4WUQ | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	PDWGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIKTSETKHDTSLKPISVSYNPATAKEIINVGHSFHVNFEDNDNRSVLKGGPFSDSYRLFQFHFHWGSTNEHGSEHTVDGVKYSAELHVAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLMKVGEANPKLQKVLDALQAIKTKGKRAPFTNFDPSTLLPSSLDFWTYPGSLTHPPLYESVTWIICKESISVSSEQLAQFRSLLSNVEGDNAVPMQHNNRPTQPLKGRTVRASF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4730083977110855__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4730083977110855__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4WUQ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4730083977110855__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4730083977110855","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4WUQ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4730083977110855__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00c0be29f7b62267dd6680/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00c0be29f7b62267dd6680/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00c0be29f7b62267dd6680/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00c0be29f7b62267dd6680/pdb.gz): 830 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Intrinsic thermodynamics of 4-substituted-2,3,5,6-tetrafluorobenzenesulfonamide binding to carbonic anhydrases by isothermal titration calorimetry. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 1
total genus	76
structure length	258
sequence length	258
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2014-11-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4wuqA00

3IGPA 1XEGA 1CVCA 4HU1A 1FSRA 1J9WA 2FOQA 4DZ9A 1A42A 3MNHA 4MDMA 1T9NA 1UGBA 5BRWA 4MDGA 1RJ5A 2NWPA 2X7UA 1Z9YA 3M98A 3SAXA 4UOVA 5DSKA 3M2YA 4N0XB 3TVOX 4Q9YA 1AVNA 4Q49A 5SZ5A 4Q7VA 3NB5A 1ZGFA 1G0FA 1DCAA 1CAHA 4E3GA 3DCCA 5EZTX 4M2RA 3NJ9A 1CNCA 1I9OA 1HECA 3JXGA 2NXTA 5SZ4A 3KWAA 3MNIA 1KWRA 1TG3A 3U47A 4Q09A 3N3JA 5BNLA 5DSQA 4WW8A 2OSFA 4FIKA 1OKLA 3OIMA 4KNNA 3DD0A 4FL7A 4QK2A 12CAA 5CLUA 3M1QA 2WEGA 2NMXA 3CA2A 3KNEA 3R16A 2POWA 3DCWA 3MHCA 2WD2A 4FVOA 1ZSCA 3M5TA 4WL4A 3DC9A 3RYYA 3MWOA 4G0CA 3P3HA 3W6HA 4Q83A 4Q0LA 1RAYA 1BZMA 1OKNA 3SBIA 1KEQA 4FVNA 4FRCA 1CA2A 3MDZA 5FL6A 3IBNA 3P58A 2FMZA 3FFPX 3F7BA 3S74B 4N16A 1TH9A 3OKVA 4Q7SA 3W6IA 1JV0A 3EFIA 3JXHC 5E2MA 5EKHA 1YDDA 3ZP9A 2CBAA 1MUAA 1ZGEA 1IF8A 1HCAA 4QEFA 1FSNA 4CQ0A 1CANA 3MHMA 2ABEA 5DOHA 9CA2A 5EOIA 5FLTA 3M1KA 3M5EA 4PYXA 2FOSA 4RN4A 4YYTA 3DD8A 4HT2A 3S9TA 1G53A 3OILA 2GEHA 4KNJA 5AMDA 4QJ0A 2POVA 1LG5A 3CAJA 1CVHA 1CNYA 1IF6A 5A6HA 5EH8A 1IF9A 2Q1QA 4KNIA 4RIVA 3SAPA 3MNKA 5EIJA 5G03A 1CAMA 1CCSA 4JSAA 1G1DA 1CAKA 4Q08A 3TVNX 1CAJA 5JEGB 5G0BA 1CNBA 4KV0A 1G52A 4L5VA 4PZHA 3GZ0A 2HNCA 4QIZA 4Z1NA 3KOIA 1HCBA 6CA2A 3SBHA 2FNKA 5G01A 4M2VA 1RZAA 5EHWA 1TEUX 4ETQC 1TEQX 3KIGA 2NXSA 3M14A 4FU5A 4Z1JA 1CVEA 4Q8YA 4KAPA 3S71B 5BRVA 5E5UA 3IBIA 1I9PA 4WUPA 2W2JA 4E9OX 2Q38A 3IAIA 1ZNCA 4RIUA 1ZSAA 3MNUA 3MYQA 4CNWA 2OSMA 1TBTX 4HF3A 3M3XA 4L5WA 4Q78A 5FNKA 3V7XA 4E3HA 1HUGA 3V3GB 3DV7A 4CNXA 1BICA 3B1BA 1TE3X 5DSLA 3V2JA 1AZMA 3BL0A 4TWLA 1TG9A 3RZ5A 4QJPA 4DZ7A 4YGLA 3P4VA 3HKNA 1LGDA 4YHAA 3D93A 3S73B 1XQ0A 2CBCA 5SZ3A 5EHVA 4YX4A 5JG3B 3T85A 1CAOA 1FR7A 4PQ7A 1DMXA 4E3FA 1CNWA 3DCSA 8CA2A 3DBUA 4JSWA 4KUYA 1Y7WA 3M5SA 1KWQA 4Q8XA 3UYNA 4ITPA 1G4OA 1RZBA 3RYXB 3T5UA 1BNQA 3LXEA 1YDBA 3M2XA 4Q8ZA 4BF6A 4Q7WA 1CAYA 1BN4A 4JSZA 2Q1BA 3RZ1B 2ZNCA 1UGGA 5IPZA 4RUXA 4QSJA 1CCUA 3MHIA 2FOVA 3CYUA 3D8WA 2WEHA 1CAIA 1UGEA 1CIMA 1AM6A 4YVYA 1CNGA 5E5RA 2X7TA 3Q31A 3V3HB 4E49A 4WW6A 1V9EA 3TMJA 3M1WA 1EOUA 2NNSA 1G54A 5L3OA 5EKJA 1I9NA 4QJOA 3M96A 2VVBX 7CA2A 3EFTA 1CA3A 1FQRA 5CACA 5JGTB 3DVCA 5AMLA 5JDVB 4XE1A 5FNHA 1CNHA 3OY0A 5CA2A 1ZFKA 1YDAA 1XEVA 2NWZA 1BN3A 5DVXA 1CVAA 1G45A 1G0EA 3C7PA 1BNWA 3V3JA 3MHOA 5FDIA 1CNIA 4R59A 5DRSA 3RZ8A 3HFPA 4KNMA 4COQA 4Q81A 5JQ0A 2QP6A 1H4NA 4ZWIA 3OKUA 4Q99A 3HLJA 1HUHA 3V3FA 1HVAA 4CA2A 3KS3A 2NN7A 3RZ7A 3HS4A 2FMGA 3MZCA 1CALA 4R5BA 1G6VA 4LP6A 3M04A 4YGJA 4RFDA 5EHEA 3IBUA 1H9NA 5FL5A 1KOQA 3NI5A 1BV3A 5E2SA 3PYKA 4JSSA 4Q90A 4LHIA 2H4NA 1DCBA 4WUQA 3OYQA 3PO6A 1ZE8A 1FSQA 1FR4A 3MNJA 1CVDA 4Q87A 3S72B 4M2UA 1BNVA 2CABA 3ML2A 1RZCA 3BETA 4K1QA 3OIKA 3QYKA 4XIXA 3U3AX 5FLRA 5FDCA 2FW4A 2VVAX 2WEJA 1IF7A 3N2PA 2NWOA 5JEPB 4QK3A 3CZVA 3K34A 5JG5B 1YO0A 4QTLA 5JQTA 3IEOA 1CVBA 1G4JA 1LZVA 4X5SA 1HEAA 4YGNA 3M1JA 3RYJB 3DVDA 3T83A 2WD3A 2CBEA 5DSMA 4ZX0A 1Z97A 2CA2A 4K0SA 3FE4A 1ZH9A 5EKMA 1I90A 3N4BA 1UGCA 3HKUA 1CVFA 2HL4A 1LG6A 3P5LA 2HFWA 3T82A 3R17B 2QO8A 4E3DA 4QY3A 2CBDA 4Q07A 5E2NA 1JCZA 1CNJA 3KOKA 4MLTA 1FQMA 1TB0X 3P55A 4QSIA 4RFCA 4K0ZA 1Z93A 4C3TA 3F7UA 4JS6A 4QJXA 1I9LA 5SZ6A 3VBDA 5G0CA 3KLDB 1I8ZA 5CJFA 5FNMA 4QJWA 4HEWA 3RJ7A 1G3ZA 1RZDA 3B4FA 1BNMA 1CAZA 3KONA 4HBAA 5SZ0A 5DOGA 1F2WA 1CRAA 4ILXA 4K13A 5FNIA 4R5AA 1IF4A 4Q6DA 2NWYA 1THKA 5E2RA 1URTA 1G48A 3RYZA 2FNNA 2EU2A 2NNVA 2NNOA 1MOOA 3T84A 3K2FA 4KP8A 4KUWA 5FLOA 3M2ZA 3IBLA 1CILA 2X7SA 3D92A 4HEYA 4QK1A 5DSRA 5DSPA 3S76A 4HEZA 4YXIA 2CBBA 4Z1EA 1XPZA 4PXXA 2NXRA 3MMFA 1G46A 3OYSA 3P3JA 4KP5A 3ZNCA 4LU3A 5FLPA 4ZWYA 2GD8A 2FOYA 4ZX1A 3U7CA 3MHLA 5E2KA 1KOPA 3V5GA 3F8EA 5BYIA 3DVBA 4KUVA 1HEBA 1IF5A 3P5AA 5SZ7A 4QSBA 3V2MA 3JXFA 3RZ0B 4Q06A 1BCDA 5AMGA 3RG3A 3L14A 4XFWA 3F4XA 4XIWA 3KKXA 1CNKA 1UGFA 2AX2A 5SZ2A 3T5ZA 4IWZA 3D0NA 4MDLA 4ZWZA 5FLQA 5FLSA 3S77B 5JGSB 4TWMA 2HKKA 4ZAOA 4YGKA 4BF1A 1HEDA 1TTMA 1FLJA 4Y0JA 5A25A 3M40A 2AW1A 1RZEA 4RUZA 4E4AA 5HPJA 2FNMA 2EZ7A 3S8XA 3DA2A 4M2WA 2WEOA 5SZ1A 3PJJA 3RGEA 5FNGA 4WR7A 1BNUA 3S78B 3DAZA 1UGDA 4FPTA 4Z1KA 2POUA 4ZWXA 2ILIA 1UGAA 4PYYA 2IT4A 3S75B 1RJ6A 4MLXA 1FQNA 1CRMA 5FNJA 2HD6A 5BRUA 4YWPA 1CZMA 2H15A 1I91A 4GL1X 1BNNA 4CACA 4CNVA 5FNLA 5JESB 1I9QA 5E28A 4HT0A 4E5QA 1CNXA 5J8ZA 3MNAA 3K7KA 3RLDA 4CNRA 1BN1A 3HKQA 3V3IB 5L6KA 3N0NA 4QSAA 1RAZA 3UYQA 4BCWA 1BNTA 5DSIA 5C8IA 4YXOA 4YGFA 1YDCA 4YXUA 3M2NA 3S97A 4MO8A 2NN1A 1LUGA 1H9QA 2F14A 3P44A 4G7AA 3RYVB 2HOCA 4QIYA 1YO2A 1OKMA 3BL1A 5LMDA 4L5UA 5EH5A 1YO1A 1FQLA 1ZSBA 4ITOA 2QOAA 4IDRX 5FL4A 4QJMA 4Q7PA 1CCTA 1ZFQA 5DSJA 4RH2A 4Z0QA 1I9MA 2O4ZA 3DC3A 4K0TA 1DMYA 2EU3A 3FW3A 5JEHB 2NNGA 3U45X 1JD0A 4XZ5A 5EH7A 3M67A 1OQ5A 1V9IC 4MTYA 4RUYA 4Q6EA 2FOUA 3HKTA 5DSOA 3ML5A 3RG4A 1CINA 3D9ZA 5DSNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3IGP A;  1XEG A;  1CVC A;  4HU1 A;  1FSR A;  1J9W A;  2FOQ A;  4DZ9 A;  1A42 A;  3MNH A;  4MDM A;  1T9N A;  1UGB A;  5BRW A;  4MDG A;  1RJ5 A;  2NWP A;  2X7U A;  1Z9Y A;  3M98 A;  3SAX A;  4UOV A;  5DSK A;  3M2Y A;  4N0X B;  3TVO X;  4Q9Y A;  1AVN A;  4Q49 A;  5SZ5 A;  4Q7V A;  3NB5 A;  1ZGF A;  1G0F A;  1DCA A;  1CAH A;  4E3G A;  3DCC A;  5EZT X;  4M2R A;  3NJ9 A;  1CNC A;  1I9O A;  1HEC A;  3JXG A;  2NXT A;  5SZ4 A;  3KWA A;  3MNI A;  1KWR A;  1TG3 A;  3U47 A;  4Q09 A;  3N3J A;  5BNL A;  5DSQ A;  4WW8 A;  2OSF A;  4FIK A;  1OKL A;  3OIM A;  4KNN A;  3DD0 A;  4FL7 A;  4QK2 A;  12CA A;  5CLU A;  3M1Q A;  2WEG A;  2NMX A;  3CA2 A;  3KNE A;  3R16 A;  2POW A;  3DCW A;  3MHC A;  2WD2 A;  4FVO A;  1ZSC A;  3M5T A;  4WL4 A;  3DC9 A;  3RYY A;  3MWO A;  4G0C A;  3P3H A;  3W6H A;  4Q83 A;  4Q0L A;  1RAY A;  1BZM A;  1OKN A;  3SBI A;  1KEQ A;  4FVN A;  4FRC A;  1CA2 A;  3MDZ A;  5FL6 A;  3IBN A;  3P58 A;  2FMZ A;  3FFP X;  3F7B A;  3S74 B;  4N16 A;  1TH9 A;  3OKV A;  4Q7S A;  3W6I A;  1JV0 A;  3EFI A;  3JXH C;  5E2M A;  5EKH A;  1YDD A;  3ZP9 A;  2CBA A;  1MUA A;  1ZGE A;  1IF8 A;  1HCA A;  4QEF A;  1FSN A;  4CQ0 A;  1CAN A;  3MHM A;  2ABE A;  5DOH A;  9CA2 A;  5EOI A;  5FLT A;  3M1K A;  3M5E A;  4PYX A;  2FOS A;  4RN4 A;  4YYT A;  3DD8 A;  4HT2 A;  3S9T A;  1G53 A;  3OIL A;  2GEH A;  4KNJ A;  5AMD A;  4QJ0 A;  2POV A;  1LG5 A;  3CAJ A;  1CVH A;  1CNY A;  1IF6 A;  5A6H A;  5EH8 A;  1IF9 A;  2Q1Q A;  4KNI A;  4RIV A;  3SAP A;  3MNK A;  5EIJ A;  5G03 A;  1CAM A;  1CCS A;  4JSA A;  1G1D A;  1CAK A;  4Q08 A;  3TVN X;  1CAJ A;  5JEG B;  5G0B A;  1CNB A;  4KV0 A;  1G52 A;  4L5V A;  4PZH A;  3GZ0 A;  2HNC A;  4QIZ A;  4Z1N A;  3KOI A;  1HCB A;  6CA2 A;  3SBH A;  2FNK A;  5G01 A;  4M2V A;  1RZA A;  5EHW A;  1TEU X;  4ETQ C;  1TEQ X;  3KIG A;  2NXS A;  3M14 A;  4FU5 A;  4Z1J A;  1CVE A;  4Q8Y A;  4KAP A;  3S71 B;  5BRV A;  5E5U A;  3IBI A;  1I9P A;  4WUP A;  2W2J A;  4E9O X;  2Q38 A;  3IAI A;  1ZNC A;  4RIU A;  1ZSA A;  3MNU A;  3MYQ A;  4CNW A;  2OSM A;  1TBT X;  4HF3 A;  3M3X A;  4L5W A;  4Q78 A;  5FNK A;  3V7X A;  4E3H A;  1HUG A;  3V3G B;  3DV7 A;  4CNX A;  1BIC A;  3B1B A;  1TE3 X;  5DSL A;  3V2J A;  1AZM A;  3BL0 A;  4TWL A;  1TG9 A;  3RZ5 A;  4QJP A;  4DZ7 A;  4YGL A;  3P4V A;  3HKN A;  1LGD A;  4YHA A;  3D93 A;  3S73 B;  1XQ0 A;  2CBC A;  5SZ3 A;  5EHV A;  4YX4 A;  5JG3 B;  3T85 A;  1CAO A;  1FR7 A;  4PQ7 A;  1DMX A;  4E3F A;  1CNW A;  3DCS A;  8CA2 A;  3DBU A;  4JSW A;  4KUY A;  1Y7W A;  3M5S A;  1KWQ A;  4Q8X A;  3UYN A;  4ITP A;  1G4O A;  1RZB A;  3RYX B;  3T5U A;  1BNQ A;  3LXE A;  1YDB A;  3M2X A;  4Q8Z A;  4BF6 A;  4Q7W A;  1CAY A;  1BN4 A;  4JSZ A;  2Q1B A;  3RZ1 B;  2ZNC A;  1UGG A;  5IPZ A;  4RUX A;  4QSJ A;  1CCU A;  3MHI A;  2FOV A;  3CYU A;  3D8W A;  2WEH A;  1CAI A;  1UGE A;  1CIM A;  1AM6 A;  4YVY A;  1CNG A;  5E5R A;  2X7T A;  3Q31 A;  3V3H B;  4E49 A;  4WW6 A;  1V9E A;  3TMJ A;  3M1W A;  1EOU A;  2NNS A;  1G54 A;  5L3O A;  5EKJ A;  1I9N A;  4QJO A;  3M96 A;  2VVB X;  7CA2 A;  3EFT A;  1CA3 A;  1FQR A;  5CAC A;  5JGT B;  3DVC A;  5AML A;  5JDV B;  4XE1 A;  5FNH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4WUQA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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