2WEJ | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__318943394599399__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__318943394599399__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2WEJ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__318943394599399__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"318943394599399","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2WEJ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__318943394599399__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfdc636c5f9da08f4d06d88/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfdc636c5f9da08f4d06d88/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfdc636c5f9da08f4d06d88/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfdc636c5f9da08f4d06d88/pdb.gz): 63 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Thermodynamic Optimisation in Drug Discovery: A Case Study Using Carbonic Anhydrase Inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE 2
total genus	75
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2009-03-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	2wejA00

4KUVA 4YGKA 2FNKA 5DSRA 3C7PA 1ZSCA 4HF3A 4ZWIA 3T85A 1YDBA 1HEAA 1IF8A 4JS6A 4Q8YA 5IPZA 1YO0A 5AMLA 1CNYA 1FR4A 1LG6A 5DOGA 4DZ9A 4WUQA 1CNBA 1JCZA 1G4OA 2FW4A 3S76A 4KAPA 5C8IA 3KS3A 1YO2A 1FLJA 2ZNCA 1KWQA 3M5SA 4ITPA 3RG4A 5FNHA 1AM6A 1HUGA 3Q31A 2H4NA 1RZBA 4E3DA 1UGCA 1FQLA 1G53A 2Q1BA 4Q0LA 1A42A 2POWA 3ZNCA 4RUYA 3IEOA 4Q83A 5DSQA 4YGLA 4Q7SA 5FNJA 5BNLA 3M3XA 3NJ9A 5BYIA 4WL4A 2POUA 3FE4A 4LU3A 1XEGA 1I9PA 4JSWA 4Q8XA 5DSNA 1ZH9A 3UYQA 4E49A 3DC9A 3L14A 4Y0JA 2NXTA 1OQ5A 4KNJA 5EKJA 2X7TA 4K13A 1CNWA 3HKQA 4RH2A 3RZ8A 1UGDA 4LP6A 1G48A 1CZMA 1BICA 1YO1A 2HFWA 4YGNA 3PYKA 4HEWA 1ZE8A 2Q38A 3R16A 3M1KA 5SZ5A 3DAZA 12CAA 2EZ7A 1CA3A 1CALA 4Q8ZA 4YVYA 3KKXA 4K0TA 4Q06A 2CBDA 5FLQA 2WEJA 3SBIA 2FMGA 4Q7VA 3P5LA 4BF6A 3OKVA 4Q49A 3P58A 4G0CA 3W6IA 5DSJA 1CAOA 2FOUA 4BF1A 5SZ2A 3DVCA 5JEGB 5FNIA 1Z93A 1AZMA 1G46A 4IWZA 3BL0A 4KNNA 3MHCA 2WEHA 3VBDA 3T83A 3M5EA 1LG5A 1Z9YA 3HKUA 4Q7PA 5DSPA 4KUWA 1I8ZA 3IBUA 5E2NA 3S71B 1CAMA 4QSIA 3MWOA 2HNCA 1CAJA 4QTLA 4CACA 9CA2A 1F2WA 4N16A 5SZ3A 1BCDA 1RZEA 4CQ0A 5E2KA 4FRCA 1BN1A 1BN4A 1KWRA 1RZCA 3S73B 4FVNA 3S74B 4FL7A 2POVA 4TWLA 4Z1EA 2NWOA 2X7SA 4R59A 4K0SA 5FLOA 1IF4A 1UGGA 3D9ZA 3NB5A 3DC3A 4Q07A 5FNGA 1OKMA 1UGAA 3M2ZA 2QO8A 1IF9A 4R5BA 4YXIA 2O4ZA 1LZVA 3M98A 3MYQA 4R5AA 1G52A 3S97A 1IF7A 3N2PA 3M14A 2WEGA 1KOPA 3T84A 3N3JA 2NMXA 4QJ0A 2W2JA 4CNVA 4HBAA 4YYTA 1Z97A 4QJOA 4RN4A 1EOUA 3BL1A 4CNXA 5FNMA 1CAZA 1I9OA 4XIXA 3OIMA 4PZHA 1CNXA 3P3HA 2CBBA 3JXFA 3D8WA 2NNGA 4ITOA 3T82A 5BRUA 5DSLA 1HEDA 3K7KA 1YDCA 1OKLA 4Q99A 5EZTX 4Z1KA 1TB0X 5DRSA 4RFDA 3OKUA 1BNMA 3IBLA 3RZ1B 1RZAA 1TG3A 1FQRA 4Q78A 3P44A 1BNTA 5DVXA 5FLRA 4Z1JA 3EFIA 3NI5A 4E9OX 1RJ5A 4Q81A 5DSKA 3OY0A 4YXOA 1FQNA 5SZ1A 1DMXA 3IBIA 4WW6A 3CYUA 2X7UA 1XQ0A 3HKNA 4QJPA 4WW8A 5EH5A 1CNCA 5SZ4A 5JEHB 5EHVA 3KWAA 1G3ZA 2HKKA 5G0BA 5BRVA 5JGSB 4C3TA 1CVBA 3ZP9A 4QEFA 4E3HA 1FSQA 1CNKA 4YHAA 4M2UA 3HFPA 1TEQX 2Q1QA 5JG5B 5E5RA 3SAXA 1ZGEA 4PYXA 3PO6A 3DVBA 1G4JA 1I91A 1IF5A 1ZSAA 5FNLA 3M1WA 3DCSA 3V5GA 1DMYA 2ILIA 5FNKA 1UGEA 1CVAA 3IAIA 1LGDA 3DD0A 4XZ5A 3RG3A 4XE1A 3U7CA 3V3GB 4QK2A 2FOQA 1JD0A 1HCBA 4GL1X 5DSIA 1KOQA 1T9NA 4L5VA 4M2RA 2FNMA 4Q09A 2FNNA 5JEPB 1BNWA 5FDCA 4ZWZA 3RJ7A 3T5ZA 1I9MA 3SAPA 5HPJA 1CCSA 3B4FA 4X5SA 3S78B 3RYVB 3V2MA 1BNVA 3JXHC 1CCTA 4PQ7A 4HT0A 1TEUX 6CA2A 3MNUA 3MNKA 5CLUA 4JSAA 5SZ6A 3KOKA 4E3GA 5L6KA 3S72B 3RZ0B 3MMFA 4CA2A 1CNJA 1XEVA 2OSFA 1CVEA 1V9EA 1G0FA 4E4AA 5EIJA 1TH9A 5CJFA 4Q7WA 5DSOA 2VVBX 4FPTA 1ZFQA 4CNWA 4KUYA 3DA2A 3R17B 3DCWA 3RYXB 3M67A 1HCAA 4QJXA 3HLJA 2FOYA 3S9TA 3M2NA 1OKNA 3U3AX 3OIKA 5FLPA 3ML5A 5L3OA 3T5UA 3M96A 4MLTA 2CABA 2QP6A 3MHOA 2NNSA 4QJWA 3M1JA 4FVOA 3RLDA 1MUAA 5AMGA 4QK1A 3ML2A 4ZAOA 3U45X 1G0EA 4FIKA 1I90A 4ETQC 3F4XA 1BV3A 2ABEA 3K2FA 3M2XA 2IT4A 5AMDA 3LXEA 1I9LA 3F7BA 5JGTB 4DZ7A 5G0CA 4HU1A 4HEYA 4MO8A 4QY3A 2NN7A 5G03A 1CILA 1CAKA 3TMJA 1H9NA 4BCWA 5JESB 3MDZA 4RUXA 1ZSBA 5EH8A 3P4VA 4KNIA 4ZX1A 3HKTA 3S8XA 3DVDA 3FW3A 4ZX0A 5FLTA 3P55A 2CA2A 1BZMA 5G01A 3U47A 5E2MA 2NWZA 1FQMA 5SZ0A 4YX4A 1RZDA 4QJMA 2HOCA 4Q87A 4RUZA 3P3JA 1DCBA 3M40A 4ILXA 4TWMA 4WUPA 4YGFA 3MHIA 4E3FA 3S75B 3D0NA 3MNAA 3IBNA 4N0XB 4XFWA 3F8EA 3EFTA 3FFPX 5CACA 4FU5A 1TE3X 2H15A 4Q6DA 5E2RA 3OYQA 5SZ7A 3RGEA 1CVCA 5E5UA 1IF6A 1G54A 3B1BA 4KV0A 5JG3B 4XIWA 4KP8A 5CA2A 1LUGA 1AVNA 5EKMA 1XPZA 2CBEA 4ZWYA 1FSNA 3TVNX 4MLXA 3RYZA 1CVHA 2AX2A 3M2YA 3HS4A 3M5TA 7CA2A 3KLDB 3OILA 5EH7A 2GEHA 2NNVA 4ZWXA 1FSRA 1TG9A 3V3FA 4MDLA 4QSJA 4JSSA 3TVOX 1G1DA 3KNEA 2AW1A 3V3JA 2NWPA 5JQ0A 4YGJA 1CAIA 4Z1NA 2EU2A 1JV0A 2WEOA 1TBTX 1THKA 3RYJB 1CAYA 1BNUA 1I9NA 1DCAA 1RJ6A 1UGFA 1CAHA 3KOIA 1CA2A 5FL6A 1J9WA 3DD8A 2EU3A 1CINA 2FMZA 4JSZA 4RIUA 3JXGA 1H9QA 1CANA 4LHIA 3QYKA 4Q08A 1ZNCA 4QK3A 1I9QA 4QSAA 4WR7A 3D93A 2GD8A 5FL5A 4K0ZA 1Y7WA 3CZVA 3V7XA 3DV7A 1V9IC 5FLSA 4E5QA 3M1QA 4PYYA 1UGBA 3MHLA 1MOOA 4L5WA 2NNOA 1CNGA 2OSMA 1CIMA 1YDDA 1H4NA 1CVFA 5A6HA 2HL4A 3F7UA 2CBAA 3MNIA 3M04A 3N0NA 3S77B 3GZ0A 5EKHA 5JDVB 5LMDA 1BN3A 1CNHA 4Q9YA 4Q90A 3D92A 3V3HB 5J8ZA 3RZ5A 1CCUA 3RZ7A 1BNNA 1YDAA 2QOAA 1G6VA 2WD3A 5E28A 2FOSA 2NN1A 4CNRA 3MHMA 4QSBA 4M2WA 4IDRX 3V2JA 1CRMA 8CA2A 1TTMA 4KP5A 2NXSA 3OYSA 1RAYA 4PXXA 1ZFKA 4YWPA 1HECA 3MNJA 1CRAA 5FDIA 1G45A 1RAZA 4HT2A 4MDGA 1CNIA 3BETA 1KEQA 5FL4A 2FOVA 2VVAX 4RIVA 3RYYA 3MNHA 3DCCA 1HEBA 3CAJA 3KIGA 2CBCA 4Z0QA 3V3IB 4K1QA 5A25A 5BRWA 5EOIA 5DOHA 1ZGFA 3UYNA 3IGPA 2F14A 3CA2A 1HVAA 3DBUA 2WD2A 4UOVA 1URTA 5E2SA 3W6HA 3MZCA 4MTYA 4QIYA 4L5UA 2NXRA 1HUHA 5EHWA 3SBHA 3N4BA 4KNMA 5DSMA 4QIZA 3K34A 5JQTA 4YXUA 3P5AA 3PJJA 4G7AA 4M2VA 4COQA 1FR7A 3KONA 4RFCA 4HEZA 2NWYA 4MDMA 4Q6EA 5EHEA 1CVDA 1BNQA 2HD6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4KUV A;  4YGK A;  2FNK A;  5DSR A;  3C7P A;  1ZSC A;  4HF3 A;  4ZWI A;  3T85 A;  1YDB A;  1HEA A;  1IF8 A;  4JS6 A;  4Q8Y A;  5IPZ A;  1YO0 A;  5AML A;  1CNY A;  1FR4 A;  1LG6 A;  5DOG A;  4DZ9 A;  4WUQ A;  1CNB A;  1JCZ A;  1G4O A;  2FW4 A;  3S76 A;  4KAP A;  5C8I A;  3KS3 A;  1YO2 A;  1FLJ A;  2ZNC A;  1KWQ A;  3M5S A;  4ITP A;  3RG4 A;  5FNH A;  1AM6 A;  1HUG A;  3Q31 A;  2H4N A;  1RZB A;  4E3D A;  1UGC A;  1FQL A;  1G53 A;  2Q1B A;  4Q0L A;  1A42 A;  2POW A;  3ZNC A;  4RUY A;  3IEO A;  4Q83 A;  5DSQ A;  4YGL A;  4Q7S A;  5FNJ A;  5BNL A;  3M3X A;  3NJ9 A;  5BYI A;  4WL4 A;  2POU A;  3FE4 A;  4LU3 A;  1XEG A;  1I9P A;  4JSW A;  4Q8X A;  5DSN A;  1ZH9 A;  3UYQ A;  4E49 A;  3DC9 A;  3L14 A;  4Y0J A;  2NXT A;  1OQ5 A;  4KNJ A;  5EKJ A;  2X7T A;  4K13 A;  1CNW A;  3HKQ A;  4RH2 A;  3RZ8 A;  1UGD A;  4LP6 A;  1G48 A;  1CZM A;  1BIC A;  1YO1 A;  2HFW A;  4YGN A;  3PYK A;  4HEW A;  1ZE8 A;  2Q38 A;  3R16 A;  3M1K A;  5SZ5 A;  3DAZ A;  12CA A;  2EZ7 A;  1CA3 A;  1CAL A;  4Q8Z A;  4YVY A;  3KKX A;  4K0T A;  4Q06 A;  2CBD A;  5FLQ A;  2WEJ A;  3SBI A;  2FMG A;  4Q7V A;  3P5L A;  4BF6 A;  3OKV A;  4Q49 A;  3P58 A;  4G0C A;  3W6I A;  5DSJ A;  1CAO A;  2FOU A;  4BF1 A;  5SZ2 A;  3DVC A;  5JEG B;  5FNI A;  1Z93 A;  1AZM A;  1G46 A;  4IWZ A;  3BL0 A;  4KNN A;  3MHC A;  2WEH A;  3VBD A;  3T83 A;  3M5E A;  1LG5 A;  1Z9Y A;  3HKU A;  4Q7P A;  5DSP A;  4KUW A;  1I8Z A;  3IBU A;  5E2N A;  3S71 B;  1CAM A;  4QSI A;  3MWO A;  2HNC A;  1CAJ A;  4QTL A;  4CAC A;  9CA2 A;  1F2W A;  4N16 A;  5SZ3 A;  1BCD A;  1RZE A;  4CQ0 A;  5E2K A;  4FRC A;  1BN1 A;  1BN4 A;  1KWR A;  1RZC A;  3S73 B;  4FVN A;  3S74 B;  4FL7 A;  2POV A;  4TWL A;  4Z1E A;  2NWO A;  2X7S A;  4R59 A;  4K0S A;  5FLO A;  1IF4 A;  1UGG A;  3D9Z A;  3NB5 A;  3DC3 A;  4Q07 A;  5FNG A;  1OKM A;  1UGA A;  3M2Z A;  2QO8 A;  1IF9 A;  4R5B A;  4YXI A;  2O4Z A;  1LZV A;  3M98 A;  3MYQ A;  4R5A A;  1G52 A;  3S97 A;  1IF7 A;  3N2P A;  3M14 A;  2WEG A;  1KOP A;  3T84 A;  3N3J A;  2NMX A;  4QJ0 A;  2W2J A;  4CNV A;  4HBA A;  4YYT A;  1Z97 A;  4QJO A;  4RN4 A;  1EOU A;  3BL1 A;  4CNX A;  5FNM A;  1CAZ A;  1I9O A;  4XIX A;  3OIM A;  4PZH A;  1CNX A;  3P3H A;  2CBB A;  3JXF A;  3D8W A;  2NNG A;  4ITO A;  3T82 A;  5BRU A;  5DSL A;  1HED A;  3K7K A;  1YDC A;  1OKL A;  4Q99 A;  5EZT X;  4Z1K A;  1TB0 X;  5DRS A;  4RFD A;  3OKU A;  1BNM A;  3IBL A;  3RZ1 B;  1RZA A;  1TG3 A;  1FQR A;  4Q78 A;  3P44 A;  1BNT A;  5DVX A;  5FLR A;  4Z1J A;  3EFI A;  3NI5 A;  4E9O X;  1RJ5 A;  4Q81 A;  5DSK A;  3OY0 A;  4YXO A;  1FQN A;  5SZ1 A;  1DMX A;  3IBI A;  4WW6 A;  3CYU A;  2X7U A;  1XQ0 A;  3HKN A;  4QJP A;  4WW8 A;  5EH5 A;  1CNC A;  5SZ4 A;  5JEH B;  5EHV A;  3KWA A;  1G3Z A;  2HKK A;  5G0B A;  5BRV A;  5JGS B;  4C3T A;  1CVB A;  3ZP9 A;  4QEF A;  4E3H A;  1FSQ A;  1CNK A;  4YHA A;  4M2U A;  3HFP A;  1TEQ X;  2Q1Q A;  5JG5 B;  5E5R A;  3SAX A;  1ZGE A;  4PYX A;  3PO6 A;  3DVB A;  1G4J A;  1I91 A;  1IF5 A;  1ZSA A;  5FNL A;  3M1W A;  3DCS A;  3V5G A;  1DMY A;  2ILI A;  5FNK A;  1UGE A;  1CVA A;  3IAI A;  1LGD A;  3DD0 A;  4XZ5 A;  3RG3 A;  4XE1 A;  3U7C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2WEJA

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Chain Sequence

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