4RFC | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__565434268242254__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__565434268242254__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4RFC/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__565434268242254__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"565434268242254","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4RFC/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__565434268242254__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00a6b677b9c70ac1b03bbd/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00a6b677b9c70ac1b03bbd/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00a6b677b9c70ac1b03bbd/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00a6b677b9c70ac1b03bbd/pdb.gz): 133 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	A class of 4-sulfamoylphenyl-omega-aminoalkyl ethers with effective carbonic anhydrase inhibitory action and antiglaucoma effects. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	77
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2014-09-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4rfcA00

4QSBA 2NWYA 1CAIA 1H9NA 5E2SA 2GD8A 1I9OA 2HNCA 4L5UA 3W6IA 3MZCA 5JEPB 5AMGA 1RJ5A 2CA2A 4QSAA 4G7AA 4Q7PA 4RUZA 3FE4A 3P4VA 1Z9YA 4CACA 4BCWA 2IT4A 4KUVA 4RH2A 3Q31A 3MHOA 2HFWA 2OSFA 4XZ5A 5JGSB 4Q7SA 4HEYA 5E2NA 5EH7A 3K2FA 3DAZA 1ZSBA 5CLUA 2CBCA 2FMGA 4YGFA 3SBIA 1BNVA 3M1JA 2HL4A 4XE1A 3IBUA 4Q81A 2POVA 4HEWA 1ZH9A 1Z93A 3T82A 3KOIA 3DD0A 3RZ5A 1AVNA 3M5EA 3F8EA 4Q8XA 1IF6A 5SZ3A 3DVBA 5EH5A 4YGNA 3M2ZA 1BCDA 2X7UA 5FLRA 4X5SA 5G0CA 1G0EA 3KIGA 3MWOA 2ZNCA 1DMYA 1CA3A 3M04A 4KUWA 4QSJA 2NNGA 4KV0A 1IF9A 4Q78A 3IAIA 1XQ0A 3UYNA 4Y0JA 4ZX0A 1XEGA 3OIMA 4ILXA 5E5RA 3P58A 3T85A 3D93A 3TVNX 5DSJA 1RZEA 4COQA 2X7TA 1BNUA 3M2YA 7CA2A 5G01A 2EU2A 4Z1KA 1G6VA 4Q6DA 2CABA 1CAOA 2H15A 4YGJA 3KWAA 4LHIA 4RUXA 3IEOA 3RLDA 3V3FA 4QJMA 1FQNA 2NWZA 3D0NA 4MDGA 4MTYA 4HT0A 1I9LA 5IPZA 1CCUA 1T9NA 1BNQA 4Z1JA 5SZ7A 1KOQA 1ZE8A 3ML2A 5HPJA 3HKUA 1G52A 1CCSA 1CVFA 1ZFQA 2FMZA 2QP6A 5BNLA 1Y7WA 1CILA 3RYYA 1LG5A 1I90A 4QY3A 1CAMA 1CZMA 5FLQA 3RYVB 5JG3B 1UGEA 4C3TA 4KNJA 5FNLA 5AMDA 4QIYA 4IDRX 1G45A 3NB5A 1FSQA 4KNIA 4XIWA 5FDCA 4K0SA 2WD3A 4WL4A 3KNEA 5FLPA 1CAJA 2NNSA 4R5AA 1G4OA 4E49A 2O4ZA 1BNTA 2EU3A 3RZ7A 4KUYA 3U47A 1YO0A 4WUPA 1RZCA 4RFCA 4JSWA 4FL7A 4Q6EA 1FR4A 2CBAA 3V2MA 4ZWXA 3M98A 3V3IB 1CINA 1I9NA 1XEVA 3P55A 3V3HB 3OYQA 4M2RA 3EFIA 1FSRA 3S74B 5DVXA 4MDMA 5DSRA 1TB0X 5EKMA 1CNHA 3JXGA 1HCAA 3JXHC 2CBBA 3HKTA 1BNNA 3SBHA 3DD8A 3P5AA 3M5TA 1CAYA 5CA2A 2POUA 4Q07A 1G3ZA 3OIKA 1TTMA 2NNOA 3F7BA 4E3DA 1DCAA 3B1BA 5E28A 5JQ0A 4YGKA 1G53A 1LZVA 4QJWA 4JSZA 4CNWA 1THKA 3HFPA 4Z1EA 4XIXA 2CBDA 5DSIA 5EHVA 2NXRA 4CNVA 4YYTA 1ZGEA 3NJ9A 3P3HA 4RIUA 3HKQA 1CNWA 1ZNCA 3KONA 3TVOX 1TG3A 4BF1A 4E3GA 5C8IA 4Q8ZA 2VVAX 4WUQA 1ZFKA 4Q87A 5DSQA 4E9OX 3D8WA 1FR7A 3D92A 4RN4A 3S78B 5BRWA 4UOVA 3ML5A 4YWPA 2GEHA 3S8XA 3S75B 1OQ5A 5E2KA 4R59A 1ZSCA 2NNVA 4Q09A 3MNIA 3PJJA 4ZWYA 1TBTX 1HUGA 4M2UA 4QEFA 4QJOA 3IBLA 3P3JA 4QK3A 2WD2A 1G0FA 1RZBA 2HOCA 1UGCA 3MNAA 4Q8YA 1AM6A 1G54A 3C7PA 2NN1A 3NI5A 4LU3A 2AW1A 3V7XA 4YXIA 4KNMA 4YXUA 5SZ0A 3T5UA 3N4BA 2OSMA 5DOHA 3U7CA 4TWMA 3UYQA 1I9QA 1CNKA 2HKKA 3MHMA 5L3OA 1KWQA 3CZVA 3GZ0A 1V9EA 4WW8A 2WEOA 2HD6A 2FOVA 4PYXA 1FQRA 3V5GA 1CAKA 1G46A 2FNMA 3M5SA 4FIKA 4Q06A 4RIVA 4ZWIA 3BL0A 1KEQA 4Q9YA 5L6KA 4BF6A 5SZ5A 4RUYA 3RG3A 1CNYA 5FL6A 2W2JA 3MHCA 1H9QA 4PZHA 4E3HA 5EOIA 3RYXB 4YX4A 5G0BA 3MNKA 3RYJB 3DC3A 4QIZA 3S71B 1DCBA 1MUAA 4FVNA 1CNGA 5FNGA 1TEQX 1URTA 3IGPA 2NXSA 4M2WA 3FW3A 2FOUA 1JCZA 4FU5A 5DSPA 1BZMA 3HS4A 3OY0A 4KP5A 4ZAOA 4DZ9A 3U45X 1TG9A 3JXFA 3R16A 5FNIA 1H4NA 3KLDB 3KOKA 5DOGA 3RZ8A 1ZGFA 3T83A 1I9PA 2ILIA 3DVDA 3MHIA 5JG5B 4QTLA 4N0XB 4Q0LA 1CAHA 4PQ7A 1I91A 5LMDA 2X7SA 3M1WA 5EIJA 1CRAA 3N0NA 2FW4A 1OKNA 1CALA 2FOYA 3T5ZA 3DBUA 4CQ0A 5A25A 4ITOA 1IF4A 3R17B 1CVEA 3M14A 4Q49A 5FDIA 1TE3X 1I8ZA 4CNRA 5FNJA 3MYQA 1CVDA 3RYZA 3MNUA 4E5QA 3S77B 5SZ1A 3HLJA 3M3XA 4CNXA 5BYIA 4JSSA 1BNMA 1IF7A 1YDAA 1FSNA 1BV3A 3RG4A 5FL5A 1TH9A 4HBAA 1G1DA 4Q99A 5SZ4A 2NN7A 1CCTA 1OKMA 3DV7A 4WR7A 4YGLA 1LGDA 1RZAA 1UGGA 3P44A 3M1QA 1MOOA 4L5VA 5FNKA 5DRSA 3MNJA 2WEJA 1AZMA 1G48A 1YDCA 5EKHA 5DSKA 5EZTX 9CA2A 1KWRA 1HUHA 2Q38A 4PXXA 2WEHA 1BN1A 3OILA 5A6HA 2NMXA 4Z0QA 4K0TA 4G0CA 3T84A 3HKNA 1F2WA 4QJ0A 1FLJA 3V2JA 4ETQC 3CA2A 1CRMA 4KNNA 3RZ1B 5SZ2A 1I9MA 5EKJA 4L5WA 1JD0A 1CNJA 3PYKA 5JEHB 4Q7VA 1UGFA 4N16A 5JEGB 3OYSA 3IBNA 2WEGA 1BICA 4K13A 3VBDA 1EOUA 3U3AX 3P5LA 4MDLA 1XPZA 1BNWA 3M2XA 3LXEA 4WW6A 2NXTA 5FLOA 4QK2A 1CNXA 4QSIA 5CACA 3W6HA 3S97A 1CVAA 4ITPA 4TWLA 5J8ZA 3RGEA 4DZ7A 1YDBA 4FVOA 1CAZA 3QYKA 4Q90A 3DVCA 3EFTA 1CVBA 4HF3A 4ZWZA 4MO8A 4QJXA 4RFDA 3S76A 2FOSA 3M40A 1HECA 4GL1X 3B4FA 1TEUX 2H4NA 1RJ6A 5BRUA 1LG6A 2QO8A 3S72B 1V9IC 3K7KA 3CYUA 3MMFA 3SAPA 5G03A 2NWOA 1BN3A 4K1QA 3BETA 4E3FA 4CA2A 1CNCA 4K0ZA 2VVBX 1FQMA 4PYYA 4YVYA 5FNMA 2FNNA 5E2MA 5FNHA 4ZX1A 2QOAA 2NWPA 5FLTA 5DSMA 3N3JA 5CJFA 3F4XA 2CBEA 3RZ0B 3MDZA 1A42A 2ABEA 3PO6A 2Q1BA 1DMXA 4YHAA 3SAXA 3RJ7A 3OKVA 1CNBA 1Z97A 6CA2A 1OKLA 3S9TA 2FOQA 3ZNCA 4M2VA 1CVCA 3M2NA 1HEAA 4Z1NA 4LP6A 3M96A 4HEZA 4Q08A 1CNIA 1UGDA 3K34A 3DCSA 1FQLA 1J9WA 1YDDA 5AMLA 4JS6A 4MLXA 3D9ZA 3MNHA 4HT2A 4KP8A 1HCBA 4R5BA 8CA2A 3ZP9A 1IF8A 1YO2A 3M67A 5JESB 1IF5A 4HU1A 1CA2A 2POWA 1RZDA 4KAPA 5EHWA 3FFPX 1JV0A 5DSLA 2FNKA 12CAA 4QK1A 4IWZA 5JGTB 1YO1A 5E5UA 3L14A 1HEDA 5EH8A 3F7UA 4JSAA 3V3GB 5JQTA 3IBIA 5E2RA 1UGAA 2AX2A 1RAYA 1HVAA 1LUGA 3DCCA 4E4AA 1CVHA 1HEBA 1UGBA 3N2PA 5FL4A 5EHEA 2F14A 4MLTA 2Q1QA 3V3JA 3M1KA 3MHLA 3CAJA 5DSOA 4Q83A 3BL1A 5FLSA 3DCWA 4FPTA 5DSNA 3TMJA 1CIMA 3KS3A 5SZ6A 5JDVB 5BRVA 3S73B 4Q7WA 1RAZA 1BN4A 1G4JA 1KOPA 1ZSAA 4XFWA 3OKUA 4FRCA 4QJPA 2EZ7A 3DA2A 3KKXA 4YXOA 3DC9A 1CANA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QSB A;  2NWY A;  1CAI A;  1H9N A;  5E2S A;  2GD8 A;  1I9O A;  2HNC A;  4L5U A;  3W6I A;  3MZC A;  5JEP B;  5AMG A;  1RJ5 A;  2CA2 A;  4QSA A;  4G7A A;  4Q7P A;  4RUZ A;  3FE4 A;  3P4V A;  1Z9Y A;  4CAC A;  4BCW A;  2IT4 A;  4KUV A;  4RH2 A;  3Q31 A;  3MHO A;  2HFW A;  2OSF A;  4XZ5 A;  5JGS B;  4Q7S A;  4HEY A;  5E2N A;  5EH7 A;  3K2F A;  3DAZ A;  1ZSB A;  5CLU A;  2CBC A;  2FMG A;  4YGF A;  3SBI A;  1BNV A;  3M1J A;  2HL4 A;  4XE1 A;  3IBU A;  4Q81 A;  2POV A;  4HEW A;  1ZH9 A;  1Z93 A;  3T82 A;  3KOI A;  3DD0 A;  3RZ5 A;  1AVN A;  3M5E A;  3F8E A;  4Q8X A;  1IF6 A;  5SZ3 A;  3DVB A;  5EH5 A;  4YGN A;  3M2Z A;  1BCD A;  2X7U A;  5FLR A;  4X5S A;  5G0C A;  1G0E A;  3KIG A;  3MWO A;  2ZNC A;  1DMY A;  1CA3 A;  3M04 A;  4KUW A;  4QSJ A;  2NNG A;  4KV0 A;  1IF9 A;  4Q78 A;  3IAI A;  1XQ0 A;  3UYN A;  4Y0J A;  4ZX0 A;  1XEG A;  3OIM A;  4ILX A;  5E5R A;  3P58 A;  3T85 A;  3D93 A;  3TVN X;  5DSJ A;  1RZE A;  4COQ A;  2X7T A;  1BNU A;  3M2Y A;  7CA2 A;  5G01 A;  2EU2 A;  4Z1K A;  1G6V A;  4Q6D A;  2CAB A;  1CAO A;  2H15 A;  4YGJ A;  3KWA A;  4LHI A;  4RUX A;  3IEO A;  3RLD A;  3V3F A;  4QJM A;  1FQN A;  2NWZ A;  3D0N A;  4MDG A;  4MTY A;  4HT0 A;  1I9L A;  5IPZ A;  1CCU A;  1T9N A;  1BNQ A;  4Z1J A;  5SZ7 A;  1KOQ A;  1ZE8 A;  3ML2 A;  5HPJ A;  3HKU A;  1G52 A;  1CCS A;  1CVF A;  1ZFQ A;  2FMZ A;  2QP6 A;  5BNL A;  1Y7W A;  1CIL A;  3RYY A;  1LG5 A;  1I90 A;  4QY3 A;  1CAM A;  1CZM A;  5FLQ A;  3RYV B;  5JG3 B;  1UGE A;  4C3T A;  4KNJ A;  5FNL A;  5AMD A;  4QIY A;  4IDR X;  1G45 A;  3NB5 A;  1FSQ A;  4KNI A;  4XIW A;  5FDC A;  4K0S A;  2WD3 A;  4WL4 A;  3KNE A;  5FLP A;  1CAJ A;  2NNS A;  4R5A A;  1G4O A;  4E49 A;  2O4Z A;  1BNT A;  2EU3 A;  3RZ7 A;  4KUY A;  3U47 A;  1YO0 A;  4WUP A;  1RZC A;  4RFC A;  4JSW A;  4FL7 A;  4Q6E A;  1FR4 A;  2CBA A;  3V2M A;  4ZWX A;  3M98 A;  3V3I B;  1CIN A;  1I9N A;  1XEV A;  3P55 A;  3V3H B;  3OYQ A;  4M2R A;  3EFI A;  1FSR A;  3S74 B;  5DVX A;  4MDM A;  5DSR A;  1TB0 X;  5EKM A;  1CNH A;  3JXG A;  1HCA A;  3JXH C;  2CBB A;  3HKT A;  1BNN A;  3SBH A;  3DD8 A;  3P5A A;  3M5T A;  1CAY A;  5CA2 A;  2POU A;  4Q07 A;  1G3Z A;  3OIK A;  1TTM A;  2NNO A;  3F7B A;  4E3D A;  1DCA A;  3B1B A;  5E28 A;  5JQ0 A;  4YGK A;  1G53 A;  1LZV A;  4QJW A;  4JSZ A;  4CNW A;  1THK A;  3HFP A;  4Z1E A;  4XIX A;  2CBD A;  5DSI A;  5EHV A;  2NXR A;  4CNV A;  4YYT A;  1ZGE A;  3NJ9 A;  3P3H A;  4RIU A;  3HKQ A;  1CNW A;  1ZNC A;  3KON A;  3TVO X;  1TG3 A;  4BF1 A;  4E3G A;  5C8I A;  4Q8Z A;  2VVA X;  4WUQ A;  1ZFK A;  4Q87 A;  5DSQ A;  4E9O X;  3D8W A;  1FR7 A;  3D92 A;  4RN4 A;  3S78 B;  5BRW A;  4UOV A;  3ML5 A;  4YWP A;  2GEH A;  3S8X A;  3S75 B;  1OQ5 A;  5E2K A;  4R59 A;  1ZSC A;  2NNV A;  4Q09 A;  3MNI A;  3PJJ A;  4ZWY A;  1TBT X;  1HUG A;  4M2U A;  4QEF A;  4QJO A;  3IBL A;  3P3J A;  4QK3 A;  2WD2 A;  1G0F A;  1RZB A;  2HOC A;  1UGC A;  3MNA A;  4Q8Y A;  1AM6 A;  1G54 A;  3C7P A;  2NN1 A;  3NI5 A;  4LU3 A;  2AW1 A;  3V7X A;  4YXI A;  4KNM A;  4YXU A;  5SZ0 A;  3T5U A;  3N4B A;  2OSM A;  5DOH A;  3U7C A;  4TWM A;  3UYQ A;  1I9Q A;  1CNK A;  2HKK A;  3MHM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4RFCA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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