1CVDA

Structural consequences of redesigning a protein-zinc binding site
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
Knots found
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
WGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELCLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural consequences of redesigning a protein-zinc binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CARBONIC ANHYDRASE II
molecule tags Lyase(oxo-acid)
source organism Homo sapiens
total genus 72
structure length 255
sequence length 255
other databases KnotProt 2.0: S +31
ec nomenclature ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date 1994-06-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.200.10 Alpha Beta Roll Carbonic Anhydrase II Alpha carbonic anhydrase 1cvdA00
4ZAOA 3TVNX 3KWAA 1HECA 2FNKA 4Q8YA 3RZ1B 1CILA 4WW6A 2GD8A 3RYXB 4Q06A 3MZCA 1BZMA 2OSMA 1AVNA 3M96A 1BNQA 1Z93A 2CABA 4Q6DA 3T82A 5FNGA 5E5UA 1CAJA 1CNKA 4QEFA 1FQLA 4L5VA 3S97A 4HT0A 3HFPA 3M2YA 3V3JA 2QO8A 3MNKA 1CRMA 3S73B 1FSNA 4YGJA 3SAPA 4WL4A 1LUGA 1DCBA 1RZDA 2AX2A 3T83A 3RZ7A 1FR7A 5SZ5A 5FLRA 5EKHA 3JXGA 4FRCA 1JV0A 4HEZA 1UGAA 2QP6A 4M2VA 5JEGB 3ZNCA 3M5EA 1URTA 2NN7A 1CVEA 4Q81A 4JSSA 3K7KA 3DCSA 1J9WA 4ZWYA 1CAHA 3OIMA 5CACA 1YDCA 1CCUA 2QOAA 1KOPA 4E3HA 4JSZA 1ZH9A 1UGBA 2FOUA 3CAJA 5EH5A 3M67A 2F14A 4ILXA 4MLXA 4XE1A 5FNKA 1BN1A 3CZVA 3IBIA 1G6VA 1IF6A 3DA2A 2FMGA 1Z97A 1F2WA 6CA2A 2NNGA 1HEAA 3M3XA 2HNCA 4Z0QA 3RZ5A 4Z1NA 1TH9A 4Z1JA 5G03A 5FNJA 3FFPX 3P5AA 3M2NA 2HD6A 1BNNA 1G4OA 3S78B 5G0BA 4CNVA 3S75B 5DSJA 4KNNA 4CNWA 1I9PA 3DC9A 4MLTA 1RZCA 3F4XA 1HUHA 3OILA 5DSLA 3MNHA 3CYUA 5E2RA 3N3JA 1TB0X 3M2XA 3UYQA 4Q90A 1G54A 4XIWA 5JEPB 5FLSA 1V9EA 4E3DA 2POUA 1G0FA 4WR7A 1LG5A 3LXEA 1DMXA 1BNWA 2H4NA 3MHIA 3BL1A 1CALA 3PJJA 1I90A 3U3AX 3V7XA 1CAMA 2NWZA 5DOGA 4BF6A 3RG4A 2Q1QA 3NB5A 2WD2A 1EOUA 3MHCA 1KWQA 2OSFA 4Q7SA 4QIZA 5JESB 4Q9YA 5FLOA 3V3HB 2AW1A 4RIUA 4Q8XA 3RG3A 3BETA 1CAKA 3M5SA 1ZFQA 4Q7WA 1CVAA 2NN1A 4JSAA 1H4NA 3D93A 3DVDA 1OKNA 3MNJA 4KV0A 1CAOA 4CA2A 2HOCA 1KOQA 3B1BA 3U7CA 3M1KA 2WEOA 1IF7A 3M1WA 1HCAA 4QK2A 3MMFA 3KLDB 3MWOA 4PYYA 3DD8A 1RZEA 1CNYA 3MYQA 3M40A 4YWPA 2X7SA 2HL4A 1UGFA 3M5TA 2NMXA 1DCAA 5L6KA 3KNEA 1TG9A 4M2RA 4KUVA 3NI5A 5E2MA 3D9ZA 3MNUA 1CVFA 3N4BA 4Q6EA 3P5LA 3OKVA 5EZTX 4QK1A 3MHOA 1CNHA 5BRUA 3ZP9A 3PYKA 1YO1A 4IWZA 5DSQA 5C8IA 5L3OA 3JXHC 5JGSB 1I9QA 3M04A 4HT2A 4COQA 3TVOX 4RIVA 1TEUX 4HF3A 3DBUA 5E2SA 1XEGA 1OKLA 2NXSA 5FNHA 2Q1BA 1OKMA 3D92A 3NJ9A 4GL1X 4YGLA 4KNJA 4RUXA 3R17B 3SBIA 3MHLA 4ITPA 1FQRA 2FMZA 3HLJA 12CAA 4YGNA 4N16A 1IF4A 3V2JA 3W6IA 2HFWA 2ILIA 5FL4A 1CAZA 1G52A 4QJXA 4YXOA 2WEHA 3W6HA 4YX4A 2EU3A 2X7TA 1XEVA 3SAXA 4QJWA 1G1DA 1G45A 1YDAA 4Q99A 4DZ9A 2NWOA 4ZX0A 1CA2A 3SBHA 3VBDA 3DV7A 4Q83A 4WW8A 1A42A 4K0SA 3ML2A 2FNNA 3FW3A 5FLPA 5JG3B 5G0CA 5CA2A 1MOOA 2VVAX 4Q0LA 5DSPA 2NWPA 5DSIA 3S77B 3DVCA 1BN4A 1CRAA 2ABEA 5FLQA 3T5UA 1CNIA 1FQNA 5BRVA 2CA2A 4K0TA 5EIJA 4WUPA 5EHWA 4LHIA 1CCTA 3RJ7A 1HVAA 2WEJA 1HEDA 3P55A 1CNBA 4KUWA 3BL0A 4QIYA 1TBTX 1THKA 5DVXA 5EHVA 2NNSA 5IPZA 1IF9A 4KUYA 2CBCA 1ZFKA 1BN3A 1ZNCA 3MNIA 5CLUA 4YYTA 3R16A 3S72B 3OKUA 3EFTA 1BNVA 1I9NA 5SZ3A 3U47A 4PZHA 1RJ6A 1ZGEA 5DSOA 4Q08A 3IGPA 5DOHA 1OQ5A 5JG5B 5G01A 3V5GA 4E3GA 8CA2A 3HKTA 2FOSA 3KS3A 1BNMA 4QJ0A 5EKJA 2HKKA 5HPJA 1T9NA 1KWRA 4Y0JA 5FL5A 2NNVA 4Q7VA 1CVBA 3DVBA 3RYVB 4QSBA 1CIMA 5FL6A 4Q49A 4ITOA 4E4AA 4R5BA 5SZ6A 4Z1EA 4TWMA 1H9NA 4QSIA 4BF1A 1CNJA 4L5WA 5DSNA 3N0NA 5AMGA 4MDMA 3MNAA 4CACA 4KAPA 3DAZA 5FDCA 1YO2A 3IAIA 1YDBA 1TTMA 5BRWA 4YGKA 2CBEA 1FR4A 3T5ZA 5SZ0A 4CNXA 3T84A 5FNLA 5JGTB 2O4ZA 1G3ZA 4M2WA 3HS4A 5AMDA 4E3FA 1YDDA 1CVHA 1IF5A 3JXFA 4KP5A 4DZ7A 1FLJA 4R59A 1UGCA 3HKNA 3GZ0A 3IEOA 1UGGA 4JSWA 1Z9YA 2IT4A 3MDZA 1ZSCA 3IBNA 1G0EA 5CJFA 1UGDA 1BNTA 3U45X 4QTLA 2NXTA 4YGFA 5E2KA 4FL7A 4UOVA 4CNRA 4Q78A 4Q8ZA 3P44A 1G4JA 4RN4A 2FNMA 4Q7PA 3K2FA 2Q38A 5SZ2A 4BCWA 3HKQA 1CAYA 2NWYA 4KP8A 4RFCA 3RYZA 3EFIA 1CNXA 1TE3X 1ZSAA 2POWA 1V9IC 3FE4A 1MUAA 1JD0A 1HEBA 3RZ8A 4C3TA 1BV3A 1BNUA 3TMJA 3RYJB 3V3FA 5SZ7A 1UGEA 3F7BA 4YHAA 4KNIA 5JQ0A 2FW4A 1BCDA 1LZVA 5EKMA 3V3GB 3PO6A 5FLTA 1I9OA 3D0NA 4HU1A 3QYKA 2FOVA 3KKXA 4YXUA 1LG6A 1CCSA 1YO0A 1IF8A 5JQTA 1ZSBA 1RAZA 3KOKA 4N0XB 5A25A 7CA2A 1CVCA 3S9TA 3C7PA 4QJPA 4CQ0A 3DCWA 5E5RA 4Q87A 2H15A 3S71B 4TWLA 4K1QA 2FOYA 4XFWA 1RZAA 3Q31A 3UYNA 5JEHB 4XZ5A 4QY3A 2FOQA 1I9MA 4QSJA 1JCZA 1XQ0A 4QK3A 5DSKA 3S74B 3B4FA 3IBUA 1I8ZA 5EH7A 1KEQA 4RUZA 5EHEA 2W2JA 4HBAA 1RZBA 4Z1KA 4YVYA 5A6HA 4YXIA 1G53A 1CAIA 4E9OX 4FPTA 3P3JA 1CA3A 4G7AA 1G48A 5SZ1A 3M14A 4MO8A 5DSRA 5DRSA 1HCBA 1LGDA 3V2MA 2NNOA 1CVDA 1RJ5A 4E49A 4PQ7A 3ML5A 4RUYA 4R5AA 3P4VA 2VVBX 3OIKA 1CNWA 1I91A 3K34A 1H9QA 3MHMA 3P58A 3KONA 4FIKA 4FVOA 4IDRX 3V3IB 5BYIA 4RH2A 4HEYA 4JS6A 1CNCA 3DC3A 3RLDA 1TG3A 4QSAA 2EU2A 1Y7WA 1CANA 3KOIA 4KNMA 4XIXA 3L14A 5FNMA 2WD3A 2CBAA 4MDLA 2CBDA 4QJOA 1RAYA 3M2ZA 1AZMA 3CA2A 4MTYA 1BICA 1XPZA 4Q09A 4PYXA 2WEGA 3OYQA 2POVA 5E2NA 4L5UA 4X5SA 3IBLA 2X7UA 3DCCA 3F8EA 4PXXA 5DSMA 1ZGFA 1AM6A 4FVNA 1ZE8A 4Q07A 5LMDA 4RFDA 4ETQC 3D8WA 5J8ZA 3M1JA 4MDGA 4K13A 2CBBA 5BNLA 1G46A 3HKUA 1I9LA 1FQMA 3OY0A 4FU5A 1TEQX 3S8XA 2ZNCA 9CA2A 2NXRA 5FNIA 4ZWXA 3RGEA 2EZ7A 4ZX1A 3RYYA 4M2UA 1CINA 3OYSA 1CNGA 1CZMA 1FSRA 4G0CA 3M1QA 5E28A 4WUQA 1DMYA 5JDVB 4ZWZA 4K0ZA 5AMLA 4QJMA 3P3HA 2GEHA 3M98A 5EH8A 5SZ4A 5FDIA 5EOIA 3N2PA 3F7UA 3T85A 3DD0A 4HEWA 4LP6A 1FSQA 3RZ0B 1HUGA 4ZWIA 3S76A 3KIGA 4E5QA 4LU3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ZAO A;  3TVN X;  3KWA A;  1HEC A;  2FNK A;  4Q8Y A;  3RZ1 B;  1CIL A;  4WW6 A;  2GD8 A;  3RYX B;  4Q06 A;  3MZC A;  1BZM A;  2OSM A;  1AVN A;  3M96 A;  1BNQ A;  1Z93 A;  2CAB A;  4Q6D A;  3T82 A;  5FNG A;  5E5U A;  1CAJ A;  1CNK A;  4QEF A;  1FQL A;  4L5V A;  3S97 A;  4HT0 A;  3HFP A;  3M2Y A;  3V3J A;  2QO8 A;  3MNK A;  1CRM A;  3S73 B;  1FSN A;  4YGJ A;  3SAP A;  4WL4 A;  1LUG A;  1DCB A;  1RZD A;  2AX2 A;  3T83 A;  3RZ7 A;  1FR7 A;  5SZ5 A;  5FLR A;  5EKH A;  3JXG A;  4FRC A;  1JV0 A;  4HEZ A;  1UGA A;  2QP6 A;  4M2V A;  5JEG B;  3ZNC A;  3M5E A;  1URT A;  2NN7 A;  1CVE A;  4Q81 A;  4JSS A;  3K7K A;  3DCS A;  1J9W A;  4ZWY A;  1CAH A;  3OIM A;  5CAC A;  1YDC A;  1CCU A;  2QOA A;  1KOP A;  4E3H A;  4JSZ A;  1ZH9 A;  1UGB A;  2FOU A;  3CAJ A;  5EH5 A;  3M67 A;  2F14 A;  4ILX A;  4MLX A;  4XE1 A;  5FNK A;  1BN1 A;  3CZV A;  3IBI A;  1G6V A;  1IF6 A;  3DA2 A;  2FMG A;  1Z97 A;  1F2W A;  6CA2 A;  2NNG A;  1HEA A;  3M3X A;  2HNC A;  4Z0Q A;  3RZ5 A;  4Z1N A;  1TH9 A;  4Z1J A;  5G03 A;  5FNJ A; 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