1JD0 | Genus

Total Genus 72

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	72
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	260
structure length	260
Chain Sequence	KWTYFGPDGENSWSKKYPSCGGLLQSPIDLHSDILQYDASLTPLEFQGYNLSANKQFLLTNNGHSVKLNLPSDMHIQGLQSRYSATQLHLHWGNPNDPHGSEHTVSGQHFAAELHIVHYNSDLYPDASTASNKSEGLAVLAVLIEMGSFNPSYDKIFSHLQHVKYKGQEAFVPGFNIEELLPERTAEYYRYRGSLTTPPCNPTVLWTVFRNPVQISQEQLLALETALYCTHMDDPSPREMINNFRQVQKFDERLVYTSFS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__215427623297145__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__215427623297145__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1JD0/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__215427623297145__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"215427623297145","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1JD0/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__215427623297145__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal structure of the dimeric extracellular domain of human carbonic anhydrase XII, a bitopic membrane protein overexpressed in certain cancer tumor cells. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE XII
total genus	72
structure length	260
sequence length	260
chains with identical sequence	B
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2001-06-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1jd0A00

1BNMA 2O4ZA 3MNAA 1CRMA 3P3HA 4YXUA 4RH2A 3IGPA 2HNCA 2NXSA 3MNJA 4QJWA 5EKHA 5G0CA 4M2WA 4M2UA 1FSNA 3M1QA 1JV0A 1HUHA 3GZ0A 3U45X 5E2RA 2AX2A 2CA2A 1FLJA 1G4OA 1JCZA 5FLQA 4YX4A 1YO2A 4ETQC 1RZBA 2QOAA 1LGDA 1XEGA 1KWQA 1CCSA 1UGDA 3IBNA 3V3FA 5JGTB 3BL0A 1BICA 1CAZA 3W6HA 1CNGA 3N0NA 3QYKA 4QK3A 4MDMA 3DCCA 3PO6A 1YDDA 3OIKA 4Q09A 4CNRA 2POVA 5SZ5A 3P55A 5DOHA 4XZ5A 4RUZA 1LG5A 4PXXA 5FDCA 4E3FA 2X7UA 3DVDA 1TTMA 4QIZA 4QK2A 1ZSAA 5AMDA 2NNSA 1G45A 5FNIA 1I9NA 3IAIA 2CBBA 1FQNA 1UGCA 3MZCA 1CVDA 9CA2A 1UGAA 4GL1X 3T5UA 4K13A 3F4XA 5JG5B 1G0EA 2HD6A 4X5SA 1HUGA 3RZ8A 2NWPA 3M2NA 4IWZA 4YGFA 3V3JA 4ILXA 6CA2A 1EOUA 4KUVA 3UYQA 3S77B 4KNIA 3S97A 1CVEA 3RZ7A 2IT4A 4K0TA 1BNTA 2EU2A 3MNIA 3P44A 4Q90A 3ZP9A 3P58A 3FFPX 5A25A 1I90A 2FW4A 5IPZA 2VVBX 2HL4A 3DC9A 4BF6A 2WEJA 1HEDA 4Q7PA 5EH5A 2CBCA 1I91A 4Y0JA 3OKVA 3IBLA 1BN4A 3V2MA 5JQ0A 4RN4A 4MDLA 3RG4A 5EKMA 2NN7A 4KUYA 1KOQA 5FL5A 1YDBA 4JS6A 4HT0A 3PJJA 4QSIA 2QO8A 4JSSA 3S75B 1G54A 1URTA 2Q1BA 5DSKA 1RAYA 4JSAA 3CAJA 5G01A 2FOUA 4Q06A 1ZSBA 4RFCA 1LUGA 4E49A 2NWOA 4Z1JA 1IF5A 3K2FA 4Z1NA 5L6KA 1CNKA 1IF9A 3M67A 4TWLA 4JSWA 1YDCA 4K0ZA 3RYZA 4C3TA 1F2WA 1H9NA 4CQ0A 4L5UA 3RZ5A 3D93A 3DAZA 3S76A 3HKQA 5FDIA 4Z1EA 4Q8XA 5DSOA 4KP5A 4YHAA 1CAYA 2POUA 4Q8ZA 4XE1A 1G52A 1CANA 1Z9YA 4MDGA 1TB0X 1H4NA 3MHLA 3BL1A 3RJ7A 3S73B 1HECA 4M2VA 1UGEA 3M3XA 2FOQA 3M04A 4K1QA 5FLRA 5FNMA 1UGBA 3S71B 4FVNA 1HCBA 3F8EA 5SZ4A 3C7PA 4G0CA 2NNVA 4Q83A 5BRUA 4DZ7A 1RZCA 3SAXA 5E28A 3DCSA 1RZEA 5EZTX 4L5VA 1Z97A 4PYYA 3MHOA 1CZMA 4ZWZA 3L14A 3CZVA 1I9LA 5FNJA 3OIMA 3M98A 1FQLA 3KWAA 1YO0A 1UGFA 3ML2A 4KNNA 3NJ9A 4PZHA 4QY3A 5DRSA 3IEOA 3S8XA 3DD8A 5JGSB 3MMFA 4TWMA 1CCUA 1ZNCA 1I9PA 1YO1A 3M5EA 4N16A 3OYSA 4RIUA 1CNWA 5DOGA 1ZH9A 4ZAOA 1CVHA 5E5UA 5DSPA 5E2SA 5BNLA 1MOOA 3R17B 4PYXA 3P4VA 4HEYA 3P3JA 3MDZA 3DVCA 4Q08A 1AZMA 1KWRA 1CAKA 2WEGA 3B1BA 3TVNX 3HLJA 1I9OA 4FVOA 5AMGA 8CA2A 4RIVA 1CVAA 1RAZA 4FL7A 1ZFKA 1CNYA 2WD2A 2NNOA 3HFPA 2CABA 3F7BA 5J8ZA 1CRAA 1XQ0A 3F7UA 3RGEA 4RUXA 3U3AX 4Q0LA 3D0NA 1KOPA 4WW8A 4FPTA 4IDRX 4MLTA 4RFDA 4KV0A 5JESB 3FE4A 3KKXA 5EHEA 3T83A 3KNEA 1IF8A 3T85A 2X7TA 5DSQA 4YYTA 3S74B 4QJ0A 1TG3A 4Q7SA 3N4BA 4Q7WA 1J9WA 3V3HB 1ZSCA 5CLUA 2FOYA 4R5AA 3JXFA 5EKJA 3S9TA 2CBDA 4Q49A 4Q81A 4WW6A 1CVBA 1G1DA 2EU3A 4Q6DA 3DV7A 3ZNCA 4E5QA 3D8WA 2CBEA 3R16A 4MO8A 4PQ7A 1CNHA 5JQTA 5EH7A 5EH8A 4QEFA 4Q78A 1XEVA 1G3ZA 3DBUA 1BNUA 1CNXA 3V2JA 5SZ7A 3V3GB 3MNHA 4QJPA 1G53A 2FMZA 1BZMA 1RJ6A 5EIJA 4Q8YA 4WUQA 1G48A 4ZX0A 4E3HA 2WEHA 3RYYA 3JXGA 1CVFA 3NI5A 3T5ZA 4LU3A 4N0XB 5JDVB 3T84A 2F14A 1CAHA 4LHIA 5JEHB 4FRCA 12CAA 4G7AA 3M1JA 3SAPA 1DMXA 3OY0A 1OKNA 5DSRA 1UGGA 5FLSA 3CA2A 4COQA 1XPZA 4Q07A 1TG9A 1CINA 4YXOA 4Q9YA 1CAOA 4QJMA 1FQMA 1H9QA 1FQRA 1BCDA 1BNNA 3CYUA 3MWOA 1I8ZA 3RYVB 3OYQA 4ZWXA 3EFTA 4HU1A 1BNWA 5SZ0A 1FR4A 1TBTX 4ZX1A 3DA2A 2FOVA 4QSBA 4M2RA 1I9MA 5FL6A 4Z0QA 1CCTA 3S72B 5CACA 5HPJA 5EHWA 4JSZA 3U47A 4E9OX 4QSJA 1THKA 3BETA 2X7SA 2ABEA 4KNJA 2FNNA 1ZE8A 1IF6A 5DSLA 5BYIA 3RG3A 1V9EA 3KS3A 3DCWA 3SBIA 1CA2A 1JD0A 1Y7WA 1BN1A 4MTYA 5EHVA 5FLPA 4HF3A 1AVNA 1CAIA 3MNUA 5JG3B 3IBUA 4HT2A 5E2KA 5EOIA 2FOSA 1DCBA 2OSFA 3M1WA 1TE3X 3B4FA 3P5LA 4QTLA 3UYNA 3HKNA 3M40A 2ZNCA 5DSNA 1IF7A 1Z93A 4YVYA 4XIXA 1ZFQA 1V9IC 3W6IA 2NXRA 2QP6A 2GD8A 5FL4A 1OQ5A 1TH9A 2HKKA 5LMDA 5A6HA 2WD3A 5SZ2A 1LG6A 3V3IB 4UOVA 2HFWA 2WEOA 3N3JA 4L5WA 4CACA 1I9QA 1LZVA 3IBIA 3JXHC 3OILA 4ZWIA 5C8IA 1RZDA 5DVXA 3EFIA 1CNBA 5JEGB 3M14A 3MHMA 3VBDA 3M1KA 3M2ZA 3M2YA 5BRWA 1HEAA 1FSRA 4YGLA 1TEUX 4HEWA 2FNKA 5FLOA 4CNXA 3KLDB 1HCAA 4YGJA 4XIWA 3Q31A 3M96A 1OKLA 1BV3A 3KOKA 3MYQA 2FMGA 3M5TA 4DZ9A 5AMLA 5FNHA 1A42A 1AM6A 3LXEA 4KP8A 1G46A 4CNWA 3P5AA 5SZ1A 5FNLA 4YXIA 7CA2A 4LP6A 3HKTA 3U7CA 1G0FA 1CNJA 1DMYA 5G0BA 3MNKA 5FLTA 4KAPA 1G4JA 3NB5A 4HBAA 3V7XA 3KIGA 4QJOA 4ZWYA 2NXTA 5CJFA 4Q7VA 3HKUA 5FNGA 5SZ3A 1RJ5A 3MHIA 2HOCA 3S78B 2OSMA 2NMXA 1IF4A 4YWPA 5E2NA 4E3GA 3SBHA 4WL4A 4XFWA 3RZ0B 2H15A 3M2XA 4WUPA 4R59A 5DSJA 1FR7A 5DSMA 2AW1A 2NNGA 1CNIA 2CBAA 3TMJA 1TEQX 5DSIA 3N2PA 1HVAA 3D92A 3OKUA 3T82A 3DD0A 1ZGFA 4QSAA 2H4NA 3RYXB 2W2JA 2GEHA 5E5RA 3V5GA 2POWA 4QK1A 2Q38A 1DCAA 1CA3A 1MUAA 4ITPA 3PYKA 4K0SA 3TVOX 4YGNA 4E4AA 2NWYA 2NN1A 3RZ1B 4MLXA 4R5BA 1CALA 3DC3A 2ILIA 3RYJB 4QJXA 2FNMA 4Q6EA 4YGKA 4BCWA 4E3DA 4KNMA 1BNQA 3DVBA 1YDAA 5SZ6A 3K7KA 3KONA 1FSQA 1T9NA 1CAJA 1OKMA 5BRVA 1CNCA 1CIMA 5E2MA 5FNKA 1CVCA 2Q1QA 2NWZA 3M5SA 3RLDA 2VVAX 4QIYA 3ML5A 4FU5A 4Q87A 5L3OA 5G03A 1BN3A 5JEPB 5CA2A 1BNVA 1RZAA 2EZ7A 3K34A 4FIKA 1ZGEA 4CA2A 1KEQA 4RUYA 4WR7A 3MHCA 1HEBA 3D9ZA 1CILA 4BF1A 4CNVA 3HS4A 4ITOA 3KOIA 1CAMA 1G6VA 3FW3A 4Z1KA 4HEZA 4KUWA 4Q99A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BNM A;  2O4Z A;  3MNA A;  1CRM A;  3P3H A;  4YXU A;  4RH2 A;  3IGP A;  2HNC A;  2NXS A;  3MNJ A;  4QJW A;  5EKH A;  5G0C A;  4M2W A;  4M2U A;  1FSN A;  3M1Q A;  1JV0 A;  1HUH A;  3GZ0 A;  3U45 X;  5E2R A;  2AX2 A;  2CA2 A;  1FLJ A;  1G4O A;  1JCZ A;  5FLQ A;  4YX4 A;  1YO2 A;  4ETQ C;  1RZB A;  2QOA A;  1LGD A;  1XEG A;  1KWQ A;  1CCS A;  1UGD A;  3IBN A;  3V3F A;  5JGT B;  3BL0 A;  1BIC A;  1CAZ A;  3W6H A;  1CNG A;  3N0N A;  3QYK A;  4QK3 A;  4MDM A;  3DCC A;  3PO6 A;  1YDD A;  3OIK A;  4Q09 A;  4CNR A;  2POV A;  5SZ5 A;  3P55 A;  5DOH A;  4XZ5 A;  4RUZ A;  1LG5 A;  4PXX A;  5FDC A;  4E3F A;  2X7U A;  3DVD A;  1TTM A;  4QIZ A;  4QK2 A;  1ZSA A;  5AMD A;  2NNS A;  1G45 A;  5FNI A;  1I9N A;  3IAI A;  2CBB A;  1FQN A;  1UGC A;  3MZC A;  1CVD A;  9CA2 A;  1UGA A;  4GL1 X;  3T5U A;  4K13 A;  3F4X A;  5JG5 B;  1G0E A;  2HD6 A;  4X5S A;  1HUG A;  3RZ8 A;  2NWP A;  3M2N A;  4IWZ A;  4YGF A;  3V3J A;  4ILX A;  6CA2 A;  1EOU A;  4KUV A;  3UYQ A;  3S77 B;  4KNI A;  3S97 A;  1CVE A;  3RZ7 A;  2IT4 A;  4K0T A;  1BNT A;  2EU2 A;  3MNI A;  3P44 A;  4Q90 A;  3ZP9 A;  3P58 A;  3FFP X;  5A25 A;  1I90 A;  2FW4 A;  5IPZ A;  2VVB X;  2HL4 A;  3DC9 A;  4BF6 A;  2WEJ A;  1HED A;  4Q7P A;  5EH5 A;  2CBC A;  1I91 A;  4Y0J A;  3OKV A;  3IBL A;  1BN4 A;  3V2M A;  5JQ0 A;  4RN4 A;  4MDL A;  3RG4 A;  5EKM A;  2NN7 A;  4KUY A;  1KOQ A;  5FL5 A;  1YDB A;  4JS6 A;  4HT0 A;  3PJJ A;  4QSI A;  2QO8 A;  4JSS A;  3S75 B;  1G54 A;  1URT A;  2Q1B A;  5DSK A;  1RAY A;  4JSA A;  3CAJ A;  5G01 A;  2FOU A;  4Q06 A;  1ZSB A;  4RFC A;  1LUG A;  4E49 A;  2NWO A;  4Z1J A;  1IF5 A;  3K2F A;  4Z1N A;  5L6K A;  1CNK A;  1IF9 A;  3M67 A;  4TWL A;  4JSW A;  1YDC A;  4K0Z A;  3RYZ A;  4C3T A;  1F2W A;  1H9N A;  4CQ0 A;  4L5U A;  3RZ5 A;  3D93 A;  3DAZ A;  3S76 A;  3HKQ A;  5FDI A;  4Z1E A;  4Q8X A;  5DSO A;  4KP5 A;  4YHA A;  1CAY A;  2POU A;  4Q8Z A;  4XE1 A;  1G52 A;  1CAN A;  1Z9Y A;  4MDG A;  1TB0 X;  1H4N A;  3MHL A;  3BL1 A;  3RJ7 A;  3S73 B;  1HEC A;  4M2V A;  1UGE A;  3M3X A;  2FOQ A;  3M04 A;  4K1Q A;  5FLR A;  5FNM A;  1UGB A;  3S71 B;  4FVN A;  1HCB A;  3F8E A;  5SZ4 A;  3C7P A;  4G0C A;  2NNV A;  4Q83 A;  5BRU A;  4DZ7 A;  1RZC A;  3SAX A;  5E28 A;  3DCS A;  1RZE A;  5EZT X;  4L5V A;  1Z97 A;  4PYY A;  3MHO A;  1CZM A;  4ZWZ A;  3L14 A;  3CZV A;  1I9L A;  5FNJ A;  3OIM A;  3M98 A;  1FQL A;  3KWA A;  1YO0 A;  1UGF A;  3ML2 A;  4KNN A;  3NJ9 A;  4PZH A;  4QY3 A;  5DRS A;  3IEO A;  3S8X A;  3DD8 A;  5JGS B;  3MMF A;  4TWM A;  1CCU A;  1ZNC A;  1I9P A;  1YO1 A;  3M5E A;  4N16 A;  3OYS A;  4RIU A;  1CNW A;  5DOG A;  1ZH9 A;  4ZAO A;  1CVH A;  5E5U A;  5DSP A;  5E2S A;  5BNL A;  1MOO A;  3R17 B;  4PYX A;  3P4V A;  4HEY A;  3P3J A;  3MDZ A;  3DVC A;  4Q08 A;  1AZM A;  1KWR A;  1CAK A;  2WEG A;  3B1B A;  3TVN X;  3HLJ A;  1I9O A;  4FVO A;  5AMG A;  8CA2 A;  4RIV A;  1CVA A;  1RAZ A;  4FL7 A;  1ZFK A;  1CNY A;  2WD2 A;  2NNO A;  3HFP A;  2CAB A;  3F7B A;  5J8Z A;  1CRA A;  1XQ0 A;  3F7U A;  3RGE A;  4RUX A;  3U3A X;  4Q0L A;  3D0N A;  1KOP A;  4WW8 A;  4FPT A;  4IDR X;  4MLT A;  4RFD A;  4KV0 A;  5JES B;  3FE4 A;  3KKX A;  5EHE A;  3T83 A;  3KNE A;  1IF8 A;  3T85 A;  2X7T A;  5DSQ A;  4YYT A;  3S74 B;  4QJ0 A;  1TG3 A;  4Q7S A;  3N4B A;  4Q7W A;  1J9W A;  3V3H B;  1ZSC A;  5CLU A;  2FOY A;  4R5A A;  3JXF A;  5EKJ A;  3S9T A;  2CBD A;  4Q49 A;  4Q81 A;  4WW6 A;  1CVB A;  1G1D A;  2EU3 A;  4Q6D A;  3DV7 A;  3ZNC A;  4E5Q A;  3D8W A;  2CBE A;  3R16 A;  4MO8 A;  4PQ7 A;  1CNH A;  5JQT A;  5EH7 A;  5EH8 A;  4QEF A;  4Q78 A;  1XEV A;  1G3Z A;  3DBU A;  1BNU A;  1CNX A;  3V2J A;  5SZ7 A;  3V3G B;  3MNH A;  4QJP A;  1G53 A;  2FMZ A;  1BZM A;  1RJ6 A;  5EIJ A;  4Q8Y A;  4WUQ A;  1G48 A;  4ZX0 A;  4E3H A;  2WEH A;  3RYY A;  3JXG A;  1CVF A;  3NI5 A;  3T5Z A;  4LU3 A;  4N0X B;  5JDV B;  3T84 A;  2F14 A;  1CAH A;  4LHI A;  5JEH B;  4FRC A;  12CA A;  4G7A A;  3M1J A;  3SAP A;  1DMX A;  3OY0 A;  1OKN A;  5DSR A;  1UGG A;  5FLS A;  3CA2 A;  4COQ A;  1XPZ A;  4Q07 A;  1TG9 A;  1CIN A;  4YXO A;  4Q9Y A;  1CAO A;  4QJM A;  1FQM A;  1H9Q A;  1FQR A;  1BCD A;  1BNN A;  3CYU A;  3MWO A;  1I8Z A;  3RYV B;  3OYQ A;  4ZWX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1JD0A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

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