3U47 | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLALLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__732911680461132__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__732911680461132__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3U47/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__732911680461132__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"732911680461132","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3U47/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__732911680461132__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural modification of the hydrophobic pocket of Human Carbonic Anhydrase II rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	73
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2011-10-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3u47A00

2FNKA 3RYYA 4M2RA 4CACA 1G53A 4WL4A 4PQ7A 5A6HA 8CA2A 1CA3A 3M67A 2X7TA 4X5SA 1ZE8A 4QJMA 5SZ6A 4FVNA 5SZ3A 1G4JA 4L5WA 3T83A 1ZGEA 1KOQA 3OKVA 4QJXA 2CA2A 4KUVA 4CNRA 5SZ7A 5JG3B 2VVAX 3MHIA 5BYIA 1KOPA 5E5UA 3KNEA 1ZFKA 5DOGA 3TVOX 2WEGA 3M5TA 3T85A 3M40A 4FL7A 2EU2A 1Z97A 2H15A 4HEYA 4MLTA 4RUXA 3RG3A 4WW8A 1CCUA 1ZH9A 4JSSA 3JXHC 3KS3A 4QEFA 1FR4A 3M96A 4Q8XA 3FW3A 3K7KA 5EKJA 1G1DA 4HT2A 3SBHA 1G45A 4YXIA 4WW6A 3M1KA 2ILIA 1TBTX 1HEAA 5G01A 1JV0A 5JQ0A 1CAMA 3MZCA 3DD0A 3DC9A 3V5GA 1CVAA 3HFPA 5L6KA 4FIKA 5E2KA 3EFTA 4WR7A 3S75B 1BNQA 4HEWA 3M1QA 1MOOA 3KOIA 3CZVA 3SAPA 4KUYA 1G3ZA 1I9PA 1TEQX 4E3FA 4R5BA 2HD6A 3HKNA 3M2ZA 1FQLA 3MNUA 4Q8ZA 1UGCA 4KP5A 4QSAA 1I8ZA 1CILA 3HKTA 2NNGA 2QP6A 1YO1A 3DVDA 3DVBA 4K0ZA 3IGPA 9CA2A 3V2JA 1KWRA 4KUWA 1DCAA 3V3FA 2GD8A 3N3JA 1TTMA 3DVCA 3U7CA 1MUAA 3FFPX 3CYUA 2POWA 4XFWA 4QK1A 1V9IC 1G46A 1H9QA 2VVBX 5BRVA 2HL4A 5BRUA 3RYXB 2O4ZA 4Q83A 3R17B 1HUHA 2H4NA 3B4FA 3ML2A 3RG4A 4QJPA 5EHVA 2NXTA 3EFIA 4ZWXA 1RZAA 2QOAA 3W6HA 5FL4A 1BN4A 4K0TA 1CAYA 5FL6A 1UGFA 3MNIA 3S71B 5EH8A 1BN1A 1RZBA 4RIUA 3DAZA 2WEHA 2FMGA 3K2FA 4XIWA 5DSMA 4ZWZA 4Q7SA 4YGNA 1AM6A 3UYNA 1CCSA 3F7UA 5JESB 5DSOA 4WUPA 3S78B 1Y7WA 3MNJA 2X7SA 3DV7A 2F14A 3M04A 5LMDA 4Q87A 1TG9A 3S74B 3V3GB 3L14A 3RYVB 2AX2A 2NNOA 1I9LA 1RZDA 4G7AA 3DC3A 3MHMA 12CAA 4FU5A 5CLUA 3RZ8A 3S97A 4QK3A 3MYQA 3F7BA 4Q49A 3BETA 1G0EA 3OYSA 3N4BA 1TE3X 1FLJA 1CAZA 1TEUX 1I9NA 2HFWA 3P55A 4BCWA 1JCZA 3NI5A 1AZMA 3CAJA 3R16A 3KONA 4Z0QA 1CNKA 5FNLA 3IBLA 4N16A 2HOCA 1CNCA 2WEJA 5FLOA 3T84A 4QSJA 3OIKA 4M2VA 2NWPA 1UGAA 3DCWA 1XQ0A 4Z1EA 2ZNCA 3ZNCA 2CBDA 5J8ZA 3SAXA 4JSAA 1DCBA 5FLSA 3T5ZA 3IBUA 3M5SA 1CAIA 1YDDA 1OKNA 4MDGA 5EKHA 1IF4A 2NN1A 5DSPA 3PYKA 3JXGA 1KWQA 3DCSA 4M2UA 4E4AA 5FNKA 1I9QA 3C7PA 4Z1NA 2EZ7A 5FNMA 3M5EA 5DSQA 1Z93A 2EU3A 3V3IB 1HEDA 4WUQA 2W2JA 5E2MA 1CANA 1CVFA 1G48A 1G54A 5EZTX 5IPZA 5JDVB 3RJ7A 1IF7A 4ZWYA 1LUGA 2IT4A 1H9NA 5DSLA 2NN7A 3ML5A 5G0CA 3ZP9A 4Q99A 2FOQA 4M2WA 4YYTA 2Q1BA 4IWZA 1DMYA 3P5AA 4YGJA 5SZ4A 3W6IA 3HKUA 5FNJA 3VBDA 1BCDA 4L5UA 1BNUA 4XIXA 1BNWA 3S72B 3V3HB 1CAOA 2CBBA 3NJ9A 4G0CA 3V2MA 4BF1A 4E3GA 1FR7A 4QTLA 4Q08A 3M14A 1I9MA 2QO8A 5FNGA 1CAJA 4Q07A 3CA2A 3K34A 4Q9YA 3MNAA 3D0NA 5L3OA 5JEGB 1BICA 2FOSA 1IF9A 5DSRA 1HUGA 3RLDA 3T82A 1CZMA 1ZSCA 3KWAA 2FOYA 3M1WA 5CACA 4Q0LA 5A25A 4RFCA 2WD3A 5JG5B 4ETQC 2HNCA 1CNIA 3GZ0A 3MHCA 4GL1X 3V7XA 4Y0JA 4C3TA 2POVA 1DMXA 1BNVA 1AVNA 2X7UA 4R59A 3RZ7A 1IF8A 3M2NA 1LG6A 4RFDA 1BNTA 3P4VA 1G0FA 2NWYA 3U45X 3U47A 1UGGA 4K13A 1LGDA 5BRWA 5DSKA 3MMFA 4RUZA 4CNWA 5FLTA 1FSRA 1YO2A 5CJFA 1I91A 5DSIA 3IEOA 1TG3A 4QIZA 5E2RA 1J9WA 3MNKA 1RAZA 3RZ1B 4QSIA 4Q7PA 1UGBA 1TB0X 1OKMA 5JGTB 3RYZA 4Q7WA 3PJJA 4QSBA 3M2XA 5G0BA 5JQTA 1I9OA 4E49A 5FDIA 1THKA 3OYQA 4PYXA 1G4OA 1RJ5A 4HEZA 1BV3A 3DBUA 4E3DA 5SZ2A 4ZAOA 3HKQA 5C8IA 4FVOA 5DSJA 2CBAA 4R5AA 2GEHA 1CALA 3BL1A 1XPZA 3D8WA 5FNIA 3TVNX 1CAKA 4YVYA 2WEOA 1FSNA 4ITPA 4KNMA 2NNSA 1CVCA 4K0SA 4Q6DA 4CQ0A 4QY3A 5E5RA 3B1BA 2AW1A 4QIYA 4PXXA 1ZGFA 3M98A 5EH5A 3M3XA 1HCBA 4KAPA 4YHAA 5EHEA 5E28A 1RZEA 3MHLA 3IBIA 4YGFA 4MDLA 1FQNA 2CABA 5E2SA 4LHIA 1FSQA 4QK2A 5SZ1A 3P44A 4L5VA 4RIVA 4K1QA 1UGDA 3OILA 3P58A 4YGKA 5DOHA 3S77B 3T5UA 4FPTA 1CNYA 5AMDA 5JEPB 4ZX1A 4PYYA 5G03A 1RZCA 5SZ0A 1HEBA 3KIGA 5CA2A 3MNHA 3UYQA 3N0NA 2CBEA 3F4XA 4HBAA 5DSNA 1CNJA 1XEVA 1CIMA 3BL0A 3F8EA 4MLXA 4DZ9A 3HLJA 4JS6A 5FDCA 1CVEA 2FNNA 4Q8YA 1YDCA 3HS4A 5JGSB 1IF5A 1HECA 1H4NA 3P3HA 1CNGA 1IF6A 1CINA 5AMGA 4TWMA 6CA2A 3KKXA 4TWLA 4KV0A 3IBNA 5EHWA 5AMLA 3D92A 1T9NA 4RN4A 1G52A 3KLDB 4Q78A 5FLPA 1CNBA 3DD8A 4HT0A 1TH9A 4KNJA 2Q38A 4FRCA 3Q31A 2FW4A 3OY0A 1XEGA 1JD0A 3KOKA 1ZSBA 2CBCA 1Z9YA 4YXUA 3N2PA 4Q7VA 1HCAA 1ZNCA 4RH2A 4RUYA 1FQRA 1CA2A 4QJOA 5E2NA 1BZMA 1FQMA 3M2YA 4IDRX 3DCCA 4E5QA 3RGEA 4BF6A 4CA2A 4XZ5A 1CVBA 2FNMA 2NXSA 3DA2A 5FLRA 3QYKA 5EH7A 1BNNA 1CRAA 4MDMA 3OIMA 2POUA 1F2WA 3MDZA 4HF3A 4ZX0A 1OQ5A 1ZFQA 4JSZA 3NB5A 3S76A 2HKKA 4YWPA 1YO0A 4Q09A 4Z1KA 4Q6EA 5FL5A 1CVHA 2OSMA 1ZSAA 4UOVA 5EIJA 5HPJA 3LXEA 5FLQA 4DZ7A 1YDBA 3S8XA 1CNXA 3RZ5A 5SZ5A 3SBIA 5DRSA 4JSWA 5DVXA 7CA2A 3MWOA 3V3JA 1OKLA 1G6VA 4XE1A 2NNVA 3M1JA 4ITOA 4QJ0A 1V9EA 1RAYA 4LP6A 4Q06A 5FNHA 3P5LA 4CNXA 4YGLA 2WD2A 4LU3A 1EOUA 1HVAA 4HU1A 1CNHA 3JXFA 4E9OX 3PO6A 3S9TA 1BNMA 2Q1QA 2NWZA 1UGEA 2NXRA 4KNNA 2ABEA 5EOIA 4ZWIA 4ILXA 4KNIA 3S73B 4CNVA 4YXOA 2OSFA 3MHOA 1CVDA 2NWOA 1CAHA 5EKMA 4MTYA 1KEQA 4KP8A 2FOUA 5BNLA 1I90A 4QJWA 1BN3A 3RYJB 2FOVA 1A42A 3IAIA 3P3JA 4Q90A 4E3HA 3FE4A 4PZHA 4N0XB 1URTA 3D93A 4MO8A 1YDAA 4YX4A 2NMXA 4Z1JA 3U3AX 3OKUA 1LZVA 5JEHB 4Q81A 4COQA 3RZ0B 2FMZA 1CCTA 1CRMA 3D9ZA 1LG5A 1RJ6A 3TMJA 1CNWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FNK A;  3RYY A;  4M2R A;  4CAC A;  1G53 A;  4WL4 A;  4PQ7 A;  5A6H A;  8CA2 A;  1CA3 A;  3M67 A;  2X7T A;  4X5S A;  1ZE8 A;  4QJM A;  5SZ6 A;  4FVN A;  5SZ3 A;  1G4J A;  4L5W A;  3T83 A;  1ZGE A;  1KOQ A;  3OKV A;  4QJX A;  2CA2 A;  4KUV A;  4CNR A;  5SZ7 A;  5JG3 B;  2VVA X;  3MHI A;  5BYI A;  1KOP A;  5E5U A;  3KNE A;  1ZFK A;  5DOG A;  3TVO X;  2WEG A;  3M5T A;  3T85 A;  3M40 A;  4FL7 A;  2EU2 A;  1Z97 A;  2H15 A;  4HEY A;  4MLT A;  4RUX A;  3RG3 A;  4WW8 A;  1CCU A;  1ZH9 A;  4JSS A;  3JXH C;  3KS3 A;  4QEF A;  1FR4 A;  3M96 A;  4Q8X A;  3FW3 A;  3K7K A;  5EKJ A;  1G1D A;  4HT2 A;  3SBH A;  1G45 A;  4YXI A;  4WW6 A;  3M1K A;  2ILI A;  1TBT X;  1HEA A;  5G01 A;  1JV0 A;  5JQ0 A;  1CAM A;  3MZC A;  3DD0 A;  3DC9 A;  3V5G A;  1CVA A;  3HFP A;  5L6K A;  4FIK A;  5E2K A;  3EFT A;  4WR7 A;  3S75 B;  1BNQ A;  4HEW A;  3M1Q A;  1MOO A;  3KOI A;  3CZV A;  3SAP A;  4KUY A;  1G3Z A;  1I9P A;  1TEQ X;  4E3F A;  4R5B A;  2HD6 A;  3HKN A;  3M2Z A;  1FQL A;  3MNU A;  4Q8Z A;  1UGC A;  4KP5 A;  4QSA A;  1I8Z A;  1CIL A;  3HKT A;  2NNG A;  2QP6 A;  1YO1 A;  3DVD A;  3DVB A;  4K0Z A;  3IGP A;  9CA2 A;  3V2J A;  1KWR A;  4KUW A;  1DCA A;  3V3F A;  2GD8 A;  3N3J A;  1TTM A;  3DVC A;  3U7C A;  1MUA A;  3FFP X;  3CYU A;  2POW A;  4XFW A;  4QK1 A;  1V9I C;  1G46 A;  1H9Q A;  2VVB X;  5BRV A;  2HL4 A;  5BRU A;  3RYX B;  2O4Z A;  4Q83 A;  3R17 B;  1HUH A;  2H4N A;  3B4F A;  3ML2 A;  3RG4 A;  4QJP A;  5EHV A;  2NXT A;  3EFI A;  4ZWX A;  1RZA A;  2QOA A;  3W6H A;  5FL4 A;  1BN4 A;  4K0T A;  1CAY A;  5FL6 A;  1UGF A;  3MNI A;  3S71 B;  5EH8 A;  1BN1 A;  1RZB A;  4RIU A;  3DAZ A;  2WEH A;  2FMG A;  3K2F A;  4XIW A;  5DSM A;  4ZWZ A;  4Q7S A;  4YGN A;  1AM6 A;  3UYN A;  1CCS A;  3F7U A;  5JES B;  5DSO A;  4WUP A;  3S78 B;  1Y7W A;  3MNJ A;  2X7S A;  3DV7 A;  2F14 A;  3M04 A;  5LMD A;  4Q87 A;  1TG9 A;  3S74 B;  3V3G B;  3L14 A;  3RYV B;  2AX2 A;  2NNO A;  1I9L A;  1RZD A;  4G7A A;  3DC3 A;  3MHM A;  12CA A;  4FU5 A;  5CLU A;  3RZ8 A;  3S97 A;  4QK3 A;  3MYQ A;  3F7B A;  4Q49 A;  3BET A;  1G0E A;  3OYS A;  3N4B A;  1TE3 X;  1FLJ A;  1CAZ A;  1TEU X;  1I9N A;  2HFW A;  3P55 A;  4BCW A;  1JCZ A;  3NI5 A;  1AZM A;  3CAJ A;  3R16 A;  3KON A;  4Z0Q A;  1CNK A;  5FNL A;  3IBL A;  4N16 A;  2HOC A;  1CNC A;  2WEJ A;  5FLO A;  3T84 A;  4QSJ A;  3OIK A;  4M2V A;  2NWP A;  1UGA A;  3DCW A;  1XQ0 A;  4Z1E A;  2ZNC A;  3ZNC A;  2CBD A;  5J8Z A;  3SAX A;  4JSA A;  1DCB A;  5FLS A;  3T5Z A;  3IBU A;  3M5S A;  1CAI A;  1YDD A;  1OKN A;  4MDG A;  5EKH A;  1IF4 A;  2NN1 A;  5DSP A;  3PYK A;  3JXG A;  1KWQ A;  3DCS A;  4M2U A;  4E4A A;  5FNK A;  1I9Q A;  3C7P A;  4Z1N A;  2EZ7 A;  5FNM A;  3M5E A;  5DSQ A;  1Z93 A;  2EU3 A;  3V3I B;  1HED A;  4WUQ A;  2W2J A;  5E2M A;  1CAN A;  1CVF A;  1G48 A;  1G54 A;  5EZT X;  5IPZ A;  5JDV B;  3RJ7 A;  1IF7 A;  4ZWY A;  1LUG A;  2IT4 A;  1H9N A;  5DSL A;  2NN7 A;  3ML5 A;  5G0C A;  3ZP9 A;  4Q99 A;  2FOQ A;  4M2W A;  4YYT A;  2Q1B A;  4IWZ A;  1DMY A;  3P5A A;  4YGJ A;  5SZ4 A;  3W6I A;  3HKU A;  5FNJ A;  3VBD A;  1BCD A;  4L5U A;  1BNU A;  4XIX A;  1BNW A;  3S72 B;  3V3H B;  1CAO A;  2CBB A;  3NJ9 A;  4G0C A;  3V2M A;  4BF1 A;  4E3G A;  1FR7 A;  4QTL A;  4Q08 A;  3M14 A;  1I9M A;  2QO8 A;  5FNG A;  1CAJ A;  4Q07 A;  3CA2 A;  3K34 A;  4Q9Y A;  3MNA A;  3D0N A;  5L3O A;  5JEG B;  1BIC A;  2FOS A;  1IF9 A;  5DSR A;  1HUG A;  3RLD A;  3T82 A;  1CZM A;  1ZSC A;  3KWA A;  2FOY A;  3M1W A;  5CAC A;  4Q0L A;  5A25 A;  4RFC A;  2WD3 A;  5JG5 B;  4ETQ C;  2HNC A;  1CNI A;  3GZ0 A;  3MHC A;  4GL1 X;  3V7X A;  4Y0J A;  4C3T A;  2POV A;  1DMX A;  1BNV A;  1AVN A;  2X7U A;  4R59 A;  3RZ7 A;  1IF8 A;  3M2N A;  1LG6 A;  4RFD A;  1BNT A;  3P4V A;  1G0F A;  2NWY A;  3U45 X;  3U47 A;  1UGG A;  4K13 A;  1LGD A;  5BRW A;  5DSK A;  3MMF A;  4RUZ A;  4CNW A;  5FLT A;  1FSR A;  1YO2 A;  5CJF A;  1I91 A;  5DSI A;  3IEO A;  1TG3 A;  4QIZ A;  5E2R A;  1J9W A;  3MNK A;  1RAZ A;  3RZ1 B;  4QSI A;  4Q7P A;  1UGB A;  1TB0 X;  1OKM A;  5JGT B;  3RYZ A;  4Q7W A;  3PJJ A;  4QSB A;  3M2X A;  5G0B A;  5JQT A;  1I9O A;  4E49 A;  5FDI A;  1THK A;  3OYQ A;  4PYX A;  1G4O A;  1RJ5 A;  4HEZ A;  1BV3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3U47A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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