4MO8 | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__96434670781413__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__96434670781413__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4MO8/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__96434670781413__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"96434670781413","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4MO8/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__96434670781413__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d007938598d2200f36e2caa/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d007938598d2200f36e2caa/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d007938598d2200f36e2caa/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d007938598d2200f36e2caa/pdb.gz): 1601 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Hypoxia-Targeting Carbonic Anhydrase IX Inhibitors by a New Series of Nitroimidazole-Sulfonamides/Sulfamides/Sulfamates. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	77
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2013-09-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4mo8A00

3M1QA 5DSQA 1G4JA 5DSOA 3N2PA 3NJ9A 5DSKA 1IF9A 4K1QA 3S77B 3RZ0B 2FOVA 4HU1A 3RLDA 3U47A 3ZP9A 4YXIA 1UGDA 5EH8A 1FSRA 4G0CA 1FQLA 3W6HA 3CAJA 2HL4A 1CAJA 1G45A 1KOPA 1CAMA 2F14A 4QK1A 1LUGA 3MNAA 3P3HA 4WW6A 5DSMA 3IBUA 3D8WA 5SZ6A 1CAOA 4K13A 4L5UA 1OQ5A 1BNUA 4XIXA 3N0NA 3OYSA 4Q83A 5E2KA 3ZNCA 4QJMA 1JCZA 4CQ0A 1HECA 2NMXA 3BL0A 1G46A 4ZWYA 3KIGA 1V9IC 4PYXA 5EHVA 3TVNX 2FNNA 5DSLA 4HT0A 1CCUA 1FR7A 4FVNA 4FPTA 3S74B 5BRVA 4M2WA 4ITOA 5EH7A 3T82A 4ZWZA 4KNIA 1LGDA 1I9OA 2NN1A 3R16A 1CA2A 3V3HB 3OYQA 2EU3A 3DVCA 4Q9YA 5SZ3A 4BF6A 1UGCA 5EOIA 1Z97A 4PXXA 5FLQA 1ZFKA 4HT2A 4YXUA 3MNHA 3SAXA 2ZNCA 1CINA 4TWMA 1CVBA 4Q7PA 1IF8A 1YDDA 1RZDA 1G52A 3OKUA 1CNKA 3D93A 1IF5A 2EZ7A 4HF3A 2FOUA 4Q90A 2NNGA 4PZHA 3BL1A 3V7XA 4Q78A 4YGFA 3RGEA 3U7CA 4L5WA 3P3JA 3DCWA 2NNOA 2H15A 1CNJA 5SZ1A 4IWZA 4YVYA 3M2ZA 3OY0A 3RYVB 3ML5A 3SBHA 4XZ5A 1BN1A 3DD0A 3UYQA 1JV0A 1FLJA 3SAPA 2NXRA 2QO8A 4FRCA 3TVOX 1OKNA 3T83A 3FE4A 4WW8A 1FR4A 4QSAA 4Y0JA 1URTA 4QSBA 3MNKA 1BICA 3DC3A 3GZ0A 4Q6DA 1CAHA 1JD0A 2X7UA 1CALA 4MLXA 5G0BA 3RJ7A 3RZ7A 3DVBA 5BYIA 4R59A 2POWA 4XE1A 4ZX0A 1BCDA 3W6IA 1IF6A 4Q8ZA 3M14A 1CVEA 4RFCA 1RAYA 2FOQA 2NWOA 9CA2A 3CA2A 4QIYA 3F8EA 2ABEA 1CRAA 1CNIA 2CBDA 2QOAA 5FDCA 1BNWA 1G1DA 2NNSA 4QSIA 5G03A 4K0TA 3RYYA 4N16A 3V3GB 5FNMA 1CNYA 1EOUA 4QK3A 5L3OA 4YX4A 3M1JA 4ZWIA 4ILXA 4HEWA 3HKTA 1RAZA 2AW1A 4Q7WA 3IAIA 2POUA 3V3IB 3D92A 4E5QA 8CA2A 4QIZA 3T85A 3FW3A 2Q38A 1CVHA 2ILIA 1I9NA 3MHLA 3R17B 4FVOA 4KP8A 5E2RA 1CCTA 4JS6A 4R5BA 3IEOA 2NXTA 3OILA 5JGTB 2Q1QA 1LG5A 3KLDB 3MHMA 3P4VA 1G53A 2FNMA 1G4OA 3DAZA 4Z1NA 1CAIA 1CNHA 1CVFA 4WR7A 4KAPA 3K34A 4QK2A 1ZNCA 1TEUX 3KKXA 4BCWA 3HKQA 1ZSBA 3RZ8A 1CAZA 4R5AA 1KOQA 3UYNA 4YGLA 5FL5A 3V3JA 1I9MA 4Q8XA 3N4BA 2Q1BA 3OIKA 4Q99A 1TEQX 1CNCA 4Q87A 2FMZA 1TE3X 5JG5B 3IBNA 2W2JA 3PJJA 4M2RA 5G0CA 5DSIA 1CNGA 3V5GA 5FNGA 1FSQA 2CBAA 5DSNA 3EFIA 4JSAA 3HS4A 3KWAA 1RJ5A 1TB0X 1H9NA 1G0EA 2QP6A 1I9LA 3SBIA 2WEHA 3HKUA 2NWYA 5FL6A 1FQRA 4K0ZA 4Q07A 3RYXB 1J9WA 3M96A 4QJ0A 1HEAA 4RUYA 3RYJB 1CNXA 4E3DA 3HLJA 4KUWA 4E49A 4Q7VA 4COQA 1CVDA 1AM6A 5DOHA 4Z1EA 3HFPA 4MTYA 4Z1JA 3M67A 3M2XA 5CACA 2OSFA 4QJXA 4Q49A 1F2WA 5JQ0A 3P44A 3F7BA 3S97A 4CNRA 3CZVA 5CJFA 2CBEA 4YGKA 5FLRA 4WL4A 4QEFA 4WUQA 3KONA 4MDMA 1AVNA 1UGBA 4BF1A 5EHEA 1CAYA 1V9EA 5JDVB 4ZX1A 2FOYA 3RG3A 4UOVA 1YDBA 3M40A 3K7KA 3S9TA 5L6KA 1UGFA 1FQMA 2CBBA 5CLUA 1CVAA 3IBIA 1I9PA 4RIVA 3M1KA 1T9NA 3T5ZA 3DD8A 2POVA 3DVDA 5BRUA 1CA3A 1RZBA 2X7TA 4Q8YA 5IPZA 4RFDA 1H4NA 2X7SA 5SZ7A 1CZMA 2FNKA 1G3ZA 1RJ6A 4E3FA 3MYQA 3V2JA 4PYYA 4KUYA 2GEHA 1HCAA 1ZGEA 2NXSA 5E5RA 4HEZA 3P55A 5FNIA 1YDAA 12CAA 3TMJA 3MNIA 4RIUA 4K0SA 4KNJA 4E4AA 1YO1A 1AZMA 3NB5A 4CNWA 1BN4A 1FSNA 1G54A 3RZ5A 2HKKA 3M04A 5FNLA 3LXEA 1DCBA 5DSRA 5FLOA 5EKJA 1RZEA 5JGSB 4E3GA 4XIWA 3P58A 5EHWA 3KOIA 5E28A 3B4FA 3M2NA 1KWRA 5SZ0A 5DRSA 1ZE8A 1TTMA 2NNVA 4XFWA 4Q81A 2NWPA 4KNNA 3S72B 3DV7A 4FU5A 3KNEA 1A42A 2CBCA 1OKLA 1CCSA 1Y7WA 2OSMA 4MO8A 1LG6A 3M1WA 5JEGB 5AMDA 2HNCA 5DSPA 3FFPX 5FL4A 1ZGFA 1UGAA 4RN4A 3RYZA 4QTLA 3MHOA 5G01A 1IF7A 2HOCA 4CNVA 2O4ZA 1CNWA 1I8ZA 4MDGA 4Q0LA 1ZSAA 3C7PA 1G0FA 3F4XA 3U3AX 4N0XB 5SZ4A 4Z1KA 4KUVA 4WUPA 4LP6A 5FLTA 1TH9A 3M5TA 4QJOA 5CA2A 5BRWA 3JXHC 3S78B 1G6VA 2CABA 4YXOA 5C8IA 3HKNA 2WD3A 5FDIA 5FNHA 1HUHA 3N3JA 3IGPA 2WEJA 4MDLA 4CACA 3PYKA 3KS3A 3V3FA 1YO2A 3B1BA 4M2UA 1CVCA 3RG4A 4CA2A 3MZCA 1H9QA 3S73B 5J8ZA 5E2MA 5LMDA 1OKMA 1G48A 4KP5A 4HBAA 4TWLA 4QY3A 4ZWXA 3M3XA 2WEGA 2VVAX 1HVAA 3DCCA 5EH5A 4PQ7A 3QYKA 4YWPA 3MDZA 2FW4A 1XEGA 1HCBA 1ZSCA 3JXGA 4KNMA 3PO6A 5EIJA 5A25A 5SZ2A 1THKA 3V2MA 2FMGA 3MHIA 4L5VA 1I9QA 1MOOA 3F7UA 4LHIA 1DMXA 5SZ5A 1YDCA 1BN3A 2VVBX 5E2NA 3ML2A 1DMYA 4JSZA 4KV0A 5HPJA 2HD6A 1BNTA 1ZH9A 4YGNA 2H4NA 3S76A 3T5UA 1XPZA 1BNQA 4E9OX 5A6HA 2FOSA 3P5AA 1HEBA 3D0NA 5JEHB 4FIKA 4X5SA 1CNBA 3MMFA 4JSSA 1I90A 4ZAOA 3BETA 3JXFA 1IF4A 4QJWA 1YO0A 3K2FA 3L14A 3DA2A 4C3TA 3DCSA 4RUZA 1I91A 4Q06A 1BNMA 2HFWA 6CA2A 3OKVA 4IDRX 1BNVA 4M2VA 5JQTA 1BNNA 1CANA 5EKHA 4DZ9A 5E5UA 4YYTA 4MLTA 2NWZA 3P5LA 1KWQA 4QSJA 4E3HA 1BZMA 4GL1X 1Z9YA 3MWOA 5JESB 1XEVA 1HEDA 4JSWA 2GD8A 4YGJA 3S75B 3IBLA 5DSJA 4RH2A 3S8XA 5AMLA 1UGEA 5JEPB 1KEQA 1TG3A 2CA2A 4RUXA 5FLPA 1FQNA 3EFTA 3MNJA 5DOGA 3DBUA 1UGGA 1DCAA 1CIMA 1HUGA 3Q31A 2IT4A 1TG9A 4ETQC 2NN7A 2WD2A 4DZ7A 3DC9A 5AMGA 1CAKA 4HEYA 3S71B 3RZ1B 4ITPA 1LZVA 3VBDA 1RZCA 5DVXA 1ZFQA 4FL7A 3D9ZA 5FLSA 4Q7SA 4Z0QA 3MNUA 3M5EA 1TBTX 1CILA 2EU2A 2WEOA 1XQ0A 4LU3A 3CYUA 4G7AA 7CA2A 3U45X 1Z93A 1BV3A 4Q08A 5E2SA 1CRMA 1MUAA 3KOKA 3NI5A 1RZAA 2AX2A 4YHAA 5JG3B 5FNJA 4Q09A 5FNKA 3MHCA 4QJPA 3OIMA 4Q6EA 3M5SA 3T84A 5BNLA 3M98A 5EZTX 4CNXA 5EKMA 3M2YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3M1Q A;  5DSQ A;  1G4J A;  5DSO A;  3N2P A;  3NJ9 A;  5DSK A;  1IF9 A;  4K1Q A;  3S77 B;  3RZ0 B;  2FOV A;  4HU1 A;  3RLD A;  3U47 A;  3ZP9 A;  4YXI A;  1UGD A;  5EH8 A;  1FSR A;  4G0C A;  1FQL A;  3W6H A;  3CAJ A;  2HL4 A;  1CAJ A;  1G45 A;  1KOP A;  1CAM A;  2F14 A;  4QK1 A;  1LUG A;  3MNA A;  3P3H A;  4WW6 A;  5DSM A;  3IBU A;  3D8W A;  5SZ6 A;  1CAO A;  4K13 A;  4L5U A;  1OQ5 A;  1BNU A;  4XIX A;  3N0N A;  3OYS A;  4Q83 A;  5E2K A;  3ZNC A;  4QJM A;  1JCZ A;  4CQ0 A;  1HEC A;  2NMX A;  3BL0 A;  1G46 A;  4ZWY A;  3KIG A;  1V9I C;  4PYX A;  5EHV A;  3TVN X;  2FNN A;  5DSL A;  4HT0 A;  1CCU A;  1FR7 A;  4FVN A;  4FPT A;  3S74 B;  5BRV A;  4M2W A;  4ITO A;  5EH7 A;  3T82 A;  4ZWZ A;  4KNI A;  1LGD A;  1I9O A;  2NN1 A;  3R16 A;  1CA2 A;  3V3H B;  3OYQ A;  2EU3 A;  3DVC A;  4Q9Y A;  5SZ3 A;  4BF6 A;  1UGC A;  5EOI A;  1Z97 A;  4PXX A;  5FLQ A;  1ZFK A;  4HT2 A;  4YXU A;  3MNH A;  3SAX A;  2ZNC A;  1CIN A;  4TWM A;  1CVB A;  4Q7P A;  1IF8 A;  1YDD A;  1RZD A;  1G52 A;  3OKU A;  1CNK A;  3D93 A;  1IF5 A;  2EZ7 A;  4HF3 A;  2FOU A;  4Q90 A;  2NNG A;  4PZH A;  3BL1 A;  3V7X A;  4Q78 A;  4YGF A;  3RGE A;  3U7C A;  4L5W A;  3P3J A;  3DCW A;  2NNO A;  2H15 A;  1CNJ A;  5SZ1 A;  4IWZ A;  4YVY A;  3M2Z A;  3OY0 A;  3RYV B;  3ML5 A;  3SBH A;  4XZ5 A;  1BN1 A;  3DD0 A;  3UYQ A;  1JV0 A;  1FLJ A;  3SAP A;  2NXR A;  2QO8 A;  4FRC A;  3TVO X;  1OKN A;  3T83 A;  3FE4 A;  4WW8 A;  1FR4 A;  4QSA A;  4Y0J A;  1URT A;  4QSB A;  3MNK A;  1BIC A;  3DC3 A;  3GZ0 A;  4Q6D A;  1CAH A;  1JD0 A;  2X7U A;  1CAL A;  4MLX A;  5G0B A;  3RJ7 A;  3RZ7 A;  3DVB A;  5BYI A;  4R59 A;  2POW A;  4XE1 A;  4ZX0 A;  1BCD A;  3W6I A;  1IF6 A;  4Q8Z A;  3M14 A;  1CVE A;  4RFC A;  1RAY A;  2FOQ A;  2NWO A;  9CA2 A;  3CA2 A;  4QIY A;  3F8E A;  2ABE A;  1CRA A;  1CNI A;  2CBD A;  2QOA A;  5FDC A;  1BNW A;  1G1D A;  2NNS A;  4QSI A;  5G03 A;  4K0T A;  3RYY A;  4N16 A;  3V3G B;  5FNM A;  1CNY A;  1EOU A;  4QK3 A;  5L3O A;  4YX4 A;  3M1J A;  4ZWI A;  4ILX A;  4HEW A;  3HKT A;  1RAZ A;  2AW1 A;  4Q7W A;  3IAI A;  2POU A;  3V3I B;  3D92 A;  4E5Q A;  8CA2 A;  4QIZ A;  3T85 A;  3FW3 A;  2Q38 A;  1CVH A;  2ILI A;  1I9N A;  3MHL A;  3R17 B;  4FVO A;  4KP8 A;  5E2R A;  1CCT A;  4JS6 A;  4R5B A;  3IEO A;  2NXT A;  3OIL A;  5JGT B;  2Q1Q A;  1LG5 A;  3KLD B;  3MHM A;  3P4V A;  1G53 A;  2FNM A;  1G4O A;  3DAZ A;  4Z1N A;  1CAI A;  1CNH A;  1CVF A;  4WR7 A;  4KAP A;  3K34 A;  4QK2 A;  1ZNC A;  1TEU X;  3KKX A;  4BCW A;  3HKQ A;  1ZSB A;  3RZ8 A;  1CAZ A;  4R5A A;  1KOQ A;  3UYN A;  4YGL A;  5FL5 A;  3V3J A;  1I9M A;  4Q8X A;  3N4B A;  2Q1B A;  3OIK A;  4Q99 A;  1TEQ X;  1CNC A;  4Q87 A;  2FMZ A;  1TE3 X;  5JG5 B;  3IBN A;  2W2J A;  3PJJ A;  4M2R A;  5G0C A;  5DSI A;  1CNG A;  3V5G A;  5FNG A;  1FSQ A;  2CBA A;  5DSN A;  3EFI A;  4JSA A;  3HS4 A;  3KWA A;  1RJ5 A;  1TB0 X;  1H9N A;  1G0E A;  2QP6 A;  1I9L A;  3SBI A;  2WEH A;  3HKU A;  2NWY A;  5FL6 A;  1FQR A;  4K0Z A;  4Q07 A;  3RYX B;  1J9W A;  3M96 A;  4QJ0 A;  1HEA A;  4RUY A;  3RYJ B;  1CNX A;  4E3D A;  3HLJ A;  4KUW A;  4E49 A;  4Q7V A;  4COQ A;  1CVD A;  1AM6 A;  5DOH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4MO8A

Total Genus

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Chain Sequence

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