4Z1K | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__737663008618822__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__737663008618822__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4Z1K/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__737663008618822__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"737663008618822","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4Z1K/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__737663008618822__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03e41e6086b406be5d2191/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03e41e6086b406be5d2191/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03e41e6086b406be5d2191/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03e41e6086b406be5d2191/pdb.gz): 753 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Carbonic anhydrase inhibitors: Design, synthesis and structural characterization of new heteroaryl-N-carbonylbenzenesulfonamides targeting druggable human carbonic anhydrase isoforms. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	77
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2015-03-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4z1kA00

1G3ZA 3OY0A 5BRWA 4R5BA 2FOQA 4Q78A 1CIMA 4Q06A 3MWOA 4JSAA 2NXTA 1THKA 3MZCA 4Z1JA 3V3GB 2CA2A 4E3GA 1J9WA 5DOHA 4HEZA 4KUVA 2CBCA 4LP6A 3U3AX 3DBUA 1AM6A 1CNKA 3IBUA 3P5AA 4KUWA 2EU3A 2NWOA 1V9IC 4MDGA 1AZMA 3RJ7A 1ZFQA 4ETQC 1KWQA 1JD0A 1FQMA 2NWPA 1I9LA 2HNCA 5L6KA 4ZAOA 2O4ZA 4L5WA 3V3JA 3HKQA 2WEHA 3R17B 1CA2A 5E28A 4Q7WA 3MNJA 4R59A 4GL1X 1CAIA 4Q49A 1TTMA 4WUQA 4QJXA 2ABEA 3KOKA 5E2NA 5G0BA 4CNVA 3RZ7A 4RH2A 5JG5B 1ZE8A 1BNVA 3BETA 4Q7PA 3P4VA 3K7KA 1CILA 1XEGA 1YDCA 3MYQA 3IBLA 4MDLA 5DVXA 2OSFA 2HFWA 1Z97A 1FR4A 2Q1BA 3K2FA 1XEVA 3DVCA 1TEQX 2FNMA 5SZ7A 1CAJA 4YHAA 5FNKA 4ZWYA 2NNOA 3IAIA 5JEGB 1CNHA 4CA2A 3N0NA 3P3HA 3M2ZA 4E4AA 4PYXA 3V3HB 5FLSA 4FIKA 4QK2A 4RUXA 5SZ6A 1CCTA 3ZNCA 1G53A 4Z1NA 3ML5A 4QEFA 1FQRA 1UGGA 4C3TA 4Z0QA 3MDZA 1RJ5A 2NNGA 3DCCA 1CVDA 3PYKA 1CNGA 2HL4A 3D0NA 3JXHC 4E3FA 5BYIA 1H9QA 3M14A 5FLPA 4ILXA 5BRUA 4Q9YA 4RIVA 5E2KA 1FSNA 3SBIA 1YDAA 2WEGA 2Q38A 4QK3A 3MNKA 1DCBA 4IWZA 3GZ0A 1RZEA 1V9EA 4YVYA 5DSOA 3OKUA 5FNHA 3KIGA 1HUHA 3SBHA 5AMDA 4QJWA 1RAYA 1MUAA 1CNWA 1H9NA 1CNXA 2FOSA 4M2VA 4Q0LA 5DSQA 1CVCA 4QJPA 1CAYA 3S97A 2FW4A 3S76A 3UYQA 3C7PA 4RN4A 1FSRA 3VBDA 2HKKA 1BNTA 4FRCA 5FLQA 4ZWXA 3MNAA 3S78B 3W6HA 2POUA 1CVEA 1G6VA 3MHIA 4QSBA 1ZH9A 2H4NA 1I8ZA 5FLRA 3T5ZA 3DV7A 1CINA 4E3HA 1CAKA 2IT4A 3CZVA 5J8ZA 3K34A 4Q87A 4LU3A 1IF4A 3RZ0B 5EH8A 3D9ZA 1DMYA 1IF6A 3MNUA 4Z1EA 2VVBX 1TE3X 3CYUA 3DC9A 3HKUA 1RZBA 3DC3A 3T83A 3L14A 4CACA 1BN1A 4Q07A 3N3JA 3RYZA 4IDRX 3B1BA 3V3IB 3S71B 1CRAA 3D93A 1CA3A 1CAHA 5L3OA 5DSJA 1I90A 4YGJA 5EHVA 1CVAA 2X7SA 4PYYA 2GD8A 1OKLA 3ML2A 4MLTA 3MNHA 5DOGA 5DSKA 4M2WA 3OIKA 1Z9YA 1LZVA 5DSRA 3W6IA 4L5UA 3MHOA 5EKHA 3DCWA 1LGDA 5SZ4A 2WEOA 1YDDA 1LG5A 4MDMA 5G01A 1UGBA 3PO6A 4QY3A 4K0TA 4Q8ZA 3TMJA 1G52A 1RZDA 1HCAA 2H15A 2X7TA 3DAZA 3M1KA 4YX4A 5FNMA 1BV3A 5JEPB 4Q8XA 4QSAA 5E5RA 1G46A 2Q1QA 3KONA 2HD6A 4ZWZA 4HEWA 1BNWA 3S75B 1HEAA 1BICA 9CA2A 3OKVA 5BRVA 3FW3A 4FPTA 4ITOA 1ZSCA 5FNIA 1CVHA 5EHWA 3S74B 4COQA 3RYXB 1IF7A 5JDVB 3DVBA 1OKMA 1ZFKA 3T82A 5FDCA 3RZ1B 4ZWIA 3DD8A 1LUGA 1ZNCA 3S72B 6CA2A 4YYTA 5JQTA 2EU2A 1I9OA 1MOOA 3S73B 4KP8A 4RIUA 4CQ0A 2HOCA 2NNSA 3JXGA 1YDBA 1FLJA 1CNCA 4KNNA 1RZAA 4HT0A 2X7UA 3M2NA 2WD3A 4HF3A 4HBAA 5IPZA 4TWLA 3TVOX 3NI5A 4HEYA 3BL1A 5FL6A 5CA2A 4KAPA 1CANA 1FSQA 1G1DA 1CALA 1G0FA 1CNJA 1TG9A 1UGEA 1LG6A 1CNYA 2POWA 3OILA 4Q6DA 5CLUA 3HKTA 3ZP9A 4KNIA 4PQ7A 2F14A 1G54A 3D92A 3M2XA 1HEBA 2NWYA 1I9MA 1JV0A 5HPJA 1UGCA 3S8XA 1I9NA 4KNJA 5DSIA 4K13A 3M5EA 5JESB 5SZ1A 1YO2A 1UGDA 3RYVB 1G0EA 1G45A 4RFDA 4Q09A 2VVAX 4Q7SA 3IGPA 2FNNA 3R16A 4PZHA 3EFIA 4UOVA 5JQ0A 3P58A 4E9OX 1HCBA 3OYSA 3U7CA 3M1WA 5E2SA 3B4FA 4ZX0A 3RGEA 1HECA 4BCWA 5FNLA 1CZMA 1TBTX 3HLJA 3IBNA 3DCSA 4XIWA 3MMFA 1I91A 4K0SA 3Q31A 1DCAA 5JEHB 4RUYA 1FQNA 1F2WA 3NB5A 5EIJA 5EKJA 2EZ7A 5A6HA 1T9NA 4YXIA 5JGSB 3P5LA 5A25A 4RUZA 2NXRA 3RG4A 3HKNA 2FOYA 1IF9A 1BNNA 1CRMA 4KNMA 3T5UA 4WW8A 4KP5A 4RFCA 5FL5A 5JG3B 3KWAA 2GEHA 3CA2A 3RZ5A 1YO0A 1EOUA 1I9PA 4TWMA 3FFPX 2ZNCA 5SZ0A 1TH9A 1BN3A 1FR7A 5G03A 5AMLA 2OSMA 3M98A 1CAMA 2FNKA 4Q83A 5EOIA 2FOUA 4BF1A 4YGKA 3P44A 3LXEA 5EH5A 12CAA 1CNBA 3IBIA 3M5TA 2ILIA 1CCSA 4Q08A 3OYQA 2CBBA 4Y0JA 1ZSBA 2QO8A 3F8EA 4MTYA 4DZ9A 1G4JA 5EZTX 1OKNA 2NNVA 3DA2A 3M40A 4XFWA 5FL4A 3UYNA 1JCZA 5EH7A 3V3FA 8CA2A 4LHIA 1CNIA 5AMGA 4G7AA 1URTA 4N0XB 2QOAA 1AVNA 4Q6EA 1BCDA 1RAZA 1UGFA 4BF6A 3S9TA 4X5SA 4XIXA 4JSZA 4E5QA 3JXFA 3KKXA 3N4BA 4K1QA 3U47A 4E3DA 3M67A 5LMDA 3MHLA 3HS4A 3SAPA 5FNJA 1CAZA 3BL0A 3PJJA 4FVNA 5FDIA 1KWRA 2CBAA 2NWZA 4QIZA 3HFPA 4YGNA 4JSSA 3M96A 3RLDA 5E2RA 2FOVA 4CNRA 3M2YA 3MHMA 3V7XA 4DZ7A 3KOIA 3TVNX 1ZSAA 3F7BA 1I9QA 1CCUA 4YGFA 5EHEA 3U45X 1CAOA 5EKMA 3SAXA 7CA2A 1HVAA 3F4XA 4KV0A 4CNWA 1Z93A 3M3XA 3M5SA 2FMGA 4YGLA 2NXSA 4KUYA 2WD2A 2CBEA 2FMZA 4WL4A 3M1QA 1G48A 3P3JA 4YWPA 5FLTA 3V5GA 1TB0X 1A42A 4FL7A 1OQ5A 1ZGFA 4Q99A 4M2RA 4QJ0A 4Q81A 4YXOA 3KNEA 3IEOA 5DSNA 4N16A 3RYJB 3RYYA 4FU5A 1DMXA 4QK1A 5DSLA 4R5AA 3S77B 3T85A 1CVBA 1HUGA 3N2PA 4E49A 1XPZA 4JS6A 1KOPA 5FLOA 4G0CA 1YO1A 4L5VA 3RG3A 3M04A 4Q8YA 5SZ2A 4ITPA 1KEQA 1IF8A 4Z1KA 4CNXA 2QP6A 1IF5A 5BNLA 1G4OA 1BZMA 3D8WA 3MNIA 3CAJA 3V2MA 2NMXA 1TG3A 4ZX1A 5CJFA 3DD0A 4QTLA 1BN4A 3F7UA 1HEDA 4XE1A 1RJ6A 5FNGA 5DSMA 2NN7A 3DVDA 5SZ5A 4M2UA 4HT2A 5JGTB 3OIMA 1BNQA 2CBDA 1H4NA 4JSWA 2W2JA 4MO8A 3V2JA 3M1JA 3P55A 4WW6A 1TEUX 3MHCA 1RZCA 4WR7A 5CACA 4HU1A 5SZ3A 2NN1A 1CVFA 1ZGEA 3FE4A 1FQLA 5E2MA 1XQ0A 4QSJA 5G0CA 4XZ5A 5E5UA 3NJ9A 4QJMA 1KOQA 1UGAA 4Q90A 4QSIA 5DRSA 3KS3A 3EFTA 3KLDB 1Y7WA 2AW1A 4FVOA 4WUPA 3QYKA 4K0ZA 4Q7VA 3RZ8A 3T84A 2WEJA 5DSPA 5C8IA 4MLXA 4QJOA 1BNUA 1BNMA 2CABA 2AX2A 4PXXA 4QIYA 2POVA 4YXUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G3Z A;  3OY0 A;  5BRW A;  4R5B A;  2FOQ A;  4Q78 A;  1CIM A;  4Q06 A;  3MWO A;  4JSA A;  2NXT A;  1THK A;  3MZC A;  4Z1J A;  3V3G B;  2CA2 A;  4E3G A;  1J9W A;  5DOH A;  4HEZ A;  4KUV A;  2CBC A;  4LP6 A;  3U3A X;  3DBU A;  1AM6 A;  1CNK A;  3IBU A;  3P5A A;  4KUW A;  2EU3 A;  2NWO A;  1V9I C;  4MDG A;  1AZM A;  3RJ7 A;  1ZFQ A;  4ETQ C;  1KWQ A;  1JD0 A;  1FQM A;  2NWP A;  1I9L A;  2HNC A;  5L6K A;  4ZAO A;  2O4Z A;  4L5W A;  3V3J A;  3HKQ A;  2WEH A;  3R17 B;  1CA2 A;  5E28 A;  4Q7W A;  3MNJ A;  4R59 A;  4GL1 X;  1CAI A;  4Q49 A;  1TTM A;  4WUQ A;  4QJX A;  2ABE A;  3KOK A;  5E2N A;  5G0B A;  4CNV A;  3RZ7 A;  4RH2 A;  5JG5 B;  1ZE8 A;  1BNV A;  3BET A;  4Q7P A;  3P4V A;  3K7K A;  1CIL A;  1XEG A;  1YDC A;  3MYQ A;  3IBL A;  4MDL A;  5DVX A;  2OSF A;  2HFW A;  1Z97 A;  1FR4 A;  2Q1B A;  3K2F A;  1XEV A;  3DVC A;  1TEQ X;  2FNM A;  5SZ7 A;  1CAJ A;  4YHA A;  5FNK A;  4ZWY A;  2NNO A;  3IAI A;  5JEG B;  1CNH A;  4CA2 A;  3N0N A;  3P3H A;  3M2Z A;  4E4A A;  4PYX A;  3V3H B;  5FLS A;  4FIK A;  4QK2 A;  4RUX A;  5SZ6 A;  1CCT A;  3ZNC A;  1G53 A;  4Z1N A;  3ML5 A;  4QEF A;  1FQR A;  1UGG A;  4C3T A;  4Z0Q A;  3MDZ A;  1RJ5 A;  2NNG A;  3DCC A;  1CVD A;  3PYK A;  1CNG A;  2HL4 A;  3D0N A;  3JXH C;  4E3F A;  5BYI A;  1H9Q A;  3M14 A;  5FLP A;  4ILX A;  5BRU A;  4Q9Y A;  4RIV A;  5E2K A;  1FSN A;  3SBI A;  1YDA A;  2WEG A;  2Q38 A;  4QK3 A;  3MNK A;  1DCB A;  4IWZ A;  3GZ0 A;  1RZE A;  1V9E A;  4YVY A;  5DSO A;  3OKU A;  5FNH A;  3KIG A;  1HUH A;  3SBH A;  5AMD A;  4QJW A;  1RAY A;  1MUA A;  1CNW A;  1H9N A;  1CNX A;  2FOS A;  4M2V A;  4Q0L A;  5DSQ A;  1CVC A;  4QJP A;  1CAY A;  3S97 A;  2FW4 A;  3S76 A;  3UYQ A;  3C7P A;  4RN4 A;  1FSR A;  3VBD A;  2HKK A;  1BNT A;  4FRC A;  5FLQ A;  4ZWX A;  3MNA A;  3S78 B;  3W6H A;  2POU A;  1CVE A;  1G6V A;  3MHI A;  4QSB A;  1ZH9 A;  2H4N A;  1I8Z A;  5FLR A;  3T5Z A;  3DV7 A;  1CIN A;  4E3H A;  1CAK A;  2IT4 A;  3CZV A;  5J8Z A;  3K34 A;  4Q87 A;  4LU3 A;  1IF4 A;  3RZ0 B;  5EH8 A;  3D9Z A;  1DMY A;  1IF6 A;  3MNU A;  4Z1E A;  2VVB X;  1TE3 X;  3CYU A;  3DC9 A;  3HKU A;  1RZB A;  3DC3 A;  3T83 A;  3L14 A;  4CAC A;  1BN1 A;  4Q07 A;  3N3J A;  3RYZ A;  4IDR X;  3B1B A;  3V3I B;  3S71 B;  1CRA A;  3D93 A;  1CA3 A;  1CAH A;  5L3O A;  5DSJ A;  1I90 A;  4YGJ A;  5EHV A;  1CVA A;  2X7S A;  4PYY A;  2GD8 A;  1OKL A;  3ML2 A;  4MLT A;  3MNH A;  5DOG A;  5DSK A;  4M2W A;  3OIK A;  1Z9Y A;  1LZV A;  5DSR A;  3W6I A;  4L5U A;  3MHO A;  5EKH A;  3DCW A;  1LGD A;  5SZ4 A;  2WEO A;  1YDD A;  1LG5 A;  4MDM A;  5G01 A;  1UGB A;  3PO6 A;  4QY3 A;  4K0T A;  4Q8Z A;  3TMJ A;  1G52 A;  1RZD A;  1HCA A;  2H15 A;  2X7T A;  3DAZ A;  3M1K A;  4YX4 A;  5FNM A;  1BV3 A;  5JEP B;  4Q8X A;  4QSA A;  5E5R A;  1G46 A;  2Q1Q A;  3KON A;  2HD6 A;  4ZWZ A;  4HEW A;  1BNW A;  3S75 B;  1HEA A;  1BIC A;  9CA2 A;  3OKV A;  5BRV A;  3FW3 A;  4FPT A;  4ITO A;  1ZSC A;  5FNI A;  1CVH A;  5EHW A;  3S74 B;  4COQ A;  3RYX B;  1IF7 A;  5JDV B;  3DVB A;  1OKM A;  1ZFK A;  3T82 A;  5FDC A;  3RZ1 B;  4ZWI A;  3DD8 A;  1LUG A;  1ZNC A;  3S72 B;  6CA2 A;  4YYT A;  5JQT A;  2EU2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4Z1KA

Total Genus

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Chain Sequence

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