3L14 | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5145308753038988__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5145308753038988__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3L14/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5145308753038988__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5145308753038988","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3L14/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5145308753038988__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff6a34610639aa5bf0ed16/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff6a34610639aa5bf0ed16/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff6a34610639aa5bf0ed16/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff6a34610639aa5bf0ed16/pdb.gz): 2169 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	The Promiscuous Nature of Althiazide in Adducts with CA II and CA IX Mimic rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	73
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2009-12-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3l14A00

1TEUX 3N2PA 1BV3A 4TWLA 4XIWA 1BNQA 3KOIA 5FNJA 4ITPA 2IT4A 3SBHA 2WEJA 1DCBA 1IF6A 5E5UA 4G7AA 4Q0LA 5FNMA 3S78B 2FOQA 1I9MA 4X5SA 5EZTX 5CACA 1TBTX 2QP6A 4YWPA 4HEWA 3DD8A 1CA3A 3M2ZA 4N0XB 1CNJA 5C8IA 3GZ0A 1YO0A 5E2NA 4R59A 4R5AA 2Q38A 3N4BA 3NB5A 1YDDA 3M2YA 5DSQA 2Q1BA 3KKXA 1ZSBA 3M2NA 4G0CA 1KEQA 4MDMA 4E3DA 3CAJA 3DD0A 1G0EA 4QJPA 1CNXA 3CYUA 3M67A 5JEPB 4QY3A 2NN7A 4QK3A 5CA2A 1ZH9A 3P4VA 3OKVA 4RIVA 2X7TA 5E2RA 4Q09A 3V2MA 2FOUA 3RYJB 5SZ2A 4CNVA 3RG4A 4XZ5A 3NI5A 2EU3A 3M1WA 1FR4A 4KV0A 1LG5A 4KUYA 1I9OA 3T85A 1A42A 1LGDA 5JQTA 4RN4A 4L5WA 1BZMA 4ITOA 5DSLA 1KWRA 4FVOA 3BETA 5EH8A 4Q9YA 4KUVA 1AM6A 3RYVB 4YGLA 3M1JA 5FLPA 3IBLA 1XQ0A 1OKLA 1I9NA 4YX4A 1CALA 2X7UA 3SAPA 3OYSA 3TVNX 4Z1KA 4Q8YA 2FOSA 3F7BA 3M40A 2WEOA 2OSFA 5FLOA 2GEHA 3D9ZA 1BN3A 1BNVA 3M96A 5EHVA 3P3JA 3RGEA 3S97A 1HEDA 1J9WA 2AW1A 1TB0X 4CACA 1RZCA 4XFWA 2Q1QA 4Z0QA 3R17B 1CANA 4QIZA 3W6HA 4KP5A 3P55A 5DSIA 3MNJA 5FNGA 3LXEA 3OYQA 1XPZA 5EH5A 2QO8A 1JCZA 4K0TA 1G6VA 1IF8A 3DA2A 5EOIA 4QSJA 3F8EA 5SZ3A 2NMXA 5DSNA 5DVXA 3K34A 5L6KA 1CAOA 4FVNA 1YDCA 4GL1X 3HKNA 1KOQA 1HUHA 4RFCA 3QYKA 4Q83A 5E2KA 1YDAA 3U3AX 1ZE8A 4QIYA 5JESB 2CBCA 4Q49A 4FRCA 3T84A 4E3GA 1H9QA 2NNSA 5FNKA 2NN1A 3N0NA 3N3JA 4YGNA 3DCCA 3HKUA 4HT2A 1CRMA 1BNWA 2NWOA 3SAXA 3DCWA 1FQNA 1UGBA 5FLSA 3S72B 1CNCA 1HCAA 3RZ1B 1MUAA 1YO2A 2CBEA 3S77B 4WW6A 3V3HB 1ZFKA 3F7UA 1ZNCA 3ML5A 1JD0A 4QEFA 5EH7A 4Q7SA 5J8ZA 3KS3A 2CA2A 1FR7A 1CIMA 5JEGB 1TG3A 5G0BA 5IPZA 4R5BA 5BRUA 4K13A 3KONA 4MDGA 5DOHA 1CRAA 3HKQA 1DMYA 1ZSCA 3HS4A 3P5LA 1OQ5A 5G0CA 4YYTA 1YO1A 4Q7VA 1MOOA 3P58A 3U45X 4YXOA 3DVCA 3IBNA 4DZ9A 3V5GA 3KWAA 3S8XA 5AMLA 2NXRA 1CNWA 2W2JA 5DOGA 3T82A 3JXFA 1IF5A 3FFPX 4K0ZA 4IWZA 6CA2A 3V3FA 1G54A 1RZDA 5FL6A 1ZSAA 3OILA 1RZBA 3DV7A 5FNIA 3DBUA 1HEAA 4Z1NA 4FU5A 1BNMA 2WEHA 3MWOA 3RLDA 2ILIA 4CQ0A 2HFWA 3KIGA 4PZHA 2HOCA 3IEOA 1G4OA 1CVEA 1FSRA 4Q90A 4ZX0A 5BYIA 1CZMA 5SZ5A 1RAZA 1CAMA 3S74B 4ZX1A 3ZNCA 5EHWA 1TTMA 5SZ6A 4RFDA 3IBIA 3M3XA 1T9NA 4YVYA 4JSWA 4KUWA 2EZ7A 2F14A 4PXXA 4Y0JA 1IF7A 1G52A 4HT0A 1RJ6A 1I90A 1V9EA 3PO6A 1FSNA 5JGTB 4ETQC 4CA2A 2ZNCA 3MNHA 4BCWA 1HECA 4FL7A 1UGEA 4JS6A 1BNNA 1H9NA 4Q78A 3P3HA 2GD8A 4IDRX 1I91A 9CA2A 2AX2A 3M14A 1G1DA 5JGSB 2WD2A 3W6IA 5FDIA 3RG3A 4Z1EA 3TMJA 3JXGA 3MNKA 3U7CA 3S76A 4QJWA 1CVBA 2FOYA 3M5EA 4QK1A 2NWPA 1V9IC 1BNTA 3FW3A 4L5VA 1OKNA 1CNGA 5DSMA 4ZWYA 5E5RA 1RAYA 5E2MA 4HU1A 4Q7PA 4HEYA 1FLJA 1HUGA 3OKUA 4MLTA 1BN4A 3M5SA 2NNGA 4TWMA 4KNMA 5FLRA 3HFPA 1Z9YA 1AVNA 3SBIA 12CAA 1OKMA 1CNHA 5E28A 5JG5B 3KLDB 3KNEA 1LZVA 4XIXA 4M2WA 3K2FA 4KAPA 4UOVA 1UGGA 3DVBA 1ZGFA 3D0NA 4QJ0A 3MHLA 5HPJA 1CAKA 1CNYA 4CNXA 2CBBA 1UGAA 4E3HA 2H4NA 3HLJA 2NNOA 4WW8A 1Z93A 3T83A 1G46A 5G01A 2HL4A 1HCBA 2HNCA 4KNNA 4WUPA 3MHOA 4Q99A 1CAHA 2HKKA 1CINA 1CAIA 2FNMA 3MDZA 4BF6A 1LG6A 5SZ4A 3R16A 3C7PA 3RZ0B 5A25A 3D93A 4BF1A 1FQLA 3DC9A 3L14A 4N16A 4Z1JA 3MNAA 3B1BA 4QJOA 3RYYA 3MNUA 3OIKA 1G4JA 4JSSA 3IGPA 2WD3A 4ZAOA 5JG3B 1YDBA 1CVDA 3T5ZA 5AMDA 4QJXA 1AZMA 4YXUA 3MZCA 4ZWIA 4YGFA 3M5TA 4K1QA 1TEQX 3UYQA 3M1KA 5EHEA 1CNBA 2FMZA 1CNIA 3K7KA 2CBDA 3VBDA 2ABEA 5JQ0A 4LP6A 4YHAA 3MHCA 2FMGA 5FNHA 4LHIA 2FNKA 4JSZA 2VVBX 1CNKA 3ZP9A 2EU2A 5SZ0A 1TG9A 4FPTA 3MHIA 4Q06A 3EFTA 4JSAA 2OSMA 2FW4A 1HVAA 3CZVA 5EIJA 5BRWA 4PYXA 1KOPA 5FLTA 3D8WA 4E4AA 2CABA 1BNUA 3CA2A 2FNNA 5A6HA 5DSRA 2HD6A 4XE1A 4QSAA 3DC3A 1I9PA 3IBUA 4WR7A 3OY0A 4ZWZA 2O4ZA 3PJJA 2NXSA 4DZ7A 3JXHC 1G45A 3PYKA 1CA2A 3DAZA 5SZ7A 2POUA 1RJ5A 3B4FA 3MNIA 3BL0A 1CCSA 1EOUA 3S75B 4Q81A 1XEVA 3Q31A 5SZ1A 4Q6DA 3P44A 2POWA 5EKJA 1HEBA 3BL1A 4K0SA 5FL4A 5FLQA 4COQA 3RYXB 4HBAA 1RZAA 1DMXA 1Y7WA 3MMFA 4E3FA 4ILXA 4MTYA 3M2XA 1KWQA 4WUQA 5DRSA 1UGDA 1G48A 5EKMA 5BNLA 4CNWA 1IF9A 2CBAA 3F4XA 3DVDA 3FE4A 4PQ7A 1FQMA 1BN1A 4QJMA 1XEGA 1Z97A 1URTA 1G53A 4QSBA 4YGKA 3T5UA 4M2UA 1CVFA 5DSOA 3HKTA 4RIUA 4E5QA 3ML2A 4PYYA 1ZFQA 4RH2A 4M2VA 5L3OA 1G3ZA 3S71B 4QK2A 4E49A 5JEHB 3P5AA 4ZWXA 5LMDA 3MYQA 4Q07A 3D92A 1I9LA 1BICA 5CLUA 4RUZA 5BRVA 4Q8ZA 3DCSA 5E2SA 3V7XA 3V3IB 1ZGEA 3U47A 1I8ZA 2NXTA 5FDCA 1BCDA 8CA2A 4LU3A 4Q87A 3S73B 3RJ7A 2H15A 3M04A 4RUXA 1CAYA 5DSKA 7CA2A 1UGFA 2NNVA 2NWZA 3KOKA 4FIKA 2POVA 2X7SA 1RZEA 5CJFA 5G03A 3RZ7A 3TVOX 3V3GB 1F2WA 1CVAA 4WL4A 1FQRA 4QTLA 1CCUA 4MO8A 3EFIA 3NJ9A 5JDVB 4KNJA 3UYNA 1I9QA 2QOAA 4Q6EA 4QSIA 1CVCA 4YXIA 1TH9A 2WEGA 3OIMA 5FL5A 4CNRA 4Q7WA 4KNIA 3M1QA 4HEZA 2NWYA 5AMGA 1UGCA 3RZ8A 5DSPA 4E9OX 5DSJA 3RZ5A 4RUYA 5FNLA 1CCTA 1LUGA 4Q8XA 1FSQA 1JV0A 5EKHA 4C3TA 4Q08A 1CAZA 1TE3X 1CILA 3M98A 1CAJA 2VVAX 3IAIA 4KP8A 4HF3A 3V2JA 3V3JA 4MDLA 1THKA 4YGJA 3S9TA 3RYZA 1DCAA 4M2RA 1IF4A 2FOVA 3MHMA 4MLXA 1G0FA 4L5UA 1H4NA 1CVHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1TEU X;  3N2P A;  1BV3 A;  4TWL A;  4XIW A;  1BNQ A;  3KOI A;  5FNJ A;  4ITP A;  2IT4 A;  3SBH A;  2WEJ A;  1DCB A;  1IF6 A;  5E5U A;  4G7A A;  4Q0L A;  5FNM A;  3S78 B;  2FOQ A;  1I9M A;  4X5S A;  5EZT X;  5CAC A;  1TBT X;  2QP6 A;  4YWP A;  4HEW A;  3DD8 A;  1CA3 A;  3M2Z A;  4N0X B;  1CNJ A;  5C8I A;  3GZ0 A;  1YO0 A;  5E2N A;  4R59 A;  4R5A A;  2Q38 A;  3N4B A;  3NB5 A;  1YDD A;  3M2Y A;  5DSQ A;  2Q1B A;  3KKX A;  1ZSB A;  3M2N A;  4G0C A;  1KEQ A;  4MDM A;  4E3D A;  3CAJ A;  3DD0 A;  1G0E A;  4QJP A;  1CNX A;  3CYU A;  3M67 A;  5JEP B;  4QY3 A;  2NN7 A;  4QK3 A;  5CA2 A;  1ZH9 A;  3P4V A;  3OKV A;  4RIV A;  2X7T A;  5E2R A;  4Q09 A;  3V2M A;  2FOU A;  3RYJ B;  5SZ2 A;  4CNV A;  3RG4 A;  4XZ5 A;  3NI5 A;  2EU3 A;  3M1W A;  1FR4 A;  4KV0 A;  1LG5 A;  4KUY A;  1I9O A;  3T85 A;  1A42 A;  1LGD A;  5JQT A;  4RN4 A;  4L5W A;  1BZM A;  4ITO A;  5DSL A;  1KWR A;  4FVO A;  3BET A;  5EH8 A;  4Q9Y A;  4KUV A;  1AM6 A;  3RYV B;  4YGL A;  3M1J A;  5FLP A;  3IBL A;  1XQ0 A;  1OKL A;  1I9N A;  4YX4 A;  1CAL A;  2X7U A;  3SAP A;  3OYS A;  3TVN X;  4Z1K A;  4Q8Y A;  2FOS A;  3F7B A;  3M40 A;  2WEO A;  2OSF A;  5FLO A;  2GEH A;  3D9Z A;  1BN3 A;  1BNV A;  3M96 A;  5EHV A;  3P3J A;  3RGE A;  3S97 A;  1HED A;  1J9W A;  2AW1 A;  1TB0 X;  4CAC A;  1RZC A;  4XFW A;  2Q1Q A;  4Z0Q A;  3R17 B;  1CAN A;  4QIZ A;  3W6H A;  4KP5 A;  3P55 A;  5DSI A;  3MNJ A;  5FNG A;  3LXE A;  3OYQ A;  1XPZ A;  5EH5 A;  2QO8 A;  1JCZ A;  4K0T A;  1G6V A;  1IF8 A;  3DA2 A;  5EOI A;  4QSJ A;  3F8E A;  5SZ3 A;  2NMX A;  5DSN A;  5DVX A;  3K34 A;  5L6K A;  1CAO A;  4FVN A;  1YDC A;  4GL1 X;  3HKN A;  1KOQ A;  1HUH A;  4RFC A;  3QYK A;  4Q83 A;  5E2K A;  1YDA A;  3U3A X;  1ZE8 A;  4QIY A;  5JES B;  2CBC A;  4Q49 A;  4FRC A;  3T84 A;  4E3G A;  1H9Q A;  2NNS A;  5FNK A;  2NN1 A;  3N0N A;  3N3J A;  4YGN A;  3DCC A;  3HKU A;  4HT2 A;  1CRM A;  1BNW A;  2NWO A;  3SAX A;  3DCW A;  1FQN A;  1UGB A;  5FLS A;  3S72 B;  1CNC A;  1HCA A;  3RZ1 B;  1MUA A;  1YO2 A;  2CBE A;  3S77 B;  4WW6 A;  3V3H B;  1ZFK A;  3F7U A;  1ZNC A;  3ML5 A;  1JD0 A;  4QEF A;  5EH7 A;  4Q7S A;  5J8Z A;  3KS3 A;  2CA2 A;  1FR7 A;  1CIM A;  5JEG B;  1TG3 A;  5G0B A;  5IPZ A;  4R5B A;  5BRU A;  4K13 A;  3KON A;  4MDG A;  5DOH A;  1CRA A;  3HKQ A;  1DMY A;  1ZSC A;  3HS4 A;  3P5L A;  1OQ5 A;  5G0C A;  4YYT A;  1YO1 A;  4Q7V A;  1MOO A;  3P58 A;  3U45 X;  4YXO A;  3DVC A;  3IBN A;  4DZ9 A;  3V5G A;  3KWA A;  3S8X A;  5AML A;  2NXR A;  1CNW A;  2W2J A;  5DOG A;  3T82 A;  3JXF A;  1IF5 A;  3FFP X;  4K0Z A;  4IWZ A;  6CA2 A;  3V3F A;  1G54 A;  1RZD A;  5FL6 A;  1ZSA A;  3OIL A;  1RZB A;  3DV7 A;  5FNI A;  3DBU A;  1HEA A;  4Z1N A;  4FU5 A;  1BNM A;  2WEH A;  3MWO A;  3RLD A;  2ILI A;  4CQ0 A;  2HFW A;  3KIG A;  4PZH A;  2HOC A;  3IEO A;  1G4O A;  1CVE A;  1FSR A;  4Q90 A;  4ZX0 A;  5BYI A;  1CZM A;  5SZ5 A;  1RAZ A;  1CAM A;  3S74 B;  4ZX1 A;  3ZNC A;  5EHW A;  1TTM A;  5SZ6 A;  4RFD A;  3IBI A;  3M3X A;  1T9N A;  4YVY A;  4JSW A;  4KUW A;  2EZ7 A;  2F14 A;  4PXX A;  4Y0J A;  1IF7 A;  1G52 A;  4HT0 A;  1RJ6 A;  1I90 A;  1V9E A;  3PO6 A;  1FSN A;  5JGT B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3L14A

Total Genus

Knots found

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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