4GL1 | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNLGAAFLVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__513149187259315__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__513149187259315__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4GL1/X/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__513149187259315__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"513149187259315","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4GL1/X/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__513149187259315__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0028ff574dc073089c7741/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0028ff574dc073089c7741/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0028ff574dc073089c7741/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0028ff574dc073089c7741/pdb.gz): 858 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Hydrophobicity and low pKa impact catalytic efficiency of Human Carbonic Anhydrases rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	76
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2012-08-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
X	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4gl1X00

3N0NA 5EH7A 1F2WA 3NJ9A 1UGEA 5CACA 4Q7SA 4LP6A 3B4FA 1BN4A 1HEAA 2QO8A 2HOCA 2POVA 4WL4A 4CNVA 4Q7PA 4Q87A 3RLDA 3DVBA 3U47A 5AMDA 4Q8ZA 5G0CA 1THKA 1OKLA 1RZAA 4YGKA 5FLSA 5BRUA 5IPZA 1ZH9A 3P3JA 4PYXA 2WEOA 1HUHA 1CAYA 2NXSA 4TWMA 5CA2A 3S76A 4Q09A 5BRWA 4L5WA 3M2ZA 5DOGA 3MHLA 5E2RA 3T5UA 1CCSA 4KNNA 3B1BA 1CA3A 4QK2A 3BL0A 3MNKA 1ZGEA 1CVBA 4RN4A 4KUWA 1I90A 5EHEA 1HEBA 5FNKA 4CA2A 1AVNA 4JSSA 3M67A 5EKJA 9CA2A 1I9LA 3IBLA 5SZ0A 3K2FA 4PZHA 5SZ4A 1TG9A 3OYQA 5DOHA 1HCBA 3M2XA 4QEFA 3T85A 3ZNCA 1CVFA 4Q7VA 1G52A 3F4XA 1ZSAA 4MDMA 3BETA 1H4NA 3RZ7A 1H9NA 3D93A 2WEGA 4CNXA 5E28A 1IF4A 4HT2A 5FNMA 4ETQC 1G45A 5DSJA 4E3DA 5EH5A 1UGCA 3S78B 5EKHA 4E49A 4XE1A 4GL1X 3RZ5A 4ITOA 4M2UA 4FIKA 2HKKA 4QJ0A 1DCAA 2EU2A 5AMLA 1G53A 1H9QA 1JD0A 1RAYA 4RFDA 2OSFA 5FL5A 1FQNA 1BNMA 3PO6A 3KLDB 3NI5A 3RZ0B 5FLQA 4FPTA 3OIMA 4HEWA 2Q1BA 4QIYA 4QY3A 3S97A 3N3JA 4Z1NA 3MNHA 3ML2A 3DAZA 3M40A 2FOVA 4QSIA 3FFPX 4E3GA 4YHAA 3RZ1B 2H4NA 3IEOA 3DCCA 1A42A 3R16A 1HECA 3DCSA 1Z93A 3CA2A 3T5ZA 2NN1A 3SAPA 3KKXA 3DVDA 5FL4A 1CVDA 2H15A 1BNVA 2NNGA 5G01A 1FQMA 3C7PA 5EKMA 2NMXA 4FVOA 1T9NA 3R17B 1TEUX 4FU5A 3MHMA 5AMGA 3M5TA 4YXUA 3S9TA 3RYZA 1TBTX 1CZMA 1IF8A 1I9PA 1KOPA 1CA2A 3CYUA 4QJMA 1YO2A 5FL6A 4QSAA 5FLRA 4QSJA 3OY0A 1J9WA 5DRSA 3T82A 3MDZA 1BNQA 1CAOA 4RIVA 2IT4A 5L6KA 2HD6A 3D0NA 3SBHA 3M14A 4YX4A 2NNSA 3F7UA 2Q38A 3GZ0A 3L14A 4QJOA 3D9ZA 5JQTA 1HVAA 1AM6A 5E2KA 2QOAA 5EH8A 2CBAA 3M5EA 2GD8A 3V2MA 2NWZA 4QJPA 3FW3A 1V9EA 3PJJA 5LMDA 3HLJA 1HEDA 5SZ2A 2CBBA 4HF3A 3V7XA 1BCDA 3V5GA 3HS4A 2FNMA 3P58A 1UGBA 1G4JA 2FW4A 1I9QA 1XEVA 2AX2A 1FSRA 5FLOA 5CJFA 4YWPA 5A6HA 4Q83A 1UGDA 1G6VA 1HUGA 1ZFQA 4Z1EA 1CINA 1CVEA 3MHCA 2Q1QA 2WD2A 4HEZA 4PXXA 1IF6A 4YYTA 1AZMA 2CBDA 2VVBX 4LU3A 5G0BA 5G03A 1I9OA 4Z1JA 1KWQA 1LG5A 5A25A 1BICA 1LGDA 4HBAA 4ITPA 5DSRA 3F8EA 4PYYA 2NXTA 3P4VA 4X5SA 4Y0JA 5SZ1A 1BN3A 3IBUA 3OILA 4Q8YA 4RFCA 1TTMA 4CNRA 1OKNA 2FOQA 2POWA 2FMGA 5FLTA 5E2MA 1CAZA 3JXFA 3TMJA 4PQ7A 5L3OA 3P3HA 1XQ0A 3D8WA 1RZDA 4ZWYA 8CA2A 3ML5A 5DVXA 1CCTA 4JSWA 5BYIA 3MZCA 1CAHA 5BRVA 3M2YA 2NWYA 3SBIA 3SAXA 2GEHA 2HFWA 3F7BA 5BNLA 3M04A 2OSMA 3V3HB 4M2RA 1MUAA 4XFWA 1G1DA 3Q31A 3MWOA 4YGJA 4QJWA 1G0EA 3DA2A 4ILXA 4Q7WA 5C8IA 3VBDA 3MNAA 4Q6EA 4E3HA 5JQ0A 1CVAA 1LZVA 4DZ9A 1BNTA 4YGNA 1JV0A 5DSLA 1FQRA 4ZWXA 5FLPA 1ZE8A 3RGEA 3MMFA 4FRCA 4Z1KA 1CNJA 1CAJA 3UYNA 1OQ5A 2FNKA 4N0XB 1FR4A 1YDAA 4ZAOA 3IBNA 4Q49A 4Q78A 4KP8A 5JEGB 1CNWA 4RUYA 2WEHA 4RH2A 5E2NA 4BCWA 5FNJA 5EZTX 2AW1A 4MLXA 4KNMA 4UOVA 3M2NA 2HL4A 3DD8A 2ILIA 4XZ5A 3MNIA 4WW6A 2NN7A 1RAZA 1CNXA 4JS6A 3S77B 1HCAA 1CALA 4K0ZA 4RUXA 1RZBA 2WD3A 1CNHA 1DCBA 3HKTA 5EHWA 1XPZA 5JDVB 1BV3A 4QSBA 1BNNA 5DSMA 3RG3A 3MHOA 5JGSB 1I8ZA 3DC9A 4FVNA 4QTLA 4C3TA 1KEQA 1CNGA 2POUA 2CA2A 4R5AA 5E2SA 3DBUA 1RJ5A 3M1KA 2NNVA 2ZNCA 5J8ZA 4YXIA 3PYKA 3S72B 5JEHB 1ZFKA 3ZP9A 1LUGA 3S8XA 1FLJA 2FNNA 1IF5A 4G0CA 2NXRA 4E4AA 5EOIA 3M98A 3RYYA 1YDCA 3HFPA 1UGFA 1YDBA 4QK3A 6CA2A 4MLTA 2CBEA 1G0FA 3NB5A 3K7KA 2F14A 5SZ6A 3DC3A 3P5LA 1XEGA 3LXEA 3P5AA 4CNWA 3OYSA 1ZNCA 4K13A 3RJ7A 5FNGA 5DSIA 1G48A 1KOQA 4IWZA 1YDDA 4RUZA 3QYKA 3P44A 3IBIA 3HKNA 3S73B 5DSQA 5DSNA 5FDIA 3MYQA 4XIXA 1BNUA 1ZSBA 1LG6A 4COQA 4YVYA 3EFTA 1FQLA 1ZSCA 4WR7A 4E9OX 4K0SA 4BF1A 1JCZA 4HEYA 2X7TA 1I9NA 4YGFA 2WEJA 3M96A 4Q07A 5E5UA 1YO0A 1FSNA 1CVCA 2X7SA 2FOYA 3OKUA 3V3GB 4RIUA 4L5UA 3V3FA 1RJ6A 1FR7A 1RZEA 1ZGFA 1CNYA 4WUPA 3M1QA 3S75B 3KS3A 3DVCA 3TVNX 1BZMA 4BF6A 3KOKA 1IF7A 2O4ZA 4Q90A 3D92A 3MHIA 4XIWA 4CQ0A 5JG5B 3OKVA 3EFIA 5DSPA 1CNIA 3T84A 2CBCA 3KNEA 4HU1A 5FNIA 4YXOA 4ZWZA 4KNIA 2W2JA 4KUYA 3N4BA 1Y7WA 3S74B 2NWOA 2X7UA 3T83A 5JG3B 1DMXA 5EIJA 4MO8A 5SZ5A 1BNWA 3V3JA 5FNHA 3BL1A 2NNOA 4Z0QA 4ZWIA 3DCWA 5E5RA 3HKUA 5JESB 4Q99A 5DSOA 4KAPA 3JXHC 1URTA 4G7AA 4N16A 4Q81A 2HNCA 4QJXA 3KONA 1G54A 3M5SA 4DZ7A 4FL7A 1EOUA 4KNJA 1YO1A 4IDRX 1CRMA 3KIGA 5SZ7A 12CAA 3RZ8A 4K1QA 4ZX1A 1TE3X 3HKQA 3U3AX 4HT0A 4KUVA 5DSKA 1CILA 3W6IA 1MOOA 1I9MA 3RG4A 3JXGA 5JGTB 3U45X 3RYVB 3MNJA 1Z97A 4MDLA 4MTYA 3FE4A 4WW8A 4R5BA 4L5VA 3DV7A 3U7CA 1TB0X 2EZ7A 1CVHA 1TG3A 1UGGA 4QIZA 4ZX0A 4Q8XA 4WUQA 1G4OA 3P55A 5FNLA 2NWPA 4KV0A 1CAMA 1DMYA 5JEPB 4Q06A 3V3IB 2FOUA 3RYXB 4Q08A 1CNKA 4Q9YA 3IAIA 4K0TA 4KP5A 4M2WA 1KWRA 1G46A 3IGPA 4JSZA 4QK1A 3K34A 3OIKA 5FDCA 1IF9A 3RYJB 4YGLA 1G3ZA 3M1WA 3TVOX 2CABA 2FMZA 1CIMA 3KOIA 1UGAA 3DD0A 3KWAA 3M3XA 3CAJA 1RZCA 2QP6A 2VVAX 1CCUA 1CANA 1I91A 1V9IC 1BN1A 1OKMA 4Q0LA 1CAKA 4E3FA 4CACA 5SZ3A 1Z9YA 1TH9A 3M1JA 1CRAA 5HPJA 1FSQA 5EHVA 2EU3A 4E5QA 4Q6DA 3S71B 1CNCA 3V2JA 4JSAA 3UYQA 1CNBA 3MNUA 3CZVA 4M2VA 4R59A 7CA2A 4TWLA 3W6HA 5CLUA 2FOSA 1TEQX 3N2PA 4LHIA 2ABEA 4MDGA 1CAIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3N0N A;  5EH7 A;  1F2W A;  3NJ9 A;  1UGE A;  5CAC A;  4Q7S A;  4LP6 A;  3B4F A;  1BN4 A;  1HEA A;  2QO8 A;  2HOC A;  2POV A;  4WL4 A;  4CNV A;  4Q7P A;  4Q87 A;  3RLD A;  3DVB A;  3U47 A;  5AMD A;  4Q8Z A;  5G0C A;  1THK A;  1OKL A;  1RZA A;  4YGK A;  5FLS A;  5BRU A;  5IPZ A;  1ZH9 A;  3P3J A;  4PYX A;  2WEO A;  1HUH A;  1CAY A;  2NXS A;  4TWM A;  5CA2 A;  3S76 A;  4Q09 A;  5BRW A;  4L5W A;  3M2Z A;  5DOG A;  3MHL A;  5E2R A;  3T5U A;  1CCS A;  4KNN A;  3B1B A;  1CA3 A;  4QK2 A;  3BL0 A;  3MNK A;  1ZGE A;  1CVB A;  4RN4 A;  4KUW A;  1I90 A;  5EHE A;  1HEB A;  5FNK A;  4CA2 A;  1AVN A;  4JSS A;  3M67 A;  5EKJ A;  9CA2 A;  1I9L A;  3IBL A;  5SZ0 A;  3K2F A;  4PZH A;  5SZ4 A;  1TG9 A;  3OYQ A;  5DOH A;  1HCB A;  3M2X A;  4QEF A;  3T85 A;  3ZNC A;  1CVF A;  4Q7V A;  1G52 A;  3F4X A;  1ZSA A;  4MDM A;  3BET A;  1H4N A;  3RZ7 A;  1H9N A;  3D93 A;  2WEG A;  4CNX A;  5E28 A;  1IF4 A;  4HT2 A;  5FNM A;  4ETQ C;  1G45 A;  5DSJ A;  4E3D A;  5EH5 A;  1UGC A;  3S78 B;  5EKH A;  4E49 A;  4XE1 A;  4GL1 X;  3RZ5 A;  4ITO A;  4M2U A;  4FIK A;  2HKK A;  4QJ0 A;  1DCA A;  2EU2 A;  5AML A;  1G53 A;  1H9Q A;  1JD0 A;  1RAY A;  4RFD A;  2OSF A;  5FL5 A;  1FQN A;  1BNM A;  3PO6 A;  3KLD B;  3NI5 A;  3RZ0 B;  5FLQ A;  4FPT A;  3OIM A;  4HEW A;  2Q1B A;  4QIY A;  4QY3 A;  3S97 A;  3N3J A;  4Z1N A;  3MNH A;  3ML2 A;  3DAZ A;  3M40 A;  2FOV A;  4QSI A;  3FFP X;  4E3G A;  4YHA A;  3RZ1 B;  2H4N A;  3IEO A;  3DCC A;  1A42 A;  3R16 A;  1HEC A;  3DCS A;  1Z93 A;  3CA2 A;  3T5Z A;  2NN1 A;  3SAP A;  3KKX A;  3DVD A;  5FL4 A;  1CVD A;  2H15 A;  1BNV A;  2NNG A;  5G01 A;  1FQM A;  3C7P A;  5EKM A;  2NMX A;  4FVO A;  1T9N A;  3R17 B;  1TEU X;  4FU5 A;  3MHM A;  5AMG A;  3M5T A;  4YXU A;  3S9T A;  3RYZ A;  1TBT X;  1CZM A;  1IF8 A;  1I9P A;  1KOP A;  1CA2 A;  3CYU A;  4QJM A;  1YO2 A;  5FL6 A;  4QSA A;  5FLR A;  4QSJ A;  3OY0 A;  1J9W A;  5DRS A;  3T82 A;  3MDZ A;  1BNQ A;  1CAO A;  4RIV A;  2IT4 A;  5L6K A;  2HD6 A;  3D0N A;  3SBH A;  3M14 A;  4YX4 A;  2NNS A;  3F7U A;  2Q38 A;  3GZ0 A;  3L14 A;  4QJO A;  3D9Z A;  5JQT A;  1HVA A;  1AM6 A;  5E2K A;  2QOA A;  5EH8 A;  2CBA A;  3M5E A;  2GD8 A;  3V2M A;  2NWZ A;  4QJP A;  3FW3 A;  1V9E A;  3PJJ A;  5LMD A;  3HLJ A;  1HED A;  5SZ2 A;  2CBB A;  4HF3 A;  3V7X A;  1BCD A;  3V5G A;  3HS4 A;  2FNM A;  3P58 A;  1UGB A;  1G4J A;  2FW4 A;  1I9Q A;  1XEV A;  2AX2 A;  1FSR A;  5FLO A;  5CJF A;  4YWP A;  5A6H A;  4Q83 A;  1UGD A;  1G6V A;  1HUG A;  1ZFQ A;  4Z1E A;  1CIN A;  1CVE A;  3MHC A;  2Q1Q A;  2WD2 A;  4HEZ A;  4PXX A;  1IF6 A;  4YYT A;  1AZM A;  2CBD A;  2VVB X;  4LU3 A;  5G0B A;  5G03 A;  1I9O A;  4Z1J A;  1KWQ A;  1LG5 A;  5A25 A;  1BIC A;  1LGD A;  4HBA A;  4ITP A;  5DSR A;  3F8E A;  4PYY A;  2NXT A;  3P4V A;  4X5S A;  4Y0J A;  5SZ1 A;  1BN3 A;  3IBU A;  3OIL A;  4Q8Y A;  4RFC A;  1TTM A;  4CNR A;  1OKN A;  2FOQ A;  2POW A;  2FMG A;  5FLT A;  5E2M A;  1CAZ A;  3JXF A;  3TMJ A;  4PQ7 A;  5L3O A;  3P3H A;  1XQ0 A;  3D8W A;  1RZD A;  4ZWY A;  8CA2 A;  3ML5 A;  5DVX A;  1CCT A;  4JSW A;  5BYI A;  3MZC A;  1CAH A;  5BRV A;  3M2Y A;  2NWY A;  3SBI A;  3SAX A; 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4GL1X

Total Genus

Knots found

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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