4COQ | Genus

Total Genus 67

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	67
sequence length	225
structure length	225
Chain Sequence	GAHWGYSGSIGPEHWGDLSPEYLMCKIGKNQSPIDINSADAVKACLAPVSVYYVSDAKYVVNNGHTIKVVMGGRGYVVVDGKRFYLKQFHFHAPSEHTVNGKHYPFEAHFVHLDKNGNITVLGVFFKVGKENPELEKVWRVMPEEPGQKRHLTARIDPEKLLPENRDYYRYSGSLTTPPCSEGVRWIVFKEPVEMSREQLEKFRKVMGFDNNRPVQPLNARKVMK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__264187745318046__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__264187745318046__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4COQ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__264187745318046__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"264187745318046","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4COQ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__264187745318046__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Thermovibrio ammonificans
publication title	The Structure of a Tetrameric [Alpha]-Carbonic Anhydrase from Thermovibrio Ammonificans Reveals a Core Formed Around Intermolecular Disulfides that Contribute to its Thermostability pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONATE DEHYDRATASE
total genus	67
structure length	225
sequence length	225
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2014-01-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4coqA00

3ML5A 1HCBA 5JESB 1RJ6A 1TH9A 4LU3A 4MDMA 4PZHA 3N4BA 1G1DA 5FL5A 4YWPA 5JEPB 3M3XA 2VVBX 1CNXA 5E5RA 1AVNA 2WEOA 3IBUA 4FIKA 2CA2A 4Q78A 4UOVA 4FU5A 2POUA 4Q6DA 1CIMA 5JG5B 1G0FA 3RYZA 3D0NA 1URTA 3RYYA 2NNOA 5AMDA 3P3JA 5C8IA 3V2JA 1CAKA 4Q08A 4ZX1A 3EFIA 3U47A 1EOUA 3M67A 4QJMA 3UYNA 3M1KA 3RLDA 3W6HA 4L5WA 5DSLA 3P5LA 4YGKA 1ZSAA 5CA2A 1HEDA 5DSQA 3RZ1B 1CALA 4BCWA 3RG4A 1G54A 3RZ5A 5L6KA 3F8EA 5SZ6A 3PJJA 3V7XA 1UGAA 2NNGA 2NWPA 5DSJA 5EHVA 1V9IC 2NWOA 5JG3B 1CVAA 1UGGA 3M2XA 3V2MA 5G01A 4RH2A 3NJ9A 1CRMA 4Q7PA 4E3DA 1YDBA 4FRCA 5JGTB 1H4NA 3OY0A 5JDVB 4KNNA 1UGFA 1G6VA 1FLJA 5J8ZA 1RAZA 3T84A 1CANA 5E2NA 4CNXA 1JD0A 3MNJA 4K0ZA 2VVAX 1YO1A 3P5AA 4HEZA 1ZFKA 2FMZA 4PYXA 5CJFA 4R59A 2IT4A 1IF9A 3S97A 3VBDA 3EFTA 3NI5A 5L3OA 4Q8XA 4FVOA 1OKLA 2FOQA 5EKJA 3RZ8A 1BN1A 1I9PA 4R5BA 2NXRA 5AMGA 1BNTA 4ZWXA 4BF6A 3ML2A 3TVOX 1CCTA 1UGDA 1Z9YA 1G4JA 4HT2A 3T85A 2GEHA 5EH5A 5BRWA 1CAZA 3N2PA 4TWLA 1IF4A 4K1QA 2HD6A 3MDZA 5DRSA 1RZCA 4Q83A 3PO6A 3S76A 4HEYA 3OYQA 1CNHA 3DA2A 1BNUA 3M04A 1FSNA 5DSMA 1ZSCA 4M2VA 4MLXA 4WW6A 3Q31A 4XZ5A 3KONA 4QEFA 3DD8A 3RZ7A 1CA3A 3S78B 1CAOA 1JCZA 4HU1A 3B1BA 1HUHA 5E2RA 5SZ0A 1DCAA 1F2WA 4G7AA 4YXIA 1MOOA 2WEJA 2WEHA 1HECA 4JS6A 4QSIA 3M1QA 2NN1A 4QTLA 3S8XA 1CAMA 3KKXA 3P4VA 3FE4A 4QK2A 4HF3A 3R16A 5JEGB 1BNNA 4KP5A 3P3HA 1BNWA 1H9QA 4JSSA 4X5SA 5A25A 5JEHB 3MMFA 2NMXA 1YDDA 1G46A 1UGBA 1XQ0A 4YGLA 9CA2A 3K2FA 2FOYA 3KOIA 4Q7WA 4ILXA 2NNVA 1I9MA 4M2UA 3TVNX 3OYSA 5EIJA 4RFDA 3S77B 4BF1A 4CQ0A 1KWRA 6CA2A 1RJ5A 4M2WA 1CNJA 4WUQA 2HFWA 1HCAA 1KWQA 1IF8A 2NXTA 5DVXA 5SZ7A 3M40A 1TB0X 3MHCA 3V3JA 1JV0A 2CBEA 4XIWA 5FDCA 8CA2A 5SZ4A 4MDLA 1G0EA 4QK1A 2HNCA 4WL4A 1T9NA 2QOAA 4KV0A 2CBCA 5G0CA 5DSOA 3N3JA 3JXHC 4E3FA 1DMYA 1UGCA 1I9OA 3M1WA 3N0NA 5EHEA 4Z0QA 2HKKA 3DCSA 5IPZA 1BV3A 3MNUA 3ZNCA 3DV7A 1HEAA 2CABA 2O4ZA 1TTMA 3M5TA 4XFWA 2HOCA 4MLTA 4DZ7A 5FNIA 3V3GB 1RZBA 5BRUA 5EH7A 4YYTA 1YO2A 1RZDA 4Q8ZA 3U3AX 2FNMA 1TBTX 4KAPA 3MHOA 3GZ0A 4CNRA 1I9QA 3D92A 4KNIA 4QIZA 1BNMA 1OKMA 3F7UA 3CA2A 1LG6A 2OSMA 2X7UA 4WUPA 5BYIA 5EHWA 3MNAA 1CAJA 2NN7A 7CA2A 4QJOA 3RYXB 4Z1EA 1AM6A 1CNYA 1FR7A 4Q09A 4Q9YA 3V3IB 1ZGFA 1V9EA 2X7TA 3D8WA 4JSAA 5E2SA 4WR7A 4LP6A 4N16A 1YDCA 1FSRA 3V5GA 3DC3A 5DSIA 1G48A 1KEQA 3BL1A 1FR4A 1YO0A 4Q49A 4ZWIA 2FNKA 3MHIA 3RYVB 3OILA 3S72B 3MHLA 3IBNA 5JQ0A 4RUYA 2FMGA 3S74B 4Q06A 4L5VA 4Q07A 3QYKA 3T5UA 1RZAA 4QSJA 5AMLA 4QK3A 1DCBA 5DOHA 5HPJA 4K0SA 5EKMA 2ABEA 4KNMA 5EOIA 5FDIA 1BICA 1TEUX 3IEOA 3P44A 3V3HB 1G52A 4PYYA 4N0XB 4HBAA 4ITOA 3OIMA 3KIGA 1LUGA 4FVNA 1CVCA 1CA2A 4DZ9A 3HLJA 3M96A 5FLTA 4Q90A 5BNLA 3DVDA 5DSKA 2FOUA 2FNNA 3S71B 3IGPA 4CNWA 5SZ1A 3IAIA 1FQRA 2QP6A 2AX2A 3HFPA 2AW1A 1Y7WA 4QJPA 1A42A 3W6IA 4MO8A 4TWMA 1G45A 4QSAA 3MNIA 1CCSA 1ZNCA 1LGDA 1CNWA 5DSPA 1THKA 5SZ2A 3M98A 4JSWA 5E2MA 1I8ZA 3HKQA 3DBUA 4QJWA 3MYQA 4ZWYA 1IF6A 2OSFA 2EU3A 4RIUA 5A6HA 4QIYA 3CYUA 1CVHA 4E3GA 5SZ5A 3M1JA 3D93A 4KNJA 4YVYA 4ZX0A 4Q87A 3DVCA 3T5ZA 3S9TA 1CRAA 2FW4A 3C7PA 3B4FA 4IDRX 5FLSA 5FNLA 3OIKA 4KUVA 5E2KA 4GL1X 4E3HA 3OKVA 1UGEA 2CBBA 4Q99A 3HKNA 3ZP9A 2FOVA 1I9LA 1TG9A 3M2NA 4YXOA 4COQA 1RZEA 3MZCA 4QSBA 4Z1JA 4C3TA 1CVFA 1ZH9A 1TE3X 3U7CA 3D9ZA 4FL7A 3T82A 2NWZA 3M5SA 5E5UA 3M2YA 3L14A 5JQTA 1I90A 4RN4A 3PYKA 12CAA 2H15A 4MTYA 1ZSBA 3IBIA 4FPTA 5DSRA 3F7BA 4LHIA 4MDGA 4RUZA 3CZVA 5EH8A 1CCUA 1I9NA 1FQNA 5G0BA 3KWAA 4Q7VA 1CNKA 1KOPA 3HKUA 1FSQA 1I91A 4Q7SA 3OKUA 1TG3A 3S73B 4Z1KA 1TEQX 4HT0A 4Q6EA 5EZTX 5G03A 4ZWZA 3KNEA 4KP8A 4ETQC 1BNQA 1CZMA 3FW3A 1CNBA 1LG5A 4E9OX 3DVBA 5FLRA 2EU2A 4ZAOA 1CAHA 5FL6A 2Q1QA 4XIXA 1CAIA 1Z97A 4QY3A 1IF5A 4R5AA 4CA2A 1ZE8A 4PXXA 1G3ZA 3S75B 1BZMA 3LXEA 3U45X 2F14A 1G53A 2POVA 3HKTA 5FLOA 4Q0LA 4PQ7A 3JXFA 1IF7A 3MHMA 1G4OA 1CNIA 1CVBA 5DSNA 1XEVA 3DCWA 3V3FA 4YHAA 1FQMA 4Q8YA 5FLQA 4M2RA 3M2ZA 5FLPA 3SBHA 4E5QA 5FNMA 1HUGA 1OQ5A 5FNJA 5JGSB 2H4NA 3P58A 1CVEA 4K13A 3RZ0B 3SAPA 5CLUA 4XE1A 3UYQA 1OKNA 3M5EA 3RGEA 2QO8A 3DC9A 1CNGA 2GD8A 4QJXA 1FQLA 5LMDA 1CINA 1BN4A 2NXSA 1BN3A 4YGJA 2CBDA 3P55A 1BNVA 1CVDA 2Q1BA 3MNKA 1DMXA 5CACA 1J9WA 2FOSA 1CILA 3IBLA 4YGNA 3DAZA 3T83A 4WW8A 4RFCA 1CAYA 1LZVA 5EKHA 3RJ7A 5FNGA 3NB5A 4E49A 3MWOA 3KOKA 4E4AA 2WEGA 4K0TA 1MUAA 5SZ3A 1HEBA 2X7SA 2POWA 4YGFA 3KLDB 3R17B 2ILIA 3DD0A 3BL0A 4L5UA 3CAJA 3SAXA 2WD3A 1XPZA 4KUWA 3K7KA 1ZFQA 3HS4A 3BETA 3F4XA 5FL4A 4QJ0A 4ITPA 4RIVA 4HEWA 3RG3A 2WD2A 1KOQA 3FFPX 1AZMA 4JSZA 4G0CA 1XEGA 2EZ7A 1BCDA 5FNHA 2Q38A 4Q81A 4Y0JA 4YX4A 1YDAA 5DOGA 5BRVA 4IWZA 2HL4A 5E28A 3KS3A 4CACA 4KUYA 1H9NA 4YXUA 1CNCA 2CBAA 4Z1NA 3TMJA 3MNHA 3K34A 3M14A 4RUXA 1RAYA 4CNVA 3SBIA 1HVAA 1Z93A 3DCCA 2ZNCA 3JXGA 5FNKA 1ZGEA 3RYJB 2NNSA 2W2JA 2NWYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ML5 A;  1HCB A;  5JES B;  1RJ6 A;  1TH9 A;  4LU3 A;  4MDM A;  4PZH A;  3N4B A;  1G1D A;  5FL5 A;  4YWP A;  5JEP B;  3M3X A;  2VVB X;  1CNX A;  5E5R A;  1AVN A;  2WEO A;  3IBU A;  4FIK A;  2CA2 A;  4Q78 A;  4UOV A;  4FU5 A;  2POU A;  4Q6D A;  1CIM A;  5JG5 B;  1G0F A;  3RYZ A;  3D0N A;  1URT A;  3RYY A;  2NNO A;  5AMD A;  3P3J A;  5C8I A;  3V2J A;  1CAK A;  4Q08 A;  4ZX1 A;  3EFI A;  3U47 A;  1EOU A;  3M67 A;  4QJM A;  3UYN A;  3M1K A;  3RLD A;  3W6H A;  4L5W A;  5DSL A;  3P5L A;  4YGK A;  1ZSA A;  5CA2 A;  1HED A;  5DSQ A;  3RZ1 B;  1CAL A;  4BCW A;  3RG4 A;  1G54 A;  3RZ5 A;  5L6K A;  3F8E A;  5SZ6 A;  3PJJ A;  3V7X A;  1UGA A;  2NNG A;  2NWP A;  5DSJ A;  5EHV A;  1V9I C;  2NWO A;  5JG3 B;  1CVA A;  1UGG A;  3M2X A;  3V2M A;  5G01 A;  4RH2 A;  3NJ9 A;  1CRM A;  4Q7P A;  4E3D A;  1YDB A;  4FRC A;  5JGT B;  1H4N A;  3OY0 A;  5JDV B;  4KNN A;  1UGF A;  1G6V A;  1FLJ A;  5J8Z A;  1RAZ A;  3T84 A;  1CAN A;  5E2N A;  4CNX A;  1JD0 A;  3MNJ A;  4K0Z A;  2VVA X;  1YO1 A;  3P5A A;  4HEZ A;  1ZFK A;  2FMZ A;  4PYX A;  5CJF A;  4R59 A;  2IT4 A;  1IF9 A;  3S97 A;  3VBD A;  3EFT A;  3NI5 A;  5L3O A;  4Q8X A;  4FVO A;  1OKL A;  2FOQ A;  5EKJ A;  3RZ8 A;  1BN1 A;  1I9P A;  4R5B A;  2NXR A;  5AMG A;  1BNT A;  4ZWX A;  4BF6 A;  3ML2 A;  3TVO X;  1CCT A;  1UGD A;  1Z9Y A;  1G4J A;  4HT2 A;  3T85 A;  2GEH A;  5EH5 A;  5BRW A;  1CAZ A;  3N2P A;  4TWL A;  1IF4 A;  4K1Q A;  2HD6 A;  3MDZ A;  5DRS A;  1RZC A;  4Q83 A;  3PO6 A;  3S76 A;  4HEY A;  3OYQ A;  1CNH A;  3DA2 A;  1BNU A;  3M04 A;  1FSN A;  5DSM A;  1ZSC A;  4M2V A;  4MLX A;  4WW6 A;  3Q31 A;  4XZ5 A;  3KON A;  4QEF A;  3DD8 A;  3RZ7 A;  1CA3 A;  3S78 B;  1CAO A;  1JCZ A;  4HU1 A;  3B1B A;  1HUH A;  5E2R A;  5SZ0 A;  1DCA A;  1F2W A;  4G7A A;  4YXI A;  1MOO A;  2WEJ A;  2WEH A;  1HEC A;  4JS6 A;  4QSI A;  3M1Q A;  2NN1 A;  4QTL A;  3S8X A;  1CAM A;  3KKX A;  3P4V A;  3FE4 A;  4QK2 A;  4HF3 A;  3R16 A;  5JEG B;  1BNN A;  4KP5 A;  3P3H A;  1BNW A;  1H9Q A;  4JSS A;  4X5S A;  5A25 A;  5JEH B;  3MMF A;  2NMX A;  1YDD A;  1G46 A;  1UGB A;  1XQ0 A;  4YGL A;  9CA2 A;  3K2F A;  2FOY A;  3KOI A;  4Q7W A;  4ILX A;  2NNV A;  1I9M A;  4M2U A;  3TVN X;  3OYS A;  5EIJ A;  4RFD A;  3S77 B;  4BF1 A;  4CQ0 A;  1KWR A;  6CA2 A;  1RJ5 A;  4M2W A;  1CNJ A;  4WUQ A;  2HFW A;  1HCA A;  1KWQ A;  1IF8 A;  2NXT A;  5DVX A;  5SZ7 A;  3M40 A;  1TB0 X;  3MHC A;  3V3J A;  1JV0 A;  2CBE A;  4XIW A;  5FDC A;  8CA2 A;  5SZ4 A;  4MDL A;  1G0E A;  4QK1 A;  2HNC A;  4WL4 A;  1T9N A;  2QOA A;  4KV0 A;  2CBC A;  5G0C A;  5DSO A;  3N3J A;  3JXH C;  4E3F A;  1DMY A;  1UGC A;  1I9O A;  3M1W A;  3N0N A;  5EHE A;  4Z0Q A;  2HKK A;  3DCS A;  5IPZ A;  1BV3 A;  3MNU A;  3ZNC A;  3DV7 A;  1HEA A;  2CAB A;  2O4Z A;  1TTM A;  3M5T A;  4XFW A;  2HOC A;  4MLT A;  4DZ7 A;  5FNI A;  3V3G B;  1RZB A;  5BRU A;  5EH7 A;  4YYT A;  1YO2 A;  1RZD A;  4Q8Z A;  3U3A X;  2FNM A;  1TBT X;  4KAP A;  3MHO A;  3GZ0 A;  4CNR A;  1I9Q A;  3D92 A;  4KNI A;  4QIZ A;  1BNM A;  1OKM A;  3F7U A;  3CA2 A;  1LG6 A;  2OSM A;  2X7U A;  4WUP A;  5BYI A;  5EHW A;  3MNA A;  1CAJ A;  2NN7 A;  7CA2 A;  4QJO A;  3RYX B;  4Z1E A;  1AM6 A;  1CNY A;  1FR7 A;  4Q09 A;  4Q9Y A;  3V3I B;  1ZGF A;  1V9E A;  2X7T A;  3D8W A;  4JSA A;  5E2S A;  4WR7 A;  4LP6 A;  4N16 A;  1YDC A;  1FSR A;  3V5G A;  3DC3 A;  5DSI A;  1G48 A;  1KEQ A;  3BL1 A;  1FR4 A;  1YO0 A;  4Q49 A;  4ZWI A;  2FNK A;  3MHI A;  3RYV B;  3OIL A;  3S72 B;  3MHL A;  3IBN A;  5JQ0 A;  4RUY A;  2FMG A;  3S74 B;  4Q06 A;  4L5V A;  4Q07 A;  3QYK A;  3T5U A;  1RZA A;  4QSJ A;  5AML A;  4QK3 A;  1DCB A;  5DOH A;  5HPJ A;  4K0S A;  5EKM A;  2ABE A;  4KNM A;  5EOI A;  5FDI A;  1BIC A;  1TEU X;  3IEO A;  3P44 A;  3V3H B;  1G52 A;  4PYY A;  4N0X B;  4HBA A;  4ITO A;  3OIM A;  3KIG A;  1LUG A;  4FVN A;  1CVC A;  1CA2 A;  4DZ9 A;  3HLJ A;  3M96 A;  5FLT A;  4Q90 A;  5BNL A;  3DVD A;  5DSK A;  2FOU A;  2FNN A;  3S71 B;  3IGP A;  4CNW A;  5SZ1 A;  3IAI A;  1FQR A;  2QP6 A;  2AX2 A;  3HFP A;  2AW1 A;  1Y7W A;  4QJP A;  1A42 A;  3W6I A;  4MO8 A;  4TWM A;  1G45 A;  4QSA A;  3MNI A;  1CCS A;  1ZNC A;  1LGD A;  1CNW A;  5DSP A;  1THK A;  5SZ2 A;  3M98 A;  4JSW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4COQA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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