1G4O | Genus

Total Genus 74

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDVGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__258748048388155__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__258748048388155__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1G4O/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__258748048388155__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"258748048388155","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1G4O/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__258748048388155__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb2d7e4ab82a5d28882e59/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb2d7e4ab82a5d28882e59/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb2d7e4ab82a5d28882e59/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb2d7e4ab82a5d28882e59/pdb.gz): 218 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Contribution of Flourine to Protein-ligand Affinity in the Binding of Flouroaromatic Inhibitors to Carbonic Anhydrase II pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
total genus	74
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2000-10-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1g4oA00

3FFPX 3MDZA 5FLOA 2FMGA 5BRWA 2ABEA 3M2NA 2WEHA 4Z1EA 3D8WA 4ZWZA 3T5UA 1CVDA 1CVEA 4IWZA 5DSQA 5JEGB 4YGFA 1LG5A 4YGJA 3MHOA 2O4ZA 3ML5A 2QO8A 3HFPA 3MNHA 4YX4A 4CQ0A 3MNKA 1AZMA 3V3IB 3DA2A 5FL5A 5G0BA 1G6VA 4JSZA 4RUYA 4WUQA 1KEQA 3T85A 3MNUA 5JQTA 1TB0X 2X7SA 1CVHA 1I91A 4Z1JA 4KUVA 3W6HA 4M2WA 5E2KA 2WEGA 1IF9A 5FNHA 3U47A 3D93A 1DCBA 3V3GB 3MWOA 5G0CA 1YO1A 1CVCA 1AVNA 3D92A 5G01A 2X7TA 5DOGA 3M5SA 3CA2A 6CA2A 1UGFA 5JDVB 4L5VA 1KWQA 1HCBA 1CCSA 1TEQX 2NXTA 3MHMA 5SZ0A 3IBUA 2FOSA 1G52A 2NXSA 1DMYA 5JEPB 2ZNCA 4JSSA 4QJWA 2GD8A 5EKHA 5DOHA 2POVA 3DBUA 1CNJA 4Q7WA 4Z1NA 5EZTX 2CBEA 2VVAX 4RIUA 4MDLA 3M1WA 4QTLA 2HD6A 1CAHA 4Q7SA 7CA2A 3OYSA 4QK2A 2Q1QA 3CYUA 3S75B 3RZ1B 2X7UA 5JGTB 4QK3A 3M5TA 5EKMA 3KIGA 2HOCA 4HEZA 4QSBA 1Z97A 5DSLA 5FLQA 1CANA 1TG3A 3M2ZA 3ML2A 2NN7A 2HKKA 3F8EA 3V2JA 2POWA 2NXRA 1UGAA 4ZWYA 1ZSCA 4Y0JA 5AMLA 3RZ5A 4JSWA 4MTYA 3TVNX 4MLTA 3S72B 4E5QA 5C8IA 1OKLA 4QEFA 3MNIA 5A6HA 3MMFA 3S76A 2OSFA 1G1DA 3U7CA 4Q09A 3K34A 4CNRA 3KLDB 3MNJA 3OYQA 2OSMA 4L5WA 4ETQC 3P55A 1IF4A 1KOPA 3OIKA 1TTMA 1I9OA 4KAPA 4Q06A 1KOQA 3PO6A 4IDRX 3S77B 5FL4A 5FLSA 1CCUA 4XFWA 2WD2A 5CLUA 5JEHB 5HPJA 3LXEA 4ITPA 5AMGA 5FDIA 3CZVA 3JXGA 4HEWA 2FW4A 3P3JA 3DD8A 3DVBA 1BV3A 5E2SA 4ITOA 3PJJA 3V2MA 2ILIA 5E2NA 3SBHA 1XQ0A 3IBIA 3V3FA 1UGEA 4HT2A 5FL6A 3IAIA 1FR4A 1IF5A 2EU2A 3S78B 4QSIA 1OKNA 2AW1A 1J9WA 3R16A 4WW6A 3RYZA 3IEOA 2FNMA 3NB5A 3DVDA 4Q8ZA 3V3JA 5FNMA 4E3HA 1TBTX 4RUXA 5DSPA 3VBDA 5EH8A 4HU1A 3RYJB 4XZ5A 3RGEA 1UGCA 5EOIA 4G0CA 3QYKA 3S97A 1ZSAA 3CAJA 1UGGA 4YHAA 1THKA 4PYYA 5FNJA 3RG3A 1EOUA 1CVBA 2CBBA 5JQ0A 5CA2A 5EIJA 3RZ7A 1HEBA 4QIYA 4QJXA 5DSMA 4C3TA 5A25A 4G7AA 3M67A 4KV0A 5BRVA 4M2VA 1CNCA 4YGLA 5SZ2A 2QOAA 1RZCA 1LZVA 3W6IA 1HEAA 5EKJA 1Z9YA 5CJFA 2HFWA 1CNYA 1FSQA 1HCAA 1CAMA 4FPTA 4HEYA 3DVCA 4MDMA 3M04A 3RYVB 4XIXA 4K0ZA 1KWRA 3IGPA 1RZDA 2NNVA 1OKMA 1YO0A 3S71B 4Q7VA 1BNWA 3IBNA 5BYIA 1YDBA 4LP6A 4N16A 4WR7A 4YYTA 4Q78A 1XPZA 4BF6A 4Q07A 1F2WA 4M2RA 5E2RA 1IF6A 4ZWXA 1BNNA 1CVAA 3GZ0A 5LMDA 4M2UA 3M2YA 3DC9A 1ZFKA 4QJPA 1RZAA 3KONA 3M40A 4QJ0A 4X5SA 2FOUA 1HEDA 3DAZA 3M5EA 3M96A 3MHLA 1TEUX 3SAPA 3N3JA 4Q6DA 4E3DA 4N0XB 1G48A 2QP6A 2EU3A 4GL1X 5L3OA 1H4NA 1G53A 3OKVA 3K7KA 3EFIA 1JD0A 1ZSBA 3L14A 4HT0A 4PQ7A 4PXXA 4Q08A 4Q0LA 2F14A 5FDCA 1T9NA 4E9OX 4KP5A 4Q6EA 4XE1A 3F4XA 1CNKA 4CACA 1Y7WA 2H4NA 3F7UA 3M14A 1CVFA 2NWZA 3OILA 1BICA 1ZGFA 3DC3A 4RN4A 1I9MA 1FR7A 5EH5A 1CZMA 1CAKA 1TG9A 1G3ZA 4KUWA 1H9NA 1CA2A 1CIMA 4ZWIA 3SBIA 2NNGA 5FLRA 3ZP9A 4COQA 4ILXA 4ZX1A 3DV7A 3MHIA 1I9QA 1G4OA 1FSRA 3V7XA 2FMZA 2NNSA 5FLTA 5SZ1A 2HNCA 3HKTA 2FNKA 1UGDA 3UYQA 1YDAA 1I8ZA 4QK1A 4TWMA 3OY0A 4Q99A 4E3GA 4RH2A 5EH7A 4LU3A 5SZ4A 2Q1BA 4FVOA 4KNMA 4FU5A 4FIKA 5FNKA 2Q38A 1MUAA 3V3HB 1CAJA 3MYQA 4RFDA 1ZE8A 3NI5A 3M3XA 1BNTA 1CNBA 1ZFQA 1IF7A 2EZ7A 2HL4A 1CNIA 2FOQA 5FNIA 1XEGA 5G03A 3RG4A 1H9QA 2WEOA 1CRAA 4CNXA 3S74B 3MHCA 2NWPA 2FOVA 4RFCA 4KNIA 4PYXA 9CA2A 3FW3A 4Q90A 4QJMA 4TWLA 1JCZA 4Q9YA 5E28A 1BN1A 2CABA 1V9IC 3RYYA 4FL7A 4WUPA 2NMXA 3Q31A 1I9LA 4KUYA 5SZ7A 3K2FA 1Z93A 4R5BA 3DCSA 5JESB 2NNOA 4Q8YA 3OIMA 1FQNA 3RZ0B 2POUA 3S73B 2H15A 5DSNA 3FE4A 3RYXB 4K13A 1LUGA 1RAYA 1BN3A 2CBAA 3P5LA 3U45X 2WD3A 1CCTA 3KS3A 4Z0QA 4KNNA 4RIVA 4YXUA 1YDCA 1CNXA 1G54A 2W2JA 3P4VA 1ZGEA 4QIZA 1CA3A 3ZNCA 4YGNA 4DZ9A 5L6KA 4ZAOA 3DCWA 1AM6A 3TMJA 1LG6A 3UYNA 3N4BA 5DSJA 4BF1A 4KNJA 3P5AA 3HS4A 4QY3A 1ZH9A 3P3HA 1BNVA 4CNWA 1HECA 1HVAA 3KWAA 4DZ7A 3HKUA 4QJOA 1CAOA 1CAZA 3D0NA 4Q81A 5JG5B 3BETA 4PZHA 3F7BA 1CILA 1RAZA 3M2XA 4FRCA 4YWPA 1FQRA 3S8XA 1A42A 5AMDA 4LHIA 1CNGA 3HKNA 3T84A 5JGSB 3RJ7A 5CACA 5EHVA 1HUHA 4E4AA 2NN1A 4R5AA 3HKQA 4YVYA 3M1QA 4CA2A 3BL0A 1CRMA 2NWYA 1CNHA 4HF3A 1G46A 1MOOA 3T83A 1CAYA 1IF8A 3DD0A 3SAXA 3PYKA 4KP8A 4Q87A 3V5GA 1RZEA 4MLXA 3MZCA 1BNQA 2FOYA 4YXIA 3C7PA 4XIWA 1FLJA 3KOIA 4E3FA 4K0TA 1LGDA 1HUGA 4K1QA 4FVNA 3EFTA 5FLPA 1DCAA 5FNLA 2IT4A 4Q49A 4WL4A 4QSJA 3B4FA 2AX2A 4Q8XA 3U3AX 3DCCA 5E5RA 1URTA 1CNWA 2VVBX 4MO8A 5EHEA 3JXFA 3P58A 1BNUA 4K0SA 1I9NA 1YO2A 2CA2A 1I9PA 5J8ZA 5BNLA 2FNNA 1G4JA 2NWOA 5FNGA 1V9EA 4QSAA 3M1JA 1UGBA 1BZMA 3R17B 1FQLA 2CBDA 1BN4A 3M1KA 1YDDA 5DSRA 3OKUA 1DMXA 1TH9A 4E49A 5DVXA 2CBCA 1FQMA 4BCWA 1CINA 1FSNA 3N0NA 3KNEA 8CA2A 3JXHC 1RZBA 5E2MA 1CALA 4Q83A 3N2PA 3S9TA 5EHWA 12CAA 1XEVA 1JV0A 3MNAA 3M98A 3IBLA 3KOKA 3B1BA 5DSOA 4ZX0A 3RZ8A 4HBAA 5SZ3A 4RUZA 4CNVA 5DSIA 1TE3X 3T82A 1G0FA 4L5UA 1G45A 3P44A 4UOVA 5DSKA 5SZ5A 2WEJA 3HLJA 1ZNCA 1RJ6A 4YXOA 1G0EA 5JG3B 2GEHA 5DRSA 4MDGA 1BNMA 3BL1A 1CAIA 4Z1KA 3T5ZA 3D9ZA 1BCDA 1RJ5A 5E5UA 5BRUA 4Q7PA 3NJ9A 3TVOX 4JS6A 1OQ5A 4YGKA 5SZ6A 3RLDA 4JSAA 3KKXA 4WW8A 5IPZA 1I90A 4R59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3FFP X;  3MDZ A;  5FLO A;  2FMG A;  5BRW A;  2ABE A;  3M2N A;  2WEH A;  4Z1E A;  3D8W A;  4ZWZ A;  3T5U A;  1CVD A;  1CVE A;  4IWZ A;  5DSQ A;  5JEG B;  4YGF A;  1LG5 A;  4YGJ A;  3MHO A;  2O4Z A;  3ML5 A;  2QO8 A;  3HFP A;  3MNH A;  4YX4 A;  4CQ0 A;  3MNK A;  1AZM A;  3V3I B;  3DA2 A;  5FL5 A;  5G0B A;  1G6V A;  4JSZ A;  4RUY A;  4WUQ A;  1KEQ A;  3T85 A;  3MNU A;  5JQT A;  1TB0 X;  2X7S A;  1CVH A;  1I91 A;  4Z1J A;  4KUV A;  3W6H A;  4M2W A;  5E2K A;  2WEG A;  1IF9 A;  5FNH A;  3U47 A;  3D93 A;  1DCB A;  3V3G B;  3MWO A;  5G0C A;  1YO1 A;  1CVC A;  1AVN A;  3D92 A;  5G01 A;  2X7T A;  5DOG A;  3M5S A;  3CA2 A;  6CA2 A;  1UGF A;  5JDV B;  4L5V A;  1KWQ A;  1HCB A;  1CCS A;  1TEQ X;  2NXT A;  3MHM A;  5SZ0 A;  3IBU A;  2FOS A;  1G52 A;  2NXS A;  1DMY A;  5JEP B;  2ZNC A;  4JSS A;  4QJW A;  2GD8 A;  5EKH A;  5DOH A;  2POV A;  3DBU A;  1CNJ A;  4Q7W A;  4Z1N A;  5EZT X;  2CBE A;  2VVA X;  4RIU A;  4MDL A;  3M1W A;  4QTL A;  2HD6 A;  1CAH A;  4Q7S A;  7CA2 A;  3OYS A;  4QK2 A;  2Q1Q A;  3CYU A;  3S75 B;  3RZ1 B;  2X7U A;  5JGT B;  4QK3 A;  3M5T A;  5EKM A;  3KIG A;  2HOC A;  4HEZ A;  4QSB A;  1Z97 A;  5DSL A;  5FLQ A;  1CAN A;  1TG3 A;  3M2Z A;  3ML2 A;  2NN7 A;  2HKK A;  3F8E A;  3V2J A;  2POW A;  2NXR A;  1UGA A;  4ZWY A;  1ZSC A;  4Y0J A;  5AML A;  3RZ5 A;  4JSW A;  4MTY A;  3TVN X;  4MLT A;  3S72 B;  4E5Q A;  5C8I A;  1OKL A;  4QEF A;  3MNI A;  5A6H A;  3MMF A;  3S76 A;  2OSF A;  1G1D A;  3U7C A;  4Q09 A;  3K34 A;  4CNR A;  3KLD B;  3MNJ A;  3OYQ A;  2OSM A;  4L5W A;  4ETQ C;  3P55 A;  1IF4 A;  1KOP A;  3OIK A;  1TTM A;  1I9O A;  4KAP A;  4Q06 A;  1KOQ A;  3PO6 A;  4IDR X;  3S77 B;  5FL4 A;  5FLS A;  1CCU A;  4XFW A;  2WD2 A;  5CLU A;  5JEH B;  5HPJ A;  3LXE A;  4ITP A;  5AMG A;  5FDI A;  3CZV A;  3JXG A;  4HEW A;  2FW4 A;  3P3J A;  3DD8 A;  3DVB A;  1BV3 A;  5E2S A;  4ITO A;  3PJJ A;  3V2M A;  2ILI A;  5E2N A;  3SBH A;  1XQ0 A;  3IBI A;  3V3F A;  1UGE A;  4HT2 A;  5FL6 A;  3IAI A;  1FR4 A;  1IF5 A;  2EU2 A;  3S78 B;  4QSI A;  1OKN A;  2AW1 A;  1J9W A;  3R16 A;  4WW6 A;  3RYZ A;  3IEO A;  2FNM A;  3NB5 A;  3DVD A;  4Q8Z A;  3V3J A;  5FNM A;  4E3H A;  1TBT X;  4RUX A;  5DSP A;  3VBD A;  5EH8 A;  4HU1 A;  3RYJ B;  4XZ5 A;  3RGE A;  1UGC A;  5EOI A;  4G0C A;  3QYK A;  3S97 A;  1ZSA A;  3CAJ A;  1UGG A;  4YHA A;  1THK A;  4PYY A;  5FNJ A;  3RG3 A;  1EOU A;  1CVB A;  2CBB A;  5JQ0 A;  5CA2 A;  5EIJ A;  3RZ7 A;  1HEB A;  4QIY A;  4QJX A;  5DSM A;  4C3T A;  5A25 A;  4G7A A;  3M67 A;  4KV0 A;  5BRV A;  4M2V A;  1CNC A;  4YGL A;  5SZ2 A;  2QOA A;  1RZC A;  1LZV A;  3W6I A;  1HEA A;  5EKJ A;  1Z9Y A;  5CJF A;  2HFW A;  1CNY A;  1FSQ A;  1HCA A;  1CAM A;  4FPT A;  4HEY A;  3DVC A;  4MDM A;  3M04 A;  3RYV B;  4XIX A;  4K0Z A;  1KWR A;  3IGP A;  1RZD A;  2NNV A;  1OKM A;  1YO0 A;  3S71 B;  4Q7V A;  1BNW A;  3IBN A;  5BYI A;  1YDB A;  4LP6 A;  4N16 A;  4WR7 A;  4YYT A;  4Q78 A;  1XPZ A;  4BF6 A;  4Q07 A;  1F2W A;  4M2R A;  5E2R A;  1IF6 A;  4ZWX A;  1BNN A;  1CVA A;  3GZ0 A;  5LMD A;  4M2U A;  3M2Y A;  3DC9 A;  1ZFK A;  4QJP A;  1RZA A;  3KON A;  3M40 A;  4QJ0 A;  4X5S A;  2FOU A; 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1G4OA

Total Genus

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Chain Sequence

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