3TMJA

Joint x-ray/neutron structure of human carbonic anhydrase ii at ph 7.8
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
Knots found
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Neutron Structure of Human Carbonic Anhydrase II: A Hydrogen-Bonded Water Network "Switch" Is Observed between pH 7.8 and 10.0.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Carbonic anhydrase 2
molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
total genus 77
structure length 258
sequence length 258
other databases KnotProt 2.0: S +31
ec nomenclature ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date 2011-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00194 Carb_anhydrase Eukaryotic-type carbonic anhydrase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.200.10 Alpha Beta Roll Carbonic Anhydrase II Alpha carbonic anhydrase 3tmjA00
1FQLA 1CVEA 2QO8A 4FVNA 2Q1BA 3JXGA 4Q8ZA 4Q7PA 4E3DA 4RFCA 1FQRA 5EKHA 3K2FA 3NB5A 3Q31A 2Q1QA 1CINA 3K7KA 1CRAA 3S97A 4ZWZA 1OQ5A 3OYQA 4QJPA 1G48A 1TBTX 3PJJA 3CYUA 5EKJA 1ZGFA 4TWLA 4Q09A 3V2JA 2CA2A 3DD0A 2NNSA 1YDAA 1AVNA 3KNEA 2NXTA 5FL6A 3N4BA 5JDVB 4G0CA 3MNIA 3DCSA 3OIMA 5SZ6A 1BICA 5FNHA 3RG3A 4COQA 4Y0JA 1CZMA 4RIUA 1DCAA 1H9NA 4WL4A 3ZP9A 4QK3A 1CAMA 4RH2A 1CVAA 3KWAA 1CNKA 1ZFQA 2FOYA 2W2JA 1DMXA 4XE1A 5AMGA 5E28A 4Q7WA 4YGJA 1LGDA 4XIXA 4YYTA 3DA2A 2ILIA 2FOUA 3EFTA 5DSKA 4DZ7A 4KP8A 1KWRA 4BF1A 2AW1A 3BL1A 3PO6A 1HUHA 3S74B 3V3IB 3DD8A 2NNGA 4K0TA 2POWA 4KAPA 1MUAA 3MNHA 4WUQA 1CNIA 4CNXA 1JCZA 3DC3A 3M67A 4KUWA 3U3AX 3SBHA 1CNJA 3FFPX 3CZVA 3OKUA 1KOPA 1UGGA 2FW4A 4Q99A 5EH5A 5FLSA 5G01A 3T84A 4E3FA 3GZ0A 3N0NA 4Q9YA 5A25A 1I90A 3IAIA 4ZX0A 2NNVA 3RYJB 3RJ7A 2VVBX 2FNNA 1I91A 4YXIA 4IDRX 1BNQA 1TH9A 4Z1JA 3OKVA 5E2SA 3KIGA 1OKNA 3P44A 4WW8A 3D0NA 2WEHA 1BZMA 1XEGA 3N3JA 5DVXA 3S9TA 5JQTA 4QSIA 1DCBA 1ZH9A 1G6VA 4RIVA 3R16A 5FDIA 6CA2A 3S78B 3VBDA 1CVBA 4MLTA 5EKMA 4JS6A 2X7TA 3V5GA 1CVHA 8CA2A 3IBIA 5DSNA 3RGEA 3C7PA 3ML5A 5CACA 5EZTX 3P3JA 3SAPA 3S73B 4E49A 4WW6A 1HCAA 3D92A 3F4XA 5AMDA 4CQ0A 5EHEA 1G53A 1FQNA 2NMXA 4QEFA 1CNBA 2H15A 5EH7A 3UYQA 1RZEA 3JXFA 1CALA 1CVFA 1ZNCA 3IBLA 3OYSA 4E3GA 5IPZA 1G4OA 3HLJA 1CANA 1YDDA 1IF5A 3RZ5A 4KNMA 4N16A 5CLUA 1BNMA 3V2MA 4MLXA 2HL4A 4ZX1A 3RZ0B 4Q78A 5SZ5A 1CVCA 3R17B 3LXEA 1CA3A 4ILXA 4Q08A 1ZFKA 5DSPA 3IEOA 5SZ3A 1TB0X 2WEOA 4DZ9A 3FE4A 4ITPA 3D8WA 1HEDA 4ZWYA 4L5VA 1RZCA 5E2NA 4Q7VA 5LMDA 3B1BA 4N0XB 1HUGA 3S76A 1URTA 1CAJA 2WEJA 4GL1X 1LZVA 3OILA 1ZE8A 1BNUA 2NN1A 1ZSCA 4QSJA 4HBAA 3T85A 2Q38A 4YGFA 1LG5A 1CCTA 4TWMA 5BRUA 1BN3A 4YXOA 4YWPA 1LG6A 3N2PA 2FNKA 1FQMA 1FSQA 1TG3A 4WUPA 1BCDA 4BCWA 5JGTB 1XPZA 3F8EA 4QJOA 4FU5A 2NWOA 4M2WA 3MHCA 4QJ0A 5SZ7A 1FR7A 3P58A 4YXUA 5JEHB 5FLTA 5JESB 4ETQC 4CA2A 1HEBA 3CA2A 3M1WA 2CBDA 3DCCA 2GEHA 1TEQX 1Y7WA 1T9NA 4Z1KA 5FNMA 4JSAA 4QJXA 4RUZA 4KV0A 5BYIA 1F2WA 3MMFA 1HEAA 4YGNA 3ZNCA 3V7XA 1HVAA 3HKUA 4WR7A 1TG9A 1XQ0A 1BNNA 5EHVA 4FL7A 3M5EA 2IT4A 1LUGA 2QOAA 1BNVA 3QYKA 1G54A 1RZAA 3MYQA 4E4AA 5E5UA 5E2RA 4KNNA 5FLPA 2NXRA 3KONA 1BNWA 4QIYA 1Z9YA 2FNMA 4QK1A 3M1JA 2X7UA 3D93A 1RJ6A 5JG5B 3DC9A 4K0SA 3M5TA 5DSQA 3UYNA 1ZSAA 1TEUX 3HKQA 1CIMA 4L5WA 4Q6EA 3P5LA 3L14A 1I9QA 3M98A 5FL4A 5BNLA 3CAJA 4QK2A 1Z93A 4QY3A 3F7UA 4K1QA 1RAYA 3V3JA 4R59A 5CA2A 5SZ1A 1AZMA 1H9QA 3PYKA 4RUXA 4CACA 3U45X 3HFPA 2VVAX 4XFWA 1G0EA 5G0BA 3BL0A 4ZWXA 3DVBA 3P55A 4E5QA 4KUVA 2NWYA 3RZ1B 1UGDA 1MOOA 3MHMA 3MWOA 3RG4A 1CAKA 5DSIA 1CNWA 2FMZA 4HEWA 4LP6A 1OKLA 4PZHA 3V3HB 2FMGA 1CNCA 1XEVA 4Q7SA 4Q8YA 1A42A 3IGPA 4JSZA 2ABEA 2POVA 4KP5A 3KS3A 4RFDA 5FNJA 3IBUA 5BRVA 1AM6A 1CNYA 5FNLA 1FSRA 1KEQA 1I9MA 2NNOA 1CA2A 4QIZA 4K0ZA 2H4NA 1CRMA 3RZ8A 1TTMA 4K13A 5L3OA 5DSJA 5JEPB 4MTYA 3F7BA 1HCBA 5G03A 2CBCA 4Q83A 5L6KA 4XZ5A 3EFIA 5EOIA 1CAIA 4KNIA 1YDCA 2FOQA 3JXHC 3S77B 1IF4A 3T82A 1UGCA 3SAXA 1FR4A 5DSRA 3D9ZA 3MNKA 2OSFA 2CBBA 4YX4A 1YO2A 3MHIA 5DOHA 1FSNA 3T5ZA 12CAA 3MNJA 1CCSA 4JSSA 5FLOA 7CA2A 4LU3A 1TE3X 3RZ7A 1FLJA 3RYZA 1CILA 4L5UA 4QJMA 1UGAA 4G7AA 4Q0LA 3V3FA 3HKNA 3BETA 3S75B 4FRCA 4Q06A 4HT0A 3M2XA 3MZCA 3S71B 1Z97A 2HOCA 1JD0A 3M2NA 1KWQA 1V9EA 3DAZA 3P4VA 1G4JA 1H4NA 1G3ZA 5JG3B 2NXSA 4PXXA 3MHLA 5E2KA 3HKTA 2HKKA 3DCWA 3M3XA 4Z1NA 3RYYA 5FNGA 5SZ2A 3U7CA 3KKXA 3RYVB 4Z0QA 3KLDB 2HD6A 4CNWA 1CVDA 2OSMA 5C8IA 3DBUA 4KUYA 1RJ5A 3TMJA 4R5BA 2EU3A 4LHIA 5BRWA 3DVDA 1I9OA 1IF6A 3MDZA 1CCUA 4E3HA 3T83A 4HT2A 2QP6A 1CNGA 5A6HA 4YGKA 2CBAA 5DSLA 1BNTA 1CAHA 4FIKA 4MDGA 1BN1A 4Q49A 1IF8A 1BV3A 3ML2A 3OIKA 4PQ7A 4Q8XA 1RZBA 4M2VA 4E9OX 3RLDA 5FNIA 3T5UA 5SZ4A 1RZDA 1YO0A 3KOIA 4MDLA 1CAOA 1THKA 1YDBA 4MO8A 5EIJA 3SBIA 4FVOA 1G45A 5J8ZA 3M2YA 5E5RA 4PYYA 1JV0A 2HNCA 1I9NA 4CNRA 1YO1A 4M2RA 4ITOA 4UOVA 3KOKA 3NJ9A 4MDMA 3V3GB 2WD3A 3DVCA 1CNXA 4Q6DA 1G1DA 5JQ0A 5EHWA 2X7SA 3IBNA 4HF3A 1EOUA 2ZNCA 2EU2A 4QSBA 3MNAA 4HEYA 5JGSB 5G0CA 3M14A 3P3HA 4ZAOA 1CAZA 2O4ZA 4RN4A 1J9WA 3RYXB 1G0FA 1G46A 4Q81A 1UGEA 3S72B 3NI5A 5AMLA 4QSAA 1BN4A 2WD2A 4JSWA 5FNKA 2AX2A 3M40A 4PYXA 3TVOX 1IF7A 4Q07A 2NWZA 4ZWIA 4Q90A 3M1QA 3W6HA 3P5AA 4YHAA 5SZ0A 2WEGA 5FL5A 3M2ZA 1I8ZA 4QJWA 4FPTA 2POUA 4BF6A 5DSMA 3OY0A 1G52A 1UGBA 2CBEA 3M96A 4HEZA 3TVNX 2HFWA 5HPJA 3MNUA 1DMYA 1KOQA 5EH8A 1I9PA 4XIWA 5FDCA 2GD8A 1V9IC 1IF9A 5JEGB 1OKMA 3HS4A 1ZGEA 2F14A 3W6IA 4YVYA 3M5SA 3S8XA 2EZ7A 4CNVA 5FLRA 3K34A 1UGFA 2NN7A 5DSOA 1HECA 1I9LA 3U47A 5FLQA 1RAZA 4IWZA 4HU1A 1ZSBA 3M1KA 4QTLA 2FOVA 3B4FA 4KNJA 4M2UA 2FOSA 3DV7A 4Q87A 4RUYA 1CAYA 3FW3A 2NWPA 1CNHA 2CABA 4C3TA 3M04A 4R5AA 3MHOA 4Z1EA 5E2MA 9CA2A 4X5SA 5DOGA 4YGLA 5CJFA 5DRSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1FQL A;  1CVE A;  2QO8 A;  4FVN A;  2Q1B A;  3JXG A;  4Q8Z A;  4Q7P A;  4E3D A;  4RFC A;  1FQR A;  5EKH A;  3K2F A;  3NB5 A;  3Q31 A;  2Q1Q A;  1CIN A;  3K7K A;  1CRA A;  3S97 A;  4ZWZ A;  1OQ5 A;  3OYQ A;  4QJP A;  1G48 A;  1TBT X;  3PJJ A;  3CYU A;  5EKJ A;  1ZGF A;  4TWL A;  4Q09 A;  3V2J A;  2CA2 A;  3DD0 A;  2NNS A;  1YDA A;  1AVN A;  3KNE A;  2NXT A;  5FL6 A;  3N4B A;  5JDV B;  4G0C A;  3MNI A;  3DCS A;  3OIM A;  5SZ6 A;  1BIC A;  5FNH A;  3RG3 A;  4COQ A;  4Y0J A;  1CZM A;  4RIU A;  1DCA A;  1H9N A;  4WL4 A;  3ZP9 A;  4QK3 A;  1CAM A;  4RH2 A;  1CVA A;  3KWA A;  1CNK A;  1ZFQ A;  2FOY A;  2W2J A;  1DMX A;  4XE1 A;  5AMG A;  5E28 A;  4Q7W A;  4YGJ A;  1LGD A;  4XIX A;  4YYT A;  3DA2 A;  2ILI A;  2FOU A;  3EFT A;  5DSK A;  4DZ7 A;  4KP8 A;  1KWR A;  4BF1 A;  2AW1 A;  3BL1 A;  3PO6 A;  1HUH A;  3S74 B;  3V3I B;  3DD8 A;  2NNG A;  4K0T A;  2POW A;  4KAP A;  1MUA A;  3MNH A;  4WUQ A;  1CNI A;  4CNX A;  1JCZ A;  3DC3 A;  3M67 A;  4KUW A;  3U3A X;  3SBH A;  1CNJ A;  3FFP X;  3CZV A;  3OKU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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