1XEG | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__549814117382138__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__549814117382138__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1XEG/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__549814117382138__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"549814117382138","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1XEG/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__549814117382138__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	A novel acetate-bound complex of human carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase II
total genus	75
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2004-09-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1xegA00

3SAXA 4PYYA 2CBAA 4ZX0A 1KEQA 3MHCA 1BNWA 5FLRA 4N16A 4LU3A 4ZWYA 2HD6A 4LP6A 5JEHB 3N0NA 3DC3A 4MDGA 3RLDA 1CNXA 3D92A 4Q6DA 5L3OA 3OYSA 3KS3A 1ZH9A 4HT0A 1BCDA 4HBAA 4QSIA 4Q8ZA 3RYYA 1LZVA 3KWAA 1IF7A 3DVCA 1HUHA 5DRSA 4MLXA 1CRAA 1I9LA 4JSZA 4YGJA 3IBLA 5JQ0A 1BNVA 3NB5A 5DSPA 1FR4A 1XEGA 1BNUA 1YDBA 1MOOA 5FNGA 5AMDA 1G3ZA 3W6HA 1I8ZA 4HU1A 1TE3X 3RJ7A 3T82A 1TTMA 4YHAA 3T5UA 1IF8A 1LGDA 4YVYA 5DVXA 4Q78A 3MNUA 3OILA 3P4VA 1FQMA 3M67A 3SBHA 3V2MA 4CNXA 1UGEA 4UOVA 1UGAA 4KUWA 4Z1EA 2POUA 4IWZA 2OSFA 4Q99A 1OKMA 1BZMA 3F7BA 3OYQA 3MNJA 1G4OA 3MHOA 4K13A 1THKA 1ZSBA 5DSJA 4G7AA 1EOUA 1I9MA 1ZFQA 3RGEA 1CANA 2CBCA 3GZ0A 3M14A 3TMJA 1YO1A 4WW8A 3VBDA 1CVEA 4PZHA 5G0CA 3K2FA 1G1DA 1XEVA 5BRVA 4QSBA 4XE1A 5G03A 2FNNA 5FNMA 4FL7A 3HKUA 3V5GA 2QOAA 2Q38A 1CAYA 4G0CA 5FLOA 3FW3A 4Q49A 4WUPA 1G0FA 4Q81A 1URTA 4BF1A 3QYKA 1I9NA 2FOSA 1CNCA 3T85A 3V3GB 3M5EA 5EIJA 4Q8XA 1XQ0A 3DA2A 1HEDA 1IF6A 3KNEA 3RYXB 5BRUA 1H4NA 4WW6A 3KKXA 1RZCA 5SZ5A 3M1WA 3M2YA 1BN4A 4FIKA 3M04A 3K7KA 1CVDA 4QTLA 3RZ7A 1ZSCA 1CNBA 4Q87A 5LMDA 1BNNA 5DSNA 6CA2A 5E2MA 3F7UA 3HKNA 1HEAA 2NWZA 1CAIA 1LG5A 1BN1A 3OIMA 3M1KA 2GEHA 4KP8A 1BNTA 3DAZA 1UGGA 5DSKA 2EU3A 3S9TA 1HVAA 3RYVB 2Q1BA 2QO8A 3M2ZA 4XZ5A 5FLTA 4C3TA 4YXOA 2NWOA 5FLSA 1AZMA 1CNIA 3U3AX 3FE4A 5EHEA 3M2NA 1CAHA 4YGFA 1CNKA 5JGSB 1KOQA 1FSQA 3HLJA 2FOYA 2VVBX 4QY3A 1G45A 1CZMA 2W2JA 4JS6A 3BETA 4BCWA 4ZX1A 3DVDA 4E4AA 2NNSA 3RZ0B 5E2SA 4XFWA 1UGCA 5EHVA 1AVNA 4E3DA 2HL4A 4Q90A 4YYTA 4PQ7A 4E3HA 3NJ9A 4PXXA 4FPTA 4E3GA 8CA2A 1G46A 5BRWA 5DSQA 3V3HB 4Q09A 3JXGA 3RG3A 2NN7A 3V3JA 4QIZA 1FQLA 4KNJA 3R16A 5SZ2A 4YGKA 2NXTA 1A42A 4L5VA 4TWMA 5AMLA 5E5RA 4MDMA 1FSNA 1G0EA 1UGBA 3OKUA 3N3JA 1HCBA 5FDIA 3MNIA 1I90A 1G54A 3CYUA 1TB0X 4CNWA 1CA3A 1CIMA 1OQ5A 2FOQA 3HS4A 5E28A 1YDAA 4MDLA 1BN3A 3JXHC 1JV0A 3M3XA 9CA2A 1CNWA 1LUGA 4DZ7A 3S78B 4PYXA 5JESB 4Y0JA 4YGLA 3IGPA 5L6KA 1HEBA 2FOUA 5FNJA 2X7SA 4Q6EA 5JEGB 3ZP9A 3V3IB 5JG3B 4RUYA 5EHWA 5SZ4A 3MNKA 2NWYA 1DMXA 1TBTX 3P55A 3PO6A 5EZTX 1UGFA 1BNMA 4HEWA 3B1BA 4XIWA 4KNIA 4RH2A 5CACA 5G01A 4CNRA 4KAPA 3N2PA 3T5ZA 2NNOA 2ILIA 4QK3A 3CZVA 4Q0LA 3L14A 5E2NA 1CVFA 3ML5A 3T83A 2IT4A 3S74B 1ZGEA 1CRMA 5JDVB 1G53A 2H4NA 3M98A 2WD2A 4RFCA 4ZAOA 4QK1A 2H15A 4ZWXA 4DZ9A 4JSSA 5JGTB 1T9NA 3S76A 1CAZA 3P3JA 1CAOA 4ETQC 1FR7A 1RZDA 1CILA 4GL1X 1H9QA 4L5UA 2AX2A 3DCSA 2HKKA 4Z1NA 3D9ZA 5EKHA 3MYQA 5SZ3A 2POVA 4M2UA 4YX4A 3DCWA 5FDCA 1J9WA 4TWLA 4Q7SA 3FFPX 1CAKA 3B4FA 3M2XA 2CBBA 1OKNA 1CNJA 4E3FA 3MNHA 4CA2A 4M2VA 2NN1A 2EU2A 3KOIA 3IAIA 4HEZA 5SZ6A 2FNKA 4MLTA 4QK2A 5EOIA 2CBDA 3F8EA 3U47A 2F14A 1TEUX 5J8ZA 5FL4A 4BF6A 1MUAA 1I9QA 4K0SA 5A6HA 1CVBA 5FLPA 3HKQA 3DD0A 1DMYA 4KV0A 4KP5A 3KOKA 5AMGA 5E2RA 5DSIA 1AM6A 2VVAX 4E5QA 3W6IA 1I91A 4R5BA 3P58A 3M96A 4HF3A 3PYKA 4CNVA 1I9OA 3V3FA 2X7UA 1TG3A 5FL6A 2WEJA 1HECA 2WD3A 1RJ6A 3CA2A 5FNHA 4WR7A 1TG9A 4KUYA 3RZ1B 4K1QA 1FQRA 1Z9YA 3HFPA 4COQA 1CALA 1H9NA 1G48A 3RG4A 4Q7WA 3IBIA 1BV3A 1ZE8A 4QJOA 3RZ5A 3UYNA 4HT2A 5EKJA 3N4BA 3TVOX 3OY0A 3OKVA 1ZGFA 3P3HA 3K34A 1I9PA 3M1QA 1CCTA 4K0TA 5DOGA 3RYJB 5CJFA 1JD0A 4ZWZA 2QP6A 1XPZA 4Q9YA 4ITOA 1ZSAA 3BL1A 1FSRA 5E5UA 1IF4A 3EFIA 3KIGA 3P5LA 4M2WA 4HEYA 1CCSA 1CVHA 1CVAA 5C8IA 1G52A 1LG6A 5DOHA 4X5SA 4Q7PA 5CLUA 5EKMA 4QSJA 5DSLA 3DD8A 1YO2A 4Q7VA 2NMXA 4QIYA 3JXFA 3PJJA 1RZAA 4LHIA 3HKTA 1Z93A 4M2RA 5SZ7A 3ML2A 1YO0A 1Z97A 1ZFKA 3OIKA 3MZCA 3D8WA 4QSAA 1ZNCA 1RAYA 3D0NA 3DVBA 4MO8A 4JSAA 5G0BA 4YWPA 12CAA 5EH5A 1CA2A 1DCAA 3S71B 1CNHA 1RJ5A 5CA2A 2NXSA 4RIUA 2NWPA 4RFDA 5BYIA 7CA2A 3RZ8A 1Y7WA 3EFTA 1IF5A 5JG5B 2WEOA 4KNNA 4RIVA 3IBUA 3P5AA 1HUGA 1CVCA 3TVNX 1G6VA 3MDZA 3MHMA 4RUXA 4YXUA 1OKLA 1KOPA 2O4ZA 3IEOA 3RYZA 3DBUA 2FMZA 1JCZA 4L5WA 4CQ0A 3KONA 3S75B 4FVOA 4KUVA 5FNIA 3P44A 4ILXA 3S8XA 4Z1JA 5FL5A 3M5TA 4XIXA 1KWRA 5FNKA 5A25A 4E49A 4QJWA 5IPZA 4QEFA 1YDDA 3KLDB 1FLJA 2WEGA 3R17B 4K0ZA 3F4XA 4WL4A 1BICA 3M40A 1HCAA 1UGDA 5FLQA 3M1JA 2X7TA 1FQNA 4KNMA 3Q31A 4QJPA 1TEQX 2CABA 4YXIA 3LXEA 4FU5A 3S77B 4QJMA 3M5SA 4Q83A 4Q08A 4Z0QA 1CAMA 1CINA 2FMGA 3MMFA 1KWQA 4MTYA 1V9IC 5BNLA 3MHIA 3S72B 2ABEA 1CNGA 4QJXA 1RZEA 5E2KA 3T84A 5SZ0A 1CCUA 5FNLA 3UYQA 4E9OX 1F2WA 3D93A 4WUQA 5SZ1A 5DSRA 2EZ7A 4Q8YA 1IF9A 1CAJA 2FW4A 2GD8A 4ITPA 3MWOA 4Q06A 4RN4A 2HFWA 1V9EA 4YGNA 3MHLA 3V7XA 3S73B 4Z1KA 2HNCA 3DV7A 4CACA 2CA2A 1BNQA 2ZNCA 5HPJA 3DCCA 3SAPA 4QJ0A 1RAZA 1CNYA 4Q07A 3SBIA 3V2JA 2OSMA 2Q1QA 2NNGA 3IBNA 2NXRA 2FNMA 1YDCA 4IDRX 1RZBA 4RUZA 3ZNCA 4N0XB 4ZWIA 2CBEA 3MNAA 2NNVA 5DSOA 3C7PA 3U45X 1DCBA 3DC9A 2WEHA 2POWA 1TH9A 5JEPB 4JSWA 4R59A 5EH8A 2HOCA 3CAJA 3U7CA 2AW1A 5JQTA 3BL0A 5EH7A 5DSMA 4FVNA 2FOVA 4R5AA 3NI5A 1G4JA 4FRCA 3S97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SAX A;  4PYY A;  2CBA A;  4ZX0 A;  1KEQ A;  3MHC A;  1BNW A;  5FLR A;  4N16 A;  4LU3 A;  4ZWY A;  2HD6 A;  4LP6 A;  5JEH B;  3N0N A;  3DC3 A;  4MDG A;  3RLD A;  1CNX A;  3D92 A;  4Q6D A;  5L3O A;  3OYS A;  3KS3 A;  1ZH9 A;  4HT0 A;  1BCD A;  4HBA A;  4QSI A;  4Q8Z A;  3RYY A;  1LZV A;  3KWA A;  1IF7 A;  3DVC A;  1HUH A;  5DRS A;  4MLX A;  1CRA A;  1I9L A;  4JSZ A;  4YGJ A;  3IBL A;  5JQ0 A;  1BNV A;  3NB5 A;  5DSP A;  1FR4 A;  1XEG A;  1BNU A;  1YDB A;  1MOO A;  5FNG A;  5AMD A;  1G3Z A;  3W6H A;  1I8Z A;  4HU1 A;  1TE3 X;  3RJ7 A;  3T82 A;  1TTM A;  4YHA A;  3T5U A;  1IF8 A;  1LGD A;  4YVY A;  5DVX A;  4Q78 A;  3MNU A;  3OIL A;  3P4V A;  1FQM A;  3M67 A;  3SBH A;  3V2M A;  4CNX A;  1UGE A;  4UOV A;  1UGA A;  4KUW A;  4Z1E A;  2POU A;  4IWZ A;  2OSF A;  4Q99 A;  1OKM A;  1BZM A;  3F7B A;  3OYQ A;  3MNJ A;  1G4O A;  3MHO A;  4K13 A;  1THK A;  1ZSB A;  5DSJ A;  4G7A A;  1EOU A;  1I9M A;  1ZFQ A;  3RGE A;  1CAN A;  2CBC A;  3GZ0 A;  3M14 A;  3TMJ A;  1YO1 A;  4WW8 A;  3VBD A;  1CVE A;  4PZH A;  5G0C A;  3K2F A;  1G1D A;  1XEV A;  5BRV A;  4QSB A;  4XE1 A;  5G03 A;  2FNN A;  5FNM A;  4FL7 A;  3HKU A;  3V5G A;  2QOA A;  2Q38 A;  1CAY A;  4G0C A;  5FLO A;  3FW3 A;  4Q49 A;  4WUP A;  1G0F A;  4Q81 A;  1URT A;  4BF1 A;  3QYK A;  1I9N A;  2FOS A;  1CNC A;  3T85 A;  3V3G B;  3M5E A;  5EIJ A;  4Q8X A;  1XQ0 A;  3DA2 A;  1HED A;  1IF6 A;  3KNE A;  3RYX B;  5BRU A;  1H4N A;  4WW6 A;  3KKX A;  1RZC A;  5SZ5 A;  3M1W A;  3M2Y A;  1BN4 A;  4FIK A;  3M04 A;  3K7K A;  1CVD A;  4QTL A;  3RZ7 A;  1ZSC A;  1CNB A;  4Q87 A;  5LMD A;  1BNN A;  5DSN A;  6CA2 A;  5E2M A;  3F7U A;  3HKN A;  1HEA A;  2NWZ A;  1CAI A;  1LG5 A;  1BN1 A;  3OIM A;  3M1K A;  2GEH A;  4KP8 A;  1BNT A;  3DAZ A;  1UGG A;  5DSK A;  2EU3 A;  3S9T A;  1HVA A;  3RYV B;  2Q1B A;  2QO8 A;  3M2Z A;  4XZ5 A;  5FLT A;  4C3T A;  4YXO A;  2NWO A;  5FLS A;  1AZM A;  1CNI A;  3U3A X;  3FE4 A;  5EHE A;  3M2N A;  1CAH A;  4YGF A;  1CNK A;  5JGS B;  1KOQ A;  1FSQ A;  3HLJ A;  2FOY A;  2VVB X;  4QY3 A;  1G45 A;  1CZM A;  2W2J A;  4JS6 A;  3BET A; 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 2NNO A;  2ILI A;  4QK3 A;  3CZV A;  4Q0L A;  3L14 A;  5E2N A;  1CVF A;  3ML5 A;  3T83 A;  2IT4 A;  3S74 B;  1ZGE A;  1CRM A;  5JDV B;  1G53 A;  2H4N A;  3M98 A;  2WD2 A;  4RFC A;  4ZAO A;  4QK1 A;  2H15 A;  4ZWX A;  4DZ9 A;  4JSS A;  5JGT B;  1T9N A;  3S76 A;  1CAZ A;  3P3J A;  1CAO A;  4ETQ C;  1FR7 A;  1RZD A;  1CIL A;  4GL1 X;  1H9Q A;  4L5U A;  2AX2 A;  3DCS A;  2HKK A;  4Z1N A;  3D9Z A;  5EKH A;  3MYQ A;  5SZ3 A;  2POV A;  4M2U A;  4YX4 A;  3DCW A;  5FDC A;  1J9W A;  4TWL A;  4Q7S A;  3FFP X;  1CAK A;  3B4F A;  3M2X A;  2CBB A;  1OKN A;  1CNJ A;  4E3F A;  3MNH A;  4CA2 A;  4M2V A;  2NN1 A;  2EU2 A;  3KOI A;  3IAI A;  4HEZ A;  5SZ6 A;  2FNK A;  4MLT A;  4QK2 A;  5EOI A;  2CBD A;  3F8E A;  3U47 A;  2F14 A;  1TEU X;  5J8Z A;  5FL4 A;  4BF6 A;  1MUA A;  1I9Q A;  4K0S A;  5A6H A;  1CVB A;  5FLP A;  3HKQ A;  3DD0 A;  1DMY A;  4KV0 A;  4KP5 A;  3KOK A;  5AMG A;  5E2R A;  5DSI A;  1AM6 A;  2VVA X;  4E5Q A;  3W6I A;  1I91 A;  4R5B A;  3P58 A;  3M96 A;  4HF3 A;  3PYK A;  4CNV A;  1I9O A;  3V3F A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1XEGA

Total Genus

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Chain Sequence

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