5DSR | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__747119806827333__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__747119806827333__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5DSR/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__747119806827333__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"747119806827333","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5DSR/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__747119806827333__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Tracking solvent and protein movement during CO2 release in carbonic anhydrase II crystals pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	76
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2015-09-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5dsrA00

3V3FA 3DAZA 4QIYA 8CA2A 3V3IB 3S75B 1XPZA 4KAPA 1IF5A 4LP6A 3M1QA 3T5ZA 1CILA 3QYKA 2AW1A 3ML2A 5DOHA 3RZ8A 1G0FA 1CRAA 3S71B 2VVBX 1I91A 1CAZA 4RUXA 1CVCA 1ZFQA 2Q1BA 4L5WA 1KWQA 4Q49A 3P44A 3OYSA 3P5AA 1UGEA 3U45X 4QEFA 3DCCA 3V3HB 4M2WA 4YHAA 2NXSA 4Z0QA 3S9TA 4JSAA 4QJMA 6CA2A 3KOKA 5DSRA 4JSWA 1TB0X 3IAIA 3MNIA 3RG4A 3IBUA 3SAXA 1BN1A 5SZ3A 3P4VA 5EHVA 5G0CA 1CNHA 3OYQA 4LHIA 4Q81A 3LXEA 4Q6EA 1UGFA 2ABEA 4MDMA 4E49A 4YGKA 1CNIA 3OKVA 4RH2A 3RJ7A 1G4JA 2GD8A 3DVCA 4E9OX 4YYTA 4Z1EA 5DOGA 4E5QA 2HD6A 3P55A 4MLXA 4YX4A 3IEOA 1IF7A 3DD8A 3F4XA 3UYQA 1KOQA 3V2MA 4COQA 2WEHA 4FU5A 4Z1JA 2X7TA 1CNJA 1KOPA 4R5AA 1G48A 5E2RA 1LG6A 4HT0A 3PO6A 2WD2A 4CA2A 1CVHA 1XEGA 4ZWXA 2POUA 3N2PA 1FQMA 5G0BA 3S72B 4WUQA 3M3XA 1TG9A 1J9WA 5FL6A 2CBCA 2OSMA 5HPJA 3N3JA 5E5UA 5FLOA 2NNSA 4IDRX 2CBDA 4Z1NA 1CINA 4Q78A 2IT4A 4YXUA 1G45A 3M2XA 4KUVA 1YO2A 2FNKA 2NN7A 4KV0A 3OKUA 5FLTA 4Q7PA 5DSPA 4HEYA 4G7AA 3MWOA 3JXHC 5FDIA 1XEVA 5E2KA 3MNUA 3V5GA 1IF8A 4WR7A 5DSQA 2FOQA 2AX2A 1FSQA 3R16A 4QK2A 4Q7VA 3N4BA 1BCDA 3HFPA 4RN4A 5A25A 1CAIA 3C7PA 4TWMA 3MNJA 3V2JA 5FNMA 5EIJA 1TEUX 3DA2A 1RZDA 4CQ0A 5CA2A 3B4FA 1YDAA 3HKUA 2POVA 3P3JA 5SZ6A 2X7UA 1G4OA 3P3HA 4DZ7A 5JQTA 5AMLA 4FVNA 3U47A 1HCAA 4E4AA 4CNRA 1V9EA 4QJOA 3M2NA 1I8ZA 4DZ9A 2GEHA 1CVDA 5BRWA 3L14A 4MO8A 5FLPA 3RGEA 2FOYA 4KNNA 3MHLA 5G03A 4FIKA 1CAKA 3D8WA 3KKXA 5DSNA 5SZ0A 3VBDA 2NXRA 1YDCA 4QJWA 1CAYA 4BCWA 3M96A 3V7XA 1HEBA 4ITOA 1BNTA 2NN1A 2FOUA 5SZ7A 1G46A 2CABA 1CNYA 3DCWA 4WW6A 5AMGA 3BL1A 5G01A 3S78B 1HVAA 7CA2A 2POWA 5CJFA 5FNJA 1TTMA 4HEWA 1H4NA 3Q31A 4UOVA 2NNOA 5J8ZA 3IBIA 3EFTA 2CBBA 1BNUA 5JG3B 3BL0A 4IWZA 3DD0A 1DCAA 4GL1X 1CNCA 1BNMA 2OSFA 3FE4A 1URTA 1CCTA 1THKA 2WEOA 3CZVA 3F7BA 4YWPA 3RYVB 5BRVA 5E2NA 4K0TA 2W2JA 3KLDB 3RLDA 3S73B 3DCSA 4Q0LA 4Q8ZA 2NNVA 3EFIA 3IBNA 2HOCA 1Y7WA 3FFPX 2FNMA 5JG5B 1TBTX 1DMYA 4M2VA 1A42A 5EKMA 4RIVA 1FLJA 4Q87A 1ZGEA 4ZWIA 1LG5A 3OY0A 1FQNA 4Q07A 1CALA 4E3GA 3KIGA 4XFWA 2WEJA 4Q7SA 4Q06A 3KWAA 3NJ9A 3P58A 3R17B 3ML5A 3RZ0B 4Q8YA 4CNVA 4G0CA 4L5VA 3HKQA 4Q7WA 4Q6DA 1CVEA 1OKLA 3DV7A 4Q08A 4QSJA 1I90A 4XZ5A 3V3JA 3JXGA 1UGAA 3M5TA 1MUAA 3KONA 1RZEA 3N0NA 1JCZA 3S76A 4RUZA 5AMDA 5EOIA 3MHIA 3B1BA 4YGNA 2F14A 3MNHA 4ZWYA 1BNWA 1G52A 1EOUA 4Q90A 4X5SA 4XE1A 3M2ZA 1Z9YA 1IF9A 1BICA 4K0SA 5JGSB 2CBEA 1FR4A 1CIMA 4XIXA 4Z1KA 4RFCA 1I9OA 3OIMA 3MNAA 1ZGFA 3W6HA 2FOVA 4L5UA 1IF6A 4Q09A 1ZSCA 5DVXA 5EHWA 1CANA 3OIKA 4QY3A 3KS3A 1CCSA 1TG3A 1BNNA 3M14A 3M98A 3ZP9A 2EU3A 5E5RA 5A6HA 4Q99A 4FRCA 4HEZA 4MLTA 4KUYA 1UGGA 5EZTX 1DCBA 2ILIA 4ITPA 1CNWA 1BV3A 4BF6A 3V3GB 3D92A 5BRUA 4WL4A 4MTYA 4WUPA 4ZAOA 3RZ5A 1YDBA 3P5LA 3M1WA 3PYKA 3IGPA 5JGTB 5JDVB 1HCBA 3K7KA 4ZX1A 2H4NA 2QOAA 3T83A 4ILXA 3HKTA 1FR7A 2CBAA 1OQ5A 2NXTA 3MHMA 4E3FA 5CACA 5BNLA 1G0EA 3JXFA 2FMGA 2HNCA 1CCUA 1RZCA 2O4ZA 1Z93A 4KNIA 4K13A 4R59A 4YGLA 2CA2A 1AVNA 1I9PA 5DSLA 1CVBA 3M1KA 5SZ2A 1YDDA 1LGDA 1CZMA 5EH5A 2NNGA 5C8IA 3RYXB 4R5BA 3M2YA 1XQ0A 3MDZA 3DVDA 4TWLA 4E3HA 1ZNCA 2NWZA 4QSBA 1OKMA 3M04A 3DBUA 1G53A 1RAYA 3KNEA 5LMDA 5JEHB 1CA2A 1CNXA 2HFWA 1V9IC 4M2UA 2VVAX 4PXXA 4YVYA 1HEDA 1LZVA 3S8XA 1F2WA 2Q38A 3DVBA 3M1JA 5JQ0A 1FSNA 4CACA 5JEPB 3D9ZA 4K0ZA 1CVFA 4JS6A 1UGDA 2HL4A 4HU1A 3T85A 2X7SA 3M67A 3U3AX 2QP6A 3KOIA 4PQ7A 4CNXA 5FNIA 3TVOX 1CNGA 1H9NA 5BYIA 1G54A 1BN3A 1FQLA 2Q1QA 5FNGA 3MHOA 1T9NA 1I9NA 4QJXA 1ZE8A 5FLRA 3RYYA 3RG3A 5FNHA 5EH8A 2NWOA 3NI5A 4HT2A 4YXIA 1Z97A 1JV0A 1G1DA 1TH9A 5DSIA 3FW3A 3TVNX 4LU3A 4YGFA 3RZ1B 2FMZA 5DRSA 1RJ6A 1HUGA 2NWYA 9CA2A 3S74B 5FLSA 4FL7A 5CLUA 3T5UA 4QJPA 1BNQA 4FPTA 4QSIA 5DSJA 5DSKA 1I9QA 3T84A 4E3DA 1G6VA 5EKJA 5E28A 1CA3A 2FOSA 5FNKA 3PJJA 4N0XB 1YO0A 4WW8A 4ZX0A 1G3ZA 4MDLA 5DSMA 3DC9A 1UGCA 3S97A 4QK1A 1ZSBA 4QIZA 5FLQA 3RYZA 1CAMA 1HECA 1I9LA 2WD3A 3F8EA 3SBIA 3SAPA 4HBAA 3D93A 5JESB 3W6IA 1BNVA 3MYQA 4QTLA 1FQRA 1FSRA 12CAA 3BETA 5EKHA 1IF4A 4KP8A 1TEQX 3MNKA 4PYXA 4XIWA 1ZH9A 1YO1A 4YXOA 1HUHA 3D0NA 3RZ7A 1HEAA 3K2FA 3HLJA 1RJ5A 1RAZA 4QJ0A 2HKKA 5SZ4A 2FW4A 2FNNA 1JD0A 3NB5A 3U7CA 3K34A 2EZ7A 1ZSAA 4YGJA 4ETQC 4KP5A 2H15A 5FL4A 4BF1A 1H9QA 1KEQA 1CAOA 4C3TA 1CNBA 3DC3A 5DSOA 3IBLA 4JSZA 3CAJA 4PYYA 1CRMA 1KWRA 3MZCA 1I9MA 2NMXA 3MHCA 4M2RA 1RZBA 4QSAA 3M5EA 2WEGA 4N16A 4Q9YA 5SZ1A 3TMJA 4RIUA 1RZAA 5E2SA 1OKNA 4FVOA 1BN4A 4ZWZA 4QK3A 1DMXA 1UGBA 1CAJA 1ZFKA 1TE3X 3UYNA 3GZ0A 5IPZA 4CNWA 4Q8XA 4K1QA 4KNJA 1CNKA 1AZMA 1AM6A 5E2MA 3RYJB 5L6KA 1MOOA 4RUYA 4Y0JA 3M5SA 4Q83A 3SBHA 3ZNCA 3CA2A 5EH7A 3T82A 4RFDA 4KNMA 3HS4A 3F7UA 5L3OA 1CVAA 2NWPA 1BZMA 2EU2A 3MMFA 5FNLA 5EHEA 5FDCA 5FL5A 5JEGB 3M40A 3HKNA 4JSSA 4MDGA 3OILA 2QO8A 2ZNCA 3CYUA 4PZHA 5SZ5A 1CAHA 4KUWA 3S77B 4HF3A 1LUGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3V3F A;  3DAZ A;  4QIY A;  8CA2 A;  3V3I B;  3S75 B;  1XPZ A;  4KAP A;  1IF5 A;  4LP6 A;  3M1Q A;  3T5Z A;  1CIL A;  3QYK A;  2AW1 A;  3ML2 A;  5DOH A;  3RZ8 A;  1G0F A;  1CRA A;  3S71 B;  2VVB X;  1I91 A;  1CAZ A;  4RUX A;  1CVC A;  1ZFQ A;  2Q1B A;  4L5W A;  1KWQ A;  4Q49 A;  3P44 A;  3OYS A;  3P5A A;  1UGE A;  3U45 X;  4QEF A;  3DCC A;  3V3H B;  4M2W A;  4YHA A;  2NXS A;  4Z0Q A;  3S9T A;  4JSA A;  4QJM A;  6CA2 A;  3KOK A;  5DSR A;  4JSW A;  1TB0 X;  3IAI A;  3MNI A;  3RG4 A;  3IBU A;  3SAX A;  1BN1 A;  5SZ3 A;  3P4V A;  5EHV A;  5G0C A;  1CNH A;  3OYQ A;  4LHI A;  4Q81 A;  3LXE A;  4Q6E A;  1UGF A;  2ABE A;  4MDM A;  4E49 A;  4YGK A;  1CNI A;  3OKV A;  4RH2 A;  3RJ7 A;  1G4J A;  2GD8 A;  3DVC A;  4E9O X;  4YYT A;  4Z1E A;  5DOG A;  4E5Q A;  2HD6 A;  3P55 A;  4MLX A;  4YX4 A;  3IEO A;  1IF7 A;  3DD8 A;  3F4X A;  3UYQ A;  1KOQ A;  3V2M A;  4COQ A;  2WEH A;  4FU5 A;  4Z1J A;  2X7T A;  1CNJ A;  1KOP A;  4R5A A;  1G48 A;  5E2R A;  1LG6 A;  4HT0 A;  3PO6 A;  2WD2 A;  4CA2 A;  1CVH A;  1XEG A;  4ZWX A;  2POU A;  3N2P A;  1FQM A;  5G0B A;  3S72 B;  4WUQ A;  3M3X A;  1TG9 A;  1J9W A;  5FL6 A;  2CBC A;  2OSM A;  5HPJ A;  3N3J A;  5E5U A;  5FLO A;  2NNS A;  4IDR X;  2CBD A;  4Z1N A;  1CIN A;  4Q78 A;  2IT4 A;  4YXU A;  1G45 A;  3M2X A;  4KUV A;  1YO2 A;  2FNK A;  2NN7 A;  4KV0 A;  3OKU A;  5FLT A;  4Q7P A;  5DSP A;  4HEY A;  4G7A A;  3MWO A;  3JXH C;  5FDI A;  1XEV A;  5E2K A;  3MNU A;  3V5G A;  1IF8 A;  4WR7 A;  5DSQ A;  2FOQ A;  2AX2 A;  1FSQ A;  3R16 A;  4QK2 A;  4Q7V A;  3N4B A;  1BCD A;  3HFP A;  4RN4 A;  5A25 A;  1CAI A;  3C7P A;  4TWM A;  3MNJ A;  3V2J A;  5FNM A;  5EIJ A;  1TEU X;  3DA2 A;  1RZD A;  4CQ0 A;  5CA2 A;  3B4F A;  1YDA A;  3HKU A;  2POV A;  3P3J A;  5SZ6 A;  2X7U A;  1G4O A;  3P3H A;  4DZ7 A;  5JQT A;  5AML A;  4FVN A;  3U47 A;  1HCA A;  4E4A A;  4CNR A;  1V9E A;  4QJO A;  3M2N A;  1I8Z A;  4DZ9 A;  2GEH A;  1CVD A;  5BRW A;  3L14 A;  4MO8 A;  5FLP A;  3RGE A;  2FOY A;  4KNN A;  3MHL A;  5G03 A;  4FIK A;  1CAK A;  3D8W A;  3KKX A;  5DSN A;  5SZ0 A;  3VBD A;  2NXR A;  1YDC A;  4QJW A;  1CAY A;  4BCW A;  3M96 A;  3V7X A;  1HEB A;  4ITO A;  1BNT A;  2NN1 A;  2FOU A;  5SZ7 A;  1G46 A;  2CAB A;  1CNY A;  3DCW A;  4WW6 A;  5AMG A;  3BL1 A;  5G01 A;  3S78 B;  1HVA A;  7CA2 A;  2POW A;  5CJF A;  5FNJ A;  1TTM A;  4HEW A;  1H4N A;  3Q31 A;  4UOV A;  2NNO A;  5J8Z A;  3IBI A;  3EFT A;  2CBB A;  1BNU A;  5JG3 B;  3BL0 A;  4IWZ A;  3DD0 A;  1DCA A;  4GL1 X;  1CNC A;  1BNM A;  2OSF A;  3FE4 A;  1URT A;  1CCT A;  1THK A;  2WEO A;  3CZV A;  3F7B A;  4YWP A;  3RYV B;  5BRV A;  5E2N A;  4K0T A;  2W2J A;  3KLD B;  3RLD A;  3S73 B;  3DCS A;  4Q0L A;  4Q8Z A;  2NNV A;  3EFI A;  3IBN A;  2HOC A;  1Y7W A;  3FFP X;  2FNM A;  5JG5 B;  1TBT X;  1DMY A;  4M2V A;  1A42 A;  5EKM A;  4RIV A;  1FLJ A;  4Q87 A;  1ZGE A;  4ZWI A;  1LG5 A;  3OY0 A;  1FQN A;  4Q07 A;  1CAL A;  4E3G A;  3KIG A;  4XFW A;  2WEJ A;  4Q7S A;  4Q06 A;  3KWA A;  3NJ9 A;  3P58 A;  3R17 B;  3ML5 A;  3RZ0 B;  4Q8Y A;  4CNV A;  4G0C A;  4L5V A;  3HKQ A;  4Q7W A;  4Q6D A;  1CVE A;  1OKL A;  3DV7 A;  4Q08 A;  4QSJ A;  1I90 A;  4XZ5 A;  3V3J A;  3JXG A;  1UGA A;  3M5T A;  1MUA A;  3KON A;  1RZE A;  3N0N A;  1JCZ A;  3S76 A;  4RUZ A;  5AMD A;  5EOI A;  3MHI A;  3B1B A;  4YGN A;  2F14 A;  3MNH A;  4ZWY A;  1BNW A;  1G52 A;  1EOU A;  4Q90 A;  4X5S A;  4XE1 A;  3M2Z A;  1Z9Y A;  1IF9 A;  1BIC A;  4K0S A;  5JGS B;  2CBE A;  1FR4 A;  1CIM A;  4XIX A;  4Z1K A;  4RFC A;  1I9O A;  3OIM A;  3MNA A;  1ZGF A;  3W6H A;  2FOV A;  4L5U A;  1IF6 A;  4Q09 A;  1ZSC A;  5DVX A;  5EHW A;  1CAN A;  3OIK A;  4QY3 A;  3KS3 A;  1CCS A;  1TG3 A;  1BNN A;  3M14 A;  3M98 A;  3ZP9 A;  2EU3 A;  5E5R A;  5A6H A;  4Q99 A;  4FRC A;  4HEZ A;  4MLT A;  4KUY A;  1UGG A;  5EZT X;  1DCB A;  2ILI A;  4ITP A;  1CNW A;  1BV3 A;  4BF6 A;  3V3G B;  3D92 A;  5BRU A;  4WL4 A;  4MTY A;  4WUP A;  4ZAO A;  3RZ5 A;  1YDB A;  3P5L A;  3M1W A;  3PYK A;  3IGP A;  5JGT B;  5JDV B;  1HCB A;  3K7K A;  4ZX1 A;  2H4N A;  2QOA A;  3T83 A;  4ILX A;  3HKT A;  1FR7 A;  2CBA A;  1OQ5 A;  2NXT A;  3MHM A;  4E3F A;  5CAC A;  5BNL A;  1G0E A;  3JXF A;  2FMG A;  2HNC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5DSRA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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