 4Q90A 2NNOA 1XPZA 3M96A 4CA2A 2HD6A 3MNAA 3P3JA 3MHCA 5JEGB 3V2MA 1CNYA 5DSKA 3DCSA 4E3DA 3MNKA 4PYYA 1H9NA 4UOVA 5BRVA 3R17B 3KIGA 4Q87A 4WL4A 1RZBA 5CJFA 2POUA 3S8XA 5SZ3A 3CA2A 1HVAA 4KUVA 3KOIA 1CRAA 3FFPX 3SAPA 4IDRX 1LG5A 1TE3X 3MNUA 5E2KA 5JEPB 3ZNCA 4Q7WA 3F8EA 3HKTA 3U45X 3JXHC 4LU3A 1BICA 1ZNCA 3S71B 1UGGA 2FMZA 4QJ0A 4KP5A 4ITOA 9CA2A 5EKJA 3MYQA 4Q8YA 4RH2A 3SAXA 3M5TA 3D9ZA 3MZCA 4HU1A 3KLDB 1KEQA 3PYKA 2WD2A 1UGEA 4CNVA 3F7UA 2VVBX 4QK1A 2HFWA 4K13A 3CYUA 4Q08A 1CVFA 2F14A 5SZ5A 3HKUA 4L5WA 1MUAA 3M14A 3M2YA 1A42A 4HEZA 2FNNA 1XQ0A 1V9IC 2EZ7A 5JQTA 1RZEA 1TB0X 3V3IB 3RZ7A 1G4OA 3RYYA 1BN3A 4XIXA 1YO0A 3HS4A 3RZ5A 3RZ8A 5DSLA 1G52A 6CA2A 4BF6A 4RIUA 3ML2A 5E5UA 4G0CA 3M04A 3L14A 1AVNA 1FSNA 5HPJA 1G46A 4JSAA 5E5RA 5A6HA 4PQ7A 4QSIA 1I8ZA 1KOQA 4Q83A 3V3HB 4YGJA 2H4NA 5DSQA 4PZHA 1CILA 1CVEA 4X5SA 4ZX0A 1V9EA 4RFDA 3RGEA 3S72B 3RZ0B 4CNWA 3OY0A 5BYIA 4Q06A 4Q07A 4XFWA 4Q0LA 5FNHA 5DSNA 3B1BA 3ML5A 3M5SA 5FNKA 4E9OX 2EU2A 4K0ZA 4QTLA 2IT4A 2POVA 3CAJA 3V3FA 1JV0A 3P4VA 1DCBA 3MMFA 3S9TA 3P44A 4QY3A 4QIZA 2WEJA 5DSOA 3JXFA 2H15A 5FLSA 1YDAA 3M3XA 4M2WA 4WUQA 3TMJA 5JG3B 1CIMA 1HCBA 2OSFA 5DSMA 3S77B 4Z1NA 2POWA 1IF7A 1XEVA 4YWPA 3BETA 1FR4A 1CNCA 3P58A 3SBIA 3NI5A 1YO1A 4Q99A 1ZGFA 5DSIA 1J9WA 5FLRA 1BNQA 4FRCA 4HEYA 2Q1BA 4Q6DA 4YX4A 1JD0A 4WW8A 5AMLA 2HOCA 3HFPA 3RG3A 3P5AA 1CAKA 4RN4A 4YXOA 5L6KA 1CNIA 4BF1A 1FQLA 3D0NA 1YDDA 3MDZA 4E4AA 4FPTA 4FU5A 1CVHA 3HKQA 4Q7PA 1UGDA 1CAYA 4R5BA 1I90A 3DD8A 3W6IA 1OKLA 1CNKA 3HLJA 3OYQA 4L5VA 3KS3A 1G0EA 1RJ6A 5DSJA 3V3GB 4PYXA 2NWPA 2HL4A 1HUGA 1TBTX 2NMXA 3PJJA 4PXXA 5EKHA 4Q7VA 4RUZA 3GZ0A 3S74B 5EHWA 12CAA 1I9QA 3IGPA 5DOGA 2NXRA 4ZWIA 1CAJA 1CAZA 3DVBA 3KOKA 2CBCA 3MHOA 1YDCA 1LUGA 1G45A 1HUHA 2WEOA 5DRSA 4KNJA 3D8WA 1UGCA 5AMGA 2NXSA 3MWOA 5SZ6A 4MDGA 3KWAA 1G0FA 5EIJA 2FNMA 3T82A 3IBNA 2X7TA 3M40A 4E3FA 1LG6A 1RZAA 4YGKA 3C7PA 4L5UA 2QO8A 4FIKA 4WUPA 5LMDA 2ZNCA 1ZE8A 1TG3A 4N16A 4YGNA 1FSRA 5BRWA 4M2VA 1F2WA 2CBAA 1FR7A 1CAHA 4Y0JA 1CCUA 5G0CA 1G4JA 3U7CA 1TH9A 3M1KA 5FL5A 2ILIA 1BNUA 2FOQA 2AW1A 3K2FA 1BNMA 4KAPA 2NN7A 3DCWA 3OILA 4K0SA 4R59A 1I9LA 1IF9A 4ZWYA 1YDBA 2WEHA 4Q9YA 5FNIA 3LXEA 1ZSAA 3OKVA 3SBHA 3T83A 1CVAA 1DMXA 1FLJA 3MNJA 3T5UA 3RYXB 1TG9A 1CAMA 1CVBA 5EKMA 2OSMA 1RJ5A 2CBBA 1ZFQA 5EZTX 1BNTA 2VVAX 4TWMA 3QYKA 4LHIA 1ZGEA 5FNJA 1BNVA 1G3ZA 3K34A 4RIVA 4LP6A 2X7SA 4KP8A 1THKA 3M67A 1OKNA 1AM6A 4HBAA 4ZAOA 2NWZA 3N4BA 3K7KA 2CBDA 2FMGA 4QJWA 5SZ2A 1CAOA 2AX2A 3IBLA 3RZ1B 3IBUA 3DCCA 5A25A 5FLQA 5C8IA 1UGBA 5G03A 3V2JA 3IEOA 2WD3A 2QP6A 1T9NA 5FLPA 4CQ0A 5JDVB 5JGTB 5G0BA 4MDMA 4HEWA 3EFTA 1G54A 1Z9YA 2NNVA 4Z1JA 5CA2A 1I9PA 4Q81A 4DZ7A 4ETQC 3M1JA 3V3JA 3T85A 4MLTA 3OIMA 3S75B 1G53A 5IPZA 2Q1QA 5DSRA 3ZP9A 1FSQA 1CCTA 4M2RA 4E3GA 4QSAA 4ZWZA 1RAYA 3DAZA 1BNNA 5G01A 1BCDA 4KUYA 1H9QA 1XEGA 4JS6A 1RAZA 4QJMA 4MTYA 3P55A 5JEHB 4JSZA 4QJXA 5EH7A 5FLTA 4Q6EA 3DBUA 2EU3A 1CNWA 5FNLA 3PO6A 2O4ZA 2WEGA 4M2UA 3M2ZA 3MHLA 1TEUX 5SZ7A 2FOUA 2NNSA 1AZMA 1HEDA 7CA2A 3U47A 5BRUA 5DSPA 2W2JA 1MOOA 3MNHA 3BL0A 1URTA 1CVDA 3V7XA 3S78B 1IF8A 3DC9A 5EHVA 4Q8XA 3OIKA 1YO2A 3M1WA 4QIYA 1FQNA 4E3HA 2HNCA 1BN1A 3RJ7A 1ZSBA 3RYZA 4XIWA 5E2MA 1ZH9A 1BV3A 4WR7A 3RYVB 3RYJB 1I91A 1HECA 1DCAA 3EFIA 4K0TA 3HKNA 1CNJA 1ZSCA 2ABEA 4KNNA 5BNLA 3MHIA 4KNIA 4YYTA 3M2NA 3TVOX 4QK3A 3RG4A 4XZ5A 1CZMA 3KONA 5EH5A 4ZWXA 1CCSA 4MDLA 4QSJA 3DV7A 4Z1KA 3D93A 5J8ZA 3N0NA 3P3HA 1CALA 5JQ0A 4ITPA 4Q7SA 3M98A 3KKXA 2NNGA 3B4FA 3KNEA 3Q31A 5SZ0A 3OKUA 3VBDA 3P5LA 1CRMA 4Q78A 3S73B 4CACA 4CNXA 2NWYA 1G6VA 3JXGA 3T5ZA 5SZ4A 3DC3A 5EOIA 4KNMA 4GL1X 1BN4A 4MLXA 5FL4A 1G48A 4HT0A 5FDIA 2FOYA 1I9NA 5FLOA 1KWQA 1TEQX 4QSBA 3N3JA 3U3AX 3CZVA 3DD0A 5AMDA 1UGAA 1CINA 2FW4A 4HF3A 4IWZA 4RUXA 4QEFA 4HT2A 1LZVA 4DZ9A 3IAIA 5E2RA 1DMYA 5SZ1A 4KUWA 3S97A 1BZMA 1CA2A 3OYSA 4QK2A 5FNMA 4Z0QA 2FOVA 1LGDA 2FOSA 4ZX1A 4R5AA 4WW6A 4FVOA 1HCAA 1OKMA 3TVNX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QOA A;  2X7U A;  1CNB A;  2CAB A;  4Q09 A;  1CNX A;  4MO8 A;  4YVY A;  4TWL A;  4YXI A;  3T84 A;  1ZFK A;  3DA2 A;  5DVX A;  1I9O A;  3FW3 A;  1G1D A;  5E28 A;  4E5Q A;  1HEB A;  1IF4 A;  3M5E A;  1CAN A;  4BCW A;  4COQ A;  2NWO A;  5L3O A;  1CNG A;  1Z93 A;  3NJ9 A;  4JSS A;  1FQM A;  3MNI A;  5FL6 A;  1FQR A;  1H4N A;  3N2P A;  4ILX A;  4RUY A;  1CAI A;  5JG5 B;  1CNH A;  1KOP A;  1CA3 A;  2NXT A;  5DOH A;  2CBE A;  4CNR A;  5CLU A;  3F4X A;  4Q49 A;  4YGF A;  4N0X B;  1RZD A;  1I9M A;  5FNG A;  1Y7W A;  5EH8 A;  1HEA A;  3S76 A;  1JCZ A;  2GD8 A;  4RFC A;  4FL7 A;  3M1Q A;  4YGL A;  3R16 A;  3V5G A;  5FDC A;  4KV0 A;  4Q8Z A;  8CA2 A;  2Q38 A;  3FE4 A;  3RLD A;  2GEH A;  3F7B A;  5JES B;  4E49 A;  3IBI A;  1IF6 A;  2FNK A;  1CVC A;  4C3T A;  5E2S A;  1IF5 A;  1RZC A;  1EOU A;  3DVC A;  5CAC A;  1UGF A;  3D92 A;  1BNW A;  5JGS B;  3DVD A;  3W6H A;  4K1Q A;  4JSW A;  4QJO A;  5EHE A;  2HKK A;  1Z97 A;  3M2X A;  3BL1 A;  4FVN A;  4YHA A;  4Z1E A;  1OQ5 A;  3MHM A;  3NB5 A;  4G7A A;  4QJP A; 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