1CNK | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLILFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9167748186465072__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9167748186465072__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1CNK/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9167748186465072__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9167748186465072","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1CNK/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9167748186465072__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfae2449597872e84091a68/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfae2449597872e84091a68/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfae2449597872e84091a68/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfae2449597872e84091a68/pdb.gz): 1755 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase (oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
publication title	X-Ray Crystallographic Studies of Engineered Hydrogen Bond Networks in a Protein-Zinc Binding Site pubmed rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
total genus	75
structure length	257
sequence length	257
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1995-04-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1cnkA00

4HBAA 4PXXA 5DVXA 3S75B 2NWPA 4DZ7A 4Z1NA 4LP6A 3N2PA 3HKQA 4HEWA 1RJ5A 3K2FA 1CAYA 1TBTX 1CNGA 3F7UA 5FL6A 3VBDA 3DCSA 1ZFKA 4CNVA 2QP6A 5E5RA 3P4VA 3M2NA 2NWOA 1YDAA 1CVHA 4E4AA 1I9QA 3DVBA 1XEGA 3RYYA 1AM6A 1CA2A 3DCCA 3M3XA 5FLTA 5G0CA 3V2MA 4M2WA 4Q07A 4UOVA 3RYXB 1F2WA 4ZWIA 1I9NA 5EH8A 1H9NA 3RZ5A 1ZSAA 1CAHA 4L5WA 3UYNA 3V3IB 5E2RA 4KV0A 1G3ZA 3IEOA 1UGGA 5LMDA 1I9PA 2QO8A 1G0FA 4QJXA 1TB0X 4ZWYA 3BL1A 1HEAA 1CCTA 3HKNA 3RG4A 2NNVA 1Y7WA 3KIGA 4Z0QA 4CQ0A 4YGLA 3D8WA 2HOCA 3P3JA 4Q90A 1TG9A 1HCAA 1KOPA 1T9NA 3OY0A 4Q8XA 3RZ1B 3MHLA 1HEBA 4K0SA 4L5UA 1I8ZA 3ZP9A 1DMYA 1CAKA 3NI5A 4FVNA 1KOQA 4Q83A 5FLOA 5SZ7A 1CCUA 5FNGA 4KP8A 3MNUA 1I9LA 3MHMA 4RUYA 5DSRA 3MWOA 1BNMA 4Z1JA 3TVNX 1LG6A 1BN1A 3OYSA 1FR7A 4ITPA 1CAIA 4KNJA 1BNWA 1FLJA 1UGCA 2X7UA 3T84A 1OKMA 1V9EA 5FNIA 3BETA 3U47A 4KNMA 4QIZA 4WW6A 3F4XA 5JEPB 2EU2A 4FRCA 4LU3A 5BRWA 1LG5A 4XZ5A 1AVNA 3P5LA 1YDBA 3CZVA 5FNMA 2CA2A 3RJ7A 4KNNA 2GD8A 2NN7A 3M1KA 4MDGA 2HFWA 1RZBA 1CILA 4ZX0A 3V7XA 4QK2A 4CNXA 3KKXA 4Q7VA 3S72B 2HD6A 3JXGA 3MZCA 4Q08A 4COQA 1THKA 5E2MA 4QEFA 1I90A 2ZNCA 4HT2A 5DSIA 4CNRA 5FL4A 4N16A 5SZ4A 1OKLA 3Q31A 5E2SA 1URTA 3DAZA 3V3HB 3RYZA 1CNBA 4E3HA 3IBLA 3HFPA 2OSMA 1FQRA 2NXTA 2FOQA 3DD0A 5EOIA 5E28A 3M96A 1KWQA 3CA2A 4WR7A 5DRSA 4R59A 5FDIA 4RFCA 2FOVA 5CA2A 2WD3A 1IF8A 4G0CA 1I91A 1HCBA 4Q6EA 5DSOA 5EH7A 1ZNCA 5G0BA 4BCWA 1G46A 4YGJA 3N3JA 1IF6A 1OQ5A 5JGSB 2VVBX 3N0NA 4WUQA 2NN1A 2WEOA 3HLJA 3KOIA 5CLUA 1RZCA 4QK3A 2WEJA 3DBUA 2POUA 3W6HA 3KLDB 4FVOA 4YGFA 4CA2A 3MNAA 5L6KA 4XIXA 1FQLA 2H15A 3N4BA 1CVFA 4QJWA 5EKJA 1AZMA 4PYXA 5SZ2A 4FPTA 1BNNA 3OKVA 2POVA 3MHIA 3FE4A 3P44A 4X5SA 4QSAA 4MDMA 2NWYA 3S74B 2Q38A 1JV0A 1LZVA 3TVOX 3ML5A 1UGDA 4JSAA 5SZ3A 3JXFA 3KWAA 3DC9A 3V2JA 4CACA 3M98A 4TWMA 3D9ZA 5JG5B 3MMFA 2CBDA 4E3GA 1JD0A 3C7PA 2VVAX 5DSPA 4E3FA 1J9WA 4Y0JA 3MHCA 4PYYA 4RUXA 3NB5A 5A6HA 2FMGA 1IF4A 3MNIA 4Q99A 1G1DA 3D93A 3DD8A 4QJPA 1CNWA 3D92A 4ITOA 4ETQC 5C8IA 3PO6A 1BZMA 3DV7A 4XIWA 4K0ZA 4QSBA 1YO0A 4K13A 4MLXA 3KONA 2FNMA 1CAJA 3M67A 2NMXA 2X7SA 5EKHA 1ZE8A 4Q7WA 3S8XA 4PZHA 1UGAA 4YX4A 3R16A 4FU5A 4TWLA 1H9QA 2NNOA 3M2YA 1CNKA 1CINA 2FNNA 3T5ZA 5EHWA 1ZH9A 3HKTA 1YDDA 3MNKA 1CNXA 4YWPA 5FLPA 1CZMA 3RLDA 4G7AA 3W6IA 4HU1A 4Q49A 4Z1KA 4XFWA 3IGPA 8CA2A 4MTYA 1XQ0A 2GEHA 4Q6DA 4Q8ZA 4ZAOA 5FNKA 5AMGA 3T82A 3FW3A 2CBEA 4FL7A 2CBAA 1CNJA 4ZX1A 3IBIA 4WW8A 1RAYA 3IBUA 1DCBA 4ILXA 4KP5A 1CAZA 1TTMA 3U7CA 1G4JA 7CA2A 2NWZA 4RN4A 2WEGA 3SAPA 3KOKA 3D0NA 4ZWZA 4YHAA 2FNKA 1RAZA 1DCAA 2POWA 4YYTA 4RUZA 3M2XA 3V3JA 1KWRA 3M14A 3K7KA 5EHVA 4Q78A 1FSNA 4IDRX 1ZGFA 4E49A 1CNHA 3M5EA 4Q7SA 4WL4A 1CIMA 3RYJB 1IF5A 3EFIA 3T83A 3NJ9A 3M5TA 5HPJA 1EOUA 4HEYA 1BNTA 5EKMA 6CA2A 3B4FA 3B1BA 3DC3A 3OIMA 3PJJA 4L5VA 4QIYA 3P5AA 1CALA 5EZTX 5SZ1A 4QK1A 4QSIA 1CA3A 4R5AA 1YO1A 4MDLA 1CRAA 4RH2A 4KAPA 1LUGA 1CVCA 3M1QA 3V3GB 3K34A 4QJ0A 4GL1X 1XEVA 3ZNCA 2Q1BA 3EFTA 4E9OX 3SAXA 5FLRA 5BNLA 3HS4A 1MOOA 1BICA 2O4ZA 3LXEA 3RZ0B 4QY3A 3M1WA 5DSKA 1Z93A 3R17B 1G45A 2FW4A 4CNWA 5G03A 5FDCA 1IF7A 5JEHB 5JESB 2F14A 1CNCA 4PQ7A 3T85A 1G6VA 4Q7PA 3P58A 4JS6A 5BYIA 3RZ7A 3P3HA 5CJFA 5AMDA 4QTLA 2AX2A 3V5GA 1HVAA 3M5SA 2HKKA 4RFDA 1BCDA 3M04A 4YXOA 4LHIA 3T5UA 1UGFA 4YXUA 2CABA 5E2NA 4Q06A 5SZ0A 1BNUA 5G01A 4Q9YA 5JQ0A 3MHOA 3CYUA 1ZSCA 1CAOA 5FNLA 2H4NA 1Z9YA 3DA2A 1TH9A 1I9MA 1ZSBA 4YGKA 4Z1EA 2WD2A 1V9IC 2EZ7A 2NXRA 5SZ6A 4HT0A 2W2JA 1G52A 1TEUX 1ZGEA 4M2VA 1UGBA 3P55A 1DMXA 3M2ZA 1HUGA 4YXIA 1BNVA 1JCZA 3F8EA 3SBIA 1HECA 3DVCA 1CANA 3MNHA 5EIJA 3RG3A 1CVDA 2AW1A 3KS3A 1TEQX 1BV3A 3M40A 4JSSA 1BNQA 5FNJA 3U3AX 5E2KA 4KUVA 4M2RA 5JGTB 2NXSA 4M2UA 4Q09A 5L3OA 4BF1A 1RZDA 1MUAA 5DSNA 5EH5A 1BN4A 4XE1A 1FSQA 3L14A 3SBHA 2NNGA 4JSZA 4FIKA 1G53A 3F7BA 5DSMA 3ML2A 4KNIA 1FR4A 4QJOA 1RZAA 4JSWA 2CBBA 3S9TA 3DCWA 3KNEA 3V3FA 3IAIA 4QJMA 3OIKA 1RZEA 2FMZA 1CVBA 3S76A 1I9OA 1FQMA 5DSJA 1UGEA 5EHEA 3S77B 2FOYA 2OSFA 3MDZA 2NNSA 5FNHA 1CAMA 4MO8A 1G0EA 5FL5A 1CVAA 5FLQA 9CA2A 5AMLA 1CNYA 1LGDA 3TMJA 1G4OA 4IWZA 1A42A 4K0TA 1OKNA 2IT4A 1Z97A 3RYVB 5A25A 4C3TA 2WEHA 3MNJA 2ILIA 5JDVB 4RIUA 4Q87A 5J8ZA 3OILA 3QYKA 1TG3A 3MYQA 4N0XB 5IPZA 5DSQA 5BRVA 3S73B 3GZ0A 4R5BA 2FOSA 4YGNA 4Q8YA 5DOHA 4E5QA 5CACA 1G54A 1KEQA 3BL0A 3OYQA 2HL4A 2FOUA 4YVYA 5DSLA 3RGEA 5BRUA 4K1QA 4ZWXA 5E5UA 2X7TA 4E3DA 5JG3B 4BF6A 4HF3A 3S78B 3U45X 3RZ8A 1CCSA 1RJ6A 1FSRA 1BN3A 5JQTA 3PYKA 3DVDA 1HUHA 3IBNA 1CVEA 1G48A 1FQNA 4KUYA 1CRMA 4DZ9A 2QOAA 2Q1QA 1TE3X 1ZFQA 3M1JA 4KUWA 1H4NA 3CAJA 3S71B 3S97A 3HKUA 1IF9A 2CBCA 3FFPX 4HEZA 1YO2A 1XPZA 1HEDA 4QSJA 4MLTA 3JXHC 3UYQA 2EU3A 1CNIA 2ABEA 1YDCA 2HNCA 3OKUA 4WUPA 5FLSA 5SZ5A 12CAA 4Q81A 4Q0LA 4RIVA 5JEGB 5DOGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HBA A;  4PXX A;  5DVX A;  3S75 B;  2NWP A;  4DZ7 A;  4Z1N A;  4LP6 A;  3N2P A;  3HKQ A;  4HEW A;  1RJ5 A;  3K2F A;  1CAY A;  1TBT X;  1CNG A;  3F7U A;  5FL6 A;  3VBD A;  3DCS A;  1ZFK A;  4CNV A;  2QP6 A;  5E5R A;  3P4V A;  3M2N A;  2NWO A;  1YDA A;  1CVH A;  4E4A A;  1I9Q A;  3DVB A;  1XEG A;  3RYY A;  1AM6 A;  1CA2 A;  3DCC A;  3M3X A;  5FLT A;  5G0C A;  3V2M A;  4M2W A;  4Q07 A;  4UOV A;  3RYX B;  1F2W A;  4ZWI A;  1I9N A;  5EH8 A;  1H9N A;  3RZ5 A;  1ZSA A;  1CAH A;  4L5W A;  3UYN A;  3V3I B;  5E2R A;  4KV0 A;  1G3Z A;  3IEO A;  1UGG A;  5LMD A;  1I9P A;  2QO8 A;  1G0F A;  4QJX A;  1TB0 X;  4ZWY A;  3BL1 A;  1HEA A;  1CCT A;  3HKN A;  3RG4 A;  2NNV A;  1Y7W A;  3KIG A;  4Z0Q A;  4CQ0 A;  4YGL A;  3D8W A;  2HOC A;  3P3J A;  4Q90 A;  1TG9 A;  1HCA A;  1KOP A;  1T9N A;  3OY0 A;  4Q8X A;  3RZ1 B;  3MHL A;  1HEB A;  4K0S A;  4L5U A;  1I8Z A;  3ZP9 A;  1DMY A;  1CAK A;  3NI5 A;  4FVN A;  1KOQ A;  4Q83 A;  5FLO A;  5SZ7 A;  1CCU A;  5FNG A;  4KP8 A;  3MNU A;  1I9L A;  3MHM A;  4RUY A;  5DSR A;  3MWO A;  1BNM A;  4Z1J A;  3TVN X;  1LG6 A;  1BN1 A;  3OYS A;  1FR7 A;  4ITP A;  1CAI A;  4KNJ A;  1BNW A;  1FLJ A;  1UGC A;  2X7U A;  3T84 A;  1OKM A;  1V9E A;  5FNI A;  3BET A;  3U47 A;  4KNM A;  4QIZ A;  4WW6 A;  3F4X A;  5JEP B;  2EU2 A;  4FRC A;  4LU3 A;  5BRW A;  1LG5 A;  4XZ5 A;  1AVN A;  3P5L A;  1YDB A;  3CZV A;  5FNM A;  2CA2 A;  3RJ7 A;  4KNN A;  2GD8 A;  2NN7 A;  3M1K A;  4MDG A;  2HFW A;  1RZB A;  1CIL A;  4ZX0 A;  3V7X A;  4QK2 A;  4CNX A;  3KKX A;  4Q7V A;  3S72 B;  2HD6 A;  3JXG A;  3MZC A;  4Q08 A;  4COQ A;  1THK A;  5E2M A;  4QEF A;  1I90 A;  2ZNC A;  4HT2 A;  5DSI A;  4CNR A;  5FL4 A;  4N16 A;  5SZ4 A;  1OKL A;  3Q31 A;  5E2S A;  1URT A;  3DAZ A;  3V3H B;  3RYZ A;  1CNB A;  4E3H A;  3IBL A;  3HFP A;  2OSM A;  1FQR A;  2NXT A;  2FOQ A;  3DD0 A;  5EOI A;  5E28 A;  3M96 A;  1KWQ A;  3CA2 A;  4WR7 A;  5DRS A;  4R59 A;  5FDI A;  4RFC A;  2FOV A;  5CA2 A;  2WD3 A;  1IF8 A;  4G0C A;  1I91 A;  1HCB A;  4Q6E A;  5DSO A;  5EH7 A;  1ZNC A;  5G0B A;  4BCW A;  1G46 A;  4YGJ A;  3N3J A;  1IF6 A;  1OQ5 A;  5JGS B;  2VVB X;  3N0N A;  4WUQ A;  2NN1 A;  2WEO A;  3HLJ A;  3KOI A;  5CLU A;  1RZC A;  4QK3 A;  2WEJ A;  3DBU A;  2POU A;  3W6H A;  3KLD B;  4FVO A;  4YGF A;  4CA2 A;  3MNA A;  5L6K A;  4XIX A;  1FQL A;  2H15 A;  3N4B A;  1CVF A;  4QJW A;  5EKJ A;  1AZM A;  4PYX A;  5SZ2 A;  4FPT A;  1BNN A;  3OKV A;  2POV A;  3MHI A;  3FE4 A;  3P44 A;  4X5S A;  4QSA A;  4MDM A;  2NWY A;  3S74 B;  2Q38 A;  1JV0 A;  1LZV A;  3TVO X;  3ML5 A;  1UGD A;  4JSA A;  5SZ3 A;  3JXF A;  3KWA A;  3DC9 A;  3V2J A;  4CAC A;  3M98 A;  4TWM A;  3D9Z A;  5JG5 B;  3MMF A;  2CBD A;  4E3G A;  1JD0 A;  3C7P A;  2VVA X;  5DSP A;  4E3F A;  1J9W A;  4Y0J A;  3MHC A;  4PYY A;  4RUX A;  3NB5 A;  5A6H A;  2FMG A;  1IF4 A;  3MNI A;  4Q99 A;  1G1D A;  3D93 A;  3DD8 A;  4QJP A;  1CNW A;  3D92 A;  4ITO A;  4ETQ C;  5C8I A;  3PO6 A;  1BZM A;  3DV7 A;  4XIW A;  4K0Z A;  4QSB A;  1YO0 A;  4K13 A;  4MLX A;  3KON A;  2FNM A;  1CAJ A;  3M67 A;  2NMX A;  2X7S A;  5EKH A;  1ZE8 A;  4Q7W A;  3S8X A;  4PZH A;  1UGA A;  4YX4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1CNKA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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