4JS6 | Genus

Total Genus 74

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFDFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__42359771131640356__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__42359771131640356__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4JS6/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__42359771131640356__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"42359771131640356","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4JS6/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__42359771131640356__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Metalloprotein-Inhibitor Binding: Human Carbonic Anhydrase II as a Model for Probing Metal-Ligand Interactions in a Metalloprotein Active Site. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	74
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2013-03-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4js6A00

1CNCA 3R17B 1CIMA 3QYKA 4PYXA 4QSBA 1BNQA 1KWRA 5JEHB 5JDVB 5E5RA 3HFPA 4GL1X 3B1BA 2FOSA 1FLJA 3S71B 3RJ7A 9CA2A 3S8XA 1BNUA 3T5UA 1CNHA 3S72B 4QSAA 2AX2A 5EHEA 1BNWA 2FOQA 3EFTA 5AMLA 2NWZA 3MHCA 3M1QA 2NNSA 4KNIA 4M2VA 1CVCA 4FIKA 4JSAA 1HEBA 3KONA 5EZTX 1CAJA 1HEAA 4QJPA 3V3HB 5FNGA 3DVBA 4QJOA 2X7TA 3P4VA 3MMFA 3RYJB 3RYYA 5FLOA 4KAPA 4YXOA 1V9EA 5G03A 1H9QA 4Q83A 5FNLA 1FSRA 1UGGA 4E4AA 3D8WA 1G45A 1UGFA 4IWZA 2QO8A 3ML2A 2NN7A 5EHWA 4YX4A 5SZ7A 1T9NA 1BNVA 2NXSA 2GEHA 3MDZA 1ZE8A 3M04A 1V9IC 3M5EA 1EOUA 1OKNA 4MDLA 3DCWA 3KS3A 4QTLA 4ITOA 1AM6A 4XIXA 3M3XA 3SAXA 4Q78A 4ZWYA 1FSNA 3P3HA 4FRCA 3S73B 4R59A 4Q81A 3RZ8A 4KNNA 4ILXA 1CAMA 3P55A 4K0TA 3S97A 2NNVA 3KNEA 3RZ0B 5E2NA 1HUGA 2X7SA 3HLJA 5FNIA 5SZ4A 1CCTA 4ITPA 4JSSA 5JQTA 4KUVA 1I9NA 5EH5A 2AW1A 4CA2A 3HKQA 1CNBA 4Q09A 1G4OA 2H4NA 1CZMA 2WD2A 4TWMA 4DZ7A 4ZAOA 1Z93A 4QJXA 3RZ7A 4E9OX 1CAZA 1UGDA 2QP6A 2FNNA 1A42A 3MWOA 3ZP9A 4MDMA 5FNMA 4QJ0A 1DCBA 4PQ7A 1TH9A 4UOVA 4KNJA 1AVNA 1FR4A 2CBBA 4Q9YA 3N4BA 1RAZA 4E5QA 4ZWIA 1ZNCA 3RG3A 1ZSBA 3MNIA 5E5UA 4WW6A 2FOUA 3D92A 1BNMA 3PYKA 4JS6A 1BCDA 4LU3A 3IGPA 1UGEA 3BETA 4M2UA 5DSMA 1G3ZA 4YGNA 3DD8A 5DOHA 1FQMA 3M2NA 3U45X 4QEFA 5CACA 3CAJA 4KNMA 3M5SA 1LG6A 4ZWXA 4MO8A 5AMGA 1I91A 1YO1A 2POUA 2NWPA 1ZGEA 1ZH9A 3S77B 3EFIA 4Q6DA 3IEOA 5A6HA 3JXHC 3M2XA 3MNKA 3F4XA 2OSMA 2WEHA 3ZNCA 6CA2A 3SBHA 1HCBA 1CNWA 2HKKA 3OIMA 2VVAX 5FLRA 1LG5A 1CCSA 1HCAA 2WEJA 4FVNA 3RGEA 1CNKA 4RUYA 3V3IB 3N3JA 4RN4A 4Y0JA 2GD8A 4XZ5A 3DBUA 4DZ9A 3PJJA 5EIJA 5CLUA 3OYSA 3M67A 3MYQA 3K2FA 3NJ9A 5FDIA 5E2KA 2OSFA 4RFDA 3ML5A 1CAYA 1G4JA 1HEDA 3F7UA 5BRWA 5EOIA 3DVCA 3OIKA 1CAHA 2ILIA 3DA2A 3KWAA 4YHAA 4MLTA 5SZ5A 4KUWA 4E3FA 2FMGA 3HKNA 1ZSAA 3HS4A 3MNJA 4QSJA 1RZBA 4MDGA 4Q7PA 3U3AX 1BICA 2WEGA 1CVBA 3KOIA 4FU5A 5SZ1A 3DV7A 3T84A 3P58A 1MUAA 2FNMA 4WW8A 4Q49A 1I8ZA 3T82A 5CA2A 1KEQA 4MTYA 5FNJA 4IDRX 2ABEA 1YDBA 2FNKA 1TG9A 3DVDA 1TEQX 3MNHA 4K0SA 2QOAA 5SZ3A 4Q90A 3MNUA 1CAKA 3M14A 4WL4A 4FVOA 4RFCA 4QY3A 5L3OA 4KP8A 1CAOA 3P3JA 5JG3B 1CCUA 3N2PA 5DRSA 2O4ZA 1CALA 4XFWA 3V7XA 1RZAA 1DMYA 4XIWA 3M98A 4ZX1A 4BF1A 3FFPX 8CA2A 1BN4A 1BN3A 4WUQA 3KKXA 1BN1A 3M1JA 3V2MA 5DSQA 2EZ7A 1CNGA 5JQ0A 3DCSA 3CZVA 1LZVA 2X7UA 4CNXA 5C8IA 1YDDA 3MZCA 5AMDA 4HEYA 4G0CA 4YGJA 4RUXA 3BL1A 1FSQA 1RZEA 1URTA 3OYQA 4Q87A 1LUGA 3U47A 5G0CA 1YO2A 1RZDA 4CNVA 3M1WA 4Q0LA 4QK1A 4RUZA 5JESB 1F2WA 5FNKA 3HKTA 1TE3X 3IBLA 4QIZA 4QJWA 3F7BA 2POVA 5JGSB 2CBEA 3B4FA 2NXRA 3CYUA 3RG4A 3KLDB 3RYXB 2HFWA 4Z1KA 1CVEA 4YVYA 3S76A 1FR7A 3OKUA 1CINA 4ETQC 1OKMA 3S78B 3M2YA 5JEPB 1IF4A 1CNIA 4HEZA 3T85A 5HPJA 2H15A 3RLDA 2CBAA 1CNYA 1BNTA 2FW4A 2Q38A 4ZX0A 1YDCA 1YDAA 4Q06A 5E2MA 4RH2A 1XEGA 3HKUA 4X5SA 2POWA 4K1QA 3MHOA 1TEUX 1HVAA 2CBDA 3BL0A 3OKVA 3MHIA 2HNCA 4L5WA 2F14A 2NWYA 2NN1A 1UGAA 4Q99A 1THKA 4MLXA 4HU1A 2W2JA 2Q1BA 2HD6A 3LXEA 1RJ6A 4BCWA 4CNRA 4R5BA 3RYVB 4COQA 1I9LA 1ZFQA 1I90A 4G7AA 1UGBA 3D9ZA 1BNNA 1CVFA 4Z0QA 2CABA 3M1KA 4YYTA 3Q31A 5DSOA 5FLTA 4Q08A 1G53A 4N16A 3FW3A 2FOVA 1HECA 3M40A 1CVDA 3P44A 4LP6A 4Q07A 3PO6A 1CVAA 1KOQA 3M96A 5JEGB 3UYNA 5G0BA 1Z9YA 5EKMA 5FL5A 3S9TA 2NWOA 2CA2A 1FQLA 1XQ0A 1Z97A 3NI5A 3RZ5A 3SBIA 3V3JA 5BRUA 4C3TA 1CANA 2Q1QA 4FL7A 4CACA 4Q7WA 3RYZA 1G0EA 5A25A 1CA2A 1RJ5A 5DSRA 5EH8A 1OKLA 4K13A 5IPZA 1TG3A 4PYYA 1JCZA 2HOCA 1JD0A 2NNGA 1FQRA 1ZGFA 3DD0A 4YWPA 3MNAA 4CNWA 3FE4A 4FPTA 4R5AA 1XPZA 1XEVA 2NNOA 2VVBX 3KOKA 3K34A 3IBNA 4Q6EA 2ZNCA 3V2JA 5EHVA 3T83A 5DSIA 1G54A 5FNHA 1I9QA 1OQ5A 2CBCA 5SZ2A 5SZ0A 3RZ1B 4KUYA 3IBIA 1CNXA 3DC3A 3K7KA 4PZHA 5G01A 5DSPA 5BNLA 3TVOX 3V3FA 1I9PA 2HL4A 3SAPA 4CQ0A 1YO0A 3IBUA 3CA2A 1FQNA 3IAIA 1CNJA 4QIYA 3P5AA 1CA3A 2EU3A 1HUHA 4QJMA 1JV0A 1KOPA 3VBDA 3TVNX 3DCCA 5FL4A 4QK2A 1IF8A 4HT0A 4Q8ZA 4QSIA 4HF3A 4HBAA 1IF5A 3V5GA 3DAZA 3F8EA 5DSNA 1IF7A 5FLPA 7CA2A 4HT2A 1CAIA 4JSWA 1CRMA 4RIUA 1KWQA 5E2RA 3M5TA 3OY0A 5DSKA 4E49A 4L5VA 5E2SA 4Q7SA 2EU2A 3T5ZA 4L5UA 3JXFA 3D93A 3JXGA 1J9WA 3L14A 3C7PA 3MHLA 4Q8XA 5FLQA 4XE1A 3TMJA 1IF6A 4QK3A 2NXTA 1UGCA 1CVHA 1TTMA 4KV0A 1TBTX 3GZ0A 1G1DA 3NB5A 5J8ZA 3W6IA 2WEOA 2NMXA 4ZWZA 1BV3A 4YGLA 4Z1JA 4WUPA 3DC9A 4Z1EA 4LHIA 5BRVA 3S74B 4Q8YA 3D0NA 3KIGA 4N0XB 5DVXA 5SZ6A 3MHMA 5JGTB 5DOGA 5L6KA 1G6VA 4YGKA 2IT4A 3W6HA 4YGFA 4BF6A 1ZFKA 5FLSA 1G52A 4Q7VA 1G0FA 4E3GA 3S75B 5LMDA 5FDCA 3V3GB 4E3DA 4WR7A 1CRAA 1G46A 3R16A 5EKHA 5DSLA 1MOOA 4JSZA 4M2RA 12CAA 4PXXA 3M2ZA 1DCAA 1ZSCA 5FL6A 3OILA 5JG5B 4Z1NA 1CILA 1TB0X 1I9MA 5E28A 3UYQA 1DMXA 1Y7WA 1I9OA 1RAYA 4YXUA 4YXIA 1AZMA 1H9NA 1BZMA 1IF9A 5EKJA 4TWLA 4K0ZA 5DSJA 1RZCA 2FMZA 4E3HA 5CJFA 2FOYA 3P5LA 2WD3A 1H4NA 1G48A 4KP5A 4RIVA 1LGDA 5EH7A 3N0NA 4M2WA 3U7CA 4HEWA 5BYIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CNC A;  3R17 B;  1CIM A;  3QYK A;  4PYX A;  4QSB A;  1BNQ A;  1KWR A;  5JEH B;  5JDV B;  5E5R A;  3HFP A;  4GL1 X;  3B1B A;  2FOS A;  1FLJ A;  3S71 B;  3RJ7 A;  9CA2 A;  3S8X A;  1BNU A;  3T5U A;  1CNH A;  3S72 B;  4QSA A;  2AX2 A;  5EHE A;  1BNW A;  2FOQ A;  3EFT A;  5AML A;  2NWZ A;  3MHC A;  3M1Q A;  2NNS A;  4KNI A;  4M2V A;  1CVC A;  4FIK A;  4JSA A;  1HEB A;  3KON A;  5EZT X;  1CAJ A;  1HEA A;  4QJP A;  3V3H B;  5FNG A;  3DVB A;  4QJO A;  2X7T A;  3P4V A;  3MMF A;  3RYJ B;  3RYY A;  5FLO A;  4KAP A;  4YXO A;  1V9E A;  5G03 A;  1H9Q A;  4Q83 A;  5FNL A;  1FSR A;  1UGG A;  4E4A A;  3D8W A;  1G45 A;  1UGF A;  4IWZ A;  2QO8 A;  3ML2 A;  2NN7 A;  5EHW A;  4YX4 A;  5SZ7 A;  1T9N A;  1BNV A;  2NXS A;  2GEH A;  3MDZ A;  1ZE8 A;  3M04 A;  1V9I C;  3M5E A;  1EOU A;  1OKN A;  4MDL A;  3DCW A;  3KS3 A;  4QTL A;  4ITO A;  1AM6 A;  4XIX A;  3M3X A;  3SAX A;  4Q78 A;  4ZWY A;  1FSN A;  3P3H A;  4FRC A;  3S73 B;  4R59 A;  4Q81 A;  3RZ8 A;  4KNN A;  4ILX A;  1CAM A;  3P55 A;  4K0T A;  3S97 A;  2NNV A;  3KNE A;  3RZ0 B;  5E2N A;  1HUG A;  2X7S A;  3HLJ A;  5FNI A;  5SZ4 A;  1CCT A;  4ITP A;  4JSS A;  5JQT A;  4KUV A;  1I9N A;  5EH5 A;  2AW1 A;  4CA2 A;  3HKQ A;  1CNB A;  4Q09 A;  1G4O A;  2H4N A;  1CZM A;  2WD2 A;  4TWM A;  4DZ7 A;  4ZAO A;  1Z93 A;  4QJX A;  3RZ7 A;  4E9O X;  1CAZ A;  1UGD A;  2QP6 A;  2FNN A;  1A42 A;  3MWO A;  3ZP9 A;  4MDM A;  5FNM A;  4QJ0 A;  1DCB A;  4PQ7 A;  1TH9 A;  4UOV A;  4KNJ A;  1AVN A;  1FR4 A;  2CBB A;  4Q9Y A;  3N4B A;  1RAZ A;  4E5Q A;  4ZWI A;  1ZNC A;  3RG3 A;  1ZSB A;  3MNI A;  5E5U A;  4WW6 A;  2FOU A;  3D92 A;  1BNM A;  3PYK A;  4JS6 A;  1BCD A;  4LU3 A;  3IGP A;  1UGE A;  3BET A;  4M2U A;  5DSM A;  1G3Z A;  4YGN A;  3DD8 A;  5DOH A;  1FQM A;  3M2N A;  3U45 X;  4QEF A;  5CAC A;  3CAJ A;  4KNM A;  3M5S A;  1LG6 A;  4ZWX A;  4MO8 A;  5AMG A;  1I91 A;  1YO1 A;  2POU A;  2NWP A;  1ZGE A;  1ZH9 A;  3S77 B;  3EFI A;  4Q6D A;  3IEO A;  5A6H A;  3JXH C;  3M2X A;  3MNK A;  3F4X A;  2OSM A;  2WEH A;  3ZNC A;  6CA2 A;  3SBH A;  1HCB A;  1CNW A;  2HKK A;  3OIM A;  2VVA X;  5FLR A;  1LG5 A;  1CCS A;  1HCA A;  2WEJ A;  4FVN A;  3RGE A;  1CNK A;  4RUY A;  3V3I B;  3N3J A;  4RN4 A;  4Y0J A;  2GD8 A;  4XZ5 A;  3DBU A;  4DZ9 A;  3PJJ A;  5EIJ A;  5CLU A;  3OYS A;  3M67 A;  3MYQ A;  3K2F A;  3NJ9 A;  5FDI A;  5E2K A;  2OSF A;  4RFD A;  3ML5 A;  1CAY A;  1G4J A;  1HED A;  3F7U A;  5BRW A;  5EOI A;  3DVC A;  3OIK A;  1CAH A;  2ILI A;  3DA2 A;  3KWA A;  4YHA A;  4MLT A;  5SZ5 A;  4KUW A;  4E3F A;  2FMG A;  3HKN A;  1ZSA A;  3HS4 A;  3MNJ A;  4QSJ A;  1RZB A;  4MDG A;  4Q7P A;  3U3A X;  1BIC A;  2WEG A;  1CVB A;  3KOI A;  4FU5 A;  5SZ1 A;  3DV7 A;  3T84 A;  3P58 A;  1MUA A;  2FNM A;  4WW8 A;  4Q49 A;  1I8Z A;  3T82 A;  5CA2 A;  1KEQ A;  4MTY A;  5FNJ A;  4IDR X;  2ABE A;  1YDB A;  2FNK A;  1TG9 A;  3DVD A;  1TEQ X;  3MNH A;  4K0S A;  2QOA A;  5SZ3 A;  4Q90 A;  3MNU A;  1CAK A;  3M14 A;  4WL4 A;  4FVO A;  4RFC A;  4QY3 A;  5L3O A;  4KP8 A;  1CAO A;  3P3J A;  5JG3 B;  1CCU A;  3N2P A;  5DRS A;  2O4Z A;  1CAL A;  4XFW A;  3V7X A;  1RZA A;  1DMY A;  4XIW A;  3M98 A;  4ZX1 A;  4BF1 A;  3FFP X;  8CA2 A;  1BN4 A;  1BN3 A;  4WUQ A;  3KKX A;  1BN1 A;  3M1J A;  3V2M A;  5DSQ A;  2EZ7 A;  1CNG A;  5JQ0 A;  3DCS A;  3CZV A;  1LZV A;  2X7U A;  4CNX A;  5C8I A;  1YDD A;  3MZC A;  5AMD A;  4HEY A;  4G0C A;  4YGJ A;  4RUX A;  3BL1 A;  1FSQ A;  1RZE A;  1URT A;  3OYQ A;  4Q87 A;  1LUG A;  3U47 A;  5G0C A;  1YO2 A;  1RZD A;  4CNV A;  3M1W A;  4Q0L A;  4QK1 A;  4RUZ A;  5JES B;  1F2W A;  5FNK A;  3HKT A;  1TE3 X;  3IBL A;  4QIZ A;  4QJW A;  3F7B A;  2POV A;  5JGS B;  2CBE A;  3B4F A;  2NXR A;  3CYU A;  3RG4 A;  3KLD B;  3RYX B;  2HFW A;  4Z1K A;  1CVE A;  4YVY A;  3S76 A;  1FR7 A;  3OKU A;  1CIN A;  4ETQ C;  1OKM A;  3S78 B;  3M2Y A;  5JEP B;  1IF4 A;  1CNI A;  4HEZ A;  3T85 A;  5HPJ A;  2H15 A;  3RLD A;  2CBA A;  1CNY A;  1BNT A;  2FW4 A;  2Q38 A;  4ZX0 A;  1YDC A;  1YDA A;  4Q06 A;  5E2M A;  4RH2 A;  1XEG A;  3HKU A;  4X5S A;  2POW A;  4K1Q A;  3MHO A;  1TEU X;  1HVA A;  2CBD A;  3BL0 A;  3OKV A;  3MHI A;  2HNC A;  4L5W A;  2F14 A;  2NWY A;  2NN1 A;  1UGA A;  4Q99 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4JS6A

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Chain Sequence

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