3MHI | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1127137637783391__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1127137637783391__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3MHI/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1127137637783391__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1127137637783391","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3MHI/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1127137637783391__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff8eb0ac51c2a53d45adff/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff8eb0ac51c2a53d45adff/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff8eb0ac51c2a53d45adff/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff8eb0ac51c2a53d45adff/pdb.gz): 2253 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	4-[N-(Substituted 4-pyrimidinyl)amino]benzenesulfonamides as inhibitors of carbonic anhydrase isozymes I, II, VII, and XIII pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	75
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2010-04-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3mhiA00

3MHOA 1CCUA 1Z9YA 5EH5A 5FLPA 5EHEA 2AW1A 4KNJA 4E3GA 3M96A 2NNOA 1ZSBA 3U7CA 3HKUA 3TVNX 1UGFA 1CVAA 1XQ0A 1CNWA 1CVDA 4QSIA 1TB0X 4KP8A 3PJJA 5EKJA 1MUAA 2FNNA 2FNKA 3DD8A 3V3FA 1BN1A 1YO1A 4K13A 1EOUA 4CNVA 3R16A 1RZEA 1G46A 3MHMA 1G54A 3KLDB 3DAZA 3RG4A 4RFCA 1CCTA 5G01A 2HKKA 1XPZA 1I9QA 3MYQA 3V2MA 5JG5B 1TG3A 3KIGA 4PYYA 3HKQA 2F14A 1CNXA 5FDCA 2NNSA 2IT4A 5DSIA 3UYQA 3BL1A 2X7SA 3MWOA 3OILA 3PO6A 4KUVA 4KP5A 5FLSA 1DCBA 4YVYA 3N3JA 1CILA 3CA2A 3S72B 1CNKA 2CABA 6CA2A 2NN7A 3BETA 5L6KA 5EZTX 3OYSA 3JXHC 4K0TA 4C3TA 4RIUA 4XIWA 5JQTA 2NWYA 4JSWA 4Z1KA 4YWPA 2FOQA 5FLOA 1FQMA 4FPTA 3CAJA 4FIKA 1ZFKA 1I9LA 3IEOA 4QJMA 1UGGA 4ZX0A 5A6HA 3RJ7A 1IF7A 4N16A 2NWPA 3U47A 4Q06A 3IBNA 1TEQX 4Q7SA 5A25A 5FL4A 3QYKA 4MLXA 3NB5A 1LZVA 5SZ3A 1BN4A 4BF6A 4KUYA 4CACA 4KNNA 3JXFA 4Q7WA 4ZWZA 4L5VA 4Z1EA 1HVAA 5AMDA 3D92A 2CA2A 1UGEA 1G1DA 4QSBA 2WD3A 2POVA 3W6IA 1CZMA 3OKVA 3DBUA 5AMLA 5IPZA 4X5SA 4E9OX 1KOPA 3MHLA 3ZNCA 4YGLA 3P4VA 4Q7PA 5SZ2A 4QJ0A 2H4NA 3Q31A 4IDRX 2WEOA 4QK3A 4XZ5A 1FSRA 4BF1A 1BICA 4CNRA 5CA2A 4ETQC 3D9ZA 2WD2A 3S75B 3ML2A 4YGKA 1ZGFA 3CZVA 3P3HA 4E4AA 1JD0A 3OKUA 1V9EA 1CAYA 4R5AA 4QSJA 3RZ5A 3L14A 2NNGA 2FW4A 5AMGA 4YYTA 1I9PA 2CBBA 3FFPX 1AM6A 1H9QA 3M1WA 1BNQA 1Z93A 1G48A 3M3XA 4Z1JA 1TG9A 2NWZA 5E2RA 5JDVB 3T82A 5EH7A 4E5QA 2HL4A 3N0NA 1BNTA 1IF8A 4K1QA 4XIXA 3C7PA 1YDAA 3M98A 3RG3A 5CACA 5BRWA 3RZ7A 3B1BA 3TVOX 4FU5A 5DOGA 12CAA 1BNUA 3T84A 4HEYA 4HF3A 4JSSA 1XEGA 4WL4A 4M2UA 3DC9A 3D0NA 4QY3A 5EOIA 3DCCA 3S74B 3MHCA 3F4XA 4QJOA 5FNLA 3BL0A 4Q09A 4K0ZA 3D8WA 3DCSA 4HBAA 3OIMA 5FNKA 3P5LA 4CQ0A 4M2RA 4Q81A 3ZP9A 2QOAA 4MLTA 5SZ0A 4M2VA 3M40A 1BNWA 3KWAA 1XEVA 3IBIA 5DSOA 1I91A 4DZ9A 4TWLA 2OSMA 4MDLA 3TMJA 4COQA 1KEQA 2HFWA 5DSJA 3KNEA 3M14A 4Q8YA 3IAIA 5EHWA 3S8XA 1BZMA 4M2WA 1TBTX 4QIYA 3RGEA 2CBAA 2ILIA 1BCDA 3KS3A 4YHAA 5E5UA 5DSKA 4N0XB 3V5GA 4HEZA 4UOVA 4HT2A 4RIVA 5EKMA 1CRMA 4ZWYA 2NNVA 5CLUA 1CA2A 4HT0A 1T9NA 1CVHA 1RZCA 2EZ7A 1LG6A 1RJ5A 5SZ5A 1Z97A 1YO0A 3DC3A 3RZ0B 5JG3B 2NXSA 4MO8A 4XE1A 4QJPA 2ABEA 5E28A 2CBCA 4CNXA 4Q8XA 4YGNA 5BYIA 1UGCA 2O4ZA 1FSNA 4QIZA 3T83A 1F2WA 4KUWA 4Q6EA 1G4JA 2WEHA 5FNJA 4ITOA 2VVBX 3T5UA 4RUXA 5E2MA 4Q83A 1YO2A 3MNUA 4RH2A 2FOUA 5FL5A 1I9NA 4E3DA 4E49A 1CNGA 1ZE8A 5E2KA 3KOIA 1HCBA 1FQNA 1OKMA 4WW6A 1ZSCA 3NJ9A 4RN4A 4JSZA 1CA3A 1HCAA 7CA2A 2NWOA 3K7KA 1FQLA 3EFTA 3S73B 1HUGA 1TE3X 2NXTA 1CNBA 2X7TA 5FDIA 1RAZA 1G53A 5JEGB 4LHIA 4WUPA 3DVDA 5JGTB 4PXXA 5EH8A 2HNCA 4QK2A 4JSAA 1CAJA 5FLTA 3JXGA 3KKXA 4RFDA 3SBIA 1CANA 5E2NA 3KONA 3DVCA 3V3JA 1TEUX 3HFPA 4HEWA 4ILXA 1CIMA 1URTA 3CYUA 2WEJA 5FLQA 3V3GB 4GL1X 4ZAOA 2Q1QA 3KOKA 5E5RA 3F7BA 1OQ5A 1AZMA 4Q90A 3M2ZA 3RYJB 1HUHA 4Q87A 5FL6A 4Z1NA 5SZ4A 4CNWA 1IF6A 1CAKA 5EIJA 3FE4A 5FNGA 1CVBA 1HEDA 4PYXA 4Q99A 1H9NA 3N2PA 1IF4A 4PQ7A 1I9MA 3K34A 2HOCA 5L3OA 3B4FA 2HD6A 4PZHA 1THKA 2NMXA 4Q07A 2AX2A 4CA2A 1IF9A 4QK1A 2CBEA 2FNMA 4TWMA 4ZWIA 1FQRA 4WR7A 1BN3A 3V2JA 1G3ZA 3M2YA 5J8ZA 4DZ7A 5SZ7A 5BRUA 4G7AA 1KWQA 3MHIA 5EKHA 4YGJA 3M5EA 1HEAA 3F8EA 3UYNA 4LP6A 5HPJA 1YDCA 3M2NA 3DV7A 2FOSA 3P58A 2W2JA 4HU1A 1LUGA 3SAXA 3IGPA 3W6HA 1HEBA 2X7UA 1UGAA 1DMXA 5G0CA 3T85A 3HLJA 4YXOA 2NN1A 2POUA 4KAPA 5BRVA 3D93A 3DVBA 1G52A 3V3HB 1KOQA 4JS6A 4Q0LA 4XFWA 3IBLA 3RLDA 4L5UA 1CNYA 4YXIA 1G0EA 2GD8A 3M04A 3MNIA 1CVCA 2ZNCA 4E3FA 3DD0A 3M5TA 5DSPA 1J9WA 3MZCA 4WUQA 2VVAX 2FMGA 3NI5A 4FL7A 1BNVA 2QP6A 3F7UA 4ITPA 3M2XA 4BCWA 1BNNA 4LU3A 1BV3A 5G03A 2QO8A 2Q38A 3RZ8A 1H4NA 3M67A 3HS4A 1TTMA 1I90A 1JV0A 4KNMA 1CNCA 4RUYA 2Q1BA 1UGDA 2FMZA 5E2SA 3OYQA 2WEGA 1ZNCA 2NXRA 3S77B 4QEFA 2FOVA 2EU3A 1CAHA 1JCZA 3GZ0A 3DCWA 1ZGEA 3P44A 2H15A 4IWZA 3M5SA 3VBDA 3MMFA 1I8ZA 4FVNA 3P3JA 5SZ6A 9CA2A 4YGFA 4ZWXA 1IF5A 1RZDA 5DRSA 1CAOA 3S97A 1KWRA 3MDZA 3MNHA 4MDGA 4Q78A 3RZ1B 4Q8ZA 5FNIA 3U3AX 1BNMA 3RYVB 3M1KA 3RYZA 3MNAA 4G0CA 4RUZA 5DSLA 4Q08A 1DCAA 4QJXA 4YX4A 3U45X 5JQ0A 3N4BA 1AVNA 1CALA 1V9IC 3IBUA 3K2FA 4QTLA 2OSFA 4Z0QA 1ZSAA 4FRCA 3DA2A 4L5WA 3P5AA 1ZH9A 5FNMA 5JEHB 1G0FA 5DSQA 1FR4A 1CCSA 2CBDA 1UGBA 1DMYA 4YXUA 2GEHA 3M1JA 5DOHA 2POWA 3HKTA 1CVEA 5JEPB 3FW3A 3RYXB 1G4OA 4E3HA 5CJFA 1YDDA 3LXEA 5LMDA 3S76A 4FVOA 1RAYA 5G0BA 3OIKA 1G6VA 3V3IB 1CAIA 5EHVA 5FLRA 1YDBA 3ML5A 3V7XA 5DSMA 3SBHA 1A42A 4R5BA 4K0SA 4WW8A 5DSNA 3R17B 3S9TA 1ZFQA 1MOOA 1CNHA 4KV0A 3RYYA 1Y7WA 4MTYA 1CNIA 3EFIA 1OKLA 4QSAA 5JGSB 1RJ6A 1RZBA 1CAZA 3PYKA 5FNHA 3SAPA 1FSQA 4QJWA 3S78B 2FOYA 5C8IA 5SZ1A 1LG5A 1TH9A 5DVXA 3T5ZA 4Y0JA 4Q7VA 1HECA 4Q9YA 3OY0A 4ZX1A 5JESB 1FLJA 4Q49A 3S71B 1FR7A 5DSRA 1CVFA 3M1QA 3MNKA 1G45A 5BNLA 1CINA 1OKNA 1LGDA 1CRAA 4R59A 4MDMA 3MNJA 1I9OA 1RZAA 2EU2A 4Q6DA 4KNIA 1CAMA 3HKNA 8CA2A 1CNJA 3P55A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MHO A;  1CCU A;  1Z9Y A;  5EH5 A;  5FLP A;  5EHE A;  2AW1 A;  4KNJ A;  4E3G A;  3M96 A;  2NNO A;  1ZSB A;  3U7C A;  3HKU A;  3TVN X;  1UGF A;  1CVA A;  1XQ0 A;  1CNW A;  1CVD A;  4QSI A;  1TB0 X;  4KP8 A;  3PJJ A;  5EKJ A;  1MUA A;  2FNN A;  2FNK A;  3DD8 A;  3V3F A;  1BN1 A;  1YO1 A;  4K13 A;  1EOU A;  4CNV A;  3R16 A;  1RZE A;  1G46 A;  3MHM A;  1G54 A;  3KLD B;  3DAZ A;  3RG4 A;  4RFC A;  1CCT A;  5G01 A;  2HKK A;  1XPZ A;  1I9Q A;  3MYQ A;  3V2M A;  5JG5 B;  1TG3 A;  3KIG A;  4PYY A;  3HKQ A;  2F14 A;  1CNX A;  5FDC A;  2NNS A;  2IT4 A;  5DSI A;  3UYQ A;  3BL1 A;  2X7S A;  3MWO A;  3OIL A;  3PO6 A;  4KUV A;  4KP5 A;  5FLS A;  1DCB A;  4YVY A;  3N3J A;  1CIL A;  3CA2 A;  3S72 B;  1CNK A;  2CAB A;  6CA2 A;  2NN7 A;  3BET A;  5L6K A;  5EZT X;  3OYS A;  3JXH C;  4K0T A;  4C3T A;  4RIU A;  4XIW A;  5JQT A;  2NWY A;  4JSW A;  4Z1K A;  4YWP A;  2FOQ A;  5FLO A;  1FQM A;  4FPT A;  3CAJ A;  4FIK A;  1ZFK A;  1I9L A;  3IEO A;  4QJM A;  1UGG A;  4ZX0 A;  5A6H A;  3RJ7 A;  1IF7 A;  4N16 A;  2NWP A;  3U47 A;  4Q06 A;  3IBN A;  1TEQ X;  4Q7S A;  5A25 A;  5FL4 A;  3QYK A;  4MLX A;  3NB5 A;  1LZV A;  5SZ3 A;  1BN4 A;  4BF6 A;  4KUY A;  4CAC A;  4KNN A;  3JXF A;  4Q7W A;  4ZWZ A;  4L5V A;  4Z1E A;  1HVA A;  5AMD A;  3D92 A;  2CA2 A;  1UGE A;  1G1D A;  4QSB A;  2WD3 A;  2POV A;  3W6I A;  1CZM A;  3OKV A;  3DBU A;  5AML A;  5IPZ A;  4X5S A;  4E9O X;  1KOP A;  3MHL A;  3ZNC A;  4YGL A;  3P4V A;  4Q7P A;  5SZ2 A;  4QJ0 A;  2H4N A;  3Q31 A;  4IDR X;  2WEO A;  4QK3 A;  4XZ5 A;  1FSR A;  4BF1 A;  1BIC A;  4CNR A;  5CA2 A;  4ETQ C;  3D9Z A;  2WD2 A;  3S75 B;  3ML2 A;  4YGK A;  1ZGF A;  3CZV A;  3P3H A;  4E4A A;  1JD0 A;  3OKU A;  1V9E A;  1CAY A;  4R5A A;  4QSJ A;  3RZ5 A;  3L14 A;  2NNG A;  2FW4 A;  5AMG A;  4YYT A;  1I9P A;  2CBB A;  3FFP X;  1AM6 A;  1H9Q A;  3M1W A;  1BNQ A;  1Z93 A;  1G48 A;  3M3X A;  4Z1J A;  1TG9 A;  2NWZ A;  5E2R A;  5JDV B;  3T82 A;  5EH7 A;  4E5Q A;  2HL4 A;  3N0N A;  1BNT A;  1IF8 A;  4K1Q A;  4XIX A;  3C7P A;  1YDA A;  3M98 A;  3RG3 A;  5CAC A;  5BRW A;  3RZ7 A;  3B1B A;  3TVO X;  4FU5 A;  5DOG A;  12CA A;  1BNU A;  3T84 A;  4HEY A;  4HF3 A;  4JSS A;  1XEG A;  4WL4 A;  4M2U A;  3DC9 A;  3D0N A;  4QY3 A;  5EOI A;  3DCC A;  3S74 B;  3MHC A;  3F4X A;  4QJO A;  5FNL A;  3BL0 A;  4Q09 A;  4K0Z A;  3D8W A;  3DCS A;  4HBA A;  3OIM A;  5FNK A;  3P5L A;  4CQ0 A;  4M2R A;  4Q81 A;  3ZP9 A;  2QOA A;  4MLT A;  5SZ0 A;  4M2V A;  3M40 A;  1BNW A;  3KWA A;  1XEV A;  3IBI A;  5DSO A;  1I91 A;  4DZ9 A;  4TWL A;  2OSM A;  4MDL A;  3TMJ A;  4COQ A;  1KEQ A;  2HFW A;  5DSJ A;  3KNE A;  3M14 A;  4Q8Y A;  3IAI A;  5EHW A;  3S8X A;  1BZM A;  4M2W A;  1TBT X;  4QIY A;  3RGE A;  2CBA A;  2ILI A;  1BCD A;  3KS3 A;  4YHA A;  5E5U A;  5DSK A;  4N0X B;  3V5G A;  4HEZ A;  4UOV A;  4HT2 A;  4RIV A;  5EKM A;  1CRM A;  4ZWY A;  2NNV A;  5CLU A;  1CA2 A;  4HT0 A;  1T9N A;  1CVH A;  1RZC A;  2EZ7 A;  1LG6 A;  1RJ5 A;  5SZ5 A;  1Z97 A;  1YO0 A;  3DC3 A;  3RZ0 B;  5JG3 B;  2NXS A;  4MO8 A;  4XE1 A;  4QJP A;  2ABE A;  5E28 A;  2CBC A;  4CNX A;  4Q8X A;  4YGN A;  5BYI A;  1UGC A;  2O4Z A;  1FSN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3MHIA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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