3M3X | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__598736954934272__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__598736954934272__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3M3X/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__598736954934272__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"598736954934272","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3M3X/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__598736954934272__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff860bac51c2a53d45abbd/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff860bac51c2a53d45abbd/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff860bac51c2a53d45abbd/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff860bac51c2a53d45abbd/pdb.gz): 1718 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	4-[N-(Substituted 4-pyrimidinyl)amino]benzenesulfonamides as inhibitors of carbonic anhydrase isozymes I, II, VII, and XIII pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	75
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2010-03-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3m3xA00

3RJ7A 3DCSA 3HLJA 1I90A 3PO6A 4ETQC 3RGEA 4HEZA 3OY0A 5BRVA 4E49A 3MHLA 3IGPA 3T82A 1HCBA 1KEQA 1CAZA 4ZAOA 4CA2A 1CNCA 3U47A 3SAPA 5SZ7A 4Q90A 1G54A 4MDLA 4RIUA 1H4NA 1MUAA 4QJMA 3F4XA 3K7KA 5FDIA 4CNVA 1I9QA 5DOGA 2NNVA 5DSNA 4KP5A 1HCAA 2H15A 3P4VA 1FQRA 5CA2A 1HVAA 4ILXA 1OQ5A 2CBDA 3KONA 1XQ0A 1CCSA 1BNQA 5FLOA 4X5SA 3NB5A 3SAXA 1CNXA 3ML5A 3RZ0B 4E9OX 1CAMA 1AM6A 3VBDA 5HPJA 5G01A 5JG5B 3DV7A 3N3JA 4R5BA 1CVBA 2WEGA 5LMDA 1I9PA 3M2YA 1AZMA 3M96A 5DSKA 5SZ2A 5E2SA 1FSRA 2ABEA 3OYQA 3MNUA 2FNNA 4Q6DA 4KUYA 3M2ZA 1JCZA 1CAHA 3CAJA 5DRSA 5EIJA 3V5GA 5DSMA 1YDBA 1Z9YA 4QSJA 3M1WA 4QEFA 1Y7WA 4FPTA 2EU3A 2HFWA 2HL4A 3M3XA 4QTLA 1CNBA 5L3OA 1G1DA 4HT2A 3V2MA 3LXEA 1FQLA 5IPZA 1G3ZA 1CNKA 4M2WA 2X7TA 5JEPB 4QIZA 1I91A 4XIXA 4MLXA 1BICA 4KNIA 2H4NA 2VVBX 2HKKA 4FVOA 5JGTB 3RZ7A 1YDDA 1TEUX 2CA2A 2NWOA 1LGDA 3S8XA 3OIMA 3S9TA 3ZNCA 4Q06A 1BNTA 2Q1BA 3M1KA 3D0NA 3KWAA 1T9NA 2QOAA 4HEWA 3M1JA 4CNRA 4YGJA 1KWQA 4YYTA 4Z1JA 1FR7A 3L14A 3OIKA 1ZGFA 3MHMA 3RG4A 1FQNA 1CA3A 1FSQA 1ZSBA 4JSSA 4QJOA 1G52A 2FNMA 6CA2A 3MWOA 3T5UA 4QSIA 5SZ3A 5EKMA 5JEGB 3IBIA 3MHIA 1H9NA 5DSRA 2NMXA 2GD8A 4XE1A 5FLQA 4KAPA 4YGNA 1I8ZA 2AW1A 3NI5A 3TVNX 1I9OA 2NWZA 4BCWA 4E4AA 3P3JA 5E2MA 3OKVA 3ZP9A 4QY3A 4PYXA 1IF6A 3FE4A 3TVOX 4Z1EA 4TWLA 4QJPA 2Q1QA 4LP6A 3D92A 4RUXA 4TWMA 1URTA 3M2NA 5E2RA 9CA2A 4Q7VA 4HU1A 2FOUA 5FNLA 4M2VA 5AMDA 5SZ0A 1CRMA 4KUWA 1CINA 4L5WA 1RZAA 1XEGA 3EFTA 1G4OA 4WL4A 5SZ1A 3M5EA 2POVA 4LHIA 3DC9A 2AX2A 1IF9A 3T83A 4ZX0A 5EHEA 5E5UA 5SZ6A 4PQ7A 3MHOA 1CVEA 1IF5A 4HT0A 4Q9YA 5FNIA 4FVNA 4BF1A 4FRCA 4WR7A 2Q38A 1F2WA 1BNUA 1ZNCA 5G0BA 1BNMA 3OYSA 4MLTA 4Q7WA 4QK1A 1H9QA 4IDRX 5DSOA 1CVFA 1CNHA 5FDCA 3V3GB 5FLSA 2OSMA 3N2PA 1KOPA 2GEHA 5L6KA 2CBCA 1MOOA 1OKLA 4DZ7A 3JXHC 3V3FA 1V9IC 4QJXA 4E3GA 3SBHA 3KIGA 4CACA 12CAA 2NXSA 3FFPX 2NWPA 1CZMA 5EHWA 3S72B 4COQA 1J9WA 1TG9A 2ILIA 3NJ9A 3HKTA 1G0FA 3GZ0A 3F8EA 1IF4A 1CNIA 3JXFA 5DOHA 3K2FA 3T84A 3ML2A 4ZWIA 5DVXA 2VVAX 1RZCA 3DVDA 3MNJA 3P3HA 3S71B 3OKUA 4JSAA 1TB0X 4QSBA 4YHAA 3IBNA 3M40A 3RYYA 4MTYA 1FSNA 4Q99A 1AVNA 3HS4A 5FL4A 3CA2A 4KNMA 3K34A 3P55A 1RJ5A 4HF3A 1UGCA 4Z1NA 3DVCA 5EKJA 4YGLA 1RZBA 1KOQA 4K1QA 5E2NA 4ITOA 3V3HB 3DCWA 1CVAA 1CA2A 1CAKA 1OKNA 3BL1A 3MDZA 4BF6A 5EKHA 3MNKA 1LZVA 3F7BA 3M67A 3DAZA 4R5AA 4QK2A 3IBLA 1TG3A 1TE3X 3IBUA 5EHVA 4M2UA 4K0TA 3C7PA 4G0CA 5JG3B 1CNJA 4Q78A 3KNEA 5FNJA 4L5UA 3RG3A 3RLDA 4DZ9A 3U7CA 4Q7SA 2IT4A 4CNWA 1G48A 4E3DA 1CCTA 2FW4A 2NWYA 3M04A 4N0XB 4RUYA 1G4JA 1TEQX 3MNIA 1ZFKA 4MO8A 4CNXA 1UGBA 3KLDB 1ZSCA 2FOQA 3P5LA 5EH7A 1OKMA 4Q0LA 1CCUA 4K0SA 5G03A 5FL6A 3S74B 1CAOA 1XPZA 1CNGA 1TTMA 3M14A 4YWPA 4RFDA 3RZ8A 1HEDA 3Q31A 3S78B 2OSFA 3IAIA 1CNWA 1CAIA 4YXIA 5A25A 4RH2A 2CBBA 4GL1X 1Z93A 5FLTA 1DCBA 4M2RA 5JEHB 4RN4A 4HEYA 3M1QA 5CACA 1FQMA 1BN4A 4QIYA 1BNWA 3V2JA 4QJWA 4JSWA 5FL5A 4ZWYA 2W2JA 5E5RA 4CQ0A 4QSAA 5FNGA 3RYJB 3UYQA 2FOSA 3M98A 3MHCA 2WEJA 3S73B 3FW3A 1BNNA 1G0EA 1YO1A 3D9ZA 3SBIA 5BNLA 1UGEA 3S97A 1CNYA 5G0CA 1HEBA 4KNJA 1RAYA 3M5TA 1CRAA 1CVCA 1G53A 5FNKA 1IF8A 1V9EA 3DA2A 5AMGA 8CA2A 5BRWA 4RUZA 4QK3A 3DD0A 4Q8YA 1ZGEA 4WW6A 3KS3A 3R17B 2NNSA 4RFCA 1HECA 2WD2A 4Q6EA 4WW8A 3PYKA 1YDAA 2FMGA 3MNAA 4WUQA 5J8ZA 4R59A 3U3AX 3IEOA 5C8IA 4ZX1A 4WUPA 3N4BA 3RYZA 7CA2A 3KKXA 1UGGA 1RAZA 5AMLA 1LG5A 1DCAA 1BN3A 5DSLA 1ZH9A 1THKA 3RYXB 3RZ5A 4YGFA 4E3FA 3W6HA 4E3HA 3RZ1B 4Q09A 2HNCA 3BETA 1TBTX 4L5VA 4YGKA 5JESB 5EZTX 4LU3A 2EZ7A 3M5SA 4MDMA 4K13A 3KOKA 3S75B 4PXXA 1ZFQA 3DC3A 4KP8A 4XZ5A 1HEAA 1G45A 2POUA 3MNHA 1TH9A 2CBEA 1BV3A 4N16A 2CBAA 2F14A 1FR4A 1I9MA 4RIVA 5EOIA 2NNOA 3P5AA 4ZWXA 2ZNCA 4Q8XA 5BRUA 2FNKA 3B1BA 4YXOA 1CIMA 1RJ6A 5DSJA 2EU2A 2X7SA 1CAYA 4PYYA 4HBAA 2FOYA 3V7XA 5SZ5A 1FLJA 3MZCA 3HKQA 1LUGA 3D8WA 1ZE8A 1CAJA 3KOIA 1LG6A 2QP6A 3T85A 2HD6A 4Q08A 1BN1A 1I9LA 4G7AA 4Y0JA 3MYQA 4QJ0A 1HUGA 3F7UA 1A42A 3P58A 5CLUA 1CVHA 1G46A 5JDVB 4KUVA 4PZHA 5JQTA 5DSQA 3CZVA 4Q7PA 3JXGA 4E5QA 4XFWA 1CVDA 3W6IA 1YO0A 1ZSAA 3TMJA 2NNGA 2FOVA 1UGAA 5E28A 1HUHA 3U45X 2NXTA 1BZMA 1YDCA 3BL0A 2QO8A 1JD0A 3HKNA 1XEVA 3PJJA 2WEOA 3OILA 2WD3A 3S77B 5E2KA 5EH5A 3UYNA 4Q8ZA 4MDGA 1BNVA 1CALA 1EOUA 5A6HA 5FNMA 2NXRA 1G6VA 5FNHA 1UGDA 2O4ZA 3S76A 3RYVB 4K0ZA 4Q49A 4C3TA 2FMZA 3DBUA 3T5ZA 1Z97A 1JV0A 2X7UA 4Q81A 4UOVA 5DSPA 3HKUA 3DCCA 4XIWA 3QYKA 2CABA 3B4FA 2HOCA 4Z0QA 3EFIA 2NN7A 3V3JA 4KV0A 4ITPA 5CJFA 1BCDA 3P44A 1I9NA 3V3IB 1DMYA 1KWRA 3MMFA 4FIKA 5SZ4A 4JSZA 2WEHA 5FLPA 1IF7A 1CILA 3R16A 4KNNA 1CANA 5JGSB 3DVBA 1DMXA 5FLRA 2POWA 4YX4A 4JS6A 4YXUA 3N0NA 4FL7A 5DSIA 1RZEA 3DD8A 5BYIA 3D93A 4YVYA 2NN1A 5JQ0A 1UGFA 3HFPA 4ZWZA 4FU5A 4Z1KA 1RZDA 3CYUA 1YO2A 4IWZA 3M2XA 4Q87A 4Q83A 4Q07A 5EH8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RJ7 A;  3DCS A;  3HLJ A;  1I90 A;  3PO6 A;  4ETQ C;  3RGE A;  4HEZ A;  3OY0 A;  5BRV A;  4E49 A;  3MHL A;  3IGP A;  3T82 A;  1HCB A;  1KEQ A;  1CAZ A;  4ZAO A;  4CA2 A;  1CNC A;  3U47 A;  3SAP A;  5SZ7 A;  4Q90 A;  1G54 A;  4MDL A;  4RIU A;  1H4N A;  1MUA A;  4QJM A;  3F4X A;  3K7K A;  5FDI A;  4CNV A;  1I9Q A;  5DOG A;  2NNV A;  5DSN A;  4KP5 A;  1HCA A;  2H15 A;  3P4V A;  1FQR A;  5CA2 A;  1HVA A;  4ILX A;  1OQ5 A;  2CBD A;  3KON A;  1XQ0 A;  1CCS A;  1BNQ A;  5FLO A;  4X5S A;  3NB5 A;  3SAX A;  1CNX A;  3ML5 A;  3RZ0 B;  4E9O X;  1CAM A;  1AM6 A;  3VBD A;  5HPJ A;  5G01 A;  5JG5 B;  3DV7 A;  3N3J A;  4R5B A;  1CVB A;  2WEG A;  5LMD A;  1I9P A;  3M2Y A;  1AZM A;  3M96 A;  5DSK A;  5SZ2 A;  5E2S A;  1FSR A;  2ABE A;  3OYQ A;  3MNU A;  2FNN A;  4Q6D A;  4KUY A;  3M2Z A;  1JCZ A;  1CAH A;  3CAJ A;  5DRS A;  5EIJ A;  3V5G A;  5DSM A;  1YDB A;  1Z9Y A;  4QSJ A;  3M1W A;  4QEF A;  1Y7W A;  4FPT A;  2EU3 A;  2HFW A;  2HL4 A;  3M3X A;  4QTL A;  1CNB A;  5L3O A;  1G1D A;  4HT2 A;  3V2M A;  3LXE A;  1FQL A;  5IPZ A;  1G3Z A;  1CNK A;  4M2W A;  2X7T A;  5JEP B;  4QIZ A;  1I91 A;  4XIX A;  4MLX A;  1BIC A;  4KNI A;  2H4N A;  2VVB X;  2HKK A;  4FVO A;  5JGT B;  3RZ7 A;  1YDD A;  1TEU X;  2CA2 A;  2NWO A;  1LGD A;  3S8X A;  3OIM A;  3S9T A;  3ZNC A;  4Q06 A;  1BNT A;  2Q1B A;  3M1K A;  3D0N A;  3KWA A;  1T9N A;  2QOA A;  4HEW A;  3M1J A;  4CNR A;  4YGJ A;  1KWQ A;  4YYT A;  4Z1J A;  1FR7 A;  3L14 A;  3OIK A;  1ZGF A;  3MHM A;  3RG4 A;  1FQN A;  1CA3 A;  1FSQ A;  1ZSB A;  4JSS A;  4QJO A;  1G52 A;  2FNM A;  6CA2 A;  3MWO A;  3T5U A;  4QSI A;  5SZ3 A;  5EKM A;  5JEG B;  3IBI A;  3MHI A;  1H9N A;  5DSR A;  2NMX A;  2GD8 A;  4XE1 A;  5FLQ A;  4KAP A;  4YGN A;  1I8Z A;  2AW1 A;  3NI5 A;  3TVN X;  1I9O A;  2NWZ A;  4BCW A;  4E4A A;  3P3J A;  5E2M A;  3OKV A;  3ZP9 A;  4QY3 A;  4PYX A;  1IF6 A;  3FE4 A;  3TVO X;  4Z1E A;  4TWL A;  4QJP A;  2Q1Q A;  4LP6 A;  3D92 A;  4RUX A;  4TWM A;  1URT A;  3M2N A;  5E2R A;  9CA2 A;  4Q7V A;  4HU1 A;  2FOU A;  5FNL A;  4M2V A;  5AMD A;  5SZ0 A;  1CRM A;  4KUW A;  1CIN A;  4L5W A;  1RZA A;  1XEG A;  3EFT A;  1G4O A;  4WL4 A;  5SZ1 A;  3M5E A;  2POV A;  4LHI A;  3DC9 A;  2AX2 A;  1IF9 A;  3T83 A;  4ZX0 A;  5EHE A;  5E5U A;  5SZ6 A;  4PQ7 A;  3MHO A;  1CVE A;  1IF5 A;  4HT0 A;  4Q9Y A;  5FNI A;  4FVN A;  4BF1 A;  4FRC A;  4WR7 A;  2Q38 A;  1F2W A;  1BNU A;  1ZNC A;  5G0B A;  1BNM A;  3OYS A;  4MLT A;  4Q7W A;  4QK1 A;  1H9Q A;  4IDR X;  5DSO A;  1CVF A;  1CNH A;  5FDC A;  3V3G B;  5FLS A;  2OSM A;  3N2P A;  1KOP A;  2GEH A;  5L6K A;  2CBC A;  1MOO A;  1OKL A;  4DZ7 A;  3JXH C;  3V3F A;  1V9I C;  4QJX A;  4E3G A;  3SBH A;  3KIG A;  4CAC A;  12CA A;  2NXS A;  3FFP X;  2NWP A;  1CZM A;  5EHW A;  3S72 B;  4COQ A;  1J9W A;  1TG9 A;  2ILI A;  3NJ9 A;  3HKT A;  1G0F A;  3GZ0 A;  3F8E A;  1IF4 A;  1CNI A;  3JXF A;  5DOH A;  3K2F A;  3T84 A;  3ML2 A;  4ZWI A;  5DVX A;  2VVA X;  1RZC A;  3DVD A;  3MNJ A;  3P3H A;  3S71 B;  3OKU A;  4JSA A;  1TB0 X;  4QSB A;  4YHA A;  3IBN A;  3M40 A;  3RYY A;  4MTY A;  1FSN A;  4Q99 A;  1AVN A;  3HS4 A;  5FL4 A;  3CA2 A;  4KNM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3M3XA

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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