4DZ7 | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5716765032716462__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5716765032716462__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4DZ7/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5716765032716462__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5716765032716462","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4DZ7/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5716765032716462__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03b32216b0e5dbb8aae983/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03b32216b0e5dbb8aae983/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03b32216b0e5dbb8aae983/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03b32216b0e5dbb8aae983/pdb.gz): 294 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	hCA II in complex with novel sulfonamide inhibitors Set D rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	73
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2012-02-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4dz7A00

3RYYA 3EFIA 1G46A 5HPJA 1BNWA 5BRUA 2FNKA 3OYQA 4QJXA 4BCWA 4Q8XA 3RYXB 5J8ZA 4E3HA 4HT2A 1G6VA 4CACA 4PQ7A 4HEZA 5EHEA 3D0NA 5BRWA 3DD0A 3S78B 1BZMA 3S75B 3R16A 4QJPA 1JV0A 3DCWA 1IF8A 3DVCA 4QY3A 1TBTX 5DVXA 3MNIA 3GZ0A 5SZ7A 5E2MA 4CNXA 4MTYA 3HKQA 2NWYA 3RG4A 1TG3A 4M2UA 2Q1QA 5FNGA 3M14A 1HECA 1I9QA 2FW4A 3MNHA 3IAIA 4K13A 4QTLA 1CVDA 1EOUA 4WUQA 1AZMA 4QEFA 1ZSBA 1FQLA 4FVOA 3V2JA 4YHAA 1G53A 3B1BA 5EH7A 4YGNA 3DV7A 5JEHB 1G45A 2VVAX 4PYXA 1H4NA 1FR7A 1LZVA 3KKXA 1TEUX 2NNOA 5JEPB 5CACA 5CLUA 3RG3A 4Q7VA 1UGEA 5E2RA 5DRSA 1G4OA 3CA2A 5CJFA 3L14A 2FMGA 1UGGA 5DSLA 1BNVA 4Q9YA 1RJ6A 4RH2A 4K0TA 4TWMA 4HBAA 1CZMA 1FSNA 1OQ5A 1YO1A 3RYZA 4KP5A 4Q78A 5E2NA 2WEJA 4QSBA 4Q6EA 3MWOA 3MHOA 2WEOA 4Z1KA 1LG6A 4ZAOA 5FLRA 1I9OA 3P3JA 1Z93A 4WW8A 7CA2A 2HOCA 1XEGA 4Q7PA 2QOAA 3OILA 2WEHA 3SBHA 4IWZA 5SZ1A 3KS3A 1ZSCA 3IBIA 3MHLA 5EKHA 1CNXA 1A42A 4RUXA 1BICA 4XIXA 4XE1A 4FU5A 3IBLA 3M96A 4Z1NA 3C7PA 3Q31A 5L6KA 1CVCA 4ILXA 1HEAA 1RJ5A 2Q1BA 3TVNX 5IPZA 2X7TA 1UGDA 1G52A 3M40A 5FDCA 5LMDA 3M04A 4Q0LA 1G3ZA 1V9EA 1CA3A 1CCSA 4ZWYA 5SZ4A 1RZCA 2NN7A 1HUHA 1YDBA 4K0ZA 3RZ8A 5C8IA 4WW6A 1FSRA 1Y7WA 3MYQA 4CNVA 2HKKA 3K34A 5EH8A 1THKA 1G0FA 3BETA 1IF5A 1G4JA 4WUPA 3V3FA 4CNWA 2X7UA 2ABEA 1I9LA 1DCAA 1BNTA 1V9IC 1I9NA 2WD3A 2X7SA 5FNHA 5FNKA 3T5UA 3PYKA 2CBAA 3M1KA 3MNUA 4Q7WA 1I9PA 5DSRA 1KEQA 3D92A 1H9QA 3OKVA 1FQNA 4XZ5A 1Z9YA 2NNVA 4KP8A 1CILA 2O4ZA 4RN4A 5DSOA 5G01A 3S76A 4QSIA 1CVAA 2NWPA 3MZCA 4HF3A 3V3HB 5L3OA 3DC9A 3D8WA 4QSAA 2POWA 4ITPA 3DVBA 4YGKA 3M2YA 3S97A 5EOIA 2GEHA 4ZX1A 4R5BA 3HFPA 4KNJA 2EU3A 4RFCA 1YO0A 3DCCA 4Q8YA 3M1QA 3OKUA 4CNRA 3IBUA 1CNYA 3MNAA 4ITOA 5SZ5A 3SBIA 1CAIA 5DSNA 1CRMA 2AX2A 1CNHA 1BCDA 4E3FA 4Q06A 4N0XB 2F14A 5SZ6A 3KWAA 1CRAA 3RLDA 1CNBA 4QJOA 1YDCA 2HL4A 5DOGA 1CNIA 3V2MA 1CNKA 3V7XA 5FLQA 4FPTA 1TTMA 3HKTA 5EHWA 1IF4A 2QP6A 3MHMA 4KAPA 4YGLA 1BNMA 4DZ7A 1ZFKA 1ZH9A 1BNQA 3HKUA 3KOIA 1TH9A 5E2SA 5EIJA 5JG3B 1HEDA 4YGJA 4FVNA 4Q49A 2AW1A 3PJJA 4K0SA 4KUYA 3V3GB 5JGSB 1ZGEA 4PXXA 5AMLA 5DSPA 3FE4A 4QK3A 1CNJA 3N3JA 4Q09A 3B4FA 2EZ7A 2NWOA 1JCZA 3RZ0B 4E4AA 3F7BA 3M2XA 3UYQA 5FNMA 3IGPA 5A6HA 4RUZA 4BF6A 2CBEA 4UOVA 1CNCA 3DVDA 2POVA 1AM6A 4KNNA 3T82A 3DAZA 4QJ0A 4E3DA 5DSQA 4BF1A 8CA2A 5EKJA 1LG5A 3M1JA 4RIUA 4R59A 3K2FA 1HCAA 1KWQA 1BNUA 1DCBA 3PO6A 4MDGA 3QYKA 3ML5A 2HD6A 5DSIA 1HCBA 1IF6A 4R5AA 3DBUA 2NN1A 1TEQX 1FSQA 2FOVA 4KV0A 4M2WA 4Q8ZA 4ZX0A 4KNMA 3S71B 4YGFA 5JESB 1BV3A 2GD8A 3JXFA 4ZWZA 1CVBA 1G48A 3R17B 3HLJA 5FLTA 2FOYA 3F8EA 3BL1A 4N16A 1UGCA 2W2JA 6CA2A 5FL6A 1I91A 3FW3A 1CAZA 3NI5A 3W6IA 3OIKA 3DA2A 1ZE8A 3KOKA 3M98A 1RAZA 1LGDA 4FL7A 3JXGA 4QJMA 4MDLA 4Z1EA 4ZWIA 5AMGA 1CAJA 1BN4A 4YX4A 4E5QA 3M1WA 1I9MA 4JSAA 2OSMA 4HEYA 4FRCA 2EU2A 3UYNA 4E9OX 3RZ7A 2WD2A 3P5AA 3K7KA 3OY0A 1G0EA 1RZEA 4Q6DA 4RUYA 3T84A 2FOUA 3FFPX 1OKMA 5SZ0A 5DSMA 4QK2A 1YDDA 5EHVA 2NXSA 3MNJA 1XPZA 3RYJB 3V5GA 4XFWA 1HEBA 4YWPA 4TWLA 1CAMA 4Z0QA 2ZNCA 3F7UA 3NB5A 5G0BA 4YXOA 1I90A 1CIMA 4LHIA 3S74B 4L5UA 3S77B 4E49A 1YDAA 3TVOX 3ML2A 4K1QA 4RIVA 1H9NA 1FQRA 3HKNA 4QK1A 1TG9A 5FL4A 1CAHA 4KNIA 1Z97A 4MLXA 5FDIA 2FNNA 5E28A 3RZ1B 2FMZA 3U45X 2FOSA 5BNLA 1J9WA 5FNIA 3VBDA 1DMYA 3S8XA 5SZ2A 5BYIA 1TB0X 4QJWA 4MO8A 4L5VA 2CA2A 4G7AA 3BL0A 2CBBA 3M5TA 5E2KA 2CBCA 1KOPA 3RZ5A 1BN3A 3RYVB 5JQTA 1LUGA 5AMDA 3M5EA 3P55A 3EFTA 1CINA 5DSKA 1RAYA 5FLSA 1CCUA 3M2NA 3DC3A 2WEGA 1OKLA 4HEWA 5E5RA 3KLDB 4YXUA 4JS6A 3T5ZA 3M5SA 4GL1X 3CYUA 4Y0JA 4XIWA 4M2VA 4MLTA 4Q81A 5G03A 1URTA 4MDMA 5FNJA 1RZAA 1JD0A 3U47A 3HS4A 1F2WA 4Q7SA 4Q08A 3P5LA 4Q90A 1ZSAA 4ETQC 4Q87A 3RJ7A 1CNGA 3MNKA 3MDZA 1FR4A 2IT4A 4JSZA 2QO8A 5EH5A 3SAPA 4QIZA 4Z1JA 2H15A 1UGAA 3P4VA 3P58A 4X5SA 1CALA 4JSWA 3N0NA 1MUAA 2VVBX 3MMFA 3OIMA 1YO2A 5JGTB 5FNLA 5E5UA 1G1DA 3U7CA 4PZHA 1BN1A 4KUWA 2HNCA 5CA2A 2HFWA 2NNSA 3S73B 4QSJA 5SZ3A 3W6HA 4ZWXA 4Q07A 4KUVA 4HT0A 1ZFQA 3D93A 4YVYA 2NNGA 1CAKA 3M2ZA 3M3XA 4LU3A 2POUA 4YXIA 5FLOA 2NXRA 1CAOA 4HU1A 4WL4A 3ZP9A 3JXHC 9CA2A 3S9TA 5JDVB 4IDRX 5BRVA 1CCTA 5FL5A 3MHCA 1ZNCA 4JSSA 1ZGFA 4FIKA 3P3HA 5JEGB 2CABA 1FQMA 1HUGA 3KNEA 2H4NA 1CVFA 5A25A 3DD8A 5JG5B 1DMXA 4Q83A 4Q99A 4M2RA 1BNNA 1I8ZA 4QIYA 3D9ZA 4PYYA 3S72B 4L5WA 3KONA 12CAA 4COQA 1UGFA 1XQ0A 3M67A 1KWRA 3KIGA 2NMXA 5G0CA 3N4BA 3RGEA 3SAXA 3V3IB 4E3GA 2FNMA 3ZNCA 1T9NA 5EZTX 2Q38A 5EKMA 4WR7A 4YYTA 3LXEA 5DOHA 3T85A 1CA2A 5DSJA 3N2PA 1CVEA 3DCSA 2NWZA 4G0CA 2OSFA 4C3TA 4CA2A 3CAJA 3F4XA 4RFDA 1XEVA 3TMJA 3V3JA 3P44A 2CBDA 4CQ0A 1TE3X 1CANA 1UGBA 3MHIA 1CVHA 1IF7A 4LP6A 1G54A 4DZ9A 3CZVA 1FLJA 3IBNA 1RZDA 1AVNA 1MOOA 1IF9A 1CAYA 1CNWA 1RZBA 3IEOA 5JQ0A 3U3AX 2FOQA 3NJ9A 2NXTA 1OKNA 5FLPA 1KOQA 1HVAA 3T83A 3OYSA 2ILIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RYY A;  3EFI A;  1G46 A;  5HPJ A;  1BNW A;  5BRU A;  2FNK A;  3OYQ A;  4QJX A;  4BCW A;  4Q8X A;  3RYX B;  5J8Z A;  4E3H A;  4HT2 A;  1G6V A;  4CAC A;  4PQ7 A;  4HEZ A;  5EHE A;  3D0N A;  5BRW A;  3DD0 A;  3S78 B;  1BZM A;  3S75 B;  3R16 A;  4QJP A;  1JV0 A;  3DCW A;  1IF8 A;  3DVC A;  4QY3 A;  1TBT X;  5DVX A;  3MNI A;  3GZ0 A;  5SZ7 A;  5E2M A;  4CNX A;  4MTY A;  3HKQ A;  2NWY A;  3RG4 A;  1TG3 A;  4M2U A;  2Q1Q A;  5FNG A;  3M14 A;  1HEC A;  1I9Q A;  2FW4 A;  3MNH A;  3IAI A;  4K13 A;  4QTL A;  1CVD A;  1EOU A;  4WUQ A;  1AZM A;  4QEF A;  1ZSB A;  1FQL A;  4FVO A;  3V2J A;  4YHA A;  1G53 A;  3B1B A;  5EH7 A;  4YGN A;  3DV7 A;  5JEH B;  1G45 A;  2VVA X;  4PYX A;  1H4N A;  1FR7 A;  1LZV A;  3KKX A;  1TEU X;  2NNO A;  5JEP B;  5CAC A;  5CLU A;  3RG3 A;  4Q7V A;  1UGE A;  5E2R A;  5DRS A;  1G4O A;  3CA2 A;  5CJF A;  3L14 A;  2FMG A;  1UGG A;  5DSL A;  1BNV A;  4Q9Y A;  1RJ6 A;  4RH2 A;  4K0T A;  4TWM A;  4HBA A;  1CZM A;  1FSN A;  1OQ5 A;  1YO1 A;  3RYZ A;  4KP5 A;  4Q78 A;  5E2N A;  2WEJ A;  4QSB A;  4Q6E A;  3MWO A;  3MHO A;  2WEO A;  4Z1K A;  1LG6 A;  4ZAO A;  5FLR A;  1I9O A;  3P3J A;  1Z93 A;  4WW8 A;  7CA2 A;  2HOC A;  1XEG A;  4Q7P A;  2QOA A;  3OIL A;  2WEH A;  3SBH A;  4IWZ A;  5SZ1 A;  3KS3 A;  1ZSC A;  3IBI A;  3MHL A;  5EKH A;  1CNX A;  1A42 A;  4RUX A;  1BIC A;  4XIX A;  4XE1 A;  4FU5 A;  3IBL A;  3M96 A;  4Z1N A;  3C7P A;  3Q31 A;  5L6K A;  1CVC A;  4ILX A;  1HEA A;  1RJ5 A;  2Q1B A;  3TVN X;  5IPZ A;  2X7T A;  1UGD A;  1G52 A;  3M40 A;  5FDC A;  5LMD A;  3M04 A;  4Q0L A;  1G3Z A;  1V9E A;  1CA3 A;  1CCS A;  4ZWY A;  5SZ4 A;  1RZC A;  2NN7 A;  1HUH A;  1YDB A;  4K0Z A;  3RZ8 A;  5C8I A;  4WW6 A;  1FSR A;  1Y7W A;  3MYQ A;  4CNV A;  2HKK A;  3K34 A;  5EH8 A;  1THK A;  1G0F A;  3BET A;  1IF5 A;  1G4J A;  4WUP A;  3V3F A;  4CNW A;  2X7U A;  2ABE A;  1I9L A;  1DCA A;  1BNT A;  1V9I C;  1I9N A;  2WD3 A;  2X7S A;  5FNH A;  5FNK A;  3T5U A;  3PYK A;  2CBA A;  3M1K A;  3MNU A;  4Q7W A;  1I9P A;  5DSR A;  1KEQ A;  3D92 A;  1H9Q A;  3OKV A;  1FQN A;  4XZ5 A;  1Z9Y A;  2NNV A;  4KP8 A;  1CIL A;  2O4Z A;  4RN4 A;  5DSO A;  5G01 A;  3S76 A;  4QSI A;  1CVA A;  2NWP A;  3MZC A;  4HF3 A;  3V3H B;  5L3O A;  3DC9 A;  3D8W A;  4QSA A;  2POW A;  4ITP A;  3DVB A;  4YGK A;  3M2Y A;  3S97 A;  5EOI A;  2GEH A;  4ZX1 A;  4R5B A;  3HFP A;  4KNJ A;  2EU3 A;  4RFC A;  1YO0 A;  3DCC A;  4Q8Y A;  3M1Q A;  3OKU A;  4CNR A;  3IBU A;  1CNY A;  3MNA A;  4ITO A;  5SZ5 A;  3SBI A;  1CAI A;  5DSN A;  1CRM A;  2AX2 A;  1CNH A;  1BCD A;  4E3F A;  4Q06 A;  4N0X B;  2F14 A;  5SZ6 A;  3KWA A;  1CRA A;  3RLD A;  1CNB A;  4QJO A;  1YDC A;  2HL4 A;  5DOG A;  1CNI A;  3V2M A;  1CNK A;  3V7X A;  5FLQ A;  4FPT A;  1TTM A;  3HKT A;  5EHW A;  1IF4 A;  2QP6 A;  3MHM A;  4KAP A;  4YGL A;  1BNM A;  4DZ7 A;  1ZFK A;  1ZH9 A;  1BNQ A;  3HKU A;  3KOI A;  1TH9 A;  5E2S A;  5EIJ A;  5JG3 B;  1HED A;  4YGJ A;  4FVN A;  4Q49 A;  2AW1 A;  3PJJ A;  4K0S A;  4KUY A;  3V3G B;  5JGS B;  1ZGE A;  4PXX A;  5AML A;  5DSP A;  3FE4 A;  4QK3 A;  1CNJ A;  3N3J A;  4Q09 A;  3B4F A;  2EZ7 A;  2NWO A;  1JCZ A;  3RZ0 B;  4E4A A; 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4DZ7A

Total Genus

Knots found

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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