3SBH | Genus

Total Genus 78

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	259
structure length	259
Chain Sequence	SHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__339623592851816__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__339623592851816__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3SBH/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__339623592851816__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"339623592851816","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3SBH/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__339623592851816__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Design of [(2-pyrimidinylthio)acetyl]benzenesulfonamides as inhibitors of human carbonic anhydrases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	78
structure length	259
sequence length	259
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2011-06-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3sbhA00

5JQ0A 2CA2A 3QYKA 4MTYA 3RZ5A 4Q90A 2NWPA 2NWYA 1ZSAA 3MDZA 1CNCA 5EHVA 3N2PA 1I9NA 1AVNA 5JQTA 1BZMA 1FLJA 1ZGEA 3N4BA 4ZX0A 1FQLA 2EU2A 1CRAA 3UYQA 3IGPA 5DSRA 3ML2A 4XIXA 5SZ4A 3MWOA 3SAXA 1UGBA 2FOSA 1ZSBA 3RYXB 1RZEA 4ZWZA 3U47A 3C7PA 3GZ0A 1CNGA 1RAYA 3M2YA 2H15A 1ZFKA 5FL4A 4Q87A 3EFIA 1YO0A 4KAPA 5E5RA 3BL1A 3HLJA 4Q7PA 5JEGB 2X7TA 5CLUA 5E5UA 2EU3A 5JESB 1I9OA 9CA2A 5CACA 1G0EA 1G54A 3DVCA 1G4JA 4WUQA 4XIWA 2NNOA 4YVYA 3RZ7A 1I8ZA 1LGDA 5JEPB 4KUWA 4ZWIA 5DVXA 5FDIA 1BNWA 3HKQA 5SZ7A 1XQ0A 1HEDA 2WEGA 4QK2A 3F7BA 4MDGA 4Z1NA 3DCSA 1CAOA 3N3JA 1HVAA 1YDBA 4E49A 1CAZA 3L14A 3T85A 4QJWA 3BL0A 1UGGA 4ZWXA 5DSIA 3FE4A 3V3FA 1HUHA 4WL4A 1JD0A 4HF3A 2HFWA 1CZMA 5G0CA 4E3DA 1AM6A 1CCSA 3M67A 4QSAA 3OIMA 3RYZA 4YWPA 4YXOA 1TB0X 3S75B 3W6IA 2FMGA 4JSWA 3OILA 2CBDA 4Q0LA 3V3IB 4G7AA 4RIVA 1TTMA 1RZAA 4Q09A 5G0BA 3DAZA 1I9MA 1CVDA 3KIGA 5EKHA 1HUGA 1CAKA 1IF8A 1FR7A 5SZ3A 2NWZA 1TEQX 1Z9YA 1XPZA 4MLXA 3UYNA 4WW6A 4L5VA 1CVFA 1IF6A 3IBUA 3MHMA 3MNJA 4PXXA 4IWZA 5DSKA 1CNXA 3P4VA 1CNKA 5G03A 1CVHA 1HCAA 4ZWYA 2X7SA 4DZ7A 2NWOA 4BF6A 2FNKA 3JXGA 5E28A 4Q6EA 4WR7A 1TG3A 4Z1JA 3RZ1B 3S77B 4QSIA 1YDCA 1IF4A 4HT2A 5FNLA 5DSJA 1IF7A 1OKMA 2F14A 3MMFA 4K1QA 4G0CA 5FL5A 3IBNA 3EFTA 1CNJA 2FW4A 3S73B 1THKA 3M1WA 4Q8YA 3M5SA 4M2RA 3DC3A 1ZFQA 3NB5A 3OY0A 2HKKA 5FNGA 3S74B 2Q38A 5E2SA 5SZ1A 2X7UA 1ZH9A 1Y7WA 2OSMA 4RN4A 4Q49A 1CINA 1CVAA 3S71B 5IPZA 1G46A 4YHAA 4HEZA 4Q78A 3S78B 2CBCA 1FSRA 3OYSA 5C8IA 5SZ6A 4FU5A 5EH8A 5A6HA 1CILA 3CA2A 1BNMA 1AZMA 5FNJA 1OKLA 2NN1A 3KWAA 3MNKA 3Q31A 3P58A 4N16A 1CAMA 1KOQA 2Q1BA 3DC9A 2CBBA 1I91A 3ZP9A 3V2JA 4QJMA 5G01A 3HFPA 1CCTA 3OYQA 3KLDB 4LU3A 1CNHA 2CABA 3M1QA 4FPTA 4M2VA 4CNVA 1DMXA 3JXHC 5JG3B 4K0TA 3DV7A 3S97A 3MYQA 4TWLA 1CNYA 5FNKA 4RFCA 5L6KA 4QEFA 4IDRX 3KS3A 1G1DA 4YGFA 3SAPA 5SZ2A 1H9NA 4Q9YA 5A25A 5AMLA 1RAZA 5JEHB 1OKNA 5CJFA 3M14A 2WEJA 1IF5A 2Q1QA 1G6VA 1G45A 4E9OX 2GD8A 1CA3A 2WD3A 1CIMA 5HPJA 5FLQA 4DZ9A 2HD6A 1KWQA 5E2KA 1EOUA 5BRWA 3OKUA 2NN7A 5DOGA 4QJOA 1FR4A 4ILXA 4UOVA 1BN3A 3T84A 2NNVA 2WEHA 1Z97A 3BETA 3KOKA 1CVEA 3F4XA 3M5TA 4LP6A 5SZ0A 3M96A 4RH2A 3NI5A 1G3ZA 3B1BA 4WW8A 1DCAA 3D8WA 1G53A 3OIKA 4KNJA 1I90A 5FLTA 1ZGFA 2QOAA 1G4OA 4Z0QA 1RZDA 3DD0A 1A42A 1HEBA 1JV0A 2ZNCA 3LXEA 4YX4A 5JG5B 2HNCA 5FLOA 4MO8A 4YXUA 4XE1A 1BNTA 4C3TA 3P3HA 3MHLA 1RZBA 4R5AA 3CYUA 4CNRA 2NXRA 4ZX1A 3S72B 4XFWA 4TWMA 3R17B 4QIYA 1I9PA 4FL7A 5CA2A 4Q07A 1MOOA 4Z1EA 3MNIA 2CBEA 3B4FA 4RFDA 5L3OA 4YGNA 1CAIA 3T83A 1V9EA 3ML5A 3MHIA 4QJXA 4YGKA 3IEOA 4JSZA 4L5WA 4M2UA 4HEWA 3W6HA 1DMYA 1HEAA 4YXIA 5EKJA 2POUA 4Z1KA 4BCWA 3P3JA 1URTA 5E2NA 5DSLA 1HECA 3HKTA 4QSJA 3IBLA 1LG5A 1YO2A 1H9QA 4XZ5A 4MDMA 3P5AA 3RYJB 1XEVA 2AX2A 4K0ZA 5EOIA 4MDLA 1CA2A 2VVBX 2O4ZA 3RZ0B 3TMJA 2FMZA 3V7XA 3D9ZA 3RGEA 3M5EA 1CVBA 2FOVA 3K2FA 1CNBA 5DSMA 4KNIA 3P44A 5JGSB 4Q8XA 5FNIA 5FDCA 4L5UA 4ZAOA 3RZ8A 2NXTA 2WD2A 3RJ7A 4HU1A 5BRVA 1CAHA 6CA2A 4PZHA 1CVCA 1TE3X 3K7KA 3TVOX 2HL4A 5J8ZA 3N0NA 4KP5A 2QP6A 4WUPA 4FRCA 4RUYA 1YO1A 2NNSA 1J9WA 3KKXA 4YGJA 1FQNA 1BV3A 2NNGA 1BNUA 1RZCA 4QSBA 5FLSA 5AMGA 1LUGA 1JCZA 1TEUX 1F2WA 4R5BA 3PYKA 5EHWA 3M2XA 3MZCA 2OSFA 3MNHA 3SBHA 3NJ9A 2IT4A 5DRSA 1BNQA 4QIZA 5SZ5A 1BN1A 12CAA 3U3AX 3JXFA 3S9TA 3D0NA 3M2ZA 4Q7SA 4Q08A 4RUZA 1KOPA 3DVBA 5DOHA 5JDVB 4N0XB 4COQA 4M2WA 5BYIA 5JGTB 1ZNCA 3CAJA 1YDAA 2FOQA 1CAYA 2FOUA 1MUAA 4LHIA 4E3GA 4PYYA 1T9NA 4CACA 5FLRA 3T5UA 1TBTX 2POVA 4GL1X 3M98A 2ILIA 1DCBA 4HEYA 1BCDA 1OQ5A 4KNMA 1YDDA 1ZSCA 1I9QA 3RYVB 4E5QA 1FSQA 3M40A 1UGEA 4X5SA 5EH7A 2GEHA 4KUYA 4ETQC 3RG3A 3V3JA 2NXSA 3MNUA 1LZVA 3S8XA 1FQMA 5EKMA 3IBIA 1FQRA 5FNMA 2QO8A 4QK3A 3U7CA 1BICA 3D92A 5EIJA 3V2MA 3MHCA 3D93A 2H4NA 4KNNA 4Q81A 4Q7VA 4Q06A 3KOIA 3FW3A 3MHOA 4KUVA 1UGCA 4JS6A 3DBUA 1CAJA 1RJ6A 4Y0JA 3DCCA 1CNIA 3M04A 2FNNA 3TVNX 1HCBA 3V5GA 4PQ7A 4QK1A 3M3XA 4FVNA 4Q7WA 5DSPA 3K34A 5FNHA 1V9IC 4QTLA 4RUXA 3RYYA 4QJ0A 5E2RA 5BNLA 1LG6A 1G48A 3FFPX 3RG4A 4QJPA 1CALA 1CCUA 2VVAX 1IF9A 5DSOA 1UGFA 5BRUA 4RIUA 1XEGA 3SBIA 2W2JA 4Q8ZA 2NMXA 5LMDA 4CQ0A 1TH9A 3CZVA 4PYXA 3M2NA 4E3FA 3MNAA 1FSNA 3PJJA 3OKVA 3M1JA 3P55A 5DSQA 4Q83A 3V3HB 1UGAA 3T82A 1CNWA 1BNVA 1G0FA 4KP8A 2EZ7A 3VBDA 4CA2A 3DD8A 2WEOA 3F8EA 4Q6DA 4R59A 5E2MA 3RLDA 1UGDA 3IAIA 5DSNA 2POWA 1KWRA 4QY3A 1TG9A 4YYTA 5EZTX 2FOYA 1I9LA 1RJ5A 3KONA 3KNEA 3S76A 4ITOA 4HT0A 4MLTA 1BN4A 3DCWA 1G52A 3F7UA 5AMDA 3HKUA 3R16A 4YGLA 3HS4A 1Z93A 3M1KA 3PO6A 3DVDA 4HBAA 2FNMA 5EH5A 4CNXA 1CRMA 3HKNA 4KV0A 4E4AA 4K0SA 5FL6A 2HOCA 7CA2A 1KEQA 4ITPA 2AW1A 4FVOA 3T5ZA 3P5LA 1CANA 1ZE8A 2ABEA 4JSAA 1BNNA 1H4NA 5EHEA 4Q99A 3V3GB 4BF1A 4FIKA 4E3HA 8CA2A 2CBAA 4JSSA 3DA2A 4K13A 3U45X 5FLPA 3ZNCA 4CNWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5JQ0 A;  2CA2 A;  3QYK A;  4MTY A;  3RZ5 A;  4Q90 A;  2NWP A;  2NWY A;  1ZSA A;  3MDZ A;  1CNC A;  5EHV A;  3N2P A;  1I9N A;  1AVN A;  5JQT A;  1BZM A;  1FLJ A;  1ZGE A;  3N4B A;  4ZX0 A;  1FQL A;  2EU2 A;  1CRA A;  3UYQ A;  3IGP A;  5DSR A;  3ML2 A;  4XIX A;  5SZ4 A;  3MWO A;  3SAX A;  1UGB A;  2FOS A;  1ZSB A;  3RYX B;  1RZE A;  4ZWZ A;  3U47 A;  3C7P A;  3GZ0 A;  1CNG A;  1RAY A;  3M2Y A;  2H15 A;  1ZFK A;  5FL4 A;  4Q87 A;  3EFI A;  1YO0 A;  4KAP A;  5E5R A;  3BL1 A;  3HLJ A;  4Q7P A;  5JEG B;  2X7T A;  5CLU A;  5E5U A;  2EU3 A;  5JES B;  1I9O A;  9CA2 A;  5CAC A;  1G0E A;  1G54 A;  3DVC A;  1G4J A;  4WUQ A;  4XIW A;  2NNO A;  4YVY A;  3RZ7 A;  1I8Z A;  1LGD A;  5JEP B;  4KUW A;  4ZWI A;  5DVX A;  5FDI A;  1BNW A;  3HKQ A;  5SZ7 A;  1XQ0 A;  1HED A;  2WEG A;  4QK2 A;  3F7B A;  4MDG A;  4Z1N A;  3DCS A;  1CAO A;  3N3J A;  1HVA A;  1YDB A;  4E49 A;  1CAZ A;  3L14 A;  3T85 A;  4QJW A;  3BL0 A;  1UGG A;  4ZWX A;  5DSI A;  3FE4 A;  3V3F A;  1HUH A;  4WL4 A;  1JD0 A;  4HF3 A;  2HFW A;  1CZM A;  5G0C A;  4E3D A;  1AM6 A;  1CCS A;  3M67 A;  4QSA A;  3OIM A;  3RYZ A;  4YWP A;  4YXO A;  1TB0 X;  3S75 B;  3W6I A;  2FMG A;  4JSW A;  3OIL A;  2CBD A;  4Q0L A;  3V3I B;  4G7A A;  4RIV A;  1TTM A;  1RZA A;  4Q09 A;  5G0B A;  3DAZ A;  1I9M A;  1CVD A;  3KIG A;  5EKH A;  1HUG A;  1CAK A;  1IF8 A;  1FR7 A;  5SZ3 A;  2NWZ A;  1TEQ X;  1Z9Y A;  1XPZ A;  4MLX A;  3UYN A;  4WW6 A;  4L5V A;  1CVF A;  1IF6 A;  3IBU A;  3MHM A;  3MNJ A;  4PXX A;  4IWZ A;  5DSK A;  1CNX A;  3P4V A;  1CNK A;  5G03 A;  1CVH A;  1HCA A;  4ZWY A;  2X7S A;  4DZ7 A;  2NWO A;  4BF6 A;  2FNK A;  3JXG A;  5E28 A;  4Q6E A;  4WR7 A;  1TG3 A;  4Z1J A;  3RZ1 B;  3S77 B;  4QSI A;  1YDC A;  1IF4 A;  4HT2 A;  5FNL A;  5DSJ A;  1IF7 A;  1OKM A;  2F14 A;  3MMF A;  4K1Q A;  4G0C A;  5FL5 A;  3IBN A;  3EFT A;  1CNJ A;  2FW4 A;  3S73 B;  1THK A;  3M1W A;  4Q8Y A;  3M5S A;  4M2R A;  3DC3 A;  1ZFQ A;  3NB5 A;  3OY0 A;  2HKK A;  5FNG A;  3S74 B;  2Q38 A;  5E2S A;  5SZ1 A;  2X7U A;  1ZH9 A;  1Y7W A;  2OSM A;  4RN4 A;  4Q49 A;  1CIN A;  1CVA A; 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 5SZ0 A;  3M96 A;  4RH2 A;  3NI5 A;  1G3Z A;  3B1B A;  4WW8 A;  1DCA A;  3D8W A;  1G53 A;  3OIK A;  4KNJ A;  1I90 A;  5FLT A;  1ZGF A;  2QOA A;  1G4O A;  4Z0Q A;  1RZD A;  3DD0 A;  1A42 A;  1HEB A;  1JV0 A;  2ZNC A;  3LXE A;  4YX4 A;  5JG5 B;  2HNC A;  5FLO A;  4MO8 A;  4YXU A;  4XE1 A;  1BNT A;  4C3T A;  3P3H A;  3MHL A;  1RZB A;  4R5A A;  3CYU A;  4CNR A;  2NXR A;  4ZX1 A;  3S72 B;  4XFW A;  4TWM A;  3R17 B;  4QIY A;  1I9P A;  4FL7 A;  5CA2 A;  4Q07 A;  1MOO A;  4Z1E A;  3MNI A;  2CBE A;  3B4F A;  4RFD A;  5L3O A;  4YGN A;  1CAI A;  3T83 A;  1V9E A;  3ML5 A;  3MHI A;  4QJX A;  4YGK A;  3IEO A;  4JSZ A;  4L5W A;  4M2U A;  4HEW A;  3W6H A;  1DMY A;  1HEA A;  4YXI A;  5EKJ A;  2POU A;  4Z1K A;  4BCW A;  3P3J A;  1URT A;  5E2N A;  5DSL A;  1HEC A;  3HKT A;  4QSJ A;  3IBL A;  1LG5 A;  1YO2 A;  1H9Q A;  4XZ5 A;  4MDM A;  3P5A A;  3RYJ B;  1XEV A;  2AX2 A;  4K0Z A;  5EOI A;  4MDL A;  1CA2 A;  2VVB X;  2O4Z A;  3RZ0 B;  3TMJ A;  2FMZ A;  3V7X A;  3D9Z A;  3RGE A;  3M5E A;  1CVB A;  2FOV A;  3K2F A; 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3SBHA

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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