1DMY | Genus

Total Genus 67

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	67
Knots found	KnotProt 2.0: S
sequence length	237
structure length	237
Chain Sequence	GTRQSPINIQWKDSVYDPQLAPLRVSYDAASCRYLWNTGYFFQVEFDDSCEDSGISGGPLGNHYRLKQFHFHWGATDEWGSEHAVDGHTYPAELHLVHWNSTKYENYKKASVGENGLAVIGVFLKLGAHHQALQKLVDVLPEVRHKDTQVAMGPFDPSCLMPACRDYWTYPGSLTTPPLAESVTWIVQKTPVEVSPSQLSMFRTLLFSGRGEEEDVMVNNYRPLQPLRDRKLRSSFR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6719211625550865__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6719211625550865__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1dmy/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6719211625550865__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6719211625550865","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1dmy/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6719211625550865__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfaf6fef66025d8d212d120/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfaf6fef66025d8d212d120/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfaf6fef66025d8d212d120/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfaf6fef66025d8d212d120/pdb.gz): 1097 ms

reading 237 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

237 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:236});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase (oxo-acid)
source organism	Mus musculus
publication title	Structure determination of murine mitochondrial carbonic anhydrase V at 2.45-A resolution: implications for catalytic proton transfer and inhibitor design. pubmed doi rcsb
molecule keywords	MURINE CARBONIC ANHYDRASE V
total genus	67
structure length	237
sequence length	237
chains with identical sequence	B
other databases	KnotProt 2.0: S
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1995-10-04

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1dmyA00

2HOCA 5BRWA 1XQ0A 1Z93A 1CAIA 3KIGA 4RFDA 5CLUA 4Z0QA 3S8XA 3M5SA 4TWMA 4Q6DA 1T9NA 2POUA 3S78B 3M1KA 4KNIA 4QSJA 1LZVA 5SZ2A 5CJFA 4KP8A 4COQA 3KKXA 4Q7SA 1I90A 5L3OA 2O4ZA 4MDMA 4MO8A 2OSMA 2Q1BA 4Q7VA 4PXXA 5JEHB 4Q87A 4R59A 4QEFA 3S75B 4YGLA 2QO8A 4M2RA 1ZSCA 5FL5A 2FMZA 3QYKA 12CAA 3F8EA 3KWAA 3U47A 1G0EA 1HEDA 2FOSA 1CNYA 4ILXA 2NNSA 3RYXB 4M2UA 3MWOA 4QSBA 5EHEA 5FDCA 5A25A 1IF9A 1YDAA 1YO1A 1BZMA 4QTLA 3V3FA 3IGPA 3S9TA 4YWPA 1YDBA 4HEZA 1ZSBA 4CNWA 4LP6A 5EH7A 2CBEA 2X7UA 4FL7A 4FVOA 4QJPA 1CVBA 4ITOA 1CNIA 4HT0A 2FW4A 1CINA 4Z1KA 4X5SA 5JDVB 4Q07A 1RZBA 1ZNCA 4HBAA 2GEHA 4JS6A 4K1QA 3KLDB 4Q6EA 1FQMA 1FLJA 1CA3A 3MNHA 4E3GA 3RYVB 3NI5A 1V9IC 2IT4A 1CNXA 5FDIA 2QP6A 2FNKA 4N0XB 4ZWIA 3DCWA 4Q7WA 3V3HB 4PYXA 4RIUA 4QJMA 2CBCA 3UYQA 3DVDA 6CA2A 2NWPA 1HUHA 1IF8A 5FNIA 5DSOA 1JD0A 1Z97A 2NNVA 5BRUA 1CVCA 1TE3X 4WUPA 4XIXA 5DSKA 4ZAOA 4QK3A 3F4XA 3P4VA 3DCSA 2ABEA 1DCBA 5G0BA 3S73B 1A42A 2W2JA 1CNBA 5E2RA 3MHMA 3MMFA 3BL0A 2EU2A 3S72B 1F2WA 4KP5A 5DRSA 2H15A 2HD6A 1H9NA 1IF7A 3DC9A 3FFPX 4XFWA 4QK1A 1BN3A 1DMXA 1G54A 2EZ7A 5FLSA 3R16A 4K0SA 1I9PA 1FSNA 4G7AA 3RZ1B 2NN7A 3HKQA 1HCAA 4KV0A 1IF6A 2ZNCA 1J9WA 4YGKA 2WEGA 1ZFQA 4ZX1A 1YO2A 4RUYA 3OKUA 2ILIA 1H4NA 3P5AA 3W6IA 4Q09A 3VBDA 2NXTA 1CVAA 1RJ6A 1BNTA 5EH5A 3M14A 3BL1A 3CAJA 4ZWYA 1DMYA 1CCSA 3KS3A 4R5BA 4Q49A 5DSRA 1CRAA 1FR7A 4Q0LA 3IAIA 3V3IB 3M67A 3SBHA 1FSRA 1RZEA 1IF5A 2GD8A 4HT2A 5BRVA 5EHWA 4CA2A 5IPZA 3KOKA 1CAHA 1RAZA 4LU3A 2VVBX 5FNLA 4Q8XA 1AM6A 2X7SA 4WUQA 5DSNA 4MDGA 2AW1A 4FIKA 1BNMA 4E9OX 5EKMA 3IBUA 1G4JA 4L5WA 3HKTA 4YVYA 3ZP9A 5SZ0A 4DZ7A 1H9QA 3P3JA 5EOIA 5JESB 4YYTA 1UGDA 1I9LA 5DVXA 3T85A 5SZ5A 1BV3A 1BNNA 3PJJA 4M2WA 3M2XA 4HF3A 4N16A 4QIYA 4BCWA 3N4BA 5FLOA 3CA2A 3V3GB 3D92A 3RG3A 3MHLA 4CNVA 3RYZA 4CQ0A 1ZGEA 4YGJA 1JV0A 4PZHA 5FL6A 4KAPA 5E5UA 4ZX0A 2NWZA 2FOYA 1EOUA 3N0NA 1UGCA 3IEOA 3TVOX 1CAJA 3P3HA 1HEBA 4YX4A 1YO0A 5FNJA 1TH9A 3TMJA 3ML2A 5J8ZA 1YDCA 2H4NA 4E3FA 1CRMA 3M40A 3DD0A 4KUVA 5EIJA 5SZ6A 3P58A 3ZNCA 5SZ4A 1CANA 4M2VA 3EFIA 1RZCA 4Y0JA 4K0TA 1CNGA 4XZ5A 4KNMA 3M5TA 3MNIA 5CACA 3D8WA 3UYNA 5FL4A 1FR4A 3T84A 2CBDA 4ETQC 4KNNA 3K7KA 4Q99A 5DOGA 2QOAA 4Q8YA 5FLQA 2POVA 3IBLA 5G03A 4YXUA 3BETA 4Z1EA 3MZCA 5AMGA 1CA2A 4R5AA 5EHVA 3KOIA 4FRCA 3IBNA 3OYSA 4L5UA 4RFCA 1OQ5A 4MLTA 3RG4A 4RH2A 3D0NA 3SAPA 3RZ7A 3K2FA 1BCDA 4JSSA 2WEJA 3MNAA 2WEOA 5EKJA 4Q78A 1G45A 4E5QA 2Q1QA 3OY0A 1HVAA 4C3TA 4KUYA 1CAKA 1Z9YA 4ITPA 3HFPA 1BNQA 3JXGA 2NXSA 5JGTB 1CIMA 3S77B 1CAOA 1KWRA 3DBUA 3R17B 1HEAA 5E28A 3MHCA 3V2JA 3V7XA 1CALA 4FU5A 1TTMA 3FE4A 3V2MA 5FNMA 7CA2A 1OKNA 1CAMA 1TEUX 4E3DA 4Q90A 4XIWA 4Q83A 4Q08A 4QY3A 1HUGA 4WL4A 5FNHA 5FNKA 1ZGFA 1I91A 4IDRX 1KEQA 1CVEA 4QJXA 3M96A 3DA2A 3M1QA 4MDLA 3RLDA 1CAYA 2WEHA 4GL1X 2NWYA 2Q38A 3IBIA 1CVHA 3M3XA 2CA2A 2NXRA 3DVBA 1OKLA 1RAYA 1YDDA 4HEYA 3V3JA 5BYIA 4UOVA 1G6VA 5E2KA 5SZ7A 3L14A 2WD2A 5E2NA 5JEGB 5A6HA 1CCUA 3CZVA 5G01A 3M2NA 4ZWXA 1I9QA 5AMLA 3N3JA 1HCBA 3MNKA 1BN1A 1G0FA 3S71B 4MTYA 1MOOA 3RJ7A 2FNNA 3S97A 4JSZA 4Q7PA 3DVCA 3B4FA 5BNLA 3M1JA 4LHIA 4PQ7A 3SAXA 1UGAA 4G0CA 4IWZA 4HU1A 3RZ5A 4DZ9A 4WW6A 5JG3B 1XPZA 3RYYA 1CNJA 4QSAA 1UGGA 3PYKA 5EH8A 4E3HA 1TBTX 4ZWZA 1THKA 1LUGA 4Q81A 1UGBA 3N2PA 1G3ZA 3GZ0A 5LMDA 5CA2A 1URTA 2POWA 5DSLA 1CNHA 1JCZA 3OILA 3K34A 3KNEA 5JQTA 1IF4A 4CNXA 3T83A 9CA2A 4YHAA 4XE1A 3P55A 4CACA 4QJ0A 1RZAA 3DAZA 3HKUA 1BN4A 4FPTA 3T5UA 1RZDA 3FW3A 1ZSAA 1UGFA 3MHOA 1CILA 3HKNA 4QJWA 3OIMA 4FVNA 2OSFA 1BICA 1XEVA 5E5RA 3MHIA 1OKMA 4L5VA 3M2YA 8CA2A 1G4OA 5DOHA 2EU3A 2FMGA 1XEGA 3OIKA 1G53A 1AZMA 5FLTA 2CBAA 4RUZA 4YGFA 4K0ZA 3C7PA 1CNWA 4MLXA 4YGNA 4RIVA 5JEPB 1CVDA 3F7BA 1LGDA 5DSPA 5FLPA 5L6KA 1AVNA 2WD3A 1KWQA 3S74B 3MDZA 3V5GA 1DCAA 1I9NA 2FNMA 3DV7A 3NJ9A 1LG6A 1BNWA 1LG5A 4PYYA 4WW8A 4RUXA 3M2ZA 5SZ3A 3KONA 3U3AX 3JXFA 3OKVA 2HKKA 2X7TA 3MYQA 3SBIA 3B1BA 2AX2A 3T5ZA 1CAZA 4JSAA 2FOQA 3HLJA 3DC3A 4QSIA 3Q31A 5E2SA 3MNUA 1V9EA 3D9ZA 4Q06A 5SZ1A 4KNJA 5DSMA 3RYJB 3TVNX 1RJ5A 2NMXA 4Q9YA 4QJOA 2NNOA 1G48A 1BNVA 4KUWA 5EZTX 2FOUA 3LXEA 4CNRA 4E49A 5FNGA 4K13A 1G52A 3M1WA 4TWLA 5HPJA 1CVFA 2VVAX 4RN4A 5AMDA 5DSJA 1G46A 4QIZA 2HFWA 1KOPA 2NN1A 1MUAA 3U45X 1I9MA 3CYUA 3EFTA 3PO6A 1ZFKA 3OYQA 3P44A 3D93A 4HEWA 4YXIA 4BF1A 3DCCA 3M98A 5JGSB 3W6HA 2CBBA 3S76A 3M5EA 3ML5A 2F14A 5EKHA 1FSQA 2HNCA 5DSIA 5JG5B 1CZMA 4Z1NA 4BF6A 4YXOA 3RZ8A 3NB5A 3T82A 5DSQA 1I8ZA 1TEQX 5JQ0A 1Y7WA 2NNGA 1FQNA 1TG3A 2HL4A 2NWOA 4Z1JA 3P5LA 3HS4A 4QK2A 3MNJA 1TG9A 1BNUA 1CNCA 1HECA 1ZH9A 3JXHC 2CABA 5E2MA 5G0CA 1G1DA 3RGEA 1ZE8A 3M04A 1FQRA 1TB0X 3U7CA 1UGEA 1CNKA 4Q8ZA 3F7UA 1KOQA 3RZ0B 1I9OA 2FOVA 1FQLA 4WR7A 4E4AA 5C8IA 4JSWA 5FLRA 1CCTA 3DD8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HOC A;  5BRW A;  1XQ0 A;  1Z93 A;  1CAI A;  3KIG A;  4RFD A;  5CLU A;  4Z0Q A;  3S8X A;  3M5S A;  4TWM A;  4Q6D A;  1T9N A;  2POU A;  3S78 B;  3M1K A;  4KNI A;  4QSJ A;  1LZV A;  5SZ2 A;  5CJF A;  4KP8 A;  4COQ A;  3KKX A;  4Q7S A;  1I90 A;  5L3O A;  2O4Z A;  4MDM A;  4MO8 A;  2OSM A;  2Q1B A;  4Q7V A;  4PXX A;  5JEH B;  4Q87 A;  4R59 A;  4QEF A;  3S75 B;  4YGL A;  2QO8 A;  4M2R A;  1ZSC A;  5FL5 A;  2FMZ A;  3QYK A;  12CA A;  3F8E A;  3KWA A;  3U47 A;  1G0E A;  1HED A;  2FOS A;  1CNY A;  4ILX A;  2NNS A;  3RYX B;  4M2U A;  3MWO A;  4QSB A;  5EHE A;  5FDC A;  5A25 A;  1IF9 A;  1YDA A;  1YO1 A;  1BZM A;  4QTL A;  3V3F A;  3IGP A;  3S9T A;  4YWP A;  1YDB A;  4HEZ A;  1ZSB A;  4CNW A;  4LP6 A;  5EH7 A;  2CBE A;  2X7U A;  4FL7 A;  4FVO A;  4QJP A;  1CVB A;  4ITO A;  1CNI A;  4HT0 A;  2FW4 A;  1CIN A;  4Z1K A;  4X5S A;  5JDV B;  4Q07 A;  1RZB A;  1ZNC A;  4HBA A;  2GEH A;  4JS6 A;  4K1Q A;  3KLD B;  4Q6E A;  1FQM A;  1FLJ A;  1CA3 A;  3MNH A;  4E3G A;  3RYV B;  3NI5 A;  1V9I C;  2IT4 A;  1CNX A;  5FDI A;  2QP6 A;  2FNK A;  4N0X B;  4ZWI A;  3DCW A;  4Q7W A;  3V3H B;  4PYX A;  4RIU A;  4QJM A;  2CBC A;  3UYQ A;  3DVD A;  6CA2 A;  2NWP A;  1HUH A;  1IF8 A;  5FNI A;  5DSO A;  1JD0 A;  1Z97 A;  2NNV A;  5BRU A;  1CVC A;  1TE3 X;  4WUP A;  4XIX A;  5DSK A;  4ZAO A;  4QK3 A;  3F4X A;  3P4V A;  3DCS A;  2ABE A;  1DCB A;  5G0B A;  3S73 B;  1A42 A;  2W2J A;  1CNB A;  5E2R A;  3MHM A;  3MMF A;  3BL0 A;  2EU2 A;  3S72 B;  1F2W A;  4KP5 A;  5DRS A;  2H15 A;  2HD6 A;  1H9N A;  1IF7 A;  3DC9 A;  3FFP X;  4XFW A;  4QK1 A;  1BN3 A;  1DMX A;  1G54 A;  2EZ7 A;  5FLS A;  3R16 A;  4K0S A;  1I9P A;  1FSN A;  4G7A A;  3RZ1 B;  2NN7 A;  3HKQ A;  1HCA A;  4KV0 A;  1IF6 A;  2ZNC A;  1J9W A;  4YGK A;  2WEG A;  1ZFQ A;  4ZX1 A;  1YO2 A;  4RUY A;  3OKU A;  2ILI A;  1H4N A;  3P5A A;  3W6I A;  4Q09 A;  3VBD A;  2NXT A;  1CVA A;  1RJ6 A;  1BNT A;  5EH5 A;  3M14 A;  3BL1 A;  3CAJ A;  4ZWY A;  1DMY A;  1CCS A;  3KS3 A;  4R5B A;  4Q49 A;  5DSR A;  1CRA A;  1FR7 A;  4Q0L A;  3IAI A;  3V3I B;  3M67 A;  3SBH A;  1FSR A;  1RZE A;  1IF5 A;  2GD8 A;  4HT2 A;  5BRV A;  5EHW A;  4CA2 A;  5IPZ A;  3KOK A;  1CAH A;  1RAZ A;  4LU3 A;  2VVB X;  5FNL A;  4Q8X A;  1AM6 A;  2X7S A;  4WUQ A;  5DSN A;  4MDG A;  2AW1 A;  4FIK A;  1BNM A;  4E9O X;  5EKM A;  3IBU A;  1G4J A;  4L5W A;  3HKT A;  4YVY A;  3ZP9 A;  5SZ0 A;  4DZ7 A;  1H9Q A;  3P3J A;  5EOI A;  5JES B;  4YYT A;  1UGD A;  1I9L A;  5DVX A;  3T85 A;  5SZ5 A;  1BV3 A;  1BNN A;  3PJJ A;  4M2W A;  3M2X A;  4HF3 A;  4N16 A;  4QIY A;  4BCW A;  3N4B A;  5FLO A;  3CA2 A;  3V3G B;  3D92 A;  3RG3 A;  3MHL A;  4CNV A;  3RYZ A;  4CQ0 A;  1ZGE A;  4YGJ A;  1JV0 A;  4PZH A;  5FL6 A;  4KAP A;  5E5U A;  4ZX0 A;  2NWZ A;  2FOY A;  1EOU A;  3N0N A;  1UGC A;  3IEO A;  3TVO X;  1CAJ A;  3P3H A;  1HEB A;  4YX4 A;  1YO0 A;  5FNJ A;  1TH9 A;  3TMJ A;  3ML2 A;  5J8Z A;  1YDC A;  2H4N A;  4E3F A;  1CRM A;  3M40 A;  3DD0 A;  4KUV A;  5EIJ A;  5SZ6 A;  3P58 A;  3ZNC A;  5SZ4 A;  1CAN A;  4M2V A;  3EFI A;  1RZC A;  4Y0J A;  4K0T A;  1CNG A;  4XZ5 A;  4KNM A;  3M5T A;  3MNI A;  5CAC A;  3D8W A; 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1DMYA

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