3RG4 | Genus

Total Genus 68

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	68
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HFGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4444106785623707__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4444106785623707__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3RG4/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4444106785623707__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4444106785623707","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3RG4/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4444106785623707__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Structure and catalysis by carbonic anhydrase II: role of active-site tryptophan 5. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	68
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2011-04-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3rg4A00

1BNNA 1BNMA 1YO2A 1BNVA 4FVOA 1OQ5A 4MDGA 5JEGB 5DSNA 4E4AA 4XIXA 4Q09A 8CA2A 5DRSA 3KONA 2ABEA 4Q6DA 5EKMA 4YWPA 1TH9A 1LG6A 1BZMA 1LGDA 2HNCA 5JQTA 2WD3A 1G3ZA 3OYQA 3D9ZA 3OYSA 4KNNA 4Z1NA 3SBIA 3DBUA 5FNLA 3N4BA 4G7AA 5FDIA 3RYXB 4MTYA 4C3TA 3U45X 1Z97A 3D93A 3M2XA 4QIZA 3F8EA 4HEYA 1CAIA 1H9NA 3T83A 1MUAA 3SBHA 1CZMA 1I9QA 3BETA 3IBIA 3P5LA 4KP8A 5DVXA 3P58A 1G53A 1CAKA 1THKA 3N0NA 4GL1X 5C8IA 3D0NA 1CNBA 2HL4A 3FW3A 3T85A 3PJJA 3NI5A 4DZ7A 4QK1A 4TWLA 1AM6A 4KNJA 4Z1KA 4WW6A 3V3IB 2FOUA 1CAOA 3NB5A 3KWAA 1HEBA 2X7UA 3DVDA 3IGPA 3M3XA 2CBDA 5IPZA 3P3JA 4YYTA 3OILA 2OSFA 4QSIA 5JDVB 3OY0A 3IBLA 1XEVA 1CVEA 3DVBA 5E2RA 4KUWA 1BN4A 2CBEA 1CCUA 1FSNA 3JXGA 1ZFKA 1CVAA 4L5UA 3RZ1B 5EHWA 3U3AX 5EHEA 2VVAX 2NNGA 2CABA 1ZSCA 1G6VA 4DZ9A 4JS6A 1LUGA 1IF7A 3V3FA 3T5UA 1ZNCA 4K13A 3RYVB 4M2VA 3OIKA 4ZAOA 4QJWA 1IF6A 5JGTB 1RJ6A 2POVA 5HPJA 2NXTA 1CNWA 3NJ9A 1TTMA 3RZ7A 1I9LA 5EKJA 3P4VA 5SZ3A 1JD0A 5FL4A 3DCSA 4HF3A 4RN4A 1CALA 2WEHA 1FLJA 4FRCA 5EH8A 5SZ1A 4KNMA 3DD8A 5FLRA 3KOKA 1KWRA 5DSLA 2FMZA 3F7BA 4WL4A 3JXHC 4FVNA 4E3HA 4R59A 5L3OA 1G4OA 5CACA 4WUPA 5A6HA 5FNGA 4COQA 3TMJA 3D8WA 5DSRA 3SAXA 1LZVA 1XPZA 4Q49A 3S78B 5FNHA 1UGGA 5EKHA 4PYXA 5BNLA 5J8ZA 2ZNCA 4CNXA 4Q6EA 5E2KA 1HVAA 2X7SA 3EFTA 2CBBA 2FNNA 3JXFA 3MNAA 3P55A 3K7KA 3M5EA 1ZSBA 5A25A 3MYQA 5G01A 1CNXA 4HBAA 3MNIA 4QJXA 3B4FA 3HLJA 3MHIA 1I9MA 4XIWA 3HKNA 3HKQA 1I9PA 2QOAA 1RZCA 2QO8A 1G1DA 4ITOA 4QJPA 1HEDA 3ML2A 1XEGA 4LP6A 1CILA 4MDLA 5FNKA 1I9NA 4G0CA 5DOGA 4JSAA 1CAHA 1DCAA 4LHIA 3S74B 3M67A 1I90A 4QTLA 4Q7VA 4BCWA 1YO0A 2F14A 5SZ7A 1CNKA 2FOQA 4L5VA 3V3GB 3CZVA 5FDCA 1BICA 3MDZA 3M5SA 3RLDA 3VBDA 4YXUA 5CJFA 4Q08A 4ZWXA 2CBAA 4BF6A 4HT0A 1H4NA 3T82A 3M2YA 3IEOA 2WEOA 1CVBA 2Q1QA 1YDBA 4Z1EA 1V9IC 2AW1A 2OSMA 3S97A 1HECA 1BNWA 2NN7A 3D92A 3DC3A 4QJOA 4WR7A 5CLUA 5EH5A 1TE3X 3MMFA 1CAYA 2EU3A 3MHOA 3P44A 5SZ0A 1CAJA 4HEZA 5JG5B 2NNVA 2GD8A 3T5ZA 4MO8A 4R5AA 1UGEA 3KNEA 3UYQA 1FR4A 4L5WA 1CNGA 3ZP9A 1F2WA 4PQ7A 3KIGA 4MLXA 5EOIA 1I8ZA 2NWOA 2FOVA 3BL0A 3MZCA 4LU3A 3CA2A 1CNJA 2VVBX 4YX4A 5SZ2A 1HEAA 2Q38A 3F4XA 4KP5A 2HKKA 1HUGA 3U7CA 4CQ0A 1OKLA 2NWZA 1ZGEA 2POWA 3Q31A 1Z93A 5DSMA 5FNMA 1AVNA 4KUYA 1BNTA 4YXIA 4Q7PA 5DSQA 2AX2A 5E28A 3V7XA 4Q8YA 4CNVA 4YVYA 1V9EA 5AMDA 2HOCA 5L6KA 1YDCA 5EHVA 5DSJA 1G48A 3HFPA 4QSBA 5E5UA 3TVOX 4YGJA 5SZ4A 4QSJA 1UGFA 3MWOA 4Q07A 3U47A 2FNMA 4RUZA 4FPTA 1HCBA 4Q90A 2NXRA 2FOSA 2WEGA 3RYZA 4JSZA 4QIYA 4Q81A 1FQRA 3PYKA 4CA2A 1RZEA 4Q87A 2HD6A 1ZFQA 3TVNX 3F7UA 1BNUA 4K1QA 4YHAA 3N2PA 2H15A 3DVCA 3M1KA 3P3HA 2FW4A 5JQ0A 4Q83A 2FOYA 1CVFA 1KWQA 5AMLA 5FLTA 1CANA 3K2FA 3KOIA 4QY3A 5DOHA 3S71B 1KOPA 1JCZA 1TEUX 3MHLA 3MNKA 3P5AA 4ZWIA 4E9OX 4RIUA 1LG5A 1ZE8A 1OKMA 1RJ5A 5E2MA 1CAZA 1G46A 3DV7A 4YGLA 1TEQX 1BV3A 1TG3A 2O4ZA 1UGAA 4PYYA 4N16A 4FU5A 3T84A 3W6HA 1G0EA 2FNKA 4RH2A 1CVHA 2ILIA 3RYJB 3M04A 4ILXA 1CNHA 3V3HB 5FL6A 1XQ0A 5JEPB 1I9OA 9CA2A 1FR7A 1OKNA 4M2RA 1IF5A 1HCAA 1FSQA 1CVCA 4ZWYA 3RZ8A 5EIJA 4R5BA 5FLOA 3KS3A 4E49A 5BRUA 4WW8A 2NWYA 4QSAA 4WUQA 1KOQA 4PZHA 5FNJA 1FSRA 4Q8XA 1G4JA 6CA2A 3GZ0A 3R16A 4Q99A 4UOVA 5E5RA 3MNHA 5JG3B 5EZTX 2NNSA 3IBUA 5E2SA 5BRWA 2W2JA 4K0ZA 2NWPA 3S76A 3C7PA 3QYKA 2NNOA 3K34A 7CA2A 4IWZA 2POUA 4Z1JA 4X5SA 3S8XA 3SAPA 1CNCA 1UGCA 3CAJA 3DD0A 1I91A 5BRVA 4CNRA 5JGSB 1ZH9A 1CINA 4HU1A 1FQMA 4CACA 3BL1A 3RGEA 2Q1BA 1G45A 3M14A 1UGDA 4PXXA 4RFCA 3EFIA 5DSPA 4MLTA 1TB0X 4KAPA 3MNUA 4Q8ZA 5DSIA 4Q78A 4QJMA 1HUHA 2WD2A 3M98A 3RYYA 3IBNA 1CNYA 4K0SA 3HS4A 5JESB 1RAYA 4FIKA 5G03A 1YO1A 3RG4A 3ZNCA 4CNWA 4QJ0A 4BF1A 4XZ5A 1J9WA 3CYUA 4HEWA 2NN1A 3RZ5A 5G0CA 1RAZA 3MHMA 1UGBA 3KLDB 3S72B 2GEHA 3S73B 1CAMA 1DCBA 1ZGFA 2WEJA 2CA2A 4ZX1A 12CAA 3S9TA 3R17B 3V5GA 3HKUA 1CVDA 1CNIA 3LXEA 3HKTA 5FLSA 3N3JA 1BNQA 1IF8A 4YGFA 1G0FA 1FQNA 4ZX0A 1BCDA 3S75B 1AZMA 4HT2A 4RFDA 5JEHB 1YDAA 1RZBA 3UYNA 1G54A 4KUVA 1CIMA 4Q7SA 1A42A 4MDMA 4JSWA 4Q9YA 2EU2A 3DCCA 4YXOA 1BN1A 4YGKA 3MNJA 5LMDA 3OKUA 1G52A 4RIVA 1H9QA 4K0TA 1TG9A 3KKXA 3L14A 1URTA 2CBCA 2H4NA 1CA2A 4E5QA 3DA2A 5CA2A 3S77B 4Q06A 3IAIA 5BYIA 2IT4A 3OIMA 4TWMA 1ZSAA 2NXSA 3M2NA 4Z0QA 4N0XB 4ETQC 4ITPA 1T9NA 3MHCA 1TBTX 4RUYA 3W6IA 4E3FA 3B1BA 5EH7A 4FL7A 5AMGA 1CRAA 4YGNA 1RZDA 3RZ0B 1RZAA 3PO6A 4JSSA 3DAZA 5SZ5A 2EZ7A 5SZ6A 2FMGA 5G0BA 1CCSA 4QK3A 3V2JA 5E2NA 5DSKA 4XFWA 3M96A 2X7TA 3V3JA 4E3GA 2HFWA 4KNIA 5FLPA 4IDRX 3RJ7A 3M1WA 3V2MA 4XE1A 4ZWZA 4QK2A 1Z9YA 1Y7WA 2NMXA 4M2UA 5FLQA 1DMXA 3FE4A 1FQLA 4Y0JA 1CA3A 5DSOA 3M2ZA 5FNIA 1IF9A 5FL5A 3M1QA 1MOOA 1DMYA 3M1JA 4Q0LA 1BN3A 4RUXA 3ML5A 3DC9A 1CCTA 4E3DA 3DCWA 3M40A 3RG3A 1YDDA 3FFPX 2QP6A 4M2WA 1CRMA 4QEFA 1KEQA 1IF4A 3M5TA 3OKVA 4Q7WA 1EOUA 4KV0A 1JV0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BNN A;  1BNM A;  1YO2 A;  1BNV A;  4FVO A;  1OQ5 A;  4MDG A;  5JEG B;  5DSN A;  4E4A A;  4XIX A;  4Q09 A;  8CA2 A;  5DRS A;  3KON A;  2ABE A;  4Q6D A;  5EKM A;  4YWP A;  1TH9 A;  1LG6 A;  1BZM A;  1LGD A;  2HNC A;  5JQT A;  2WD3 A;  1G3Z A;  3OYQ A;  3D9Z A;  3OYS A;  4KNN A;  4Z1N A;  3SBI A;  3DBU A;  5FNL A;  3N4B A;  4G7A A;  5FDI A;  3RYX B;  4MTY A;  4C3T A;  3U45 X;  1Z97 A;  3D93 A;  3M2X A;  4QIZ A;  3F8E A;  4HEY A;  1CAI A;  1H9N A;  3T83 A;  1MUA A;  3SBH A;  1CZM A;  1I9Q A;  3BET A;  3IBI A;  3P5L A;  4KP8 A;  5DVX A;  3P58 A;  1G53 A;  1CAK A;  1THK A;  3N0N A;  4GL1 X;  5C8I A;  3D0N A;  1CNB A;  2HL4 A;  3FW3 A;  3T85 A;  3PJJ A;  3NI5 A;  4DZ7 A;  4QK1 A;  4TWL A;  1AM6 A;  4KNJ A;  4Z1K A;  4WW6 A;  3V3I B;  2FOU A;  1CAO A;  3NB5 A;  3KWA A;  1HEB A;  2X7U A;  3DVD A;  3IGP A;  3M3X A;  2CBD A;  5IPZ A;  3P3J A;  4YYT A;  3OIL A;  2OSF A;  4QSI A;  5JDV B;  3OY0 A;  3IBL A;  1XEV A;  1CVE A;  3DVB A;  5E2R A;  4KUW A;  1BN4 A;  2CBE A;  1CCU A;  1FSN A;  3JXG A;  1ZFK A;  1CVA A;  4L5U A;  3RZ1 B;  5EHW A;  3U3A X;  5EHE A;  2VVA X;  2NNG A;  2CAB A;  1ZSC A;  1G6V A;  4DZ9 A;  4JS6 A;  1LUG A;  1IF7 A;  3V3F A;  3T5U A;  1ZNC A;  4K13 A;  3RYV B;  4M2V A;  3OIK A;  4ZAO A;  4QJW A;  1IF6 A;  5JGT B;  1RJ6 A;  2POV A;  5HPJ A;  2NXT A;  1CNW A;  3NJ9 A;  1TTM A;  3RZ7 A;  1I9L A;  5EKJ A;  3P4V A;  5SZ3 A;  1JD0 A;  5FL4 A;  3DCS A;  4HF3 A;  4RN4 A;  1CAL A;  2WEH A;  1FLJ A;  4FRC A;  5EH8 A;  5SZ1 A;  4KNM A;  3DD8 A;  5FLR A;  3KOK A;  1KWR A;  5DSL A;  2FMZ A;  3F7B A;  4WL4 A;  3JXH C;  4FVN A;  4E3H A;  4R59 A;  5L3O A;  1G4O A;  5CAC A;  4WUP A;  5A6H A;  5FNG A;  4COQ A;  3TMJ A;  3D8W A;  5DSR A;  3SAX A;  1LZV A;  1XPZ A;  4Q49 A;  3S78 B;  5FNH A;  1UGG A;  5EKH A;  4PYX A;  5BNL A;  5J8Z A;  2ZNC A;  4CNX A;  4Q6E A;  5E2K A;  1HVA A;  2X7S A;  3EFT A;  2CBB A;  2FNN A;  3JXF A;  3MNA A;  3P55 A;  3K7K A;  3M5E A;  1ZSB A;  5A25 A;  3MYQ A;  5G01 A;  1CNX A;  4HBA A;  3MNI A;  4QJX A;  3B4F A;  3HLJ A;  3MHI A;  1I9M A;  4XIW A;  3HKN A;  3HKQ A;  1I9P A;  2QOA A;  1RZC A;  2QO8 A;  1G1D A;  4ITO A;  4QJP A;  1HED A;  3ML2 A;  1XEG A;  4LP6 A;  1CIL A;  4MDL A;  5FNK A;  1I9N A;  4G0C A;  5DOG A;  4JSA A;  1CAH A;  1DCA A;  4LHI A;  3S74 B;  3M67 A;  1I90 A;  4QTL A;  4Q7V A;  4BCW A;  1YO0 A;  2F14 A;  5SZ7 A;  1CNK A;  2FOQ A;  4L5V A;  3V3G B;  3CZV A;  5FDC A;  1BIC A;  3MDZ A;  3M5S A;  3RLD A;  3VBD A;  4YXU A;  5CJF A;  4Q08 A;  4ZWX A;  2CBA A;  4BF6 A;  4HT0 A;  1H4N A;  3T82 A;  3M2Y A;  3IEO A;  2WEO A;  1CVB A;  2Q1Q A;  1YDB A;  4Z1E A;  1V9I C;  2AW1 A;  2OSM A;  3S97 A;  1HEC A;  1BNW A;  2NN7 A;  3D92 A;  3DC3 A;  4QJO A;  4WR7 A;  5CLU A;  5EH5 A;  1TE3 X;  3MMF A;  1CAY A;  2EU3 A;  3MHO A;  3P44 A;  5SZ0 A;  1CAJ A;  4HEZ A;  5JG5 B;  2NNV A;  2GD8 A;  3T5Z A;  4MO8 A;  4R5A A;  1UGE A;  3KNE A;  3UYQ A;  1FR4 A;  4L5W A;  1CNG A;  3ZP9 A;  1F2W A;  4PQ7 A;  3KIG A;  4MLX A;  5EOI A;  1I8Z A;  2NWO A;  2FOV A;  3BL0 A;  3MZC A;  4LU3 A;  3CA2 A;  1CNJ A;  2VVB X;  4YX4 A;  5SZ2 A;  1HEA A;  2Q38 A;  3F4X A;  4KP5 A;  2HKK A;  1HUG A;  3U7C A;  4CQ0 A;  1OKL A;  2NWZ A;  1ZGE A;  2POW A;  3Q31 A;  1Z93 A;  5DSM A;  5FNM A;  1AVN A;  4KUY A;  1BNT A;  4YXI A;  4Q7P A;  5DSQ A;  2AX2 A;  5E28 A;  3V7X A;  4Q8Y A;  4CNV A;  4YVY A;  1V9E A;  5AMD A;  2HOC A;  5L6K A;  1YDC A;  5EHV A;  5DSJ A;  1G48 A;  3HFP A;  4QSB A;  5E5U A;  3TVO X;  4YGJ A;  5SZ4 A;  4QSJ A;  1UGF A;  3MWO A;  4Q07 A;  3U47 A;  2FNM A;  4RUZ A;  4FPT A;  1HCB A;  4Q90 A;  2NXR A;  2FOS A;  2WEG A;  3RYZ A;  4JSZ A;  4QIY A;  4Q81 A;  1FQR A;  3PYK A;  4CA2 A;  1RZE A;  4Q87 A;  2HD6 A;  1ZFQ A;  3TVN X;  3F7U A;  1BNU A;  4K1Q A;  4YHA A;  3N2P A;  2H15 A;  3DVC A;  3M1K A;  3P3H A;  2FW4 A;  5JQ0 A;  4Q83 A;  2FOY A;  1CVF A;  1KWQ A;  5AML A;  5FLT A;  1CAN A;  3K2F A;  3KOI A;  4QY3 A;  5DOH A;  3S71 B;  1KOP A;  1JCZ A;  1TEU X;  3MHL A;  3MNK A;  3P5A A;  4ZWI A;  4E9O X;  4RIU A;  1LG5 A;  1ZE8 A;  1OKM A;  1RJ5 A;  5E2M A;  1CAZ A;  1G46 A;  3DV7 A;  4YGL A;  1TEQ X;  1BV3 A;  1TG3 A;  2O4Z A;  1UGA A;  4PYY A;  4N16 A;  4FU5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3RG4A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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