3DD0 | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__980969727148799__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__980969727148799__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3DD0/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__980969727148799__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"980969727148799","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3DD0/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__980969727148799__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfea0dbbe470e7bbe9d5f0e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfea0dbbe470e7bbe9d5f0e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfea0dbbe470e7bbe9d5f0e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfea0dbbe470e7bbe9d5f0e/pdb.gz): 322 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 31 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Design of a carbonic anhydrase IX active-site mimic to screen inhibitors for possible anticancer properties pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	75
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2008-06-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3dd0A00

3BL0A 4QIYA 1BNNA 1LG6A 3D0NA 3MZCA 4ZWIA 4CNXA 4CNVA 3M2NA 4Q0LA 3JXGA 4ZWZA 1BNMA 2H4NA 3V3JA 4IDRX 2FNKA 1CALA 2NXSA 4Q6DA 2X7TA 4KNIA 4Q07A 4Q90A 3KWAA 4ZX1A 3M5SA 5BYIA 1CNKA 5FDIA 4JSAA 2NWYA 3PJJA 3W6HA 3IEOA 5SZ4A 4G0CA 1AM6A 3UYNA 4COQA 1UGDA 3N3JA 3LXEA 4FRCA 4QJXA 3W6IA 5SZ0A 3RZ0B 1BV3A 1DMYA 1RZEA 3HS4A 5FNJA 3M14A 5CACA 3RZ7A 1TB0X 4Q7PA 4WW6A 4QJ0A 5FL5A 3V7XA 2NXRA 3KONA 4HT2A 5CLUA 1XEGA 4YWPA 1DCAA 1IF4A 3T85A 1KOPA 4MTYA 2NWPA 1MOOA 8CA2A 3TMJA 1TEQX 3HKNA 4M2VA 2WEJA 4IWZA 5DSOA 3PYKA 5G0CA 1JV0A 2X7SA 1G1DA 5DSIA 1Y7WA 2FOSA 3M5TA 5JGTB 3DD0A 4E9OX 5JQ0A 1CNWA 4R5BA 1IF9A 4BF1A 4HU1A 1FSQA 4FPTA 1BZMA 2NNVA 3P4VA 3DC3A 5E2NA 3DC9A 2H15A 3RJ7A 2EZ7A 4QEFA 1LG5A 1HCAA 3U47A 3JXHC 3RGEA 1RAZA 4L5VA 3DA2A 4DZ9A 4KNMA 1CVEA 5DSLA 4E3FA 1YDBA 5SZ3A 1DMXA 3S9TA 3U45X 3IBNA 1BN1A 5AMLA 3T83A 1URTA 3UYQA 1I90A 2Q1QA 1TE3X 3RZ8A 12CAA 3GZ0A 3M96A 5EHWA 4MLTA 4RUZA 3F8EA 3KOIA 4ETQC 3DVCA 3S77B 1KOQA 4FVNA 2WEGA 1LGDA 1YDAA 1CNXA 4RUXA 4M2RA 1IF7A 4QTLA 4WUPA 5AMGA 5DSPA 2QP6A 2FOUA 4YXOA 1LUGA 1CNYA 3V3HB 1CNCA 4R5AA 2FNNA 1ZSCA 1YO0A 1G54A 2EU3A 4QJMA 1FQNA 3RZ5A 5E28A 4YYTA 5BNLA 3RYVB 1HUGA 3B1BA 4RFCA 4Z1EA 1H4NA 1CAYA 1G52A 3MHCA 4QSIA 1IF5A 4MO8A 4XIWA 3IBLA 3M3XA 1KEQA 5EHVA 3IGPA 3NB5A 4RIUA 1RJ6A 3DBUA 5BRWA 3DVBA 3RYJB 4QSAA 1I9QA 2NMXA 1FQRA 3IBIA 3L14A 5FNHA 1UGEA 1ZGFA 5E2KA 3DCSA 1CA2A 4L5UA 1RAYA 4JSWA 5E2SA 1TG9A 3S76A 3D8WA 4FL7A 3RYXB 1KWQA 2WD3A 4YGJA 2O4ZA 3R17B 3MNKA 4YXIA 4Q7VA 1BNUA 3F7BA 3P5AA 1G53A 5EKHA 1CAOA 4MDLA 3S97A 2Q1BA 2NWOA 3DD8A 5FLSA 4Q8XA 1HEAA 2OSMA 4Z1JA 4Q6EA 3M5EA 1FSRA 1CNJA 2FOYA 5EZTX 3HLJA 5SZ6A 5CA2A 1OKNA 3K34A 5SZ7A 3F4XA 1XQ0A 2FNMA 3MHMA 7CA2A 4JS6A 4Q78A 1BNQA 5C8IA 3MMFA 3M67A 2CBAA 5FLRA 3M1JA 1CCTA 1HECA 1FSNA 4Q9YA 1OQ5A 2NWZA 3MHLA 5E2MA 1CVFA 3M04A 1OKLA 2HNCA 4QK1A 3V3FA 1BCDA 1I9MA 2POWA 1OKMA 1CAKA 4QY3A 3M2ZA 5JEHB 3SBIA 1V9EA 5EKJA 4ITPA 1Z93A 2CA2A 2F14A 4JSSA 3KOKA 4XZ5A 3RLDA 1IF6A 1AVNA 1BN4A 3M2YA 5FNMA 1CRMA 4CQ0A 4HEZA 3BETA 1KWRA 1FR4A 2NXTA 2HKKA 5JQTA 1ZGEA 4PQ7A 1ZNCA 4Q87A 1UGAA 3P55A 3T5UA 3S78B 4MDMA 4G7AA 3M1WA 3KNEA 3OY0A 5DSQA 1I9PA 5SZ1A 2NN1A 4WL4A 4E49A 2CBBA 1J9WA 3Q31A 2FOQA 4PZHA 3EFTA 2ABEA 5JG3B 2QO8A 4Q8YA 2HOCA 4YHAA 4Z1KA 2FOVA 3RYYA 3JXFA 4ITOA 5CJFA 4Q99A 4LU3A 1CVHA 3MYQA 3T5ZA 1CNGA 3DVDA 4BCWA 3EFIA 5L3OA 3SBHA 3S8XA 1CIMA 1G4OA 4RH2A 3MWOA 3RYZA 5E2RA 1JD0A 3S73B 2FMZA 3NI5A 1UGFA 4E3DA 1F2WA 4Q08A 3V3GB 1ZSAA 2AW1A 1JCZA 1G48A 1HEBA 4Z0QA 1TEUX 5HPJA 5DVXA 4WUQA 1G0FA 2Q38A 3TVOX 3S71B 3CZVA 4L5WA 5BRUA 1CVDA 3N0NA 5G03A 5JEPB 3OYQA 1G46A 5E5RA 4RUYA 1CNBA 1CINA 2WEHA 4QJWA 1Z9YA 3M1KA 4X5SA 1CANA 4XFWA 4KUYA 3S75B 2OSFA 1HVAA 5FL4A 3DAZA 3DV7A 3VBDA 1FQLA 5EOIA 5FNLA 3K2FA 4GL1X 4KNJA 3F7UA 5EIJA 4K0TA 5FLOA 4K13A 1BNTA 1TTMA 2HL4A 3D92A 4WR7A 2HD6A 3T84A 1CILA 2VVAX 5EKMA 3RG4A 3T82A 1YDDA 3S74B 1G0EA 3V5GA 3N4BA 4YGNA 1YO2A 1CVAA 3ZP9A 5EHEA 5E5UA 2EU2A 4M2WA 3S72B 4QIZA 1TH9A 3B4FA 3P44A 3IBUA 4Q7SA 4TWLA 1MUAA 1THKA 9CA2A 3RZ1B 3TVNX 5JESB 4ZWXA 5EH5A 1G45A 4ZX0A 4CACA 1CNIA 4HEYA 5FNGA 3OILA 3OKUA 3ZNCA 4QSJA 1BNWA 3D93A 3DCWA 1CAZA 1BICA 4PXXA 1G3ZA 4KUVA 2ILIA 2WD2A 1G4JA 5EH7A 4RFDA 4K1QA 3MNIA 4Z1NA 2FW4A 5BRVA 2HFWA 4C3TA 1G6VA 2WEOA 3MHOA 4PYYA 5DSMA 3CYUA 1XPZA 1DCBA 3DCCA 3M2XA 5G0BA 3NJ9A 2ZNCA 4E5QA 3MNHA 1I9NA 2NN7A 3HFPA 4K0SA 4LHIA 3P5LA 4UOVA 5FNKA 1RZCA 4BF6A 4KUWA 3M1QA 4QJOA 1ZFKA 2CBEA 2CBDA 3MNAA 5DOHA 1I8ZA 5DSRA 4Q7WA 4Q8ZA 5FLTA 3V2MA 1UGGA 5SZ5A 3HKUA 1H9NA 4FU5A 1RZAA 5FLPA 5JDVB 1H9QA 5LMDA 4YGLA 3ML2A 3CAJA 2POVA 4CNWA 1RJ5A 1CA3A 4MDGA 5SZ2A 4FIKA 2NNSA 4K0ZA 3OKVA 4RIVA 1UGBA 4E3HA 4ZWYA 1TG3A 3KKXA 4HT0A 1CAIA 3FE4A 2IT4A 1A42A 3KIGA 4HF3A 2NNGA 4KP5A 1BNVA 1UGCA 3R16A 4KAPA 4YGFA 3OYSA 3V3IB 5DSNA 5L6KA 3RG3A 4YX4A 4CA2A 3V2JA 5FLQA 4ILXA 3U3AX 4YGKA 3MDZA 3SAPA 1ZSBA 4Q49A 4N0XB 2POUA 2W2JA 4HEWA 5FNIA 3MHIA 4YVYA 3P58A 5A25A 1I9LA 2X7UA 5DSJA 2CBCA 1AZMA 2CABA 3MNJA 3KS3A 4KNNA 3HKQA 5J8ZA 3K7KA 4WW8A 4R59A 1IF8A 4Y0JA 4YXUA 4XIXA 1CVBA 1FQMA 1FLJA 4Q09A 1CAJA 6CA2A 3N2PA 3U7CA 3MNUA 3PO6A 4RN4A 3OIMA 1YDCA 3BL1A 1CNHA 3M40A 2AX2A 4HBAA 2FMGA 1CAMA 3CA2A 1Z97A 1CZMA 4FVOA 4Q81A 2QOAA 5JEGB 1CCSA 4KP8A 4DZ7A 5A6HA 3QYKA 4PYXA 2VVBX 5AMDA 2GD8A 3FW3A 1BN3A 1V9IC 1XEVA 3D9ZA 5JG5B 4Q06A 4JSZA 4QJPA 5EH8A 5FL6A 1CCUA 5DRSA 3P3JA 5JGSB 1FR7A 1ZFQA 1I9OA 1CVCA 1CAHA 3IAIA 4MLXA 3HKTA 1CRAA 5IPZA 4E3GA 4N16A 5DOGA 4QSBA 1HUHA 4CNRA 3M98A 5DSKA 1LZVA 1HCBA 1ZH9A 4M2UA 1RZBA 4LP6A 4QK2A 1T9NA 5FDCA 1HEDA 3KLDB 3P3HA 1EOUA 1ZE8A 1YO1A 4TWMA 3OIKA 4E4AA 3FFPX 2GEHA 4ZAOA 4KV0A 4Q83A 3ML5A 3SAXA 2NNOA 1RZDA 1I91A 3C7PA 4XE1A 5G01A 1TBTX 4QK3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BL0 A;  4QIY A;  1BNN A;  1LG6 A;  3D0N A;  3MZC A;  4ZWI A;  4CNX A;  4CNV A;  3M2N A;  4Q0L A;  3JXG A;  4ZWZ A;  1BNM A;  2H4N A;  3V3J A;  4IDR X;  2FNK A;  1CAL A;  2NXS A;  4Q6D A;  2X7T A;  4KNI A;  4Q07 A;  4Q90 A;  3KWA A;  4ZX1 A;  3M5S A;  5BYI A;  1CNK A;  5FDI A;  4JSA A;  2NWY A;  3PJJ A;  3W6H A;  3IEO A;  5SZ4 A;  4G0C A;  1AM6 A;  3UYN A;  4COQ A;  1UGD A;  3N3J A;  3LXE A;  4FRC A;  4QJX A;  3W6I A;  5SZ0 A;  3RZ0 B;  1BV3 A;  1DMY A;  1RZE A;  3HS4 A;  5FNJ A;  3M14 A;  5CAC A;  3RZ7 A;  1TB0 X;  4Q7P A;  4WW6 A;  4QJ0 A;  5FL5 A;  3V7X A;  2NXR A;  3KON A;  4HT2 A;  5CLU A;  1XEG A;  4YWP A;  1DCA A;  1IF4 A;  3T85 A;  1KOP A;  4MTY A;  2NWP A;  1MOO A;  8CA2 A;  3TMJ A;  1TEQ X;  3HKN A;  4M2V A;  2WEJ A;  4IWZ A;  5DSO A;  3PYK A;  5G0C A;  1JV0 A;  2X7S A;  1G1D A;  5DSI A;  1Y7W A;  2FOS A;  3M5T A;  5JGT B;  3DD0 A;  4E9O X;  5JQ0 A;  1CNW A;  4R5B A;  1IF9 A;  4BF1 A;  4HU1 A;  1FSQ A;  4FPT A;  1BZM A;  2NNV A;  3P4V A;  3DC3 A;  5E2N A;  3DC9 A;  2H15 A;  3RJ7 A;  2EZ7 A;  4QEF A;  1LG5 A;  1HCA A;  3U47 A;  3JXH C;  3RGE A;  1RAZ A;  4L5V A;  3DA2 A;  4DZ9 A;  4KNM A;  1CVE A;  5DSL A;  4E3F A;  1YDB A;  5SZ3 A;  1DMX A;  3S9T A;  3U45 X;  3IBN A;  1BN1 A;  5AML A;  3T83 A;  1URT A;  3UYQ A;  1I90 A;  2Q1Q A;  1TE3 X;  3RZ8 A;  12CA A;  3GZ0 A;  3M96 A;  5EHW A;  4MLT A;  4RUZ A;  3F8E A;  3KOI A;  4ETQ C;  3DVC A;  3S77 B;  1KOQ A;  4FVN A;  2WEG A;  1LGD A;  1YDA A;  1CNX A;  4RUX A;  4M2R A;  1IF7 A;  4QTL A;  4WUP A;  5AMG A;  5DSP A;  2QP6 A;  2FOU A;  4YXO A;  1LUG A;  1CNY A;  3V3H B;  1CNC A;  4R5A A;  2FNN A;  1ZSC A;  1YO0 A;  1G54 A;  2EU3 A;  4QJM A;  1FQN A;  3RZ5 A;  5E28 A;  4YYT A;  5BNL A;  3RYV B;  1HUG A;  3B1B A;  4RFC A;  4Z1E A;  1H4N A;  1CAY A;  1G52 A;  3MHC A;  4QSI A;  1IF5 A;  4MO8 A;  4XIW A;  3IBL A;  3M3X A;  1KEQ A;  5EHV A;  3IGP A;  3NB5 A;  4RIU A;  1RJ6 A;  3DBU A;  5BRW A;  3DVB A;  3RYJ B;  4QSA A;  1I9Q A;  2NMX A;  1FQR A;  3IBI A;  3L14 A;  5FNH A;  1UGE A;  1ZGF A;  5E2K A;  3DCS A;  1CA2 A;  4L5U A;  1RAY A;  4JSW A;  5E2S A;  1TG9 A;  3S76 A;  3D8W A;  4FL7 A;  3RYX B;  1KWQ A;  2WD3 A;  4YGJ A;  2O4Z A;  3R17 B;  3MNK A;  4YXI A;  4Q7V A;  1BNU A;  3F7B A;  3P5A A;  1G53 A;  5EKH A;  1CAO A;  4MDL A;  3S97 A;  2Q1B A;  2NWO A;  3DD8 A;  5FLS A;  4Q8X A;  1HEA A;  2OSM A;  4Z1J A;  4Q6E A;  3M5E A;  1FSR A;  1CNJ A;  2FOY A;  5EZT X;  3HLJ A;  5SZ6 A;  5CA2 A;  1OKN A;  3K34 A;  5SZ7 A;  3F4X A;  1XQ0 A;  2FNM A;  3MHM A;  7CA2 A;  4JS6 A;  4Q78 A;  1BNQ A;  5C8I A;  3MMF A;  3M67 A;  2CBA A;  5FLR A;  3M1J A;  1CCT A;  1HEC A;  1FSN A;  4Q9Y A;  1OQ5 A;  2NWZ A;  3MHL A;  5E2M A;  1CVF A;  3M04 A;  1OKL A;  2HNC A;  4QK1 A;  3V3F A;  1BCD A;  1I9M A;  2POW A;  1OKM A;  1CAK A;  4QY3 A;  3M2Z A;  5JEH B;  3SBI A;  1V9E A;  5EKJ A;  4ITP A;  1Z93 A;  2CA2 A;  2F14 A;  4JSS A;  3KOK A;  4XZ5 A;  3RLD A;  1IF6 A;  1AVN A;  1BN4 A;  3M2Y A;  5FNM A;  1CRM A;  4CQ0 A;  4HEZ A;  3BET A;  1KWR A;  1FR4 A;  2NXT A;  2HKK A;  5JQT A;  1ZGE A;  4PQ7 A;  1ZNC A;  4Q87 A;  1UGA A;  3P55 A;  3T5U A;  3S78 B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3DD0A

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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