3PO6 | Genus

Total Genus 80

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__8721277952603943__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__8721277952603943__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3PO6/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__8721277952603943__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"8721277952603943","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3PO6/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__8721277952603943__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cffe03f0c0647a6d8036a60/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cffe03f0c0647a6d8036a60/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cffe03f0c0647a6d8036a60/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cffe03f0c0647a6d8036a60/pdb.gz): 81 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
publication title	Structural basis for the interaction between carbonic anhydrase and 1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-2-ylsulfonamides. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	80
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2010-11-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3po6A00

3HFPA 1CNYA 3MZCA 3UYQA 2NWYA 5JEGB 3V2MA 3HKTA 4RIUA 1I8ZA 2HFWA 3V7XA 4HT2A 1UGGA 2FOSA 3DV7A 4Q99A 4QY3A 2AX2A 3RYZA 1I9OA 4E3DA 5DSLA 3DA2A 3S74B 1FQLA 4FVNA 1BN3A 3MHMA 5E5UA 4FRCA 1LG6A 1KWRA 2FNNA 5EOIA 5FL6A 5JG5B 4WUQA 1LUGA 3P55A 4YGLA 1CRAA 3RZ7A 1BNNA 3KS3A 4Q08A 1RZEA 4YXIA 1CILA 1ZSCA 3RYVB 1CAJA 2WD2A 3D8WA 1HVAA 1KOQA 3DCWA 4COQA 4ITPA 1CVHA 5JQTA 1G0FA 1IF9A 3M5SA 3OY0A 3DD8A 4RUXA 1F2WA 4ETQC 3JXGA 3IBIA 3PYKA 3M67A 3RYXB 4M2VA 2X7UA 3D93A 1CIMA 3N0NA 2ILIA 4R5BA 4CNVA 1G48A 1XEVA 3P4VA 5DRSA 1XQ0A 1CAMA 1A42A 1BNUA 5BRUA 5FLQA 3MDZA 3JXFA 1Z97A 4YWPA 5AMDA 4MLXA 1THKA 4Q90A 6CA2A 1CVBA 2NXRA 4MTYA 3D0NA 1TBTX 1YO2A 4UOVA 4HEWA 3CYUA 4XZ5A 5IPZA 5FNJA 4CA2A 1CINA 1MUAA 5BNLA 3P5AA 3ZP9A 3RZ5A 3RG4A 5DSOA 2FOVA 1V9IC 4KV0A 2FOUA 4RIVA 3P44A 2NNGA 3M1WA 1TEUX 4Z0QA 1JCZA 2QOAA 4Z1NA 5A25A 1G0EA 4RFDA 4Q87A 1I9QA 2F14A 2WEHA 4GL1X 5BRVA 3CAJA 1CAYA 2WEJA 4ZWXA 5SZ3A 4CNXA 1UGEA 2EU3A 4E9OX 1YO1A 1CAHA 1CAIA 2FMZA 4K0ZA 3FW3A 4YXOA 3V3HB 3IGPA 3MNHA 1FQMA 4YVYA 1YDCA 1BNTA 5FL5A 5FNLA 1BZMA 5FLRA 1XEGA 4QK2A 4Q6DA 5DSQA 4K0TA 4RUYA 4ITOA 1KWQA 4JS6A 5EH5A 1LZVA 4N16A 4YYTA 3IAIA 3T5ZA 5DSJA 3JXHC 4HEZA 2NN1A 4KUVA 3CZVA 2NXTA 3BETA 1TG3A 3RGEA 4ZWYA 2Q1QA 4Q09A 5CA2A 4YHAA 3FFPX 1RAZA 1G52A 1UGCA 4Q81A 3S97A 4E3HA 3S9TA 2CBBA 4K1QA 5EZTX 4Q8ZA 5DSNA 3SAXA 1CAOA 1CA3A 1CAKA 1HEBA 2CABA 5E2RA 3U3AX 1UGDA 2ZNCA 4CQ0A 3S75B 1H4NA 3DAZA 3U47A 1G46A 4QK1A 1ZNCA 2WD3A 3P58A 5DVXA 3BL1A 4KNIA 3K34A 5E2MA 3T84A 4Q8XA 1Y7WA 1G4OA 1FQNA 1CA2A 1KEQA 4YXUA 2NWOA 5G01A 1ZSAA 3HKUA 3QYKA 1Z9YA 3DVCA 1BNVA 3V3GB 1H9QA 4FPTA 3ZNCA 4QK3A 4QSAA 1DCAA 3M14A 3KOKA 4E5QA 5E2KA 3T85A 1RJ5A 5SZ6A 2EU2A 3N3JA 1OQ5A 2X7TA 1HECA 1RJ6A 3FE4A 1I9PA 1YDAA 4KP8A 4PYYA 5SZ1A 5EHEA 1TTMA 3R16A 2HNCA 3MMFA 1CNHA 3UYNA 2VVBX 4FIKA 3T83A 4QTLA 5EIJA 3TVOX 3SBHA 1ZGFA 4RUZA 1RAYA 1IF7A 2WEOA 5DSRA 3PJJA 4JSWA 1BN4A 3IBLA 5JG3B 4HU1A 3PO6A 1G4JA 5FNGA 3M04A 3M2XA 3F7BA 4X5SA 4Q7WA 5JQ0A 4Q8YA 4KP5A 3RG3A 1MOOA 4QJWA 4E4AA 3W6IA 2NWPA 5JGSB 1LG5A 5FDIA 3M1JA 3IBUA 1CANA 3NI5A 5DSPA 1HCAA 3M2NA 4M2WA 5FNMA 1CCTA 3IBNA 1BCDA 4KNJA 4PYXA 2NMXA 3NJ9A 3KOIA 3D92A 2W2JA 2IT4A 1ZH9A 1DCBA 1TB0X 5SZ4A 3U45X 3MHLA 5CJFA 5EH7A 4R5AA 4FVOA 2CBDA 5JDVB 5E28A 1ZFQA 3ML2A 4QSBA 3Q31A 1IF5A 4M2RA 7CA2A 1CVCA 2H4NA 4Q83A 4DZ9A 4MLTA 4KAPA 4XIXA 1HEDA 2FNKA 4ZWZA 4Q0LA 5EKMA 3KONA 3F8EA 4QJMA 1FR7A 3TMJA 4Q6EA 1BICA 1XPZA 3HKNA 4BCWA 3P3JA 4E3FA 3MHOA 5FL4A 3MNUA 5G0CA 3KKXA 2AW1A 3OKUA 4L5WA 4E3GA 5JEHB 3HLJA 3V2JA 4G7AA 3RZ1B 1RZCA 5FLSA 1FSQA 5FLPA 1RZBA 4WL4A 4BF6A 3M96A 4IWZA 4KNMA 4MDMA 4M2UA 1CNKA 1FQRA 3MHCA 5FDCA 1KOPA 1RZDA 3S78B 4CNRA 1I9NA 4Q49A 3V5GA 1BNMA 3RJ7A 1YO0A 2NNSA 5E2NA 2HL4A 4ILXA 4L5UA 3KLDB 5L6KA 5JESB 4QEFA 4K13A 2VVAX 3M40A 1IF8A 4HT0A 1CVEA 1FSRA 1CVFA 1YDBA 3N2PA 4TWLA 3IEOA 5EKHA 3K2FA 1G1DA 4E49A 4Q7PA 3P3HA 3DC3A 1G3ZA 4KNNA 4FL7A 3GZ0A 4LU3A 3B1BA 5EHVA 5EKJA 3V3IB 1G45A 1Z93A 1CRMA 2FNMA 3TVNX 5SZ2A 3RLDA 4L5VA 2QO8A 2WEGA 3M1KA 4IDRX 1V9EA 5E5RA 1ZGEA 5SZ5A 3U7CA 5EH8A 4ZWIA 3K7KA 1EOUA 3M98A 3DCCA 4JSSA 1TEQX 4QIZA 4CACA 4JSZA 3RYYA 1HEAA 2POWA 1I9LA 4ZX0A 5L3OA 1CNGA 3F4XA 3M2ZA 3BL0A 3B4FA 4MO8A 3S73B 1OKMA 4WR7A 2POUA 5DSMA 1I90A 3F7UA 3V3FA 4LP6A 3L14A 4Q7VA 4WUPA 1CNJA 3M5TA 3S77B 4TWMA 1FR4A 3DD0A 2GD8A 5CLUA 3V3JA 2X7SA 1CAZA 3R17B 2OSFA 3W6HA 1I91A 4YGNA 5LMDA 3T5UA 1CALA 1JD0A 4HF3A 2Q38A 4PZHA 3S72B 1DMYA 5AMGA 5C8IA 5CACA 4JSAA 4ZX1A 4K0SA 3DCSA 3P5LA 1HUGA 4QJXA 1AM6A 2NWZA 4N0XB 3OYSA 4YGJA 1G6VA 4MDGA 1YDDA 3OKVA 3KNEA 2FOYA 1URTA 1OKLA 4KUYA 3ML5A 5EHWA 5HPJA 4WW6A 3S8XA 1LGDA 5E2SA 1CNIA 3M2YA 3DBUA 4RN4A 1CNWA 2ABEA 1CNXA 4KUWA 3MHIA 4Q07A 3LXEA 4QJ0A 4WW8A 5FNKA 1FSNA 4XE1A 3EFTA 5SZ0A 2GEHA 5DSIA 1CNCA 8CA2A 3RYJB 1TG9A 3DVBA 3MNKA 3M1QA 1J9WA 2QP6A 12CAA 2EZ7A 5FLOA 2CA2A 5BRWA 3HS4A 1AZMA 5DSKA 3D9ZA 1TE3X 1CZMA 2Q1BA 4FU5A 3SBIA 3OILA 3KIGA 4PQ7A 1CCSA 3MNJA 1HCBA 3S76A 3RZ0B 4Z1KA 4LHIA 4R59A 2NXSA 3OIMA 5DOHA 1CNBA 1DMXA 2H15A 5BYIA 2NN7A 1IF4A 2HOCA 3OIKA 1IF6A 1UGBA 1BV3A 1HUHA 3M5EA 1OKNA 1UGFA 1ZE8A 2HKKA 1JV0A 1BNWA 3DVDA 2CBCA 4HEYA 2O4ZA 4QJPA 2HD6A 3S71B 3RZ8A 1RZAA 3NB5A 5SZ7A 4YX4A 5FLTA 4BF1A 2OSMA 4YGKA 5G0BA 5J8ZA 2CBAA 1CVDA 2FMGA 4G0CA 3MNAA 5FNHA 3MYQA 4XFWA 4QSJA 4RFCA 9CA2A 4MDLA 4YGFA 1G54A 4CNWA 1CVAA 4DZ7A 3C7PA 1BN1A 1T9NA 4Z1JA 1ZSBA 4Y0JA 4ZAOA 4RH2A 4Q9YA 1H9NA 5JEPB 1TH9A 2NNOA 5AMLA 4C3TA 3HKQA 2CBEA 3N4BA 3CA2A 1I9MA 1G53A 3EFIA 3SAPA 5DOGA 4Q06A 3MNIA 3KWAA 1BNQA 5A6HA 3MWOA 2NNVA 4XIWA 1FLJA 2FOQA 4QJOA 3T82A 4QIYA 3M3XA 5JGTB 3OYQA 2FW4A 4Q7SA 4Q78A 4Z1EA 4HBAA 3DC9A 1UGAA 4PXXA 5G03A 5FNIA 1AVNA 3VBDA 1ZFKA 2POVA 1CCUA 4QSIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HFP A;  1CNY A;  3MZC A;  3UYQ A;  2NWY A;  5JEG B;  3V2M A;  3HKT A;  4RIU A;  1I8Z A;  2HFW A;  3V7X A;  4HT2 A;  1UGG A;  2FOS A;  3DV7 A;  4Q99 A;  4QY3 A;  2AX2 A;  3RYZ A;  1I9O A;  4E3D A;  5DSL A;  3DA2 A;  3S74 B;  1FQL A;  4FVN A;  1BN3 A;  3MHM A;  5E5U A;  4FRC A;  1LG6 A;  1KWR A;  2FNN A;  5EOI A;  5FL6 A;  5JG5 B;  4WUQ A;  1LUG A;  3P55 A;  4YGL A;  1CRA A;  3RZ7 A;  1BNN A;  3KS3 A;  4Q08 A;  1RZE A;  4YXI A;  1CIL A;  1ZSC A;  3RYV B;  1CAJ A;  2WD2 A;  3D8W A;  1HVA A;  1KOQ A;  3DCW A;  4COQ A;  4ITP A;  1CVH A;  5JQT A;  1G0F A;  1IF9 A;  3M5S A;  3OY0 A;  3DD8 A;  4RUX A;  1F2W A;  4ETQ C;  3JXG A;  3IBI A;  3PYK A;  3M67 A;  3RYX B;  4M2V A;  2X7U A;  3D93 A;  1CIM A;  3N0N A;  2ILI A;  4R5B A;  4CNV A;  1G48 A;  1XEV A;  3P4V A;  5DRS A;  1XQ0 A;  1CAM A;  1A42 A;  1BNU A;  5BRU A;  5FLQ A;  3MDZ A;  3JXF A;  1Z97 A;  4YWP A;  5AMD A;  4MLX A;  1THK A;  4Q90 A;  6CA2 A;  1CVB A;  2NXR A;  4MTY A;  3D0N A;  1TBT X;  1YO2 A;  4UOV A;  4HEW A;  3CYU A;  4XZ5 A;  5IPZ A;  5FNJ A;  4CA2 A;  1CIN A;  1MUA A;  5BNL A;  3P5A A;  3ZP9 A;  3RZ5 A;  3RG4 A;  5DSO A;  2FOV A;  1V9I C;  4KV0 A;  2FOU A;  4RIV A;  3P44 A;  2NNG A;  3M1W A;  1TEU X;  4Z0Q A;  1JCZ A;  2QOA A;  4Z1N A;  5A25 A;  1G0E A;  4RFD A;  4Q87 A;  1I9Q A;  2F14 A;  2WEH A;  4GL1 X;  5BRV A;  3CAJ A;  1CAY A;  2WEJ A;  4ZWX A;  5SZ3 A;  4CNX A;  1UGE A;  2EU3 A;  4E9O X;  1YO1 A;  1CAH A;  1CAI A;  2FMZ A;  4K0Z A;  3FW3 A;  4YXO A;  3V3H B;  3IGP A;  3MNH A;  1FQM A;  4YVY A;  1YDC A;  1BNT A;  5FL5 A;  5FNL A;  1BZM A;  5FLR A;  1XEG A;  4QK2 A;  4Q6D A;  5DSQ A;  4K0T A;  4RUY A;  4ITO A;  1KWQ A;  4JS6 A;  5EH5 A;  1LZV A;  4N16 A;  4YYT A;  3IAI A;  3T5Z A;  5DSJ A;  3JXH C;  4HEZ A;  2NN1 A;  4KUV A;  3CZV A;  2NXT A;  3BET A;  1TG3 A;  3RGE A;  4ZWY A;  2Q1Q A;  4Q09 A;  5CA2 A;  4YHA A;  3FFP X;  1RAZ A;  1G52 A;  1UGC A;  4Q81 A;  3S97 A;  4E3H A;  3S9T A;  2CBB A;  4K1Q A;  5EZT X;  4Q8Z A;  5DSN A;  3SAX A;  1CAO A;  1CA3 A;  1CAK A;  1HEB A;  2CAB A;  5E2R A;  3U3A X;  1UGD A;  2ZNC A;  4CQ0 A;  3S75 B;  1H4N A;  3DAZ A;  3U47 A;  1G46 A;  4QK1 A;  1ZNC A;  2WD3 A;  3P58 A;  5DVX A;  3BL1 A;  4KNI A;  3K34 A;  5E2M A;  3T84 A;  4Q8X A;  1Y7W A;  1G4O A;  1FQN A;  1CA2 A;  1KEQ A;  4YXU A;  2NWO A;  5G01 A;  1ZSA A;  3HKU A;  3QYK A;  1Z9Y A;  3DVC A;  1BNV A;  3V3G B;  1H9Q A;  4FPT A;  3ZNC A;  4QK3 A;  4QSA A;  1DCA A;  3M14 A;  3KOK A;  4E5Q A;  5E2K A;  3T85 A;  1RJ5 A;  5SZ6 A;  2EU2 A;  3N3J A;  1OQ5 A;  2X7T A;  1HEC A;  1RJ6 A;  3FE4 A;  1I9P A;  1YDA A;  4KP8 A;  4PYY A;  5SZ1 A;  5EHE A;  1TTM A;  3R16 A;  2HNC A;  3MMF A;  1CNH A;  3UYN A;  2VVB X;  4FIK A;  3T83 A;  4QTL A;  5EIJ A;  3TVO X;  3SBH A;  1ZGF A;  4RUZ A;  1RAY A;  1IF7 A;  2WEO A;  5DSR A;  3PJJ A;  4JSW A;  1BN4 A;  3IBL A;  5JG3 B;  4HU1 A;  3PO6 A;  1G4J A;  5FNG A;  3M04 A;  3M2X A;  3F7B A;  4X5S A;  4Q7W A;  5JQ0 A;  4Q8Y A;  4KP5 A;  3RG3 A;  1MOO A;  4QJW A;  4E4A A;  3W6I A;  2NWP A;  5JGS B;  1LG5 A;  5FDI A;  3M1J A;  3IBU A;  1CAN A;  3NI5 A;  5DSP A;  1HCA A;  3M2N A;  4M2W A;  5FNM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3PO6A

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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