5FLP | Genus

Total Genus 79

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__534545237230589__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__534545237230589__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5FLP/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__534545237230589__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"534545237230589","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5FLP/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__534545237230589__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0110de6653229d1f8e2db1/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0110de6653229d1f8e2db1/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0110de6653229d1f8e2db1/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0110de6653229d1f8e2db1/pdb.gz): 1574 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Native State Mass Spectrometry, Surface Plasmon Resonance and X-Ray Crystallography Correlate Strongly as a Fragment Screening Combination. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE 2
total genus	79
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2015-10-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5flpA00

3M04A 1AVNA 4KP5A 1CNHA 2NMXA 5FNHA 1G4JA 5BYIA 5FDCA 5CACA 1G3ZA 3RJ7A 1CINA 4FPTA 2CBBA 1JCZA 1RZAA 1CNCA 3TVNX 4JSWA 1CVEA 4E3DA 1TTMA 4KNJA 1KWRA 2FNNA 4ITOA 2NWPA 4QEFA 4HU1A 1IF9A 4KAPA 3OKVA 3MYQA 3RG3A 1G6VA 1I9NA 1I9MA 1RJ5A 4RH2A 1URTA 4BCWA 7CA2A 3BL0A 5AMLA 3D93A 3IBUA 3DVCA 5JGTB 4ZX0A 1KWQA 4FVOA 5C8IA 4PYYA 1I8ZA 1IF5A 4L5UA 4K13A 3S9TA 3JXHC 4WUPA 1BNVA 1FSQA 1CIMA 4ZWYA 3CYUA 4MDMA 1CVAA 4QJMA 1CA3A 4RFCA 1UGFA 2HFWA 4Q83A 2FOYA 4QK1A 4TWLA 5E2KA 5FNMA 1LG6A 1XQ0A 4JSZA 4M2WA 1CVHA 5G01A 1CAJA 4RN4A 4R5AA 4IDRX 4Q6DA 1CNXA 4Q87A 2QO8A 3V5GA 1FSNA 1YDAA 3V3IB 4Z1KA 1BN4A 4CNVA 3QYKA 4Q8ZA 4PYXA 2Q1BA 4LU3A 3HKUA 5FNKA 1HCAA 1XEGA 5JEHB 3V3FA 5EKJA 3OY0A 3DVDA 1LGDA 1I9QA 2OSMA 2X7UA 3S72B 3N0NA 1BNQA 4WW8A 2POVA 1FQMA 6CA2A 2QOAA 3DD0A 5LMDA 4Q99A 3RYXB 3F8EA 5BRVA 4Q7WA 2X7TA 3U47A 3KIGA 4Q6EA 4G0CA 3DD8A 1CNJA 1HCBA 1BZMA 5DSKA 3MNHA 4RFDA 3P5AA 1UGBA 1ZSCA 1HVAA 2WEHA 2EZ7A 5FDIA 5FLRA 4K0SA 2FMZA 4Q90A 5DSPA 1CVFA 4QIYA 1BNWA 3P55A 3N2PA 3V3GB 3C7PA 3HFPA 1G45A 5CJFA 5EH7A 3T82A 3NI5A 1DMXA 1CAHA 4TWMA 1H9QA 2FNMA 12CAA 1TB0X 3M2XA 3RZ8A 1CVDA 3MNIA 3S78B 4JSAA 4COQA 4Z1EA 5FLOA 5E2NA 3KS3A 5EKHA 3ML5A 5DOGA 2FOQA 4RUZA 4QJPA 2WD3A 3KLDB 1BNMA 1T9NA 4Q7SA 5E5UA 4FU5A 3MNJA 4XIXA 5A6HA 1FQRA 1I91A 2NNGA 1CCSA 4Q06A 1CAOA 1LUGA 4KP8A 1I90A 5FNLA 5CA2A 4YX4A 4XZ5A 3RLDA 4HEWA 3P3HA 4MLXA 5DSLA 3FW3A 1RZCA 4KNNA 5SZ0A 3OYSA 3V3HB 3JXGA 1RZEA 4ITPA 4LP6A 3DCWA 1G52A 3GZ0A 2FMGA 3UYNA 3P58A 2GD8A 4R59A 5SZ3A 3TVOX 4CNWA 4ILXA 3M2ZA 2POUA 4ZAOA 1CILA 4QJ0A 1RJ6A 4HBAA 4ZWZA 1TEUX 5FNIA 2CABA 2CBDA 3MNAA 3M5SA 2GEHA 4BF6A 5DSIA 3MMFA 3ZNCA 4WW6A 5L6KA 1KOPA 1ZSBA 4Q0LA 4DZ7A 3NB5A 4ZWXA 1HECA 1FR7A 2NWZA 3MHOA 3RG4A 3T84A 1CNWA 1CVBA 3M5EA 5SZ6A 1OQ5A 3F7BA 4WR7A 5EH5A 1H4NA 3MNUA 4XIWA 3B4FA 1G48A 4ETQC 4PZHA 1G0EA 1V9IC 3HS4A 4YVYA 5EOIA 1HUGA 2HNCA 3U7CA 2H15A 1Z97A 3CAJA 3M98A 3RGEA 2VVBX 4CNXA 1TH9A 3EFTA 5SZ1A 4YGKA 3RYVB 3KNEA 2AX2A 3ZP9A 1G54A 4WL4A 4CACA 3BETA 3T85A 1YO0A 4N0XB 4KUVA 4E49A 5EH8A 3P4VA 5DSOA 3DBUA 2NN1A 3DC3A 4MO8A 4G7AA 4XFWA 3R16A 1ZGEA 1CVCA 4HF3A 4KNMA 3RZ7A 1RZBA 4K0TA 2H4NA 1CALA 3M1WA 3IEOA 3PYKA 3D92A 1FQLA 5L3OA 5FNJA 4Q08A 3KOIA 3S73B 3IBLA 5SZ5A 5EHVA 3IBNA 1CANA 3K34A 3HKNA 3OKUA 3OYQA 1FR4A 3KOKA 1UGCA 5E2MA 3S71B 5DVXA 5JDVB 4HEZA 4YHAA 3KKXA 5JEPB 3S97A 1ZFQA 1TE3X 3DCSA 3V2JA 1RAZA 5FL6A 5JQ0A 1CAYA 3V3JA 3S75B 2OSFA 4YGLA 4LHIA 2FW4A 4HT2A 1DMYA 2VVAX 5HPJA 4CQ0A 1Y7WA 3RZ5A 4MTYA 4K1QA 1LZVA 3IGPA 5SZ4A 1MUAA 1YDBA 4IWZA 4Z1NA 3JXFA 1HUHA 4Q49A 4E4AA 4QJWA 4RUYA 2CA2A 4QSAA 3M14A 4FVNA 1HEDA 4QJOA 3TMJA 4WUQA 1YO2A 1ZGFA 3M2NA 1CNIA 4Q9YA 1TG9A 1TG3A 4ZWIA 1BN1A 3F4XA 4ZX1A 4E3GA 2WEOA 4QIZA 3Q31A 3DA2A 5FLQA 3UYQA 3SBHA 4R5BA 3MWOA 1G0FA 3HKTA 3MNKA 2EU2A 3D8WA 4C3TA 3SAXA 3PJJA 3P44A 4L5VA 5FLTA 1Z9YA 5AMDA 5DOHA 3S74B 3D9ZA 5FL5A 2ZNCA 3MHIA 2NNOA 2W2JA 2HOCA 3M5TA 1KEQA 4JSSA 3HLJA 4RIVA 2IT4A 2WEJA 1IF8A 3P3JA 4Q78A 4E3FA 4MDLA 4YGFA 3KWAA 3L14A 3NJ9A 5E2SA 1I9OA 1UGEA 3V7XA 5A25A 5FL4A 4CNRA 5JQTA 1CNGA 2NN7A 3IAIA 5DSRA 3EFIA 1KOQA 4E9OX 1BNUA 4E3HA 1ZH9A 1CCUA 1RZDA 1TBTX 2Q38A 3CA2A 4PQ7A 1IF6A 2HL4A 1I9PA 3B1BA 5SZ7A 1UGDA 4RIUA 2FOVA 1G4OA 4HEYA 4Y0JA 3CZVA 1DCAA 4KUWA 4RUXA 1F2WA 3MHLA 5AMGA 4YWPA 1YO1A 2HD6A 5J8ZA 5EKMA 1A42A 4E5QA 2NNVA 4QSJA 5DSNA 3DCCA 4YGJA 1EOUA 3M3XA 3U45X 3K7KA 5EZTX 1Z93A 4Q7VA 5G0BA 3FFPX 1FLJA 1BN3A 1H9NA 1BV3A 4X5SA 5DSMA 3M1KA 1UGGA 3VBDA 1I9LA 3D0NA 2HKKA 1ZFKA 2EU3A 1DCBA 4N16A 4QSBA 1BNNA 1YDCA 5E5RA 4QY3A 4CA2A 1XPZA 4Q8YA 1JV0A 3F7UA 3DV7A 3IBIA 4YXUA 3T5ZA 5FLPA 1LG5A 1JD0A 5FNGA 4YXOA 4Z1JA 1OKNA 1BNTA 5FLSA 1CNKA 1CAIA 3MDZA 4YYTA 4QTLA 1MOOA 1IF4A 3M67A 8CA2A 5G0CA 1ZNCA 2WD2A 5JG5B 1BICA 4M2RA 2FOUA 4BF1A 1CAMA 3RZ0B 2NXSA 1THKA 4YGNA 3RZ1B 1ZE8A 3KONA 5G03A 5DSQA 5JG3B 2NNSA 4Q7PA 4Q81A 4YXIA 3OILA 1CA2A 2FNKA 3R17B 4FIKA 2ABEA 5JGSB 3M2YA 1CZMA 2NXRA 2QP6A 2Q1QA 4GL1X 4KUYA 3T83A 5JEGB 4HT0A 5JESB 5BRUA 2ILIA 1BCDA 1CAZA 5CLUA 1FQNA 3MHMA 5E2RA 1J9WA 1HEBA 4Q09A 5IPZA 1CAKA 3BL1A 2NXTA 3N4BA 4FL7A 3S76A 2POWA 1G53A 4M2VA 5SZ2A 1CRMA 2NWYA 4MLTA 3S77B 3OIMA 5E28A 1AM6A 3T5UA 2CBEA 4MDGA 1XEVA 3V2MA 2NWOA 3N3JA 4KNIA 1AZMA 4QSIA 1CRAA 4M2UA 1CNYA 3M40A 3MHCA 4L5WA 3PO6A 5EHWA 2CBAA 1G46A 2X7SA 3FE4A 3ML2A 4KV0A 1HEAA 2FOSA 5DSJA 2CBCA 5BNLA 4Z0QA 1V9EA 3MZCA 5EIJA 1OKMA 2O4ZA 1CCTA 4UOVA 3RYZA 2AW1A 4FRCA 9CA2A 3OIKA 4QK2A 3M1QA 3S8XA 4XE1A 5BRWA 4DZ9A 1IF7A 1G1DA 3RYYA 1YDDA 3LXEA 3DC9A 5DRSA 1CNBA 3RYJB 3DVBA 3DAZA 2WEGA 4QK3A 4K0ZA 3SBIA 3P5LA 4PXXA 2F14A 4Q07A 3SAPA 5EHEA 1ZSAA 1TEQX 4QJXA 1FSRA 4Q8XA 3U3AX 1OKLA 4JS6A 3K2FA 3M1JA 1RAYA 3M96A 3HKQA 1UGAA 3W6HA 3W6IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3M04 A;  1AVN A;  4KP5 A;  1CNH A;  2NMX A;  5FNH A;  1G4J A;  5BYI A;  5FDC A;  5CAC A;  1G3Z A;  3RJ7 A;  1CIN A;  4FPT A;  2CBB A;  1JCZ A;  1RZA A;  1CNC A;  3TVN X;  4JSW A;  1CVE A;  4E3D A;  1TTM A;  4KNJ A;  1KWR A;  2FNN A;  4ITO A;  2NWP A;  4QEF A;  4HU1 A;  1IF9 A;  4KAP A;  3OKV A;  3MYQ A;  3RG3 A;  1G6V A;  1I9N A;  1I9M A;  1RJ5 A;  4RH2 A;  1URT A;  4BCW A;  7CA2 A;  3BL0 A;  5AML A;  3D93 A;  3IBU A;  3DVC A;  5JGT B;  4ZX0 A;  1KWQ A;  4FVO A;  5C8I A;  4PYY A;  1I8Z A;  1IF5 A;  4L5U A;  4K13 A;  3S9T A;  3JXH C;  4WUP A;  1BNV A;  1FSQ A;  1CIM A;  4ZWY A;  3CYU A;  4MDM A;  1CVA A;  4QJM A;  1CA3 A;  4RFC A;  1UGF A;  2HFW A;  4Q83 A;  2FOY A;  4QK1 A;  4TWL A;  5E2K A;  5FNM A;  1LG6 A;  1XQ0 A;  4JSZ A;  4M2W A;  1CVH A;  5G01 A;  1CAJ A;  4RN4 A;  4R5A A;  4IDR X;  4Q6D A;  1CNX A;  4Q87 A;  2QO8 A;  3V5G A;  1FSN A;  1YDA A;  3V3I B;  4Z1K A;  1BN4 A;  4CNV A;  3QYK A;  4Q8Z A;  4PYX A;  2Q1B A;  4LU3 A;  3HKU A;  5FNK A;  1HCA A;  1XEG A;  5JEH B;  3V3F A;  5EKJ A; 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 4KNN A;  5SZ0 A;  3OYS A;  3V3H B;  3JXG A;  1RZE A;  4ITP A;  4LP6 A;  3DCW A;  1G52 A;  3GZ0 A;  2FMG A;  3UYN A;  3P58 A;  2GD8 A;  4R59 A;  5SZ3 A;  3TVO X;  4CNW A;  4ILX A;  3M2Z A;  2POU A;  4ZAO A;  1CIL A;  4QJ0 A;  1RJ6 A;  4HBA A;  4ZWZ A;  1TEU X;  5FNI A;  2CAB A;  2CBD A;  3MNA A;  3M5S A;  2GEH A;  4BF6 A;  5DSI A;  3MMF A;  3ZNC A;  4WW6 A;  5L6K A;  1KOP A;  1ZSB A;  4Q0L A;  4DZ7 A;  3NB5 A;  4ZWX A;  1HEC A;  1FR7 A;  2NWZ A;  3MHO A;  3RG4 A;  3T84 A;  1CNW A;  1CVB A;  3M5E A;  5SZ6 A;  1OQ5 A;  3F7B A;  4WR7 A;  5EH5 A;  1H4N A;  3MNU A;  4XIW A;  3B4F A;  1G48 A;  4ETQ C;  4PZH A;  1G0E A;  1V9I C;  3HS4 A;  4YVY A;  5EOI A;  1HUG A;  2HNC A;  3U7C A;  2H15 A;  1Z97 A;  3CAJ A;  3M98 A;  3RGE A;  2VVB X;  4CNX A;  1TH9 A;  3EFT A;  5SZ1 A;  4YGK A;  3RYV B;  3KNE A;  2AX2 A;  3ZP9 A;  1G54 A;  4WL4 A;  4CAC A;  3BET A;  3T85 A;  1YO0 A;  4N0X B;  4KUV A;  4E49 A;  5EH8 A;  3P4V A;  5DSO A;  3DBU A;  2NN1 A;  3DC3 A;  4MO8 A;  4G7A A;  4XFW A;  3R16 A;  1ZGE A;  1CVC A; 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5FLPA

Total Genus

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Chain Sequence

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