4KP8 | Genus

Total Genus 71

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	71
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	261
structure length	261
Chain Sequence	KWTYFGPDGENSWSKKYPSCGGLLQSPIDLHSDILQYDASLTPLEFQGYNLSANKQFLLTNNGHSVKLNLPSDMHIQGLQSRYSATQLHLHWGNPNDPHGSEHTVSGQHFAAELHIVHYNSDLYPDASTASNKSEGLAVLAVLIEMGSFNPSYDKIFSHLQHVKYKGQEAFVPGFNIEELLPERTAEYYRYRGSLTTPPCNPTVLWTVFRNPVQISQEQLLALETALYCTHMDDPSPREMINNFRQVQKFDERLVYTSFSQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2370382342767572__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2370382342767572__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4KP8/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2370382342767572__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2370382342767572","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4KP8/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2370382342767572__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0066a28718a54cfcad3d90/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0066a28718a54cfcad3d90/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0066a28718a54cfcad3d90/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0066a28718a54cfcad3d90/pdb.gz): 1875 ms

reading 261 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

261 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:260});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Benzenesulfonamides with pyrimidine moiety as inhibitors of human carbonic anhydrases I, II, VI, VII, XII, and XIII pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 12
total genus	71
structure length	261
sequence length	261
chains with identical sequence	B, C, D
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2013-05-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4kp8A00

4X5SA 4CACA 4IDRX 4Q90A 4Q81A 2GEHA 2WEJA 4RUZA 5FL6A 3DD8A 3M2ZA 3HS4A 9CA2A 4Q7PA 2FOQA 4RIVA 1YO0A 5FLOA 3IBIA 5DSKA 1TE3X 1G3ZA 2HNCA 1H9QA 1Z97A 1KOPA 3FE4A 4DZ9A 4WW6A 3MWOA 4WL4A 5EZTX 4M2VA 1JCZA 5JEPB 1FQNA 4L5WA 5EKJA 2VVAX 1TBTX 5EH7A 2NWZA 4QSBA 3M1KA 1BICA 3D0NA 1HEDA 5BRVA 2FW4A 3S9TA 5C8IA 5EH5A 3KIGA 2NWYA 4K0SA 2OSFA 3CYUA 4Z1EA 2FMGA 1BNNA 2WEHA 3IGPA 3HKUA 3DA2A 3M3XA 4LU3A 5FLPA 4QIZA 4QJ0A 4Q8ZA 5CA2A 4QK2A 4JS6A 1CCSA 1FR7A 4HEWA 4R5BA 1CVCA 2NNGA 1CAYA 3T84A 4ZX0A 1TEQX 2IT4A 3ZNCA 1CVAA 5IPZA 2NN1A 1CCTA 4Z1NA 5DSLA 1FR4A 1IF4A 3DV7A 3C7PA 1CINA 4LP6A 4PQ7A 4ZWXA 5DOGA 4Y0JA 4R59A 1Y7WA 3IBNA 4QEFA 3KOIA 4FRCA 4HU1A 1JD0A 2QO8A 3NI5A 4KUYA 4YVYA 4TWMA 1HECA 4TWLA 1UGFA 3MNUA 4Q08A 4Q78A 2HFWA 1HUGA 2EZ7A 3MNAA 4HEYA 3BETA 4PYXA 4E3HA 1CNGA 2NN7A 1XEVA 5DSQA 4KUWA 4YGLA 3V7XA 3DD0A 3V5GA 4Q6DA 2X7UA 3RYZA 1IF9A 1CNKA 1FSRA 1CVEA 2X7SA 4K0ZA 1UGDA 4Q99A 4FIKA 4ETQC 3ZP9A 1MUAA 2FOSA 4M2WA 4Q8XA 2NMXA 2ILIA 3DVCA 1ZH9A 4YGFA 1I9QA 4E3DA 3M5TA 3KLDB 3M67A 3S78B 5SZ3A 1UGGA 1CNWA 3RYYA 1IF8A 2WD2A 1CA3A 1BZMA 2FNKA 4QTLA 4MDLA 4ZAOA 3TMJA 2HD6A 1DMXA 5EKHA 1AVNA 3V2MA 5L6KA 3U45X 1EOUA 1BN1A 3TVOX 5DSOA 1CNYA 5HPJA 5AMGA 3MNJA 3RJ7A 3KOKA 2W2JA 1YDAA 1J9WA 3V2JA 2AX2A 3KNEA 5G0BA 3W6HA 3W6IA 1XQ0A 3RYXB 3MYQA 3OIMA 3OYSA 4XFWA 1CALA 2Q38A 4JSSA 3RG4A 3TVNX 1UGCA 2NXRA 3BL0A 3D8WA 4ZWZA 4HBAA 4ITOA 5EH8A 4R5AA 3OKVA 5CACA 3S74B 4KUVA 1BCDA 4Q8YA 3NJ9A 1I9PA 5SZ5A 5DOHA 3S73B 3N4BA 1H9NA 1LGDA 1I90A 3KS3A 4DZ7A 4RH2A 1G53A 3V3JA 4KP8A 3MNIA 4KNJA 4E5QA 4QJOA 4MDGA 1KEQA 3SAXA 3CAJA 3DCCA 3T5UA 1CA2A 4YGNA 1BNMA 3MHLA 4MDMA 1OKNA 1CAJA 4GL1X 3B1BA 4N16A 2HKKA 1BNWA 3SBHA 5JQ0A 4ITPA 2NNSA 1CVBA 1BNTA 3S71B 2WEGA 1DMYA 2O4ZA 4G7AA 5FNHA 5J8ZA 4FPTA 5AMDA 4YXUA 3M5SA 5DRSA 1ZE8A 5BRUA 4WW8A 4CQ0A 3DVDA 4QSIA 4KNNA 1CNBA 4QJMA 5E2RA 4PYYA 3F7UA 3RZ7A 1BNQA 3P3HA 1RAZA 2EU3A 2NXSA 4YHAA 5DVXA 4YX4A 12CAA 4YGJA 3VBDA 4RN4A 1CVDA 5FNLA 1AZMA 1G0EA 2H15A 2CA2A 1I9MA 3EFTA 3OY0A 4CNXA 5JGSB 3KKXA 3ML5A 4Q07A 3V3FA 1RZDA 5JDVB 4QY3A 1CAKA 3RLDA 1YDBA 1G4OA 3RZ1B 4KP5A 3U3AX 3FFPX 2WD3A 1G0FA 1I9NA 1RZBA 4Q09A 4RFCA 4YYTA 4M2UA 3DBUA 1LZVA 5FDIA 3RG3A 4Z1KA 3M14A 3MHCA 1CNIA 1LG6A 3HKNA 1I8ZA 2VVBX 3MHMA 3DCWA 3K34A 1TB0X 4ILXA 5JG5B 3UYNA 4UOVA 4BCWA 8CA2A 4N0XB 2OSMA 1ZSBA 4K0TA 3RZ5A 3BL1A 5L3OA 5SZ7A 2ABEA 2CBCA 3KWAA 2CBEA 4QK1A 1H4NA 5FL5A 4XIXA 1KWQA 3S72B 3FW3A 1FQMA 5A25A 1IF7A 1CAMA 3RYVB 4QJPA 5FDCA 5E2KA 5SZ6A 3P4VA 1CAIA 3P55A 4FVOA 4Q49A 1CVFA 1ZSAA 5JGTB 2QOAA 3F4XA 1CAZA 5DSIA 1ZFKA 1HCBA 5DSMA 1CZMA 1G4JA 3N3JA 1HCAA 4QJXA 2POUA 2FOYA 5EHWA 1AM6A 1I91A 2HOCA 3K2FA 5FNMA 1G46A 5SZ1A 4Q9YA 3DC9A 1CCUA 5EOIA 3M2NA 2WEOA 1ZSCA 1ZGFA 3M2YA 5SZ0A 3T83A 3DC3A 3B4FA 1F2WA 3RGEA 3KONA 3QYKA 3M40A 1RAYA 6CA2A 4WUQA 1TEUX 4QK3A 3D9ZA 4QSAA 2FNMA 3V3GB 3N0NA 1RJ6A 3M1JA 1G54A 4K1QA 4YXIA 4XIWA 4Q7SA 3MHOA 3S77B 3S97A 4HEZA 1IF6A 5FLSA 4E49A 5FNGA 3OIKA 2NWOA 5FL4A 4K13A 1BNVA 4QSJA 1A42A 5CLUA 1RJ5A 1UGEA 4Q0LA 3EFIA 3DVBA 2AW1A 3P44A 2GD8A 1V9IC 3JXGA 2F14A 3PYKA 4RUXA 3P3JA 1G48A 4KNMA 3OILA 4E4AA 5CJFA 1LUGA 1OQ5A 5FNKA 5FNIA 5FNJA 5E2NA 2QP6A 4YWPA 3M1WA 4PXXA 5BYIA 2NNOA 3S76A 1BN4A 4RFDA 1DCBA 1TG9A 2Q1QA 4RUYA 1G1DA 5E5RA 1V9EA 4C3TA 4HT2A 3MMFA 5JEHB 1FQRA 4IWZA 4KV0A 2X7TA 5G03A 2H4NA 5FLTA 5LMDA 3OKUA 1CNXA 3HKTA 3P5AA 4Q87A 1CAHA 4WR7A 4ZWYA 3V3HB 3P5LA 1Z93A 1ZNCA 5FLQA 4FVNA 1CNJA 3HKQA 4JSWA 3T85A 5E28A 4Q06A 2CBDA 4Q83A 1DCAA 5EKMA 3F7BA 4G0CA 4Q7WA 1MOOA 3LXEA 3SAPA 1YDDA 5DSJA 4MLTA 3PO6A 4Z0QA 2POWA 4XE1A 3U47A 4XZ5A 2NNVA 4CNRA 3R16A 3F8EA 5G0CA 1CNHA 1HEBA 1JV0A 1CNCA 1G45A 1BN3A 1IF5A 1UGAA 4L5UA 3JXFA 1RZCA 1KOQA 4ZWIA 4E3FA 4Q7VA 4CNVA 4QIYA 2CBBA 5JEGB 4JSZA 3UYQA 3S75B 1FLJA 3DCSA 3M98A 1FSNA 5A6HA 3P58A 4Q6EA 1FQLA 4BF1A 3MDZA 1G6VA 3NB5A 3Q31A 1YO1A 2FOVA 3SBIA 4RIUA 5G01A 4MO8A 4HF3A 3IBUA 5DSPA 3OYQA 3V3IB 3GZ0A 5AMLA 1I9LA 3T5ZA 5EHEA 4YGKA 3S8XA 4Z1JA 1CRAA 1XEGA 4MLXA 1I9OA 4LHIA 5E2SA 3IAIA 1LG5A 3MNKA 5SZ2A 3M1QA 1RZAA 1TTMA 3CA2A 3R17B 3L14A 4E3GA 3N2PA 5BNLA 1TG3A 1OKMA 5JQTA 1YDCA 2Q1BA 3RYJB 5E2MA 1CAOA 1OKLA 2FMZA 3M04A 2NXTA 7CA2A 4CNWA 3M2XA 2FOUA 1UGBA 2CABA 3U7CA 4BF6A 1CILA 1HEAA 4FU5A 3ML2A 5FLRA 4KNIA 3T82A 1YO2A 5EHVA 5BRWA 5JESB 5EIJA 1ZFQA 3MZCA 1CRMA 3MNHA 1BNUA 5DSNA 4YXOA 3K7KA 4KAPA 5E5UA 2POVA 5DSRA 3HLJA 4MTYA 4M2RA 1T9NA 3M5EA 1KWRA 1RZEA 4FL7A 1BV3A 2ZNCA 1TH9A 5SZ4A 5JG3B 3MHIA 1CIMA 3RZ0B 1THKA 1XPZA 3IBLA 1Z9YA 3CZVA 3HFPA 4JSAA 2EU2A 3D92A 2CBAA 2FNNA 3IEOA 3PJJA 1URTA 4PZHA 1CVHA 4ZX1A 1HUHA 4CA2A 4E9OX 1HVAA 3DAZA 4HT0A 4WUPA 4L5VA 2NWPA 1CANA 3D93A 1FSQA 2HL4A 4QJWA 3JXHC 4COQA 3M96A 1G52A 3RZ8A 1ZGEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4X5S A;  4CAC A;  4IDR X;  4Q90 A;  4Q81 A;  2GEH A;  2WEJ A;  4RUZ A;  5FL6 A;  3DD8 A;  3M2Z A;  3HS4 A;  9CA2 A;  4Q7P A;  2FOQ A;  4RIV A;  1YO0 A;  5FLO A;  3IBI A;  5DSK A;  1TE3 X;  1G3Z A;  2HNC A;  1H9Q A;  1Z97 A;  1KOP A;  3FE4 A;  4DZ9 A;  4WW6 A;  3MWO A;  4WL4 A;  5EZT X;  4M2V A;  1JCZ A;  5JEP B;  1FQN A;  4L5W A;  5EKJ A;  2VVA X;  1TBT X;  5EH7 A;  2NWZ A;  4QSB A;  3M1K A;  1BIC A;  3D0N A;  1HED A;  5BRV A;  2FW4 A;  3S9T A;  5C8I A;  5EH5 A;  3KIG A;  2NWY A;  4K0S A;  2OSF A;  3CYU A;  4Z1E A;  2FMG A;  1BNN A;  2WEH A;  3IGP A;  3HKU A;  3DA2 A;  3M3X A;  4LU3 A;  5FLP A;  4QIZ A;  4QJ0 A;  4Q8Z A;  5CA2 A;  4QK2 A;  4JS6 A;  1CCS A;  1FR7 A;  4HEW A;  4R5B A;  1CVC A;  2NNG A;  1CAY A;  3T84 A;  4ZX0 A;  1TEQ X;  2IT4 A;  3ZNC A;  1CVA A;  5IPZ A;  2NN1 A;  1CCT A;  4Z1N A;  5DSL A;  1FR4 A;  1IF4 A;  3DV7 A;  3C7P A;  1CIN A;  4LP6 A;  4PQ7 A;  4ZWX A;  5DOG A;  4Y0J A;  4R59 A;  1Y7W A;  3IBN A;  4QEF A;  3KOI A;  4FRC A;  4HU1 A;  1JD0 A;  2QO8 A;  3NI5 A;  4KUY A;  4YVY A;  4TWM A;  1HEC A;  4TWL A;  1UGF A;  3MNU A;  4Q08 A;  4Q78 A;  2HFW A;  1HUG A;  2EZ7 A;  3MNA A;  4HEY A;  3BET A;  4PYX A;  4E3H A;  1CNG A;  2NN7 A;  1XEV A;  5DSQ A;  4KUW A;  4YGL A;  3V7X A;  3DD0 A;  3V5G A;  4Q6D A;  2X7U A;  3RYZ A;  1IF9 A;  1CNK A;  1FSR A;  1CVE A;  2X7S A;  4K0Z A;  1UGD A;  4Q99 A;  4FIK A;  4ETQ C;  3ZP9 A;  1MUA A;  2FOS A;  4M2W A;  4Q8X A;  2NMX A;  2ILI A;  3DVC A;  1ZH9 A;  4YGF A;  1I9Q A;  4E3D A;  3M5T A;  3KLD B;  3M67 A;  3S78 B;  5SZ3 A;  1UGG A;  1CNW A;  3RYY A;  1IF8 A;  2WD2 A;  1CA3 A;  1BZM A;  2FNK A;  4QTL A;  4MDL A;  4ZAO A;  3TMJ A;  2HD6 A;  1DMX A;  5EKH A;  1AVN A;  3V2M A;  5L6K A;  3U45 X;  1EOU A;  1BN1 A;  3TVO X;  5DSO A;  1CNY A;  5HPJ A;  5AMG A;  3MNJ A;  3RJ7 A;  3KOK A;  2W2J A;  1YDA A;  1J9W A;  3V2J A;  2AX2 A;  3KNE A;  5G0B A;  3W6H A;  3W6I A;  1XQ0 A;  3RYX B;  3MYQ A;  3OIM A;  3OYS A;  4XFW A;  1CAL A;  2Q38 A;  4JSS A;  3RG4 A;  3TVN X;  1UGC A;  2NXR A;  3BL0 A;  3D8W A;  4ZWZ A;  4HBA A;  4ITO A;  5EH8 A;  4R5A A;  3OKV A;  5CAC A;  3S74 B;  4KUV A;  1BCD A;  4Q8Y A;  3NJ9 A;  1I9P A;  5SZ5 A;  5DOH A;  3S73 B;  3N4B A;  1H9N A;  1LGD A;  1I90 A;  3KS3 A;  4DZ7 A;  4RH2 A;  1G53 A;  3V3J A;  4KP8 A;  3MNI A;  4KNJ A;  4E5Q A;  4QJO A;  4MDG A;  1KEQ A;  3SAX A;  3CAJ A;  3DCC A;  3T5U A;  1CA2 A;  4YGN A;  1BNM A;  3MHL A;  4MDM A;  1OKN A;  1CAJ A;  4GL1 X;  3B1B A;  4N16 A;  2HKK A;  1BNW A;  3SBH A;  5JQ0 A;  4ITP A;  2NNS A;  1CVB A;  1BNT A;  3S71 B;  2WEG A;  1DMY A;  2O4Z A;  4G7A A;  5FNH A;  5J8Z A;  4FPT A;  5AMD A;  4YXU A;  3M5S A;  5DRS A;  1ZE8 A;  5BRU A;  4WW8 A;  4CQ0 A;  3DVD A;  4QSI A;  4KNN A;  1CNB A;  4QJM A;  5E2R A;  4PYY A;  3F7U A;  3RZ7 A;  1BNQ A;  3P3H A;  1RAZ A;  2EU3 A;  2NXS A;  4YHA A;  5DVX A;  4YX4 A;  12CA A;  4YGJ A;  3VBD A;  4RN4 A;  1CVD A;  5FNL A;  1AZM A;  1G0E A;  2H15 A;  2CA2 A;  1I9M A;  3EFT A;  3OY0 A;  4CNX A;  5JGS B;  3KKX A;  3ML5 A;  4Q07 A;  3V3F A;  1RZD A;  5JDV B;  4QY3 A;  1CAK A;  3RLD A;  1YDB A;  1G4O A;  3RZ1 B;  4KP5 A;  3U3A X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4KP8A

Total Genus

Knots found

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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