1Y7W | Genus

Total Genus 78

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	274
structure length	274
Chain Sequence	NPNDGYDYMQHGFDWPGLQEGGTTKYPACSGSNQSPIDINTNQLMEPSSRSGTSAVSLNGLNVDGAQADGITLTNAKVDLEQGMKVTFDQPAANLPTIEIGGTTKSFVPIQFHFHHFLSEHTINGIHYPLELHIVMQEQDPADVATAQLAVIGIMYKYSENGDAFLNSLQTQIEGKIGDGTASYGDTGVSIDNINVKTQLLPSSLKYAGYDGSLTTPGCDERVKWHVFTTPREVTREQMKLFVDVTMGAHAGADVVNNRMIQDLGDREVYKYNY

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__123905570307965__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__123905570307965__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1Y7W/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__123905570307965__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"123905570307965","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1Y7W/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__123905570307965__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Dunaliella salina
publication title	Three-dimensional structure of a halotolerant algal carbonic anhydrase predicts halotolerance of a mammalian homolog. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Halotolerant alpha-type carbonic anhydrase (dCA II)
total genus	78
structure length	274
sequence length	274
chains with identical sequence	B
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2004-12-10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1y7wA01

4M2UA 4N16A 1KEQA 1CNYA 1DCBA 1LG6A 3T84A 1EOUA 3DC3A 5EH5A 1ZFQA 4Q87A 2X7TA 4QIZA 1H4NA 1CNXA 1URTA 1YDDA 1JV0A 2Q38A 4QK2A 4RFDA 5HPJA 1CALA 4ZWYA 3R17B 1FSRA 1LZVA 4HF3A 2GEHA 4HU1A 9CA2A 1H9QA 3MZCA 5JDVB 1CCSA 3OYSA 3DVCA 3RZ0B 3S75B 3BL0A 12CAA 4QJ0A 2EU2A 3MNHA 2FNKA 1Z93A 1CAOA 5DOGA 5LMDA 5DRSA 5JQTA 4KAPA 1H9NA 3M98A 1I90A 3JXHC 5SZ7A 1YO1A 4YGFA 3RYJB 4M2WA 2HD6A 1BNWA 4RH2A 3M2XA 1CVCA 3UYNA 3M1KA 4ITOA 5DSRA 3P5LA 3MNKA 5JESB 4YXIA 1UGDA 1BN3A 1MUAA 3GZ0A 5E2MA 5EZTX 5JGSB 1CAZA 3BL1A 4HT0A 3DCWA 3JXFA 5FL5A 5FNGA 3DA2A 1XEGA 4WW8A 5FLRA 2EZ7A 1IF4A 4MDMA 3M2YA 1OQ5A 3KLDB 4QY3A 1CINA 1G46A 1CRMA 1FQMA 4QJXA 4E3DA 4JSSA 3N0NA 4XFWA 3V3FA 4FPTA 2POUA 4BCWA 3M14A 4R5AA 3F7UA 2QO8A 1LG5A 1RJ5A 5G01A 1TH9A 1TEUX 5DSOA 3S73B 3ZNCA 1CAYA 3KOKA 5SZ3A 4Q81A 3U7CA 5CACA 4FL7A 7CA2A 5L3OA 2NWPA 4Z1NA 4Q6DA 4BF1A 2NWOA 4JSAA 2NWYA 1JD0A 1IF7A 4Q8ZA 1UGFA 1BN4A 1CA3A 1CAIA 3SBHA 4CNRA 1AZMA 1ZH9A 3EFIA 5JEPB 4E49A 3M5EA 2CA2A 4HT2A 2WEHA 1CVAA 4HEYA 3HKNA 1UGCA 3S71B 3T85A 2NNGA 1CAHA 1CNHA 1I9MA 2CABA 4YGNA 1BICA 1I91A 1CNBA 3M04A 3T5UA 4YXOA 4KUWA 3V2JA 1G1DA 1HECA 4QEFA 1CNCA 2FOVA 4KP5A 2FMGA 3VBDA 1T9NA 5FNHA 5EKMA 3HFPA 4FVOA 3KOIA 4L5WA 3CZVA 2WD3A 4Q99A 4JSZA 1A42A 2NNVA 1XPZA 3FW3A 3NB5A 3HS4A 3KS3A 2H4NA 4FVNA 4ZWIA 2EU3A 1BNNA 2FMZA 3N2PA 3U3AX 3DVBA 1YDAA 4YX4A 1HUGA 4Q8YA 5SZ6A 4HEZA 1G6VA 2HOCA 3V3GB 2POWA 2W2JA 4DZ9A 5DSIA 4Q49A 5G0CA 5DSJA 1CIMA 4QJPA 4R5BA 3T83A 2FOQA 3OY0A 2HL4A 4MDLA 4XZ5A 5JEGB 1G4JA 3IAIA 1I9LA 1TG3A 3RLDA 3V3HB 1BCDA 4YGKA 3V3IB 1TB0X 1RJ6A 4E3HA 1IF5A 6CA2A 2NNSA 5A6HA 5A25A 4WL4A 1G3ZA 3MHMA 2Q1BA 4QSIA 2WEGA 3HLJA 4Q78A 4COQA 2POVA 4PYYA 1RZBA 5CJFA 3KWAA 2WEJA 3SBIA 2AW1A 4KUVA 3IGPA 3RG3A 3T82A 4E3GA 2ZNCA 4E3FA 3DAZA 1I9OA 3RZ7A 1BNMA 4Q8XA 4YWPA 2FOYA 2ABEA 4WUPA 5AMDA 4Z1JA 3P4VA 3V7XA 1YO0A 3M67A 3M5SA 5EHVA 1IF6A 5EIJA 4IWZA 4WUQA 1CNKA 1LGDA 3C7PA 1UGGA 1V9EA 3N4BA 4QIYA 3S76A 3RGEA 4ITPA 1CVFA 2ILIA 3TMJA 3W6IA 5BYIA 1FLJA 5AMGA 3P5AA 3D8WA 5E5UA 4Z1KA 5DOHA 4QSBA 1I9PA 3MYQA 4YHAA 1YDCA 2FW4A 5JEHB 3M96A 1MOOA 3MNAA 3MHOA 4LU3A 2H15A 3KNEA 2O4ZA 3RYXB 4K0SA 4KUYA 2NNOA 1DMXA 2CBEA 2WEOA 3MDZA 1CNGA 3K7KA 4QK3A 4QK1A 1CCUA 5J8ZA 1FR4A 4CA2A 1TBTX 4RN4A 4KV0A 3D92A 4GL1X 4N0XB 1CANA 3M1JA 3RZ5A 4WW6A 3DD0A 2CBDA 1ZSBA 3V2MA 4KNMA 1FQNA 1UGEA 3V3JA 4IDRX 3IBLA 5FNKA 1CA2A 1ZSAA 3HKTA 1ZSCA 3MNUA 4Q90A 1RAYA 4YYTA 1RZDA 3L14A 5BRUA 4Q7SA 4ILXA 1TEQX 1CVDA 3BETA 1CAKA 1XEVA 5E28A 1HCBA 4Q9YA 1KWQA 1Z97A 3S72B 4E4AA 1FR7A 2FOUA 1Y7WA 3Q31A 1FSNA 1HEDA 3PO6A 8CA2A 3S77B 5BRVA 3HKUA 5EHWA 5EH8A 3T5ZA 1G4OA 3P3JA 1UGAA 5JQ0A 3M1WA 1Z9YA 5FDIA 3OKVA 1I9NA 5FLSA 1UGBA 3SAPA 4YGLA 3DBUA 4YGJA 3MMFA 5SZ2A 3IBNA 1AVNA 5SZ1A 4QTLA 3M3XA 1CNWA 1KOPA 1OKNA 1CVEA 1YDBA 3DC9A 5BRWA 1HCAA 1ZNCA 3S9TA 4RIUA 4RUZA 5E5RA 5FDCA 2QOAA 3RYVB 2NXRA 1FSQA 5EKHA 5FNLA 3S8XA 2F14A 2HNCA 5IPZA 1G0FA 3D0NA 3OKUA 4KNNA 3B1BA 1BV3A 3R16A 5FL4A 4Q83A 4Q07A 4K13A 3RZ1B 5C8IA 3ML2A 5EH7A 1BNQA 2X7UA 4JSWA 4LHIA 4MLTA 3DCCA 2FNMA 2NXSA 4LP6A 4Q06A 4WR7A 3M2ZA 5AMLA 5FLPA 3RYYA 5DSKA 5FLOA 3UYQA 3IEOA 1CNIA 1BN1A 2AX2A 4Q0LA 4YVYA 1CCTA 4PYXA 1RZEA 4KNJA 1JCZA 3CA2A 1I8ZA 4QJWA 3K2FA 2NXTA 3MWOA 2WD2A 4E5QA 3P55A 4Q6EA 1KWRA 4Q7PA 2GD8A 3OYQA 3IBUA 1FQLA 2VVBX 3DV7A 3MNIA 5E2NA 3U47A 3MHCA 1KOQA 5EHEA 1CAJA 1HEAA 5EKJA 1BNTA 4CNWA 1G54A 4HEWA 3P44A 5L6KA 3M1QA 3F7BA 5FNJA 4CACA 1ZE8A 1RZAA 4QJMA 3FE4A 1I9QA 3TVOX 1HEBA 3QYKA 4QSJA 3V5GA 4ZX1A 1IF9A 2CBBA 1CNJA 3F8EA 3OILA 2VVAX 4K0ZA 4QSAA 3W6HA 4Z1EA 4YXUA 1ZGFA 4G7AA 4M2RA 3MNJA 2OSMA 4RUYA 3U45X 5CA2A 5E2RA 2FNNA 2NWZA 1F2WA 1XQ0A 3B4FA 2OSFA 1IF8A 4ZWZA 3KIGA 3ZP9A 5DSLA 5SZ5A 4ZAOA 4Z0QA 3OIMA 3F4XA 3M5TA 3M40A 4BF6A 3MHLA 4Q08A 4JS6A 3S78B 3NJ9A 1CILA 5JG5B 1G48A 4FRCA 1CRAA 3N3JA 1CVBA 4RIVA 3S97A 3JXGA 5DSNA 4CQ0A 1ZGEA 4DZ7A 4XIXA 2QP6A 5FL6A 1G53A 1FQRA 1OKMA 4X5SA 3RG4A 4QJOA 2CBAA 3DVDA 5EOIA 3M2NA 5CLUA 5FNMA 3KONA 5JG3B 1YO2A 5SZ4A 3RZ8A 4L5VA 3HKQA 5G0BA 4M2VA 3P3HA 3KKXA 1BNVA 1BNUA 2IT4A 4K1QA 5G03A 2NMXA 2NN1A 4E9OX 3K34A 3DCSA 4KP8A 1HUHA 1LUGA 3EFTA 4CNXA 1CZMA 4CNVA 5DSQA 4L5UA 4Q7WA 4HBAA 4XE1A 4ZWXA 4XIWA 1TTMA 4PZHA 5DVXA 1HVAA 3D9ZA 3OIKA 3CAJA 3SAXA 3IBIA 4R59A 5BNLA 3D93A 2Q1QA 4MO8A 4RUXA 4Y0JA 3ML5A 2HFWA 3S74B 4TWLA 5E2SA 3CYUA 4RFCA 5E2KA 1AM6A 3NI5A 4Q09A 4PXXA 4ZX0A 4FIKA 3RJ7A 2CBCA 1CAMA 1CVHA 4KNIA 5FNIA 5DSMA 1ZFKA 4C3TA 4ETQC 3MHIA 4TWMA 2NN7A 4K0TA 5FLQA 3LXEA 2X7SA 1G52A 1RZCA 3PJJA 3PYKA 5JGTB 5FLTA 3TVNX 5DSPA 1G45A 1OKLA 3FFPX 1TG9A 1TE3X 4PQ7A 1RAZA 2FOSA 1BZMA 3DD8A 3P58A 4Q7VA 1V9IC 4MTYA 4FU5A 2HKKA 1J9WA 4G0CA 1DCAA 5SZ0A 1DMYA 1G0EA 4MLXA 4UOVA 1THKA 4MDGA 3RYZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4M2U A;  4N16 A;  1KEQ A;  1CNY A;  1DCB A;  1LG6 A;  3T84 A;  1EOU A;  3DC3 A;  5EH5 A;  1ZFQ A;  4Q87 A;  2X7T A;  4QIZ A;  1H4N A;  1CNX A;  1URT A;  1YDD A;  1JV0 A;  2Q38 A;  4QK2 A;  4RFD A;  5HPJ A;  1CAL A;  4ZWY A;  3R17 B;  1FSR A;  1LZV A;  4HF3 A;  2GEH A;  4HU1 A;  9CA2 A;  1H9Q A;  3MZC A;  5JDV B;  1CCS A;  3OYS A;  3DVC A;  3RZ0 B;  3S75 B;  3BL0 A;  12CA A;  4QJ0 A;  2EU2 A;  3MNH A;  2FNK A;  1Z93 A;  1CAO A;  5DOG A;  5LMD A;  5DRS A;  5JQT A;  4KAP A;  1H9N A;  3M98 A;  1I90 A;  3JXH C;  5SZ7 A;  1YO1 A;  4YGF A;  3RYJ B;  4M2W A;  2HD6 A;  1BNW A;  4RH2 A;  3M2X A;  1CVC A;  3UYN A;  3M1K A;  4ITO A;  5DSR A;  3P5L A;  3MNK A;  5JES B;  4YXI A;  1UGD A;  1BN3 A;  1MUA A;  3GZ0 A;  5E2M A;  5EZT X;  5JGS B;  1CAZ A;  3BL1 A;  4HT0 A;  3DCW A;  3JXF A;  5FL5 A;  5FNG A;  3DA2 A;  1XEG A;  4WW8 A;  5FLR A;  2EZ7 A;  1IF4 A;  4MDM A;  3M2Y A;  1OQ5 A;  3KLD B;  4QY3 A;  1CIN A;  1G46 A;  1CRM A;  1FQM A;  4QJX A;  4E3D A;  4JSS A;  3N0N A;  4XFW A;  3V3F A;  4FPT A;  2POU A;  4BCW A;  3M14 A;  4R5A A;  3F7U A;  2QO8 A;  1LG5 A;  1RJ5 A;  5G01 A;  1TH9 A;  1TEU X;  5DSO A;  3S73 B;  3ZNC A;  1CAY A;  3KOK A;  5SZ3 A;  4Q81 A;  3U7C A;  5CAC A;  4FL7 A;  7CA2 A;  5L3O A;  2NWP A;  4Z1N A;  4Q6D A;  4BF1 A;  2NWO A;  4JSA A;  2NWY A;  1JD0 A;  1IF7 A;  4Q8Z A;  1UGF A;  1BN4 A;  1CA3 A;  1CAI A;  3SBH A;  4CNR A;  1AZM A;  1ZH9 A;  3EFI A;  5JEP B;  4E49 A;  3M5E A;  2CA2 A;  4HT2 A;  2WEH A;  1CVA A;  4HEY A;  3HKN A;  1UGC A;  3S71 B;  3T85 A;  2NNG A;  1CAH A;  1CNH A;  1I9M A;  2CAB A;  4YGN A;  1BIC A;  1I91 A;  1CNB A;  3M04 A;  3T5U A;  4YXO A;  4KUW A;  3V2J A;  1G1D A;  1HEC A;  4QEF A;  1CNC A;  2FOV A;  4KP5 A;  2FMG A;  3VBD A;  1T9N A;  5FNH A;  5EKM A;  3HFP A;  4FVO A;  3KOI A;  4L5W A;  3CZV A;  2WD3 A;  4Q99 A;  4JSZ A;  1A42 A;  2NNV A;  1XPZ A;  3FW3 A;  3NB5 A;  3HS4 A;  3KS3 A;  2H4N A;  4FVN A;  4ZWI A;  2EU3 A;  1BNN A;  2FMZ A;  3N2P A;  3U3A X;  3DVB A;  1YDA A;  4YX4 A;  1HUG A;  4Q8Y A;  5SZ6 A;  4HEZ A;  1G6V A;  2HOC A;  3V3G B;  2POW A;  2W2J A;  4DZ9 A;  5DSI A;  4Q49 A;  5G0C A;  5DSJ A;  1CIM A;  4QJP A;  4R5B A;  3T83 A;  2FOQ A;  3OY0 A;  2HL4 A;  4MDL A;  4XZ5 A;  5JEG B;  1G4J A;  3IAI A;  1I9L A;  1TG3 A;  3RLD A;  3V3H B;  1BCD A;  4YGK A;  3V3I B;  1TB0 X;  1RJ6 A;  4E3H A;  1IF5 A;  6CA2 A;  2NNS A;  5A6H A;  5A25 A;  4WL4 A;  1G3Z A;  3MHM A;  2Q1B A;  4QSI A;  2WEG A;  3HLJ A;  4Q78 A;  4COQ A;  2POV A;  4PYY A;  1RZB A;  5CJF A;  3KWA A;  2WEJ A;  3SBI A;  2AW1 A;  4KUV A;  3IGP A;  3RG3 A;  3T82 A;  4E3G A;  2ZNC A;  4E3F A;  3DAZ A;  1I9O A;  3RZ7 A;  1BNM A;  4Q8X A;  4YWP A;  2FOY A;  2ABE A;  4WUP A;  5AMD A;  4Z1J A;  3P4V A;  3V7X A;  1YO0 A;  3M67 A;  3M5S A;  5EHV A;  1IF6 A;  5EIJ A;  4IWZ A;  4WUQ A;  1CNK A;  1LGD A;  3C7P A;  1UGG A;  1V9E A;  3N4B A;  4QIY A;  3S76 A;  3RGE A;  4ITP A;  1CVF A;  2ILI A;  3TMJ A;  3W6I A;  5BYI A;  1FLJ A;  5AMG A;  3P5A A;  3D8W A;  5E5U A;  4Z1K A;  5DOH A;  4QSB A;  1I9P A;  3MYQ A;  4YHA A;  1YDC A;  2FW4 A;  5JEH B;  3M96 A;  1MOO A;  3MNA A;  3MHO A;  4LU3 A;  2H15 A;  3KNE A;  2O4Z A;  3RYX B;  4K0S A;  4KUY A;  2NNO A;  1DMX A;  2CBE A;  2WEO A;  3MDZ A;  1CNG A;  3K7K A;  4QK3 A;  4QK1 A;  1CCU A;  5J8Z A;  1FR4 A;  4CA2 A;  1TBT X;  4RN4 A;  4KV0 A;  3D92 A;  4GL1 X;  4N0X B;  1CAN A;  3M1J A;  3RZ5 A;  4WW6 A;  3DD0 A;  2CBD A;  1ZSB A;  3V2M A;  4KNM A;  1FQN A;  1UGE A;  3V3J A;  4IDR X;  3IBL A;  5FNK A;  1CA2 A;  1ZSA A;  3HKT A;  1ZSC A;  3MNU A;  4Q90 A;  1RAY A;  4YYT A;  1RZD A;  3L14 A;  5BRU A;  4Q7S A;  4ILX A;  1TEQ X;  1CVD A;  3BET A;  1CAK A;  1XEV A;  5E28 A;  1HCB A;  4Q9Y A;  1KWQ A;  1Z97 A;  3S72 B;  4E4A A;  1FR7 A;  2FOU A;  1Y7W A;  3Q31 A;  1FSN A;  1HED A;  3PO6 A;  8CA2 A;  3S77 B;  5BRV A;  3HKU A;  5EHW A;  5EH8 A;  3T5Z A;  1G4O A;  3P3J A;  1UGA A;  5JQ0 A;  3M1W A;  1Z9Y A;  5FDI A;  3OKV A;  1I9N A;  5FLS A;  1UGB A;  3SAP A;  4YGL A;  3DBU A;  4YGJ A;  3MMF A;  5SZ2 A;  3IBN A;  1AVN A;  5SZ1 A;  4QTL A;  3M3X A;  1CNW A;  1KOP A;  1OKN A;  1CVE A;  1YDB A;  3DC9 A;  5BRW A;  1HCA A;  1ZNC A;  3S9T A;  4RIU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1Y7WA

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Chain Sequence

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