5CA2 | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	255
structure length	255
Chain Sequence	WGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTSPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__983481006102213__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__983481006102213__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5CA2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__983481006102213__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"983481006102213","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5CA2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__983481006102213__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d042e8adc0b2038fcc670a7/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d042e8adc0b2038fcc670a7/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d042e8adc0b2038fcc670a7/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d042e8adc0b2038fcc670a7/pdb.gz): 2300 ms

reading 255 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

255 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:254});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase(oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
publication title	Conformational mobility of His-64 in the Thr-200----Ser mutant of human carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
total genus	75
structure length	255
sequence length	255
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1991-06-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5ca2A00

1KOQA 3R17B 5L3OA 4Q09A 4E9OX 3DC9A 3IBUA 1CILA 3HS4A 5EH7A 4RFDA 1BNUA 4KNJA 1AVNA 5E2MA 4ZWXA 5EH5A 1CNYA 3DD0A 5JQTA 1LUGA 4PQ7A 4CNXA 5DRSA 1CVAA 1IF7A 2NWOA 5DSRA 1TG3A 1RZBA 3N2PA 4RUZA 1RAZA 1ZFQA 4RN4A 1G52A 3MYQA 4QK1A 5FNJA 5SZ5A 3QYKA 1G48A 4K13A 3RZ8A 1DMXA 4MDMA 3DBUA 4ZWZA 1FSQA 1CRAA 3N0NA 4X5SA 4Q08A 8CA2A 1HCAA 5DSPA 4Z1KA 2FOVA 5E2SA 1LG6A 3IBLA 1DMYA 2WD2A 4M2WA 1FSNA 4L5UA 1IF6A 3KS3A 1ZSCA 2X7TA 1MUAA 1CNIA 3BL0A 1JCZA 1V9EA 1BNQA 3T83A 4Q87A 2GD8A 3M5SA 2NNGA 5CACA 3NJ9A 3C7PA 1Z9YA 3M5TA 2VVAX 1ZH9A 5BRWA 4HEZA 2HNCA 4FIKA 3DC3A 4YGNA 4Q8ZA 3S97A 4KUYA 1YDDA 1I8ZA 4ZX1A 5SZ4A 1FQLA 2EU3A 4FRCA 5FL4A 3S76A 2NN1A 4E3FA 1I90A 4Q81A 1CAHA 5E5RA 5DSJA 3RYZA 1CA3A 1CVEA 1TEUX 1Z93A 3EFTA 3MNKA 5DVXA 1YO0A 1TB0X 3TVOX 1I9PA 4YYTA 6CA2A 5FDCA 1FSRA 4Q07A 5JESB 4QEFA 4HT2A 2QOAA 5HPJA 3S75B 1I9NA 5FNHA 1BZMA 4MTYA 1IF5A 5JG5B 4KUWA 4Q7VA 4HEYA 3M3XA 3RYXB 4DZ7A 1CNHA 4R5AA 2OSFA 3IBIA 5FLTA 1G4OA 4E4AA 4MDGA 3RLDA 3RZ1B 1LG5A 1UGAA 5FNMA 1OQ5A 2CBBA 4E3DA 4Q90A 4YGLA 2ABEA 1BCDA 1CNCA 4K1QA 3P3HA 3MMFA 4YGJA 5EKHA 3MHLA 1J9WA 3M04A 5BNLA 4FL7A 3NB5A 3TVNX 3M2YA 3DVCA 2X7UA 2Q1QA 5FNGA 1T9NA 5BRVA 1RAYA 4CA2A 5EH8A 4YGKA 5J8ZA 4XE1A 3V7XA 3R16A 3DD8A 1HUHA 1TTMA 2CABA 5EHWA 3M1QA 2EU2A 2POVA 3LXEA 3U3AX 3PYKA 5FNLA 2OSMA 1G6VA 1LZVA 1TEQX 1ZNCA 5EIJA 1XEGA 2NMXA 1ZGEA 4YWPA 4QIYA 5FLRA 3DCCA 4Q83A 4HT0A 2FNMA 4QSBA 4PXXA 3DA2A 3KKXA 3P5AA 1URTA 3S77B 4C3TA 1FQMA 1KWQA 1OKMA 2CBEA 2NNOA 5EKMA 3OKUA 2EZ7A 1RZDA 3MNJA 1CVBA 3M2XA 3CZVA 3DVDA 1CNGA 5AMDA 4COQA 2POUA 4QY3A 4ITPA 2F14A 3KLDB 4IDRX 4KP5A 3OIKA 2FOSA 1CNKA 1YDCA 3UYNA 4RH2A 1TG9A 3RG4A 2WD3A 4Z1EA 3V3IB 1RZCA 3M1WA 3T5UA 1UGEA 2NN7A 1BNTA 3JXFA 1CNBA 3D8WA 3ZNCA 4M2VA 3M40A 4FVOA 4Z0QA 3S9TA 2CA2A 4LHIA 4Q6EA 5JQ0A 1CINA 3N3JA 3N4BA 4BF6A 4PZHA 1BN3A 1ZSAA 1CALA 3DAZA 3HKNA 1IF9A 4HF3A 1H4NA 3RYJB 3S72B 3T5ZA 2WEJA 1YO2A 3MHMA 3SBHA 1CNJA 1CA2A 5EHEA 4CNRA 1CAIA 1OKLA 4KP8A 4YVYA 5G0BA 4PYYA 1G3ZA 4WW6A 4Z1JA 1H9NA 1YDBA 1YO1A 2HKKA 3OKVA 5FLPA 5FLSA 2CBDA 3D0NA 4XFWA 4FU5A 2NWZA 1CAKA 1YDAA 2FOUA 3F7UA 4ZWYA 4QJMA 1CVCA 5A25A 1HEAA 4Q6DA 3Q31A 5AMLA 3DCSA 4QJWA 3RZ0B 1TH9A 4CACA 4M2RA 1F2WA 4CNVA 3UYQA 3HKQA 3IAIA 1TE3X 1UGCA 4MDLA 3HFPA 5EKJA 1BNVA 3V2MA 1BN1A 1XPZA 5BYIA 3M96A 1AZMA 3V2JA 1RJ5A 7CA2A 4XIXA 1CZMA 1HVAA 4QSAA 5DSOA 3RJ7A 1BV3A 9CA2A 2Q1BA 3KOIA 3P5LA 4ZX0A 5JEHB 3U47A 3M98A 4JSZA 1FR4A 1G0EA 5SZ7A 3V3GB 4QJOA 5DOHA 1XQ0A 2WEHA 4FPTA 4Z1NA 3RGEA 4JSWA 3M1KA 4KAPA 5A6HA 2WEOA 3BETA 4ILXA 3L14A 4Q99A 1KEQA 4HEWA 2O4ZA 4GL1X 1TBTX 1BNWA 3PO6A 5FNKA 3VBDA 2ZNCA 4QJXA 1UGBA 3ML2A 4YGFA 4BCWA 4YHAA 1RZAA 3RZ5A 5DSLA 4Q78A 3EFIA 4JS6A 1RZEA 1BN4A 1ZSBA 3V5GA 3MNIA 3SAXA 4PYXA 5FLOA 3M14A 1Z97A 3FW3A 1JD0A 3MNHA 1I9QA 4FVNA 3CA2A 4QSIA 1CCSA 2FMZA 3ZP9A 1AM6A 1G53A 3KIGA 4ZAOA 4Q7SA 3BL1A 1HEBA 3HLJA 3HKTA 1I9MA 4MLTA 4R5BA 4Q8XA 4WL4A 3M2NA 5E5UA 1LGDA 3KONA 1H9QA 1KWRA 4QK3A 4M2UA 5E2KA 1G4JA 1G54A 4ZWIA 3DCWA 1FLJA 4K0TA 4MO8A 5SZ0A 4BF1A 3P44A 5DOGA 5G0CA 2NNVA 2FMGA 5DSQA 2X7SA 5FDIA 1HCBA 3M5EA 1CVFA 5JGTB 1FR7A 1G46A 4Y0JA 5C8IA 4TWLA 4KNNA 4E49A 4K0SA 3S78B 1DCAA 5AMGA 1ZE8A 5DSIA 2FOQA 2HL4A 3HKUA 3SAPA 1CVDA 2GEHA 4MLXA 1G1DA 4Q7PA 1UGFA 3W6IA 2H15A 3DV7A 4QTLA 2CBAA 1CAMA 1I91A 1OKNA 5FL6A 1I9OA 3M2ZA 1G0FA 3FE4A 3S73B 5BRUA 4RIVA 4YXOA 3KOKA 2CBCA 5FL5A 1CCTA 3D92A 5SZ3A 1V9IC 3V3HB 3CAJA 4QJPA 3MNUA 3OYQA 4KNIA 1CNXA 1CANA 2WEGA 5JEGB 5G01A 5DSMA 3K7KA 3P55A 5CLUA 3TMJA 4KUVA 1BICA 4K0ZA 5FNIA 3RYVB 3T84A 4Q7WA 2FW4A 3OY0A 1HECA 5LMDA 3W6HA 1CNWA 3OIMA 3RG3A 3PJJA 4Q0LA 2HFWA 3MHIA 5SZ6A 5L6KA 4WUQA 1BNNA 3D93A 3F4XA 4LP6A 2HD6A 4WUPA 1KOPA 1BNMA 2NWYA 4LU3A 1CAJA 1A42A 5G03A 4YX4A 5FLQA 3MNAA 5JG3B 3S8XA 1IF4A 4R59A 4QJ0A 2NWPA 5IPZA 5EHVA 3RYYA 4L5VA 3D9ZA 4E3GA 3K2FA 3GZ0A 1CIMA 1FQRA 1IF8A 1MOOA 4QK2A 2Q38A 1DCBA 4QSJA 1CRMA 3OILA 5SZ2A 2NXSA 4QIZA 5JGSB 1CCUA 3IGPA 1UGGA 4KV0A 1CAOA 4IWZA 4Q8YA 12CAA 5E2NA 1ZGFA 4HU1A 3M1JA 2QO8A 5E28A 4ITOA 3P58A 1ZFKA 5DSNA 3MDZA 3RZ7A 2AW1A 3MZCA 4Q9YA 1I9LA 3ML5A 1UGDA 4L5WA 3F8EA 3KWAA 5JDVB 4N16A 3SBIA 4E5QA 4XIWA 1CAZA 3V3JA 4RUYA 4DZ9A 4CQ0A 3V3FA 3JXHC 3OYSA 5CJFA 4YXUA 4G0CA 4CNWA 3FFPX 3P4VA 2FNKA 3IBNA 4KNMA 4RIUA 3MHOA 4ETQC 3P3JA 5SZ1A 5E2RA 4RFCA 4N0XB 4YXIA 1THKA 5EZTX 3JXGA 3S74B 3M67A 4HBAA 3K34A 1Y7WA 4E3HA 2IT4A 3DVBA 3MHCA 2VVBX 3B1BA 4G7AA 3U7CA 5EOIA 1XEVA 3NI5A 2FOYA 2NNSA 2POWA 3CYUA 2AX2A 4WW8A 4JSAA 4XZ5A 1HUGA 2NXRA 4TWMA 5DSKA 1CAYA 2ILIA 4Q49A 2HOCA 1HEDA 3B4FA 3F7BA 3S71B 1RJ6A 2FNNA 2H4NA 3MWOA 1CVHA 3T82A 3U45X 1G45A 4RUXA 4WR7A 1FQNA 1EOUA 3KNEA 5CA2A 4Q06A 1JV0A 5JEPB 2NXTA 2W2JA 4JSSA 2QP6A 3IEOA 4UOVA 3T85A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KOQ A;  3R17 B;  5L3O A;  4Q09 A;  4E9O X;  3DC9 A;  3IBU A;  1CIL A;  3HS4 A;  5EH7 A;  4RFD A;  1BNU A;  4KNJ A;  1AVN A;  5E2M A;  4ZWX A;  5EH5 A;  1CNY A;  3DD0 A;  5JQT A;  1LUG A;  4PQ7 A;  4CNX A;  5DRS A;  1CVA A;  1IF7 A;  2NWO A;  5DSR A;  1TG3 A;  1RZB A;  3N2P A;  4RUZ A;  1RAZ A;  1ZFQ A;  4RN4 A;  1G52 A;  3MYQ A;  4QK1 A;  5FNJ A;  5SZ5 A;  3QYK A;  1G48 A;  4K13 A;  3RZ8 A;  1DMX A;  4MDM A;  3DBU A;  4ZWZ A;  1FSQ A;  1CRA A;  3N0N A;  4X5S A;  4Q08 A;  8CA2 A;  1HCA A;  5DSP A;  4Z1K A;  2FOV A;  5E2S A;  1LG6 A;  3IBL A;  1DMY A;  2WD2 A;  4M2W A;  1FSN A;  4L5U A;  1IF6 A;  3KS3 A;  1ZSC A;  2X7T A;  1MUA A;  1CNI A;  3BL0 A;  1JCZ A;  1V9E A;  1BNQ A;  3T83 A;  4Q87 A;  2GD8 A;  3M5S A;  2NNG A;  5CAC A;  3NJ9 A;  3C7P A;  1Z9Y A;  3M5T A;  2VVA X;  1ZH9 A;  5BRW A;  4HEZ A;  2HNC A;  4FIK A;  3DC3 A;  4YGN A;  4Q8Z A;  3S97 A;  4KUY A;  1YDD A;  1I8Z A;  4ZX1 A;  5SZ4 A;  1FQL A;  2EU3 A;  4FRC A;  5FL4 A;  3S76 A;  2NN1 A;  4E3F A;  1I90 A;  4Q81 A;  1CAH A;  5E5R A;  5DSJ A;  3RYZ A;  1CA3 A;  1CVE A;  1TEU X;  1Z93 A;  3EFT A;  3MNK A;  5DVX A;  1YO0 A;  1TB0 X;  3TVO X;  1I9P A;  4YYT A;  6CA2 A;  5FDC A;  1FSR A;  4Q07 A;  5JES B;  4QEF A;  4HT2 A;  2QOA A;  5HPJ A;  3S75 B;  1I9N A;  5FNH A;  1BZM A;  4MTY A;  1IF5 A;  5JG5 B;  4KUW A;  4Q7V A;  4HEY A;  3M3X A;  3RYX B;  4DZ7 A;  1CNH A;  4R5A A;  2OSF A;  3IBI A;  5FLT A;  1G4O A;  4E4A A;  4MDG A;  3RLD A;  3RZ1 B;  1LG5 A;  1UGA A;  5FNM A;  1OQ5 A;  2CBB A;  4E3D A;  4Q90 A;  4YGL A;  2ABE A;  1BCD A;  1CNC A;  4K1Q A;  3P3H A;  3MMF A;  4YGJ A;  5EKH A;  3MHL A;  1J9W A;  3M04 A;  5BNL A;  4FL7 A;  3NB5 A;  3TVN X;  3M2Y A;  3DVC A;  2X7U A;  2Q1Q A;  5FNG A;  1T9N A;  5BRV A;  1RAY A;  4CA2 A;  5EH8 A;  4YGK A;  5J8Z A;  4XE1 A;  3V7X A;  3R16 A;  3DD8 A;  1HUH A;  1TTM A;  2CAB A;  5EHW A;  3M1Q A;  2EU2 A;  2POV A;  3LXE A;  3U3A X;  3PYK A;  5FNL A;  2OSM A;  1G6V A;  1LZV A;  1TEQ X;  1ZNC A;  5EIJ A;  1XEG A;  2NMX A;  1ZGE A;  4YWP A;  4QIY A;  5FLR A;  3DCC A;  4Q83 A;  4HT0 A;  2FNM A;  4QSB A;  4PXX A;  3DA2 A;  3KKX A;  3P5A A;  1URT A;  3S77 B;  4C3T A;  1FQM A;  1KWQ A;  1OKM A;  2CBE A;  2NNO A;  5EKM A;  3OKU A;  2EZ7 A;  1RZD A;  3MNJ A;  1CVB A;  3M2X A;  3CZV A;  3DVD A;  1CNG A;  5AMD A;  4COQ A;  2POU A;  4QY3 A;  4ITP A;  2F14 A;  3KLD B;  4IDR X;  4KP5 A;  3OIK A;  2FOS A;  1CNK A;  1YDC A;  3UYN A;  4RH2 A;  1TG9 A;  3RG4 A;  2WD3 A;  4Z1E A;  3V3I B;  1RZC A;  3M1W A;  3T5U A;  1UGE A;  2NN7 A;  1BNT A;  3JXF A;  1CNB A;  3D8W A;  3ZNC A;  4M2V A;  3M40 A;  4FVO A;  4Z0Q A;  3S9T A;  2CA2 A;  4LHI A;  4Q6E A;  5JQ0 A;  1CIN A;  3N3J A;  3N4B A;  4BF6 A;  4PZH A;  1BN3 A;  1ZSA A;  1CAL A;  3DAZ A;  3HKN A;  1IF9 A;  4HF3 A;  1H4N A;  3RYJ B;  3S72 B;  3T5Z A;  2WEJ A;  1YO2 A;  3MHM A;  3SBH A;  1CNJ A;  1CA2 A;  5EHE A;  4CNR A;  1CAI A;  1OKL A;  4KP8 A;  4YVY A;  5G0B A;  4PYY A;  1G3Z A;  4WW6 A;  4Z1J A;  1H9N A;  1YDB A;  1YO1 A;  2HKK A;  3OKV A;  5FLP A;  5FLS A;  2CBD A;  3D0N A;  4XFW A;  4FU5 A;  2NWZ A;  1CAK A;  1YDA A;  2FOU A;  3F7U A;  4ZWY A; 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5CA2A

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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