1V9I | Genus

Total Genus 69

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	69
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	261
structure length	261
Chain Sequence	RCSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIANGERQSPVDIDTKAVVQDPALKPLALVYGEATSRRMVNNGHSFNVEYDDSQDKAVLKDGPLTGTYRLVQFHFHWGSSDDQGSEHTVDRKKYAAELHLVHWNTKYGDFGTAAQQPDGLAVVGVFLKVGDANPALQKVLDALDSIKTKGKSTDFPNFDPGSLLPNVLDYWTYPGSLTTPPLLESVTWIVLKEPISVSSQQMLKFRTLNFNAEGEPELLMLANWRPAQPLKNRCVRGFPK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__779021794690371__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__779021794690371__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1V9I/C/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__779021794690371__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"779021794690371","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1V9I/C/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__779021794690371__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc42fdb10d181fa068eb04/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc42fdb10d181fa068eb04/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc42fdb10d181fa068eb04/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc42fdb10d181fa068eb04/pdb.gz): 1259 ms

reading 261 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

261 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:260});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Bos taurus
publication title	Crystal Structure Analysis of the site specific mutant (Q253C) of bovine carbonic anhydrase II rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase II
total genus	69
structure length	261
sequence length	261
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2004-01-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
C	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1v9iC00

1G46A 5FDIA 3S97A 4YX4A 4HF3A 4KNNA 1CNCA 4QIYA 4RIUA 1BICA 2CBCA 2CBEA 2VVAX 5DRSA 3DBUA 4ITPA 5SZ1A 1FSRA 3HFPA 4KUVA 3B4FA 5FLTA 3P5AA 5BRVA 4Q8YA 1UGGA 4LP6A 4XZ5A 3PJJA 4WUPA 1AM6A 2FW4A 2NXRA 3D9ZA 3MZCA 5L6KA 1IF5A 4BF6A 3RZ0B 1CAYA 1ZNCA 4YGNA 1JD0A 5EHVA 4YWPA 1G1DA 4G0CA 4KNIA 5FL6A 3P55A 5FL4A 5FNHA 2CABA 3W6IA 2HL4A 3MNJA 4E4AA 3NJ9A 1TG3A 4YGLA 5EH7A 4FIKA 2F14A 1LG5A 5DSNA 3M98A 4E5QA 1HUGA 3V2JA 2CBAA 3M3XA 1RZCA 3T5ZA 2Q1BA 5SZ5A 2FNMA 5IPZA 2POUA 3F4XA 3UYNA 3MHLA 1I9OA 4YXOA 4K0ZA 1THKA 1KWQA 4YGKA 3KONA 1RZDA 5CACA 1FSQA 1OKLA 3P44A 5DSKA 2Q1QA 4Q8XA 4RH2A 2NWYA 4TWLA 4XE1A 4ILXA 1CA3A 1EOUA 1RZAA 3RYVB 4PXXA 3F8EA 3S77B 1CALA 3K7KA 4QSJA 3V3FA 4G7AA 5L3OA 4RUXA 3KOKA 1G4JA 3M2XA 1CILA 1CVBA 3Q31A 3MHOA 1TBTX 3DVBA 3NI5A 5BRUA 4QSAA 3W6HA 1BN1A 3DCWA 3HKTA 3KLDB 4JSSA 5E2NA 4QJPA 3DCCA 1HCBA 3FW3A 5EH8A 3DV7A 3IBLA 2HNCA 3RJ7A 5JEPB 4XIWA 3N2PA 5EZTX 3KIGA 2ZNCA 1TE3X 4E9OX 4ETQC 4KV0A 2HKKA 3P4VA 1DCAA 3HS4A 4QJOA 1RJ6A 1HECA 1ZH9A 1G0EA 1UGCA 4K0TA 4Z1NA 4COQA 4E3GA 5SZ6A 1YDAA 4RUYA 5FNLA 2NXTA 2NN1A 4E3DA 4IDRX 4ZWIA 1CNJA 3RYJB 4RUZA 5EIJA 3PO6A 1KWRA 4MDLA 1DMXA 4Q9YA 4M2VA 3V3GB 4WUQA 4RN4A 3M5TA 4WW8A 2WEGA 1CNGA 1ZSBA 1Z9YA 4GL1X 4CNWA 1Z93A 4CA2A 4E3FA 2FOYA 5E2MA 3HKNA 4FU5A 4JSWA 4Y0JA 1KEQA 4QK2A 3K2FA 3MDZA 3RLDA 4KUYA 4QJWA 4K0SA 4Z0QA 3MHMA 3HKQA 1ZFKA 3N4BA 5DOGA 5BYIA 1TEQX 4QJXA 1CVEA 3HLJA 1BNVA 5EH5A 5DSQA 1BZMA 1FSNA 3M1JA 2HOCA 4X5SA 3TVOX 1HEBA 4K13A 4ZWZA 4HT2A 3SBIA 2FNNA 4YHAA 4DZ9A 4MLXA 2FOSA 3CYUA 1BN3A 1BNWA 5EKJA 4N0XB 1G3ZA 5SZ4A 2FMGA 3M1WA 2FOUA 4KNMA 4MTYA 4QEFA 1CAJA 8CA2A 2NNVA 1XPZA 4M2RA 1TH9A 2GEHA 3KWAA 1XQ0A 3TMJA 4Q83A 3DD8A 1HEAA 3M40A 4C3TA 5FDCA 2QO8A 4K1QA 2HD6A 2CA2A 4BF1A 1FQNA 1XEVA 5SZ7A 2NWOA 4BCWA 1JCZA 4LU3A 3MYQA 1RAZA 5J8ZA 4IWZA 1G0FA 4FPTA 1RAYA 2X7SA 4Q0LA 5FLRA 3S72B 5AMDA 5JESB 2O4ZA 2WEOA 4QSIA 1H4NA 3IBNA 3U45X 1TEUX 4PYYA 4QTLA 5FNJA 5JG5B 3KOIA 1DCBA 2NN7A 3D0NA 3IGPA 1T9NA 5G03A 3MNAA 5DSIA 3BETA 4Q99A 3FFPX 1DMYA 4QJMA 1TB0X 5BRWA 5FNMA 4Q08A 3S78B 1ZSCA 2W2JA 4Q6DA 3IBIA 4L5WA 5DSRA 2ABEA 3SAXA 3C7PA 2NXSA 3CZVA 5E2RA 3UYQA 4YVYA 4KP8A 5E28A 1G6VA 3B1BA 3D93A 4FVOA 5FLOA 5G0CA 3DD0A 5AMLA 1HEDA 3MWOA 3OILA 1URTA 1CVDA 1YDCA 1IF7A 2OSFA 5A6HA 2ILIA 1Y7WA 2GD8A 3D92A 4QSBA 1ZE8A 1KOQA 1XEGA 4YXUA 4MDGA 3JXFA 2Q38A 3M1KA 4XFWA 5SZ0A 3S9TA 2QOAA 1YO1A 3JXGA 1AZMA 3MNUA 3MNHA 1I9NA 1CAOA 4CNVA 1MOOA 2NWZA 2EU3A 3F7UA 1IF8A 2AX2A 4LHIA 1I90A 4L5UA 3OYQA 1G53A 5EHEA 3T82A 5BNLA 4YXIA 1CANA 2X7TA 4YYTA 4Q06A 3P5LA 5FLQA 3V3IB 1I91A 5FLPA 3SAPA 3RG3A 4HT0A 2FOQA 1LZVA 4ZX0A 1OQ5A 3S8XA 1CCTA 5EKMA 5DSLA 5JGTB 1BN4A 3ZP9A 1F2WA 1H9QA 3V3JA 1I9QA 4HEWA 4RFCA 3KNEA 3T5UA 1LGDA 4JSZA 4MO8A 4Q7SA 1BNMA 1RJ5A 2HFWA 4KUWA 4QY3A 3GZ0A 3FE4A 5JQTA 4FVNA 5LMDA 5FNKA 4KAPA 5DVXA 1UGEA 1CA2A 2WEJA 2IT4A 4ZX1A 1H9NA 3R16A 4L5VA 3F7BA 3P3HA 4HEYA 5FL5A 3ZNCA 1YO2A 3DVCA 1ZFQA 3OY0A 1BNQA 4Q81A 4R5BA 5AMGA 1IF4A 4PQ7A 3S75B 1G48A 4CNXA 4Q78A 2X7UA 4ZWYA 1IF6A 1FR7A 1JV0A 3D8WA 6CA2A 4HBAA 1CNWA 1CNBA 3T85A 3S71B 3TVNX 1BNUA 4Q07A 2FNKA 3HKUA 5DOHA 3RGEA 3P58A 4Q7VA 3CAJA 1UGAA 1UGBA 1YDDA 1CRAA 3ML5A 5CA2A 1V9IC 4Q90A 3DC9A 4E3HA 4Z1JA 4ZWXA 1RZEA 1CIMA 4Q09A 5JG3B 3CA2A 5E2SA 4HEZA 4QK1A 1YO0A 1J9WA 3V2MA 1KOPA 2EU2A 3OIMA 5DSMA 1A42A 5FNGA 4M2UA 4WL4A 2NNSA 3EFIA 3M1QA 3RYXB 3V7XA 1G45A 4PYXA 1TG9A 3U47A 4QJ0A 5JEGB 4R59A 5E5UA 3EFTA 1CNYA 3SBHA 3M04A 3M5SA 3DCSA 5SZ2A 3NB5A 1CAHA 5G0BA 3VBDA 1FR4A 3DC3A 5EHWA 5EKHA 3IAIA 2VVBX 2EZ7A 4Q87A 1BNNA 3P3JA 1UGFA 5G01A 4N16A 3N0NA 7CA2A 2QP6A 1FQRA 3MHCA 3RZ5A 1CVAA 3OKVA 2NMXA 4QK3A 4WW6A 2POVA 1HUHA 4MDMA 12CAA 3JXHC 2H15A 1RZBA 4TWMA 4E49A 3LXEA 4JS6A 1I9MA 5FNIA 3R17B 1BV3A 4PZHA 3M2ZA 1G54A 1OKNA 3RYYA 3S74B 2CBDA 3OYSA 4UOVA 3M67A 4Z1KA 1CNXA 3DA2A 2NNGA 3DVDA 2WEHA 4YGFA 4HU1A 3RZ1B 5HPJA 4YGJA 3BL1A 3QYKA 1I9PA 4WR7A 1AVNA 4XIXA 1BNTA 3IEOA 1CAIA 1I9LA 1CAZA 2NWPA 3KS3A 5JGSB 4Z1EA 3MHIA 5E5RA 2OSMA 5SZ3A 3M2NA 3IBUA 3K34A 4KNJA 3ML2A 3T84A 1CCUA 4ITOA 9CA2A 1FLJA 2POWA 1CNKA 4Q6EA 4CQ0A 1HVAA 1CNHA 1ZSAA 1FQLA 3S76A 3L14A 4Q49A 1MUAA 1CVFA 1Z97A 2AW1A 3PYKA 4M2WA 5CJFA 5A25A 5C8IA 4CNRA 1CAMA 1FQMA 2WD2A 5JDVB 4QIZA 3M14A 4Q7WA 1V9EA 5JEHB 3DAZA 3N3JA 2WD3A 4RIVA 4FL7A 1CCSA 2FOVA 1LUGA 4JSAA 1CVHA 1ZGEA 4Q7PA 1CNIA 3KKXA 3RZ7A 3U7CA 1LG6A 4DZ7A 2FMZA 3RYZA 1CVCA 5EOIA 3M5EA 1TTMA 5DSOA 1HCAA 3OIKA 3V3HB 4KP5A 5JQ0A 5DSJA 5CLUA 5E2KA 3T83A 1CAKA 1BCDA 5DSPA 5FLSA 3M96A 1G4OA 3MNIA 3V5GA 4R5AA 3M2YA 3MMFA 1CRMA 4Q8ZA 3RG4A 4RFDA 1UGDA 3U3AX 4MLTA 1IF9A 1CZMA 3BL0A 4FRCA 2CBBA 2NNOA 1G52A 4ZAOA 3RZ8A 1CINA 3MNKA 2H4NA 1OKMA 1ZGFA 1YDBA 3S73B 4CACA 3OKUA 1I8ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G46 A;  5FDI A;  3S97 A;  4YX4 A;  4HF3 A;  4KNN A;  1CNC A;  4QIY A;  4RIU A;  1BIC A;  2CBC A;  2CBE A;  2VVA X;  5DRS A;  3DBU A;  4ITP A;  5SZ1 A;  1FSR A;  3HFP A;  4KUV A;  3B4F A;  5FLT A;  3P5A A;  5BRV A;  4Q8Y A;  1UGG A;  4LP6 A;  4XZ5 A;  3PJJ A;  4WUP A;  1AM6 A;  2FW4 A;  2NXR A;  3D9Z A;  3MZC A;  5L6K A;  1IF5 A;  4BF6 A;  3RZ0 B;  1CAY A;  1ZNC A;  4YGN A;  1JD0 A;  5EHV A;  4YWP A;  1G1D A;  4G0C A;  4KNI A;  5FL6 A;  3P55 A;  5FL4 A;  5FNH A;  2CAB A;  3W6I A;  2HL4 A;  3MNJ A;  4E4A A;  3NJ9 A;  1TG3 A;  4YGL A;  5EH7 A;  4FIK A;  2F14 A;  1LG5 A;  5DSN A;  3M98 A;  4E5Q A;  1HUG A;  3V2J A;  2CBA A;  3M3X A;  1RZC A;  3T5Z A;  2Q1B A;  5SZ5 A;  2FNM A;  5IPZ A;  2POU A;  3F4X A;  3UYN A;  3MHL A;  1I9O A;  4YXO A;  4K0Z A;  1THK A;  1KWQ A;  4YGK A;  3KON A;  1RZD A;  5CAC A;  1FSQ A;  1OKL A;  3P44 A;  5DSK A;  2Q1Q A;  4Q8X A;  4RH2 A;  2NWY A;  4TWL A;  4XE1 A;  4ILX A;  1CA3 A;  1EOU A;  1RZA A;  3RYV B;  4PXX A;  3F8E A;  3S77 B;  1CAL A;  3K7K A;  4QSJ A;  3V3F A;  4G7A A;  5L3O A;  4RUX A;  3KOK A;  1G4J A;  3M2X A;  1CIL A;  1CVB A;  3Q31 A;  3MHO A;  1TBT X;  3DVB A;  3NI5 A;  5BRU A;  4QSA A;  3W6H A;  1BN1 A;  3DCW A;  3HKT A;  3KLD B;  4JSS A;  5E2N A;  4QJP A;  3DCC A;  1HCB A;  3FW3 A;  5EH8 A;  3DV7 A;  3IBL A;  2HNC A;  3RJ7 A;  5JEP B;  4XIW A;  3N2P A;  5EZT X;  3KIG A;  2ZNC A;  1TE3 X;  4E9O X;  4ETQ C;  4KV0 A;  2HKK A;  3P4V A;  1DCA A;  3HS4 A;  4QJO A;  1RJ6 A;  1HEC A;  1ZH9 A;  1G0E A;  1UGC A;  4K0T A;  4Z1N A;  4COQ A;  4E3G A;  5SZ6 A;  1YDA A;  4RUY A;  5FNL A;  2NXT A;  2NN1 A;  4E3D A;  4IDR X;  4ZWI A;  1CNJ A;  3RYJ B;  4RUZ A;  5EIJ A;  3PO6 A;  1KWR A;  4MDL A;  1DMX A;  4Q9Y A;  4M2V A;  3V3G B;  4WUQ A;  4RN4 A;  3M5T A;  4WW8 A;  2WEG A;  1CNG A;  1ZSB A;  1Z9Y A;  4GL1 X;  4CNW A;  1Z93 A;  4CA2 A;  4E3F A;  2FOY A;  5E2M A;  3HKN A;  4FU5 A;  4JSW A;  4Y0J A;  1KEQ A;  4QK2 A;  3K2F A;  3MDZ A;  3RLD A;  4KUY A;  4QJW A;  4K0S A;  4Z0Q A;  3MHM A;  3HKQ A;  1ZFK A;  3N4B A;  5DOG A;  5BYI A;  1TEQ X;  4QJX A;  1CVE A;  3HLJ A;  1BNV A;  5EH5 A;  5DSQ A;  1BZM A;  1FSN A;  3M1J A;  2HOC A;  4X5S A;  3TVO X;  1HEB A;  4K13 A;  4ZWZ A;  4HT2 A;  3SBI A;  2FNN A;  4YHA A;  4DZ9 A;  4MLX A;  2FOS A;  3CYU A;  1BN3 A;  1BNW A;  5EKJ A;  4N0X B;  1G3Z A;  5SZ4 A;  2FMG A;  3M1W A;  2FOU A;  4KNM A;  4MTY A;  4QEF A;  1CAJ A;  8CA2 A;  2NNV A;  1XPZ A;  4M2R A;  1TH9 A;  2GEH A;  3KWA A;  1XQ0 A;  3TMJ A;  4Q83 A;  3DD8 A;  1HEA A;  3M40 A;  4C3T A;  5FDC A;  2QO8 A;  4K1Q A;  2HD6 A;  2CA2 A;  4BF1 A;  1FQN A;  1XEV A;  5SZ7 A;  2NWO A;  4BCW A;  1JCZ A;  4LU3 A;  3MYQ A;  1RAZ A;  5J8Z A;  4IWZ A;  1G0F A;  4FPT A;  1RAY A;  2X7S A;  4Q0L A;  5FLR A;  3S72 B;  5AMD A;  5JES B;  2O4Z A;  2WEO A;  4QSI A;  1H4N A;  3IBN A;  3U45 X;  1TEU X;  4PYY A;  4QTL A;  5FNJ A;  5JG5 B;  3KOI A;  1DCB A;  2NN7 A;  3D0N A;  3IGP A;  1T9N A;  5G03 A;  3MNA A;  5DSI A;  3BET A;  4Q99 A;  3FFP X;  1DMY A;  4QJM A;  1TB0 X;  5BRW A;  5FNM A;  4Q08 A;  3S78 B;  1ZSC A;  2W2J A;  4Q6D A;  3IBI A;  4L5W A;  5DSR A;  2ABE A;  3SAX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1V9IC

Total Genus

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Chain Sequence

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