4FL7 | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3565961066268666__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3565961066268666__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4FL7/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3565961066268666__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3565961066268666","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4FL7/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3565961066268666__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0008533ab827ed313cd082/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0008533ab827ed313cd082/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0008533ab827ed313cd082/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0008533ab827ed313cd082/pdb.gz): 560 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
publication title	Hydroxamate represents a versatile zinc binding group for the development of new carbonic anhydrase inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	75
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2012-06-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4fl7A00

1CAIA 4KUVA 4YGJA 1G54A 4E49A 4E3GA 4LP6A 4ETQC 5JEGB 3U3AX 4XFWA 1H9NA 4YGNA 3FE4A 3TVNX 3HKQA 2POVA 3KS3A 1IF6A 1TH9A 3KWAA 3DA2A 1BNNA 3KIGA 5EHVA 1G45A 1YDBA 3HS4A 1HEAA 1CNCA 1CNYA 3V2JA 4QIZA 2FMGA 1G48A 3K34A 2AW1A 3K2FA 1BN4A 3C7PA 3DC3A 4QSJA 4Z1JA 4CA2A 2POUA 1CNWA 1CNGA 3F7UA 5FL6A 5CLUA 3T5UA 1CANA 4HT2A 4RUZA 1FLJA 3U7CA 4QSAA 4FIKA 5DSKA 1CAJA 3RYYA 3FW3A 3MNAA 3W6HA 1CNXA 4Q0LA 3OKVA 4PXXA 1EOUA 2CABA 2CBEA 5E5RA 5FNKA 1UGCA 4JSAA 1FQMA 1IF7A 3D92A 4Z1NA 3S9TA 2GD8A 3DD0A 1OQ5A 2QO8A 2WEOA 1CILA 1BNQA 1CVAA 3DVBA 1TG9A 1ZSCA 4Q07A 5E2SA 4BF1A 1FSNA 2FNMA 1Z97A 3T83A 3TMJA 2X7UA 4CACA 1I9MA 5DSPA 1FQLA 2HOCA 1KOPA 2FOVA 4MO8A 3KONA 1UGAA 1RZAA 3MHOA 1V9IC 4FRCA 1HEDA 4WL4A 4DZ7A 2OSFA 3FFPX 1TG3A 3RZ1B 2H4NA 1Z9YA 3M2ZA 4L5WA 5EHEA 4G7AA 3IBLA 5FDIA 5FLQA 1CVBA 1RJ6A 3B4FA 3SAXA 5BNLA 5EH5A 3MMFA 3RZ8A 1UGBA 3KNEA 1KOQA 4M2RA 1CRAA 1FQRA 4K0SA 4YGFA 4FVOA 3TVOX 1CAZA 3N0NA 3S97A 1CVFA 5FNGA 3M1JA 2WEGA 3MNKA 3M5SA 5JGSB 4ZWZA 3BL0A 3GZ0A 4XZ5A 3OIMA 4QJ0A 5DVXA 1MOOA 3S78B 1XPZA 5SZ5A 1CZMA 1TEUX 2ILIA 1YDCA 2NN7A 1ZGEA 1F2WA 1HUHA 4M2VA 3HKTA 5LMDA 2Q38A 4WUQA 4XE1A 1ZFKA 5EH8A 2WEJA 1BNWA 1CA2A 3HLJA 4IWZA 1HECA 5G03A 1BNVA 1I9PA 3MWOA 1HUGA 3N3JA 3MHLA 3RYVB 1BNTA 3Q31A 3KKXA 1G4OA 1TBTX 4HEZA 5EIJA 5EKJA 2NN1A 4QK3A 3V3GB 2CA2A 1FR4A 3DC9A 4Q49A 3RG3A 2CBAA 2VVAX 4QSBA 3D93A 1RZEA 5EOIA 4RN4A 2Q1QA 1BNMA 5E2RA 1RAZA 2CBBA 4MLTA 4LHIA 2FOQA 4FL7A 3CA2A 1LG6A 2X7SA 3VBDA 1FSQA 4RUYA 4PYYA 1BN3A 3IGPA 5SZ7A 4WW6A 1KWRA 4Z1KA 4K13A 3V3JA 3NB5A 1XQ0A 5CJFA 4QK2A 5JQ0A 2IT4A 4MDGA 4KNIA 2HNCA 4M2WA 2CBCA 4L5VA 3UYNA 1TB0X 4Q90A 1CNHA 1YO0A 2POWA 4KAPA 5E2KA 4Q99A 2FNNA 4MLXA 3SBHA 1AVNA 1J9WA 1HCBA 4YXUA 3KOIA 3KOKA 6CA2A 1TE3X 2NNGA 3NJ9A 3HKNA 4UOVA 5JESB 1Y7WA 1CVCA 2X7TA 3V3FA 1ZNCA 2FNKA 1CAYA 3P3HA 3F4XA 2NNSA 1XEGA 3RYZA 1CNBA 2GEHA 1LZVA 2F14A 2FOSA 1FR7A 2NXSA 2QOAA 5EKHA 1BN1A 1ZSAA 4Q6DA 5JEHB 4RIVA 4Q6EA 3OILA 1Z93A 4E4AA 1CCSA 3M98A 4BF6A 1YDDA 4MTYA 2NXRA 1TTMA 4Q06A 3V3IB 5FNLA 5DSIA 4YYTA 1G3ZA 4Q81A 1XEVA 1ZSBA 4RIUA 1TEQX 4YVYA 3P44A 3KLDB 3P4VA 1MUAA 5SZ1A 3S73B 1IF8A 3DAZA 5E2NA 5DSNA 4QJXA 1FSRA 1RZBA 4Z0QA 4ZWIA 3DCSA 5FL4A 2VVBX 3RGEA 4YWPA 4Q87A 4RFCA 5FDCA 3ML2A 1IF5A 3V5GA 1I8ZA 4Q7WA 4Q7SA 1CAOA 1FQNA 3F8EA 3RYXB 3W6IA 1BNUA 4MDMA 4YGKA 1A42A 2H15A 1G46A 3MYQA 4BCWA 2HL4A 1HCAA 3MHMA 5J8ZA 1KWQA 3DV7A 4PQ7A 1LGDA 4Y0JA 4ZWYA 2NWOA 1YO1A 1G0EA 4L5UA 2EZ7A 1I90A 4QJPA 3RZ7A 5FNHA 2Q1BA 3MHCA 1CRMA 1KEQA 4FVNA 1V9EA 5SZ4A 3RZ0B 4KNMA 4KUYA 1DCBA 1G53A 4CNVA 5AMDA 1ZGFA 3V3HB 4YXOA 3M5EA 1CNIA 1CAKA 1CAMA 3CYUA 4R5AA 3CZVA 4QJWA 3P5LA 3DVCA 3M5TA 3DBUA 3M1KA 4Q8ZA 3U47A 4JSZA 3NI5A 2FOUA 1THKA 3M40A 4YHAA 5BRVA 3BL1A 1UGGA 4XIWA 1CALA 4ITOA 5IPZA 1JD0A 4FPTA 3RG4A 1IF4A 5FNIA 3M2NA 5CACA 1CAHA 3D8WA 3MNIA 4PYXA 3IBUA 3EFTA 2NNOA 3CAJA 4Z1EA 5G01A 3SAPA 3EFIA 3MNJA 1LUGA 2QP6A 3DVDA 4TWLA 3M1QA 4QIYA 4WW8A 1BICA 4QEFA 1JCZA 5JG3B 3K7KA 4K1QA 3S75B 4KP5A 4Q08A 5A6HA 1CCUA 4N0XB 4ZAOA 5FLOA 4KV0A 5A25A 3P55A 3P3JA 5FNMA 12CAA 2WD2A 4YX4A 5HPJA 3M96A 3T84A 1YO2A 5FLTA 5DOHA 3IAIA 5DSJA 3SBIA 4HU1A 1LG5A 1H4NA 5SZ3A 4YGLA 5DSOA 3ZNCA 4E3FA 2O4ZA 2WD3A 2OSMA 3F7BA 5JDVB 3M14A 4JS6A 4KNNA 3M04A 3R16A 3V7XA 1I9QA 1DMYA 1IF9A 5DSMA 1RZCA 1OKMA 3RYJB 1I9NA 1JV0A 3M67A 4Q7VA 4K0TA 4COQA 5G0CA 5SZ6A 4MDLA 1CVHA 4Q7PA 4E3DA 5G0BA 1UGDA 4XIXA 1RJ5A 2EU2A 5EKMA 5BYIA 4ZWXA 1CVDA 2ZNCA 3OYQA 3OYSA 1UGFA 5AMLA 1DCAA 5BRWA 4TWMA 4FU5A 3IBIA 3N4BA 2AX2A 2HKKA 4CNXA 4HEYA 4N16A 4HEWA 4ZX0A 4YXIA 5JG5B 4E5QA 4HBAA 5FLPA 5SZ0A 1HEBA 5AMGA 1T9NA 3HFPA 1G52A 3T85A 1CNJA 3DCCA 3M2XA 4RFDA 5FL5A 3PJJA 3S71B 4C3TA 3N2PA 4WUPA 1YDAA 1CA3A 3S76A 1I9LA 5DRSA 3OY0A 3MZCA 9CA2A 2FW4A 4E3HA 4HT0A 1I9OA 1I91A 2HD6A 4Q8XA 5C8IA 3M3XA 5DSRA 4DZ9A 1ZE8A 3R17B 5E2MA 2FMZA 1HVAA 5E28A 1ZH9A 7CA2A 2NMXA 2W2JA 4E9OX 4Q8YA 3U45X 5EHWA 1G1DA 3M1WA 5DOGA 4Q78A 3RJ7A 1CCTA 3UYQA 4CQ0A 5L3OA 5EZTX 3OIKA 4X5SA 3S74B 3LXEA 1BCDA 1G6VA 2HFWA 3D0NA 3S8XA 2NWZA 3DCWA 4QJOA 4R5BA 3MHIA 4KUWA 4JSWA 3MNHA 4K0ZA 3RZ5A 5FNJA 4QY3A 2NXTA 2NNVA 3HKUA 1ZFQA 4G0CA 5SZ2A 1BV3A 3JXGA 4Q83A 1G4JA 3MNUA 4Q9YA 2EU3A 3QYKA 4HF3A 4M2UA 5DSQA 3S77B 4PZHA 4KP8A 5EH7A 5JQTA 4CNWA 1OKLA 5FLSA 1CIMA 1CINA 1URTA 4WR7A 3P58A 1AM6A 3ZP9A 3M2YA 3OKUA 2FOYA 3IBNA 5CA2A 4ILXA 3IEOA 3S72B 5E5UA 3PYKA 4LU3A 1AZMA 4QSIA 5L6KA 1G0FA 4IDRX 3T5ZA 3V2MA 2NWPA 4RH2A 4CNRA 1CVEA 2NWYA 5JEPB 1CNKA 3PO6A 1BZMA 4R59A 4KNJA 3RLDA 3D9ZA 4GL1X 4ITPA 3P5AA 4Q09A 1H9QA 4QJMA 3T82A 1OKNA 3DD8A 4QK1A 4JSSA 4RUXA 1DMXA 8CA2A 3ML5A 2CBDA 5FLRA 4QTLA 4ZX1A 3L14A 1RZDA 3MDZA 1UGEA 3BETA 2WEHA 1RAYA 5BRUA 2ABEA 3JXFA 3B1BA 5DSLA 5JGTB 3JXHC
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CAI A;  4KUV A;  4YGJ A;  1G54 A;  4E49 A;  4E3G A;  4LP6 A;  4ETQ C;  5JEG B;  3U3A X;  4XFW A;  1H9N A;  4YGN A;  3FE4 A;  3TVN X;  3HKQ A;  2POV A;  3KS3 A;  1IF6 A;  1TH9 A;  3KWA A;  3DA2 A;  1BNN A;  3KIG A;  5EHV A;  1G45 A;  1YDB A;  3HS4 A;  1HEA A;  1CNC A;  1CNY A;  3V2J A;  4QIZ A;  2FMG A;  1G48 A;  3K34 A;  2AW1 A;  3K2F A;  1BN4 A;  3C7P A;  3DC3 A;  4QSJ A;  4Z1J A;  4CA2 A;  2POU A;  1CNW A;  1CNG A;  3F7U A;  5FL6 A;  5CLU A;  3T5U A;  1CAN A;  4HT2 A;  4RUZ A;  1FLJ A;  3U7C A;  4QSA A;  4FIK A;  5DSK A;  1CAJ A;  3RYY A;  3FW3 A;  3MNA A;  3W6H A;  1CNX A;  4Q0L A;  3OKV A;  4PXX A;  1EOU A;  2CAB A;  2CBE A;  5E5R A;  5FNK A;  1UGC A;  4JSA A;  1FQM A;  1IF7 A;  3D92 A;  4Z1N A;  3S9T A;  2GD8 A;  3DD0 A;  1OQ5 A;  2QO8 A;  2WEO A;  1CIL A;  1BNQ A;  1CVA A;  3DVB A;  1TG9 A;  1ZSC A;  4Q07 A;  5E2S A;  4BF1 A;  1FSN A;  2FNM A;  1Z97 A;  3T83 A;  3TMJ A;  2X7U A;  4CAC A;  1I9M A;  5DSP A;  1FQL A;  2HOC A;  1KOP A;  2FOV A;  4MO8 A;  3KON A;  1UGA A;  1RZA A;  3MHO A;  1V9I C;  4FRC A;  1HED A;  4WL4 A;  4DZ7 A;  2OSF A;  3FFP X;  1TG3 A;  3RZ1 B;  2H4N A;  1Z9Y A;  3M2Z A;  4L5W A;  5EHE A;  4G7A A;  3IBL A;  5FDI A;  5FLQ A;  1CVB A;  1RJ6 A;  3B4F A;  3SAX A;  5BNL A;  5EH5 A;  3MMF A;  3RZ8 A;  1UGB A;  3KNE A;  1KOQ A;  4M2R A;  1CRA A;  1FQR A;  4K0S A;  4YGF A;  4FVO A;  3TVO X;  1CAZ A;  3N0N A;  3S97 A;  1CVF A;  5FNG A;  3M1J A;  2WEG A;  3MNK A;  3M5S A;  5JGS B;  4ZWZ A;  3BL0 A;  3GZ0 A;  4XZ5 A;  3OIM A;  4QJ0 A;  5DVX A;  1MOO A;  3S78 B;  1XPZ A;  5SZ5 A;  1CZM A;  1TEU X;  2ILI A;  1YDC A;  2NN7 A;  1ZGE A;  1F2W A;  1HUH A;  4M2V A;  3HKT A;  5LMD A;  2Q38 A;  4WUQ A;  4XE1 A;  1ZFK A;  5EH8 A;  2WEJ A;  1BNW A;  1CA2 A;  3HLJ A;  4IWZ A;  1HEC A;  5G03 A;  1BNV A;  1I9P A;  3MWO A;  1HUG A;  3N3J A;  3MHL A;  3RYV B;  1BNT A;  3Q31 A;  3KKX A;  1G4O A;  1TBT X;  4HEZ A;  5EIJ A;  5EKJ A;  2NN1 A;  4QK3 A;  3V3G B;  2CA2 A;  1FR4 A;  3DC9 A;  4Q49 A;  3RG3 A;  2CBA A;  2VVA X;  4QSB A;  3D93 A;  1RZE A;  5EOI A;  4RN4 A;  2Q1Q A;  1BNM A;  5E2R A;  1RAZ A;  2CBB A;  4MLT A;  4LHI A;  2FOQ A;  4FL7 A;  3CA2 A;  1LG6 A;  2X7S A;  3VBD A;  1FSQ A;  4RUY A;  4PYY A;  1BN3 A;  3IGP A;  5SZ7 A;  4WW6 A;  1KWR A;  4Z1K A;  4K13 A;  3V3J A;  3NB5 A;  1XQ0 A;  5CJF A;  4QK2 A;  5JQ0 A;  2IT4 A;  4MDG A;  4KNI A;  2HNC A;  4M2W A;  2CBC A;  4L5V A;  3UYN A;  1TB0 X;  4Q90 A;  1CNH A;  1YO0 A;  2POW A;  4KAP A;  5E2K A;  4Q99 A;  2FNN A;  4MLX A;  3SBH A;  1AVN A;  1J9W A;  1HCB A;  4YXU A;  3KOI A;  3KOK A;  6CA2 A;  1TE3 X;  2NNG A;  3NJ9 A;  3HKN A;  4UOV A;  5JES B;  1Y7W A;  1CVC A;  2X7T A;  3V3F A;  1ZNC A;  2FNK A;  1CAY A;  3P3H A;  3F4X A;  2NNS A;  1XEG A;  3RYZ A;  1CNB A;  2GEH A;  1LZV A;  2F14 A;  2FOS A;  1FR7 A;  2NXS A;  2QOA A;  5EKH A;  1BN1 A;  1ZSA A;  4Q6D A;  5JEH B;  4RIV A;  4Q6E A;  3OIL A;  1Z93 A;  4E4A A;  1CCS A;  3M98 A;  4BF6 A;  1YDD A;  4MTY A;  2NXR A;  1TTM A;  4Q06 A;  3V3I B;  5FNL A;  5DSI A;  4YYT A;  1G3Z A;  4Q81 A;  1XEV A;  1ZSB A;  4RIU A;  1TEQ X;  4YVY A;  3P44 A;  3KLD B;  3P4V A;  1MUA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4FL7A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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