5A25 | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIANGERQSPVDIDTKAVVQDPALKPLALVYGEATSRRMVNNGHSFNVEYDDSQDKAVLKDGPLTGTYRLVQFHFHWGSSDDQGSEHTVDRKKYAAELHLVHWNTKYGDFGTAAQQPDGLAVVGVFLKVGDANPALQKVLDALDSIKTKGKSTDFPNFDPGSLLPNVLDYWTYPGSLTTPPLLESVTWIVLKEPISVSSQQMLKFRTLNFNAEGEPELLMLANWRPAQPLKNRQVRGFPK

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__991470613999345__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__991470613999345__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5A25/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__991470613999345__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"991470613999345","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5A25/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__991470613999345__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03f92ae539f2a96889fdc8/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03f92ae539f2a96889fdc8/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Bos taurus
publication title	Rational Engineering of a Mesohalophilic Carbonic Anhydrase to an Extreme Halotolerant Biocatalyst. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE 2
total genus	76
structure length	258
sequence length	258
chains with identical sequence	B
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2015-05-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5a25A00

3IEOA 3S72B 4RFCA 4E49A 1BNUA 1G46A 3RYJB 1CNJA 3MNHA 3DC9A 1Z93A 3GZ0A 3KS3A 5JEPB 5SZ6A 5DSIA 3V3HB 3S8XA 4QK1A 1BICA 1DMYA 4BF1A 4YXIA 1CRAA 4KP8A 3QYKA 3M1WA 4WW6A 3S73B 1CCUA 3N0NA 2WEGA 1ZSCA 1BV3A 1CVCA 1BNWA 4CQ0A 1RJ5A 3D92A 3U7CA 3HFPA 5FLQA 2NXSA 5EKJA 3DC3A 1JCZA 3IBUA 4WW8A 4Q78A 2F14A 2FOSA 4Q7SA 3D9ZA 5JGTB 5CJFA 1RZBA 5CACA 1YDDA 3M2YA 3SAPA 1HUHA 4KAPA 3P55A 1UGFA 4K13A 4XFWA 1DCAA 4KUVA 2NXRA 3ML5A 4K0SA 1AM6A 1FSNA 1MOOA 2FMZA 1XPZA 2WEOA 3IBIA 1HUGA 1I90A 1HEAA 3V2MA 3T83A 1IF8A 2O4ZA 1CVBA 1CAYA 4XIWA 4E3FA 1I9OA 5SZ0A 1RZCA 1V9EA 1RAZA 4TWLA 1I9QA 5JEGB 3M5EA 1I91A 1DMXA 4E5QA 5JESB 1IF4A 3P5AA 4WUPA 5BRUA 1RJ6A 2OSFA 4JSSA 4K1QA 2QP6A 4RN4A 3S9TA 3N4BA 4RUXA 2EU2A 4DZ9A 5EH5A 3FE4A 2H4NA 1BN3A 1HEBA 5SZ4A 1KOQA 2NNOA 1I9NA 1UGGA 4XE1A 4CNRA 4E3HA 3MHMA 4HEZA 1FQLA 2NWYA 1LGDA 2Q1BA 2X7UA 3M5SA 3S97A 3PJJA 1G0EA 1RZEA 1ZE8A 3DVDA 4E3GA 4JS6A 3C7PA 3R17B 3OYSA 4ETQC 5FL4A 1UGAA 3RZ8A 5JGSB 4MO8A 4TWMA 1THKA 2HD6A 4RFDA 1CZMA 1UGCA 3MNKA 5DSNA 4YGNA 4Q83A 4CACA 3RZ7A 1UGDA 4JSZA 1I9LA 1CNWA 2HKKA 3MYQA 1H9NA 5E2MA 3DCSA 5DVXA 4M2UA 5DSQA 5FDCA 3P58A 1FSRA 4FIKA 4ILXA 4M2RA 3V7XA 3L14A 4YGJA 3M98A 1G0FA 4Q81A 2CBEA 5L3OA 2POWA 1CAKA 1CVAA 4Q07A 3V3FA 1HVAA 3M1JA 1KEQA 5EH7A 1Z97A 5FNMA 3CAJA 2FOVA 4KV0A 5BYIA 1G1DA 2Q38A 1EOUA 2FMGA 3FFPX 4JSAA 5LMDA 4YYTA 1CA2A 4M2WA 1Y7WA 3KKXA 3RYXB 4X5SA 2HNCA 3JXFA 3S76A 4YXOA 1CALA 3OY0A 1FSQA 1TE3X 5EIJA 1JV0A 1BCDA 3T5ZA 4L5VA 2NXTA 8CA2A 2H15A 5A6HA 3KONA 3K7KA 3S78B 1V9IC 5EH8A 1G48A 1CINA 4N16A 3P44A 3M2ZA 1BNVA 1G45A 1BN4A 3EFTA 4Q7VA 2VVAX 5FLRA 4QSAA 1CAMA 4Q8ZA 2NN1A 2NWZA 4RUZA 3U47A 3MMFA 4CA2A 3M2XA 5BRWA 3BETA 5FLPA 1CIMA 3KIGA 3MNUA 3DVCA 3S71B 4Q6EA 1CAIA 4K0TA 1URTA 3W6IA 1LG5A 4Q49A 3M67A 4MDGA 1MUAA 4PXXA 4Z1KA 3ZNCA 1YDCA 4ITOA 4E9OX 2EU3A 3DD8A 5HPJA 3SBHA 4LU3A 2CA2A 4MTYA 3FW3A 3MNJA 4YGLA 5G01A 4K0ZA 4DZ7A 1BNTA 1TH9A 1YO1A 1HEDA 5AMLA 1CNGA 2POVA 5DSPA 1CRMA 4WL4A 3DV7A 5FNJA 4QSJA 1TG3A 3KWAA 3DD0A 4YXUA 4KNNA 4Q08A 3KOKA 4QSIA 2IT4A 1G6VA 3F7BA 5EHVA 4FPTA 3NI5A 3T85A 1LZVA 5FNKA 3Q31A 4PYYA 2AX2A 4KUWA 2OSMA 3HKUA 2X7TA 5AMDA 5FLSA 5BNLA 5E5RA 1CNHA 4HEWA 3MNIA 1TTMA 3LXEA 3P5LA 3IBLA 1IF6A 4Q99A 1H4NA 5DSRA 4PYXA 5E2NA 1BNMA 4Z0QA 3V3GB 4WR7A 1BN1A 3DAZA 1CA3A 5DSKA 5E5UA 4Q09A 1ZSAA 3BL1A 1TEQX 1CNBA 5FL6A 3IBNA 2NNSA 1CVEA 3M1QA 4QJWA 4YX4A 1JD0A 1RAYA 2FNMA 3M40A 3P4VA 3P3HA 7CA2A 12CAA 3DCCA 3VBDA 1CNIA 1CNXA 1YDBA 4YHAA 3M2NA 4Z1JA 1IF7A 2EZ7A 3KNEA 5DRSA 1AVNA 3JXGA 3HKNA 3SAXA 3V3JA 3HKQA 4C3TA 3M1KA 5SZ7A 1YO2A 4G7AA 4E3DA 3OIMA 5JDVB 4HT2A 3OILA 3S75B 3DVBA 4CNXA 4L5WA 2AW1A 5L6KA 1CILA 1TB0X 2FOQA 4R5BA 1CCTA 4QSBA 1ZGEA 5SZ3A 6CA2A 4QJXA 4FL7A 4HBAA 3MHOA 3MZCA 4Q9YA 4UOVA 1LUGA 1KOPA 2FOYA 4QIYA 3P3JA 1XQ0A 3N3JA 4ZWIA 3MHCA 3D93A 4HF3A 3MDZA 5SZ5A 2NNVA 1RZDA 1CNKA 3UYQA 1ZFKA 1G3ZA 3RLDA 2WEJA 1CCSA 1KWRA 5E2RA 4MDMA 4KP5A 4IDRX 2ZNCA 3HLJA 3CYUA 1I9MA 4LP6A 2FNKA 3D8WA 3W6HA 5JG3B 1CNCA 1H9QA 5DSLA 4ZWYA 1CAOA 4YGFA 1G52A 3RZ1B 1CNYA 1ZSBA 5C8IA 1FQMA 1UGBA 3RYZA 4M2VA 5DSOA 3RJ7A 2WEHA 3MNAA 1CANA 1ZFQA 1HCAA 5FNIA 3RGEA 3TVOX 4PZHA 3MWOA 4Q8XA 3M5TA 4Y0JA 3IGPA 1TEUX 5FDIA 4QEFA 5E28A 1FR4A 1G54A 1CAJA 2HL4A 3V3IB 1TBTX 1FQRA 4WUQA 4R5AA 5G03A 3NJ9A 4MLTA 2FW4A 3M04A 4RIVA 5CLUA 3JXHC 4FRCA 3DBUA 1YDAA 3M14A 4ITPA 4KNJA 3RZ0B 3MHLA 3S77B 1LG6A 4BF6A 1HECA 3K34A 4FVOA 4QJOA 1IF9A 3SBIA 3T5UA 1G4JA 5DOGA 5J8ZA 1YO0A 1CAZA 3F8EA 2Q1QA 2CBBA 3BL0A 4HU1A 1OKLA 5EKHA 4RIUA 1FR7A 2WD2A 4Q7PA 5EKMA 3HKTA 4ZX1A 1Z9YA 5DOHA 1HCBA 4Q87A 4QK2A 4COQA 4Q90A 3U45X 4PQ7A 4Z1EA 5FLTA 2QOAA 4XZ5A 4ZWZA 1ZNCA 1BNNA 4ZWXA 5BRVA 4L5UA 1XEGA 4QIZA 3CA2A 4Q06A 1F2WA 4QJ0A 2CBCA 5EHEA 4QJMA 3PO6A 4Z1NA 1UGEA 1TG9A 2W2JA 4ZAOA 5JQ0A 4XIXA 2NWPA 2NMXA 4Q8YA 3TVNX 2NN7A 5G0BA 4FVNA 4R59A 3EFIA 4JSWA 4CNWA 1I8ZA 1DCBA 1AZMA 3M96A 4YGKA 4MDLA 4MLXA 5EOIA 5FNGA 5FNHA 3V5GA 5EZTX 2CABA 3B1BA 3U3AX 3ML2A 2HOCA 4QJPA 3RYYA 3S74B 2HFWA 2ABEA 4N0XB 3KOIA 3F7UA 1RZAA 2FNNA 3CZVA 5JG5B 4KNMA 3RG3A 3TMJA 3DCWA 3RYVB 1BNQA 4HEYA 4YWPA 1J9WA 5CA2A 3HS4A 3DA2A 2NNGA 2FOUA 4HT0A 5E2SA 2WD3A 5DSMA 5JQTA 1OQ5A 4BCWA 3R16A 4IWZA 5FL5A 4Q7WA 4Q6DA 5IPZA 1KWQA 1CVFA 3T82A 1G53A 4RUYA 4QK3A 4FU5A 2CBDA 3ZP9A 2ILIA 1A42A 3MHIA 3IAIA 1FQNA 1IF5A 2POUA 3F4XA 1OKMA 4E4AA 3UYNA 5FNLA 3OIKA 3RZ5A 9CA2A 1FLJA 4QTLA 3NB5A 4YVYA 5FLOA 1ZH9A 1XEVA 3K2FA 3OKUA 3D0NA 3OKVA 3PYKA 4G0CA 3N2PA 4KNIA 5G0CA 5EHWA 4Q0LA 5DSJA 2X7SA 2NWOA 5AMGA 4RH2A 4LHIA 1CVHA 3T84A 1CAHA 3B4FA 5A25A 4GL1X 2GD8A 1BZMA 2GEHA 3M3XA 1ZGFA 4KUYA 2VVBX 1G4OA 3OYQA 1OKNA 4ZX0A 5E2KA 5SZ2A 5JEHB 4QY3A 4CNVA 2CBAA 3KLDB 1T9NA 3RG4A 3V2JA 1I9PA 1CVDA 5SZ1A 2QO8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3IEO A;  3S72 B;  4RFC A;  4E49 A;  1BNU A;  1G46 A;  3RYJ B;  1CNJ A;  3MNH A;  3DC9 A;  1Z93 A;  3GZ0 A;  3KS3 A;  5JEP B;  5SZ6 A;  5DSI A;  3V3H B;  3S8X A;  4QK1 A;  1BIC A;  1DMY A;  4BF1 A;  4YXI A;  1CRA A;  4KP8 A;  3QYK A;  3M1W A;  4WW6 A;  3S73 B;  1CCU A;  3N0N A;  2WEG A;  1ZSC A;  1BV3 A;  1CVC A;  1BNW A;  4CQ0 A;  1RJ5 A;  3D92 A;  3U7C A;  3HFP A;  5FLQ A;  2NXS A;  5EKJ A;  3DC3 A;  1JCZ A;  3IBU A;  4WW8 A;  4Q78 A;  2F14 A;  2FOS A;  4Q7S A;  3D9Z A;  5JGT B;  5CJF A;  1RZB A;  5CAC A;  1YDD A;  3M2Y A;  3SAP A;  1HUH A;  4KAP A;  3P55 A;  1UGF A;  4K13 A;  4XFW A;  1DCA A;  4KUV A;  2NXR A;  3ML5 A;  4K0S A;  1AM6 A;  1FSN A;  1MOO A;  2FMZ A;  1XPZ A;  2WEO A;  3IBI A;  1HUG A;  1I90 A;  1HEA A;  3V2M A;  3T83 A;  1IF8 A;  2O4Z A;  1CVB A;  1CAY A;  4XIW A;  4E3F A;  1I9O A;  5SZ0 A;  1RZC A;  1V9E A;  1RAZ A;  4TWL A;  1I9Q A;  5JEG B;  3M5E A;  1I91 A;  1DMX A;  4E5Q A;  5JES B;  1IF4 A;  3P5A A;  4WUP A;  5BRU A;  1RJ6 A;  2OSF A;  4JSS A;  4K1Q A;  2QP6 A;  4RN4 A;  3S9T A;  3N4B A;  4RUX A;  2EU2 A;  4DZ9 A;  5EH5 A;  3FE4 A;  2H4N A;  1BN3 A;  1HEB A;  5SZ4 A;  1KOQ A;  2NNO A;  1I9N A;  1UGG A;  4XE1 A;  4CNR A;  4E3H A;  3MHM A;  4HEZ A;  1FQL A;  2NWY A;  1LGD A;  2Q1B A;  2X7U A;  3M5S A;  3S97 A;  3PJJ A;  1G0E A;  1RZE A;  1ZE8 A;  3DVD A;  4E3G A;  4JS6 A;  3C7P A;  3R17 B;  3OYS A;  4ETQ C;  5FL4 A;  1UGA A;  3RZ8 A;  5JGS B;  4MO8 A;  4TWM A;  1THK A;  2HD6 A;  4RFD A;  1CZM A;  1UGC A;  3MNK A;  5DSN A;  4YGN A;  4Q83 A;  4CAC A;  3RZ7 A;  1UGD A;  4JSZ A;  1I9L A;  1CNW A;  2HKK A;  3MYQ A;  1H9N A;  5E2M A;  3DCS A;  5DVX A;  4M2U A;  5DSQ A;  5FDC A;  3P58 A;  1FSR A;  4FIK A;  4ILX A;  4M2R A;  3V7X A;  3L14 A;  4YGJ A;  3M98 A;  1G0F A;  4Q81 A;  2CBE A;  5L3O A;  2POW A;  1CAK A;  1CVA A;  4Q07 A;  3V3F A;  1HVA A;  3M1J A;  1KEQ A;  5EH7 A;  1Z97 A;  5FNM A;  3CAJ A;  2FOV A;  4KV0 A;  5BYI A;  1G1D A;  2Q38 A;  1EOU A;  2FMG A;  3FFP X;  4JSA A;  5LMD A;  4YYT A;  1CA2 A;  4M2W A;  1Y7W A;  3KKX A;  3RYX B;  4X5S A;  2HNC A;  3JXF A;  3S76 A;  4YXO A;  1CAL A;  3OY0 A;  1FSQ A;  1TE3 X;  5EIJ A;  1JV0 A;  1BCD A;  3T5Z A;  4L5V A;  2NXT A;  8CA2 A;  2H15 A;  5A6H A;  3KON A;  3K7K A;  3S78 B;  1V9I C;  5EH8 A;  1G48 A;  1CIN A;  4N16 A;  3P44 A;  3M2Z A;  1BNV A;  1G45 A;  1BN4 A;  3EFT A;  4Q7V A;  2VVA X;  5FLR A;  4QSA A;  1CAM A;  4Q8Z A;  2NN1 A;  2NWZ A;  4RUZ A;  3U47 A;  3MMF A;  4CA2 A;  3M2X A;  5BRW A;  3BET A;  5FLP A;  1CIM A;  3KIG A;  3MNU A;  3DVC A;  3S71 B;  4Q6E A;  1CAI A;  4K0T A;  1URT A;  3W6I A;  1LG5 A;  4Q49 A;  3M67 A;  4MDG A;  1MUA A;  4PXX A;  4Z1K A;  3ZNC A;  1YDC A;  4ITO A;  4E9O X;  2EU3 A;  3DD8 A;  5HPJ A;  3SBH A;  4LU3 A;  2CA2 A;  4MTY A;  3FW3 A;  3MNJ A;  4YGL A;  5G01 A;  4K0Z A;  4DZ7 A;  1BNT A;  1TH9 A;  1YO1 A;  1HED A;  5AML A;  1CNG A;  2POV A;  5DSP A;  1CRM A;  4WL4 A;  3DV7 A;  5FNJ A;  4QSJ A;  1TG3 A;  3KWA A;  3DD0 A;  4YXU A;  4KNN A;  4Q08 A;  3KOK A;  4QSI A;  2IT4 A;  1G6V A;  3F7B A;  5EHV A;  4FPT A;  3NI5 A;  3T85 A;  1LZV A;  5FNK A;  3Q31 A;  4PYY A;  2AX2 A; 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5A25A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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