4G7A | Genus

Total Genus 61

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	61
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	224
structure length	224
Chain Sequence	EWSYEGEKGPEHWAQLKPEFFWCKLKNQSPINIDKKYKVKANLPKLNLYYKTAKESEVVNNGHTIQINIKEDNTLNYLGEKYQLKQFHFHTPSEHTIEKKSYPLEIHFVHKTEDGKILVVGVMAKLGKTNKELDKILNVAPAEEGEKILDKNLNLNNLIPKDKRYMTYSGSLTTPPCTEGVRWIVLKKPISISKQQLEKLKSVMVNPNNRPVQEINSRWIIEGF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__634662522405307__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__634662522405307__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4G7A/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__634662522405307__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"634662522405307","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4G7A/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__634662522405307__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d002091574dc073089c7529/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d002091574dc073089c7529/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d002091574dc073089c7529/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d002091574dc073089c7529/pdb.gz): 954 ms

reading 224 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

224 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:223});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Sulfurihydrogenibium sp. yo3aop1
publication title	X-ray structure of the first `extremo-{alpha}-carbonic anhydrase', a dimeric enzyme from the thermophilic bacterium Sulfurihydrogenibium yellowstonense YO3AOP1. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonate dehydratase
total genus	61
structure length	224
sequence length	224
chains with identical sequence	B
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2012-07-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4g7aA00

4ZWZA 2X7UA 5DSRA 3V5GA 4QJXA 1BNQA 3R17B 2FNMA 2VVAX 3D9ZA 5E5RA 4Q87A 4QY3A 3T85A 3P58A 12CAA 4QJOA 3P4VA 4XZ5A 1BNNA 3M5TA 2POUA 1YDAA 2H4NA 4Z1EA 5SZ3A 4Q09A 5E2RA 4MLTA 4ZX0A 4LU3A 4MDGA 1YDDA 1G53A 5LMDA 5CA2A 3IBUA 2NN1A 3SAXA 1KWRA 3V3GB 5FLRA 3M2ZA 3N0NA 4XFWA 2CBBA 3DBUA 3KLDB 5SZ0A 5JG3B 4YGJA 5JQ0A 4Q8YA 4C3TA 4Z1JA 3DCSA 4HEZA 5E2NA 3MYQA 4HBAA 1JV0A 3U47A 4Y0JA 5JDVB 2ABEA 3EFIA 1THKA 3S97A 1BV3A 4Q7SA 1ZGFA 1J9WA 2AX2A 3BETA 4LHIA 2HKKA 3M1WA 5FDCA 1LUGA 1G45A 1V9EA 3DCCA 5JESB 3P44A 4TWMA 1TH9A 4FVNA 1ZNCA 3CAJA 1I9LA 4MLXA 5SZ1A 3S75B 1BN1A 1YDBA 4QSJA 5HPJA 4YGKA 1F2WA 3IAIA 3F7BA 1DCBA 2WEJA 1LZVA 1DMYA 3DC9A 5DSOA 5JG5B 1CAZA 1IF5A 3S77B 1CAJA 4LP6A 4CACA 1DMXA 1UGFA 3JXFA 3BL1A 3KOKA 3MNUA 5BRUA 3HKNA 5EOIA 1Z97A 3JXGA 4WR7A 1RZEA 3HKUA 5SZ2A 1CVEA 1TEUX 1A42A 2POVA 4KAPA 4HEYA 4XIXA 1T9NA 1JD0A 3IBLA 1HCAA 2WEOA 2FOSA 5BRVA 4E3DA 5AMDA 3Q31A 2IT4A 1TG9A 1RZBA 3D92A 3OY0A 5A25A 3HS4A 1IF6A 4FU5A 4RIVA 3V2MA 4WL4A 1UGEA 3RZ5A 7CA2A 3OIMA 5DSQA 2EU2A 1MUAA 5DSMA 2HNCA 1TEQX 5L3OA 1CNBA 1G0FA 1CVDA 1CVHA 4Q81A 6CA2A 1G46A 1G3ZA 3DAZA 1CVFA 4L5VA 1CAOA 5E2SA 3RYZA 3M1QA 4QTLA 4CNXA 1I91A 2CBCA 4RFCA 5SZ6A 4E49A 3FE4A 2HD6A 5EKJA 2NXRA 3V3IB 4IWZA 3LXEA 4RIUA 3IEOA 4CQ0A 5FNKA 3M5EA 1FQRA 1XPZA 3MHOA 3MWOA 5E2KA 5FL6A 1Z9YA 1FQMA 3JXHC 1I9MA 3QYKA 4Q8ZA 5L6KA 1V9IC 3RZ7A 2NWPA 4ZX1A 4YXIA 4QSAA 1FQNA 5AMGA 4FIKA 4RFDA 3P5AA 4CA2A 3BL0A 1BNMA 3DV7A 1CRAA 4Q8XA 3K2FA 3T83A 2CBDA 4IDRX 5FL5A 3U7CA 1CRMA 1LG6A 3M3XA 3RYJB 4WW8A 5G03A 1HUGA 2EU3A 1CANA 5FLQA 3S74B 4UOVA 4RN4A 3IBIA 1AVNA 4QJMA 4E9OX 4BCWA 1CNJA 3V3JA 4RH2A 3W6IA 4Q49A 5IPZA 2O4ZA 1CAKA 1FR4A 1CALA 4JSSA 1BNTA 3P5LA 2X7SA 4L5UA 1CNWA 3NB5A 1G48A 4JS6A 4QJ0A 4R5AA 1CNXA 3F7UA 4Z1NA 1BNVA 4Q7VA 3OILA 4MO8A 1YDCA 3OIKA 3PO6A 3SBHA 1CILA 5E2MA 4QIYA 4KUYA 1RAZA 3DD8A 4Q06A 1G4OA 1UGGA 2WD2A 1RZAA 1CA3A 2FOYA 5FNGA 1Y7WA 3D8WA 3RLDA 3F4XA 1I90A 3DCWA 4BF6A 4FRCA 3KNEA 4KNNA 5EH5A 3TVOX 1IF9A 5DSPA 5CACA 3M96A 1KWQA 3M1KA 3OKVA 4Q9YA 4Q0LA 2FW4A 2HOCA 5EHVA 3W6HA 1HECA 5SZ5A 4QSBA 4HF3A 3MNKA 4Q07A 2CABA 1OQ5A 3M5SA 3V3FA 3VBDA 5FDIA 5G01A 2FMZA 2EZ7A 4G7AA 1CAHA 5G0BA 3SBIA 3RYXB 3S72B 3MHLA 1H9NA 4KNJA 5SZ4A 1UGDA 5A6HA 1HEAA 4RUZA 3U45X 1BN4A 4M2WA 3MHCA 4KNIA 1ZGEA 2W2JA 3MHIA 4YGLA 1CINA 4JSZA 2FNKA 4PXXA 3RJ7A 4DZ7A 5J8ZA 2F14A 3ML2A 3D0NA 4YVYA 2NNVA 1OKNA 5FLPA 1LGDA 2FOVA 4Z1KA 1TG3A 5EIJA 4KV0A 1CCTA 3M98A 4PYYA 3S78B 4E3HA 3MZCA 4CNRA 3UYQA 1FLJA 1XEVA 3K34A 4JSAA 1CAIA 4Q7WA 4FVOA 5JGSB 2VVBX 3RG4A 1I9QA 1RZCA 3M2YA 4G0CA 3HKTA 4N0XB 4FPTA 5DSNA 3GZ0A 4QK2A 1DCAA 4E3GA 4Q90A 1BCDA 1ZSAA 1BNUA 2NN7A 4JSWA 4R5BA 1BN3A 5SZ7A 1JCZA 1I8ZA 4Q6DA 3CA2A 3S71B 1CA2A 1G4JA 2GEHA 3KWAA 5DVXA 1FSNA 1I9NA 5JEGB 4PYXA 5JEPB 4KUVA 2OSFA 4ILXA 3OYSA 1CNCA 4YGNA 3N2PA 5FNHA 2FNNA 1G54A 3V3HB 2NNSA 4E3FA 3P3JA 1TTMA 1ZSBA 1CNIA 5CJFA 4XE1A 3L14A 1CIMA 2NMXA 3RG3A 2NXTA 1AZMA 2NXSA 4MDLA 3D93A 3M04A 1AM6A 3V7XA 5FNIA 3TMJA 5E28A 3K7KA 2Q1QA 4QJPA 4K0SA 4Q99A 2CBAA 1RAYA 1BICA 4QEFA 4TWLA 1ZH9A 3M2NA 3R16A 1RZDA 3KS3A 3OKUA 4MTYA 4N16A 5EKMA 5EH7A 3S73B 3DA2A 5JEHB 1OKMA 2ILIA 2NNGA 3M14A 4K0TA 1G1DA 1CNKA 4R59A 1TB0X 1YO2A 4CNWA 1G6VA 3RZ8A 3HFPA 4YHAA 4ITOA 3T5UA 1ZFKA 1CNHA 3DVBA 4MDMA 3DVDA 3C7PA 4QIZA 1H9QA 4KP8A 4M2UA 3V2JA 1LG5A 2HFWA 4M2VA 2QOAA 5EKHA 4K0ZA 3RYYA 3SAPA 3PJJA 4Q78A 3S9TA 2AW1A 3M1JA 1CAMA 4YGFA 3P3HA 3RZ0B 4WUQA 3KIGA 4ZWYA 1IF8A 1XQ0A 2ZNCA 4HT2A 3DC3A 1CCUA 1YO1A 3KKXA 2NWZA 2POWA 3T82A 3T5ZA 1Z93A 4HEWA 5JGTB 5JQTA 1CVBA 3MHMA 1UGAA 2WD3A 4X5SA 4Z0QA 3FFPX 3MNAA 1G0EA 3P55A 2NWOA 1MOOA 3MNJA 5DSKA 1RJ6A 1CCSA 3MMFA 3NJ9A 4PZHA 4WW6A 3DVCA 1CAYA 9CA2A 4KP5A 1CNYA 1IF7A 2CA2A 1TE3X 3N4BA 3ZNCA 1BZMA 4BF1A 1CZMA 5FLOA 2NNOA 5FNLA 3TVNX 3RZ1B 1CVAA 2Q1BA 3IBNA 1RJ5A 2NWYA 4COQA 2FOQA 2GD8A 3RYVB 1FSRA 1FR7A 1HCBA 4E5QA 2Q38A 5BYIA 4KNMA 3MNHA 2OSMA 5FL4A 3B1BA 5AMLA 1HEBA 4YYTA 1UGBA 1G52A 4FL7A 3S8XA 4QK1A 1CNGA 5BNLA 3PYKA 3F8EA 3KOIA 4YXOA 1KOQA 4RUYA 3S76A 3CYUA 5FNJA 4PQ7A 1ZFQA 5DSIA 2WEHA 4ZWIA 5C8IA 4QJWA 5DOHA 3OYQA 1CVCA 1KEQA 3UYNA 5FNMA 2WEGA 3HLJA 4Q6EA 1KOPA 5EHEA 4ETQC 1HEDA 3ML5A 2QO8A 5EHWA 5DOGA 4ZWXA 1HVAA 3DD0A 5BRWA 4XIWA 4K13A 4ZAOA 1TBTX 4E4AA 4CNVA 3N3JA 1I9PA 3EFTA 1YO0A 1ZSCA 3MDZA 1EOUA 5EH8A 3RGEA 1FSQA 5G0CA 4YXUA 2X7TA 3IGPA 4WUPA 3B4FA 4L5WA 4K1QA 5FLTA 2FOUA 3MNIA 1I9OA 4KUWA 4ITPA 5E5UA 4HT0A 4HU1A 2HL4A 4YX4A 5DSLA 1HUHA 5EZTX 4YWPA 1BNWA 1ZE8A 3NI5A 4GL1X 4RUXA 3ZP9A 3M2XA 1UGCA 1XEGA 4QSIA 8CA2A 4Q7PA 1URTA 2FMGA 4DZ9A 2QP6A 3FW3A 1IF4A 1H4NA 4M2RA 3T84A 4Q83A 4QK3A 5DSJA 3KONA 5DRSA 1OKLA 2CBEA 3CZVA 3M40A 5FLSA 2H15A 1FQLA 4Q08A 3U3AX 5CLUA 3M67A 3HKQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ZWZ A;  2X7U A;  5DSR A;  3V5G A;  4QJX A;  1BNQ A;  3R17 B;  2FNM A;  2VVA X;  3D9Z A;  5E5R A;  4Q87 A;  4QY3 A;  3T85 A;  3P58 A;  12CA A;  4QJO A;  3P4V A;  4XZ5 A;  1BNN A;  3M5T A;  2POU A;  1YDA A;  2H4N A;  4Z1E A;  5SZ3 A;  4Q09 A;  5E2R A;  4MLT A;  4ZX0 A;  4LU3 A;  4MDG A;  1YDD A;  1G53 A;  5LMD A;  5CA2 A;  3IBU A;  2NN1 A;  3SAX A;  1KWR A;  3V3G B;  5FLR A;  3M2Z A;  3N0N A;  4XFW A;  2CBB A;  3DBU A;  3KLD B;  5SZ0 A;  5JG3 B;  4YGJ A;  5JQ0 A;  4Q8Y A;  4C3T A;  4Z1J A;  3DCS A;  4HEZ A;  5E2N A;  3MYQ A;  4HBA A;  1JV0 A;  3U47 A;  4Y0J A;  5JDV B;  2ABE A;  3EFI A;  1THK A;  3S97 A;  1BV3 A;  4Q7S A;  1ZGF A;  1J9W A;  2AX2 A;  3BET A;  4LHI A;  2HKK A;  3M1W A;  5FDC A;  1LUG A;  1G45 A;  1V9E A;  3DCC A;  5JES B;  3P44 A;  4TWM A;  1TH9 A;  4FVN A;  1ZNC A;  3CAJ A;  1I9L A;  4MLX A;  5SZ1 A;  3S75 B;  1BN1 A;  1YDB A;  4QSJ A;  5HPJ A;  4YGK A;  1F2W A;  3IAI A;  3F7B A;  1DCB A;  2WEJ A;  1LZV A;  1DMY A;  3DC9 A;  5DSO A;  5JG5 B;  1CAZ A;  1IF5 A;  3S77 B;  1CAJ A;  4LP6 A;  4CAC A;  1DMX A;  1UGF A;  3JXF A;  3BL1 A;  3KOK A;  3MNU A;  5BRU A;  3HKN A;  5EOI A;  1Z97 A;  3JXG A;  4WR7 A;  1RZE A;  3HKU A;  5SZ2 A;  1CVE A;  1TEU X;  1A42 A;  2POV A;  4KAP A;  4HEY A;  4XIX A;  1T9N A;  1JD0 A;  3IBL A;  1HCA A;  2WEO A;  2FOS A;  5BRV A;  4E3D A;  5AMD A;  3Q31 A;  2IT4 A;  1TG9 A;  1RZB A;  3D92 A;  3OY0 A;  5A25 A;  3HS4 A;  1IF6 A;  4FU5 A;  4RIV A;  3V2M A;  4WL4 A;  1UGE A;  3RZ5 A;  7CA2 A;  3OIM A;  5DSQ A;  2EU2 A;  1MUA A;  5DSM A;  2HNC A;  1TEQ X;  5L3O A;  1CNB A;  1G0F A;  1CVD A;  1CVH A;  4Q81 A;  6CA2 A;  1G46 A;  1G3Z A;  3DAZ A;  1CVF A;  4L5V A;  1CAO A;  5E2S A;  3RYZ A;  3M1Q A;  4QTL A;  4CNX A;  1I91 A;  2CBC A;  4RFC A;  5SZ6 A;  4E49 A;  3FE4 A;  2HD6 A;  5EKJ A;  2NXR A;  3V3I B;  4IWZ A;  3LXE A;  4RIU A;  3IEO A;  4CQ0 A;  5FNK A;  3M5E A;  1FQR A;  1XPZ A;  3MHO A;  3MWO A;  5E2K A;  5FL6 A;  1Z9Y A;  1FQM A;  3JXH C;  1I9M A;  3QYK A;  4Q8Z A;  5L6K A;  1V9I C;  3RZ7 A;  2NWP A;  4ZX1 A;  4YXI A;  4QSA A;  1FQN A;  5AMG A;  4FIK A;  4RFD A;  3P5A A;  4CA2 A;  3BL0 A;  1BNM A;  3DV7 A;  1CRA A;  4Q8X A;  3K2F A;  3T83 A;  2CBD A;  4IDR X;  5FL5 A;  3U7C A;  1CRM A;  1LG6 A;  3M3X A;  3RYJ B;  4WW8 A;  5G03 A;  1HUG A;  2EU3 A;  1CAN A;  5FLQ A;  3S74 B;  4UOV A;  4RN4 A;  3IBI A;  1AVN A;  4QJM A;  4E9O X;  4BCW A;  1CNJ A;  3V3J A;  4RH2 A;  3W6I A;  4Q49 A;  5IPZ A;  2O4Z A;  1CAK A;  1FR4 A;  1CAL A;  4JSS A;  1BNT A;  3P5L A;  2X7S A;  4L5U A;  1CNW A;  3NB5 A;  1G48 A;  4JS6 A;  4QJ0 A;  4R5A A;  1CNX A;  3F7U A;  4Z1N A;  1BNV A;  4Q7V A;  3OIL A;  4MO8 A;  1YDC A;  3OIK A;  3PO6 A;  3SBH A;  1CIL A;  5E2M A;  4QIY A;  4KUY A;  1RAZ A;  3DD8 A;  4Q06 A;  1G4O A;  1UGG A;  2WD2 A;  1RZA A;  1CA3 A;  2FOY A;  5FNG A;  1Y7W A;  3D8W A;  3RLD A;  3F4X A;  1I90 A;  3DCW A;  4BF6 A;  4FRC A;  3KNE A;  4KNN A;  5EH5 A;  3TVO X;  1IF9 A;  5DSP A;  5CAC A;  3M96 A;  1KWQ A;  3M1K A;  3OKV A;  4Q9Y A;  4Q0L A;  2FW4 A;  2HOC A;  5EHV A;  3W6H A;  1HEC A;  5SZ5 A;  4QSB A;  4HF3 A;  3MNK A;  4Q07 A;  2CAB A;  1OQ5 A; 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4G7AA

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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