1CVDA

Structural consequences of redesigning a protein-zinc binding site
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
Knots found
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
WGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELCLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural consequences of redesigning a protein-zinc binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CARBONIC ANHYDRASE II
molecule tags Lyase(oxo-acid)
source organism Homo sapiens
total genus 72
structure length 255
sequence length 255
other databases KnotProt 2.0: S +31
ec nomenclature ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date 1994-06-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.200.10 Alpha Beta Roll Carbonic Anhydrase II Alpha carbonic anhydrase 1cvdA00
1CNBA 2NNSA 3S8XA 3KOIA 1DCBA 4Q87A 4RUZA 1CAIA 2HFWA 1CAJA 1I8ZA 1CALA 3RYVB 3HKUA 2IT4A 3DV7A 4Q9YA 1CA2A 5E5RA 3DCCA 4Q06A 5FL4A 4YX4A 4Z0QA 4YXUA 4YGFA 3NB5A 4CA2A 1CNJA 1TE3X 4PQ7A 4Z1NA 3M1KA 3N3JA 1ZSBA 3M98A 5DSIA 2OSMA 3M2XA 3JXHC 3B1BA 4MO8A 3F7BA 3T85A 1FLJA 1BNVA 3PYKA 3TVNX 4KP8A 5FDIA 2WEJA 4C3TA 4QSAA 4YWPA 5SZ4A 4CNWA 1ZH9A 1CIMA 1CANA 5BRVA 1BNMA 4M2RA 2X7UA 3MNKA 4MLXA 5JQ0A 2CBAA 3IGPA 3RYJB 5BRWA 2H15A 1G3ZA 1Z93A 5J8ZA 1ZFKA 4FVOA 1HEAA 3DA2A 4ZWXA 1YDCA 4K0ZA 2NXRA 3N2PA 3M1WA 5G0BA 4E5QA 3RYZA 4L5VA 4K13A 4Q6DA 5E5UA 1CAHA 1RJ6A 1CVEA 4TWLA 5SZ2A 4XIXA 4WR7A 1LGDA 3P44A 1I9NA 4K0TA 1KWQA 5DSLA 1UGCA 1HEBA 5JEPB 1IF5A 1ZGFA 2EU3A 1I9OA 4KNJA 1DMXA 3D93A 2OSFA 5JGTB 4QTLA 3D9ZA 3IBNA 5E2SA 1JV0A 4QJWA 1CNGA 1UGBA 3VBDA 2FOQA 3U7CA 4R5AA 4YGKA 4ETQC 3OKVA 4RIVA 3MWOA 3CAJA 3P55A 3SAXA 5E2KA 4Q07A 4Q7WA 2NNVA 5DSJA 3T83A 2FW4A 1T9NA 3SBHA 4BF6A 3BL0A 4Q6EA 1G0FA 4BCWA 4E49A 1BN4A 3OKUA 3UYQA 1G46A 1TH9A 2NWPA 2CBDA 1G0EA 5FL6A 1ZNCA 2HD6A 3FW3A 3P5AA 4LU3A 4QIZA 5JESB 2ILIA 4RUXA 4M2UA 1CNXA 4FPTA 1JD0A 3F7UA 4MTYA 5SZ1A 5EIJA 4RFCA 4RN4A 5SZ5A 4E3FA 5JGSB 3M40A 3M5TA 3KNEA 1CNHA 1IF7A 5DSKA 7CA2A 1H4NA 4QK1A 4N16A 3Q31A 4R5BA 4HEWA 3CYUA 5FDCA 3W6HA 4M2WA 4TWMA 5CJFA 4JSWA 3K2FA 3HKTA 3RYYA 4E3DA 5G03A 1FR4A 1CNCA 3TVOX 4FL7A 4GL1X 3M96A 3MNJA 3V3IB 4PZHA 1A42A 1I9LA 4UOVA 5AMLA 1G52A 2CBCA 2NMXA 3MZCA 5L3OA 3KONA 1G4OA 3K34A 4N0XB 1RZCA 2WEOA 5DSPA 3RZ5A 4KV0A 3P5LA 1J9WA 3QYKA 4HU1A 3KKXA 3UYNA 5EHVA 3DCWA 3RG3A 4YGLA 2GD8A 3LXEA 3P58A 2QOAA 3NJ9A 1YO2A 5EH5A 4QK2A 1XEVA 4Q09A 1THKA 5DRSA 5FLTA 1KEQA 1CAZA 5EKHA 3M04A 3MNIA 3M5EA 3S72B 4XE1A 3U3AX 4Z1EA 4JSAA 2FOUA 1UGFA 4KNNA 4M2VA 1DCAA 1CCSA 1V9EA 5SZ6A 1YO0A 3OY0A 3DVBA 2X7TA 1BNWA 1JCZA 4LP6A 4QK3A 5DSOA 3M3XA 1MUAA 3KLDB 4K0SA 4WL4A 5EKMA 1CNKA 1AM6A 1CVDA 2EU2A 6CA2A 5EH8A 4QIYA 2FOVA 2O4ZA 3KS3A 5JG3B 2Q1QA 2VVBX 3FFPX 3ZNCA 4QY3A 1HCAA 3K7KA 2NWZA 1CAOA 5DOGA 4BF1A 1I90A 3P3JA 5DSQA 1I9MA 1XQ0A 3M2NA 3F4XA 3P3HA 1HUGA 5CA2A 4KUWA 4Z1JA 2HOCA 4YXIA 1G4JA 3S71B 5HPJA 1F2WA 2CABA 4QSJA 1LG5A 3HS4A 3FE4A 1EOUA 4IDRX 1CA3A 4Q99A 2FMZA 2AW1A 3DVDA 1FSNA 1CZMA 5FNKA 5FLRA 4YGNA 4XIWA 1BICA 1G48A 2NNGA 1IF6A 3P4VA 1UGDA 3U45X 4ZWZA 5FLQA 3T84A 2Q38A 1RJ5A 4YXOA 3MMFA 3V3JA 4R59A 4JSSA 4QJ0A 1FQNA 3IBIA 1AVNA 1BCDA 1TB0X 3JXGA 3B4FA 5AMDA 1IF9A 3GZ0A 2HKKA 2WD2A 5EOIA 5FLPA 3KIGA 3MHCA 1CVAA 1FSRA 3V7XA 3SAPA 1FQRA 5EHWA 5G01A 3S9TA 2QO8A 4Q90A 1KOQA 4X5SA 4Q49A 4G7AA 5CACA 2HL4A 3RLDA 5FNGA 4L5UA 4E4AA 4JSZA 3RZ7A 2FNMA 5AMGA 4MDLA 3S78B 1G45A 1I9QA 1Z97A 3T5UA 1YDDA 1ZSCA 3HLJA 5DVXA 4ILXA 4K1QA 4HBAA 3DD8A 4KAPA 3PO6A 3HFPA 1CNWA 4FRCA 3RZ8A 1OKLA 4LHIA 3M2ZA 3BL1A 3RGEA 1ZE8A 2NNOA 3PJJA 3MNHA 3TMJA 4QJXA 4ZX0A 4PYYA 4XZ5A 1CVBA 3R17B 1CRMA 1TG3A 2WD3A 4Q83A 3ZP9A 4YYTA 4QSBA 1XPZA 1HCBA 3MNAA 2CBBA 1BZMA 4ZAOA 3NI5A 4Y0JA 1LZVA 3MNUA 4PXXA 3V2JA 1G1DA 4HF3A 4G0CA 4ITPA 4JS6A 3MHIA 2CA2A 2WEGA 4WUQA 1CVFA 1RAYA 1HEDA 2NXSA 4COQA 1H9QA 5JQTA 5EZTX 3T82A 1RZDA 3KWAA 4E9OX 2POUA 4Z1KA 5SZ3A 4WW8A 5FLSA 1BNNA 1G6VA 3DBUA 3S97A 3U47A 1G54A 5FNHA 5A6HA 1TG9A 4QJMA 4YVYA 3IEOA 2NN1A 5FL5A 5FLOA 5BNLA 3V3FA 3S77B 4FIKA 2VVAX 1HVAA 1BN3A 1CILA 1IF8A 1FQLA 2AX2A 3IBLA 2FOSA 4KP5A 4YHAA 5A25A 3M1QA 3F8EA 4FU5A 2X7SA 3S74B 4HT0A 1RAZA 1H9NA 1ZFQA 4RUYA 1YDBA 1Y7WA 3OYSA 1TTMA 1TBTX 3MHLA 4RFDA 4KNMA 1LG6A 1HECA 4Q7PA 3N0NA 3MHMA 3OIMA 4KUYA 4ZX1A 2POWA 4KUVA 4CNVA 3OIKA 4FVNA 1CINA 3DC9A 3ML2A 2FOYA 3M1JA 1MOOA 4RIUA 4WW6A 2EZ7A 3L14A 4PYXA 3M14A 1KWRA 3N4BA 4CQ0A 4QSIA 4Q8YA 5LMDA 3S73B 4IWZA 3D92A 5IPZA 3M5SA 4HEYA 2FNKA 3R16A 2Q1BA 4MLTA 1BV3A 4WUPA 5G0CA 3KOKA 3M67A 1CNIA 1ZGEA 1DMYA 1I9PA 3CZVA 2NWOA 3RJ7A 3IBUA 3HKNA 4DZ7A 5EH7A 2QP6A 4MDMA 3DVCA 2ABEA 5DSNA 4Q8XA 1CAYA 1BNQA 3MYQA 4ITOA 1TEUX 3MDZA 5L6KA 2H4NA 12CAA 1CAMA 4L5WA 5JEHB 5E2RA 4Q81A 1XEGA 1CVCA 1CCUA 3DD0A 2FMGA 1Z9YA 1RZEA 1AZMA 1UGGA 4MDGA 5FNIA 3OILA 3M2YA 5BRUA 3SBIA 3CA2A 2WEHA 5BYIA 3JXFA 8CA2A 1UGAA 5EKJA 3BETA 1ZSAA 4RH2A 4CNXA 1YO1A 2F14A 4QJOA 5DOHA 3RZ0B 4ZWYA 4Q8ZA 3W6IA 3MHOA 1UGEA 4QEFA 4HEZA 2NXTA 3IAIA 3D8WA 1IF4A 1I91A 1OKNA 5E28A 4XFWA 3T5ZA 1FQMA 5E2NA 3RG4A 5SZ0A 3RZ1B 3DC3A 4E3GA 4HT2A 4Q7SA 1YDAA 4Q78A 5JDVB 5C8IA 1CRAA 3D0NA 9CA2A 2GEHA 1TEQX 4QJPA 3V3GB 1BNUA 1CAKA 1HUHA 2NN7A 5DSRA 4E3HA 4Q08A 2ZNCA 5FNLA 3HKQA 3S76A 5DSMA 1OQ5A 1FSQA 1V9IC 5CLUA 4ZWIA 5JG5B 5JEGB 4CACA 3EFIA 3RYXB 4CNRA 1CNYA 1KOPA 1BN1A 3ML5A 2HNCA 3OYQA 4Q0LA 1G53A 1LUGA 5EHEA 4Q7VA 1OKMA 4DZ9A 3V5GA 1CVHA 1RZBA 2CBEA 3DAZA 2FNNA 3C7PA 3V2MA 1RZAA 1CCTA 1FR7A 5FNMA 1BNTA 3V3HB 2W2JA 2NWYA 5FNJA 3EFTA 3S75B 4YGJA 3DCSA 5SZ7A 5E2MA 4KNIA 1URTA 2POVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CNB A;  2NNS A;  3S8X A;  3KOI A;  1DCB A;  4Q87 A;  4RUZ A;  1CAI A;  2HFW A;  1CAJ A;  1I8Z A;  1CAL A;  3RYV B;  3HKU A;  2IT4 A;  3DV7 A;  4Q9Y A;  1CA2 A;  5E5R A;  3DCC A;  4Q06 A;  5FL4 A;  4YX4 A;  4Z0Q A;  4YXU A;  4YGF A;  3NB5 A;  4CA2 A;  1CNJ A;  1TE3 X;  4PQ7 A;  4Z1N A;  3M1K A;  3N3J A;  1ZSB A;  3M98 A;  5DSI A;  2OSM A;  3M2X A;  3JXH C;  3B1B A;  4MO8 A;  3F7B A;  3T85 A;  1FLJ A;  1BNV A;  3PYK A;  3TVN X;  4KP8 A;  5FDI A;  2WEJ A;  4C3T A;  4QSA A;  4YWP A;  5SZ4 A;  4CNW A;  1ZH9 A;  1CIM A;  1CAN A;  5BRV A;  1BNM A;  4M2R A;  2X7U A;  3MNK A;  4MLX A;  5JQ0 A;  2CBA A;  3IGP A;  3RYJ B;  5BRW A;  2H15 A;  1G3Z A;  1Z93 A;  5J8Z A;  1ZFK A;  4FVO A;  1HEA A;  3DA2 A;  4ZWX A;  1YDC A;  4K0Z A;  2NXR A;  3N2P A;  3M1W A;  5G0B A;  4E5Q A;  3RYZ A;  4L5V A;  4K13 A;  4Q6D A;  5E5U A;  1CAH A;  1RJ6 A;  1CVE A;  4TWL A;  5SZ2 A;  4XIX A;  4WR7 A;  1LGD A;  3P44 A;  1I9N A;  4K0T A;  1KWQ A;  5DSL A;  1UGC A;  1HEB A;  5JEP B;  1IF5 A;  1ZGF A;  2EU3 A;  1I9O A;  4KNJ A; 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