4Z1N | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__64285304728396__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__64285304728396__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4z1n/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__64285304728396__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"64285304728396","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4z1n/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__64285304728396__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03e47a6086b406be5d21b1/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03e47a6086b406be5d21b1/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03e47a6086b406be5d21b1/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03e47a6086b406be5d21b1/pdb.gz): 245 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Carbonic anhydrase inhibitors: Design, synthesis and structural characterization of new heteroaryl-N-carbonylbenzenesulfonamides targeting druggable human carbonic anhydrase isoforms. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	76
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2015-03-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4z1nA00

4FL7A 1BN4A 5DVXA 4WR7A 1CZMA 5BNLA 1ZFKA 2AW1A 5EKJA 4LU3A 1CNIA 3IBUA 4Q8XA 5JEHB 3W6IA 3UYNA 4M2RA 4N0XB 5EHWA 3NB5A 3M5EA 4YGKA 5FLRA 3R17B 2NXSA 1Z93A 1DCBA 4M2UA 4Q8ZA 2FOUA 5DSNA 4Z0QA 5SZ2A 5DOHA 3V3FA 3MNKA 3GZ0A 4MTYA 3IGPA 1LG6A 4G7AA 1RAYA 2FNMA 5AMDA 2AX2A 5FL4A 1CNWA 3F7UA 4KAPA 4QJPA 3V2MA 5A6HA 4COQA 3KIGA 5E5UA 3CA2A 3V7XA 1IF9A 1G4JA 1OQ5A 4Q7WA 3T82A 1Y7WA 5JEGB 1UGBA 2FMZA 1TG9A 4PQ7A 1BNQA 5EH8A 3P3HA 2QO8A 3V3HB 4YHAA 5DSIA 1HEBA 4JSZA 1CVDA 1T9NA 3VBDA 4RUZA 1CCSA 3M96A 3SAXA 3KNEA 3U3AX 3M98A 4KNNA 3S76A 2HD6A 2FNKA 3P44A 3KKXA 3M3XA 4ITOA 1I9OA 2F14A 3DVCA 3M2YA 1JCZA 5DSRA 5J8ZA 1BNTA 5FNMA 4Q8YA 1FQNA 5SZ6A 2NWZA 3V2JA 1H4NA 4K0ZA 3M5SA 5BYIA 1BV3A 3RGEA 2FOVA 1LG5A 4XE1A 3MHMA 3QYKA 4QJXA 1THKA 3KONA 3HLJA 3V3GB 5E2SA 2O4ZA 1OKNA 3W6HA 1YDDA 4QTLA 1I91A 4QEFA 3S9TA 3F4XA 2WD2A 1HEAA 4ITPA 5FNKA 1G54A 1ZFQA 2CBEA 4YGFA 4UOVA 1TEUX 3PO6A 5FLOA 5G01A 2NNOA 1G1DA 2H15A 3OYQA 4KNMA 3N0NA 3P5AA 1J9WA 3S74B 1TG3A 4XFWA 3ZNCA 3S73B 3DA2A 3V3JA 1HECA 3BL0A 1ZGFA 3PJJA 3S8XA 2HL4A 4E5QA 2CBCA 4QK2A 1CNJA 4HT2A 2NXRA 1CAKA 4QSAA 1CILA 3S97A 4YYTA 1CAZA 5SZ1A 4E49A 1DCAA 2NN1A 4FRCA 2Q38A 5E2MA 5BRWA 3N3JA 3F8EA 1CINA 1CVAA 1ZNCA 2NWOA 2POVA 1XPZA 3JXFA 1CALA 5FLQA 5LMDA 4HT0A 1JV0A 5JQTA 1I9LA 2X7SA 1XEGA 1G52A 1RAZA 2CA2A 1YO2A 2VVBX 4KP5A 4E3GA 3S72B 1LZVA 1I9NA 2NNSA 3RZ1B 1V9EA 3HKQA 5G03A 4GL1X 3IEOA 2NN7A 3NI5A 4ZWIA 4QSJA 5A25A 4RFCA 1CCUA 3C7PA 2NXTA 3M5TA 3KLDB 4Q87A 6CA2A 3KOKA 3IBLA 4R5AA 3OKUA 5CLUA 1BN1A 4QIYA 3MWOA 3KWAA 4LHIA 4Q81A 5E5RA 4ZX0A 9CA2A 5CACA 4YXOA 2WD3A 3M1KA 5E28A 4RN4A 5C8IA 1DMYA 1TE3X 4MDLA 7CA2A 2W2JA 4PXXA 1UGDA 4FVNA 1BN3A 1FR7A 2HNCA 3M1WA 3JXHC 2FNNA 4LP6A 5EIJA 1HUGA 1BNMA 2WEGA 5JG3B 4KUYA 5FLSA 4PYXA 3MYQA 4Q07A 3ML5A 4YXIA 1BNVA 2CBDA 4FPTA 1IF8A 1CANA 1YDAA 4TWMA 3TVNX 3CYUA 4N16A 4ZAOA 1UGCA 5SZ0A 3OY0A 3K34A 1YO1A 1MUAA 3N4BA 4WUQA 4XIWA 3RG3A 1CNYA 1CNBA 4ZWZA 3M2ZA 4QY3A 4ZWYA 2FMGA 4IDRX 1CVEA 4ILXA 5DSKA 1CAJA 4KNJA 3FFPX 4QK1A 1FSNA 3M04A 4JS6A 3UYQA 1IF7A 4QJMA 1CAYA 2ILIA 1RZEA 2NNVA 2GEHA 1G0FA 3JXGA 1XEVA 1XQ0A 3MNAA 1CA3A 3P58A 1IF5A 1RZAA 4Q78A 5EZTX 5CA2A 1YDBA 4QJOA 3MHCA 1I9QA 3P4VA 1RZDA 4DZ9A 4ETQC 3HS4A 3R16A 2NMXA 3RYXB 1CAHA 3MHIA 3HKNA 2OSFA 5E2RA 4DZ7A 4QSIA 4JSAA 3BETA 1YO0A 3D9ZA 3MDZA 3SBHA 4YVYA 2NNGA 2HFWA 2FOQA 1YDCA 2CABA 2EU2A 4Q0LA 1UGGA 3U45X 3Q31A 4Y0JA 1BNWA 4WL4A 5DSJA 3SBIA 1G53A 4RUXA 4XZ5A 5L6KA 1BNNA 1TBTX 3V3IB 4PZHA 4Z1NA 1G4OA 3KS3A 1CVCA 1AZMA 3RYZA 3P5LA 1EOUA 1G6VA 5JGSB 4R59A 3KOIA 5EH7A 5CJFA 5JGTB 4QJWA 4Z1JA 3TVOX 1UGAA 1HVAA 3OILA 3CZVA 3NJ9A 1KWQA 1FQLA 3F7BA 5AMGA 1CAMA 2X7TA 2FOSA 3MHOA 5FDIA 3RG4A 1MOOA 4WW6A 1CIMA 3M2XA 5DSLA 5FLTA 2CBAA 1CNHA 3DD0A 1KOQA 5DSPA 4ZX1A 2OSMA 4QSBA 4CNXA 5EHVA 5EHEA 3U47A 1URTA 2Q1QA 5E2KA 3S71B 1FSRA 1FSQA 4HEYA 4R5BA 5EH5A 5SZ3A 5FDCA 3M2NA 4JSWA 4M2VA 1KWRA 1RJ6A 1I9PA 3MHLA 5E2NA 3S75B 4YGLA 4HEZA 4RIUA 5G0BA 4BF6A 3T5UA 4Q90A 4Q49A 12CAA 3MNUA 4Z1EA 1CVFA 3B1BA 3ML2A 8CA2A 3MNIA 4BCWA 3DV7A 1KEQA 1RZCA 3D8WA 5SZ7A 4RIVA 4HEWA 4Q09A 1CRAA 1LUGA 1TTMA 2NWYA 2QOAA 2POWA 4K1QA 1A42A 2NWPA 1I8ZA 1G45A 3LXEA 1TH9A 1ZSCA 2POUA 3IBNA 4Q7VA 1FR4A 4E4AA 3V5GA 3D93A 1V9IC 3DCCA 4IWZA 4Q08A 2QP6A 4L5VA 4KP8A 4X5SA 1DMXA 4E3DA 4E3HA 1ZSAA 2HOCA 1HEDA 3T84A 1CNGA 3MZCA 3S77B 3OYSA 1CVHA 1I9MA 4Q6DA 1BNUA 4YGJA 4QIZA 1I90A 4Q06A 4QJ0A 2VVAX 3DVDA 4KUWA 3RYJB 1F2WA 3M14A 4HF3A 3L14A 3MNJA 4RUYA 3RZ7A 5G0CA 5JG5B 1AVNA 1ZSBA 1IF4A 3P55A 1FLJA 3FW3A 4WUPA 1H9QA 3N2PA 4ZWXA 2WEOA 3M40A 4K13A 4CQ0A 5JEPB 4HU1A 5HPJA 1ZE8A 3HFPA 4MDGA 3EFIA 4FU5A 4G0CA 3OKVA 4YGNA 2IT4A 5DRSA 5BRUA 1CNKA 4K0SA 1G48A 1HUHA 1IF6A 4QK3A 1G0EA 5EOIA 3RJ7A 1AM6A 3DC9A 2ABEA 4KUVA 3DCSA 4YWPA 1CNCA 1HCBA 1RZBA 3BL1A 4FIKA 2FOYA 5FNJA 3OIKA 1FQRA 4L5WA 5AMLA 3MMFA 2GD8A 1TB0X 5DSMA 4RFDA 4BF1A 4KNIA 4JSSA 3M67A 4RH2A 1G3ZA 3DBUA 3HKTA 4L5UA 2H4NA 1BCDA 4CNWA 1HCAA 3P3JA 4M2WA 5FL5A 3TMJA 3D92A 1OKMA 1CA2A 5JQ0A 4TWLA 5FNHA 4CNRA 1KOPA 1Z97A 3D0NA 1Z9YA 5L3OA 3HKUA 3RYYA 3OIMA 5JESB 1H9NA 1ZGEA 3RZ0B 5JDVB 5DSOA 3DC3A 5FNGA 1UGFA 2EZ7A 3T85A 4MDMA 3DD8A 1CCTA 3IAIA 2X7UA 3M1JA 3RZ8A 5FNLA 4CACA 5IPZA 2WEJA 4Q7SA 1BICA 4PYYA 3MNHA 4XIXA 3K7KA 3SAPA 4Q99A 1ZH9A 1UGEA 2ZNCA 4WW8A 3T5ZA 4Q9YA 1CRMA 1TEQX 3IBIA 5FNIA 5SZ4A 2FW4A 4KV0A 4MLTA 5EKMA 2EU3A 3B4FA 4HBAA 5DOGA 4FVOA 1CVBA 4K0TA 4Q7PA 3EFTA 1BZMA 2WEHA 3RLDA 5SZ5A 3DAZA 4Q6EA 3DCWA 2HKKA 4E9OX 5FLPA 3PYKA 3T83A 4CNVA 3RYVB 3U7CA 1OKLA 4MLXA 1G46A 3RZ5A 5DSQA 1RJ5A 1CAIA 1LGDA 3ZP9A 3DVBA 1CNXA 3CAJA 5FL6A 2CBBA 5EKHA 3K2FA 1FQMA 3FE4A 1JD0A 4E3FA 2Q1BA 4Q83A 3S78B 4YX4A 4CA2A 4Z1KA 1CAOA 3M1QA 4MO8A 4YXUA 4C3TA 5BRVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FL7 A;  1BN4 A;  5DVX A;  4WR7 A;  1CZM A;  5BNL A;  1ZFK A;  2AW1 A;  5EKJ A;  4LU3 A;  1CNI A;  3IBU A;  4Q8X A;  5JEH B;  3W6I A;  3UYN A;  4M2R A;  4N0X B;  5EHW A;  3NB5 A;  3M5E A;  4YGK A;  5FLR A;  3R17 B;  2NXS A;  1Z93 A;  1DCB A;  4M2U A;  4Q8Z A;  2FOU A;  5DSN A;  4Z0Q A;  5SZ2 A;  5DOH A;  3V3F A;  3MNK A;  3GZ0 A;  4MTY A;  3IGP A;  1LG6 A;  4G7A A;  1RAY A;  2FNM A;  5AMD A;  2AX2 A;  5FL4 A;  1CNW A;  3F7U A;  4KAP A;  4QJP A;  3V2M A;  5A6H A;  4COQ A;  3KIG A;  5E5U A;  3CA2 A;  3V7X A;  1IF9 A;  1G4J A;  1OQ5 A;  4Q7W A;  3T82 A;  1Y7W A;  5JEG B;  1UGB A;  2FMZ A;  1TG9 A;  4PQ7 A;  1BNQ A;  5EH8 A;  3P3H A;  2QO8 A;  3V3H B;  4YHA A;  5DSI A;  1HEB A;  4JSZ A;  1CVD A;  1T9N A;  3VBD A;  4RUZ A;  1CCS A;  3M96 A;  3SAX A;  3KNE A;  3U3A X;  3M98 A;  4KNN A;  3S76 A;  2HD6 A;  2FNK A;  3P44 A;  3KKX A;  3M3X A;  4ITO A;  1I9O A;  2F14 A;  3DVC A;  3M2Y A;  1JCZ A;  5DSR A;  5J8Z A;  1BNT A;  5FNM A;  4Q8Y A;  1FQN A;  5SZ6 A;  2NWZ A;  3V2J A;  1H4N A;  4K0Z A;  3M5S A;  5BYI A;  1BV3 A;  3RGE A;  2FOV A;  1LG5 A;  4XE1 A;  3MHM A;  3QYK A;  4QJX A;  1THK A;  3KON A;  3HLJ A;  3V3G B;  5E2S A;  2O4Z A;  1OKN A;  3W6H A;  1YDD A;  4QTL A;  1I91 A;  4QEF A;  3S9T A;  3F4X A;  2WD2 A;  1HEA A;  4ITP A;  5FNK A;  1G54 A;  1ZFQ A;  2CBE A;  4YGF A;  4UOV A;  1TEU X;  3PO6 A;  5FLO A;  5G01 A;  2NNO A;  1G1D A;  2H15 A;  3OYQ A;  4KNM A;  3N0N A;  3P5A A;  1J9W A;  3S74 B;  1TG3 A;  4XFW A;  3ZNC A;  3S73 B;  3DA2 A;  3V3J A;  1HEC A;  3BL0 A;  1ZGF A;  3PJJ A;  3S8X A;  2HL4 A;  4E5Q A;  2CBC A;  4QK2 A;  1CNJ A;  4HT2 A;  2NXR A;  1CAK A;  4QSA A;  1CIL A;  3S97 A;  4YYT A;  1CAZ A;  5SZ1 A;  4E49 A;  1DCA A;  2NN1 A;  4FRC A;  2Q38 A;  5E2M A;  5BRW A;  3N3J A;  3F8E A;  1CIN A;  1CVA A;  1ZNC A;  2NWO A;  2POV A;  1XPZ A;  3JXF A;  1CAL A;  5FLQ A;  5LMD A;  4HT0 A;  1JV0 A;  5JQT A;  1I9L A;  2X7S A;  1XEG A;  1G52 A;  1RAZ A;  2CA2 A;  1YO2 A;  2VVB X;  4KP5 A;  4E3G A;  3S72 B;  1LZV A;  1I9N A;  2NNS A;  3RZ1 B;  1V9E A;  3HKQ A;  5G03 A;  4GL1 X;  3IEO A;  2NN7 A;  3NI5 A;  4ZWI A;  4QSJ A;  5A25 A;  4RFC A;  1CCU A;  3C7P A;  2NXT A;  3M5T A;  3KLD B;  4Q87 A;  6CA2 A;  3KOK A;  3IBL A;  4R5A A;  3OKU A;  5CLU A;  1BN1 A;  4QIY A;  3MWO A;  3KWA A;  4LHI A;  4Q81 A;  5E5R A;  4ZX0 A;  9CA2 A;  5CAC A;  4YXO A;  2WD3 A;  3M1K A;  5E28 A;  4RN4 A;  5C8I A;  1DMY A;  1TE3 X;  4MDL A;  7CA2 A;  2W2J A;  4PXX A;  1UGD A;  4FVN A;  1BN3 A;  1FR7 A;  2HNC A;  3M1W A;  3JXH C;  2FNN A;  4LP6 A;  5EIJ A;  1HUG A;  1BNM A;  2WEG A;  5JG3 B;  4KUY A;  5FLS A;  4PYX A;  3MYQ A;  4Q07 A;  3ML5 A;  4YXI A;  1BNV A;  2CBD A;  4FPT A;  1IF8 A;  1CAN A;  1YDA A;  4TWM A;  3TVN X;  3CYU A;  4N16 A;  4ZAO A;  1UGC A;  5SZ0 A;  3OY0 A;  3K34 A;  1YO1 A;  1MUA A;  3N4B A;  4WUQ A;  4XIW A;  3RG3 A;  1CNY A;  1CNB A;  4ZWZ A;  3M2Z A;  4QY3 A;  4ZWY A;  2FMG A;  4IDR X;  1CVE A;  4ILX A;  5DSK A;  1CAJ A;  4KNJ A;  3FFP X;  4QK1 A;  1FSN A;  3M04 A;  4JS6 A;  3UYQ A;  1IF7 A;  4QJM A;  1CAY A;  2ILI A;  1RZE A;  2NNV A;  2GEH A;  1G0F A;  3JXG A;  1XEV A;  1XQ0 A; 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4Z1NA

Total Genus

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Chain Sequence

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