5DSQA

Structure of co2 released apo-form of human carbonic anhydrase ii with 3 min warming
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
Knots found
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Tracking solvent and protein movement during CO2 release in carbonic anhydrase II crystals
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Carbonic anhydrase 2
total genus 77
structure length 257
sequence length 257
other databases KnotProt 2.0: K +31
ec nomenclature ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date 2015-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00194 Carb_anhydrase Eukaryotic-type carbonic anhydrase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.200.10 Alpha Beta Roll Carbonic Anhydrase II Alpha carbonic anhydrase 5dsqA00
5JQTA 3GZ0A 1Z9YA 4PQ7A 5FNIA 4KV0A 2FOSA 3RG3A 1FQNA 2FOUA 3S78B 4ETQC 4QSBA 3MNHA 1CANA 3P55A 3OYSA 1CAIA 3MMFA 1DMYA 1CAJA 5DSMA 1BZMA 3T85A 1RAZA 4Q7PA 4C3TA 1CRAA 1HECA 5DSJA 1CVCA 5LMDA 3EFIA 3KOIA 3B4FA 4Q78A 4YXUA 3NB5A 4COQA 3QYKA 4YWPA 2H4NA 3HKUA 1FQRA 4YGFA 1OKMA 3KKXA 5FLPA 4Z1JA 2EU2A 3HS4A 4DZ9A 4N0XB 3JXFA 1G1DA 3MZCA 5DOHA 1CVDA 3V2MA 3M2XA 1LGDA 3OY0A 4FRCA 5JEGB 3M5TA 1V9IC 4HT2A 3S8XA 3M1WA 3TMJA 5BYIA 1G48A 1TEQX 4Q09A 1XEGA 5DSQA 5DOGA 1IF7A 2FOQA 2ABEA 3CYUA 3R17B 1TH9A 4XZ5A 3DVCA 3ZNCA 4YXOA 1YDBA 2NWZA 3W6IA 1ZFQA 4PYXA 1CNBA 3MNIA 5SZ6A 1CAOA 1CNXA 4YGKA 4E3FA 5FLOA 2F14A 4RUYA 5E2SA 1CNCA 1IF5A 4MLXA 3SBHA 3DCCA 4RFCA 1YO0A 2NMXA 4PXXA 3T5UA 4YGNA 3RYVB 4CNRA 5JEPB 2H15A 4R5AA 3S75B 4IDRX 4ITOA 4E9OX 1Z97A 4WW6A 3RYJB 3MHLA 4KP5A 2QO8A 5EHEA 5CACA 3V3IB 1I91A 4JSWA 1XQ0A 1V9EA 4QY3A 4CNVA 4E3DA 5FNKA 2POUA 5EZTX 4QJ0A 3EFTA 3OKUA 4QJXA 4JSAA 4CNXA 4MO8A 5JESB 4E49A 4Y0JA 5CJFA 5SZ2A 4RIUA 4L5UA 1HEDA 1HEBA 4XIXA 5BRWA 4KNJA 4YYTA 1UGDA 1CNWA 3SAPA 1FQMA 1RAYA 2Q1QA 2POWA 5E2MA 3DCSA 4DZ7A 4HEZA 3M2ZA 3M1KA 4CA2A 3LXEA 1BN4A 5DSPA 3BETA 5BRVA 3RYYA 3MYQA 4KUYA 2NWPA 1THKA 1IF9A 4FL7A 4N16A 3D93A 4QEFA 4Q8YA 4RN4A 1TEUX 3N0NA 1CCSA 1HUHA 4CACA 5JG3B 2FW4A 3IBNA 3HKTA 3CA2A 5FLQA 1IF8A 1I9OA 1UGAA 3OIKA 2FNMA 5BNLA 3VBDA 2WEOA 3HKQA 1CCUA 1YDDA 3DVDA 4ZWYA 5CLUA 3OILA 1UGGA 1RJ5A 3MHCA 3F7UA 4XE1A 5AMLA 2NXSA 2AW1A 1G46A 3KWAA 4ITPA 2HFWA 3P3HA 4FVNA 3IBIA 1I9PA 4M2UA 4QJPA 5E2RA 5EKMA 3U7CA 4LP6A 1JCZA 5G03A 4HBAA 4Z1EA 5JDVB 5FNJA 1J9WA 5SZ1A 3RZ7A 2OSMA 3CAJA 1CCTA 1EOUA 3DD0A 3S77B 1CVAA 4BCWA 4TWLA 4WUPA 4ZWXA 5SZ5A 4KUWA 5FLSA 2WD3A 5EH7A 1A42A 3MHOA 3PO6A 1ZGEA 1BNNA 4FPTA 4L5WA 3OKVA 5L6KA 4TWMA 1CIMA 5JGSB 1ZSCA 1BICA 5EH8A 4UOVA 1HCAA 3M1QA 3F7BA 4R59A 1OKLA 1I90A 3MNUA 2GD8A 4E5QA 3RLDA 3UYNA 3KLDB 5FLTA 3P5LA 3MNJA 4QJOA 2NNVA 5DSLA 5L3OA 3T83A 5DSIA 1CVEA 2EZ7A 4QTLA 4YGLA 5A6HA 3DA2A 3M96A 3M67A 3IEOA 3D9ZA 1UGFA 3V2JA 1G4JA 1F2WA 1KOQA 3RJ7A 2HOCA 5AMDA 1DMXA 4G7AA 2NWOA 1IF6A 2Q38A 2HKKA 4KP8A 4YVYA 2VVAX 4XFWA 1KEQA 1URTA 3MHIA 1RJ6A 5EHWA 1RZAA 1CAHA 3P3JA 2FNKA 3N3JA 3NI5A 3OYQA 4Q99A 3TVNX 3M5SA 3HFPA 3FFPX 1JV0A 1XPZA 3P5AA 5E5UA 2ZNCA 1XEVA 4QIYA 1TBTX 2WEHA 3BL0A 1CVBA 4KNNA 4LU3A 4YGJA 1G53A 5E2KA 4QIZA 5DSRA 4HEYA 1BCDA 3V5GA 4JS6A 1ZGFA 3M98A 1CINA 1BV3A 1MOOA 3ML2A 2QOAA 4Q87A 1FR4A 3RZ0B 3S73B 5DVXA 4RUZA 4M2RA 4QJMA 4IWZA 3V3FA 4FIKA 3KNEA 1AM6A 1T9NA 4Q08A 4Q7WA 2GEHA 2X7TA 4WUQA 1HEAA 3V3HB 1RZCA 1AZMA 4R5BA 4RUXA 4Q6EA 3S74B 5G0CA 2NNOA 4WW8A 1KWRA 2O4ZA 5C8IA 3ML5A 3IBUA 1KOPA 3DV7A 1YDCA 4JSZA 4QSAA 5EHVA 2WEGA 3FW3A 1BNQA 4K0TA 5A25A 1BNTA 1CRMA 1CVFA 1G54A 1CAYA 1CNJA 5FNMA 4ZX1A 1CNKA 4XIWA 5G0BA 2VVBX 1YDAA 3KS3A 4Q49A 4ZAOA 4CNWA 1BN3A 2CBBA 1I9MA 1LG5A 2QP6A 3JXHC 5FNGA 1FSNA 4MDGA 1AVNA 3KONA 8CA2A 1OQ5A 1ZE8A 1I8ZA 3IGPA 2WD2A 1CZMA 2X7SA 4K0SA 4ZWZA 5J8ZA 2CBCA 1DCBA 3F4XA 5FDCA 3RGEA 3HKNA 2CBDA 4M2VA 1CNIA 5SZ4A 3V7XA 1G0FA 3KIGA 4Q83A 3DC9A 3MWOA 2FMGA 5SZ0A 1FSRA 12CAA 2OSFA 4KAPA 4Q06A 1FQLA 1Y7WA 3D8WA 1CVHA 2HNCA 3M14A 4RH2A 1CNYA 4HEWA 3P4VA 2WEJA 1G52A 4KUVA 5JGTB 3MDZA 4KNMA 3M5EA 4YXIA 5JQ0A 3IBLA 1LUGA 4Q6DA 5DRSA 1CNGA 1RZEA 3C7PA 1FR7A 2NN1A 3RZ8A 4KNIA 3L14A 5AMGA 1ZFKA 3R16A 3PJJA 4QK2A 4MLTA 1BNUA 4ILXA 1TG3A 5G01A 3DD8A 2CABA 4QSJA 1CALA 5HPJA 4YHAA 1UGBA 4RFDA 2AX2A 1UGEA 3K34A 1BNVA 5EOIA 2FNNA 3SBIA 1Z93A 4HT0A 2NNGA 3DCWA 3M3XA 2NXTA 1KWQA 4MDMA 5SZ7A 5EH5A 2NXRA 4YX4A 3MNKA 4L5VA 1G4OA 1MUAA 4PZHA 3D0NA 3IAIA 4Q8ZA 3M1JA 4Q81A 3S76A 3K7KA 3RZ5A 3UYQA 2CA2A 4Z1KA 5FLRA 4K1QA 3RYZA 1H9QA 3M04A 2X7UA 3DC3A 3NJ9A 6CA2A 4QK1A 5SZ3A 3N4BA 4Z0QA 3M2YA 1CAZA 5E28A 9CA2A 3B1BA 3D92A 3HLJA 1BNWA 1H4NA 4M2WA 4WR7A 3SAXA 3JXGA 3T5ZA 5EKHA 5JEHB 1CNHA 1HUGA 4LHIA 4Q0LA 2NN7A 1CA3A 2NWYA 4Q07A 3TVOX 4Q7VA 2POVA 2IT4A 5IPZA 4Q90A 1UGCA 1ZSBA 2CBAA 4FVOA 3V3JA 4E3GA 1OKNA 3S72B 2ILIA 1I9LA 4WL4A 1BN1A 5JG5B 3M2NA 5FDIA 3S9TA 4X5SA 1TTMA 4Q8XA 2CBEA 1RZBA 3V3GB 4RIVA 2EU3A 1BNMA 3U45X 1RZDA 1LZVA 1TE3X 3W6HA 3P44A 5EKJA 2FMZA 4ZX0A 1YO2A 5FL5A 3KOKA 1ZSAA 7CA2A 5FNLA 1I9QA 2NNSA 4E4AA 3F8EA 1DCAA 3ZP9A 3U3AX 1HCBA 4QK3A 3RG4A 4PYYA 3FE4A 4K0ZA 1H9NA 1CA2A 1HVAA 3CZVA 3PYKA 5BRUA 3M40A 4ZWIA 3T84A 3N2PA 4FU5A 3U47A 1FLJA 4HU1A 3S97A 5CA2A 5E2NA 4BF6A 4MTYA 5FNHA 1YO1A 4G0CA 4E3HA 1TG9A 2Q1BA 5FL6A 3DAZA 4GL1X 4BF1A 4HF3A 3MNAA 3MHMA 1FSQA 4Q7SA 2W2JA 4K13A 1CAKA 3RYXB 1G45A 1G6VA 1G3ZA 2HD6A 3K2FA 5E5RA 5EIJA 1I9NA 4QSIA 4Z1NA 1TB0X 1G0EA 4MDLA 2HL4A 3DVBA 3T82A 4CQ0A 4QJWA 3BL1A 3RZ1B 3P58A 1ZNCA 1JD0A 1CILA 1LG6A 5DSOA 2FOYA 2FOVA 3OIMA 5FL4A 3Q31A 4Q9YA 5DSKA 5DSNA 3DBUA 3S71B 1ZH9A 1CAMA 4JSSA 1IF4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5JQT A;  3GZ0 A;  1Z9Y A;  4PQ7 A;  5FNI A;  4KV0 A;  2FOS A;  3RG3 A;  1FQN A;  2FOU A;  3S78 B;  4ETQ C;  4QSB A;  3MNH A;  1CAN A;  3P55 A;  3OYS A;  1CAI A;  3MMF A;  1DMY A;  1CAJ A;  5DSM A;  1BZM A;  3T85 A;  1RAZ A;  4Q7P A;  4C3T A;  1CRA A;  1HEC A;  5DSJ A;  1CVC A;  5LMD A;  3EFI A;  3KOI A;  3B4F A;  4Q78 A;  4YXU A;  3NB5 A;  4COQ A;  3QYK A;  4YWP A;  2H4N A;  3HKU A;  1FQR A;  4YGF A;  1OKM A;  3KKX A;  5FLP A;  4Z1J A;  2EU2 A;  3HS4 A;  4DZ9 A;  4N0X B;  3JXF A;  1G1D A;  3MZC A;  5DOH A;  1CVD A;  3V2M A;  3M2X A;  1LGD A;  3OY0 A;  4FRC A;  5JEG B;  3M5T A;  1V9I C;  4HT2 A;  3S8X A;  3M1W A;  3TMJ A;  5BYI A;  1G48 A;  1TEQ X;  4Q09 A;  1XEG A;  5DSQ A;  5DOG A;  1IF7 A;  2FOQ A;  2ABE A;  3CYU A;  3R17 B;  1TH9 A;  4XZ5 A;  3DVC A;  3ZNC A;  4YXO A;  1YDB A;  2NWZ A;  3W6I A;  1ZFQ A;  4PYX A;  1CNB A;  3MNI A;  5SZ6 A;  1CAO A;  1CNX A;  4YGK A;  4E3F A;  5FLO A;  2F14 A;  4RUY A;  5E2S A;  1CNC A;  1IF5 A;  4MLX A;  3SBH A;  3DCC A;  4RFC A;  1YO0 A;  2NMX A;  4PXX A; 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