The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
68
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sequence length |
233
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structure length |
230
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Chain Sequence |
PQQLSPINIETKKAISNARLKPLDIHYNESKPTTIQNTGKLVRINFKGGYISGGFLPNEYVLSSLHIYWGKEDDYGSNHLIDVYKYSGEINLVHWNKKKYSSYEEAKKHDDGLIIISIFLQVLDHKNVYFQKIVNQLDSIRSANTSAPFDSVFYLDNLLPSKLDYFTYLGTTINHSADAVWIIFPTPINIHSDQLSKFRTLLSLSGKPHYITENYRNPYKLNDDTEVYYS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
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| molecule keywords |
IMV membrane protein
|
| publication title |
Structural and Biochemical Characterization of the Vaccinia Virus Envelope Protein D8 and Its Recognition by the Antibody LA5.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Vaccinia virus
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| total genus |
68
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| structure length |
230
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| sequence length |
233
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-03-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| X | PF00194 | Carb_anhydrase | Eukaryotic-type carbonic anhydrase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Carbonic Anhydrase II | Alpha carbonic anhydrase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1FR4 A; 2FNN A; 3M40 A; 3S76 A; 5E2R A; 2QO8 A; 3U47 A; 1DCA A; 3W6H A; 4Q07 A; 1CNC A; 1HUH A; 4YWP A; 4E3F A; 1DMX A; 4ILX A; 3U3A X; 1CAJ A; 3N0N A; 4HEY A; 1LG6 A; 3IBU A; 3DD8 A; 3OIL A; 4R5A A; 8CA2 A; 1CRA A; 1YO1 A; 3OKV A; 2HOC A; 3D0N A; 1RJ6 A; 2CA2 A; 5DSL A; 5J8Z A; 1G4J A; 2CAB A; 1BNQ A; 2NN1 A; 2NWO A; 1CNW A; 1AZM A; 1BN4 A; 1XQ0 A; 3MNH A; 3IGP A; 4Z1N A; 5JGS B; 4QJ0 A; 1YDB A; 3T85 A; 1HUG A; 4BF1 A; 1FSR A; 1TE3 X; 3T83 A; 2GEH A; 2VVB X; 3RYJ B; 2NNG A; 5FNJ A; 5JEH B; 3S77 B; 1AM6 A; 5BYI A; 1RAY A; 3D92 A; 1CVA A; 1LZV A; 1RZC A; 2HNC A; 3MDZ A; 3M5T A; 3MHC A; 1CNK A; 3VBD A; 4FIK A; 4CNX A; 12CA A; 1Z9Y A; 3KOK A; 1KWR A; 3R17 B; 1CAO A; 1CAK A; 2FOV A; 3V2M A; 3KON A; 1CVE A; 1CA2 A; 1I8Z A; 3DCW A; 3P5A A; 1YO2 A; 2CBD A; 3M67 A; 1I91 A; 3S71 B; 1UGF A; 2H4N A; 5CAC A; 4QSJ A; 3Q31 A; 3JXF A; 4HEW A; 4RIV A; 5EHV A; 4CA2 A; 4E5Q A; 4G7A A; 2NN7 A; 3L14 A; 3PYK A; 4QJO A; 1J9W A; 1Z93 A; 3IBL A; 5FLP A; 1BZM A; 4K1Q A; 4RIU A; 4PYX A; 1G46 A; 1OKN A; 4Q09 A; 4Q90 A; 2O4Z A; 2FW4 A; 3M2Z A; 4QIY A; 4TWM A; 3P4V A; 4QY3 A; 3D8W A; 5JQ0 A; 1F2W A; 4LU3 A; 3IBI A; 4QJP A; 5G03 A; 1I9Q A; 1RAZ A; 1ZSA A; 4Q06 A; 4CNW A; 1HCA A; 1TEU X; 3DV7 A; 2NXR A; 1I9N A; 2OSM A; 2WEG A; 4CNR A; 5DSK A; 2Q38 A; 3CAJ A; 2NXS A; 1JCZ A; 5FNI A; 2CBE A; 5FLO A; 4YXO A; 5DSM A; 1A42 A; 3M5E A; 3MZC A; 2H15 A; 4COQ A; 5SZ0 A; 4C3T A; 4ITP A; 3QYK A; 5FNL A; 5DSN A; 2Q1Q A; 3KS3 A; 5EH7 A; 4Q7V A; 1G0E A; 4QEF A; 3OYS A; 3V3H B; 5JEG B; 1CVD A; 3DAZ A; 4Q7P A; 4Z1J A; 5DSQ A; 3HKQ A; 3RZ8 A; 3RZ1 B; 3F7B A; 1ZSC A; 3ZP9 A; 4FVN A; 4RUY A; 5DSO A; 3MHI A; 2NNO A; 1JV0 A; 2WEO A; 3MWO A; 4Q7S A; 1YDC A; 4HT0 A; 1CRM A; 3MYQ A; 3NB5 A; 3B4F A; 2Q1B A; 2EU2 A; 1KWQ A; 3FW3 A; 3IAI A; 3RGE A; 5DSI A; 4JSA A; 3K7K A; 4ZX0 A; 2POW A; 4HBA A; 5DRS A; 1CAH A; 4BCW A; 4PQ7 A; 3PJJ A; 4FRC A; 2X7S A; 1BN3 A; 2ILI A; 3RLD A; 5EIJ A; 4BF6 A; 3DA2 A; 4K0S A; 2X7T A; 4Y0J A; 3S78 B; 5CA2 A; 1FQN A; 2EZ7 A; 3U7C A; 3B1B A; 1G1D A; 2ZNC A; 5E2S A; 3RZ7 A; 4MLX A; 2CBC A; 4KV0 A; 2FOQ A; 4Q78 A; 4ZWY A; 3KKX A; 5JDV B; 1CIN A; 1CVH A; 4LP6 A; 2NXT A; 1CZM A; 3DVC A; 4MDL A; 5SZ6 A; 3S9T A; 1ZH9 A; 1EOU A; 3UYQ A; 5FLQ A; 1HEA A; 7CA2 A; 1BV3 A; 1G6V A; 4FVO A; 6CA2 A; 2HL4 A; 2FOS A; 1Z97 A; 3P3H A; 3M3X A; 4QK1 A; 3U45 X; 2NMX A; 5AMD A; 1T9N A; 4Q83 A; 3P44 A; 1RJ5 A; 2QOA A; 2QP6 A; 4YHA A; 3EFT A; 3HLJ A; 3TVN X; 3RYY A; 4E3H A; 3FE4 A; 3HFP A; 4KP5 A; 3S75 B; 1CA3 A; 4RUZ A; 1CAI A; 4M2V A; 4ZWI A; 4HT2 A; 5DOG A; 3N3J A; 3PO6 A; 3W6I A; 1TEQ X; 4K0T A; 3RJ7 A; 1V9E A; 3N2P A; 4Q6E A; 3MNI A; 2FOY A; 5EH8 A; 4M2U A; 5EHE A; 3MNJ A; 1G53 A; 2W2J A; 3UYN A; 1BNT A; 1FR7 A; 4JSW A; 5FLR A; 4WUQ A; 4MO8 A; 3V2J A; 1BNM A; 1TG3 A; 1IF7 A; 1ZFK A; 4K13 A; 4Q7W A; 3ML5 A; 1HCB A; 1YDA A; 3IEO A; 4XZ5 A; 1BCD A; 3T84 A; 3V5G A; 5EOI A; 4JSS A; 1CVB A; 3TMJ A; 3T5U A; 2AX2 A; 4KUW A; 1UGG A; 5FNK A; 3SBI A; 4FPT A; 3T5Z A; 2NNV A; 5SZ3 A; 3IBN A; 1UGD A; 3HS4 A; 4Q6D A; 3DCS A; 2AW1 A; 1XPZ A; 1BNN A; 3M1W A; 3S97 A; 3DD0 A; 4Q87 A; 5E2N A; 5FL5 A; 1BNW A; 1CAM A; 4GL1 X; 4PZH A; 1CNY A; 3DBU A; 1URT A; 3DCC A; 3KIG A; 3KLD B; 3V3J A; 3RYZ A; 1YDD A; 5HPJ A; 5E28 A; 4KNI A; 1IF6 A; 4E3D A; 3P55 A; 4TWL A; 1MOO A; 4JSZ A; 3ZNC A; 4WR7 A; 3S74 B; 1I9P A; 2CBB A; 3M98 A; 1CAN A; 4YXU A; 1I9L A; 1KOQ A; 1RZB A; 4MDG A; 1CNH A; 3D9Z A; 1ZGF A; 3RZ0 B; 3M2X A; 1XEG A; 5E2K A; 1ZSB A; 5FDC A; 2WEH A; 5IPZ A; 4M2R A; 1FLJ A; 1CVF A; 1IF8 A; 1G0F A; 3V7X A; 5DVX A; 2OSF A; 3SAP A; 3JXG A; 4RUX A; 5EKM A; 4QSI A; 1CAL A; 4CQ0 A; 1BN1 A; 1HVA A; 1OKL A; 5G0B A; 4WW8 A; 4ZWX A; 4HF3 A; 3M5S A; 4M2W A; 5BRU A; 1THK A; 3M1J A; 4ZAO A; 5FL6 A; 4RFC A; 1G3Z A; 1TB0 X; 2NWP A; 3V3F A; 2HKK A; 4Q0L A; 3DC9 A; 4KNJ A; 4YGL A; 5G0C A; 5SZ1 A; 4HU1 A; 5E5U A; 3RYX B; 4YX4 A; 3DVB A; 4Q9Y A; 3TVO X; 2WD3 A; 1UGA A; 4HEZ A; 4XIW A; 4Z0Q A; 5LMD A; 2VVA X; 4QJW A; 2WD2 A; 1OQ5 A; 4Q8Y A; 5CJF A; 5A6H A; 4K0Z A; 5FLT A; 3T82 A; 3RG4 A; 1CNI A; 4E4A A; 3S72 B; 1FSN A; 3KOI A; 4YXI A; 2POV A; 3GZ0 A; 1ZFQ A; 3ML2 A; 2HFW A; 3HKT A; 1BNV A; 4KP8 A; 4YGN A; 5JGT B; 1CNJ A; 5EZT X; 1G52 A; 1XEV A; 1KEQ A; 3P58 A; 5EKH A; 3F8E A; 3CA2 A; 4E3G A; 1LG5 A; 3F7U A; 1LGD A; 5C8I A; 3M2Y A; 3CYU A; 3NJ9 A; 4XIX A; 3K34 A; 4MTY A; 3MHO A; 9CA2 A; 3M96 A; 5FLS A; 3V3I B; 3M1Q A; 3RYV B; 1RZA A; 4LHI A; 5G01 A; 3S8X A; 1LUG A; 1UGE A; 4Q8Z A; 3EFI A; 2FOU A; 4Q81 A; 4R59 A; 5DOH A; 5FNG A; 2FMZ A; 3KWA A; 1CIL A; 1G48 A; 2WEJ A; 3BET A; 5E5R A; 2FNK A; 1CCT A; 3M1K A; 3P5L A; 1ZNC A; 1RZE A; 3JXH C; 1FSQ A; 1FQL A; 2F14 A; 1CAY A; 4FL7 A; 4ZX1 A; 4YGF A; 4YYT A; 1TH9 A; 4CAC A; 4QJX A; 3MHM A; 3M2N A; 5DSJ A; 3MNK A; 1CNG A; 1DMY A; 3MNU A; 3OIK A; 1G45 A; 4L5U A; 4ETQ C; 1HEB A; 3M14 A; 4DZ9 A; 5FL4 A; 4QK2 A; 5JG3 B; 4QJM A; 4QTL A; 1IF4 A; 1I90 A; 2FMG A; 1IF9 A; 4Z1K A; 4UOV A; 4KUY A; 4Q08 A; 1CIM A; 1AVN A; 1IF5 A; 5E2M A; 4WUP A; 3RG3 A; 5BNL A; 1CAZ A; 3HKU A; 5BRW A; 5EKJ A; 1CCU A; 4QSA A; 4XE1 A; 4L5V A; 1OKM A; 5EH5 A; 1H9Q A; 4RH2 A; 4QSB A; 1G54 A; 5JEP B; 4MLT A; 3D93 A; 1CCS A; 1CVC A; 1YO0 A; 2NNS A; 3RZ5 A; 4QK3 A; 5SZ7 A; 2HD6 A; 1RZD A; 1TG9 A; 1HED A; 4Q49 A; 4KNN A; 4Q99 A; 3DC3 A; 4E49 A; 3R16 A; 4JS6 A; 4E9O X; 1I9O A; 3DVD A; 3M04 A; 5DSP A; 2NWZ A; 5AML A; 1Y7W A; 2CBA A; 5FNM A; 4QIZ A; 4YGK A; 1TTM A; 4MDM A; 5AMG A; 3V3G B; 1ZGE A; 1KOP A; 3OIM A; 4Q8X A; 1MUA A; 5EHW A; 4IWZ A; 3MMF A; 4G0C A; 1DCB A; 3SAX A; 4WW6 A; 3CZV A; 4IDR X; 5FNH A; 3OKU A; 3S73 B; 3MHL A; 3LXE A; 3N4B A; 5L3O A; 4DZ7 A; 3KNE A; 4RFD A; 1TBT X; 1FQR A; 3F4X A; 1BIC A; 4RN4 A; 5L6K A; 5SZ2 A; 4FU5 A; 1BNU A; 4XFW A; 3OY0 A; 2ABE A; 2EU3 A; 4CNV A; 4KNM A; 4PXX A; 4N16 A; 5BRV A; 1FQM A; 3BL1 A; 1HEC A; 2GD8 A; 4YVY A; 4N0X B; 3FFP X; 4R5B A; 3BL0 A; 5A25 A; 4KUV A; 3K2F A; 4KAP A; 3HKN A; 1V9I C; 2X7U A; 5JG5 B; 3SBH A; 1H4N A; 1CNX A; 4Z1E A; 1CNB A; 5JQT A; 4PYY A; 5SZ5 A; 2FNM A; 3C7P A; 5DSR A; 1H9N A; 1JD0 A; 5CLU A; 4WL4 A; 1UGB A; 5JES B; 4ITO A; 4YGJ A; 1ZE8 A; 1G4O A; 3P3J A; 2POU A; 4X5S A; 3MNA A; 1I9M A; 1UGC A; 3NI5 A; 4L5W A; 3OYQ A; 5FDI A; 2NWY A; 4ZWZ A; 5SZ4 A; 2IT4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1FR4 A; 2FNN A; 3M40 A; 3S76 A; 5E2R A; 2QO8 A; 3U47 A; 1DCA A; 3W6H A; 4Q07 A; 1CNC A; 1HUH A; 4YWP A; 4E3F A; 1DMX A; 4ILX A; 3U3A X; 1CAJ A; 3N0N A; 4HEY A; 1LG6 A; 3IBU A; 3DD8 A; 3OIL A; 4R5A A; 8CA2 A; 1CRA A; 1YO1 A; 3OKV A; 2HOC A; 3D0N A; 1RJ6 A; 2CA2 A; 5DSL A; 5J8Z A; 1G4J A; 2CAB A; 1BNQ A; 2NN1 A; 2NWO A; 1CNW A; 1AZM A; 1BN4 A; 1XQ0 A; 3MNH A; 3IGP A; 4Z1N A; 5JGS B; 4QJ0 A; 1YDB A; 3T85 A; 1HUG A; 4BF1 A; 1FSR A; 1TE3 X; 3T83 A; 2GEH A; 2VVB X; 3RYJ B; 2NNG A; 5FNJ A; 5JEH B; 3S77 B; 1AM6 A; 5BYI A; 1RAY A; 3D92 A; 1CVA A; 1LZV A; 1RZC A; 2HNC A; 3MDZ A; 3M5T A; 3MHC A; 1CNK A; 3VBD A; 4FIK A; 4CNX A; 12CA A; 1Z9Y A; 3KOK A; 1KWR A; 3R17 B; 1CAO A; 1CAK A; 2FOV A; 3V2M A; 3KON A; 1CVE A; 1CA2 A; 1I8Z A; 3DCW A; 3P5A A; 1YO2 A; 2CBD A; 3M67 A; 1I91 A; 3S71 B; 1UGF A; 2H4N A; 5CAC A; 4QSJ A; 3Q31 A; 3JXF A; 4HEW A; 4RIV A; 5EHV A; 4CA2 A; 4E5Q A; 4G7A A; 2NN7 A; 3L14 A; 3PYK A; 4QJO A; 1J9W A; 1Z93 A; 3IBL A; 5FLP A; 1BZM A; 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