3D9ZA

Use of carbonic anhydrase ii, ix active-site mimic, for the purpose of screening inhibitors for possible anti-cancer properties
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
Knots found
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Design of a carbonic anhydrase IX active-site mimic to screen inhibitors for possible anticancer properties
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Lyase
molecule keywords Carbonic anhydrase 2
total genus 76
structure length 257
sequence length 257
other databases KnotProt 2.0: S +31
ec nomenclature ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date 2008-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00194 Carb_anhydrase Eukaryotic-type carbonic anhydrase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.200.10 Alpha Beta Roll Carbonic Anhydrase II Alpha carbonic anhydrase 3d9zA00
4L5VA 2CBEA 3V2JA 1G54A 4PZHA 3OILA 1G3ZA 1UGAA 5DOHA 3M1WA 1BN4A 3CZVA 5HPJA 4QK3A 1TTMA 3M96A 3IGPA 4XE1A 2NNVA 4Q78A 5JQ0A 3M14A 5A25A 4CNRA 3MHIA 4QJ0A 1RZEA 1BNWA 5SZ3A 4JSAA 5FLQA 1HCBA 2NXSA 2NNGA 3RZ5A 5LMDA 3NB5A 1RJ6A 3R16A 4M2RA 1OKMA 5G0CA 4Z0QA 1I9LA 4ZWIA 1URTA 1I9QA 2EZ7A 4HEYA 1CINA 1OKLA 3MNAA 3T82A 3L14A 5CACA 3JXGA 4M2UA 2H15A 4Q99A 1LG6A 1H9QA 1HEBA 1CNBA 1RAZA 5FDIA 4KNMA 4E4AA 4QIYA 3KONA 1JV0A 4MDMA 3HLJA 5G03A 2OSMA 4Q6DA 1MUAA 3ZNCA 5SZ5A 1KWRA 4K1QA 1G1DA 1CVDA 1CALA 4ZX0A 4YWPA 3T5UA 1CCUA 1TEUX 1JCZA 4FRCA 4QK1A 1I9PA 1DMXA 3RZ7A 1IF9A 4KNNA 1G46A 3D93A 1BNMA 3F4XA 3S74B 1HUHA 2AX2A 4Q8XA 3UYNA 4K0TA 1RZAA 4KP8A 4ITPA 1CA2A 2QO8A 4E5QA 1I9NA 1YDBA 5L6KA 1G48A 3M1JA 4KV0A 2NWZA 3EFTA 4YGJA 1I9OA 1CIMA 3RLDA 4HBAA 4M2WA 4K0ZA 4KUVA 3V5GA 1CRAA 5E2NA 3F7UA 1CVHA 2POWA 1FR7A 1AVNA 3RYVB 3MYQA 1FSRA 4FU5A 1TE3X 5FNKA 5DSRA 4XIXA 6CA2A 4MTYA 1ZGFA 4E3FA 4DZ7A 4JSZA 2WEJA 4Q7WA 4XIWA 2NMXA 5AMGA 1CAKA 3P55A 3OY0A 3S8XA 5EH7A 1IF5A 4COQA 3MNKA 4MO8A 5JQTA 4CNXA 1HCAA 3DVCA 1LUGA 4PXXA 2WD3A 5DSOA 4E49A 1LG5A 3JXHC 3M2XA 2EU2A 5C8IA 4C3TA 2FNKA 1CANA 5E2RA 3EFIA 1Y7WA 4QEFA 5SZ4A 4Q90A 5DSJA 4XFWA 5A6HA 2GEHA 2IT4A 3RJ7A 3M40A 5DSPA 5SZ1A 2WD2A 1A42A 4QSBA 3OKUA 4E3HA 2NWYA 3M2YA 2F14A 1AM6A 1CA3A 2Q1QA 3S77B 3S97A 2QP6A 1LZVA 3OIMA 5FLSA 1FQNA 1ZH9A 4R59A 4QY3A 5FLPA 3FW3A 3P3JA 4Q6EA 1YO2A 3DD8A 3CAJA 4RFCA 3DBUA 4FVOA 5EH5A 4JSWA 1J9WA 3CYUA 3V2MA 1TEQX 4LP6A 1CZMA 1IF7A 1T9NA 1FSNA 2FNNA 3P4VA 3P58A 9CA2A 1FQLA 5EHWA 1RJ5A 5FL5A 5CA2A 5SZ6A 4KNIA 2POVA 2WEGA 5E2SA 5G0BA 5DSKA 3D8WA 4ZAOA 2FNMA 4RIUA 2W2JA 5JG5B 4WL4A 2NXTA 1UGBA 4FPTA 3M98A 1JD0A 7CA2A 1Z97A 1CNWA 1H9NA 1RZCA 1H4NA 4Q7PA 3D9ZA 3RG3A 4RH2A 3P3HA 1G52A 4FVNA 5FLTA 4ILXA 2ZNCA 1CAZA 3OIKA 4Q8YA 2WEOA 1RAYA 3RZ8A 3PJJA 4JSSA 5EOIA 3MHMA 4MDLA 3ZP9A 1FQRA 4YGLA 1CAJA 3K34A 3DAZA 3RG4A 3OKVA 1TG9A 3LXEA 5DSNA 5JG3B 4CA2A 4RUYA 2HL4A 5BRUA 1FR4A 3M67A 5FNLA 1RZDA 1F2WA 1CAYA 2WEHA 1XEVA 3R17B 4LU3A 3UYQA 3S72B 5BRVA 4KNJA 4BF1A 2HFWA 4Q83A 4WUPA 1LGDA 1ZNCA 3D0NA 5JEHB 4WW8A 4E9OX 3HKQA 4QSAA 1YO0A 5E2KA 3MZCA 3ML2A 1G0EA 2NN7A 2NNSA 4G7AA 5EKJA 3DC3A 3IBLA 4QJMA 5AMDA 1FSQA 4QJWA 3V3HB 4CNVA 1BNNA 1EOUA 1BNTA 1ZSBA 3N2PA 5FL6A 3D92A 3MHLA 3DCSA 4HT0A 4QIZA 1DMYA 5DSQA 4KUYA 3IBIA 3HS4A 2H4NA 2FMGA 4PYXA 1DCBA 1BNQA 4YXIA 3KKXA 4QTLA 4X5SA 2CBAA 1BN1A 2FMZA 2CBDA 3S75B 3DVDA 4ZWZA 1CAOA 1BCDA 4TWMA 3T84A 5DSIA 1RZBA 1YO1A 1UGGA 3IBNA 2NWOA 4QJXA 4ZWYA 2AW1A 5EHEA 3TVOX 5E5UA 1BV3A 5SZ0A 3M1KA 4Q87A 3U7CA 5EZTX 3HKTA 5L3OA 1BZMA 3KLDB 4YX4A 3HFPA 3MNIA 3KIGA 1XEGA 3BL1A 3SAPA 4YGFA 4KP5A 4IWZA 4G0CA 2NN1A 4KAPA 1HVAA 4YXOA 3DCWA 5BNLA 1CNGA 4PQ7A 2HD6A 4RFDA 1CVBA 1CNIA 3NI5A 3W6HA 3N3JA 3MHCA 2CBBA 1TB0X 5G01A 3V3JA 5E2MA 5CLUA 4CNWA 8CA2A 3B1BA 5FL4A 4ZX1A 5JESB 1IF8A 2FOQA 5SZ7A 1CNJA 4Q81A 5CJFA 1AZMA 4TWLA 4LHIA 1CAIA 1ZFKA 5FNGA 1CVAA 3BETA 1I9MA 1G6VA 1KEQA 4WR7A 3DD0A 4HU1A 4Q49A 2NNOA 1Z9YA 3KOKA 4IDRX 1BNUA 5E28A 5BYIA 3V7XA 5AMLA 1XQ0A 1G4OA 2X7TA 2ILIA 2FOVA 5JGTB 12CAA 3RGEA 1THKA 3M04A 5DOGA 2QOAA 3M5TA 1FQMA 3M5EA 3KWAA 3GZ0A 3F8EA 3SBHA 5DSMA 3U45X 1UGFA 3SAXA 4FIKA 3DVBA 3JXFA 3M3XA 4ETQC 4K0SA 4Q0LA 4BF6A 3M5SA 4K13A 4QJPA 4Z1EA 3RYJB 3OYSA 4Q7SA 1Z93A 2POUA 1MOOA 1ZSAA 3DCCA 3FFPX 2Q38A 5BRWA 3QYKA 5DVXA 4Y0JA 4QSJA 3P5LA 5EIJA 1OQ5A 3FE4A 4FL7A 4MDGA 5E5RA 5JDVB 4Q07A 1G0FA 3MNJA 2FOUA 1BNVA 4E3DA 4RUZA 3V3FA 3RYZA 1ZE8A 1V9IC 1BICA 1HEDA 5EKMA 4PYYA 5FNMA 4MLTA 3S78B 3MDZA 3NJ9A 5JEPB 1CCSA 3P44A 3B4FA 3IEOA 1IF4A 1I90A 4CACA 5SZ2A 1UGCA 3Q31A 1ZGEA 4E3GA 4L5UA 3KOIA 3DV7A 4M2VA 5EHVA 4BCWA 5JGSB 4Q08A 1ZSCA 5FNHA 3S71B 3TVNX 5JEGB 5FNJA 1CNXA 1XPZA 3MHOA 3V3IB 3TMJA 5EH8A 1HECA 4Q7VA 1YDCA 3ML5A 3N0NA 3S76A 4RUXA 1UGEA 3M2ZA 4ITOA 1UGDA 2HOCA 2Q1BA 4YYTA 4Q06A 5FNIA 3KNEA 1G4JA 2CA2A 2OSFA 3PO6A 5J8ZA 2VVBX 1CRMA 3M2NA 4RN4A 1FLJA 1CNYA 1CNKA 4N16A 2ABEA 2X7SA 1HEAA 4R5AA 1CILA 3C7PA 4HF3A 3N4BA 3IBUA 3T85A 3U47A 4MLXA 4WUQA 4ZWXA 3U3AX 1CAHA 1G45A 3T83A 3HKNA 4N0XB 4YGKA 3MNHA 1IF6A 1TG3A 1CNHA 2O4ZA 1CVEA 3IAIA 4YHAA 5DRSA 2CBCA 2FOSA 4Q9YA 3K2FA 3RYYA 2NWPA 3T5ZA 3K7KA 2FW4A 2NXRA 4RIVA 1TH9A 1DCAA 1CVCA 2CABA 3V3GB 1TBTX 3MWOA 4QSIA 1HUGA 1CAMA 3VBDA 4Q8ZA 2HNCA 4HEZA 4JS6A 2X7UA 5EKHA 3S73B 4YXUA 1YDAA 3MMFA 5DSLA 3F7BA 4YVYA 5IPZA 4GL1X 1I91A 4YGNA 4Z1NA 1KOPA 4DZ9A 3PYKA 3DA2A 1OKNA 3W6IA 3HKUA 5FLOA 1YDDA 3P5AA 4UOVA 5FLRA 1V9EA 2GD8A 4R5BA 1KOQA 2HKKA 4L5WA 4QJOA 3CA2A 3DC9A 1G53A 1CVFA 2VVAX 3OYQA 4HT2A 4Q09A 3SBIA 3RYXB 4CQ0A 3BL0A 5FDCA 4WW6A 3S9TA 1ZFQA 3RZ1B 4HEWA 1CNCA 1CCTA 4Z1JA 4KUWA 3RZ0B 2FOYA 1BN3A 4QK2A 1KWQA 2EU3A 4Z1KA 1I8ZA 4XZ5A 3M1QA 3KS3A 3MNUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4L5V A;  2CBE A;  3V2J A;  1G54 A;  4PZH A;  3OIL A;  1G3Z A;  1UGA A;  5DOH A;  3M1W A;  1BN4 A;  3CZV A;  5HPJ A;  4QK3 A;  1TTM A;  3M96 A;  3IGP A;  4XE1 A;  2NNV A;  4Q78 A;  5JQ0 A;  3M14 A;  5A25 A;  4CNR A;  3MHI A;  4QJ0 A;  1RZE A;  1BNW A;  5SZ3 A;  4JSA A;  5FLQ A;  1HCB A;  2NXS A;  2NNG A;  3RZ5 A;  5LMD A;  3NB5 A;  1RJ6 A;  3R16 A;  4M2R A;  1OKM A;  5G0C A;  4Z0Q A;  1I9L A;  4ZWI A;  1URT A;  1I9Q A;  2EZ7 A;  4HEY A;  1CIN A;  1OKL A;  3MNA A;  3T82 A;  3L14 A;  5CAC A;  3JXG A;  4M2U A;  2H15 A;  4Q99 A;  1LG6 A;  1H9Q A;  1HEB A;  1CNB A;  1RAZ A;  5FDI A;  4KNM A;  4E4A A;  4QIY A;  3KON A;  1JV0 A;  4MDM A;  3HLJ A;  5G03 A;  2OSM A;  4Q6D A;  1MUA A;  3ZNC A;  5SZ5 A;  1KWR A;  4K1Q A;  1G1D A;  1CVD A;  1CAL A;  4ZX0 A;  4YWP A;  3T5U A;  1CCU A;  1TEU X;  1JCZ A;  4FRC A;  4QK1 A;  1I9P A;  1DMX A;  3RZ7 A;  1IF9 A;  4KNN A;  1G46 A;  3D93 A;  1BNM A;  3F4X A;  3S74 B;  1HUH A;  2AX2 A;  4Q8X A;  3UYN A;  4K0T A;  1RZA A;  4KP8 A;  4ITP A;  1CA2 A;  2QO8 A;  4E5Q A; 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