1LG5 | Genus

Total Genus 72

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	72
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLPTPPLLESVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__109505206576495__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__109505206576495__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1LG5/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__109505206576495__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"109505206576495","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1LG5/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__109505206576495__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb894194e8e74666e62b3e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb894194e8e74666e62b3e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb894194e8e74666e62b3e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb894194e8e74666e62b3e/pdb.gz): 993 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Organization of an efficient carbonic anhydrase: implications for the mechanism based on structure-function studies of a T199P/C206S mutant. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase II
total genus	72
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2002-04-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1lg5A00

5JEPB 3BL0A 2HNCA 4Q90A 3R17B 4WL4A 4R5AA 3P5LA 1BCDA 3RYVB 1CAZA 3ML5A 4WUQA 3S75B 4TWLA 3V5GA 2AX2A 3B1BA 4M2UA 4K0ZA 3M67A 3K2FA 5EKMA 1XPZA 3M5SA 1CCTA 5E5RA 3T83A 2FNMA 4MDLA 1RAYA 4ZAOA 5SZ4A 1BNWA 1RZBA 2NXRA 5AMLA 2EU3A 2AW1A 4PQ7A 5SZ3A 1AZMA 1DMXA 3M1QA 3HLJA 1LG5A 3OIMA 5EH7A 1UGEA 3T5UA 4L5WA 4CQ0A 5DSQA 5FNLA 2NNSA 3JXFA 3MYQA 2NWPA 5EHVA 4YYTA 1CA2A 3OY0A 1KOQA 3MNJA 3S78B 4HEZA 5EKJA 5FLTA 1XEGA 2QOAA 2FNNA 1RZCA 3B4FA 3HKUA 4QSIA 1CVEA 5JEHB 5JG3B 3M2YA 4E3GA 1CINA 2Q1QA 4K13A 4ETQC 5JDVB 1TG3A 3BL1A 1LG6A 3D8WA 3CAJA 3K7KA 1OKNA 3MWOA 4Q8XA 1BNUA 4Y0JA 4QY3A 3MZCA 3M2XA 5JGSB 9CA2A 5EHWA 2NMXA 2WD2A 3N2PA 5DOHA 1FR4A 3ZP9A 2X7TA 1CNBA 2NNVA 1HEBA 3M96A 4QSBA 5DSIA 1LUGA 4ZX1A 1YO0A 1CNHA 3D92A 3IBUA 5SZ7A 1URTA 1ZSBA 1HUHA 1FSNA 5FNMA 2ILIA 4Q99A 1H9QA 5DSMA 4Q8ZA 5CJFA 4FL7A 5DVXA 2NN1A 1YO1A 5L3OA 2CBCA 4JSWA 5FNJA 1CVHA 4QJMA 4YGNA 3M04A 1KWRA 4CA2A 3FFPX 4KNIA 1G52A 3P55A 3HFPA 4RIVA 1BNVA 1UGCA 4YVYA 5BYIA 1IF9A 3HKQA 1CNCA 3KOKA 4IDRX 4RH2A 5FNKA 3NJ9A 3DA2A 1CIMA 1YDAA 4RFCA 4Q8YA 1DCBA 4KV0A 3DBUA 1BZMA 1RJ6A 1TH9A 1H4NA 3U45X 3CYUA 1RZEA 3OYSA 1HCBA 1ZGFA 4WW6A 4QIZA 1Z97A 1CNXA 5FLQA 2CBEA 1A42A 5BRUA 3S8XA 4FU5A 3D93A 3RZ5A 3M1JA 7CA2A 2QP6A 4YGKA 3KOIA 2EU2A 3MHCA 1UGFA 4FRCA 1CNWA 1FSRA 4HEWA 1MUAA 4L5VA 4HT0A 1F2WA 3R16A 1KOPA 3T82A 3BETA 1TE3X 4FPTA 2FMZA 1CRMA 3OIKA 4Q78A 1CZMA 3S71B 4CNWA 4QTLA 4XZ5A 2QO8A 4FVNA 4KUWA 4QSJA 3S9TA 3MNUA 3SAPA 5DSRA 5FL5A 4RIUA 1ZH9A 1T9NA 4Z1JA 1I9QA 2VVAX 3V2JA 3KKXA 4QIYA 5EOIA 3U47A 1LZVA 1I9LA 4Z1EA 5BRVA 3V3HB 2FMGA 4COQA 4Q09A 4YGLA 2CBBA 3RYJB 1FR7A 5FNHA 4HU1A 4QJ0A 2NWYA 1TB0X 5EZTX 1UGGA 4G7AA 2HOCA 3C7PA 1CNGA 1ZFKA 3IBLA 1CA3A 2GD8A 1G6VA 3M98A 4HT2A 4K1QA 3KNEA 3RJ7A 4YXUA 1G3ZA 2EZ7A 3EFTA 4MO8A 3RZ1B 2NWOA 4MLTA 4KUYA 5BRWA 2FOVA 3ML2A 4R59A 4Q7PA 1BNNA 1CVAA 4UOVA 2WD3A 3RYXB 5L6KA 3GZ0A 3MNKA 4YWPA 1V9EA 5FDIA 4Q81A 5G03A 4L5UA 4CACA 3FW3A 3UYNA 1HEAA 1OQ5A 3M40A 4YXIA 4Z1KA 3U7CA 4BF6A 1OKMA 4M2RA 5DSOA 1CAMA 4RN4A 5FL6A 3DVBA 1JD0A 1G45A 4N16A 1FQMA 3IEOA 5DRSA 5FNGA 4KP8A 3F8EA 3KS3A 3MHMA 5LMDA 1FQNA 5A6HA 1G46A 5G0CA 5CA2A 1CAKA 4R5BA 2F14A 3F7UA 5E2MA 1ZE8A 5FLRA 1G4OA 2WEJA 4E3FA 2WEGA 1G1DA 4WUPA 4FIKA 4ILXA 4RUZA 5E2RA 1CILA 4HBAA 1YDCA 2CBAA 4Q6EA 2W2JA 1ZSCA 2CABA 3W6IA 5E5UA 3IGPA 5EKHA 1CAOA 1BNQA 3M5EA 2X7UA 1IF4A 2HFWA 3Q31A 2H4NA 3DAZA 1I9OA 1IF6A 3V2MA 2FOYA 5EHEA 4Z0QA 1BNMA 3T84A 1RZAA 1CNYA 1HECA 3OYQA 1FLJA 4E4AA 4XFWA 1Z9YA 3L14A 3F7BA 4PZHA 5DOGA 2FOSA 3PO6A 4ZWIA 4KP5A 2CBDA 2HD6A 4E9OX 1G53A 2NWZA 4MTYA 4QJOA 3QYKA 1FSQA 1BV3A 1RJ5A 1CAIA 3OILA 1Z93A 1TEUX 4IWZA 3S97A 3MNIA 5EH8A 4Q06A 4E3DA 4JSSA 1AM6A 2NNOA 3KONA 3P4VA 1CANA 3PJJA 2FOQA 3CZVA 3MMFA 1CAJA 1ZSAA 3P44A 3MNAA 3DC9A 3DVCA 4QJWA 4PYYA 3RG4A 5JG5B 3JXHC 2GEHA 1G54A 4X5SA 3SAXA 4CNXA 1TBTX 1JCZA 5G01A 4KUVA 4JSZA 1TTMA 4Q9YA 4TWMA 1ZFQA 4WW8A 5EH5A 1XQ0A 5DSJA 1FQLA 5DSLA 3FE4A 1RZDA 2Q1BA 4Q83A 5SZ5A 5IPZA 1CCSA 3IAIA 2POWA 4JS6A 4Q49A 4BF1A 2ZNCA 3M2ZA 1TG9A 4M2VA 3RZ7A 2FNKA 3DV7A 4Q0LA 3M5TA 5DSNA 3S74B 3DVDA 4ITPA 3S76A 4GL1X 1BNTA 5DSKA 4DZ9A 5AMDA 4DZ7A 1G0EA 1BN3A 4Q7VA 1I9PA 3UYQA 1IF5A 3MHIA 2HKKA 4YGJA 1EOUA 3MHOA 4PYXA 3K34A 4RUYA 4RFDA 5FL4A 5CACA 3TMJA 2NXSA 3V7XA 3ZNCA 1ZGEA 3HKNA 5C8IA 1KWQA 4CNVA 12CAA 1AVNA 1CAYA 4C3TA 4YX4A 4MDMA 3N0NA 1G48A 2VVBX 1UGDA 2OSMA 4E49A 1FQRA 2POVA 4QK2A 3TVOX 1HVAA 4E3HA 3S73B 2POUA 2CA2A 5A25A 1CVDA 3MNHA 1YDDA 5G0BA 3P3HA 1I9NA 4RUXA 4Q7WA 3CA2A 6CA2A 1I8ZA 3KIGA 4QJPA 4FVOA 1YDBA 4N0XB 4Q7SA 1LGDA 2WEOA 3SBHA 5JGTB 3V3IB 4LP6A 8CA2A 4G0CA 2X7SA 4KNNA 3KLDB 1CALA 5JQ0A 1V9IC 3RYZA 1UGAA 1BN1A 3NB5A 3M14A 5E2KA 4MDGA 5FLSA 5DSPA 2FOUA 3RLDA 3VBDA 5E2NA 4WR7A 1I90A 3HS4A 3M3XA 3D0NA 3MHLA 1IF8A 5BNLA 4HF3A 3N4BA 4XIWA 3DD0A 4ZWXA 3DCWA 4KNMA 2OSFA 1I91A 1THKA 4Q08A 5E2SA 3P3JA 3RZ0B 3TVNX 3RG3A 4JSAA 5JESB 5JQTA 3DC3A 1CVCA 1KEQA 4KNJA 3MDZA 4M2WA 1CCUA 1CVFA 2H15A 4KAPA 1YO2A 2HL4A 4HEYA 1Y7WA 1CNKA 5SZ6A 3T85A 4ZX0A 4Q6DA 4ITOA 4XIXA 3V3JA 2WEHA 3SBIA 3M2NA 1BN4A 5SZ1A 3PYKA 1I9MA 3P5AA 5FNIA 1JV0A 3HKTA 1DCAA 5CLUA 4BCWA 4QSAA 1J9WA 3S77B 2ABEA 3N3JA 1UGBA 1HEDA 4Q87A 1BICA 2IT4A 4K0TA 4ZWYA 4ZWZA 5EIJA 3EFIA 1HUGA 4QJXA 1RAZA 5E28A 1MOOA 4QK3A 2NNGA 3LXEA 5FDCA 1XEVA 5JEGB 3NI5A 5SZ2A 3DCSA 3RZ8A 1TEQX 1CAHA 1CNJA 1IF7A 4MLXA 5SZ0A 1CVBA 1HCAA 2O4ZA 4QK1A 3W6HA 1G0FA 1CNIA 3D9ZA 4XE1A 1ZNCA 4YXOA 2Q38A 3DD8A 3P58A 4K0SA 4QEFA 5FLOA 3T5ZA 2NN7A 5J8ZA 3V3FA 4PXXA 3S72B 1G4JA 3JXGA 2NXTA 3DCCA 3IBNA 4LU3A 3F4XA 4Z1NA 4YGFA 1CRAA 3M1KA 4YHAA 3V3GB 3M1WA 3OKUA 3OKVA 1H9NA 4CNRA 1DMYA 3KWAA 4E5QA 4Q07A 5AMGA 3IBIA 5FLPA 4LHIA 5HPJA 3RYYA 2FW4A 3RGEA 3U3AX 1OKLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5JEP B;  3BL0 A;  2HNC A;  4Q90 A;  3R17 B;  4WL4 A;  4R5A A;  3P5L A;  1BCD A;  3RYV B;  1CAZ A;  3ML5 A;  4WUQ A;  3S75 B;  4TWL A;  3V5G A;  2AX2 A;  3B1B A;  4M2U A;  4K0Z A;  3M67 A;  3K2F A;  5EKM A;  1XPZ A;  3M5S A;  1CCT A;  5E5R A;  3T83 A;  2FNM A;  4MDL A;  1RAY A;  4ZAO A;  5SZ4 A;  1BNW A;  1RZB A;  2NXR A;  5AML A;  2EU3 A;  2AW1 A;  4PQ7 A;  5SZ3 A;  1AZM A;  1DMX A;  3M1Q A;  3HLJ A;  1LG5 A;  3OIM A;  5EH7 A;  1UGE A;  3T5U A;  4L5W A;  4CQ0 A;  5DSQ A;  5FNL A;  2NNS A;  3JXF A;  3MYQ A;  2NWP A;  5EHV A;  4YYT A;  1CA2 A;  3OY0 A;  1KOQ A;  3MNJ A;  3S78 B;  4HEZ A;  5EKJ A;  5FLT A;  1XEG A;  2QOA A;  2FNN A;  1RZC A;  3B4F A;  3HKU A;  4QSI A;  1CVE A;  5JEH B;  5JG3 B;  3M2Y A;  4E3G A;  1CIN A;  2Q1Q A;  4K13 A;  4ETQ C;  5JDV B;  1TG3 A;  3BL1 A;  1LG6 A;  3D8W A;  3CAJ A;  3K7K A;  1OKN A;  3MWO A;  4Q8X A;  1BNU A;  4Y0J A;  4QY3 A;  3MZC A;  3M2X A;  5JGS B;  9CA2 A;  5EHW A;  2NMX A;  2WD2 A;  3N2P A;  5DOH A;  1FR4 A;  3ZP9 A;  2X7T A;  1CNB A;  2NNV A;  1HEB A;  3M96 A;  4QSB A;  5DSI A;  1LUG A;  4ZX1 A;  1YO0 A;  1CNH A;  3D92 A;  3IBU A;  5SZ7 A;  1URT A;  1ZSB A;  1HUH A;  1FSN A;  5FNM A;  2ILI A;  4Q99 A;  1H9Q A;  5DSM A;  4Q8Z A;  5CJF A;  4FL7 A;  5DVX A;  2NN1 A;  1YO1 A;  5L3O A;  2CBC A;  4JSW A;  5FNJ A;  1CVH A;  4QJM A;  4YGN A;  3M04 A;  1KWR A;  4CA2 A;  3FFP X;  4KNI A;  1G52 A;  3P55 A;  3HFP A;  4RIV A;  1BNV A;  1UGC A;  4YVY A;  5BYI A;  1IF9 A;  3HKQ A;  1CNC A;  3KOK A;  4IDR X;  4RH2 A;  5FNK A;  3NJ9 A;  3DA2 A;  1CIM A;  1YDA A;  4RFC A;  4Q8Y A;  1DCB A;  4KV0 A;  3DBU A;  1BZM A;  1RJ6 A;  1TH9 A;  1H4N A;  3U45 X;  3CYU A;  1RZE A;  3OYS A;  1HCB A;  1ZGF A;  4WW6 A;  4QIZ A;  1Z97 A;  1CNX A;  5FLQ A;  2CBE A;  1A42 A;  5BRU A;  3S8X A;  4FU5 A;  3D93 A;  3RZ5 A;  3M1J A;  7CA2 A;  2QP6 A;  4YGK A;  3KOI A;  2EU2 A;  3MHC A;  1UGF A;  4FRC A;  1CNW A;  1FSR A;  4HEW A;  1MUA A;  4L5V A;  4HT0 A;  1F2W A;  3R16 A;  1KOP A;  3T82 A;  3BET A;  1TE3 X;  4FPT A;  2FMZ A;  1CRM A;  3OIK A;  4Q78 A;  1CZM A;  3S71 B;  4CNW A;  4QTL A;  4XZ5 A;  2QO8 A;  4FVN A;  4KUW A;  4QSJ A;  3S9T A;  3MNU A;  3SAP A;  5DSR A;  5FL5 A;  4RIU A;  1ZH9 A;  1T9N A;  4Z1J A;  1I9Q A;  2VVA X;  3V2J A;  3KKX A;  4QIY A;  5EOI A;  3U47 A;  1LZV A;  1I9L A;  4Z1E A;  5BRV A;  3V3H B;  2FMG A;  4COQ A;  4Q09 A;  4YGL A;  2CBB A;  3RYJ B;  1FR7 A;  5FNH A;  4HU1 A;  4QJ0 A;  2NWY A;  1TB0 X;  5EZT X;  1UGG A;  4G7A A;  2HOC A;  3C7P A;  1CNG A;  1ZFK A;  3IBL A;  1CA3 A;  2GD8 A;  1G6V A;  3M98 A;  4HT2 A;  4K1Q A;  3KNE A;  3RJ7 A;  4YXU A;  1G3Z A;  2EZ7 A;  3EFT A;  4MO8 A;  3RZ1 B;  2NWO A;  4MLT A;  4KUY A;  5BRW A;  2FOV A;  3ML2 A;  4R59 A;  4Q7P A;  1BNN A;  1CVA A;  4UOV A;  2WD3 A;  3RYX B;  5L6K A;  3GZ0 A;  3MNK A;  4YWP A;  1V9E A;  5FDI A;  4Q81 A;  5G03 A;  4L5U A;  4CAC A;  3FW3 A;  3UYN A;  1HEA A;  1OQ5 A;  3M40 A;  4YXI A;  4Z1K A;  3U7C A;  4BF6 A;  1OKM A;  4M2R A;  5DSO A;  1CAM A;  4RN4 A;  5FL6 A;  3DVB A;  1JD0 A;  1G45 A;  4N16 A;  1FQM A;  3IEO A;  5DRS A;  5FNG A;  4KP8 A;  3F8E A;  3KS3 A;  3MHM A;  5LMD A; 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1LG5A

Total Genus

Knots found

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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