4RUZ | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__415897340210714__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__415897340210714__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4RUZ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__415897340210714__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"415897340210714","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4RUZ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__415897340210714__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00a8caf6fa2a733998b058/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00a8caf6fa2a733998b058/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00a8caf6fa2a733998b058/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00a8caf6fa2a733998b058/pdb.gz): 367 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	A class of sulfonamide carbonic anhydrase inhibitors with neuropathic pain modulating effects. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	77
structure length	257
sequence length	257
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2014-11-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4ruzA00

1FLJA 3MDZA 4LHIA 3ML5A 4HT2A 5A25A 1URTA 3U7CA 4LU3A 1CRMA 3RZ7A 3M2XA 4Q78A 3MZCA 2NN7A 5EHEA 3RGEA 3KWAA 4XFWA 3T5ZA 4ZWIA 2NWPA 1CINA 1CNWA 1CNCA 1HCBA 1G45A 1KWQA 3MHOA 3RYJB 3VBDA 5EHVA 1BN4A 4QSAA 2VVAX 5JGTB 1BN3A 1I9OA 5DRSA 1ZGEA 4E49A 1I9LA 5JESB 3F7UA 4QJPA 5FNLA 1I9QA 1ZNCA 4ILXA 3U47A 3M67A 4QSBA 1CNHA 4C3TA 1FR4A 1BV3A 3M1KA 1CAYA 5JQ0A 5SZ5A 5E2SA 3S71B 4E3HA 5SZ4A 1BNTA 4Z1EA 1RZDA 5JGSB 1ZSBA 2ABEA 2HKKA 1CNJA 1CAHA 1FSRA 3DAZA 4Z1NA 3S72B 4DZ7A 5E2KA 2NMXA 1TB0X 3OYQA 4Q08A 1RJ5A 3HKUA 5AMDA 3P4VA 4Q90A 3RZ5A 4Q6EA 4QSJA 1IF9A 12CAA 3D0NA 3V2JA 2NN1A 5EIJA 4Q7VA 3FFPX 1G0FA 1RJ6A 2WEHA 2ZNCA 3DCWA 2WEJA 4Q09A 4Q06A 4L5VA 4HBAA 5FL4A 3DA2A 4QIYA 4RN4A 2NWOA 4FPTA 1BICA 4K13A 4Q7SA 2FNMA 3V7XA 4KNMA 2HL4A 3QYKA 4XIXA 4E4AA 3N0NA 4YXOA 4QTLA 1I9PA 1CNGA 3DC9A 4M2WA 5EKHA 4Q8YA 4IWZA 5E5UA 1ZFQA 1AVNA 1DMXA 1LZVA 1YO2A 4FU5A 2WEGA 4E5QA 2NXSA 3OILA 4YGKA 1HUHA 1CVFA 1OQ5A 5EKMA 3TMJA 1CALA 3RJ7A 3C7PA 1RAZA 4Q81A 4HEWA 3CYUA 3TVOX 3KLDB 1IF8A 2IT4A 2NXRA 1EOUA 4X5SA 3IBLA 5JG3B 2GEHA 2O4ZA 1BNMA 4R5AA 1TEUX 4JS6A 5J8ZA 1Z93A 5FLTA 2FMGA 1TBTX 2CA2A 2FOSA 3P55A 2FNNA 4KUYA 5DOHA 5JEGB 1UGCA 3B1BA 1YO1A 2EU2A 3N3JA 4N16A 1CVDA 3RZ8A 3DD8A 3NI5A 3S74B 4QK2A 7CA2A 3N2PA 3EFTA 5DSLA 5C8IA 4ETQC 1UGAA 2NWZA 5DSIA 2QOAA 4Q49A 4K0SA 3RYZA 1ZSAA 5FNKA 4YGFA 1I8ZA 4KUVA 4RFDA 1HECA 4FVOA 1RAYA 5BNLA 1H4NA 4JSAA 3BL0A 1CNXA 2HD6A 5DSRA 2EZ7A 4QJWA 1G0EA 4MO8A 3RG4A 3SBHA 1G52A 6CA2A 4E3FA 4MLTA 4Y0JA 3M96A 4WW6A 3W6IA 1CAOA 3MHLA 1TH9A 2F14A 3P58A 4KNJA 4IDRX 3V3FA 4HT0A 3MNAA 2FOUA 4BF1A 1HEBA 4Z1JA 3HFPA 4HU1A 1I9MA 3T5UA 1I90A 3D92A 4E3DA 1YDBA 4MDMA 5DOGA 3V3JA 4QK3A 1H9NA 1FQRA 4YGJA 4Q6DA 5AMLA 2NXTA 3M2ZA 5E2NA 4M2UA 1G54A 4HEYA 1IF5A 4PYXA 1G1DA 1BCDA 3S78B 4MTYA 4E9OX 1G46A 4TWMA 4QJOA 1CCTA 3KONA 3W6HA 3ZP9A 1BNWA 3T83A 5FLPA 1CAZA 4FIKA 4Q0LA 1I91A 3BL1A 2WD3A 1V9EA 3IAIA 4Q8ZA 4ITOA 1AM6A 4KNIA 3M04A 4XE1A 5LMDA 3V3GB 4CNXA 4MDGA 5G03A 4L5UA 4YWPA 3MNUA 4ZWYA 1T9NA 3IBNA 4ZWZA 5DVXA 3HKNA 5L3OA 3MHMA 4YGLA 3MMFA 5JQTA 1H9QA 4COQA 1CNYA 2NNVA 3KNEA 4RFCA 1FQMA 3HLJA 3OIKA 4DZ9A 4FL7A 4ZX0A 1UGEA 1KOPA 1JV0A 4Q99A 3OKVA 2WD2A 5E5RA 1CAJA 3JXHC 3M5TA 5IPZA 1XPZA 3P5AA 4WR7A 4RIVA 5SZ1A 4YYTA 4RH2A 4YVYA 4UOVA 1CVHA 2QP6A 4PQ7A 4QIZA 3DCSA 5G01A 5SZ7A 1DCAA 4Q8XA 3M1QA 3JXGA 4YHAA 4KP8A 3R17B 1CILA 3V3HB 3IBIA 4MLXA 1CAIA 3M3XA 2CBDA 9CA2A 4HF3A 4RUYA 1DCBA 5DSQA 4ZAOA 2FOVA 2Q38A 5EHWA 5FLRA 2Q1BA 3MNHA 1CRAA 3S9TA 2POUA 4FRCA 4QJMA 3S77B 5HPJA 4KNNA 1LG5A 4QJ0A 1I9NA 4Q83A 3CA2A 3DD0A 5JEPB 3ZNCA 5FNHA 5EZTX 3M2YA 3MWOA 4WUQA 3KOIA 4ZWXA 2FW4A 3P5LA 1OKNA 2HNCA 5DSJA 5EOIA 2FOYA 3MNIA 1CAMA 2X7TA 3ML2A 4Q87A 4WUPA 4KAPA 2NWYA 2X7SA 1CNIA 1HVAA 4K1QA 3PJJA 1HUGA 3NB5A 4QJXA 4XZ5A 3NJ9A 2WEOA 3V2MA 1TE3X 3DVCA 3M14A 2FMZA 3M5SA 1ZSCA 5SZ2A 1A42A 1KWRA 4Q7PA 3N4BA 4K0TA 5CA2A 5SZ3A 3PYKA 2NNGA 3RZ0B 4BCWA 4CQ0A 1UGDA 1HEAA 2AX2A 2NNSA 1OKMA 3DV7A 4CA2A 1LGDA 3UYNA 1G3ZA 2W2JA 4KV0A 5FDCA 1IF7A 3M2NA 2Q1QA 3T82A 2POVA 1CIMA 4CNWA 3M1JA 2X7UA 3CZVA 2CBCA 1IF6A 4FVNA 2HFWA 3IEOA 4YXUA 3FE4A 3OIMA 3S76A 4M2RA 1OKLA 3GZ0A 3JXFA 5E2RA 1KEQA 4KP5A 5L6KA 4M2VA 3DCCA 4RUZA 3DVBA 1Z97A 4R5BA 1XEVA 4YX4A 5CLUA 1F2WA 3MHIA 3K7KA 4G0CA 4PZHA 5CJFA 1G48A 1ZE8A 1RZAA 3PO6A 3RG3A 1LG6A 3P3JA 4YGNA 1LUGA 3M1WA 3T84A 5G0CA 1FR7A 1TG3A 3RYVB 3TVNX 2POWA 4QSIA 3S97A 2OSFA 3R16A 1BNUA 3K34A 4TWLA 4XIWA 1THKA 2FNKA 3HKQA 5BRWA 1J9WA 2GD8A 4K0ZA 2HOCA 5E2MA 4R59A 5EH7A 3F4XA 3DBUA 2CBBA 2CBAA 1CNBA 1BNVA 2FOQA 4ITPA 5EKJA 5G0BA 4WL4A 1CVBA 8CA2A 4MDLA 1HCAA 1JCZA 1ZGFA 5AMGA 3IGPA 1IF4A 1YDAA 1TEQX 3V3IB 3U3AX 1BNNA 4JSWA 2H15A 4RUXA 3T85A 3D9ZA 1TG9A 4QY3A 3CAJA 4JSSA 3S75B 3F8EA 4BF6A 5CACA 5DSPA 4Q07A 5FNIA 2AW1A 3P44A 1CVAA 2H4NA 1UGFA 3KKXA 4RIUA 3KOKA 3LXEA 1FQNA 3OYSA 4N0XB 5BYIA 5JG5B 1FSQA 4CNVA 1CAKA 5SZ6A 1CNKA 4Z0QA 4GL1X 3RYXB 4G7AA 1FQLA 1MUAA 5FLSA 3UYQA 3HKTA 3Q31A 3OY0A 4YXIA 1CZMA 2EU3A 4QK1A 4ZX1A 5FLOA 4E3GA 5DSNA 1G6VA 4HEZA 4PXXA 4L5WA 3MHCA 3OKUA 5SZ0A 5FDIA 4LP6A 3S73B 3BETA 1ZFKA 3DVDA 3RYYA 3FW3A 1G4OA 3F7BA 5FL5A 1BN1A 1YDDA 1CCUA 3P3HA 3SAXA 5DSOA 3DC3A 1BZMA 1CCSA 2OSMA 1RZCA 5DSKA 1CA3A 1RZBA 2VVBX 5FNGA 3IBUA 4CACA 3L14A 1TTMA 1BNQA 1UGGA 5A6HA 3MNJA 5EH5A 3EFIA 5E28A 4WW8A 3U45X 4Q7WA 5DSMA 4JSZA 2CABA 1KOQA 2CBEA 4PYYA 3SAPA 2QO8A 5BRVA 1G53A 4Z1KA 5FL6A 1CA2A 1ZH9A 3RLDA 1XEGA 5JDVB 1G4JA 1V9IC 1Y7WA 3S8XA 3B4FA 5FLQA 1DMYA 1YDCA 5FNMA 1UGBA 1AZMA 1RZEA 3D93A 4KUWA 5JEHB 3MYQA 3KIGA 1CVEA 3V5GA 1CVCA 5BRUA 2NNOA 1FSNA 3RZ1B 3M40A 3K2FA 2ILIA 3SBIA 1XQ0A 5EH8A 3M5EA 3D8WA 1MOOA 1JD0A 3HS4A 1CANA 1Z9YA 1YO0A 3KS3A 4Q9YA 4QEFA 1HEDA 4CNRA 5FNJA 3M98A 3MNKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FLJ A;  3MDZ A;  4LHI A;  3ML5 A;  4HT2 A;  5A25 A;  1URT A;  3U7C A;  4LU3 A;  1CRM A;  3RZ7 A;  3M2X A;  4Q78 A;  3MZC A;  2NN7 A;  5EHE A;  3RGE A;  3KWA A;  4XFW A;  3T5Z A;  4ZWI A;  2NWP A;  1CIN A;  1CNW A;  1CNC A;  1HCB A;  1G45 A;  1KWQ A;  3MHO A;  3RYJ B;  3VBD A;  5EHV A;  1BN4 A;  4QSA A;  2VVA X;  5JGT B;  1BN3 A;  1I9O A;  5DRS A;  1ZGE A;  4E49 A;  1I9L A;  5JES B;  3F7U A;  4QJP A;  5FNL A;  1I9Q A;  1ZNC A;  4ILX A;  3U47 A;  3M67 A;  4QSB A;  1CNH A;  4C3T A;  1FR4 A;  1BV3 A;  3M1K A;  1CAY A;  5JQ0 A;  5SZ5 A;  5E2S A;  3S71 B;  4E3H A;  5SZ4 A;  1BNT A;  4Z1E A;  1RZD A;  5JGS B;  1ZSB A;  2ABE A;  2HKK A;  1CNJ A;  1CAH A;  1FSR A;  3DAZ A;  4Z1N A;  3S72 B;  4DZ7 A;  5E2K A;  2NMX A;  1TB0 X;  3OYQ A;  4Q08 A;  1RJ5 A;  3HKU A;  5AMD A;  3P4V A;  4Q90 A;  3RZ5 A;  4Q6E A;  4QSJ A;  1IF9 A;  12CA A;  3D0N A;  3V2J A;  2NN1 A;  5EIJ A;  4Q7V A;  3FFP X;  1G0F A;  1RJ6 A;  2WEH A;  2ZNC A;  3DCW A;  2WEJ A;  4Q09 A;  4Q06 A;  4L5V A;  4HBA A;  5FL4 A;  3DA2 A;  4QIY A;  4RN4 A;  2NWO A;  4FPT A;  1BIC A;  4K13 A;  4Q7S A;  2FNM A;  3V7X A;  4KNM A;  2HL4 A;  3QYK A;  4XIX A;  4E4A A;  3N0N A;  4YXO A;  4QTL A;  1I9P A;  1CNG A;  3DC9 A;  4M2W A;  5EKH A;  4Q8Y A;  4IWZ A;  5E5U A;  1ZFQ A;  1AVN A;  1DMX A;  1LZV A;  1YO2 A;  4FU5 A;  2WEG A;  4E5Q A;  2NXS A;  3OIL A;  4YGK A;  1HUH A;  1CVF A;  1OQ5 A;  5EKM A;  3TMJ A;  1CAL A;  3RJ7 A;  3C7P A;  1RAZ A;  4Q81 A;  4HEW A;  3CYU A;  3TVO X;  3KLD B;  1IF8 A;  2IT4 A;  2NXR A;  1EOU A;  4X5S A;  3IBL A;  5JG3 B;  2GEH A;  2O4Z A;  1BNM A;  4R5A A;  1TEU X;  4JS6 A;  5J8Z A;  1Z93 A;  5FLT A;  2FMG A;  1TBT X;  2CA2 A;  2FOS A;  3P55 A;  2FNN A;  4KUY A;  5DOH A;  5JEG B;  1UGC A;  3B1B A;  1YO1 A;  2EU2 A;  3N3J A;  4N16 A;  1CVD A;  3RZ8 A;  3DD8 A;  3NI5 A;  3S74 B;  4QK2 A;  7CA2 A;  3N2P A;  3EFT A;  5DSL A;  5C8I A;  4ETQ C;  1UGA A;  2NWZ A;  5DSI A;  2QOA A;  4Q49 A;  4K0S A;  3RYZ A;  1ZSA A;  5FNK A;  4YGF A;  1I8Z A;  4KUV A;  4RFD A;  1HEC A;  4FVO A;  1RAY A;  5BNL A;  1H4N A;  4JSA A;  3BL0 A;  1CNX A;  2HD6 A;  5DSR A;  2EZ7 A;  4QJW A;  1G0E A;  4MO8 A;  3RG4 A;  3SBH A;  1G52 A;  6CA2 A;  4E3F A;  4MLT A;  4Y0J A;  3M96 A;  4WW6 A;  3W6I A;  1CAO A;  3MHL A;  1TH9 A;  2F14 A;  3P58 A;  4KNJ A;  4IDR X;  3V3F A;  4HT0 A;  3MNA A;  2FOU A;  4BF1 A;  1HEB A;  4Z1J A;  3HFP A;  4HU1 A;  1I9M A;  3T5U A;  1I90 A;  3D92 A;  4E3D A;  1YDB A;  4MDM A;  5DOG A;  3V3J A;  4QK3 A;  1H9N A;  1FQR A;  4YGJ A;  4Q6D A;  5AML A;  2NXT A;  3M2Z A;  5E2N A;  4M2U A;  1G54 A;  4HEY A;  1IF5 A;  4PYX A;  1G1D A;  1BCD A;  3S78 B;  4MTY A;  4E9O X;  1G46 A;  4TWM A;  4QJO A;  1CCT A;  3KON A;  3W6H A;  3ZP9 A;  1BNW A;  3T83 A;  5FLP A;  1CAZ A;  4FIK A;  4Q0L A;  1I91 A;  3BL1 A;  2WD3 A;  1V9E A;  3IAI A;  4Q8Z A;  4ITO A;  1AM6 A;  4KNI A;  3M04 A;  4XE1 A;  5LMD A;  3V3G B;  4CNX A;  4MDG A;  5G03 A;  4L5U A;  4YWP A;  3MNU A;  4ZWY A;  1T9N A;  3IBN A;  4ZWZ A;  5DVX A;  3HKN A;  5L3O A;  3MHM A;  4YGL A;  3MMF A;  5JQT A;  1H9Q A;  4COQ A;  1CNY A;  2NNV A;  3KNE A;  4RFC A;  1FQM A;  3HLJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4RUZA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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