3IEO | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__960986778050603__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__960986778050603__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3IEO/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__960986778050603__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"960986778050603","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3IEO/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__960986778050603__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff26766bf5927ac5c90dda/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff26766bf5927ac5c90dda/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff26766bf5927ac5c90dda/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff26766bf5927ac5c90dda/pdb.gz): 363 ms

reading 256 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

256 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:255});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	The coumarin-binding site in carbonic anhydrase accommodates structurally diverse inhibitors: the antiepileptic lacosamide as an example and lead molecule for novel classes of carbonic anhydrase inhibitors pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	73
structure length	256
sequence length	256
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2009-07-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3ieoA00

4CNWA 2OSMA 4PXXA 4RUXA 1CNCA 1G0EA 3S73B 3DV7A 3MHIA 1ZFQA 3DVBA 3JXGA 1UGAA 1CAJA 3V5GA 5JQ0A 4KNIA 3M3XA 5FNIA 1BN3A 3MZCA 2FNNA 5EHVA 3P44A 4YGNA 1MOOA 1CNBA 4Q8ZA 4XFWA 5E2KA 3DA2A 1V9EA 3ML5A 4HEYA 3P58A 3ZNCA 3MHOA 5FNJA 4PYXA 3RYYA 4R5BA 4E5QA 5C8IA 4WUPA 4JSSA 5JG5B 4Q87A 1TEUX 5EZTX 3KLDB 4HEZA 5FNMA 3S72B 4XIXA 3RYXB 1Z9YA 3TVNX 4KAPA 3RZ1B 3ML2A 4E3GA 1BNNA 1H9NA 1KEQA 5JDVB 4K0TA 3S97A 1F2WA 3SBHA 3F7UA 3KONA 1CNKA 3NI5A 1RJ6A 5E2SA 4YGKA 4K1QA 2H4NA 4MDMA 5FLSA 1RAZA 2NXRA 1AVNA 4PZHA 2H15A 1LUGA 2FOUA 1ZH9A 2GEHA 1HCAA 1ZSCA 1HUHA 3DC9A 1HVAA 1YDCA 1TE3X 1G45A 2WEHA 4FIKA 3DAZA 5BRUA 5EHWA 1BNVA 1TEQX 1FSQA 2QOAA 1CRMA 4Q7PA 5FDCA 5JGSB 1AZMA 5DSJA 3HKNA 3DBUA 4Q9YA 1IF9A 3MYQA 4Y0JA 3DCWA 1CNXA 1UGGA 4C3TA 7CA2A 1G54A 3MNKA 1V9IC 3M96A 2VVBX 3TMJA 3DCCA 2FW4A 1CINA 3HS4A 3HKTA 2POUA 8CA2A 3IBLA 12CAA 4RH2A 4QJMA 5SZ4A 4CQ0A 3RG3A 3D0NA 1T9NA 3UYNA 4KUWA 1H9QA 1CANA 2HOCA 5DOGA 4KNNA 1FR4A 3T5UA 1CNGA 2POVA 3T82A 5IPZA 1BNQA 4YXIA 3V7XA 1HEDA 1I9OA 4RUZA 3GZ0A 3M5EA 4E4AA 4MTYA 4QJPA 3S77B 5SZ3A 4DZ9A 1CVFA 1RZBA 4MLTA 4UOVA 4YWPA 1KWQA 3T85A 2NN7A 4GL1X 4QSBA 5G0BA 4QTLA 1LZVA 4Q08A 4M2VA 4Z1JA 5E5RA 4PYYA 4HEWA 1G1DA 1TH9A 3M1QA 3RZ8A 3RYZA 3P4VA 4MLXA 1CCTA 4JSWA 4Q90A 1H4NA 4IWZA 3FFPX 1FR7A 3P3JA 1HEBA 3D92A 2FOQA 5G03A 1CA2A 3RLDA 4BF6A 3MHMA 5CLUA 5DSIA 2WEOA 1YDAA 1BNMA 3D93A 5FL6A 3V2JA 4Q49A 5CA2A 1YDBA 1I9LA 1CNWA 1UGFA 4ILXA 4BCWA 4CNRA 3M1WA 4WR7A 4FRCA 5FLQA 3EFTA 3P3HA 4QJ0A 5G01A 4E3HA 1IF6A 1CVDA 1OKMA 4MDLA 4ZAOA 4HT0A 4ZWXA 4E3DA 1CALA 1RZDA 5AMGA 3MNJA 5EKHA 1YO0A 4N16A 5E28A 4Q8XA 1CNJA 3DVDA 4KNJA 3RZ7A 5JG3B 1CA3A 4FPTA 4Q07A 2HL4A 1KOQA 1JD0A 2CA2A 1RZCA 2WD2A 3S9TA 1UGDA 1CCSA 1CAMA 4L5WA 5JGTB 3TVOX 3OY0A 3V3JA 1I9QA 3BETA 2NNSA 4RN4A 2HNCA 4LP6A 4E49A 2NWPA 1YO1A 1XQ0A 1ZGFA 3M40A 1RAYA 3UYQA 3HLJA 1OQ5A 3M2YA 3MWOA 1I9MA 1RJ5A 4TWMA 4RIUA 4KNMA 4QK1A 4QJXA 2IT4A 3N2PA 3OILA 4M2WA 4Q09A 1G48A 1TB0X 1TG9A 4MDGA 1FLJA 5L3OA 3CZVA 5SZ0A 5EHEA 2WEJA 4YGFA 2AX2A 1DMYA 1AM6A 1OKNA 3S75B 2VVAX 4ZWYA 1BN1A 4QK2A 4CNXA 5JEHB 1HUGA 4Z0QA 3KKXA 3M98A 1URTA 5EKJA 5L6KA 4YX4A 3M1KA 5BNLA 4QJWA 3DVCA 1I91A 5EIJA 3T5ZA 3CA2A 5SZ1A 3QYKA 1DMXA 3IBIA 1FSRA 2FOVA 3OYSA 1I8ZA 4X5SA 1CZMA 4XZ5A 1CAIA 5DSPA 3P55A 1A42A 1JV0A 6CA2A 1CAZA 1FQLA 4HT2A 1CAYA 1ZSAA 2EZ7A 1UGCA 4L5UA 4QJOA 4HU1A 5FLPA 4ITOA 4ZX1A 5DSQA 4LU3A 5FLOA 3U45X 1CIMA 5FL4A 3R16A 1CVEA 2NNVA 2CBEA 3CAJA 1G0FA 3N4BA 2X7SA 3M04A 3F4XA 1FQRA 3LXEA 5LMDA 4K0ZA 3RG4A 3S76A 3OYQA 5DSLA 5DSRA 1BNWA 1FSNA 3R17B 1TBTX 3M2ZA 4XE1A 5EKMA 3OKVA 2FOSA 4WW6A 1CAKA 4YHAA 3M14A 2CBBA 2CABA 3V3HB 5FLRA 2ABEA 4K13A 4LHIA 4ZWZA 4Q0LA 1UGEA 5EH5A 5FL5A 2FMGA 1KWRA 2Q38A 3RGEA 1ZSBA 5G0CA 4ZX0A 2O4ZA 5DVXA 5JQTA 4Q7SA 2CBCA 3L14A 5AMLA 5A6HA 3Q31A 3S74B 2WEGA 2EU3A 4RFCA 5DSNA 2QP6A 4Q99A 4Q7VA 3OKUA 4WUQA 5FNKA 3M2NA 1RZAA 3KS3A 3PJJA 1DCAA 2FOYA 5DSKA 1YO2A 1CAHA 4MO8A 4KP8A 4TWLA 4QIZA 3SAXA 3MNIA 3EFIA 3MMFA 3C7PA 1CVBA 1YDDA 1ZGEA 1J9WA 4G0CA 2POWA 4G7AA 4XIWA 2EU2A 4IDRX 5CJFA 1ZE8A 5SZ7A 4WW8A 4M2UA 4YXOA 4E3FA 5AMDA 3ZP9A 3B4FA 2QO8A 5JEPB 2CBDA 2NNOA 1Y7WA 4QEFA 4Q81A 5BRVA 2F14A 3N0NA 1CVAA 3MNUA 5HPJA 3K2FA 3DD8A 1BICA 3FW3A 3P5AA 4R5AA 4BF1A 2HD6A 3DC3A 5FDIA 3V2MA 4QK3A 1LG5A 1OKLA 5JEGB 3VBDA 1ZFKA 4CA2A 4JSZA 3KOIA 4Q83A 2Q1QA 1EOUA 2W2JA 3K34A 4KUVA 4RIVA 3DD0A 3T83A 3MDZA 3IGPA 4HBAA 2NWYA 5EH8A 1CCUA 3MNAA 1CILA 3DCSA 4R59A 4L5VA 3IBUA 4Q8YA 1TTMA 3B1BA 1CAOA 4Z1NA 4JSAA 1LG6A 5DOHA 4KUYA 3KWAA 4E9OX 1Z97A 1G3ZA 3U7CA 4COQA 2X7TA 4KP5A 3U47A 1CVCA 2FNKA 2CBAA 3K7KA 3U3AX 1BNUA 3CYUA 5EH7A 5E2NA 4CACA 4QSJA 5SZ2A 4ETQC 5SZ5A 1Z93A 1KOPA 5A25A 3HKUA 3M1JA 1BV3A 4FVNA 4Q6EA 1CNHA 2GD8A 3D9ZA 3M2XA 5DRSA 5FNGA 4K0SA 2NWZA 1CNYA 2AW1A 4FVOA 2WD3A 1I9PA 3RZ5A 3F8EA 3IBNA 3M67A 3D8WA 3KIGA 4QSIA 1FQMA 4YGJA 3T84A 4CNVA 1HECA 4FU5A 4DZ7A 4N0XB 3PYKA 2NWOA 2ILIA 3PO6A 1IF7A 2NMXA 3HKQA 5EOIA 5FNLA 3RYJB 2ZNCA 3RZ0B 4Z1EA 3JXFA 3S71B 1HCBA 1IF4A 4KV0A 5BRWA 5E5UA 1FQNA 2HFWA 1RZEA 1XEGA 9CA2A 4Q7WA 1IF5A 4Q06A 5CACA 4QIYA 5BYIA 4QSAA 2NXTA 3MHLA 3M5SA 5JESB 1DCBA 3SAPA 3N3JA 1XEVA 5J8ZA 2X7UA 3M5TA 4ZWIA 1I9NA 1CRAA 4FL7A 3OIKA 4Q6DA 3JXHC 1JCZA 5E2MA 4WL4A 2FMZA 4HF3A 2OSFA 1G4OA 3SBIA 1BCDA 3RJ7A 3IAIA 5E2RA 3KNEA 4ITPA 4QY3A 5DSOA 5FLTA 3W6IA 1CNIA 1G52A 5DSMA 1I90A 4YXUA 1THKA 1G53A 2HKKA 3MHCA 1XPZA 1UGBA 3F7BA 3KOKA 3S8XA 3NJ9A 3NB5A 4YGLA 3P5LA 3MNHA 2NNGA 2Q1BA 4YVYA 3V3FA 1ZNCA 2FNMA 3V3GB 1BZMA 3V3IB 1HEAA 1BN4A 1LGDA 1G6VA 4M2RA 4Q78A 1CVHA 4YYTA 3BL1A 4JS6A 1MUAA 3IEOA 1IF8A 3W6HA 5FNHA 4RFDA 3HFPA 3OIMA 1G4JA 5SZ6A 3BL0A 1TG3A 4PQ7A 4RUYA 1BNTA 2NN1A 3FE4A 1G46A 4Z1KA 2NXSA 3S78B 3RYVB
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CNW A;  2OSM A;  4PXX A;  4RUX A;  1CNC A;  1G0E A;  3S73 B;  3DV7 A;  3MHI A;  1ZFQ A;  3DVB A;  3JXG A;  1UGA A;  1CAJ A;  3V5G A;  5JQ0 A;  4KNI A;  3M3X A;  5FNI A;  1BN3 A;  3MZC A;  2FNN A;  5EHV A;  3P44 A;  4YGN A;  1MOO A;  1CNB A;  4Q8Z A;  4XFW A;  5E2K A;  3DA2 A;  1V9E A;  3ML5 A;  4HEY A;  3P58 A;  3ZNC A;  3MHO A;  5FNJ A;  4PYX A;  3RYY A;  4R5B A;  4E5Q A;  5C8I A;  4WUP A;  4JSS A;  5JG5 B;  4Q87 A;  1TEU X;  5EZT X;  3KLD B;  4HEZ A;  5FNM A;  3S72 B;  4XIX A;  3RYX B;  1Z9Y A;  3TVN X;  4KAP A;  3RZ1 B;  3ML2 A;  4E3G A;  1BNN A;  1H9N A;  1KEQ A;  5JDV B;  4K0T A;  3S97 A;  1F2W A;  3SBH A;  3F7U A;  3KON A;  1CNK A;  3NI5 A;  1RJ6 A;  5E2S A;  4YGK A;  4K1Q A;  2H4N A;  4MDM A;  5FLS A;  1RAZ A;  2NXR A;  1AVN A;  4PZH A;  2H15 A;  1LUG A;  2FOU A;  1ZH9 A;  2GEH A;  1HCA A;  1ZSC A;  1HUH A;  3DC9 A;  1HVA A;  1YDC A;  1TE3 X;  1G45 A;  2WEH A;  4FIK A;  3DAZ A;  5BRU A;  5EHW A;  1BNV A;  1TEQ X;  1FSQ A;  2QOA A;  1CRM A;  4Q7P A;  5FDC A;  5JGS B;  1AZM A;  5DSJ A;  3HKN A;  3DBU A;  4Q9Y A;  1IF9 A;  3MYQ A;  4Y0J A;  3DCW A;  1CNX A;  1UGG A;  4C3T A;  7CA2 A;  1G54 A;  3MNK A;  1V9I C;  3M96 A;  2VVB X;  3TMJ A;  3DCC A;  2FW4 A;  1CIN A;  3HS4 A;  3HKT A;  2POU A;  8CA2 A;  3IBL A;  12CA A;  4RH2 A;  4QJM A;  5SZ4 A;  4CQ0 A;  3RG3 A;  3D0N A;  1T9N A;  3UYN A;  4KUW A;  1H9Q A;  1CAN A;  2HOC A;  5DOG A;  4KNN A;  1FR4 A;  3T5U A;  1CNG A;  2POV A;  3T82 A;  5IPZ A;  1BNQ A;  4YXI A;  3V7X A;  1HED A;  1I9O A;  4RUZ A;  3GZ0 A;  3M5E A;  4E4A A;  4MTY A;  4QJP A;  3S77 B;  5SZ3 A;  4DZ9 A;  1CVF A;  1RZB A;  4MLT A;  4UOV A;  4YWP A;  1KWQ A;  3T85 A;  2NN7 A;  4GL1 X;  4QSB A;  5G0B A;  4QTL A;  1LZV A;  4Q08 A;  4M2V A;  4Z1J A;  5E5R A;  4PYY A;  4HEW A;  1G1D A;  1TH9 A;  3M1Q A;  3RZ8 A;  3RYZ A;  3P4V A;  4MLX A;  1CCT A;  4JSW A;  4Q90 A;  1H4N A;  4IWZ A;  3FFP X;  1FR7 A;  3P3J A;  1HEB A;  3D92 A;  2FOQ A;  5G03 A;  1CA2 A;  3RLD A;  4BF6 A;  3MHM A;  5CLU A;  5DSI A;  2WEO A;  1YDA A;  1BNM A;  3D93 A;  5FL6 A;  3V2J A;  4Q49 A;  5CA2 A;  1YDB A;  1I9L A;  1CNW A;  1UGF A;  4ILX A;  4BCW A;  4CNR A;  3M1W A;  4WR7 A;  4FRC A;  5FLQ A;  3EFT A;  3P3H A;  4QJ0 A;  5G01 A;  4E3H A;  1IF6 A;  1CVD A;  1OKM A;  4MDL A;  4ZAO A;  4HT0 A;  4ZWX A;  4E3D A;  1CAL A;  1RZD A;  5AMG A;  3MNJ A;  5EKH A;  1YO0 A;  4N16 A;  5E28 A;  4Q8X A;  1CNJ A;  3DVD A;  4KNJ A;  3RZ7 A;  5JG3 B;  1CA3 A;  4FPT A;  4Q07 A;  2HL4 A;  1KOQ A;  1JD0 A;  2CA2 A;  1RZC A;  2WD2 A;  3S9T A;  1UGD A;  1CCS A;  1CAM A;  4L5W A;  5JGT B;  3TVO X;  3OY0 A;  3V3J A;  1I9Q A;  3BET A;  2NNS A;  4RN4 A;  2HNC A;  4LP6 A;  4E49 A;  2NWP A;  1YO1 A;  1XQ0 A;  1ZGF A;  3M40 A;  1RAY A;  3UYQ A;  3HLJ A;  1OQ5 A;  3M2Y A;  3MWO A;  1I9M A;  1RJ5 A;  4TWM A;  4RIU A;  4KNM A;  4QK1 A;  4QJX A;  2IT4 A;  3N2P A;  3OIL A;  4M2W A;  4Q09 A;  1G48 A;  1TB0 X;  1TG9 A;  4MDG A;  1FLJ A;  5L3O A;  3CZV A;  5SZ0 A;  5EHE A;  2WEJ A;  4YGF A;  2AX2 A;  1DMY A;  1AM6 A;  1OKN A;  3S75 B;  2VVA X;  4ZWY A;  1BN1 A;  4QK2 A;  4CNX A;  5JEH B;  1HUG A;  4Z0Q A;  3KKX A;  3M98 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3IEOA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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