4KNJ | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__89141066056682__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__89141066056682__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4KNJ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__89141066056682__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"89141066056682","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4KNJ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__89141066056682__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0065d58718a54cfcad3d1e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0065d58718a54cfcad3d1e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0065d58718a54cfcad3d1e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0065d58718a54cfcad3d1e/pdb.gz): 445 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 29 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Benzenesulfonamides with pyrimidine moiety as inhibitors of human carbonic anhydrases I, II, VI, VII, XII, and XIII pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	76
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2013-05-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4knjA00

3V3IB 4Q8ZA 3SBIA 4RUZA 4MTYA 4M2WA 1BNQA 4QTLA 3DV7A 1UGGA 1HVAA 4HEYA 5JEGB 4CNWA 4M2VA 5DSNA 5JQ0A 1CVAA 5FNIA 3W6IA 3M98A 1Z9YA 3DD0A 3HKNA 2EU2A 3LXEA 4XIWA 1OKMA 4MLTA 3SAPA 1AM6A 4MDGA 3RYXB 4QJWA 2CBEA 1CA3A 2ILIA 5EH5A 2CBAA 1TB0X 4L5WA 4Q07A 1V9IC 4PZHA 4RFCA 5DSOA 1CCUA 1RAYA 4ZWXA 3MNIA 3V2MA 3CZVA 4E4AA 1CVEA 1FQRA 2POVA 1TG9A 3FFPX 5DOGA 1TEQX 1BZMA 3M04A 3M96A 4ZWZA 3RLDA 4WL4A 4PQ7A 1CVCA 1UGDA 3P3JA 1RZCA 3OYQA 3M2NA 3QYKA 3DCWA 2HKKA 1G6VA 2NXRA 1HECA 4KNMA 1ZFKA 4KP5A 3DVCA 3CAJA 4HEWA 3NJ9A 3M2YA 3M40A 4ITOA 4Z0QA 3ZP9A 4UOVA 3VBDA 1YO1A 1IF8A 2NNSA 3V3GB 1FR4A 1BCDA 3P3HA 4Q0LA 1ZSAA 3BL1A 3KONA 3GZ0A 1G4OA 5FLPA 2NWOA 4WUPA 4Q9YA 4R5BA 4Z1EA 3DBUA 3M3XA 4JSWA 4ZAOA 1LG6A 3K2FA 1CCSA 2QOAA 1I9LA 1DMYA 4PYYA 4X5SA 3D93A 5SZ6A 4PYXA 3M67A 3MHCA 1Z97A 3OILA 5LMDA 4COQA 1CILA 4QJXA 4E49A 5JG3B 1HEDA 2ABEA 5FNKA 5A6HA 4RFDA 5EOIA 5JQTA 1CAOA 1CAJA 1RAZA 2FMGA 1CNCA 1TG3A 1CNKA 1MOOA 4YXOA 4QJ0A 3DAZA 4RUXA 5L3OA 2FOUA 4G0CA 2WEOA 3HKUA 4KNJA 4Q7PA 3SAXA 1Z93A 5JESB 1FQNA 1TBTX 1YO2A 5JEPB 3OIKA 3S75B 5EH7A 1JD0A 1BNUA 1A42A 3S73B 1THKA 5DSKA 4E3HA 1UGFA 1RJ5A 1CAIA 3P5LA 4YVYA 3W6HA 4QSIA 1ZH9A 4ILXA 5EHEA 1FQLA 1LGDA 3DA2A 3M5SA 4QSAA 4CA2A 3KS3A 3HKQA 1I9QA 3D9ZA 3L14A 1CAKA 4YHAA 4YXIA 2H4NA 1CNJA 5FDIA 3V2JA 1OKNA 1HCAA 4Q83A 3IBUA 3Q31A 2NNOA 4RIUA 5BNLA 1J9WA 5BRUA 4MLXA 5FLQA 4JSSA 1CAYA 1FQMA 4QK1A 4YXUA 1ZSBA 2W2JA 1CRAA 4K1QA 1HUGA 2NWZA 4Q08A 4QJOA 3T5ZA 3T84A 5HPJA 4JSAA 3MWOA 4Q7SA 5JG5B 5AMDA 4TWLA 3KOKA 2HL4A 5DRSA 3DCCA 2NN7A 2NNVA 2Q1BA 3KLDB 1HEBA 5FL4A 2VVAX 2HFWA 3M1KA 4IDRX 3M1JA 5DSQA 5SZ5A 4FU5A 3KOIA 1TH9A 4CNXA 1CZMA 3KWAA 1BNNA 1LZVA 2HOCA 4CACA 2FNMA 3DD8A 3P5AA 1BNTA 2POWA 4MO8A 2WEHA 3T83A 2NWPA 4ZX1A 1RZDA 1URTA 3EFTA 4Q49A 3N3JA 1BNMA 1G0EA 4CNVA 5CA2A 1YDDA 2FNNA 4IWZA 1CNBA 1BNWA 4YGFA 3RYYA 1I9MA 1EOUA 3M14A 1TEUX 5BYIA 4JS6A 4L5UA 4K13A 5FDCA 1YDBA 1IF7A 4KUWA 3MZCA 2OSFA 3DC3A 4Q90A 4HF3A 1CCTA 1FSRA 3M5TA 1KWRA 3S76A 4Q09A 4Q6DA 1KOQA 3OYSA 5E2MA 3P4VA 1I9OA 3OKVA 1DCAA 3FW3A 2AW1A 1CNHA 4HT2A 3MNJA 4Z1JA 2OSMA 2CBDA 5EHVA 1I9NA 2F14A 3U45X 4KUYA 1CVFA 4QEFA 2H15A 5EHWA 2X7UA 3U47A 4Q81A 5FLSA 3F7BA 3MHMA 1RZEA 5FNGA 3IBNA 2FNKA 2NMXA 3R17B 4BF1A 4C3TA 3F4XA 1H9NA 3JXGA 3M2ZA 3B1BA 5BRWA 3ML5A 4XFWA 4YYTA 2IT4A 5EIJA 2CA2A 2NXSA 1RZAA 4K0ZA 4Q8YA 4Z1KA 1F2WA 2FOYA 4MDMA 2GEHA 3R16A 4GL1X 3D0NA 5DSIA 4Q7WA 1CNGA 1CVHA 1XEGA 4E9OX 4LHIA 3JXFA 4ITPA 4KNNA 2AX2A 3TVNX 3TMJA 1G52A 3SBHA 7CA2A 5G0BA 9CA2A 4N0XB 3T5UA 1I90A 1CNIA 2GD8A 1CALA 3RYVB 3KIGA 1IF4A 1UGEA 4LP6A 2CBCA 3OKUA 3RG4A 3V7XA 3FE4A 5AMLA 4WW6A 5C8IA 2VVBX 6CA2A 4L5VA 4Q8XA 5G01A 3RZ1B 4KUVA 1ZNCA 4G7AA 1FR7A 3UYNA 4FL7A 4QIYA 5DSMA 1BN3A 1XPZA 4E3FA 4WW8A 1CAHA 3IEOA 3P58A 2POUA 5FL5A 3RYZA 1JV0A 1TTMA 1RZBA 4M2UA 4CQ0A 4QJPA 3K7KA 3IAIA 4K0TA 1XEVA 3B4FA 4Q87A 3MNUA 3OIMA 1G54A 1BV3A 3D92A 2CBBA 4HU1A 4FRCA 3KNEA 1FSQA 2QP6A 4HBAA 5SZ3A 3UYQA 3BETA 3S9TA 1DCBA 2FOVA 1CAZA 5DSPA 4E3GA 3N4BA 3M5EA 3MNKA 3V5GA 3DC9A 1IF6A 3IBLA 4YGLA 4KP8A 1ZE8A 5JEHB 4YGKA 1HCBA 1OKLA 5G0CA 3C7PA 1BNVA 4RH2A 1G4JA 5BRVA 4FVNA 1UGCA 1IF5A 3CA2A 3S97A 3V3JA 4YWPA 3RZ7A 1YDAA 2NNGA 3V3HB 2QO8A 2EZ7A 5E2KA 4CNRA 5E28A 4FPTA 2HNCA 4QK2A 5E5RA 1CINA 4XZ5A 3IGPA 3S78B 5CACA 1DMXA 5SZ4A 1CANA 3NB5A 1CVDA 5SZ0A 1G48A 2X7SA 3TVOX 1ZFQA 1I9PA 1FLJA 4YGJA 4LU3A 1H4NA 4BCWA 3MHOA 2HD6A 3PYKA 5EKJA 5JDVB 4Q06A 5G03A 3HS4A 4JSZA 4YGNA 3OY0A 3F7UA 4FVOA 1CNXA 1MUAA 3PJJA 8CA2A 1BN1A 3N2PA 3M2XA 3MHLA 4YX4A 3DVDA 2WEGA 5E5UA 4E5QA 4RUYA 1T9NA 3S77B 4XE1A 1Y7WA 4TWMA 5E2RA 1G53A 1H9QA 1ZGEA 3K34A 5FNLA 4ZWIA 4Q78A 5E2NA 3S74B 3M1WA 1CVBA 1JCZA 3RGEA 5EKMA 1G3ZA 5FNHA 2ZNCA 2WD3A 4ZX0A 5FNMA 3HLJA 4QY3A 1OQ5A 3MHIA 3IBIA 1G1DA 3N0NA 3RZ0B 1G46A 1ZSCA 5FLTA 3DVBA 3S8XA 1V9EA 4QJMA 4Q99A 3P44A 5EZTX 5SZ7A 3HKTA 1CNWA 5DVXA 1CRMA 12CAA 1IF9A 5J8ZA 5SZ2A 1FSNA 1HUHA 3EFIA 1CIMA 3MNAA 5DOHA 1AZMA 4R5AA 4HEZA 1KEQA 5L6KA 4Z1NA 4ZWYA 1LUGA 5A25A 2X7TA 4WR7A 2FOQA 5CJFA 4Q6EA 4R59A 3CYUA 1LG5A 1CAMA 1ZGFA 4M2RA 5EH8A 5SZ1A 3RJ7A 5FLOA 1CA2A 2EU3A 2Q1QA 1KOPA 1KWQA 3M1QA 3RG3A 3ZNCA 2NXTA 4KV0A 4Q7VA 3BL0A 3ML2A 4WUQA 2Q38A 3NI5A 4MDLA 5DSLA 3RZ5A 5EKHA 1RJ6A 1XQ0A 2NN1A 5E2SA 4FIKA 4BF6A 3F8EA 3MDZA 4KNIA 1BICA 3RZ8A 2FW4A 1YDCA 5FNJA 3RYJB 1AVNA 4Y0JA 4QIZA 2O4ZA 4E3DA 1G0FA 3V3FA 3PO6A 4QSJA 1BN4A 3T85A 5JGTB 4ETQC 5FLRA 5DSRA 4N16A 3MYQA 3DCSA 4DZ7A 1CNYA 2FOSA 3P55A 4RIVA 3HFPA 5CLUA 3U3AX 3S71B 3JXHC 1UGBA 4K0SA 4RN4A 1UGAA 1I8ZA 3MMFA 5FL6A 2CABA 4QK3A 4KAPA 2NWYA 3KKXA 5DSJA 5JGSB 1HEAA 1I91A 2WEJA 4DZ9A 4XIXA 1TE3X 4HT0A 3T82A 3D8WA 1G45A 3MNHA 4QSBA 5IPZA 3S72B 4PXXA 5AMGA 3U7CA 2WD2A 1YO0A 2FMZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3V3I B;  4Q8Z A;  3SBI A;  4RUZ A;  4MTY A;  4M2W A;  1BNQ A;  4QTL A;  3DV7 A;  1UGG A;  1HVA A;  4HEY A;  5JEG B;  4CNW A;  4M2V A;  5DSN A;  5JQ0 A;  1CVA A;  5FNI A;  3W6I A;  3M98 A;  1Z9Y A;  3DD0 A;  3HKN A;  2EU2 A;  3LXE A;  4XIW A;  1OKM A;  4MLT A;  3SAP A;  1AM6 A;  4MDG A;  3RYX B;  4QJW A;  2CBE A;  1CA3 A;  2ILI A;  5EH5 A;  2CBA A;  1TB0 X;  4L5W A;  4Q07 A;  1V9I C;  4PZH A;  4RFC A;  5DSO A;  1CCU A;  1RAY A;  4ZWX A;  3MNI A;  3V2M A;  3CZV A;  4E4A A;  1CVE A;  1FQR A;  2POV A;  1TG9 A;  3FFP X;  5DOG A;  1TEQ X;  1BZM A;  3M04 A;  3M96 A;  4ZWZ A;  3RLD A;  4WL4 A;  4PQ7 A;  1CVC A;  1UGD A;  3P3J A;  1RZC A;  3OYQ A;  3M2N A;  3QYK A;  3DCW A;  2HKK A;  1G6V A;  2NXR A;  1HEC A;  4KNM A;  1ZFK A;  4KP5 A;  3DVC A;  3CAJ A;  4HEW A;  3NJ9 A;  3M2Y A;  3M40 A;  4ITO A;  4Z0Q A;  3ZP9 A;  4UOV A;  3VBD A;  1YO1 A;  1IF8 A;  2NNS A;  3V3G B;  1FR4 A;  1BCD A;  3P3H A;  4Q0L A;  1ZSA A;  3BL1 A;  3KON A;  3GZ0 A;  1G4O A;  5FLP A;  2NWO A;  4WUP A;  4Q9Y A;  4R5B A;  4Z1E A;  3DBU A;  3M3X A;  4JSW A;  4ZAO A;  1LG6 A;  3K2F A;  1CCS A;  2QOA A;  1I9L A;  1DMY A;  4PYY A;  4X5S A;  3D93 A;  5SZ6 A;  4PYX A;  3M67 A;  3MHC A;  1Z97 A;  3OIL A;  5LMD A;  4COQ A;  1CIL A;  4QJX A;  4E49 A;  5JG3 B;  1HED A;  2ABE A;  5FNK A;  5A6H A;  4RFD A;  5EOI A;  5JQT A;  1CAO A;  1CAJ A;  1RAZ A;  2FMG A;  1CNC A;  1TG3 A;  1CNK A;  1MOO A;  4YXO A;  4QJ0 A;  3DAZ A;  4RUX A;  5L3O A;  2FOU A;  4G0C A;  2WEO A;  3HKU A;  4KNJ A;  4Q7P A;  3SAX A;  1Z93 A;  5JES B;  1FQN A;  1TBT X;  1YO2 A;  5JEP B;  3OIK A;  3S75 B;  5EH7 A;  1JD0 A;  1BNU A;  1A42 A;  3S73 B;  1THK A;  5DSK A;  4E3H A;  1UGF A;  1RJ5 A;  1CAI A;  3P5L A;  4YVY A;  3W6H A;  4QSI A;  1ZH9 A;  4ILX A;  5EHE A;  1FQL A;  1LGD A;  3DA2 A;  3M5S A;  4QSA A;  4CA2 A;  3KS3 A;  3HKQ A;  1I9Q A;  3D9Z A;  3L14 A;  1CAK A;  4YHA A;  4YXI A;  2H4N A;  1CNJ A;  5FDI A;  3V2J A;  1OKN A;  1HCA A;  4Q83 A;  3IBU A;  3Q31 A;  2NNO A;  4RIU A;  5BNL A;  1J9W A;  5BRU A;  4MLX A;  5FLQ A;  4JSS A;  1CAY A;  1FQM A;  4QK1 A;  4YXU A;  1ZSB A;  2W2J A;  1CRA A;  4K1Q A;  1HUG A;  2NWZ A;  4Q08 A;  4QJO A;  3T5Z A;  3T84 A;  5HPJ A;  4JSA A;  3MWO A;  4Q7S A;  5JG5 B;  5AMD A;  4TWL A;  3KOK A;  2HL4 A;  5DRS A;  3DCC A;  2NN7 A;  2NNV A;  2Q1B A;  3KLD B;  1HEB A;  5FL4 A;  2VVA X;  2HFW A;  3M1K A;  4IDR X;  3M1J A;  5DSQ A;  5SZ5 A;  4FU5 A;  3KOI A;  1TH9 A;  4CNX A;  1CZM A;  3KWA A;  1BNN A;  1LZV A;  2HOC A;  4CAC A;  2FNM A;  3DD8 A;  3P5A A;  1BNT A;  2POW A;  4MO8 A;  2WEH A;  3T83 A;  2NWP A;  4ZX1 A;  1RZD A;  1URT A;  3EFT A;  4Q49 A;  3N3J A;  1BNM A;  1G0E A;  4CNV A;  5CA2 A;  1YDD A;  2FNN A;  4IWZ A;  1CNB A;  1BNW A;  4YGF A;  3RYY A;  1I9M A;  1EOU A;  3M14 A;  1TEU X;  5BYI A;  4JS6 A;  4L5U A;  4K13 A;  5FDC A;  1YDB A;  1IF7 A;  4KUW A;  3MZC A;  2OSF A;  3DC3 A;  4Q90 A;  4HF3 A;  1CCT A;  1FSR A;  3M5T A;  1KWR A;  3S76 A;  4Q09 A;  4Q6D A;  1KOQ A;  3OYS A;  5E2M A;  3P4V A;  1I9O A;  3OKV A;  1DCA A;  3FW3 A;  2AW1 A;  1CNH A;  4HT2 A;  3MNJ A;  4Z1J A;  2OSM A;  2CBD A;  5EHV A;  1I9N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4KNJA

Total Genus

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Chain Sequence

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